The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
155
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sequence length |
509
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structure length |
509
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Chain Sequence |
MKIRSQVGMVLNLDKCIGCHTCSVTCKNVWTSREGVEYAWFNNVETKPGQGFPTDWENQEKYKGGWIRKINGKLQPRMGNRAMLLGKIFANPHLPGIDDYYEPFDFDYQNLHTAPEGSKSQPIARPRSLITGERMAKIEKGPNWEDDLGGEFDKLAKDKNFDNIQKAMYSQFENTFMMYLPRLCEHCLNPACVATCPSGAIYKREEDGIVLIDQDKCRGWRMCITGCPYKKIYFNWKSGKSEKCIFCYPRIEAGQPTVCSETCVGRIRYLGVLLYDADAIERAASTENEKDLYQRQLDVFLDPNDPKVIEQAIKDGIPLSVIEAAQQSPVYKMAMEWKLALPLHPEYRTLPMVWYVPPLSPIQSAADAGELGSNGILPDVESLRIPVQYLANLLTAGDTKPVLRALKRMLAMRHYKRAETVDGKVDTRALEEVGLTEAQAQEMYRYLAIANYEDRFVVPSSHRELAREAFPEKNGCGFTFGDGCHGSDTKFNLFNSRRIDAIDVTSKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein crystallography reveals a role for the FS0 cluster of Escherichia coli nitrate reductase A (NarGHI) in enzyme maturation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Escherichia coli k-12
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| total genus |
155
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| structure length |
509
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| sequence length |
509
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| ec nomenclature |
ec
1.7.5.1: Nitrate reductase (quinone). |
| pdb deposition date | 2009-08-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF13247 | Fer4_11 | 4Fe-4S dicluster domain |
| B | PF14711 | Nitr_red_bet_C | Respiratory nitrate reductase beta C-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | nitrate reductase domain fold | nitrate reductase domain like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Y28 C; 1FRI A; 1BWE A; 1D3W A; 1SIZ A; 5FD1 A; 1PC5 A; 2FGO A; 2FDN A; 1R27 B; 1Y5I B; 3MM8 A; 2PMZ D; 1BD6 A; 4XDC A; 1B0T A; 5E7O B; 3EGW B; 1C4C A; 1JB0 C; 2FJB B; 3OR2 B; 1KQG B; 1HFE L; 1ROF A; 1VJW A; 5L8R C; 4OV1 A; 1C4A A; 1SJ1 A; 1BLU A; 1FF2 A; 3OR2 A; 1FTC A; 2ZVS A; 1CLF A; 4CI0 B; 3IR5 B; 3LW5 C; 3MMA A; 2FJA B; 1FEH A; 1FDA A; 1H7W A; 3EUN A; 1A6L A; 3MMC B; 1BC6 A; 3MM5 A; 3MM9 A; 2FD2 A; 2VKR A; 1FRH A; 1DUR A; 3C8Y A; 1F5B A; 2FJE B; 3GYX B; 2WSC C; 2WSF C; 1B0P A; 4AYB D; 3MMB A; 5BYQ A; 3MMC A; 2C42 A; 2C3M A; 1FXD A; 3MMA B; 3MM7 A; 2PA8 D; 2C3P A; 2WB1 D; 4ID8 A; 4KT0 C; 2C3U A; 1B0V A; 3MM5 B; 3MM9 B; 1FRK A; 5BYS A; 1GAO A; 2WSE C; 1GTE A; 2VPZ B; 2VPX B; 1FRJ A; 1FRL A; 1G3O A; 1KEK A; 3MMB B; 2VPW B; 2GMH A; 1F2G A; 1Q16 B; 1FDN A; 5CHC B; 6FD1 A; 1FXR A; 3MM6 B; 3IR7 B; 4YDD B; 3MM7 B; 2PDA A; 1GT8 A; 1FCA A; 1IQZ A; 1F5C A; 1H98 A; 3OR1 A; 2GMJ A; 2Z8Q A; 3MM6 A; 1K0T A; 7FDR A; 2V4J A; 2C3O A; 2FJD B; 4RKU C; 1FD2 A; 6FDR A; 2Y0S D; 3PNI A; 1FRM A; 4OMF G; 1KQF B; 1DAX A; 2XSJ B; 1RGV A; 1JNZ B; 1AXQ A; 1FDD A; 1G6B A; 4XK8 C; 3OR1 B; 1IR0 A; 1PC4 A; 1H0H B; 1H7X A; 2VPY B; 2UZA A; 2XSJ A; 2V4J B; 1GTH A; 4L6V 3; 7FD1 A; 1JNR B; 3IR6 B; 4XDD A; 1FER A; 1BQX A; 1DFD A; 1XER A; 3HKZ D; 5CH7 B; 1Y4Z B; 1FRX A; 1SIW B; 1WTF A; 2V2K A; 5BYR A; 2O01 C; 2IVF B; 1Y5L B; 1FDB A; 2C3Y A; 1Y5N B; 3EXY A; 3MM8 B; 4DHV A; 2WAQ D; #chains in the Genus database with same CATH topology 1R8P A; 2ACM A; 2LLZ A; 3QJL A; 2NYH A; 4P2S A; 3HSG A; 3CJ4 A; 2VHG A; 2W24 A; 3RW6 A; 2GGP A; 4J9S A; 3TQ1 A; 4ZP7 A; 3UDL A; 2ZH4 A; 4OI2 A; 1D9F A; 3I4H X; 4J9M A; 4GKK J; 5AXK A; 2IDL A; 1P27 B; 1VIS A; 3F44 A; 4USV A; 2GQQ A; 1VBX A; 3R5G A; 1KN6 A; 4ZLJ A; 3N6M A; 1UA0 A; 4Y2C A; 5AE3 A; 1ITP A; 3BF4 A; 2B5J B; 3A8J A; 4NLY A; 4ED3 A; 4X4U A; 3GIK A; 2PDA A; 3HSZ A; 1WNE A; 2BEF A; 2RU9 A; 4P2M A; 2V8G A; 1AZS B; 2IMO A; 1MW7 A; 3PNI A; 2E5J A; 1DAX A; 2HIY A; 3GIL A; 5CYQ A; 4K59 A; 2QLF B; 4N47 A; 3KK3 A; 3VQT A; 3POT B; 3QQC D; 2ZE2 A; 4YHH F; 2C3Y A; 2J0X A; 4Y28 C; 3HVT A; 4UW2 A; 4UUW A; 4NCA A; 4JUZ A; 4DSI A; 1RT6 A; 4LRD A; 4YY3 F; 4JI2 J; 4MK7 A; 4ILM A; 3EE3 A; 2YKN B; 4DL6 A; 4CI0 B; 4ZLP A; 2NXC A; 3QFW A; 2RS8 A; 2YNG A; 4ES2 A; 3UN5 A; 4R25 A; 4W98 A; 3ZO7 A; 1GQE A; 4L3K A; 4X4O A; 2HLU A; 2F5G A; 1SC3 B; 4USH A; 5F0W A; 1S9G A; 1WC6 A; 1QE1 A; 3PTW A; 2LDI A; 4NX9 A; 4KGK A; 5DLF A; 1C0T A; 2RKI B; 1TP7 A; 1F3F A; 3ISN C; 2NUU G; 1YTY A; 4B3M J; 3K59 A; 4YDX A; 3KLF B; 1YX2 A; 4J9V A; 5K14 B; 3CIM A; 4M5I A; 2GJI A; 4DQQ A; 2NXJ A; 2QMW A; 1PYO B; 1S77 D; 4CT9 A; 4DFM A; 3T1Y J; 2K3I A; 3H4B A; 3BS9 A; 4ZIV A; 4HI1 A; 3JAM Y; 3EGW B; 1RWP B; 1U0H B; 4LRB A; 1KVK A; 2DKO B; 3D4J A; 5A8K B; 2BQU A; 1IR1 A; 3I82 A; 2VQF J; 3G4S S; 2F4V F; 2K2P A; 4MYU A; 5KG5 A; 1TL1 B; 1TEL A; 4IOB A; 2HFO A; 2PFD A; 2CPE A; 4UY8 5; 4OJG A; 1VFJ A; 4MKB A; 5H9E K; 1HI8 A; 4HAC B; 2WB1 D; 2F8M A; 1VLO A; 2YKM A; 3HCX A; 4MT1 A; 3M7V A; 3W5Y A; 4C8Z A; 3QT8 A; 2MLX A; 2HHQ A; 3WZ0 A; 2Z0G A; 5E5N A; 4C0O C; 4C11 B; 4HR2 A; 2FC8 A; 3G82 B; 1KQS R; 2B9E A; 4C9D A; 3IBW A; 3PO4 A; 3UNG C; 1Q7L B; 4C97 A; 2HHX A; 4EZ6 A; 3IO1 A; 2CDQ A; 3B82 A; 1KR4 A; 1W7W A; 1RTD A; 3M8R A; 3M8Y A; 5D4P A; 2XB2 D; 2VBZ A; 5LSL A; 3TJ9 A; 2LA6 A; 3M6W A; 1ULR A; 2DNZ A; 1A0O B; 4LSL B; 2JEF A; 1VDH A; 2X51 A; 1HNX J; 2LQ8 A; 4WKR A; 5IC6 B; 2CIM A; 2DNQ A; 3MED B; 3C6T B; 4ATN A; 4K4X A; 2KXH A; 3L7O A; 2ZH5 A; 1DZ5 A; 3Q8R B; 1RKJ A; 5KFI A; 1EAY C; 1SUQ A; 1Y10 A; 5K8P A; 2J8S A; 3H0P A; 4I2P B; 2CJ9 A; 3TEH B; 1J5E J; 1VIX A; 1I6J A; 5KFG A; 4DV6 F; 2XWY A; 1FJ7 A; 4KC5 A; 1B7F A; 1CJK A; 2DCL A; 3K5L A; 2QL9 B; 4FKX A; 2N4C A; 5GAG I; 5KFZ A; 3HKW A; 3BSN A; 4Q5V A; 2FQQ B; 2PI5 A; 4V19 J; 3LF0 A; 5ETO A; 4KO0 B; 1S72 S; 2HHU A; 5LJ3 Y; 1TK5 A; 1RT2 A; 1S0O A; 3I0S B; 4HLB A; 2QG9 B; 1WHW A; 4USU A; 1RZM A; 3BDP A; 7AT1 B; 4C8O A; 3MM8 B; 4F3Q A; 5KFV A; 2COL A; 3R5J B; 3PHE A; 5ADZ A; 3UN3 A; 1U02 A; 3NY0 A; 1TVR A; 5GMD A; 3BGR A; 2ABY A; 1N48 A; 2YWE A; 4ED1 A; 1IBL J; 3CSK A; 1TMM A; 2IJF A; 2H1Y A; 3ELH A; 3KMQ A; 5ETV A; 1H74 A; 4HHU A; 2ZBR A; 4ZCL A; 2F3J A; 4YN3 B; 3GZ7 A; 4DF4 A; 2CG4 A; 4DV7 F; 2ILZ A; 3QWU A; 3KUH A; 4RNO A; 4RX6 A; 2C3U A; 4OYZ A; 3Q8S B; 1JK9 B; 1NZA A; 4F0M A; 3DRX A; 1U48 A; 1FNM A; 4DV5 J; 3PIP Q; 2XHW A; 1HBM A; 3CED A; 4WF9 Q; 1V5V A; 5GAH I; 2KH9 A; 3KYL A; 5AXL A; 2H4W B; 2DIU A; 3AOA A; 5LMN J; 5KFE A; 2XLJ A; 1S9F A; 3VR1 A; 1VR6 A; 5C5J A; 3R8Y A; 4JI8 J; 1EKS A; 2V6A A; 3C6U A; 1OPI A; 1D9A A; 2E1A A; 4Y65 A; 3AY0 A; 3T9Z A; 2XYH B; 4DZ6 A; 3CJR A; 3PM9 A; 2EK6 A; 5J1E A; 1WOS A; 4NLX A; 4AL6 A; 2VOD A; 2JOQ A; 3LOU A; 4LSN B; 2W9A A; 3TA1 A; 2IM0 A; 5HAO A; 2UVU A; 1SC1 B; 3NOG A; 4ELU A; 4DPX A; 1NLK L; 2IC3 A; 2FB0 A; 2V34 A; 4GKJ F; 3UD3 P; 2PE8 A; 3GIM A; 2HBY B; 5M2P A; 1JXL A; 4OZJ A; 4LFA F; 4R0E A; 3NGK A; 5KFS A; 3JSM B; 3LA0 A; 2N82 B; 1MML A; 4J7C A; 3G86 A; 3ILI A; 4QWD A; 5KT4 A; 3OTO F; 1RWN B; 3TOQ A; 3VCD A; 4F36 A; 2UXC F; 1V5I B; 2MGZ A; 5J1P A; 5EWG A; 3MXH P; 5KFB A; 4RO0 A; 4DCJ B; 1D9D A; 1FK9 B; 3SCL E; 5B0B A; 4WFY A; 3T5H A; 5KFK A; 2DCU B; 3OD2 A; 4MAK A; 1VRQ C; 3SCI E; 4K4V A; 2VBY A; 1DTT A; 5IQQ A; 2N7C A; 3K5N A; 1TFY A; 3MFI A; 1CS4 B; 4LR8 A; 3Q2T C; 1LWF B; 1YKW A; 3K89 A; 4WPA A; 2WCX A; 4IQM A; 3MR3 A; 3D0I E; 4HI2 A; 4IG0 A; 3LGN A; 3I9Z A; 2Q6B A; 1RHK B; 3D28 A; 2FUG 9; 4LFB J; 3CD5 A; 2HND B; 1VBK A; 2CJA A; 5E0O A; 5KFQ A; 3MMC B; 1UZH A; 2RAQ A; 4OJ1 A; 4I6Y A; 1TKX A; 2UUB F; 5E3R A; 4DLG A; 1WEL A; 3EMT A; 1QD1 A; 2FVC A; 5A0Y B; 4ZHR B; 3MD3 A; 1PJ7 A; 1S0N A; 5CCM A; 4IR9 A; 4CLF A; 3R1H A; 2V63 A; 4UTG A; 3MAA A; 2JLF A; 3NCQ A; 2Z2Y B; 2H3E B; 4TN2 A; 1J5O A; 4CLW A; 1CQN A; 3OLA A; 1WC1 A; 2NPI A; 3DLH A; 3CCE S; 2Z56 B; 2VIH A; 2B0G A; 5I3U A; 2HGL A; 1R31 A; 3L7P A; 3G6X A; 3DYA A; 1S6Q B; 4P75 A; 1W2B R; 2N7Y A; 2W9B A; 3DLK B; 4KHP J; 2FC9 A; 4L6V 3; 1QAI A; 2WW4 A; 4F4A A; 3KJQ B; 3HHL B; 2ZUA A; 3H4D A; 1HYS B; 3QYY A; 1UCN A; 2NRE A; 1PIE A; 2VC0 A; 5CD4 H; 3LAL A; 1RAJ A; 4PAA A; 4R5P B; 3MEC A; 1HFE L; 3WC0 A; 2MQN A; 1VC0 A; 3QGH A; 4P6Q A; 1S97 A; 4DX7 A; 2OPQ B; 1NJX A; 3WHI A; 1IBM J; 2UXB F; 1FDA A; 5CD4 A; 2JWN A; 1YZ7 A; 2RSQ A; 3I9V 9; 3R7S B; 2AJ4 A; 2F9D A; 3O1L A; 2ATC B; 2E9T A; 5CCL A; 4WU2 A; 4JI0 F; 4ID5 A; 1N5Y B; 2XC9 A; 2V2Z A; 2L08 A; 3ILL A; 4IG3 A; 1FJE B; 2XY5 A; 1HW8 A; 4E98 A; 1RWU A; 1DQ8 A; 3JSY A; 1ZS6 A; 1UFK A; 4CTA B; 2KRB A; 2W2M P; 1IM6 A; 4OLP A; 3NMR A; 1CJV A; 2CFX A; 2IY5 B; 3EPI A; 2E5G A; 2YPZ A; 1JLC A; 4RUH A; 4RW8 B; 2FPH X; 5E3P A; 3MMJ A; 2B7B B; 1NDC A; 2CQD A; 1L3K A; 1LQ9 A; 1MWZ A; 3ILJ A; 1NK9 A; 3TX0 A; 3ZTP A; 4LBI A; 2DT9 A; 2QFI A; 4CO0 A; 1GK8 A; 1ZAV A; 5HLF B; 3LAN A; 3LP1 B; 2JFK A; 1O0P A; 2LEP A; 3MCO A; 2AYE A; 3JTN A; 2DR5 A; 1B64 A; 1QDU B; 3KJF B; 1BLU A; 1S1V B; 4B9M A; 1SKU B; 2HZV A; 2OO4 A; 1B4S A; 4PG6 A; 4ILR A; 4G1Q B; 3U7J A; 2R7O A; 2DO4 A; 3PV8 A; 3OSN A; 1B0V A; 3WBZ A; 1AUD A; 4DR3 F; 2VOP A; 1Q53 A; 2ERR A; 2HYI B; 2RQ4 A; 3PJX A; 1F3V A; 1FXR A; 3UNY A; 5THW A; 2LKZ A; 2B9X A; 3OR1 A; 2JHE A; 5KFL A; 1X9W A; 3RRH A; 1UVI A; 4WK3 A; 3GR1 A; 2AQ4 A; 4ZVP B; 4FN5 A; 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