The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
93
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structure length |
93
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Chain Sequence |
LPAGADFLMCYSVAEGYYSHRETVNGSWYIQDLCEMLGKYGSSLEFTELLTLVNRKVSQRRVDFCKDPSAIGKKQVPCFASMLTKKLHFFPKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of human caspase-6 in complex with Z-VAD-FMK: New peptide binding mode observed for the non-canonical caspase conformation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Caspase-6
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| total genus |
19
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| structure length |
93
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| sequence length |
93
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| chains with identical sequence |
D, F, H
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.59: Caspase-6. |
| pdb deposition date | 2011-02-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QNW B; 3EDQ B; 1ICE B; 1RWO B; 1PAU B; 2H51 B; 4ZVR B; 2HBR B; 1F9E B; 1NME B; 3R6L B; 1QTN B; 1RWW B; 5IC6 B; 2C2O B; 1RHR B; 3NS7 B; 2H65 B; 1GFW B; 4ZVS B; 2CNK B; 3R7N B; 1RWM B; 1I3O B; 1RHU B; 4DCJ B; 1RWN B; 2P2C B; 2CNL B; 2QL7 B; 2QLB B; 2Y0B B; 4ZVQ B; 2H54 B; 3GJQ B; 1QDU B; 2QLF B; 1BMQ B; 2HBQ B; 2HBY B; 3SIP B; 4ZVT B; 1RHK B; 2CDR B; 2CJX B; 1RHJ B; 1RWK B; 1SC4 B; 2H48 B; 3R5J B; 2XYP B; 2H4Y B; 2XYH B; 3GJS B; 3R6G B; 2FQQ B; 2XZD B; 3IBC B; 3D6H B; 3D6M B; 3KJF B; 1PYO B; 4JB8 B; 3EDR B; 4LSZ B; 5IC4 B; 1RWV B; 2QL9 B; 2HBZ B; 1RWX B; 2XYG B; 2H5J B; 2QLJ B; 2CNN B; 1RE1 B; 4DCO B; 1SC3 B; 1I51 B; 2H5I B; 1RWP B; 2C1E B; 2DKO B; 2XZT B; 2C2M B; 3GJT B; 1RHM B; 3D6F B; 2C2K B; 5K20 B; 1RHQ B; 3R7B B; 1SC1 B; 3KJQ B; 4ZVO B; 2Y1L B; 4ZVU B; 3IBF B; 2CJY B; 3P45 B; 2QL5 B; 2C2Z B; 3R7S B; 3P4U B; 1IBC B; 3GJR B; 4ZVP B; 4DCP B; 3KJN B; 3RJM B; 2CNO B; 2H4W B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PAU B; 5B0C A; 3T5K A; 5IC6 B; 4DSF A; 3MM6 A; 4CLS A; 3A1Y G; 3BB5 A; 1R0C B; 4ZVS B; 1T3O A; 5A2Q U; 2YTC A; 4B08 A; 1W7W A; 3I56 S; 2IJR A; 2Q1L A; 4J9Q A; 2DEJ A; 1FER A; 2FD2 A; 4RUH A; 1RB0 A; 4B3S F; 3RTV A; 5H9E K; 3TAN A; 2J6T A; 3QZ7 A; 2AZ1 A; 2N7C A; 1RAD B; 2VAS A; 3CCV S; 4DSI A; 2HKE A; 2I8E A; 4O44 A; 4QR0 A; 1QE1 B; 3Q0A A; 4NXN J; 4QBU A; 2ZEJ A; 4JI6 J; 5HVG A; 1RWV B; 3NS6 A; 3E3X A; 3RBE A; 4XIU A; 1Y5I B; 1LFW A; 4RUB A; 1YKW A; 3CCS S; 4ZVH A; 5B0E A; 1RT5 A; 2KZM A; 1Y5L B; 5LMN J; 3AJ1 A; 4WKR A; 1S59 A; 1XR5 A; 2F4F A; 4DSL A; 3WHI A; 2R2U A; 1H6K X; 1U8W A; 3IRX B; 5I3U A; 1OYD A; 3H4D A; 4WU3 A; 1UVJ A; 2RDD A; 4X84 A; 2Z0G A; 1W26 A; 2NYH A; 3R5C A; 3DXB A; 3CJ2 A; 2HHT A; 4LSL A; 1EKR A; 1MRO B; 4OX7 A; 2ZHA A; 1M1H A; 1GMW D; 1VQ6 S; 1NK9 A; 2Y8Y A; 4P52 A; 2V2Z A; 1CJV A; 3C6U B; 2QFJ A; 3R5A A; 2HHS A; 4E8U A; 5LJ3 Y; 4EBC A; 1TFY A; 4HHH A; 3RBD A; 4GMK A; 1C4C A; 4QPX A; 1U6B A; 1U1N A; 1H73 A; 2GV1 A; 4AXJ A; 1SKU B; 3FEY B; 5DG9 A; 4AQY J; 2EPI A; 2PT0 A; 3CO0 P; 1FRK A; 2JVR A; 4C3K A; 1XIQ A; 2W9C A; 4WK1 A; 3QT5 A; 4QR2 A; 1YLX A; 2OO4 A; 2RKI B; 3HD1 A; 1O8B A; 3VGS A; 4CM0 A; 3DRR B; 1L3U A; 3HSD A; 5KT7 A; 4I1T A; 3ZZR A; 4O4R A; 1SCJ B; 3Q22 A; 4V19 X; 4JYA J; 2C2R A; 2CPY A; 3TA2 A; 4ED3 A; 3HD2 A; 3KTQ A; 4K4W A; 1SJ4 P; 2ZOG A; 4DV0 F; 2KL8 A; 2ZBQ A; 3M2U B; 2J6S A; 3HHD A; 3PW0 A; 2B9Y A; 4EYI B; 4R8U A; 4P2X A; 2HMI A; 4OYX A; 3HMJ G; 2MLX A; 1D9A A; 4ED8 A; 2CAD A; 3F56 A; 1HQ2 A; 1KP6 A; 3V4I A; 4ECX A; 3ENW A; 1EP4 B; 4KC5 A; 3BGL A; 1B3T A; 2EBG A; 5A6P A; 5KFM A; 2Y1I A; 2BKN A; 4DR1 J; 4JI1 J; 2RML A; 5IT0 A; 4PUO B; 1RT7 A; 2EG1 A; 2JEF A; 1JLQ B; 4LF4 F; 2DCL A; 1U02 A; 2CNN B; 3DMJ B; 3QID A; 1PJ6 A; 3GP9 A; 3MR3 A; 2XUL A; 1RAA B; 2D1C A; 2UUC J; 3P3D A; 2ZOF A; 2ZH9 A; 5ETM A; 2R7X A; 3MD3 A; 3W2V B; 4GKJ F; 2F8M A; 5A8R B; 2GGP A; 4NPO A; 2MKJ A; 1WDT A; 2WSE C; 1MWZ A; 2PFF B; 1HNW F; 2ZC4 A; 4F7V A; 2Z58 B; 3M8W A; 4LRB A; 2DIT A; 6FDR A; 4KO0 B; 4UST A; 3KNA A; 4RBV A; 3LAN A; 4K50 A; 2BR0 A; 1SKS A; 4N41 A; 4IOA Q; 1PJ7 A; 4C8L A; 1NDK A; 2JWN A; 1KKH A; 1FNM A; 3BQ0 A; 4DV0 J; 1FRX A; 2XNQ A; 1M90 T; 2IMW P; 3RB0 A; 1NHU A; 1OY9 A; 3GCW P; 2IVY A; 4CLY A; 3D3C J; 4A4J A; 3ISZ A; 1IKV A; 1B64 A; 3PFE A; 2E7W A; 2DKO B; 3MGJ A; 2IMO A; 3I0S A; 1TAU A; 1T7P A; 4FF4 A; 3P45 B; 3E8O A; 1FJG F; 1KR4 A; 4FF1 A; 5ETO A; 1HIY A; 4F4A A; 1CUL A; 1JJ2 R; 2V68 A; 4ZPT R; 2NXC A; 3PRB A; 3MMB B; 1TK0 A; 1NCL A; 4O3R A; 2CPZ A; 1GTH A; 3EXY A; 3ZC4 A; 4FBU A; 4LF4 J; 1AUS L; 1S5Z A; 5DG7 A; 2MQQ A; 4X4V A; 2KYZ A; 3OJS A; 3X3U A; 4FDF A; 4NLU A; 1N6Q B; 2ZVS A; 1RSC A; 3IXQ A; 1YX2 A; 5IXU A; 4HT7 A; 2D3O 1; 3MTJ A; 1R27 B; 4OI6 A; 1GXT A; 4F02 A; 1ROF A; 2MHN A; 2IM2 A; 2IAJ B; 1B70 B; 3CIZ A; 3TUZ C; 2DNG A; 3HHL D; 2CRL A; 5KT3 A; 3D6T B; 2YPY A; 4JI2 F; 3LOU A; 2LDY A; 5HAN A; 2WHO A; 4IFY B; 2AGP A; 2B43 A; 2YQ0 A; 1OS5 A; 1LWC B; 4HYK A; 2OSR A; 2JC1 A; 4ERD A; 4KR0 B; 4OZ2 A; 2GFF A; 1FRL A; 5KG3 A; 3IWL A; 4TXS A; 1T05 B; 1WSV A; 2Y8W A; 1NJX A; 3ZNJ 1; 2XZW A; 3BQ2 A; 3QPI A; 4QWD A; 1X9S A; 4PQU B; 4DV7 F; 3VHQ A; 3LGH A; 2E1M C; 3TYT A; 3LH2 S; 1VDH A; 1UJ5 A; 4YB1 P; 4MMO A; 1A7G E; 1I94 F; 5ETS A; 1Q5V A; 2MZT A; 2QLB B; 2MLZ A; 2NSB A; 4JI7 F; 4NXM J; 4O0N A; 2BYC A; 3BO4 A; 2ZVI A; 3H5U A; 4AFF A; 3RAQ A; 3CMQ A; 2MQL A; 3OR1 B; 1BHN A; 2IVM A; 4QWC A; 5HRO A; 4UOH A; 3UFC X; 4OV1 A; 2VZ9 A; 4FP9 A; 4QCL A; 3G8Q A; 3KLG B; 3CSK A; 1R6V A; 2BV3 A; 3D68 A; 2EFV A; 1JXV A; 3R5D A; 1WC3 A; 2HVE A; 4MIW A; 1VQN S; 1BQM A; 2V8D A; 5IT9 U; 1Q1K A; 2OAU A; 3GIK A; 2HGM A; 4C11 A; 1ICE B; 2CAJ A; 4HTI A; 4OHW A; 4TYA A; 3VZI A; 2LKZ A; 3DDI A; 1Z2Z A; 4YDX A; 5L46 A; 3NS7 B; 1EHW A; 2H65 B; 4JV1 A; 3KLE A; 4R5P A; 3M2V B; 4ZMM A; 3UDE A; 1JK9 B; 1RA7 A; 3US5 A; 2AJ0 A; 2KKH A; 2JL9 A; 1T9X A; 1YDL A; 2QA2 A; 3IN5 A; 4KH0 B; 1IWG A; 5SZT A; 4CCH A; 4OI4 A; 3AH6 A; 5HSP A; 1ZA1 B; 4DUY F; 1ARO P; 5KFX A; 3OUY A; 4DU8 A; 4DL6 A; 1KVI A; 1XR7 A; 1Q8L A; 4R0E A; 4MYU A; 3WIU A; 2MQO A; 4FF3 A; 1HW9 A; 2EC0 A; 2V9K A; 2B9X A; 3KG0 A; 5KFS A; 4X4S A; 3U02 A; 4WFN Q; 1YIJ S; 1T11 A; 2KXH A; 5FII A; 3DLE A; 1YQH A; 4MKA A; 4G1Q A; 1WC4 A; 2MJU A; 4RWX A; 4ZA1 A; 1KVJ A; 3R27 A; 5IM0 B; 3E51 A; 2B5J A; 2HND A; 2HGL A; 3T1H J; 3QGI A; 3TEH B; 3QAE A; 1U1P A; 1RIS A; 2FZC B; 4RW6 B; 4WYW A; 2VJU A; 3J7Y I; 1UVI A; 4IOB A; 1XMO F; 3ZTQ A; 1TL3 A; 4DS4 A; 4OZ1 A; 3KLF A; 1WF0 A; 2JOQ A; 3L3C A; 2OEL A; 1U8S A; 2MZQ A; 3VTI A; 4C97 A; 2DD8 S; 3K5O A; 2BRK A; 1RT3 A; 3HX9 A; 3CJ3 A; 3GQC A; 2DO4 A; 4X4Q A; 3MUR P; 4N56 A; 1H3D A; 3TR5 A; 3W2W B; 2XMA A; 1PYS B; 5DGB A; 1VCT A; 2HSE B; 1HAR A; 1RT6 B; 1NJZ A; 4IRD A; 1WHX A; 3KOA A; 2WB4 A; 5E3Q A; 2VFV A; 4C8N A; 2CQ0 A; 1HBO B; 3NAI A; 4CDI A; 1UFL A; 5CAA A; 2FDN A; 4UF4 A; 4P74 A; 4EWT A; 1HHT P; 3M9N B; 3FSY A; 4YOE A; 4QIW D; 1PO6 A; 3H59 A; 4DUY J; 2E7V A; 5CCL A; 3T1Y F; 3H5X A; 3PX6 A; 3SYZ A; 2AJ4 A; 3K5M A; 1F60 B; 1IKX A; 3HT3 A; 3BM7 A; 2W4C A; 2XY7 A; 4DX6 A; 3M32 B; 2W4D A; 2AU0 A; 2GS8 A; 4X4R A; 2JVO A; 3LF0 A; 1S1U B; 2L3M A; 1ZAX A; 4CT9 A; 3SQG B; 2ROG A; 4RX6 A; 3M7V A; 1YGY A; 2FGC A; 1YZ7 A; 2GVZ A; 1IUJ A; 1Y9O A; 1PYT A; 3OR2 B; 4USJ C; 3AA8 A; 4M5G A; 3M2R A; 1RTJ A; 1KQF B; 1S1V B; 5C5J A; 4OX9 F; 5LMU F; 2J0W A; 2AX1 A; 4YB5 A; 2GIF A; 1S10 A; 4B3T F; 1Z1Z A; 1QUP A; 2MQM A; 4NLS A; 4PRF A; 1WWH A; 2FY8 A; 4PG7 A; 2JJ4 D; 2XSJ A; 4OX8 A; 2H3E B; 1X9M A; 1GH8 A; 1V3S A; 4F50 A; 4YP3 A; 5LM7 E; 5J1E B; 1FRI A; 1TTH B; 3ILO A; 4Q45 A; 1ZAW A; 1AZS A; 4FS1 A; 1RTI B; 3KHR A; 4LVN P; 5B7W A; 1PKU A; 3GJQ B; 2OEJ A; 4X4U A; 1SVD A; 4Q2L A; 4OHX A; 4U67 Q; 3P49 B; 1B0V A; 3M6W A; 2XBP A; 3QIP B; 4NA3 A; 4IR1 A; 2ZUA A; 3W8P A; 2M7S A; 4K0K F; 5AJ3 J; 3DI6 B; 4CH0 S; 4K59 A; 2VKZ G; 4F36 A; 1F2G A; 3BS9 A; 1XK8 A; 5D0G A; 4KY3 A; 1DTQ A; 1Y11 A; 1VRT B; 2I6W A; 3V81 B; 2FC8 A; 4J9O A; 4AL5 A; 2R7S A; 2AKW B; 1LQ9 A; 4Z37 A; 3CVK A; 2VF3 A; 1OPI A; 1FJE B; 2VBZ A; 1HQE B; 5KT2 A; 5B0A A; 4FZV A; 2KT3 A; 1HNI A; 1YBT A; 5LJ5 Y; 4TU7 A; 2D3Z A; 2R7V A; 1R6Y A; 4UQT A; 4X65 F; 1KQG B; 4FXV A; 2H4W B; 4QIV A; 2YNH A; 1RQ0 A; 1HA1 A; 2Q66 A; 4ZHR A; 4ECV A; 3H5S A; 4DS5 A; 1L3K A; 1ZPW X; 1U0H A; 4PWW A; 2UVV A; 4PWD A; 2N4D A; 1NK5 A; 2EBE A; 2RUG A; 2QC3 A; 3HLU A; 4FYX B; 3BF4 A; 3D2W A; 2Z8Q A; 4N7T A; 4JI8 F; 1HPZ A; 4RNN A; 3PIP Q; 1HBU B; 4A8X A; 4HEA 9; 4ANC A; 2AYG A; 2H54 B; 4LBI A; 1QDU B; 5B0B A; 2HZC A; 4J7C A; 1UW9 A; 3FFI A; 1TKT A; 1KHW A; 5GAH I; 1MML A; 5LMU J; 1R0B G; 4R25 A; 1T9Y A; 4NLY A; 3TO8 A; 5C7P A; 2D69 A; 1YJT A; 1KOH A; 1X4E A; 3TA1 A; 1J5E J; 4NEY A; 2IJF A; 1LW2 A; 1JLC B; 4IG3 B; 3G8S A; 2U2F A; 5L1I A; 4AT1 B; 1RT4 B; 1N5Y B; 4DR6 F; 4DV3 F; 2C2K B; 3LGN A; 5GAH U; 2IC3 B; 1VQ9 S; 1VRU A; 2YKM B; 4WCE Q; 3CO9 A; 2ROP A; 3TWZ A; 3UI3 A; 2GJ2 A; 3K7R A; 1PG5 B; 5GMD A; 2DXE A; 1QVF R; 1H38 A; 1M1K T; 4K0K J; 4JV5 F; 4ZPD A; 4FS2 A; 1YJW S; 1IR1 A; 2PA8 D; 2FHO B; 4M8L A; 1UWB B; 1YZ6 A; 4RW7 A; 4QYZ J; 1BXN A; 4NCB A; 4NL5 A; 3DLK B; 4LFA F; 3MF5 A; 4DG1 B; 5AE3 A; 2BJ7 A; 1Q8B A; 2V67 A; 4DUT A; 1RYS A; 3K5L A; 2YXL A; 5AE2 A; 3I5C A; 1XTZ A; 1S76 D; 2DEI A; 2KT5 A; 2GW8 A; 1O5J A; 4MJK A; 4ECW A; 4NE9 C; 1TKX B; 3PR5 B; 1RXO B; 2XNR A; 2HK3 A; 3OV7 A; 3BO3 A; 2MZS A; 1JMT A; 4ZPC A; 3PRV A; 4ALZ A; 2NXU A; 3EZO A; 1VQP S; 4DWI A; 4Q8F A; 1N36 F; 4WJB A; 3MCM A; 1FKO B; 1WOS A; 4YN3 B; 3FRY A; 3OTO F; 3DFE A; 4LRC A; 3R5G A; 3PX4 A; 3BEG B; 1N5V A; 2CQD A; 2GC8 A; 2E5H A; 1D1U A; 1CQM A; 3QLH A; 2YNI B; 1QAY A; 3U27 A; 1DQ9 A; 4WKY A; 1Q7Y T; 1QTN B; 1H0H B; 3KKF A; 2KFN A; 3JXO A; 1KWM A; 3KHG A; 3GMG A; 4O3N A; 2UXD F; 3D0I E; 5I42 B; 3MED A; 1HMV B; 3IM9 A; 4XTT A; 1B4S A; 4RO0 A; 4DV3 J; 2BAN A; 2OLW A; 4ZVQ B; 5L1L A; 1U45 A; 3MWB A; 1VC6 A; 3NGR A; 3ZFV A; 3GR0 A; 1WKL A; 2WON A; 5IOL A; 2WOM B; 1SC6 A; 2KM8 B; 4F2R A; 2UVU A; 2D7S A; 2FQQ B; 1S1T B; 1MWY A; 3PW7 A; 1JXE A; 2GX8 A; 3FBC A; 4TY9 A; 3W65 A; 2PC6 A; 4CIO A; 2B51 A; 4F4X A; 2ZJR Q; 2W1B A; 2PO4 A; 1N8R T; 4DR3 F; 5C24 A; 1FX4 A; 2YKP A; 3TZW A; 4M5I A; 2HS0 A; 4KGZ B; 2V9W A; 2LQB A; 1S79 A; 1H7W A; 1LW0 B; 2A6M A; 4EEY A; 3D7S B; 3AY0 A; 3NCR A; 1NDL A; 1WAC A; 2GMH A; 3IMQ J; 4KFB A; 1S97 A; 1WOP A; 3CJ5 A; 3JTN A; 2B9E A; 4A8Q A; 2K1R A; 1X31 C; 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