The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
93
|
structure length |
93
|
Chain Sequence |
KIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| molecule keywords |
Caspase-3
|
| publication title |
Structural basis for executioner caspase recognition of P5 position in substrates.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
20
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| structure length |
93
|
| sequence length |
93
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2008-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GFW B; 4DCP B; 2H4W B; 4ZVP B; 3GJR B; 2XZD B; 3GJQ B; 4DCO B; 1BMQ B; 1RWW B; 2XYH B; 2CNL B; 3R7S B; 2QLB B; 2QLF B; 4ZVT B; 3RJM B; 2CJY B; 3D6H B; 3GJT B; 1I3O B; 1SC1 B; 3D6M B; 2Y0B B; 1SC3 B; 4ZVS B; 2H51 B; 2HBQ B; 1QTN B; 3P45 B; 4ZVR B; 1RE1 B; 1RWO B; 1RWM B; 5IC4 B; 4ZVQ B; 4ZVU B; 4DCJ B; 2FQQ B; 2CNO B; 1RHQ B; 3P4U B; 2DKO B; 2XZT B; 2Y1L B; 1RWP B; 2C2M B; 1RWN B; 3QNW B; 2HBY B; 2CNN B; 2QL9 B; 3KJF B; 3IBC B; 4LSZ B; 2H5J B; 2H5I B; 3R6L B; 1RHR B; 2CNK B; 1I51 B; 1PAU B; 3R5J B; 2C2Z B; 1RWX B; 2QLJ B; 2XYP B; 3R7B B; 1ICE B; 1F9E B; 1RHK B; 2C2O B; 4JB8 B; 3KJN B; 3KJQ B; 4ZVO B; 3NS7 B; 2CJX B; 2HBR B; 1RHJ B; 2H54 B; 2P2C B; 3D6F B; 2H4Y B; 2CDR B; 1PYO B; 2QL5 B; 3GJS B; 1RWK B; 5K20 B; 2H65 B; 5IC6 B; 2XYG B; 3EDQ B; 1NME B; 1RWV B; 1RHU B; 1IBC B; 1RHM B; 3EDR B; 3IBF B; 3R6G B; 2H48 B; 2HBZ B; 3R7N B; 2C2K B; 2QL7 B; 1SC4 B; 3SIP B; 1QDU B; 2C1E B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PYS B; 2W9A A; 3PEJ A; 3FZB A; 4ANC A; 3DM2 B; 1NUE A; 3M8Q B; 2JH3 A; 3F41 A; 3U1N A; 2CWX A; 5FLX Y; 3IM9 A; 4EZ9 A; 2GHV C; 1WF1 A; 2ZUG A; 5GME A; 3BSN A; 2OP5 A; 1DTQ A; 4PWU A; 1NK7 A; 1R31 A; 1S7I A; 3NGU A; 4DR5 J; 3LPY A; 2E9R X; 1FDA A; 3HFV A; 3EMT A; 1DAX A; 1UAW A; 3RTV A; 2R7R A; 3K2Y A; 3IS9 B; 3RR7 A; 5ITH A; 3BN4 A; 2ABY A; 3IG1 B; 3FK4 A; 3DNC A; 2PO4 A; 4ZVG A; 2W01 A; 2BAN B; 4PXC A; 1SKS A; 2G1D A; 4JI1 F; 2OPP B; 4G3I A; 3IAS 9; 5B7W A; 3QMQ A; 4ENO A; 5EGY A; 3Q8P B; 5SUH A; 4O44 B; 2QYC A; 5IT0 A; 4U9R A; 2BKN A; 1O51 A; 4ZVO B; 1UWA A; 3L7O A; 5KG2 A; 1Y5I B; 3B4D A; 3OUY B; 2L9N A; 4RNH A; 1B99 A; 4OIX A; 5GAH U; 2M3D A; 1CJV A; 1NDP A; 4F4Z A; 1RWV B; 1A6L A; 3JS9 A; 2HZA A; 3V6J A; 1ZM4 A; 2UV8 A; 3PNI A; 1R0C B; 3TP2 A; 3N6M A; 1HYS A; 1VBY A; 4HI1 A; 1H73 A; 3SDE A; 4LFC F; 4FNH A; 3EM1 A; 1YBU A; 1B4S A; 2JOQ A; 3SCK E; 3MUT P; 1UVL A; 4KGX B; 3LH2 S; 3AA8 A; 4DUT A; 3SCI E; 4UT4 A; 4K0K F; 2RU3 A; 4X4S A; 5I4M A; 3KLG B; 4O3P A; 2AGP A; 4Q43 A; 4WF9 Q; 1HWK A; 1WD6 A; 3KHG A; 2ZWP A; 2N4C A; 4FPR A; 1RHR B; 1BY9 A; 3M2R B; 1XNQ J; 2KT5 A; 3HP6 A; 1FRH A; 3HPO A; 3QFH A; 2IYG A; 3BGF A; 2DIT A; 3FMW A; 2DNK A; 1FRL A; 3J81 U; 4ZP7 A; 2RDD A; 1RXO B; 3JSM B; 5C5J A; 2B8P A; 4KPC A; 5CZX A; 1L3V A; 2D7S A; 4NYZ A; 2P6T A; 1XR6 A; 5LSO A; 3BKT A; 1KHW A; 1DFD A; 3MUR P; 1IN0 A; 3GIL A; 1SQF A; 3K5M A; 1FNX H; 5DJB A; 5D3G A; 3NMA A; 3TAN A; 2CQ0 A; 3DOK B; 1Y0H A; 1UFK A; 5CYQ B; 1S6P A; 2DNG A; 2V69 A; 2FVC A; 3DXB A; 2ZH7 A; 4N56 A; 3J7Z 5; 3M4X A; 1RT3 B; 1TKT B; 3QID A; 3POT B; 2W2P P; 3W2V A; 4EI2 A; 2D74 B; 1UFW A; 3EXC X; 5H1S V; 2F1F A; 5KFN A; 2RRA A; 2R2S A; 4PPZ A; 3CCR S; 1FJC A; 4HDH A; 2QGF B; 4HT5 A; 1KON A; 1SV5 A; 3MM6 B; 1D9F A; 4OZN A; 1G3O A; 2XI2 A; 5ADZ A; 3GYG A; 2GHW A; 5CD4 H; 2MKK A; 1LXN A; 2FIU A; 4YFU A; 5MAO A; 4KGV B; 2BXJ A; 2G1H A; 3AB4 B; 5FD1 A; 4Y28 C; 1KR4 A; 1UPP A; 4EMD A; 2MKC A; 3SCL E; 3W62 A; 3M9N B; 5DG7 A; 1N33 J; 5B0C A; 2F40 A; 2CXE A; 1AW0 A; 2A3J A; 4UOH A; 2DXD A; 5HSP A; 2CNO B; 1R3N A; 1Y11 A; 4WBF A; 2O67 A; 2VKZ G; 4N5S A; 4DR5 F; 2H5J B; 1KDN A; 3MHY A; 4FF4 A; 1XMQ J; 3GIK A; 5DQG A; 4WCE Q; 3R7B B; 1RA6 A; 3R5G A; 2I5J A; 1VFJ A; 2F65 A; 2OI2 A; 2HQI A; 2CA9 A; 3M2V B; 1PBA A; 4XO0 A; 2HBR B; 2E7V A; 2VPW B; 1RT7 A; 3VAK A; 4K4S A; 4BC7 A; 1XQI A; 2ZKU A; 1MMN A; 2DGU A; 2ZH1 A; 3HM9 A; 1HPZ B; 2C1E B; 3PZP A; 1RAI B; 1W2B R; 1ZH5 A; 3SQO P; 1FE0 A; 3J7Z T; 3LQV A; 3W2W A; 1WKJ A; 1IM6 A; 2DXE A; 4ECU A; 4MJK A; 3MM9 B; 1BXN A; 2YBV A; 5B08 A; 2VA3 A; 4BBY A; 4WP8 A; 4RW9 B; 5D15 A; 2V4J B; 1FVQ A; 2AV5 A; 4Y3C A; 4C8Y A; 2YKO A; 3FUY A; 2VFR A; 1UTA A; 5C24 A; 2HHV A; 3H7H B; 3JQM A; 2LA4 A; 3VGU A; 2AQ4 A; 1M1G A; 1T8E A; 4IDK A; 2OEL A; 5AXM A; 1S0O A; 1LK5 A; 1WF2 A; 4LF7 J; 1IBK F; 3RB4 A; 1NKE A; 2BE2 B; 2FY8 A; 1FFW B; 2C3Y A; 3M8S A; 3RAQ A; 1WNE A; 2FC8 A; 4CLP A; 5IV4 A; 5KG1 A; 2XB2 D; 1AA1 B; 3TX8 A; 4R8U A; 3N6L A; 1XNQ F; 2FVR A; 2ERR A; 5T41 A; 1FK9 B; 2OPQ A; 4USK A; 1PG5 B; 3R7N B; 2FHJ D; 4JYA J; 4CNY A; 1RAO A; 4DV6 F; 5HL7 Q; 1WKK A; 1BMQ B; 1VRQ C; 1I94 J; 2VV5 A; 2ZH6 A; 4J9O A; 2OIH A; 4TQS A; 4USW A; 2AU0 A; 3D0G E; 2KXH A; 4TXS A; 1O6X A; 4C8O A; 2CJB A; 1QLN A; 2OD4 A; 2BJ7 A; 4PG5 A; 5HMX A; 2OO4 A; 2JVR A; 1ZTT A; 1SIZ A; 2GJ2 A; 2UUT A; 2X1B A; 2XMU A; 4UW2 A; 1S1X A; 3FBC A; 3N9U C; 2GMJ A; 1LWC A; 3IR7 B; 4NWB A; 4FXV A; 5HLF B; 2EBG A; 4QIV A; 3FQK A; 2VPY B; 3NS5 A; 1CJT B; 4KAI A; 1KQS R; 3FMB A; 2AZ3 A; 3EXY A; 3PW2 A; 2AD9 A; 2RNE A; 2DNM A; 5K8P A; 2NXE A; 1IKW A; 2XMA A; 2LYV A; 2A6O A; 3MPD A; 5KFQ A; 3N4W A; 2FLO A; 3SFU A; 1S9E B; 1QSL A; 2MKH A; 2JEJ A; 4OV6 A; 2E1P A; 4FXW A; 3IP0 A; 2MST A; 4DR2 F; 2W9B B; 3KLI A; 3G82 A; 3EVO A; 1X4A A; 1ZBT A; 2UXB F; 1S9G A; 4B3T J; 4WXW A; 1IUJ A; 3OTC A; 1Q1K A; 2QEX S; 2WW8 A; 3GU0 A; 3HVT B; 4RWX A; 1FX2 A; 4P2S A; 2LKZ A; 1VIS A; 2WRM A; 1N33 F; 4K5R A; 1PBU A; 1HD1 A; 4Y2M A; 3D1H A; 2AJ1 A; 4B9V A; 2N7C A; 1EX8 A; 3K8W A; 2HFN A; 4JOU A; 4J9K A; 1FDD A; 2F4F A; 3LUY A; 1Q7L B; 2MB0 B; 3DDI A; 2FY1 A; 3TX0 A; 3PXG a; 4LF9 J; 3N79 A; 3CDB A; 4U8V A; 3GSD A; 2WHO A; 5KFK A; 1XMQ F; 1PIE A; 4Q5V A; 4OZ3 A; 1N0U A; 4C11 A; 3L09 A; 1IR2 A; 3HJV A; 5E3R A; 3P5T L; 1P6T A; 4ZOS A; 5DZ7 A; 2HNZ A; 2RS2 A; 3G9C A; 2KXN B; 3L4B C; 1GFW B; 1U1O A; 3QZ7 A; 1GXT A; 4JV1 A; 3IGV A; 2XI3 A; 4P74 A; 3W5X A; 4FDF A; 4X66 J; 2XYH B; 4OX9 F; 4Z7Y A; 2J9D A; 3CB4 A; 1HL6 A; 3FCW A; 3K8V A; 3MED A; 1GMV A; 3K5N A; 1YHQ S; 2HZV A; 2RT3 A; 2DD8 S; 4X64 F; 2MQM A; 2WB1 D; 3HHL B; 2AYM A; 4L74 A; 1D09 B; 2V67 A; 3OTO F; 1U6Z A; 4OLP A; 2VDH A; 3DLL Q; 1NK5 A; 2LLZ A; 3KK1 B; 4PG8 A; 4MH8 A; 1EQM A; 1NK4 A; 4ECT A; 3G71 S; 1NSA A; 1X4F A; 4J9M A; 4Y2K A; 2K3I A; 3HVW A; 3E3X A; 1HHQ A; 1RTH A; 3MPU B; 2B43 A; 1SJ4 P; 4Q2L A; 4J90 A; 1QY7 A; 1S1V A; 2OAU A; 2H4Y B; 1R8H A; 3M32 A; 2E1R A; 1U26 A; 4ZJL A; 1UJ5 A; 1NHV A; 2WSC C; 1G6B A; 2A6M A; 5F3T A; 2WBM A; 2XNR A; 3NG8 A; 4DLE A; 4OYA A; 3C16 A; 1YBA A; 3UN2 A; 1SB6 A; 4ED2 A; 4KQZ A; 1SC1 B; 3C6T B; 3W8P A; 3HX9 A; 1TKD A; 4JYA F; 1PYT A; 2WVF A; 1U8S A; 1J2V A; 4QIW D; 1H0H B; 2E44 A; 4HTJ A; 3FEZ A; 4R5P A; 2FPH X; 1YX2 A; 2B6A B; 2IRY A; 4URS A; 4UQT A; 1LW0 A; 2QSF A; 2YNG A; 2LU1 A; 4WTO B; 3GG0 A; 4J7C A; 1X60 A; 2XMK A; 1T03 A; 2R8G A; 2XM3 A; 3M30 B; 2BW2 A; 4GO5 X; 1R27 B; 4J5O A; 3RW6 A; 4M5L A; 4J37 A; 3MEK A; 2WVC A; 2GGP B; 4K4U A; 4X4U A; 1D9A A; 2G2Z A; 4LRB A; 2YNI A; 2R7V A; 1JIH A; 3W5Z A; 2LDY A; 4IO9 Q; 2HFO A; 3LPE A; 3CJT A; 3QRR A; 1ZET A; 1XER A; 4DG1 A; 4ZPC A; 5LL6 d; 3Q8R B; 4B3M J; 3C14 B; 3GIM A; 3MM7 A; 4UOG A; 2DHH A; 5JJB A; 2ZNY A; 1KOH A; 2EG2 A; 1JLA B; 1FKP B; 4CO2 A; 1UW9 A; 3T6J A; 2PN6 A; 3D0I E; 5HVG A; 2CPH A; 4B3R F; 4WKR A; 3PVX A; 1FRI A; 1RU1 A; 1LKZ A; 4DL0 C; 3KXD A; 2PMW A; 4E98 A; 2W7A A; 2EC0 A; 3K58 A; 2CJK A; 5SZT A; 1RBL A; 3NGS A; 2IY5 B; 2DNP A; 3TUZ C; 4DU7 A; 4YP3 A; 3G8T A; 1TFW A; 3J81 j; 3BBF A; 1FXR A; 4DPY A; 4CYU A; 1KKH A; 4B3T F; 2Y8W A; 1SXL A; 1Z1Z A; 2V8H A; 3DOM B; 5C42 A; 1RYS A; 3J7A 1; 2VOD A; 2FJE B; 2N7Y A; 3NLC A; 2CPD A; 2MY7 A; 2VBZ A; 3CJ5 A; 3BQ1 A; 4DN0 A; 1CS4 A; 1GX6 A; 1VGY A; 3VCD A; 1PYO B; 1U6F A; 2Z2Z A; 3NNA A; 2VFU A; 3CDU A; 1RHM B; 3M9O B; 4N47 A; 1B0V A; 2OMO A; 2FGO A; 2R2T A; 5I3Q A; 4TYA A; 3UNY A; 4ZIT A; 3SSR A; 2HWH A; 2CNL B; 3LF0 A; 3C6U A; 5GAG I; 3Q8V A; 2D3U A; 4A8O A; 4A47 A; 2DHX A; 1UJ4 A; 1VRU A; 2M5Y A; 1KQK A; 5B0E A; 2VOO A; 2HS3 A; 1SUQ B; 1V3Z A; 3KMQ A; 1KTQ A; 3HVR A; 2XBP A; 1FKO B; 5IXU A; 3THT A; 3V4I A; 2HRY A; 3VTI A; 3ZTS A; 1WJ9 A; 4NA1 A; 1TVR B; 5CYM A; 1V9O A; 3N01 A; 1SJQ A; 4HR2 A; 2ZNZ A; 4MYT A; 4RJV A; 1JB0 C; 1JLE B; 2YQ1 A; 3MEC B; 2FJD B; 1MSW D; 1ZPW X; 4GVB A; 1HR0 J; 1X9W A; 1L3K A; 4L73 A; 1C0U B; 2LA6 A; 2HHW A; 1UVJ A; 4YR2 A; 4O0N A; 3HLU A; 3HUL A; 3GMG A; 3M6V A; 3MEE A; 2QLW A; 1OS5 A; 5J2N A; 1MRO B; 1WEL A; 3I87 A; 1T3O A; 1H6K X; 4QWD A; 3IRX A; 3PFE A; 5A2Q U; 1SQE A; 1KVI A; 1JLG B; 3MM5 A; 3MPW A; 5AJ3 F; 3AY0 A; 3UDE A; 4YS2 A; 4DSI A; 2Q6C A; 4NCA A; 4FZV A; 2KT2 A; 4CLZ A; 5L1K A; 1WC1 A; 1TQL A; 3FFI B; 3EE3 A; 4DV7 J; 1WI6 A; 2XC9 A; 2FJB B; 1NO8 A; 1T02 A; 4QCL A; 3Q8Q B; 5LM7 E; 3MM8 A; 1RHQ B; 3FBE A; 3VAG A; 3EVW A; 4K8R A; 1H3D A; 3OHA A; 2F5G A; 4F4W A; 1I51 B; 2WBR A; 1TL4 A; 1IR1 A; 3PV8 A; 4WYW A; 1XJW B; 1F9E B; 1YZ6 A; 5D0H A; 2IAJ A; 1VQ5 S; 2Z56 B; 4JV2 A; 3OR1 A; 5BR8 J; 1UKU A; 4D3H A; 5GMD A; 4A8Y A; 3ZTR A; 3MD3 A; 2JFD A; 5L1L A; 2IMW P; 5K9F A; 4CM0 A; 5KG4 A; 4ZLN A; 1VDH A; 3TA0 A; 5FLX U; 1JLQ B; 1B3T A; 3PRB A; 3WZ0 A; 1X9M A; 3RUB L; 2VH7 A; 4RR5 A; 3B54 A; 1ZTW A; 3VVU A; 4ZIV A; 3G8S A; 4F04 B; 1S6Q A; 1WG1 A; 3HHL C; 5CXT A; 1B7F A; 4QYZ J; 5M2P A; 3LP1 A; 1U25 A; 5IWA J; 4B3M F; 3Q2S C; 4DV4 J; 3E01 A; 3CJ0 A; 4BC9 A; 1PKU A; 2BRK A; 5KFA A; 5CHC B; 2G9O A; 2EKN A; 2B5J B; 2CZV C; 3KK3 A; 3PIO Q; 2VFV A; 2MY8 A; 3NOG A; 3W9H A; 1FJE B; 3E8O A; 4NCG B; 4YB5 A; 3P96 A; 2JNJ A; 1ULR A; 4OI2 A; 3UPF A; 3KUE A; 3H2L A; 4Q0B A; 5E7O B; 1N5S A; 5D4L A; 3GR0 A; 2FHM A; 4CIO A; 5GVQ A; 3W3S A; 3ISZ A; 3TZX A; 3NWR A; 3UO0 A; 3D1Q A; 1NDL A; 3HFK A; 1HYS B; 5EN1 A; 3L7U A; 3SDE B; 4J9L A; 3CF5 Q; 4DR3 F; 2NUH A; 4IRC A; 4F4Y A; 1NLK L; 2CFX A; 4ED5 A; 2EFV A; 2HKE A; 3MCM A; 1S5Z A; 5F9N A; 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