The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
|
structure length |
95
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Chain Sequence |
CHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Caspase-3 binds diverse P4 residues in peptides as revealed by crystallography and structural modeling.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Caspase-3 subunit p17
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| total genus |
18
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2009-03-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KJN B; 1RHK B; 1RWN B; 1RHR B; 1RHJ B; 2XYH B; 5IC6 B; 2HBY B; 4ZVQ B; 1ICE B; 1SC3 B; 2CNL B; 3QNW B; 3D6M B; 2HBR B; 1BMQ B; 1QTN B; 2XYP B; 2Y0B B; 2C2Z B; 3KJQ B; 3EDQ B; 1RWO B; 4JB8 B; 1RHU B; 1SC1 B; 2QLB B; 1I3O B; 3R7S B; 1RHM B; 3D6H B; 2CJY B; 1IBC B; 1SC4 B; 1QDU B; 2XYG B; 3IBF B; 4ZVT B; 3GJS B; 3P45 B; 3KJF B; 3SIP B; 1RWP B; 1F9E B; 4DCP B; 2H48 B; 2XZT B; 2H5J B; 1RWW B; 1RWM B; 3EDR B; 4LSZ B; 1NME B; 2DKO B; 1GFW B; 2HBZ B; 4DCJ B; 2H5I B; 1PAU B; 2QL9 B; 5K20 B; 2H65 B; 2QL7 B; 2QLJ B; 1RWX B; 3RJM B; 2QL5 B; 3P4U B; 3R5J B; 2CNK B; 4ZVP B; 2H54 B; 2CDR B; 1PYO B; 1I51 B; 2C1E B; 1RWK B; 2XZD B; 4DCO B; 2H4Y B; 2Y1L B; 2C2K B; 2CJX B; 5IC4 B; 2FQQ B; 2P2C B; 3NS7 B; 2CNN B; 2C2O B; 4ZVS B; 4ZVR B; 3GJQ B; 4ZVU B; 2HBQ B; 3D6F B; 3R6L B; 2H51 B; 3R7B B; 3GJR B; 2CNO B; 1RWV B; 3R7N B; 2H4W B; 1RE1 B; 2C2M B; 3IBC B; 2QLF B; 1RHQ B; 3R6G B; 4ZVO B; 3GJT B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VBW A; 2X51 A; 1N48 A; 3MOZ A; 1RT7 A; 4DZD A; 1HQE B; 3VAL A; 2F63 A; 3QJJ A; 5KG2 A; 2BRK A; 4DPW A; 3EWG A; 1OY6 A; 5BYQ A; 3A4T A; 2N7Y A; 4NLS A; 1DAX A; 2ZD1 B; 2HZV A; 2HWT A; 1U45 A; 2Q66 A; 2B51 A; 5K9F A; 1P8G A; 5CXT A; 3ZZP A; 1HWL A; 4F25 A; 2MLX A; 1RXO B; 4F8R A; 2G1D A; 5HK4 A; 3D3B J; 5J2Q A; 3M32 B; 4NLD A; 4F4A A; 3UWT A; 3K0J A; 2UUC J; 2DNK A; 2MHN A; 2FJD B; 4TLQ A; 4USW A; 8AT1 B; 5M2P A; 7FD1 A; 4DWI A; 3D3C J; 2ZUG A; 4KV8 A; 2DJW A; 4ZCI A; 3NAI A; 3ZZR A; 3W2V B; 2V8G A; 2CG8 A; 4ZLL A; 2BAB A; 5I3Q A; 4OQJ A; 3WHI A; 1U24 A; 2VG5 A; 2ATL A; 2VG6 B; 4ZCL A; 1EX8 A; 2RU9 A; 4EEY A; 3K57 A; 6AT1 B; 4ZIW A; 2QLF B; 3GIL A; 1TL1 A; 4C0O C; 5DM6 Q; 2DT9 A; 4NLU A; 3B8H A; 1MLA A; 2KG1 A; 2FC8 A; 2VBX A; 4WE1 B; 2DGW A; 5LSR A; 4G1I A; 3D6H B; 1JWW A; 1QAY A; 3KK2 B; 5IT9 U; 1RTJ A; 2QX0 A; 2XMV A; 1MRO A; 2XMJ A; 2F40 A; 3AA8 A; 5HBM A; 3DCA A; 3MAA B; 5KG0 A; 4QR1 A; 1OPI A; 1Y4Z B; 5HMW A; 1U1M A; 3CJ3 A; 3THP A; 4M5K A; 4ID5 A; 3KMS A; 3BQ2 A; 2QO3 A; 4QIE A; 4YB6 A; 3IRX A; 4FYX B; 1PIE A; 3JSB A; 2GHW A; 1I51 B; 2QT7 A; 4ZP9 A; 3TR5 A; 3CED A; 1X5O A; 4NLX A; 5CH7 B; 3PHE A; 1NEE A; 4CDI A; 1ITP A; 4JI2 F; 3Q22 A; 4ZVS B; 2AT1 B; 1GX6 A; 2RRB A; 1ZZN A; 3UVJ A; 2J76 E; 2ZFH A; 3US5 A; 2ZJQ Q; 1OJ4 A; 2VAS A; 4D3G A; 1ZM2 A; 4DLE A; 5F8N A; 4UY8 5; 2Q79 A; 3C6T A; 3B78 A; 5DZ6 A; 3WC2 A; 4K4W A; 1N33 J; 3DI6 B; 1RTZ A; 4P10 A; 3SBM A; 1NLK L; 1UVK A; 3PW2 A; 4DX5 A; 4DSF A; 2C3M A; 4EFA C; 1C1C B; 3BGR B; 5L1K A; 4M5N A; 4HI2 A; 2QE5 A; 3J7Y U; 1Q79 A; 1XK8 A; 1Y5N B; 4ED3 A; 2G2Y A; 4OFZ A; 3KLH A; 3RR8 A; 5IZH A; 1U02 A; 5F0U A; 3WX4 A; 2ZBR A; 2FVC A; 2MXY A; 1EAY C; 1HQ2 A; 5EHH A; 5HVG A; 4IRD A; 3CJT A; 2EK6 A; 3EJM A; 4U7U D; 2Y1R I; 3ENQ A; 2XZW A; 1N88 A; 2RF2 B; 4RNO A; 4L75 A; 3JSY A; 3K89 A; 4Y3C A; 3TZX A; 4DV6 F; 3PJX A; 1I5O B; 2P6S A; 2M5Y A; 4TNO A; 1FEH A; 4OJG A; 3GYX B; 1CLF A; 5DGB A; 5HRO B; 3GIR A; 3DRS A; 3CB4 A; 3MCM A; 4Q8E A; 4NYP A; 2YKN B; 3K5M A; 3DOK A; 4XO0 A; 1PG5 B; 4KRW A; 4PRF A; 3GIJ A; 5JVH Q; 4JYA J; 2D1C A; 1ZM9 A; 2EPI A; 3IGN A; 1HNV B; 4PQA A; 3NGK A; 5L1L A; 4HR2 A; 1IWA A; 1QAX A; 3QMQ A; 3WC0 A; 1FT8 A; 2W9C B; 4YS2 A; 5IS2 A; 4DMZ A; 2MKH A; 3OHB A; 1DLO A; 2KFY A; 3QLH B; 4LQ9 A; 1H0H B; 4EK2 A; 3EXC X; 1WOO A; 4KH1 B; 1PAU B; 2E9R X; 4LF4 F; 4HI1 A; 3PJ9 A; 5J1E A; 4NZ0 A; 2F4V J; 3R5G A; 3JTN A; 5KG6 A; 3HVR A; 1UA1 A; 3AY0 A; 2GZO A; 2H4Y B; 4AD6 A; 5KFY A; 3C66 A; 4KKO A; 1FJG J; 2DTJ A; 4MAK A; 4B3T F; 5E41 A; 2DR8 A; 3CIM A; 2FGC A; 5ETL A; 1NKE A; 2R7U A; 2WSE C; 1XQI A; 4WPA A; 4USI A; 2D3O 1; 1V6H A; 1T9X A; 1RWN B; 1JLB B; 4YN3 B; 3MMA A; 4G3I A; 1LEO A; 3Q8R B; 1XBW A; 4OYA A; 1R7I A; 4JB8 B; 4AL5 A; 3G6X A; 3EZO A; 2VKZ G; 4RW7 B; 5A2Q U; 2OJ3 A; 3DOL B; 2DGS A; 4KHP F; 1T9T A; 2R7S A; 3IMQ J; 2YX7 A; 1AFI A; 3M9O B; 2AV5 A; 3PHT A; 3SIP B; 2YKP A; 2CPI A; 3TWZ A; 4DV3 F; 1ELO A; 4F4Y A; 1S0V A; 2HNY B; 1KQS R; 3SCI E; 4O3S A; 2DHS A; 2RHS B; 4JV2 A; 2EXU A; 4Q8F A; 2BJD A; 2HEK A; 4L74 A; 3T1Y F; 2Z0G A; 3PIP Q; 1ROF A; 3K59 A; 1K1S A; 1NSP A; 1LFP A; 1YK9 A; 2QFI A; 1BY9 A; 1YJR A; 3UDL A; 2VPW B; 3I0S B; 1D3W A; 2PE8 A; 2DGU A; 2YNF A; 4XIU A; 2O3D A; 5KOX A; 2KJV A; 1SJQ A; 3D67 A; 1Q82 T; 1YRU A; 1AZS A; 1NDC A; 2R7V A; 1TKZ A; 1FE0 A; 2E1C A; 2R7R A; 1YG0 A; 2ZH5 A; 1S1U A; 1VHI A; 1UEU A; 3MCS A; 1QVG R; 3HHL A; 3JSM A; 4NAS A; 3LWL A; 2QV6 A; 2EI5 A; 4QW8 A; 2LKZ A; 2IBO A; 1TEL A; 5HP1 A; 3BN4 A; 1VMB A; 2GGP A; 3PX6 A; 1W2B R; 3UR3 C; 1GMU A; 4ECV A; 4F26 A; 3ZNU A; 4FF4 A; 2IBK A; 2W9B A; 1KFS A; 1VIX A; 4TU8 A; 2DEI A; 3EGW B; 3T1H F; 1G2E A; 1HYS A; 2XY7 A; 3DLG B; 1FER A; 1GEH A; 3OR1 B; 1J5O B; 2DIT A; 1O8B A; 2E1R A; 3TA1 A; 2FJB B; 1IKW B; 1ZBT A; 1S12 A; 3FUY A; 3M8P A; 4ERD A; 2KZM A; 5K8N A; 1B0T A; 4OZJ A; 1HWI A; 1U1R A; 3ILL A; 1RJJ A; 2VC1 A; 2W4C A; 1N36 J; 4I1T A; 1EET B; 4X4V A; 2V34 A; 4CLY A; 2UUA J; 6FDR A; 4XPE A; 4U9R A; 4OZ2 A; 2E9T A; 3B4D A; 1TK0 A; 2L3M A; 1S1T A; 3R5B A; 3UO0 A; 3F0N A; 1TKX A; 5A76 A; 3PY8 A; 3CD7 A; 5FII A; 2HFZ A; 4FPR A; 1QD1 A; 3HKW A; 5EN1 A; 1FFG B; 4IG0 B; 2Q1L A; 3AOA A; 3PYG A; 3R6G B; 2CPY A; 2OD6 A; 3V81 A; 1VBZ A; 1D9A A; 3IR5 B; 3BBF A; 4HAC B; 2Z2Y B; 2HHP A; 1RT6 A; 2ZE2 B; 3UCZ P; 1APS A; 4GC6 A; 1N8R T; 3IN5 A; 4J9S A; 1DBD A; 4LFA J; 2RQK A; 3UNY A; 3Q8U A; 1AA1 B; 3F73 A; 2DNY A; 4USJ C; 5E3R A; 2MQP A; 5D77 A; 4GC7 A; 3A1Y G; 2CQ2 A; 2D3Z A; 1C4A A; 2I5J A; 4TYB A; 1C0T A; 1W26 A; 5I42 A; 3K7R A; 4C11 B; 2J6T A; 2QL9 B; 3TUZ C; 2HHQ A; 4KSE B; 1GMW A; 2GHP A; 3ILO A; 3TAR A; 3IM9 A; 4DOZ A; 3G8Q A; 3MPV A; 3KLG A; 1LWC A; 5AT1 B; 4CWB A; 3POT B; 4DUY J; 2CQ3 A; 4ZK7 M; 3OFH A; 1FK9 A; 1YBA A; 4Y2C A; 3M8R A; 4ZVR B; 1G1X A; 3CUN A; 5F8G A; 1GNK A; 3N0V A; 3RB3 A; 1T9V A; 1FKO B; 5KFX A; 2OH2 A; 2R8J A; 1RWV B; 4DR7 J; 4JI5 F; 3I56 S; 3X3U A; 4K2J A; 5FLX Y; 2JHE A; 4PKD B; 1FKP B; 1RAJ A; 2XLK A; 4WYL A; 2WB1 D; 2W7O A; 2GO9 A; 1TL4 A; 3M2U B; 2YNH B; 4F4W A; 1Q81 T; 4DHV A; 4PAA A; 3HSZ A; 9RUB A; 4ETX A; 3Q8S B; 2MEW A; 2SXL A; 3KDN A; 2FLP A; 1W2I A; 2XG8 A; 3LPY A; 5GMK a; 1FJE B; 1H98 A; 2OFG X; 2FPH X; 1FNM A; 4OI2 A; 3BGF A; 3H2L A; 4JI8 J; 2B4U A; 5DO2 A; 1HHT P; 3FSI A; 1ZPW X; 5D78 A; 4B3R J; 4OYW A; 1VIS A; 3FMW A; 5BXI A; 4ALZ A; 4BBY A; 2QGF B; 4JBC A; 2HHV A; 3S7R A; 4LSN B; 2QSF A; 3O6Q A; 1FWL A; 3AD9 C; 1RT3 A; 3C15 B; 4Z37 A; 4H4K C; 4ED8 A; 2HGN A; 3HF5 A; 1X5P A; 1DFD A; 1HQU B; 4FF2 A; 2C2O B; 3PTW A; 2VA3 A; 1NJZ A; 4KR0 B; 3PX4 A; 3A8J A; 4DV2 J; 4EBC A; 4X62 J; 2BJ8 A; 1KOO A; 3OFF A; 1PC5 A; 5IWA F; 3CPW R; 1NCL A; 4KB7 A; 3TA2 A; 2UU9 J; 4A46 A; 3EPI A; 3ZXW A; 3WIU A; 3JYT B; 3L09 A; 4OX9 F; 1VC0 A; 2WOM A; 1HI0 P; 5LXR A; 3NWR A; 5C24 B; 3BSA A; 1JNR B; 1REV A; 4X66 F; 3R7S B; 4A4J A; 1DY3 A; 3MCN A; 4QYZ K; 3G4S S; 5T7L A; 2ADB A; 4NCG B; 2HPU A; 2OIH A; 2XSJ A; 1FFW B; 2V9W A; 2EBE A; 1SXL A; 3AQP A; 4WIQ A; 1RAA B; 1MML A; 5LMU J; 2VUG A; 2JEJ A; 1HPZ B; 4M95 A; 1NZ8 A; 1JLQ B; 1RT1 A; 3LQV A; 2QLJ B; 3HI9 A; 2J5A A; 3GFY A; 5HJX A; 2XI2 A; 4H4M B; 3R27 A; 5C2G A; 1C4C A; 4P73 A; 4DDF A; 4DR3 F; 4U96 A; 1NHU A; 5HI7 A; 1YVF A; 1CC7 A; 5K8O A; 2XO7 A; 2IJN A; 3E3X A; 5BR8 F; 1KTQ A; 1VK8 A; 3NMR A; 1RHK B; 3W7B A; 4FXW A; 1RHJ B; 1QVF R; 1WI6 A; 2Z2L A; 3ISN D; 3R5A A; 5T14 A; 2JEF A; 3BBB A; 2XHC A; 2YQ0 A; 4LRD A; 3AOB A; 2YWF A; 1GK8 A; 4CO4 A; 4JI7 F; 4ECT A; 4LF1 A; 4P72 A; 1HNZ J; 3TUJ C; 3VAI A; 2DRA A; 1SQE A; 3AB2 B; 3W60 A; 4C7Q A; 1GQE A; 3QQC D; 3P49 B; 2CPF A; 3MMC A; 5DDR C; 1VQP S; 1YX2 A; 4K4Z A; 2XHW A; 3IWN C; 4DR2 J; 1NPR A; 4KH0 B; 4ZVF A; 1HL6 A; 4UQT A; 1WG1 A; 3DLB A; 4I6A A; 2B6A A; 3QZ7 A; 1RCO B; 3BR8 A; 4LR7 A; 1U6F A; 3KLF B; 3W66 A; 5CD4 A; 2DPI A; 4NOH A; 3OHA A; 3LGM A; 3CIZ A; 4OYM A; 2HRU A; 3ETM A; 1DUR A; 4J7C A; 5KFN A; 4B3O B; 1PAE X; 3N28 A; 1RAG B; 4CT9 A; 1K44 A; 4DX6 A; 2MQQ A; 1XC9 A; 2AZ1 A; 4ZVE A; 4LMZ A; 1VRT A; 2ZH3 A; 5HAT A; 5J2P B; 4YUD A; 1WOP A; 3ZTP A; 4P71 A; 2W2Q P; 1Y3J A; 3IBC B; 2RAQ A; 4USH A; 3OTC A; 2CPZ A; 1SJ1 A; 3Q83 A; 1T94 A; 4IKA A; 1FFS B; 3C14 A; 2BA9 A; 1R8H A; 1P1T A; 3BSC A; 2NPF A; 1VQS A; 4NLO A; 1YJ9 S; 1XR7 A; 1KR4 A; 4JI6 J; 2ZH7 A; 2OGU A; 2R7O A; 1VQK S; 3NLC A; 3LAK A; 3VAH A; 4OZ0 A; 4IR9 A; 4FZV A; 5HLF B; 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4ETZ A; 2V4J B; 1K9M T; 4OV6 A; 2LU2 A; 3D68 A; 1RAE B; 2HS0 A; 2EFG A; 2D3U A; 4DX7 A; 3SZ2 A; 1NH8 A; 2IYG A; 4I2Q A; 2YKM B; 3D4J A; 3ZZT A; 3CCW A; 3I9V 9; 1GXT A; 2CVI A; 1FRJ A; 5KG5 A; 2WBM A; 4Q43 A; 1TKT A; 1IJE B; 1EIY B; 3PJW A; 4OLP A; 3SSQ A; 3UNG C; 2QL5 B; 2XMM A; 4K0K F; 1T9Y A; 5AXL A; 3TVK A; 4LF9 J; 2AYE A; 2VOP A; 4ZHR A; 4ZN3 A; 5ETP A; 1CG2 A; 3H5U A; 9ATC B; 4K4V A; 2IIH A; 2A18 A; 3T5J A; 1MN9 A; 1TQL A; 2LEP A; 2LQB A; 2HUR A; 5CQG A; 1KFD A; 4DV1 J; 4O3N A; 2DHX A; 2AX1 A; 3PX0 A; 2CNO B; 1E6V B; 1H7X A; 3L95 X; 4C8O A; 4RW9 B; 1BMQ B; 4IQM A; 4OHZ A; 3PIO Q; 3NKY A; 4DU8 A; 5E0O A; 3V4I A; 1N5T A; 5LMN F; 4DFJ A; 1X0F A; 1W7W A; 2HQC A; 2UUC F; 4DN0 A; 1VS3 A; 2WVF A; 3TAN A; 1WHX A; 2CJQ A; 4OYZ A; 3TJ9 A; 3PRB A; 3ELH A; 2AJF E; 4OI0 A; 1Q8I A; 3CW2 C; 3BKT A; 1BQX A; 3DDI A; 3GV8 B; 2AJ0 A; 2CQC A; 3KNA A; 2NLW A; 3M8Z A; 2L9D A; 3CCZ A; 5KFZ A; 8ATC B; 1MWQ A; 1SKW A; 2A6O A; 1F2G A; 2JJ4 D; 3GV7 B; 2Y1J A; 1H6K X; 3PKY A; 3HZG A; 1K0T A; 4C3K A; 4ED4 A; 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