The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
|
sequence length |
98
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
LAILVFGYPETMANQVIAYFQEFGTILEDFEVLRKPFVPIFSGNSWTKITYDNPASAVDALLENGAVFNGVLLGVIPYTKDAVERLQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of the Nup53 RRM domain from Pichia guilliermondii
rcsb |
molecule tags |
Nuclear protein
|
source organism |
Pichia guilliermondii
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molecule keywords |
Nucleoporin 53
|
total genus |
21
|
structure length |
87
|
sequence length |
98
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2010-10-04 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HGM A; 2HZC A; 3D2W A; 2MJN A; 1AUD A; 2FHO B; 3TYT A; 2CPX A; 2MKK A; 2YKA A; 2LA6 A; 2G4B A; 1OO0 B; 2KYX A; 2MMY A; 1VQO S; 1KD1 T; 2KRB A; 2B0G A; 1WI6 A; 2ZJP Q; 2HGL A; 2CQ3 A; 2J0S D; 2MQO A; 2U1A A; 3UCZ P; 1M5V C; 3ZZY A; 4BS2 A; 2MQL A; 2YH0 A; 2LEC A; 1VQN S; 3VAF A; 4QQB A; 1S72 S; 1R8P A; 4OZ1 A; 3B4D A; 1WEX A; 1U1Q A; 3G9C A; 3N9U C; 1WHV A; 1UW4 A; 2M8H A; 3SDE B; 4WFA Q; 3BO4 A; 2M0G B; 2JVO A; 5D78 A; 3CCE S; 3DXB A; 2RU3 A; 2DIU A; 1U6F A; 2MZS A; 5IFM A; 4RU2 A; 2OJ3 A; 2KRR A; 3G8S A; 2DGX A; 2CPZ A; 5LXY A; 4J5O A; 2VOO A; 1VQ5 S; 1PGZ A; 2LMI A; 4A8X A; 1P1T A; 2YWK A; 5GAG U; 4F25 A; 2VON A; 2KXH A; 2MPU A; 3NMR A; 3Q2S C; 2XS2 A; 1HA1 A; 1H2U X; 2MQN A; 3J7Y U; 2CPJ A; 1N8R T; 3CCV S; 2K8G A; 3VAJ A; 1Q81 T; 2CJK A; 2MQM A; 1U1K A; 4WCE Q; 1U1O A; 3OW2 R; 5EN1 A; 2KM8 B; 2DGT A; 2DB1 A; 1QVF R; 2DGS A; 1X4E A; 1X5S A; 1WHW A; 2MKJ A; 4WKR A; 4QPT A; 1H2V Z; 5GAD U; 1VQL S; 4UY8 T; 3R27 A; 2DHS A; 3MD1 A; 2OTJ S; 1D9A A; 2CQ2 A; 1QVG R; 1WF1 A; 1X4C A; 2KFY A; 3UD3 P; 3SMZ A; 2DNY A; 1X0F A; 1UAW A; 1S79 A; 2DGO A; 5IM0 A; 2CQG A; 1L3K A; 1X5T A; 4ED5 A; 1VQK S; 4Y00 A; 2BOP A; 2KXN B; 5CYJ A; 2DO4 A; 1FO1 A; 3CCR S; 3MOJ B; 2D9O A; 1WTB A; 1X5P A; 3PIP Q; 1FNX H; 2MB0 B; 2MZJ A; 5LJ3 Y; 2X1B A; 2DNK A; 5DDQ C; 1X4H A; 2CQH A; 2J0Q D; 2DGQ A; 2I2Y A; 2DH8 A; 1YJN S; 1U1N A; 2KH9 A; 2LQ5 A; 2ADB A; 1Q86 T; 1FJ7 A; 5DDO C; 1K8A T; 2AYM A; 2KU7 A; 4PKD B; 2FC8 A; 3I55 S; 4W92 B; 1UFW A; 3SXL A; 2SXL A; 5DDR C; 2CQC A; 4Z2X A; 3NNC A; 1SXL A; 5H1S V; 2RQ4 A; 1FHT A; 1QM9 A; 1VBX A; 5DET A; 2G1D A; 4UQT A; 1OPI A; 2UP1 A; 2DGW A; 3P3D A; 1JJH A; 3VAM A; 1SJ4 P; 1VBZ A; 1FT8 A; 2HVZ A; 4IUF A; 3NNH A; 2DIT A; 2KM8 C; 3G71 S; 2QEX S; 4TU8 A; 5LSO A; 3CCS S; 4Y0F A; 3IWN C; 3S6E A; 1YTY A; 1JJ4 A; 1WF0 A; 2DHG A; 2EK1 A; 3JB9 k; 4CH0 S; 1Q7Y T; 4ERD A; 4M5D B; 3CCL S; 3P6Y C; 2MGZ B; 4WFB Q; 3HI9 A; 1VQ4 S; 3P49 B; 2KN4 A; 2M2B A; 4IOA Q; 1X4G A; 3MUT P; 1U1R A; 2DHA A; 3U1L A; 3G4S S; 4TU7 A; 3P5T L; 2DNP A; 2AYE A; 1M5K C; 4QU6 A; 1FXL A; 1ZZN A; 4IO9 Q; 2U2F A; 1M5P C; 2JWN A; 2FY1 A; 1WG4 A; 1DZ5 A; 2E44 A; 1SJQ A; 4FXW A; 4C7Q A; 2EVZ A; 3EGZ A; 4V19 X; 3NS5 A; 2RS2 A; 2L41 A; 3B4M A; 3CUL A; 2E5H A; 2JVR A; 2MXY A; 2RUG A; 2RVJ A; 1Q82 T; 2XB2 D; 2F3J A; 1X4B A; 2MST A; 5IM0 B; 1U1L A; 1NU4 A; 4CQ1 A; 1HD0 A; 2X1G A; 3J7Z T; 3MUV P; 2OSQ A; 5DDP C; 3CCJ S; 1VQ8 S; 2PEH A; 2OIH A; 5JVH Q; 3Q2T C; 4F02 A; 3H2U B; 1YIJ S; 2CQ1 A; 5LJ5 Y; 3BEG B; 4WFN Q; 3CCU S; 3R1L A; 2XS7 A; 2J8A A; 2L08 A; 2N3L A; 4TLQ A; 5LSL A; 2DH9 A; 2E5I A; 2GO9 A; 2RNE A; 3CC2 S; 2KT5 A; 2NLW A; 3L3C A; 3CUN A; 1VQ9 S; 2LXI A; 2D9P A; 2DNM A; 1WEZ A; 2KHC A; 2KG1 A; 3CD6 S; 2M9K A; 2DGV A; 2KI2 A; 2MY7 A; 1WG5 A; 2LEB A; 1SJ3 P; 2FPH X; 2M8D B; 1P27 B; 1VBY A; 2RQC A; 3CXC R; 3NS6 A; 2CQD A; 2CQ0 A; 4P6Q A; 2MZR A; 1JJ2 R; 1BY9 A; 3SDE A; 1NO8 A; 1X5O A; 1RK8 A; 1VQM S; 2FC9 A; 2CPY A; 5BJR A; 2DNR A; 2HGN A; 3TP2 A; 1K9M T; 1WHY A; 3I56 S; 2PE8 A; 3CF5 Q; 1XN9 A; 3S01 A; 3THP A; 5HL7 Q; 2XS5 A; 2DNG A; 3U1M A; 2LXU A; 3VAG A; 1KC8 T; 3CPW R; 1H6K X; 2LEA A; 1WG1 A; 5CXT A; 5HO4 A; 3ZZZ A; 3V4M A; 3VF0 B; 4U67 Q; 2YTC A; 4WII A; 3CC4 S; 3LQV A; 2F9J A; 2MHN A; 2N7C A; 1VC5 A; 2X1F A; 2G0C A; 1K73 T; 3HHN B; 3UD4 P; 3US5 A; 2CQI A; 1M5O C; 1H2T Z; 2DIV A; 1O0P A; 5JVG Q; 1UP1 A; 5GMK a; 3LPY A; 1WF2 A; 4LIR A; 1U1P A; 5CA5 A; 2AD9 A; 4YUD A; 1HL6 A; 2AYB A; 3S7R A; 2VOD A; 1YWX A; 3DLL Q; 2M70 A; 2DNQ A; 3MXH P; 3TO8 A; 2MZT A; 1YHQ S; 1N54 B; 3RW6 A; 4YOE A; 1X4F A; 5DM7 Q; 1A9N B; 1ZH5 A; 3NNA A; 2JRS A; 3MDF A; 1CVJ A; 3R1H A; 1YJW S; 3BO3 A; 4CH1 A; 1YI2 S; 1VQP S; 1B7F A; 5D77 A; 2Q79 A; 2MSS A; 2DNN A; 2MY8 A; 1U1M A; 5DM6 Q; 3CME S; 3IRW P; 1M90 T; 2N3O A; 2HYI B; 3H2V E; 3FEY B; 4QU7 A; 5LXR A; 3VAK A; 3CCM S; 3S8S A; 1RKJ A; 5GVQ A; 3MUR P; 5FJ4 A; 1WI8 A; 3EGN A; 2LCW A; 1F9F A; 2KVI A; 2E5J A; 5ITH A; 1DRZ A; 2MZ1 A; 3VAL A; 1SJF A; 4C4W A; 2OTL S; 4EGL A; 2MQQ A; 1U6B A; 2DK2 A; 2CPD A; 3UWT A; 1VC6 A; 1NJI T; 1FJE B; 2L9W A; 2RRB A; 2CPE A; 2AYG A; 2DHX A; 1WEY A; 3VAH A; 1WHX A; 2K3K A; 1WEL A; 4PR6 A; 3CCQ S; 2LYV A; 2DGU A; 2EK6 A; 2XNR A; 1SJR A; 3VAI A; 1U2F A; 1M1K T; 1W2B R; 2LKZ A; 2MYF A; 1A7G E; 2RT3 A; 3CMA S; 2RS8 A; 3K0J A; 5IQQ A; 4LMZ A; 3PIO Q; 2BZ2 A; 3MD3 A; 2OSR A; 1G2E A; 2DO0 A; 2MGZ A; 2DNL A; 1X4D A; 2KG0 A; 2J76 E; 2CPI A; 2D3O R; 1ZZF A; 2E5G A; 3BO2 A; 2CPF A; 3EX7 B; 3FEX B; 1VC0 A; 4TU9 A; 2MKS A; 4YB1 P; 4W90 B; 3UE2 A; 4OZ0 A; 1HD1 A; 2M7S A; 2YH1 A; 2CQP A; 2ZJR Q; 2VOP A; 2XSF A; 3UCU P; 4C0O C; 5GAH U; 2JX2 A; 2MJU A; 2ADC A; 2RRA A; 1WWH A; 4ZKA A; 2MKI A; 2DNH A; 2DNO A; 4WF9 Q; 2GHP A; 2M4M A; 4FXV A; 2MKH A; 1KQS R; 2NZ4 A; 4IOC Q; 1JMT A; 2KXF A; 4PRF A; 3G8T A; 2I38 A; 1D8Z A; 2XNQ A; 2MKC A; 2MZQ A; 2DH7 A; 1URN A; 2ZJQ Q; 1N88 A; 1KOH A; 4CIO A; 1IQT A; 2M52 A; 2X1A A; 1KOO A; 1OWX A; 1DBD A; 2QA4 S; 2ERR A; 2CQ4 A; 5MLC V; 2CQB A; 3UCG A; 1VQ6 S; 1DHM A; 3CTR A; 2V94 A; 4LJM A; 3CC7 S; 2CPH A; 2QFJ A; 1VQ7 S; 1R8H A; 2O3D A; 2WBR A; 4F26 A; 1OIA A; 2DNZ A; 2F9D A; 1FJC A; 1PO6 A; 5GAE U; 2N82 B; 3THT A; 3G96 A; 3RW7 A; 1N52 B; 3MI7 X; 3MUM P; 1X4A A; 2MQP A; 3BS9 A; 3ULH A; 1YIT S; 2M88 A; 2DIS A; 3G6E S; 1YJ9 S; 2LA4 A; 2A3J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QSY A; 3EE3 A; 1RTD A; 1RI7 A; 2L48 A; 2MKK A; 2YKA A; 3FFI A; 2QMU B; 4DX5 A; 2B4O A; 4EZ9 A; 2QFI A; 3N4W A; 1JLF B; 4RJV A; 5ETO A; 4PXB A; 2FQQ B; 1KVI A; 2DRD A; 3CCE S; 1SQE A; 9RUB A; 2HHP A; 3N6M A; 2KRR A; 2JEI A; 3ISN D; 3W63 A; 1JLE A; 2JHE A; 1RWN B; 2ZHO A; 3JSM B; 2QRR A; 3SV4 A; 3R7B B; 4DV4 F; 1SUQ B; 3E01 A; 1N6Q A; 5J2P B; 2MQN A; 1RAI B; 3QYY A; 3AOA A; 2HVI A; 4HL9 A; 3POT A; 1RT4 A; 1PYO B; 4OI6 A; 2DGT A; 4B3R J; 1SKU B; 4AND A; 3PW4 A; 2VG6 A; 4ZJO A; 3KOA A; 3HPO A; 4JV0 A; 5GAG I; 4C11 A; 1EQ0 A; 1X4C A; 4JYA F; 4R5P B; 4C8O A; 3J7Y I; 3WX4 A; 3QWP A; 2H51 B; 2BOP A; 4YR0 A; 1RKI A; 3CCR S; 2HUR A; 2X1B A; 2DNK A; 1KTV A; 1E6Y B; 4F7V A; 3PW2 A; 3UDE A; 2A0F B; 3VQT A; 2ASL A; 3KWM A; 2MTL A; 2XBP A; 2WHO A; 1NDL A; 1QM9 A; 1FFW B; 1KQG B; 5HVH A; 1U2R A; 2F7V A; 2J9D A; 5F8G A; 2CWX A; 4JI4 F; 5G4D A; 3AJ2 A; 4CH0 S; 3QWU A; 2OHD A; 1CUL A; 2KZZ A; 3MMB B; 3M2V A; 4WE1 B; 4KH1 B; 1S6Q B; 2XO7 A; 1FXL A; 4QCL A; 1N5T A; 1GEH A; 1D09 B; 3QZ7 A; 3ZC4 A; 3EGZ A; 1Z2L A; 2ZHB A; 2OPP B; 4J9O A; 2RS2 A; 3DRR B; 1EAR A; 2DJW A; 1FRK A; 3CDE A; 1MWQ A; 1S4E A; 4AL7 A; 3J7Z T; 3MEC B; 2MDA A; 5E41 A; 2H5I B; 2L08 A; 2E5I A; 1RTJ A; 4L75 A; 1S1V A; 1S0N A; 5LOQ A; 4RLE A; 4ALZ A; 2KHC A; 1Y5I B; 4DDF A; 1P27 B; 5C5J A; 3OFE A; 2HZV A; 2GC8 A; 2V4Q A; 4P6Q A; 1TAU A; 1VQM S; 2ROE A; 3CE8 A; 4WK1 A; 1KR4 A; 1GMU A; 3JSY A; 5L8R C; 2YNI A; 3MM9 B; 5I3Q A; 3PO5 A; 4E0D A; 1WF2 A; 3EVO A; 3OR1 B; 3S7R A; 4NLD A; 2Z4P A; 1YWX A; 3R5C A; 2XG8 A; 3D0I E; 4YOE A; 2AJF E; 3GFH A; 3M8R A; 4EUV A; 4DV5 F; 4F4K A; 1KFS A; 2MSS A; 4HLB A; 4J9N A; 1IKW B; 1CG2 A; 3KHG A; 4C3M A; 5E3A A; 3OLB A; 2BQU A; 2UXD J; 4CT8 A; 2H1Y A; 5K8P A; 3UWT A; 3MZI A; 5F3T A; 1JIH A; 1S77 D; 3IAS 9; 2L9W A; 2DHX A; 4CM2 A; 1WEL A; 3I4H X; 4P52 A; 5CD4 A; 3TNV A; 1M1G A; 1UTA A; 2UZA A; 1X60 A; 2GW8 A; 2IAJ B; 1X9M A; 1D9F A; 4KH0 B; 2RKI B; 3R8Y A; 3JQM A; 2YKP A; 4R25 A; 4ZCK A; 3HP6 A; 1VC0 A; 1NK0 A; 4TU9 A; 4WZM A; 1FI4 A; 3I0S A; 2ZJR Q; 1SQG A; 1IWG A; 4FN5 A; 3RUB L; 3T5J A; 2CNL B; 2NZ4 A; 5L38 A; 2GMH A; 2UUC J; 1ZAW A; 2POK A; 2UUB F; 1V3Z A; 2FLN A; 4LF9 F; 2I6W A; 1R27 B; 1YDL A; 1PC4 A; 1RLD A; 3OHA A; 1WC6 A; 4OMF G; 4USJ C; 1S48 A; 3RR7 A; 1S9G A; 5KT6 A; 4Y2A A; 5KFO A; 3QIP A; 5E0O A; 4LIW A; 4IRC A; 4JI0 F; 3IRX B; 4LBP A; 2BAB A; 4FBU A; 1PJ5 A; 2QLJ B; 2ZD1 A; 3M8W A; 2VBX A; 1PYS B; 2HGM A; 1VGY A; 3IR5 B; 2CPX A; 2RHS B; 2YNH B; 1KD1 T; 4G6V B; 2VBY A; 2HGL A; 4CLS A; 3IR7 B; 4NA3 A; 2FZG B; 1IJF B; 2XLI A; 3HMJ G; 1U1Q A; 4LFB J; 2AEJ A; 2LP4 A; 3BO4 A; 4YDX A; 2JVO A; 4DU7 A; 2VQF J; 2ZOG A; 1P1T A; 5C25 B; 4KGM A; 4DV0 F; 4DWI A; 2OEM A; 1FJG J; 4C8Z A; 2NXU A; 1CJT A; 2CG4 A; 4X4T A; 2X3D A; 3CJK B; 3EGW B; 3C14 A; 2PD1 A; 5BR8 J; 3PKY A; 3F73 A; 1UJ5 A; 1TU0 B; 3MM5 B; 1H38 A; 4DCO B; 4LF1 A; 4ZN1 A; 3IO1 A; 1AT1 B; 3NOG A; 3ZNU A; 2GJ2 A; 1HBO B; 5KG6 A; 3CNQ P; 3FKB A; 4Y00 A; 1HQE B; 1HQU A; 4DCP B; 2KXN B; 4K5S A; 1NHU A; 1WTB A; 5LJ3 Y; 4Y28 C; 4WBF A; 5J2M A; 4NLW A; 5GAD I; 4YFU A; 1JXE A; 4J9V A; 4KPC A; 3N28 A; 1ZPV A; 4G1P A; 2HRT A; 3M7V A; 3OUY A; 5HBM A; 2BJD A; 1U02 A; 3EXC X; 5H1S V; 3BH6 B; 1KLM B; 4C2M A; 1H73 A; 5KG1 A; 1GXU A; 1JXL A; 3Q89 A; 2QSW A; 3DLK B; 2XMA A; 1SKW A; 4BCA A; 1VBZ A; 1C0T B; 3SV3 A; 3CJR A; 5KG7 A; 4K0K J; 2QEX S; 3H40 A; 1FA0 A; 1U25 A; 1CS4 A; 3H2L A; 5ADZ A; 2DHG A; 1V5V A; 4UOF A; 1VLO A; 4P2X A; 3OXL A; 4WFB Q; 4MK9 A; 4F4W A; 3EXY A; 2E1M C; 5B0F A; 2Z8Q A; 2DHA A; 4LBH A; 1N36 F; 1UPP A; 1FX4 A; 2R2S A; 1RT1 B; 1QE1 A; 4LSZ B; 5E3R A; 3AXM A; 2U2F A; 2JWN A; 4FF3 A; 4LF4 F; 3AJ1 A; 4FYY B; 1UPM B; 5D15 A; 2L41 A; 4DS4 A; 2JVR A; 2W9C B; 2F3J A; 5IM0 B; 1U1L A; 1IBL F; 2VDI A; 1BXN A; 5K8M A; 8ATC B; 3T6J A; 4DL2 A; 3D0G E; 3W9H A; 5HP1 A; 1S57 A; 4DN9 A; 1ZM2 A; 4GC6 A; 2FHJ D; 5KFM A; 3PRB A; 3HFK A; 3P96 A; 4ZVF A; 3CXC R; 4X84 A; 3ZTQ A; 3QT8 A; 1HHQ A; 4RNF A; 3S01 A; 3PHE A; 2LEA A; 5CXT A; 4NCA A; 3HHE A; 4WU3 A; 2C2Z B; 1K73 T; 3JTO A; 3TZX A; 3QID A; 1H2T Z; 1I3O B; 1NZA A; 5KT7 A; 1HMV B; 2VFU A; 4A8F A; 1HNI B; 1QLN A; 3DLL Q; 2M70 A; 2MZT A; 3C66 A; 5DM7 Q; 1A9N B; 2GAH C; 1BQN A; 2KJV A; 4KTQ A; 1SC4 B; 4LVN P; 2RF2 B; 2IM3 A; 4DUY J; 5C24 A; 2H9Z A; 4J9L A; 1RT5 B; 3IC1 A; 2OD6 A; 4M63 A; 5KFW A; 1VHF A; 3PYE A; 2D74 B; 2EC0 A; 5KT4 A; 1ELO A; 3JS9 A; 1TK8 A; 5D0E A; 1IR1 A; 4PR6 A; 1NSK L; 1SJR A; 1TL3 A; 1JLG A; 2G2O A; 4W98 A; 4CLW A; 2X7I A; 3VTI A; 3ILJ A; 4K4T A; 5B0G A; 1B0T A; 3MD3 A; 4DR7 F; 2CDR B; 4DSI A; 4RW7 B; 3J7Z 5; 1ZZF A; 2MEW A; 1ZYQ A; 2AHO B; 4M5H A; 2YBV A; 4K4X A; 2FLL A; 3R5J B; 2HHW A; 3G6Y A; 2GHW A; 1RYR A; 2MKI A; 4FXV A; 4YN3 B; 4ED7 A; 2MKH A; 4ZHR B; 1X7V A; 2C2M B; 3B78 A; 2AIR B; 4ECS A; 2OPR B; 4UTG A; 4F3Q A; 3OTO J; 1URN A; 3M05 A; 3KFW X; 3RB6 A; 4EO8 A; 4DR6 F; 1CBK A; 4QZV B; 2D3U A; 4TXS A; 1C2P A; 2DNZ A; 4I6Y A; 3G96 A; 3MUM P; 4OJ3 A; 1UVJ A; 5BYR A; 5KG5 A; 4Q43 A; 4RNN A; 1ZM9 A; 3PXG a; 1NBE B; 4U9R A; 2E1R A; 2G9O A; 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