The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
166
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sequence length |
442
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structure length |
442
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Chain Sequence |
AKFEDKVDLYDDRGNLVEEQVPLEALSPLRNPAIKSIVQGIKRTVAVNLEGIENALKTAKVGGPACKIMGRELDLDIVGNAESIAAAAKEMIQVTEDDDTNVELLGGGKRALVQVPSARFDVAAEYSAAPLVTATAFVQAIINEFDVSMYDANMVKAAVLGRYPQSVEYMGANIATMLDIPQKLEGPGYALRNIMVNHVVAATLKNTLQAAALSTILEQTAMFEMGDAVGAFERMHLLGLAYQGMNADNLVFDLVKANGKEGTVGSVIADLVERALEDGVIKVEKELTDYKVYGTDDLAMWNAYAAAGLMAATMVNQGAARAAQGVSSTLLYYNDLIEFETGLPSVDFGKVEGTAVGFSFFSHSIYGGGGPGIFNGNHIVTRHSKGFAIPCVAAAMALDAGTQMFSPEATSGLIKEVFSQVDEFREPLKYVVEAAAEIKNEI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insight into methyl-coenzyme M reductase chemistry using coenzyme B analogues.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
166
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| structure length |
442
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| sequence length |
442
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| chains with identical sequence |
E
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| ec nomenclature |
ec
2.8.4.1: Coenzyme-B sulfoethylthiotransferase. |
| pdb deposition date | 2010-03-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF02241 | MCR_beta | Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain |
| B | PF02783 | MCR_beta_N | Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 | Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M30 B; 5G0R B; 5A8W A; 3SQG B; 1E6Y B; 1HBN B; 3POT A; 1E6V A; 1HBM B; 3M2U A; 5A8R A; 3M32 A; 5A8K A; 3M2V B; 1HBO A; 1HBU A; 3M1V B; 5A0Y A; 1MRO A; 3M30 A; 3M2R B; 5G0R A; 3SQG A; 1E6Y A; 1HBN A; 1HBM A; 5A8W B; 1E6V B; 3M2V A; 3POT B; 3M2U B; 3M32 B; 3M1V A; 5A8K B; 5A8R B; 1HBU B; 1HBO B; 3M2R A; 5A0Y B; 1MRO B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VPX B; 4DCP B; 5KFK A; 3HVW A; 1FWL A; 2BX6 A; 4M5K A; 4DS4 A; 1TKX B; 3CSK A; 4FYX B; 3M2V A; 4M5J A; 4U8Y A; 1CBK A; 1HFE L; 1RT4 B; 3QAT A; 5KFP A; 1N34 F; 4C11 B; 3BJY A; 5B7W A; 1SL2 A; 1IQT A; 1SI9 A; 4A8K A; 4S0M A; 1YHQ S; 3IO1 A; 4RWX A; 1WHX A; 2D69 A; 2W9A A; 2CNK B; 2Y1R I; 1URN A; 3H4B A; 4G1Q B; 3U1M A; 3DLE A; 2CPJ A; 5HI7 A; 1RT5 A; 1FKO B; 1SC3 B; 5GAD I; 3MTK A; 2DGV A; 2J76 E; 2FVR A; 2OJ3 A; 2LVW A; 1FX2 A; 1WG1 A; 5THW A; 5KFU A; 4J9U E; 4FPR A; 2DGS A; 2NSB A; 3N6L A; 2C3M A; 3BGL A; 2KRB A; 1EP4 A; 3RBE A; 3N5F A; 2VQF J; 4RZR A; 4PEO A; 1A6L A; 3WQP A; 3M32 B; 2D1C A; 3WHI A; 3A8J A; 3UNG C; 5M2P A; 5JVG Q; 1RHK B; 4NLO A; 2DNO A; 4FPI A; 1SJF A; 2Y0B B; 1FEE A; 4P10 A; 4KGV B; 3G82 A; 1S12 A; 1IR2 A; 5HJY A; 3H40 A; 1V6H A; 2DNM A; 3C2P A; 3EVO A; 2OPQ B; 1Q81 T; 1SJ1 A; 5DGB A; 3AOC A; 1WTB A; 1SUQ B; 3ISN C; 4IH6 A; 4KV8 A; 3WC2 A; 3TP2 A; 2IDL A; 3NMA A; 1K44 A; 3N5B A; 5AXK A; 4I56 A; 1IN0 A; 2QL9 B; 2OTJ S; 5E33 A; 4Z37 A; 5T41 A; 4HDG A; 3C3L A; 3G6E S; 1H73 A; 3BSC A; 5J2N A; 2QT7 A; 4R5P B; 1S1T B; 4UOG A; 1R8A A; 2Q79 A; 3MMC B; 3I5A A; 3W7B A; 3PIP Q; 2F9D A; 3J7Y U; 3PW2 A; 1FHT A; 1VQ6 S; 2MPU A; 4R8U B; 1JXV A; 1YVF A; 4FVM A; 4QR0 A; 2FQQ B; 4RUH A; 3PX4 A; 2FD2 A; 1VDH A; 4M5D A; 1RWX B; 3T1Y F; 4RW6 B; 2KG1 A; 2J5A A; 3CED A; 3CO0 P; 2UUW A; 3MM7 A; 4DR7 F; 4H4M A; 2FJA B; 2DJW A; 4LT6 A; 4ZLN A; 1W7W A; 2VAS A; 2KFZ A; 4I6Y A; 3PR5 B; 1EET A; 3HSZ A; 2XCP A; 1XER A; 3PO4 A; 4P75 A; 3ADA C; 3FMW A; 2MLY A; 4A4J A; 4WTO B; 4DSI A; 2X1G A; 2U1A A; 4RW8 B; 3G4S S; 2B7C B; 2HIQ A; 3KK3 B; 1SCJ B; 1MN7 A; 5HAN A; 1VQO S; 2DNL A; 2ROG A; 4ZP7 A; 1WC0 A; 2DH8 A; 2V6A A; 4A8X A; 3KMS A; 2XLK A; 3VWS A; 1SH2 A; 2B9E A; 2GC8 A; 3KG1 A; 1IM6 A; 4J9Q A; 4KB7 A; 3FUY A; 3NBP A; 4ER8 A; 2V2K A; 2GQC A; 4AL7 A; 3VAI A; 2D41 A; 4JI2 F; 2FC8 A; 3MM8 A; 2BW7 A; 2AX1 A; 4WXW A; 4ITS A; 5C24 A; 1LNQ A; 4UOF A; 4NCG A; 5HO4 A; 3V6K A; 3ILO A; 2ADC A; 2QL7 B; 5ETN A; 1UFK A; 3D1O A; 5KT3 A; 2DRA A; 4NEY A; 3L4B C; 3MF5 A; 1LK5 A; 1W2B R; 3OFF A; 2HVD A; 5DQH A; 2IMO A; 4DV6 F; 1N0V C; 1JLA A; 3RJM B; 3GIJ A; 3Q2T C; 1KHV A; 4FF1 A; 3M30 B; 1XK8 A; 4ZVR B; 1SQF A; 3EE3 A; 2KHC A; 3MPD A; 1WHV A; 4EBD A; 1PIL A; 3GFZ A; 4NLV A; 3FBB A; 1MU2 A; 3IBC B; 3CIM A; 4P2M A; 3DLE B; 2MHN A; 5IWA F; 1RT5 B; 4ZIT A; 4ZPW R; 3I0S B; 4ID5 B; 1HL6 A; 4ZVQ B; 4LF7 F; 4YY3 J; 2EC0 A; 1C1B B; 5KFQ A; 1X4H A; 1GX5 A; 2D74 B; 1T9T A; 1B7F A; 1O6X A; 1X7V A; 3MPV A; 4XDC A; 8ATC B; 4IR9 A; 1WF1 A; 2JHE A; 4GO5 X; 3MR7 A; 4TLQ A; 4I6A A; 1OY8 A; 1S6O A; 4I68 A; 4WK1 A; 1ZZN A; 2V8V A; 1BWV A; 5IQQ A; 1N5Q A; 2QRR A; 2QSW A; 5LXR A; 1YJV A; 3HCX A; 3DOM A; 2HBY B; 2W7P A; 3PFE A; 2LKZ A; 4C3M A; 2ZE2 A; 5KFI A; 3SCI E; 4EK2 A; 3AD9 C; 1UJ4 A; 4ECY A; 3A3O B; 3WDO A; 4OIX A; 4MK7 A; 2QA2 A; 3DHX A; 4QBU A; 4DV5 F; 4KV8 B; 3CCM S; 2NCK L; 1X5O A; 3JXO A; 4OZ1 A; 1G3O A; 2R2U A; 3MEK A; 4RX6 A; 1HNI B; 2ILY A; 1N33 J; 2UUA J; 4J91 A; 4EUV A; 2XB2 D; 1YSJ A; 3AH6 A; 1CJU B; 4LFA F; 1T02 A; 1S57 A; 4P9S A; 3PTW A; 4M5G A; 4JI6 J; 2HGM A; 5CXT A; 5HP1 B; 3LPY A; 2B5J A; 3QT8 A; 2PN6 A; 4Y2K A; 2BE2 A; 1V5V A; 4YQW A; 4H4K C; 1KSP A; 1RWV B; 2CFX A; 3QMQ A; 1NU4 A; 3MUV P; 4M5D B; 2H54 B; 5D3G A; 2UV8 G; 4J9O A; 1NHV A; 1J5E J; 5D78 A; 4X62 F; 2QLW A; 4FVC A; 4H4M B; 1MN9 A; 4B9M A; 4ZCK A; 3TZW A; 3D68 A; 1HBU A; 2ZKU A; 4N8N A; 4KQZ A; 2E66 A; 1EET B; 1Q16 B; 4F4Y A; 4WP8 A; 3OBI A; 5HK4 A; 3C15 A; 1YIT S; 2MYF A; 1IBK J; 1MRO B; 2FDN A; 4X84 A; 3OL6 A; 3QPI A; 2MZJ A; 4PWD A; 3GFX A; 2QEX S; 1Y5I B; 5J2Q A; 2AGO A; 3GII A; 1DLO A; 4KSE B; 1FXR A; 2OI2 A; 3SSQ A; 2XMV A; 1RAI B; 3SXL A; 4HHH A; 3MPU B; 3J7Z 5; 2U2F A; 4EBE A; 3MM8 B; 1YI2 S; 1NDL A; 2XWY A; 5C24 B; 5L9N A; 4TU8 A; 3UD3 P; 1GTE A; 4NCG B; 1N5S A; 4DV0 F; 1FJG F; 4ZJQ A; 3DNC A; 4DFM A; 4U96 A; 3I6P A; 2XMW A; 3M2R A; 1NPP A; 2GFF A; 2QA4 S; 3DN9 A; 3OUY A; 3H98 A; 3W8G A; 2B4P A; 3D6T B; 2Y1J A; 2ASJ A; 5KG3 A; 5IM0 A; 1TUW A; 3RBX A; 3OHA A; 4MKA A; 4NML A; 4ZPV R; 5AXL A; 4A8O A; 1AA1 B; 2HFZ A; 2N82 B; 4IFV A; 3U7J A; 2VA3 A; 4RO0 A; 2A6O A; 1VRT A; 3P8B B; 1LW0 A; 2KM8 B; 2ZH1 A; 5E3C A; 2H5E A; 4UQG A; 5C7P A; 1RI7 A; 2J8A A; 2AJ4 A; 4B02 A; 4E2F B; 5CZV A; 4PG5 A; 3VQS A; 1OQ6 A; 3FBE A; 2WRM A; 4Q44 A; 4IG3 A; 4DR4 F; 2VC1 A; 3GCX P; 4YR2 A; 3CT9 A; 1O0P A; 3MOZ A; 3GV8 B; 3V4M A; 4BS2 A; 1RWU A; 4G1I A; 5KFE A; 4MIW A; 5KG6 A; 3P96 A; 2YBV A; 4AD6 A; 1JWW A; 2ZE2 B; 4HTI A; 1HNV A; 1FO1 A; 2J7U A; 1ZTW A; 4MYU A; 4GKJ J; 2ATC B; 4M5H A; 3FSX A; 2H1Y A; 2JNJ A; 2NXN A; 1Y5L B; 2BRL A; 2CPF A; 2FJX A; 1KFS A; 3BGO P; 4LF5 F; 1S4F A; 2ZC3 A; 1TQL A; 3DGP A; 1HNW F; 4PG7 A; 5A0Y B; 3HT0 A; 3NLC A; 1XBW A; 2O5D A; 1S0M A; 2XMJ A; 2V67 A; 2VU5 A; 3E01 A; 1A9N B; 1KHW A; 4P71 A; 4IRC A; 4HLB A; 3G8S A; 2YVS A; 3EX7 B; 4DEZ A; 3GFH A; 3MM5 A; 4ZPC A; 3D28 A; 2BE2 B; 3PHT A; 2AQ4 A; 1L3U A; 3L3C A; 5LSR A; 4P74 A; 4PPD A; 4Z2X A; 4K59 A; 3WIU A; 2NXU A; 1NBE B; 5D3G B; 4JYA F; 4PR6 A; 4KE5 A; 3ILJ A; 2EFO A; 1MWQ A; 1B3T A; 3TZZ A; 4ED1 A; 4DX7 A; 3MM6 A; 3D3B J; 1UCN A; 1WC3 A; 4QU6 A; 1NDC A; 3H5U A; 2HVH A; 3MM9 B; 2VDI A; 1WF0 A; 3DLK A; 2XY7 A; 4L6V 3; 3B8H A; 5G0R A; 2MXY A; 4HR2 A; 2CJY B; 5IZH A; 2Z2Z A; 3UCG A; 3S8S A; 5ITH A; 5DGA A; 1H72 C; 3D2W A; 3DOK A; 1YJ7 A; 4DUT A; 2HBZ B; 2GQ2 A; 4PWD B; 4O44 A; 3B4D A; 1F6T A; 1P8G A; 2DY1 A; 4DV7 F; 3M05 A; 2ZH7 A; 2EK6 A; 5KFL A; 1DLO B; 3J7Y I; 4DFJ A; 1IKY B; 2R7U A; 2RNE A; 4PKD B; 3HI9 A; 2HLT A; 5DG7 A; 2XSF A; 1K1Q A; 4JUZ A; 4URS A; 2GIQ A; 4NRU A; 1LK7 A; 4UF4 A; 4DF4 A; 4DPO A; 3GJT B; 1D0E A; 2AEM A; 2OFH X; 3V5R A; 4LF8 F; 4X64 F; 1I94 F; 2KO1 A; 2RF2 B; 2IVY A; 1B70 B; 3GON A; 1XN9 A; 4ED2 A; 2HQD A; 2JH3 A; 2HS4 A; 1QTM A; 5DG8 A; 2DR8 A; 3W9H A; 5ETP A; 3JAM Y; 4ECR A; 3PJ9 A; 4USW A; 2LU2 A; 1DFD A; 4ZCM A; 2W2N P; 5DZ7 A; 3I4H X; 3SZ2 A; 4CO2 A; 4HI1 A; 3KUE A; 2LEP A; 5L38 A; 5A8K B; 4X4Q A; 3CJR A; 3OL8 A; 2UXB J; 2J0S D; 4OYM A; 3QAU A; 2MQ8 A; 4TQS A; 2IPO B; 4OYO A; 2ZDP A; 1FKP B; 2HHQ A; 1BQM A; 1U09 A; 2VL1 A; 1KOH A; 5KT2 A; 3I4P A; 3QID A; 1X0F A; 3C19 A; 2XHW A; 1Y3K A; 2QZ8 A; 1N6Q A; 3L7U A; 1S49 A; 3SV4 A; 1SKW A; 3DU6 A; 1Y5N B; 2ZUA A; 2IYG A; 4IG0 A; 1C0U B; 4ED6 A; 5AJ3 J; 2M2B A; 2C3Y A; 3A8K A; 2PMZ D; 3VAG A; 5KFB A; 3PEJ A; 2PFD A; 4MH8 A; 1RU1 A; 3OTE A; 4ZPA A; 2VG7 A; 2XBP A; 2J8S A; 2QIF A; 1QUP A; 2G13 A; 2NPF A; 3BF4 A; 2XI3 A; 3DYA B; 2WK4 A; 1UA0 A; 4DUY J; 4FXV A; 1Y4Z B; 4Q2M A; 5AE2 A; 1S6P B; 2C2N A; 1HWK A; 2XYH B; 1RT7 A; 2XG8 A; 2IIH A; 1S0V A; 5H9E J; 4NLQ A; 5D4O A; 1WSV A; 3MEE A; 4PXC A; 3OV7 A; 4ANC A; 1ZA2 B; 4OI2 A; 3ZXW A; 3SSR A; 2MQL A; 3E01 B; 4B9U A; 3KLG A; 4USU A; 3HD2 A; 1WKL A; 2AF6 A; 1R6Y A; 4K0K F; 1DBD A; 1C1C B; 1UVM A; 3DLH A; 3G8T A; 1JXL A; 1B0V A; 3VZI A; 3K5M A; 3CJS A; 2VJU A; 1CS4 B; 3CD0 A; 4FF3 A; 3IRX A; 2ZOG A; 2XTJ P; 3H5X A; 1IUJ A; 4A8Q A; 3PYD A; 4DZ6 A; 2APO A; 3M4X A; 3MM6 B; 2DGU A; 1XIQ A; 4CCH A; 2R2R A; 2DPJ A; 1FXD A; 4EO8 A; 4TU9 A; 4K4U A; 5KFH A; 3PX0 A; 4ZA1 A; 2ZZM A; 4LBH A; 3UFC X; 3DLK B; 5C5J A; 1M5K C; 4WJB A; 1RBA A; 1WEL A; 2MTL A; 1J5O B; 3ISN D; 2PMH A; 2RD5 C; 1U8S A; 3KFW X; 3EJM A; 2MQO A; 3DOK B; 3QRQ A; 3DI6 A; 5J1P A; 2LXF A; 3G71 S; 5F9L A; 2PGC A; 5HLF B; 7FD1 A; 2RQM A; 3T9Z A; 2BKP A; 1PCA A; 3QSI A; 4B3O A; 4E8U A; 4CO1 A; 2X1B A; 1CPZ A; 1YLX A; 3NP5 A; 1Q8K A; 2YWH A; 4OYZ A; 4L75 A; 4DV1 J; 4RJV A; 2YKO A; 3OD2 A; 1I5O B; 3CJ4 A; 4RW4 B; 3ITH A; 1KON A; 4OYB A; 2EG1 A; 2PMW A; 4U9R A; 1TK0 A; 1JLQ B; 4ZVP B; 3BN7 A; 3A3N B; 3C46 A; 3SFG A; 2B8Q A; 4DL0 C; 3NGU A; 2WHO A; 2N4C A; 1X4C A; 4Y28 C; 1FA0 A; 1NK9 A; 1NB2 A; 1N32 F; 2D3Z A; 3PG9 A; 2ZEJ A; 2DNG A; 3MGJ A; 2CPE A; 4NCA A; 3CMQ A; 5IV3 A; 1TV6 A; 4LUB A; 2W2M P; 3CCJ S; 2MHE A; 1EQM A; 4JI0 J; 2J6S A; 1SH0 A; 4ED4 A; 2E5L F; 1FXL A; 2NSC A; 4QR1 A; 6FDR A; 2KDO A; 4ECU A; 3UDV A; 5C2G A; 2IJR A; 1RWK B; 2XI2 A; 1RAE B; 5AXM A; 4CI0 B; 2HHS A; 3J81 Y; 2HGL A; 3CD6 S; 1WI6 A; 3FKB A; 2LA6 A; 1PYO B; 1GH8 A; 2PA8 D; 4K50 A; 3NS5 A; 3RU0 A; 1X4B A; 4NYO A; 4RPF A; 3UVJ A; 2FY1 A; 4IOC Q; 4ED0 A; 2HRY A; 1N5Y B; 2FTR A; 4RL1 A; 4IG0 B; 5D0E A; 5K8M A; 3H8Y A; 3M9M B; 2MJN A; 3GMG A; 3MMA A; 1XR7 A; 1BD6 A; 2BAN B; 3O44 A; 5CYM B; 1S72 S; 2HHP A; 2VG7 B; 4C3K A; 4OZL A; 5C2C A; 3QO9 A; 2V4Q A; 3D5M A; 4CTA B; 4AQY J; 1H2V Z; 1L3T A; 2OD4 A; 1RYS A; 3TJ9 A; 4ZMM A; 1Z2Z A; 2QJ3 A; 5B0B A; 2JLE A; 1QTN B; 2BM1 A; 4B9T A; 1F5A A; 5ETQ A; 2JVR A; 4K5R A; 3PX6 A; 4CO0 A; 4NLW A; 4FS2 A; 1RBO B; 4ES2 A; 4C2M A; 3KLG B; 1R8P A; 1S1V A; 2BJE A; 2J6T A; 3CMA S; 1TKT A; 1S0N A; 3HF5 A; 3ZZO A; 3MED A; 4GO7 X; 3MEC B; 4WWS A; 2FLO A; 4HAC A; 4PWU A; 4O3O A; 2XHC A; 1OYE A; 1DHM A; 3V6D A; 3BBF A; 2J0Q D; 2F4V F; 1NK7 A; 4NAS A; 1RHJ B; 3TX8 A; 4KGK A; 3R2C J; 4NLY A; 2HHH J; 1QSL A; 2LQ8 A; 3ZZU A; 1FRJ A; 2F7V A; 4KGZ B; 5L39 A; 2C42 A; 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