The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
GSHMEAVQNRIVEAAERVPGVRGVIHLRARYVGQDIWADMIIGVDPENTREQAHEICEAVQAAVCGKIRRIESLHVSAEAR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Bacterial Magnetosome Biomineralization - A Novel Platform to Study Molecular Mechanisms of Human CDF-Related Type-II Diabetes
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Magnetosome protein MamM
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| molecule tags |
Metal transport
|
| source organism |
Magnetospirillum gryphiswaldense
|
| total genus |
26
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| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Cation efflux protein, cytoplasmic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H90 A; 3W8G A; 2ZZT A; 3W62 A; 3W65 A; 3W5Z A; 2QFI A; 3W64 A; 3W66 A; 3W60 A; 5HSP A; 3W5X A; 3W8P A; 3BYP A; 3W63 A; 3W5Y A; 3W61 A; 3BYR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MCN A; 4A8W A; 4NLU A; 1N56 A; 2HQD A; 4O44 B; 1P27 B; 4HL9 A; 3R3T A; 1AW0 A; 3EPG A; 1NRK A; 2VOP A; 3ZZO A; 1VQ7 S; 2HNZ A; 4YR3 A; 4Z37 A; 1EHW A; 1IKW A; 5CYM B; 4RW9 B; 2R2R A; 2VFV A; 4U7U K; 2OPR A; 1T02 A; 5KG7 A; 3MM5 B; 4AXI A; 3M8P A; 3EUN A; 5K8N A; 1JMT A; 2VBW A; 2C2M B; 4RW4 A; 3R2C J; 3RG6 A; 2ZOM A; 2F7V A; 3OXG A; 5IZH A; 1UWB B; 2DH8 A; 4KTQ A; 2CJK A; 1Q8I A; 3TEH B; 5FDL A; 4CT9 A; 1HNX J; 1U6B A; 2BAB A; 1BE4 A; 4DSI A; 2KRR A; 3BH7 B; 5FJ4 A; 2JLF A; 2B7C B; 3VGV A; 4EZ6 A; 1IM4 A; 3DHW C; 2WON B; 3DOM B; 2AJ1 A; 2ZH1 A; 2AP6 A; 2GQC A; 5E2Q A; 3L7O A; 1NHU A; 1FK9 A; 2HGN A; 3BS9 A; 3SZ2 A; 4F2S A; 2YWH A; 3R1H A; 2PFF B; 2OFG X; 2MJN A; 5EHH A; 1WD6 A; 2R2T A; 3G6V A; 4CTA B; 3F41 A; 1S0O A; 3ETO A; 1SV5 A; 5KFW A; 4RU9 A; 5HQ8 A; 4B9N A; 3NEK A; 3SDE B; 2IY5 B; 5DG9 A; 4ZCL A; 2P2C B; 3MEE A; 4WP9 A; 1YGY A; 2H5J B; 3CD5 A; 2C2N A; 5I3U B; 2FJB B; 1BD6 A; 3FBB A; 3ELH A; 1B64 A; 2B7B B; 2J5A A; 2X1G A; 4B9T A; 2Z2M A; 1Y7P A; 5CQG A; 4Y2K A; 2RQC A; 4HI2 A; 1HW8 A; 3ICL A; 2GJI A; 5IV3 A; 4LBI A; 1RAD B; 3K57 A; 4PKD B; 3MEC B; 4X66 J; 4E98 A; 3TWZ A; 1T05 B; 3SFU A; 4B3T F; 4O3R A; 3ET6 A; 4RW7 B; 4U7U D; 1HD0 A; 4ZLP A; 3M30 A; 1T95 A; 2WOM B; 3BGL A; 4OJ3 A; 1TFW A; 4ZJO A; 1HBO A; 1WOO A; 1TAQ A; 5L1K A; 2I5J A; 2V2V A; 1S57 A; 3S01 A; 4MFB A; 2CNO B; 1IBM F; 3KNG A; 3GIL A; 4IRK A; 4Y2I A; 3BR9 A; 4LJM A; 3D6T B; 4QIF A; 4KH0 B; 4GRS A; 2MZJ A; 1CC7 A; 3C66 A; 3NNC A; 1JNR B; 3V6K A; 1L3K A; 1O51 A; 1LXJ A; 1KLM A; 2XQC A; 4O3O A; 2VL1 A; 4OI3 A; 4K5R A; 5EDW A; 2KYZ A; 3CB4 A; 4LT6 A; 3RTV A; 2N3L A; 3TVZ A; 2JEI A; 3RR7 A; 2GIQ A; 2SXL A; 4ANC A; 1H3D A; 1MSW D; 4MKA A; 1TL7 A; 2OD6 A; 3ILO A; 3GCW P; 2HW3 A; 4MIW A; 5A8W B; 3BDP A; 4UZC A; 2DPJ A; 4C0B A; 4CT8 A; 2VG7 A; 1WTB A; 5LXR A; 3W9I A; 1N8R T; 4LF5 J; 1LWE A; 2F8H A; 3R5G A; 1UEU A; 1HAR A; 4WWS A; 1X5P A; 2R7X A; 1URN A; 3ZNJ 1; 3BKT A; 4DV2 F; 4A8K A; 2PGC A; 4NLD A; 4U8Y A; 4DUT A; 4HR2 A; 3TX8 A; 5KFK A; 3OTB A; 3HFV A; 3L4B C; 3DOK B; 4ES2 A; 3DCA A; 1WOR A; 3MPY A; 4USI A; 2FHO B; 4Y2A A; 4L76 A; 2Y1I A; 3QAE A; 2G1H A; 2BE2 A; 3M1V B; 2Q3P A; 3CCS S; 1RTJ A; 2RNE A; 2FJE B; 4NLS A; 4Y3C A; 4RO0 A; 4A8S A; 5F8L A; 1N34 J; 4CLS A; 1HR0 J; 1FVQ A; 1FKP B; 4ZP6 A; 5A76 A; 3AOB A; 2Y1R I; 2J0W A; 2GVD B; 4LRB A; 5DDR C; 1TK8 A; 2HHT A; 4TY9 A; 4F4W A; 1SL0 A; 1KHW A; 2AW0 A; 4DL4 A; 1UVK A; 4JI5 J; 4YR0 A; 4I7F A; 2PI5 A; 5T41 A; 1LWC B; 1RIS A; 3QNW B; 1HL6 A; 1R8B A; 4Q0B B; 4C8N A; 5DG7 A; 3R97 A; 4EYH B; 4P73 A; 2GA7 A; 3N0V A; 3R6L B; 5LT5 A; 5KOX A; 5F3T A; 3N6L A; 1DJ0 A; 3VAJ A; 1RSC A; 2EVZ A; 1OPZ A; 3KYL A; 1H72 C; 1RHQ B; 4ZKA A; 3TOQ A; 3HHL D; 1I6J A; 5EWG A; 4G6V B; 2MQL A; 2YBV A; 1TL3 B; 1JJ4 A; 1PYT A; 3CIZ A; 2PA8 D; 1IR0 A; 4AFF A; 3MM8 A; 4FBT A; 1T7P A; 1UA1 A; 3HCX A; 4KGV B; 2ZH2 A; 4CH0 S; 1IBC B; 4ED4 A; 3QID A; 4FKX A; 2M5Y A; 4MIB A; 4B17 A; 2AJ4 A; 4HT5 A; 1N52 B; 4AXJ A; 3BO4 A; 2W1B A; 4QJV A; 4BDP A; 5DZ6 A; 3OL6 A; 1U1O A; 4DV1 J; 1PAU B; 2XS7 A; 2ZC3 A; 2CZV C; 1TKT B; 4DLE A; 4URQ U; 2FHJ D; 2O66 A; 5THW A; 3H25 A; 2DXE A; 5AXM A; 1KQK A; 1Q82 T; 4K4V A; 5C42 B; 3KHL A; 3A4T A; 5L46 A; 1TP7 A; 1KBR A; 1RT7 A; 2AZ3 A; 1W26 A; 3KOA A; 5K5M A; 1QUV A; 5JXS A; 4DR4 J; 1RWW B; 3HHD A; 1RWU A; 4LVN P; 4J7C A; 3BYP A; 4USK A; 3FK4 A; 2DT9 A; 1KNZ A; 4OHX A; 3CIM A; 2D3O R; 3MM6 A; 1HYS A; 3AAW B; 1S0V A; 2OEJ A; 3NY0 A; 1ZET A; 1UVI A; 1UFW A; 1PBU A; 2XHW A; 4JI2 J; 1VFJ A; 2KU7 A; 2ZBR A; 1D1U A; 2J6U A; 3MEK A; 5CAB A; 4X64 F; 1R8H A; 3KXD A; 1MMD A; 2KH9 A; 1MN9 A; 1W2I A; 2XWX A; 1BQN B; 2VQE F; 4CH7 A; 4WE1 B; 3AB4 B; 2R7W A; 2UUA J; 4OI1 A; 3IBW A; 1KSP A; 1S6Q B; 3SQG B; 2DCU B; 3UVJ A; 1SJ3 P; 2YWF A; 1YJW S; 4LQ9 A; 1UA0 A; 3D9B A; 3O6Q A; 1WC1 A; 3PRD A; 3GPA A; 2W2N P; 2GHW A; 1LQ9 A; 1K44 A; 2ZOF A; 2HNY A; 1AZS A; 1L3V A; 5EN1 A; 4IR9 A; 4UOG A; 3ZZY A; 3G71 S; 5AJ3 J; 3E01 B; 4LRD A; 3KJV A; 2KL8 A; 1HFE L; 2MKH A; 1YDL A; 4NZ0 A; 4N77 A; 2H4W B; 3POT B; 3BQ1 A; 2AYG A; 5A2Q U; 4X2B A; 2O1P A; 1X7V A; 1FRL A; 1WG1 A; 3RRG A; 3JTN A; 4ECW A; 2HS0 A; 2AX0 A; 4KO0 A; 1LEO A; 2VIH A; 1R0C B; 2K7K A; 3OXL A; 5HL7 Q; 4DLG A; 1ZTW A; 5D4L A; 3E8O A; 5D8H B; 3JQM A; 2J9D A; 3AFG A; 4P75 A; 2CNN B; 2C2O B; 1JQG A; 2WHO A; 2MMY A; 5A2Q Y; 2CG8 A; 1S97 A; 2B4P A; 4OFZ A; 5MLC V; 4EBD A; 3ISN D; 3DGP A; 3TZX A; 3W2W B; 2NPF A; 2KN4 A; 4C3L A; 4X4Q A; 2R7U A; 3DLE A; 5GAG U; 1IVZ A; 2JX2 A; 2W9C B; 2B56 A; 3A1Y G; 3A8E A; 4X62 J; 3OVS A; 3DMJ A; 1F9E B; 1IBK F; 3PIP Q; 1VK8 A; 3MFI A; 2PMH A; 1YI2 S; 2YY3 A; 4ICL B; 3CPW R; 4ECZ A; 2DH9 A; 3JB9 k; 3C46 A; 1C1C B; 3FNN A; 5B0B A; 4IG3 A; 4OX6 A; 4OJH A; 2JLE A; 4OX9 J; 3TA2 A; 2MKK A; 3DLJ A; 2UUC F; 1NKE A; 2QRR A; 1Q7Y T; 4AND A; 2L9N A; 2V4Q A; 4ZVU B; 1VQO S; 4ECT A; 2IM3 A; 2FD2 A; 4HDH A; 2C1E B; 5T14 A; 4K7Q A; 5CAA A; 4TQS A; 1LK7 A; 4AL5 A; 2EBE A; 1N5S A; 1W2B R; 2XGP A; 1YRX A; 5J2P B; 3HHN B; 2ZJR Q; 4OMF G; 3RB3 A; 4DV7 J; 3MOZ A; 1HHQ A; 3M2U B; 3UPF A; 3T5L A; 3TJ9 A; 5J2N A; 4ILM A; 4XPC A; 2BX6 A; 4ZPT R; 1FCA A; 2MQN A; 2IA6 A; 4CNZ A; 4IOA Q; 3FVY A; 3DC2 A; 5F8J A; 3CED A; 1VQN S; 4KKO B; 3H2V E; 1IWG A; 5F8N A; 5CYQ B; 2ZM6 J; 2RQM A; 2HHU A; 2HQC A; 1RT2 B; 4NXN J; 2MSS A; 1NDK A; 2ZH9 A; 2L41 A; 5K20 B; 2CQG A; 2HKE A; 4H4K C; 3D1H A; 1VCT A; 3SQO P; 3OTO F; 3D54 A; 3UR3 C; 1SJ1 A; 1C0U A; 4JI7 F; 4FYW B; 1IKY A; 1HMV A; 1U25 A; 1YJV A; 2QA1 A; 5IS2 A; 2EC2 A; 1GXT A; 4DJB A; 1RA7 A; 2E66 A; 5L8R C; 3C6T A; 3PHE A; 3H5S A; 4KGX B; 2UUT A; 4I2Q A; 4O3N A; 2X3D A; 2LCW A; 4ZHR B; 2QO3 A; 3JTO A; 2Z30 B; 5C25 A; 1FA0 A; 2QFI A; 1NSP A; 2UP1 A; 3B54 A; 4NLX A; 1WC4 A; 2HGL A; 3FC9 A; 3MMJ A; 1IKV A; 4DPT A; 4YDX A; 4C3M A; 3VHQ A; 3OLA A; 4OHZ A; 3TAP A; 4WII A; 2EBG A; 1K0V A; 2XMJ A; 4WPA A; 5IT0 A; 4NMX A; 3KLI B; 3PYF A; 3QWP A; 1LFW A; 2I38 A; 4DSF A; 2GO8 A; 1LXN A; 3RAX A; 3T9N A; 1KRP A; 1X4G A; 2WZ1 A; 1F6T A; 3EPI A; 4WFN Q; 4FS2 A; 1VHF A; 3V5R A; 3PFE A; 4NA3 A; 2ZD1 B; 1UZH A; 1X4E A; 5M2P A; 4EBE A; 2R7T A; 1KHV A; 1RUS A; 1ZAW A; 1BQX A; 3D1O A; 3KLV A; 4JOU A; 3TZW A; 4YHH J; 4MKB A; 1MWQ A; 3P5T L; 5KT3 A; 4OLP A; 2E5G A; 1P9Y A; 1F0X A; 4ERD A; 2LQ5 A; 1D0E A; 3ILL A; 3GWC A; 5J1E A; 1UP1 A; 2CDR B; 1DRZ A; 1FXL A; 2ASY A; 3CJ2 A; 1VK3 A; 2Y8W A; 2DR9 A; 2BKP A; 3GJQ B; 4JI0 F; 1HNV A; 3Q8Q B; 1GTE A; 4DXL A; 3Q23 A; 3Q83 A; 4K4W A; 2NUU G; 2YNH B; 3WZ0 A; 2UUB F; 4JI8 J; 5KFD A; 1RWK B; 4XDD A; 2RB7 A; 1WC3 A; 3M8W A; 5ETL A; 4QW9 A; 3UD3 P; 2CQD A; 5LL6 d; 1JJC B; 1CJU B; 1KP6 A; 3K7R A; 2WBM A; 1DTQ A; 5LM7 E; 3W2V B; 2PDA A; 3K58 A; 3BB5 A; 4CLW A; 2CQI A; 4JBC A; 3V4M A; 2LXF A; 2V2Z A; 5DQH A; 2I9S A; 1S79 A; 3M8Z A; 1FD2 A; 3Q8P B; 1S9E A; 3M9O B; 2IAJ A; 2CPI A; 4WFZ A; 4J9R A; 3AHP A; 1RAJ A; 2DD8 S; 5D6G A; 3GR1 A; 2AYE A; 1SJ4 P; 1FJG J; 3MPD A; 3LP0 A; 4OI2 A; 4ZK7 M; 2FHJ A; 2ATL A; 2RDJ A; 3TAM A; 3BO2 A; 3Q8R B; 2LDI A; 4TU7 A; 3CCJ S; 3LGM A; 1MWZ A; 4DUZ J; 3AJ1 A; 1RHR B; 4DN9 A; 2AGO A; 3DRR B; 2V2Q A; 4JI4 J; 3K0J A; 3K8W A; 4PWW A; 3HVA A; 3M4X A; 2G0C A; 2OPP A; 2XZW A; 3OFH A; 3C16 A; 3PJW A; 5EWE A; 1RB0 A; 1ZA1 B; 4LFC J; 1QSY A; 3LW5 C; 5B0D A; 4PPZ A; 4NPO A; 3VV2 B; 1TKZ A; 3T5K A; 3MMB A; 1RLC L; 4OJ1 A; 4DZD A; 1JLB B; 2VHG A; 4I6Y A; 2R8K A; 3GV8 B; 1RAF B; 3AD9 C; 3W8G A; 2B8P A; 4DSK A; 5KFX A; 1QE1 B; 3UE2 A; 4B3O A; 1GXU A; 3PKM A; 4Y65 A; 2KT5 A; 4DV6 J; 1C1B A; 3FMW A; 4PG6 A; 1T0T V; 1VLY A; 4DUY F; 4LF2 A; 2G2Y A; 1HLW A; 2CPY A; 2CYY A; 2DRA A; 4Z2X A; 3DLH A; 2FC9 A; 5BXI A; 2BA9 A; 1SXL A; 4I64 A; 4RPF A; 4DX7 A; 1YZ6 A; 1RT1 A; 2V68 A; 1W7W A; 1U26 A; 3GSD A; 3MM9 B; 3BKU A; 4AQY J; 1E6V A; 4PQA A; 1I5O B; 4OYP A; 3GIK A; 2IBO A; 4C0O C; 3MOJ B; 3W61 A; 5J2M A; 3AJD A; 4XO0 A; 1UW4 A; 2HNZ B; 1UEV A; 2X1B A; 2J6S A; 1J5E F; 4URS A; 3RGI A; 4J9L A; 1IKW B; 4RBV A; 2MQO A; 3L3C A; 2A2D A; 2OPR B; 4DV5 J; 1XR5 A; 1PIL A; 3M8P B; 1KQS R; 1WKL A; 2Y3Y A; 1JLE A; 3H98 A; 4RW4 B; 2OSR A; 1QJH A; 1YJR A; 3D3C J; 3FBF A; 3ADA C; 2W7A A; 2IM0 A; 2E9Z A; 5FDL B; 5AXK A; 2PMZ D; 4LSN A; 2FJX A; 3KHG A; 2KTQ A; 4ZA1 A; 2L9W A; 3C15 A; 4BWJ A; 1RKJ A; 1NCL A; 2HVE A; 3TA0 A; 3HVT A; 4QWB A; 5KFZ A; 1Q8L A; 2QIF A; 2ROP A; 2O3D A; 4LFB F; 1D9F A; 4CLL A; 1V3S A; 2DGQ A; 3PTW A; 5DET A; 2AYB A; 4ELU A; 1FK9 B; 1RI7 A; 4V1A k; 4AT1 B; 4ECQ A; 4M1K A; 2DIS A; 1H74 A; 1HWU A; 1FJE B; 3H5U A; 1K73 T; 4PXD A; 1T8E A; 2NPI A; 1FI4 A; 4Y0F A; 3JYT A; 2V0N A; 1SV5 B; 1S6U A; 4FP9 A; 2B4O A; 2CPX A; 2LEA A; 3MEE B; 1NUE A; 1KVK A; 4ZVS B; 5GAE U; 2GQ2 A; 1PKU A; 1SJF A; 2XLK A; 1ZYQ A; 2QEX S; 4ZVO B; 1WOS A; 2BUN A; 2VPY B; 2R2S A; 1HWK A; 1FX2 A; 2XS2 A; 5KG3 A; 1UVN A; 3FQL A; 3DU5 A; 2RAQ A; 3ET6 B; 1YK9 A; 3M30 B; 5ETT A; 1G2E A; 3NKY A; 2YXL A; 2EXU A; 1HBO B; 1F60 B; 5HO4 A; 3CDB A; 1EQM A; 1WHY A; 3QSI A; 3GYG A; 2DHA A; 2I5J B; 3QZ8 A; 3DXS X; 5M2R A; 3N5B A; 4MFB B; 1XNQ J; 1IQT A; 2QSF A; 4DG1 A; 1EET A; 4U6P A; 1RWO B; 2G4B A; 4X4T A; 2N82 B; 1RAB B; 1WG5 A; 3CCZ A; 3QSY B; 2RQ4 A; 2DXF A; 2WW4 A; 5HSP A; 2JVO A; 3KUH A; 4HLB A; 4TY8 A; 1KLM B; 5H9F J; 4ZS6 A; 3H5Y A; 3DOL A; 2BAN A; 4DV3 F; 2RHS B; 2MQQ A; 3D6H B; 2F5G A; 3NCR A; 1JLG A; 4UTG A; 1TL1 A; 2BQU A; 2V69 A; 3NS5 A; 2VUG A; 4ALZ A; 2J0X A; 2RS2 A; 4KHM A; 1OYD A; 1ZM2 A; 2YKQ A; 3GE9 A; 5E3Q A; 4RR5 A; 4DR3 F; 3PR4 A; 1TL7 B; 1X8D A; 4JI6 F; 1FKA F; 2Y8Y A; 3HP6 A; 4B3M J; 1CS4 A; 1FRJ A; 3PY8 A; 3T9Z A; 2ZDO A; 3MHY A; 2XM3 A; 2CAJ A; 3OQ2 A; 1H73 A; 4UZB A; 2VG7 B; 3LA0 A; 2VC0 A; 2XMW A; 4OYZ A; 1CJV A; 1LWE B; 2A2C A; 2XNR A; 3CXC R; 4DPO A; 1EKR A; 2V4J A; 1WNE A; 1YBT A; 2OJ3 A; 4NEY A; 3R5C A; 2OAU A; 4DR2 F; 3LAN A; 4ECU A; 5D0E A; 3DLG A; 3M8R A; 4PUO A; 4CLK A; 1VQL S; 3M8Q A; 3GCX P; 2V4R A; 1PG5 B; 4QIE A; 5DZ7 A; 1CUL A; 2RSQ A; 3FQK A; 1VBK A; 2BE2 B; 1RTJ B; 2YNF A; 3UDL A; 4MH8 A; 1U24 A; 2NRE A; 2GCF A; 2DVI A; 2W7P A; 5KG1 A; 4F8R A; 5KFC A; 3UNG C; 1ZTT A; 3DRP A; 5KG2 A; 4G1P A; 2QSW A; 3OTE A; 4LFA J; 3NMR A; 3K5O A; 4DFJ A; 4DPY A; 4GKK F; 1NK5 A; 1YJN S; 4QIG A; 2VQF F; 3IR5 B; 3H0P A; 3OTC A; 4TKT A; 3G4S S; 2UU9 J; 3DDK A; 2HND A; 2GHP A; 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