The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
|
sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
CHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Caspase-3 binds diverse P4 residues in peptides as revealed by crystallography and structural modeling.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-3 subunit p17
|
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
18
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2009-03-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RHU B; 2C2M B; 5K20 B; 2XZT B; 3KJQ B; 3D6H B; 1BMQ B; 1QTN B; 4ZVO B; 2CNO B; 2XYP B; 1RWP B; 1RWN B; 2CNN B; 1RHQ B; 2HBY B; 4ZVS B; 2H5I B; 1RWW B; 1RHR B; 3QNW B; 2C1E B; 2Y0B B; 2QL9 B; 4DCP B; 1SC4 B; 2CJY B; 2C2O B; 4ZVR B; 1SC1 B; 1PAU B; 2H4Y B; 1RHM B; 2H51 B; 3NS7 B; 2P2C B; 2XZD B; 3P4U B; 5IC4 B; 1ICE B; 3R7B B; 1RE1 B; 3R7S B; 3R6L B; 2QL7 B; 2CNK B; 2QLB B; 3D6M B; 2H65 B; 4DCJ B; 3GJR B; 3EDR B; 2QL5 B; 2C2Z B; 2CNL B; 1PYO B; 1RHK B; 2H5J B; 3D6F B; 1I3O B; 4ZVP B; 2DKO B; 1NME B; 3GJT B; 4ZVQ B; 3GJS B; 4LSZ B; 2H48 B; 4DCO B; 2HBQ B; 2H4W B; 1RWK B; 1GFW B; 3P45 B; 1RHJ B; 3EDQ B; 1I51 B; 5IC6 B; 2H54 B; 1IBC B; 3RJM B; 2QLF B; 1QDU B; 1RWM B; 4ZVT B; 4JB8 B; 2HBR B; 2QLJ B; 1SC3 B; 3KJN B; 2HBZ B; 2C2K B; 2CJX B; 2Y1L B; 2FQQ B; 2XYH B; 4ZVU B; 3R5J B; 3R6G B; 3IBC B; 1RWO B; 2XYG B; 1RWX B; 3KJF B; 2CDR B; 1RWV B; 3IBF B; 3GJQ B; 3SIP B; 3R7N B; 1F9E B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VQS A; 4C4W A; 3QRQ A; 4A47 A; 2XO6 A; 4QQB A; 5LMN F; 4X64 F; 2WSE C; 1HWL A; 2AYM A; 1T05 A; 4QR0 A; 4XTT A; 1FEH A; 2CNN B; 2V34 A; 2HBY B; 1UP1 A; 4ZHR A; 4B3M J; 4X65 J; 2BKN A; 1U0H B; 4ILR A; 3M6X A; 1Y00 A; 4ZMM A; 2CJ9 A; 4NCG A; 3FRY A; 4TNO A; 3VAF A; 1DQ8 A; 2BJ3 A; 1WAC A; 3GV7 B; 4XPE A; 5J2M B; 2DNN A; 3SCK E; 3CCS S; 3M8P B; 2E5H A; 2WHO A; 3VVT A; 2FJW A; 4U7U D; 2EKY A; 1X4D A; 2Q6B A; 1MW7 A; 2CZ9 A; 2YY3 A; 1N5T A; 4OHX A; 1QJH A; 3D3C J; 3PIO Q; 1R89 A; 2XMV A; 3I0R A; 4AND A; 4IFY B; 1RZM A; 2H1Y A; 3SCL E; 4ECR A; 4KHP J; 4LFB F; 2VFT A; 5KFO A; 3IBF B; 2FZK B; 2FB0 A; 3W9I A; 4CO5 A; 1DRZ A; 1SV5 B; 4FYX B; 4C3M A; 2UUT A; 3HFZ B; 4BWM A; 3RAX A; 1WHX A; 2PC6 A; 3DKD A; 1TVR A; 1CPZ A; 4CO4 A; 5IV4 A; 1GTE A; 2PO4 A; 1TKZ B; 1WDT A; 2H5I B; 2CG8 A; 3G87 A; 4DL6 A; 3PX6 A; 2LDI A; 2Y1J A; 1OPI A; 2YQ0 A; 4RNH A; 1FRK A; 5HMX A; 3OXF A; 1JQG A; 1N8R T; 4OZN A; 5IC4 B; 2K3K A; 3MD1 A; 1NRK A; 4KFB B; 4ZCI A; 5DDO C; 1QD1 A; 5J1P A; 2DRA A; 2CJK A; 1YJW S; 4HTJ A; 3R3T A; 4RW7 B; 3AA9 A; 2MZT A; 2MB0 B; 1VHF A; 4ENO A; 2FLL A; 4B3R F; 2B4O A; 4K4U A; 1U4B A; 3J7A N; 4JI6 J; 3SMZ A; 1F5B A; 4Z7C A; 5B08 A; 3IRX B; 1RT1 A; 3D67 A; 2C2K B; 3P3D A; 4HKQ A; 1RTH A; 4PWU A; 3OTB A; 3UVJ B; 1WOP A; 5LXR A; 2MKH A; 4CT9 A; 1NAQ A; 3TA1 A; 5AT1 B; 2WVD A; 1PJ7 A; 2NS1 B; 4FXW A; 3OTO F; 5KFI A; 4ED2 A; 1RU2 A; 1WC6 A; 2Z58 B; 4LF7 F; 2RKI A; 2YNG B; 3BDE A; 1RAF B; 2MQ8 A; 1GXL A; 2DGV A; 2DGT A; 2GJF A; 3HVW A; 2YPZ A; 1CLF A; 4DX5 A; 4J9P A; 4LRE A; 1NBE B; 4K4X A; 1J5E J; 2OML A; 2IRY A; 4FF3 A; 2HFU A; 8ATC B; 5F0W A; 3K8V A; 1JK9 B; 4EYH B; 3SQG B; 3M30 A; 2WSF C; 4GO7 X; 5DQH A; 3R5D A; 2BX6 A; 3MTJ A; 3VAL A; 5ETO A; 3TAM A; 1Z2Z A; 2B6A A; 1XMQ F; 2CIM A; 3KJV B; 5CQG A; 2FDN A; 1UJ6 A; 2Y0S D; 5D8H B; 3QGP A; 5F8N A; 2W8L A; 4JI2 F; 2AYB A; 1KD1 T; 3OR2 B; 4FF2 A; 3DRS B; 4DX6 A; 1SCJ B; 4NRT A; 2YKO A; 1N6Q A; 1W7W A; 2Q1L A; 1RT5 A; 1M5O C; 3FZ2 A; 4DUZ J; 2NXC A; 1FJE B; 1SIZ A; 4ECS A; 2ERR A; 1DAX A; 2FJX A; 1H0H B; 3LGH A; 1HW9 A; 4AE5 A; 5KG1 A; 1YZ6 A; 4DSI A; 4S0M A; 4ICL A; 3N6L A; 3SIP B; 4YME A; 2B0G A; 4RW9 A; 3GQC A; 4FF1 A; 2GMJ A; 2RF2 B; 2KRB A; 4ZK7 M; 3LP2 B; 2GJ2 A; 1DY3 A; 5I4M A; 4ED7 A; 4MH8 A; 1Y0H A; 4EEY A; 2HZA A; 4N8O A; 2J9D E; 4X4O A; 4YB1 P; 5KG4 A; 3GSD A; 4KR0 B; 2AGP A; 2UU9 J; 1F3F A; 2BAB A; 5HO4 A; 2F1F A; 2HFZ A; 4NYO A; 4ZVF A; 1CS4 A; 1NB2 A; 5E3C A; 5CZX A; 2FZG B; 2HQD A; 2BUN A; 2FLP A; 4KY3 A; 1FTC A; 1NKB A; 4I2P A; 2BJE A; 1GFW B; 1XNQ F; 1M5S A; 1R0A B; 4EO6 A; 5BJR A; 1XMO J; 1AB8 A; 1I51 B; 4ZDN A; 1UL3 A; 3MEG B; 3FFI A; 3T1Y J; 1T05 B; 4H4M B; 3R5J B; 1N36 J; 4F3Q A; 2R2U A; 2HGN A; 4WFZ A; 4ZHR B; 3RB6 A; 5KFB A; 4N76 A; 2ZBC A; 2P6T A; 1G6B A; 1QE1 A; 3JQK A; 4OYB A; 5DM6 Q; 4ECU A; 2CKW A; 2C2M B; 1OWX A; 2XTJ P; 4NCG B; 3J7Y U; 4LRB A; 4GKK F; 1N0V C; 3HSZ A; 2OPQ A; 3DLE B; 2L48 A; 2HFS A; 3W8P A; 4EWT A; 4MJK A; 1UFK A; 1PBU A; 1SL0 A; 3N9U C; 1HQ2 A; 4WE1 A; 3QMQ A; 1UA0 A; 4DV5 F; 3L7O A; 1NZA A; 3I0R B; 3V6K A; 3UCU P; 5T41 A; 2J9C A; 2XI3 A; 4RWX A; 4KIA A; 2XMA A; 3US5 A; 1RT2 A; 1P1T A; 3ULH A; 5E41 A; 3VZI A; 2HAF A; 5IV3 A; 3QSI A; 2RQC A; 1RAJ A; 2Y9H A; 1HD0 A; 2G0C A; 3PTW A; 3ONQ A; 5G0R A; 2ALY B; 4MKB A; 3A3N B; 5KFS A; 4YB6 A; 4C7Q A; 2I1R A; 3QT8 A; 1EZZ B; 3BYR A; 3CC2 S; 5CYJ A; 4NPO A; 1C4A A; 5IZH A; 3T5L A; 4OIX A; 1KON A; 1HR0 J; 2ZEJ A; 2HQ3 A; 3ISN D; 4KJI A; 2NXE A; 3LPY A; 2K7K A; 1FXD A; 1UWB A; 1TU0 B; 3BGO P; 3MAA B; 4X62 F; 1UA1 A; 2M8H A; 4AL6 A; 1HI8 A; 2XBP A; 2GO9 A; 4OI6 A; 3H59 A; 3ZZZ A; 2HWH A; 4IFV B; 3BKF A; 1VQM S; 2IRU A; 1P8G A; 2RAQ A; 3PW5 A; 5SUH A; 1ARO P; 5ETQ A; 1GX6 A; 3NOG A; 2K1R B; 1RB0 A; 2KXF A; 4ZJQ A; 3DLK A; 2W7O A; 5ETM A; 2J0X A; 1RTH B; 2HWI A; 1HBN A; 2HMI A; 3IGN A; 2VHG A; 3NS5 A; 4LVN P; 3MR6 A; 5CCM A; 1YK9 A; 4YY3 J; 1HWJ A; 3U7J A; 2FD2 A; 1RTD A; 5IC6 B; 2RKI B; 3UWT A; 2CAJ A; 2RSQ A; 2XS2 A; 4DR7 F; 3A3P B; 2VJU A; 2QEX S; 1PYT A; 3N4W A; 5HVH A; 2OUG A; 4FZV A; 5H9F J; 2PI5 A; 4ID8 A; 1UAW A; 4RBV A; 3M30 B; 1M90 T; 2COL A; 4HHJ A; 1IKY A; 2HS3 A; 2D9O A; 5C7P A; 4E2F B; 3TAM B; 3HVT B; 1U7L A; 1TFY A; 3C6T A; 4B02 A; 3GU0 A; 1RWW B; 5BYR A; 2MHE A; 4IDK B; 4QZV B; 3RUB L; 3PYF A; 5LMN J; 2Q3P A; 2QA4 G; 1Q7Y T; 4XDC A; 1YRT A; 3EVO A; 2VC0 A; 3W2V B; 1S9E B; 2BMB A; 4C0H A; 4W92 B; 3K5M A; 2YH1 A; 3IR6 B; 4QIF A; 3S7R A; 1X0F A; 1CQM A; 1HWI A; 4DFK A; 2QO3 A; 4ELT A; 4QWB A; 4G1I A; 1F6T A; 1VQY A; 4WCE Q; 1VRT B; 3HXM A; 2ZNZ A; 4FP9 A; 1IBC B; 4USM A; 4KPY A; 2V2Q A; 1WEY A; 3SYZ A; 1WI8 A; 1JNZ B; 2F4V F; 4YHH F; 3ENV A; 3GCX P; 3OSP A; 1RQ0 A; 4FPR A; 5FLX U; 3SBM A; 2PGC A; 2VG5 A; 4KE5 A; 4IH6 A; 5GAH I; 3S01 A; 4LFB J; 1Y5I B; 3QZ7 A; 3WQP A; 4OYM A; 1XC9 A; 2HNY A; 1CS4 B; 2RB7 A; 3IRW P; 5L46 A; 1VBY A; 3UPF A; 4LSL B; 3PY8 A; 2DGU A; 2RQM A; 4I2P B; 3T3F A; 4PG8 A; 2IBO A; 4P7V A; 2HFO A; 2GA7 A; 3W1Y C; 3VWS A; 3EGV A; 3GG1 A; 1RAE B; 4CLW A; 1N52 B; 3DLJ A; 4YP3 A; 3KLG A; 5AXM A; 1OO0 B; 2BJ1 A; 4KC5 A; 5LOQ A; 1FEE A; 2HGM A; 1FJ7 A; 2J8S A; 3KNA A; 1QE1 B; 3TVZ A; 2EWH A; 3VGV A; 2E9R X; 1SPB P; 2HVD A; 4C48 A; 3U1N A; 3OW2 R; 1ZM4 A; 4NLT A; 2JEG A; 4J7C A; 2OPQ B; 3DYA B; 4IOB A; 1RAI B; 2FHM A; 4DV1 F; 1YI2 S; 2PEH A; 2V94 A; 1YZ7 A; 1P27 B; 5D3G A; 4WFB Q; 2O01 C; 2G2Y A; 5F41 A; 4WE1 B; 2AHO B; 3CJK B; 2W7A A; 1X8D A; 4JI0 J; 3LH2 S; 2LEA A; 2Z2Z A; 8RUC A; 2B51 A; 2W8K A; 1WNE A; 1YQH A; 3SSQ A; 4DI6 A; 2HS0 A; 4LF7 J; 3OFF A; 1WG1 A; 3DMJ A; 4LRC A; 4HT5 A; 1X5O A; 1H3D A; 1SC1 B; 1XTZ A; 3BDP A; 2HW3 A; 1JX4 A; 2Q79 A; 2DIT A; 3DM2 A; 2F63 A; 1Q5Y A; 2YNI B; 2ZZN A; 2DXE A; 3VAM A; 1XMQ J; 4FBT A; 1VRQ C; 4WXW A; 3M8Y A; 3KLI B; 3ETM A; 2H4W B; 2R8H A; 4JI2 J; 4K4V A; 2P8I A; 1F2G A; 5DDP C; 3KYL A; 1UWB B; 4DFM A; 3ZZ0 A; 4B3O A; 1PIL A; 4KKO A; 5LJ3 Y; 2FHO B; 5DG9 A; 3N5B A; 1D8Z A; 4L73 A; 5E3P A; 1PYS B; 3BYP A; 2LLZ A; 1ZH5 A; 5KFD A; 4NL5 A; 2XHC A; 3TZX A; 3EVM A; 2CUY A; 1HBN B; 1U24 A; 2HMI B; 5AE3 A; 2C1E B; 4ZP8 A; 2GML A; 4B9U A; 5C24 A; 3T6J A; 5LMU F; 2VOD A; 1CJV A; 4C9D A; 4K2X A; 3D6M B; 2J76 E; 1LWF A; 3FQK A; 4C8M A; 3HVA A; 3FNN A; 2P6S A; 4ZS6 A; 1N56 A; 4H4O B; 4LRF A; 1XNR J; 1HNV A; 3T6B A; 5KFL A; 3HHD A; 4OFZ A; 3BGR B; 1U25 A; 2J7U A; 5ETN A; 4AXJ A; 4V19 J; 4EI2 A; 2GFF A; 4UF4 A; 4WZQ A; 2FYX A; 3JSB A; 3LAK A; 3W60 A; 1XNQ J; 4CNY A; 1RA6 A; 2E7X A; 4O4G B; 3PG9 A; 3JTP A; 3M8Z A; 1U09 A; 4FKX A; 4EUV A; 4QIG A; 1FWP A; 5D4L A; 3DRP B; 1RT7 B; 1S7I A; 4FYD A; 1U1K A; 3DOK A; 1H6K X; 1S1V A; 1NJI T; 3BKT A; 1S1T A; 3DI6 A; 1FDN A; 2Q66 A; 3NMA A; 3IN5 A; 1H38 A; 4O3S A; 4A8F A; 2BE9 B; 1WF0 A; 2F9J A; 1F9F A; 2KHC A; 4ILM A; 4GKK J; 2JLF A; 2CQC A; 1NK4 A; 4K4W A; 4KHM A; 3KG4 A; 4ECY A; 3MAQ A; 4BCA A; 3QGH A; 3CMA S; 1YJT A; 3WX8 A; 2LMI A; 1PAE X; 3Q22 A; 5IT4 A; 1WC1 A; 4L74 A; 2E44 A; 4DV5 J; 4DV7 F; 1G2E A; 4I6A A; 2Y8Y A; 2VG5 B; 3C6U A; 1UTA A; 3JQJ A; 3DLG B; 1SKU B; 5IOL A; 2VJV A; 1LK5 A; 4ELV A; 3N6M A; 3RW6 A; 2V4R A; 4F36 A; 2BW2 A; 5J2P B; 2HNY B; 5KFU A; 4Y2I A; 4F0K A; 5BR8 F; 2PT0 A; 1FE0 A; 2LQJ A; 1HIY A; 1VBX A; 1T03 A; 3TYT A; 3NEK A; 4YR0 A; 1H72 C; 2MEW A; 1Z1Z A; 2DB1 A; 3MUR P; 4ZPV R; 5A6P A; 5CD4 A; 4M5G A; 4PG7 A; 2OPS A; 1NCL A; 3T19 A; 5A8W A; 1I1G A; 4M5D A; 1S6Q B; 4F3O A; 1MRO A; 3A4T A; 1PCA A; 3KK1 A; 3KTQ A; 4DQQ A; 4W90 B; 2VPZ B; 4X62 J; 2EKN A; 2MST A; 2DHX A; 3FC9 A; 1WEL A; 3VAH A; 1IWG A; 3P5B P; 2R4F A; 3NBP B; 1YVF A; 1VQK S; 4WKR A; 2DKO B; 3K7R A; 3C19 A; 1UFL A; 1DTT B; 1NSP A; 2HWT A; 4YEA A; 4RZR A; 2AGQ A; 2QSF A; 1OQ3 A; 4UOF A; 4GKJ F; 2KG1 A; 1TQL A; 4WK3 A; 1U8S A; 1HNW F; 5D3G B; 3HP6 A; 1KQF B; 3QFW A; 2DR6 A; 2WK4 A; 4M5J A; 4DR4 J; 3JSY A; 2DNP A; 3HT0 A; 4G3I A; 1ZM9 A; 4MT1 A; 4PXD A; 2I9S A; 2HHS A; 3DMJ B; 4DR7 J; 1HWK A; 1S6O A; 1XEZ A; 1KVI A; 3HI9 A; 2KVQ E; 1VLY A; 3I9Z A; 2KG0 A; 1U1L A; 2IVM A; 3PO5 A; 3K8W A; 1B0T A; 4BHQ A; 5EHH A; 2ZHO A; 1VIS A; 5H9F K; 4MMO A; 2CJB A; 4KH0 B; 3H2U B; 3PX4 A; 5F3Z A; 2A3J A; 2W4D A; 1URR A; 1NK0 A; 3QSY B; 3HUL A; 2DNQ A; 1PSD A; 2HFV A; 3J81 Y; 4ED3 A; 2HVI A; 5KFA A; 4DCJ B; 1S12 A; 4DSL A; 4B3O B; 2XM3 A; 1REV A; 4ED8 A; 3M32 A; 4ES2 A; 2QN6 B; 3CIZ A; 1GMW A; 2F9D A; 4TQS A; 2IM0 A; 1Q78 A; 2A1B A; 3TO8 A; 1JLG A; 3RJM B; 1C0U A; 4TN2 A; 3CVK A; 3HSD A; 3OQ2 A; 1MWZ A; 1T9X A; 2IJN A; 4ERD A; 4G6V B; 3NNH A; 3FKB A; 2F40 A; 1IJE B; 2N3O A; 2I6W A; 1NK6 A; 4RBU A; 3G82 B; 3V5R A; 2MKK A; 2JZ5 A; 3J7Z T; 3M1V B; 5CAB A; 4MK7 A; 1OS5 A; 3BS9 A; 4OJH A; 2YNH A; 5C24 B; 2X51 A; 3MR3 A; 1WSV A; 4LF8 J; 4AQY F; 1R8B A; 4FXD A; 3J7Z 5; 1FFG B; 4RW6 B; 3LAN A; 4X2B A; 3R5C A; 3NGD A; 1JLE A; 1HNV B; 5HAN A; 3A8K A; 3D2W A; 2R7R A; 5I42 A; 1CG2 A; 3HHK A; 4CLP A; 1OY6 A; 1DHM A; 5JUM A; 3D1O A; 3AQP A; 2CNL B; 2CQ3 A; 5F9L A; 2GAH C; 3GMG A; 2BKO A; 3F44 A; 4DR5 F; 4A8X A; 5IM0 B; 5HVF A; 3NLC A; 3BB5 A; 1NSA A; 1GAO A; 1JNR B; 1RWK B; 4E0D A; 4A8Y A; 5HRO B; 2ABY A; 5GAE I; 1UWA A; 2LKZ A; 3H0P A; 1S1T B; 3DI6 B; 5D0E A; 5IWA J; 3A13 A; 2BAN A; 3QIP A; 1REG X; 1DLO B; 4PCQ A; 2W2P P; 4Y3C A; 3MR7 A; 3KUG A; 2XMT A; 5IT0 A; 2IC3 A; 3PV8 A; 4M5L A; 4YUD A; 1LWX A; 4P2M A; 1ZET A; 3PNI A; 2J6U A; 2VV5 A; 3LQV A; 2QMU B; 1X7V A; 2MZJ A; 3RG6 A; 2EXU A; 2HVZ A; 4IKA A; 4XK8 C; 4J91 A; 1NPR A; 2H4Y B; 2OEJ A; 2ZC3 A; 3C6U B; 1F3V A; 1JLA A; 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