The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
47
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sequence length |
173
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structure length |
173
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Chain Sequence |
NAERRLCAILAADMAGYSRLMERNETDVLNRQKLYRRELIDPAIAQAGGQIVKTTGDGMLARFDTAQAALRCALEIQQAMQQREEDTPRKERIQYRIGINIGDIVLEDGDIFGDAVNVAARLEAISEPGAICVSDIVHQITQDRVSEPFTDLGLQKVKNITRPIRVWQWVPDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Adenylate/Guanylate Cyclase/Hydrolase from Silicibacter pomeroyi
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Ruegeria pomeroyi
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| molecule keywords |
Adenylate/guanylate cyclase/hydrolase, alpha/beta fold famil
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| total genus |
47
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| structure length |
173
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| sequence length |
173
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00211 | Guanylate_cyc | Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Nucleotide cyclase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CS4 A; 3ET6 B; 4WP8 A; 1CJK B; 5IV3 A; 3C14 A; 2W01 A; 1YBT A; 4USV A; 4CLY A; 2QV6 A; 1CJT B; 4OYI A; 1Y11 A; 4CLT A; 2WZ1 A; 3MAA B; 1WC0 A; 4OZ3 A; 1U0H A; 4CM0 A; 4WP3 A; 4CLF A; 4P2F A; 3C16 A; 4USW A; 1FX4 A; 4WPA A; 3ET6 A; 4CLZ A; 1CJK A; 4OZ2 A; 3R5G A; 1CJV B; 2BW7 A; 1CJT A; 4OYP A; 2GVZ B; 4CLP A; 3MR7 A; 3C15 B; 3MAA A; 1CJU B; 1YK9 A; 1YBU A; 4OYM A; 1CUL B; 4OYW A; 4CLU A; 3G82 B; 4NI2 B; 3UVJ B; 1WC1 A; 4OYO A; 4CLW A; 2GVD B; 4WP9 A; 1FX2 A; 4P2M A; 2GVZ A; 4OYX A; 1AZS B; 1Y10 A; 5D0H A; 1WC6 A; 5D0E A; 4UST A; 1WC4 A; 4OYB A; 4CLK A; 1TL7 B; 3G82 A; 5D0R A; 4NI2 A; 1WC5 A; 3UVJ A; 1CS4 B; 2GVD A; 5D0G A; 1CJV A; 4CLL A; 3C14 B; 4P2X A; 1WC3 A; 4USU A; 4CLS A; 1AZS A; 5D15 A; 4OYZ A; 4OYA A; 3C15 A; 1CJU A; 5IV4 A; 1U0H B; 1TL7 A; 4CM2 A; 1CUL A; 3C16 B; 1AB8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G3O A; 4ILM A; 2R7O A; 1NHK L; 4E98 A; 3J81 j; 4OHY A; 4JI7 J; 2K3K A; 2W4C A; 3LGM A; 3JSB A; 3ET6 A; 2P9C A; 1U02 A; 3NS7 B; 4UOH A; 3KLH B; 2XGQ A; 1FE4 A; 4OYP A; 2FZK B; 1T9U A; 5HAT A; 4USI A; 4KH1 B; 2RF2 B; 1R8B A; 4PZV A; 2B7C B; 3OFG A; 4NLR A; 3QO9 B; 3BSO A; 1WEL A; 1C1B B; 1VFJ A; 3BBC A; 1OSD A; 2EFN A; 1S77 D; 1Y0H A; 1URR A; 3N79 A; 4A46 A; 1MW7 A; 3OR1 A; 4ZHR A; 3N6L A; 3NBP A; 2J0X A; 3R5B A; 1S6O A; 3DCA A; 4JB8 B; 4QIG A; 2CPF A; 3C15 A; 3W8G A; 4ED8 A; 5J2Q A; 3IAS 9; 1F5C A; 5J2M A; 2F4F A; 3G8T A; 2DH8 A; 3DOM B; 4ECW A; 1RT2 B; 1TK0 A; 4TLQ A; 4JI6 J; 4CLT A; 3A3P B; 5MLC V; 1YX2 A; 4ER8 A; 4CH1 A; 2R8J A; 2D41 A; 3EWG A; 3IAM 9; 2XY6 A; 2PT0 A; 1S9F A; 3BJY A; 3J80 Y; 1A6L A; 1RT3 A; 1C4A A; 3QID A; 4J9U E; 5H9F K; 4ZIV A; 1CJU B; 2FGC A; 3NGS A; 4CO5 A; 1OQ3 A; 3I5A A; 3MF5 A; 4ID5 A; 2HVD A; 4LRB A; 4NZ7 A; 1L5U A; 3SSQ A; 2XS5 A; 1GMU A; 3U7J A; 3CCU S; 3UVJ B; 2QX0 A; 3PZP A; 4ZPB A; 4FF4 A; 1KRP A; 2OEJ A; 5HP1 A; 2MZJ A; 3H2V E; 3HFV A; 3JSY A; 4QW8 A; 1JJ4 A; 3OTO F; 3QIP B; 3RRG A; 2HGM A; 4B3O A; 3M1V A; 4ALZ A; 3CB4 A; 4CO4 A; 1ELO A; 3JTN A; 2B4P A; 5DM6 Q; 2HS3 A; 4KHR A; 2FLP A; 2HZA A; 4RLE A; 1M5P C; 1MRO B; 4RWW A; 2Z30 B; 3EVO A; 1M5K C; 2W2Q P; 3C14 A; 2KTQ A; 2VQE F; 2BAB A; 1SH3 A; 4G1I A; 2M88 A; 1KQK A; 1U47 A; 5KFJ A; 2CJB A; 4JV5 J; 4K50 A; 2BQR A; 5HMY A; 2ATC B; 3GR0 A; 2HGL A; 4USK A; 2ZOG A; 4DR5 J; 3I82 A; 4X4U A; 4W90 B; 1UCN A; 2V94 A; 2E5H A; 1QJH A; 3IM8 A; 3GWC A; 4O4G B; 4B3T J; 1YK9 A; 1UVN A; 2LQ8 A; 1NLK L; 3MHY A; 4LIR A; 4N5S A; 2MQ8 A; 2MTL A; 2XLJ A; 1RT7 A; 1S1T A; 2C22 A; 2NSC A; 5KFF A; 3ILJ A; 2GQC A; 3EZU A; 3JXO A; 3V4M A; 2JSX A; 1IQZ A; 3BQ0 A; 4RNH A; 3DLL Q; 3BBB A; 4NYZ A; 1RBA A; 4WU2 A; 4Z37 A; 4WFN Q; 2DHH A; 3FEZ A; 2ZM6 J; 4DSJ A; 2OML A; 1HBN A; 4OYZ A; 1P9Y A; 5J2N B; 4RW7 B; 3FFI A; 1VIS A; 3G9C A; 4OZL A; 3QFW A; 1S99 A; 3EXY A; 1VQY A; 2V69 A; 4CT9 A; 5IV3 A; 2DNM A; 4NXM J; 2R8G A; 1N32 J; 4JI8 F; 2XMA A; 5EX3 A; 4C0O C; 2XLK A; 1RAI B; 1REG X; 4O44 B; 4ZCM A; 1JKH A; 2DEI A; 2CFX A; 4CM0 A; 5IM0 B; 1BWE A; 1Z2Z A; 1GH8 A; 3KHR A; 5IXU A; 5F41 A; 2OSQ A; 1S10 A; 4EYI B; 2VOO A; 1XER A; 1AYE A; 5ADZ A; 3EE3 A; 2FJA B; 1VQ9 S; 4ZPC A; 4DCO B; 3H40 A; 3D2W A; 2JVR A; 1FK9 B; 4ZLL A; 4B9N A; 2RQC A; 4KH0 B; 3BRE A; 1KLM A; 2QTW A; 2HAI A; 2X51 A; 2XLI A; 4CO0 A; 3TWZ A; 4KTQ A; 1WC5 A; 2ZH1 A; 3J7A N; 2IRX A; 4JI1 J; 2IFX A; 1GAO A; 4YQW A; 4EZ6 A; 4MMO A; 4LF4 F; 4O3Q A; 4FYW B; 4LFC F; 1NCL A; 1TL7 A; 2WVD A; 2B9Y A; 3JQM A; 2PE8 A; 2C2O B; 1Q8K A; 1HW8 A; 4I1T A; 1S4E A; 3W2V B; 1R6Y A; 1S0V A; 3GP9 A; 3POT A; 4I64 A; 3OV7 A; 3D9B A; 2FHK A; 4DU7 A; 1OY6 A; 2QMW A; 1GTH A; 3DMJ A; 5HI7 A; 4A8F A; 3T19 A; 1DQ9 A; 5E3Q A; 1U2F A; 4PR6 A; 1RYR A; 4HT7 A; 4F50 A; 2VPX B; 4Y2A A; 1U2C A; 3IBF B; 1VK8 A; 1TR0 A; 1P1L A; 3PYD A; 1LK5 A; 4KHP J; 1FRJ A; 4ZP6 A; 3THP A; 1R0A B; 5DM7 Q; 4GO5 X; 4OYX A; 1WC6 A; 2NRE A; 1CBK A; 2YWK A; 2CZ4 A; 4OHW A; 1YIJ S; 2UUA F; 1RA6 A; 1UA0 A; 3LGH A; 1JJ2 R; 5F3T A; 2HK3 A; 2Z2Z A; 1H7W A; 4DSK A; 4DXL A; 1FDN A; 2A3J A; 2Y8Y A; 2NXE A; 1ARO P; 3M8P B; 4B9T A; 3CSK A; 3T1Y J; 4G1Q B; 3N4W A; 4EUV A; 3FKB A; 1VQN S; 1UKU A; 5CZV A; 2VOP A; 2P9G A; 5A8W A; 2ZH7 A; 2RUG A; 1I1G A; 3H2L A; 4ZCK A; 4UOC A; 1SC4 B; 3LTO A; 3EZ5 A; 2XC9 A; 5K9F A; 3H5U A; 4LSZ B; 5IZH A; 4F4W A; 2F7V A; 1FF2 A; 3I96 A; 4OJ3 A; 1W2B R; 3HVT B; 2HGN A; 3C66 A; 3IR5 B; 1UET A; 1RT5 B; 3M2U B; 1VQS A; 3GV8 B; 4IOA Q; 4DR7 F; 3BN4 A; 1N36 F; 4WXO A; 1MWY A; 2OMO A; 2BJ3 A; 1FRL A; 4Y0F A; 2LA6 A; 1P8G A; 2GHW A; 3G87 A; 4CTA B; 4AL5 A; 2XWX A; 2HQC A; 2FJD B; 3DHW C; 2OJ3 A; 4Q0B B; 4KBI A; 1FFS B; 2Q3P A; 1C0U B; 1HBM B; 3HHE A; 2ZWO A; 2Y1R I; 2PGC A; 4PKD B; 3IS9 A; 2F9J A; 4GVL A; 3TVK A; 1H98 A; 3RGI A; 2CPE A; 2IHR 1; 2VB6 A; 2WON A; 4NLU A; 3Q8Y A; 2IRU A; 3ET6 B; 4RW6 A; 1EJ7 L; 4OJ1 A; 4WZM A; 3X1L B; 1RBL A; 1UFW A; 1M90 T; 4DV2 F; 1Q8I A; 3PM9 A; 2VFR A; 4JI2 F; 4PYA A; 1XMO F; 5ETV A; 4MKV A; 1HYS A; 1ZM9 A; 5KFW A; 3AT1 B; 3QFH A; 4Q7A A; 1O8B A; 1HNI A; 4UUX A; 2O5D A; 4HT5 A; 4BS2 A; 1PG5 B; 3G96 A; 1UTA A; 2XCP A; 1M0S A; 1YLX A; 5B0F A; 1BGX T; 1EET A; 2IBK A; 1T9T A; 4DR3 J; 3JTO A; 3OR1 B; 3RUB L; 4DBQ A; 4ZHR B; 4MK9 A; 3NBP B; 2GIF A; 4KSE B; 4F2S A; 3K0J A; 2F65 A; 4FXV A; 3VAL A; 3VV2 B; 1ZA1 B; 4OYB A; 2H5J B; 5J2Q B; 4ZVE A; 3HKW A; 2VPY B; 1GX5 A; 4FKY A; 2PFD A; 2KYZ A; 2WSF C; 2XEX A; 1NK5 A; 4CLS A; 3NS5 A; 3DRY A; 2HHH J; 2KM8 C; 5EN1 A; 1UFL A; 2NR0 A; 3O2I A; 1UVI A; 3MEK A; 1MMN A; 3GIM A; 2RU3 A; 5C42 A; 2HRU A; 4Z7Y A; 2KFN A; 1S6Q A; 3BGO P; 2QYG A; 3KNG A; 2BAN A; 1Q0N A; 1RT3 B; 4M5H A; 2OTL S; 4C6A A; 1FE0 A; 1VQ6 S; 2KU7 A; 3T9N A; 1WI6 A; 4F0M A; 4IO1 A; 2F1F A; 3UR3 C; 4ID5 B; 4RBU A; 4WPA A; 4Y34 A; 2MY7 A; 2YKN A; 1BC6 A; 1RHU B; 3M30 A; 2YTC A; 4MKB A; 5D4O A; 5JUM A; 4PRF A; 4IG0 B; 3BSA A; 3IG1 B; 3OLB A; 3UWT A; 5HP1 B; 5ETN A; 4KV8 A; 2QLB B; 2ZH3 A; 4C7Q A; 4IH6 A; 3FQL A; 4L3K A; 4C3M A; 2OFG X; 1SKU B; 3NGR A; 4YN3 B; 1VIO A; 3KLG A; 4B3O B; 1OWX A; 5D4L A; 3M1V B; 4A8W A; 2GO8 A; 2WCX A; 4YB5 A; 4QW9 A; 2JOQ A; 3LWM A; 1KHW A; 4DZD A; 3KJF B; 4RNF A; 1YHQ S; 2GJ2 A; 1H38 A; 5IT0 A; 3C14 B; 1CPZ A; 2KXF A; 3J81 U; 2LYV A; 2QC3 A; 4LF6 J; 4FP9 A; 4F67 A; 3DLH A; 4PCQ A; 1N5Y A; 1TL3 A; 1PJ6 A; 2VFT A; 2L48 A; 2KRB A; 3QQC D; 3F44 A; 1HBU B; 1T8E A; 5CH7 B; 1KHV A; 1N6Q A; 3HKZ D; 2X1B A; 3I31 A; 4N8O A; 1RT7 B; 1LFP A; 1S1T B; 4XK8 C; 3PW0 A; 5C2C A; 1F3F A; 4C98 A; 3BDE A; 2RRB A; 2KZM A; 2LQ5 A; 5BR8 J; 2EFQ A; 1B70 B; 4PWU A; 4UTG A; 1SVD A; 2YX1 A; 2QL9 B; 1XMB A; 3GON A; 3GFY A; 2P8I A; 2FJB B; 4U8Y A; 1HBN B; 1PYO B; 5L46 A; 2EXU A; 3EPG A; 2XQC A; 1OSC A; 3FFI B; 3EVW A; 4PQU A; 4HH0 A; 2EPI A; 2B8P A; 4BC7 A; 3HHL A; 3IA0 A; 2HFU A; 3HFZ B; 4KGV B; 2VUG A; 1V3Z A; 3FSI A; 4F4Z A; 2C3P A; 5L1L A; 3VCD A; 2H3E B; 4ED2 A; 4Q2M A; 2VON A; 3RBX A; 3G71 S; 3S6E A; 5L39 A; 4DSL A; 1HMV A; 4FXW A; 5ETP A; 4CH7 A; 4WFX A; 4DU8 A; 3MUM P; 2IBO A; 4CO3 A; 4CDI A; 2KT3 A; 3MEG A; 1H0H B; 4NZ6 A; 5GAD I; 3R7B B; 4CQ1 A; 2QIF A; 3FZB A; 1KLM B; 4HYK A; 2PDA A; 4X4P A; 3HUL A; 1NZ8 A; 3VGT A; 1WHY A; 4F02 A; 3MFH A; 3W64 A; 4QWC A; 1H2U X; 3HT3 A; 5L9X A; 2YWG A; 3BDP A; 2NZC A; 3SV4 A; 5JJB A; 3LO3 A; 3I5B A; 1WC4 A; 3Q2T C; 1XR6 A; 4C8M A; 1TL7 B; 7AT1 B; 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3TVY A; 3UD5 A; 3P5B P; 2BE9 B; 3QWU A; 3Q2S C; 1BWV A; 5D6G A; 1UEK A; 3DKD A; 2MQO A; 3KG0 A; 3Q86 A; 1F9E B; 2WON B; 1JNR B; 2E66 A; 3GB0 A; 4RW6 B; 4DUT A; 4IFV A; 4DL6 A; 2ZOM A; 3HD2 A; 3BEG B; 1HNZ F; 2EFP A; 4LUB A; 2VG6 A; 4HAC A; 1M5H A; 1XWL A; 4ZN3 A; 2KL8 A; 4P71 A; 4B3R F; 2C2N A; 3HSZ A; 4MK8 A; 4OX9 J; 1O5J A; 1HYS B; 3U27 A; 1HNI B; 2E1M C; 2XYG B; 1I94 F; 5D4N A; 2IVM A; 4B08 A; 3DRR A; 2WBR A; 2G2Y A; 5THW A; 2MHE A; 1NJZ A; 1L3T A; 1FJ7 A; 1PYS B; 1JLG A; 4DV7 F; 4FS2 A; 3GYG A; 1EET B; 5E3P A; 1RWU A; 1CJV B; 2CQG A; 2AJF E; 3TW0 A; 3M6W A; 4ZVO B; 1HBO A; 2DYA A; 2KXN B; 2RU9 A; 3H0P A; 3IMQ J; 3R8Y A; 2UXB F; 2VFU A; 1EIY B; 3PG9 A; 3NCP A; 5F8M A; 3OTO J; 1VBZ A; 3B4D A; 3M2R A; 2ROP A; 2YQ3 A; 2BRL A; 1M5V C; 1JWW A; 2A0F B; 4CLK A; 2A6M A; 5C42 B; 2VAS A; 4DV1 F; 2NS1 B; 1S6Q B; 1VBK A; 3FEX B; 1QAY A; 4OI6 A; 4M95 A; 2BAN B; 4J9L A; 2FJE B; 2H54 B; 2UVV A; 4U6P A; 3S8S A; 2RIL A; 2VQE J; 2EVZ A; 5T7L A; 2DNP A; 2W7P A; 1VDH A; 1BHN A; 1MSW D; 2QSW A; 1FWL A; 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