The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
113
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structure length |
113
|
Chain Sequence |
VQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of a RNA binding motif protein 39 (RBM39) from Mus musculus at 0.95 A resolution
rcsb |
molecule tags |
Rna binding protein
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source organism |
Mus musculus
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molecule keywords |
RNA-binding protein 39
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total genus |
30
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structure length |
113
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sequence length |
113
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2011-05-25 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EGN A; 1YJ9 S; 3TP2 A; 1OWX A; 4TU8 A; 2MKS A; 3LQV A; 2QA4 S; 2CQ1 A; 2N3L A; 2MGZ B; 2DGO A; 5CA5 A; 1BY9 A; 3MDF A; 5DDR C; 3DLL Q; 1OIA A; 1NJI T; 2F9D A; 3THT A; 1R8P A; 2KXN B; 1X4F A; 1WF0 A; 2KYX A; 2O3D A; 1IQT A; 5GAE U; 1KOH A; 3CUN A; 2DNN A; 2HZC A; 3UCZ P; 2VON A; 2FY1 A; 1X4B A; 1KC8 T; 2DB1 A; 1VQN S; 1JJ2 R; 1QM9 A; 2MKI A; 3G4S S; 2XNQ A; 3H2V E; 2RS2 A; 1VQK S; 1UAW A; 3PIP Q; 5JVH Q; 4IUF A; 2KFY A; 4U67 Q; 3CCQ S; 2DNQ A; 2LYV A; 2MQP A; 2MQL A; 3IWN C; 3NMR A; 3VF0 B; 4TU9 A; 2ADC A; 1PO6 A; 1WI6 A; 3VAJ A; 4WFB Q; 2G0C A; 2KXH A; 3S7R A; 3CCM S; 3VAF A; 1OPI A; 2DNO A; 3I56 S; 1KQS R; 1H2V Z; 1HD0 A; 2YH0 A; 1U1R A; 2OIH A; 2LCW A; 4QU6 A; 1VBX A; 5LSL A; 3ULH A; 3CCV S; 1D8Z A; 1FJ7 A; 2MZT A; 4TU7 A; 3CPW R; 2MQQ A; 2LEC A; 2MJN A; 3S8S A; 2CQ4 A; 2KG0 A; 2HGM A; 2RQ4 A; 1Q86 T; 2M4M A; 3SMZ A; 2LA4 A; 2XS2 A; 2L41 A; 2AYM A; 1K8A T; 1N88 A; 1JJ4 A; 1HA1 A; 3P6Y C; 1VC6 A; 5DDP C; 3CUL A; 5GAG U; 4OZ1 A; 1WF1 A; 2D3O R; 3CME S; 1M5O C; 5JVG Q; 1NU4 A; 1VBZ A; 4FXW A; 3MOJ B; 2DHX A; 2DHA A; 4LMZ A; 3NNH A; 3G8T A; 5DM6 Q; 1VQM S; 1N52 B; 2JWN A; 1U1K A; 1X4E A; 2KVI A; 2BZ2 A; 2EK1 A; 1Q82 T; 1FJE B; 2CJK A; 2JX2 A; 2RRA A; 3MXH P; 3VAM A; 2DNR A; 5DDQ C; 1S72 S; 3Q2T C; 2X1B A; 1FJC A; 2EK6 A; 3P49 B; 3PIO Q; 5H1S V; 3FEY B; 2DGS A; 1RK8 A; 1U2F A; 1DHM A; 4W90 B; 1WEY A; 2N7C A; 2FPH X; 2Q79 A; 2QEX S; 2OSQ A; 2M8H A; 1U6B A; 2UP1 A; 2YH1 A; 4QU7 A; 2MB0 B; 1SJF A; 2KM8 C; 3RW7 A; 4V19 X; 1QVG R; 1X5O A; 2MJU A; 2XNR A; 2DH8 A; 2HGN A; 1U1O A; 1ZZF A; 2CPJ A; 4WFN Q; 4F26 A; 2LMI A; 3UD4 P; 3CCS S; 1SJ4 P; 3IRW P; 3CCJ S; 1SJQ A; 3U1M A; 2E5H A; 1VQ7 S; 2SXL A; 2LXI A; 2KN4 A; 2YWK A; 2EVZ A; 1N54 B; 2DNG A; 2KRB A; 1VC0 A; 2ZJR Q; 5HO4 A; 2J0S D; 5DDO C; 5LJ5 Y; 3FEX B; 1HL6 A; 2D9P A; 3SDE A; 3UWT A; 2NZ4 A; 3SXL A; 1WWH A; 4Y00 A; 2D9O A; 2NLW A; 2RUG A; 3TYT A; 1U1M A; 3BEG B; 2KRR A; 2KXF A; 2J0Q D; 1CVJ A; 1HD1 A; 3CCR S; 3K0J A; 3R1H A; 4OZ0 A; 1VQ9 S; 1KOO A; 2I2Y A; 1YTY A; 4F02 A; 3BO4 A; 1SJ3 P; 2XS7 A; 1YJN S; 1AUD A; 2MPU A; 2MKJ A; 2AD9 A; 1SXL A; 2OSR A; 2PE8 A; 2RS8 A; 1U1Q A; 2MMY A; 3SDE B; 5DET A; 2DH9 A; 2KG1 A; 1FXL A; 1VQ4 S; 2DNY A; 2KH9 A; 2OTL S; 2CQG A; 2MQN A; 2DGV A; 1XN9 A; 2F3J A; 2K8G A; 1K9M T; 2U1A A; 2E5J A; 3LPY A; 2X1G A; 1K73 T; 3ZZZ A; 2HGL A; 5CXT A; 3VAL A; 3G71 S; 4Z2X A; 4C7Q A; 4FXV A; 2DNM A; 2DIV A; 1WG5 A; 2FHO B; 4UY8 T; 2DH7 A; 5CYJ A; 3B4M A; 1FT8 A; 2HVZ A; 2DGX A; 2CQD A; 4YOE A; 1UP1 A; 1H6K X; 1ZZN A; 2DO0 A; 1X5P A; 2M88 A; 3EGZ A; 2CPE A; 3BO3 A; 1FO1 A; 3CCU S; 1U1P A; 3D2W A; 3G9C A; 1F9F A; 2LEB A; 3S6E A; 2CQP A; 2X1A A; 2PEH A; 3G96 A; 2DGT A; 1H2U X; 1N8R T; 3MUM P; 1JJH A; 4CIO A; 1W2B R; 1P27 B; 1X4C A; 2KT5 A; 2LXU A; 1QVF R; 3J7Y U; 5DM7 Q; 4P6Q A; 2OTJ S; 1WHW A; 2MKH A; 1X4D A; 2K3K A; 1YI2 S; 1YIJ S; 5LXR A; 5GAH U; 3BO2 A; 1YJW S; 4ERD A; 3MUT P; 1PGZ A; 5MLC V; 3CF5 Q; 1OO0 B; 2KHC A; 4TLQ A; 1DBD A; 3G6E S; 1M5K C; 2L08 A; 2DGQ A; 2U2F A; 3NS6 A; 5D78 A; 3VAG A; 3THP A; 2VOO A; 1DRZ A; 1KD1 T; 4PR6 A; 3MD3 A; 1WEX A; 2MKC A; 2RVJ A; 1S79 A; 3EX7 B; 5FJ4 A; 3VAK A; 1M1K T; 1B7F A; 2N3O A; 2V94 A; 2F9J A; 4IOC Q; 2ADB A; 3VAH A; 1FHT A; 3MUV P; 1U6F A; 2MSS A; 2CQ2 A; 1X0F A; 1YIT S; 4WFA Q; 1G2E A; 2GO9 A; 2JVR A; 5LSO A; 3UE2 A; 2JVO A; 2XS5 A; 1WG4 A; 3US5 A; 2M52 A; 2RU3 A; 2XSF A; 2DO4 A; 1WEL A; 2ZJP Q; 2MGZ A; 3NNA A; 5HL7 Q; 1VQ5 S; 2VOP A; 2MQM A; 5GAD U; 1H2T Z; 1X4A A; 2MKK A; 4F25 A; 5LXY A; 5GVQ A; 3I55 S; 1Q7Y T; 1DZ5 A; 2CPD A; 2MXY A; 2BOP A; 2DK2 A; 3P5T L; 3H2U B; 2KI2 A; 1WF2 A; 5D77 A; 1VQP S; 3BS9 A; 1WG1 A; 2CPI A; 2G1D A; 2FC9 A; 4UQT A; 4LIR A; 3HI9 A; 2CQB A; 3G8S A; 2MHN A; 3Q2S C; 3UCG A; 2CQC A; 3B4D A; 2LA6 A; 1URN A; 1UFW A; 1X5T A; 3JB9 k; 2MY8 A; 3TO8 A; 2DIS A; 2M8D B; 4CQ1 A; 2E44 A; 2E5G A; 1M5P C; 3UCU P; 2AYB A; 1U1N A; 5ITH A; 2MZR A; 2LEA A; 4IO9 Q; 2AYG A; 4CH0 S; 1R8H A; 4EGL A; 2MZ1 A; 3MI7 X; 2DNK A; 1JMT A; 2RNE A; 2RT3 A; 4BS2 A; 5IQQ A; 3HHN B; 1ZH5 A; 2GHP A; 3CD6 S; 4QQB A; 4YB1 P; 2LQ5 A; 2M2B A; 2CPF A; 2J8A A; 1RKJ A; 3CC4 S; 1WEZ A; 2A3J A; 3RW6 A; 2FC8 A; 2M7S A; 2RRB A; 4YUD A; 4W92 B; 2DNL A; 2CPH A; 2CQH A; 1P1T A; 1FNX H; 2RQC A; 2WBR A; 2MYF A; 4C4W A; 1WTB A; 1X4G A; 2CQ3 A; 3CMA S; 4PKD B; 2MY7 A; 2AYE A; 4LJM A; 3CCL S; 2L9W A; 3ZZY A; 4WII A; 2CQ0 A; 4C0O C; 2YKA A; 1WHX A; 4WCE Q; 1VC5 A; 2LKZ A; 3U1L A; 1D9A A; 1X4H A; 4WF9 Q; 5IFM A; 4CH1 A; 2KM8 B; 2MZS A; 2B0G A; 2M9K A; 2OJ3 A; 3MD1 A; 4Y0F A; 1UW4 A; 1VQL S; 1WHV A; 2ZJQ Q; 2MZJ A; 2VOD A; 5EN1 A; 1VQO S; 3OW2 R; 2XB2 D; 5IM0 A; 4J5O A; 4RU2 A; 2DNP A; 2MZQ A; 3S01 A; 3R1L A; 4IOA Q; 1YHQ S; 2G4B A; 2MST A; 2DGW A; 3CTR A; 3CC7 S; 2YTC A; 2ERR A; 2DNZ A; 2CPY A; 5LJ3 Y; 2CPX A; 1O0P A; 4M5D B; 3NNC A; 1X5S A; 1SJR A; 1U1L A; 3R27 A; 3V4M A; 5IM0 B; 2CPZ A; 2DHS A; 1VBY A; 2QFJ A; 2HYI B; 1A7G E; 2MQO A; 2N82 B; 3UD3 P; 1VQ6 S; 1M5V C; 3VAI A; 2DIU A; 4PRF A; 1WI8 A; 1M90 T; 4ZKA A; 2M0G B; 2CQI A; 2E5I A; 3CC2 S; 2DIT A; 2M70 A; 3P3D A; 1L3K A; 3NS5 A; 4QPT A; 3MUR P; 2KU7 A; 2DHG A; 2DNH A; 2I38 A; 2J76 E; 2X1F A; 1Q81 T; 4A8X A; 3CCE S; 4ED5 A; 1YWX A; 3CXC R; 2JRS A; 5GMK a; 1A9N B; 1NO8 A; 3N9U C; 1WHY A; 1VQ8 S; 5BJR A; 3L3C A; 3J7Z T; 4WKR A; 3DXB A; 2DGU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CJB A; 2EC2 A; 2J9D E; 3IAS 9; 2MGZ B; 3M1V B; 4F4X A; 5J2P A; 2GJI A; 4AND A; 1QUP A; 4JOU A; 1L3U A; 3Q83 A; 1X4B A; 3KUE A; 1EQM A; 2DVI A; 3TJ8 A; 3V81 A; 5THW A; 2XNQ A; 4N7T A; 4J9U E; 2LYV A; 2DEJ A; 4ZA1 A; 3IWN C; 3H59 A; 3KLG A; 4TU9 A; 3G87 A; 2ADC A; 2PA3 A; 2H5J B; 1KQS R; 2FHJ D; 5F0U A; 3QJP A; 5L1I A; 4EYI B; 2LCW A; 3EYZ A; 5FD1 A; 1OPZ A; 5AXL A; 3Q8S B; 4ZJO A; 4DV2 F; 2LEC A; 1N5Y B; 1UPP A; 4OHX A; 1TKD A; 1JLQ A; 1GTH A; 5J2N B; 3D1H A; 1N32 F; 2BJ8 A; 3K8W A; 1NPK A; 5F8N A; 1Q8I A; 3ZFV A; 3AOA A; 3C16 A; 4DL4 A; 2Y8W A; 4JBC A; 3GTY X; 1U4B A; 1SKU B; 5K8O A; 2VQF J; 4KGM A; 1CQM A; 1XWL A; 2X1B A; 1S6Q B; 1FJC A; 2QLX A; 1OSC A; 1TFW A; 3X1L B; 1YJV A; 4H4O A; 1RT3 B; 4XO0 A; 2MB0 B; 3KLE B; 1VLO A; 2ZZM A; 1ZZF A; 3K58 A; 2OPQ A; 3R5D A; 1SC3 B; 2HKE A; 1HI8 A; 5K8N A; 4QOT A; 4ECU A; 2J0W A; 1VS3 A; 4NPO A; 5AJ3 J; 4AL7 A; 1HBN A; 2WCX A; 3W5Y A; 2ZOM A; 1Q16 B; 5IZH A; 2J8S A; 2V8P A; 1FRL A; 2QLF B; 1NHV A; 1JXE A; 3H90 A; 2D9O A; 4RX6 A; 4Q0B A; 3Q8V A; 1RCX B; 3CCR S; 1HLW A; 2OGU A; 2IM0 A; 1N0U A; 4M5I A; 4PXE A; 2RS8 A; 3UW1 A; 3MWB A; 1R0A B; 1T3O A; 4FYD A; 2ZDP A; 3R6G B; 4H4K A; 3GV8 B; 3HVA A; 3Q0A A; 1QTN B; 3CIM A; 4CP5 A; 3K8V A; 3FJ2 A; 2BJD A; 2HHV A; 9RUB A; 4FXV A; 3SFG A; 4U7C A; 3JSY A; 3IRX A; 5CYJ A; 2WRM A; 3DOM A; 4GO5 X; 2JOQ A; 4I64 A; 4DN9 A; 1U0S A; 1GEH A; 3TZY A; 4GRS A; 1E6Y A; 1PIE A; 3C8Y A; 2JFD A; 3A4T A; 2D41 A; 3KTQ A; 3EGW B; 1FDA A; 3ZZP A; 3J7Y U; 1CC7 A; 2GV1 A; 1X4D A; 4AYB D; 3BO2 A; 4WP3 A; 1PGZ A; 3OLA A; 3A12 A; 4QW8 A; 2RJZ A; 1K44 A; 1RAF B; 2GO8 A; 1YRT A; 1KQK A; 2F4V J; 5B0A A; 1Q5V A; 2JH3 A; 4ZVP B; 3KHH A; 3PYF A; 2NXN A; 2MGZ A; 3EE3 A; 1B99 A; 4FNI A; 4RW7 A; 2DK2 A; 1RZM A; 3D3C J; 4OX9 J; 2V4J A; 1U45 A; 1MN9 A; 3KHG A; 2J7U A; 1RWV B; 4JI7 J; 4NA3 A; 4B3M F; 4NXM F; 4DR7 F; 3PX6 A; 3IC1 A; 3LGN A; 2E1A A; 1X60 A; 5IQQ A; 1J5E F; 3J7Y I; 2AJQ A; 1SCJ B; 3M6X A; 3NGR A; 2N7Y A; 3K17 A; 5ETP A; 1FKP B; 2FC8 A; 3HFV A; 4J9L A; 3IG1 A; 2WON A; 1VFJ A; 2RAQ A; 2B7C B; 4JUZ A; 3CO9 A; 3A1Y G; 2XY5 A; 3QYY A; 2K1R A; 1JKH A; 2R7V A; 2O5D A; 4P72 A; 5HQL A; 5ETL A; 3BPS P; 4FF3 A; 2E1P A; 3UDV A; 2LQ9 A; 2FUG 9; 2HNY B; 4NXN J; 1JJC B; 1RSC A; 4DBQ A; 3R6L B; 1IXK A; 4OV1 A; 1N5V A; 2ZH1 A; 1EP4 A; 2VAS A; 1RT3 A; 4FBU A; 1DTQ A; 2E1M C; 4KHR A; 3I0R B; 2MQO A; 4F50 A; 2YX7 A; 4CDI A; 4PRF A; 1WI8 A; 1EZZ B; 1CJK B; 1T9X A; 5HRO B; 3P3D A; 4TXS A; 1L3K A; 2VC0 A; 1WTF A; 2ASJ A; 5J2Q B; 4DFM A; 4Y2A A; 3D66 A; 2DT9 A; 2IVM A; 4HT7 A; 5HSP A; 1I5O B; 3TP2 A; 2E5L J; 4DLE A; 1UFK A; 2N3L A; 2GW8 A; 4RPF A; 2XG8 A; 3R5B A; 4U9R A; 3DDK A; 4IYQ A; 1OIA A; 3VGT A; 2Q6C A; 5IWA J; 2O3D A; 1S57 A; 2UXB F; 1R0A A; 4UTG A; 4DV4 F; 4Y34 A; 2FY1 A; 3QT6 A; 3PHT A; 3G4S S; 3QSY B; 3PXG a; 4ZN3 A; 2NSB A; 4I0W A; 3N01 A; 1NSQ A; 4WXW A; 1KTQ A; 4PXD A; 1KRP A; 2AKW B; 3VV2 B; 1U25 A; 5KFH A; 2RQ4 A; 3SMZ A; 3OUY B; 3G6X A; 1GNK A; 1WAC A; 3TAP A; 5DQG A; 1RHU B; 2YKN B; 3PRB A; 5JVG Q; 3ZNU A; 2HQI A; 2FGO A; 1EET A; 4YB5 A; 1HBM A; 2XBP A; 4PWW A; 2JWN A; 3MR3 A; 2FLO A; 4X4T A; 4JI6 F; 4BBY A; 1WOR A; 4C8Z A; 1AB8 A; 3V4I B; 1U2C A; 1AZS A; 4Y2C A; 3H4B A; 4NX9 A; 5CYM A; 1DJ0 A; 2GZO A; 3RTV A; 2GMJ A; 5EWF A; 4JI5 F; 2OSQ A; 5E7O B; 3W61 A; 2ASY A; 1F9E B; 3D0G E; 2BAN B; 1Y4Z B; 3EUN A; 1X5O A; 2XNR A; 2PEB A; 1IR1 A; 1U1O A; 1T7P A; 3H5X A; 2Y0B B; 4QIG A; 2V50 A; 4HAC B; 5EHH A; 1Y5L B; 1J27 A; 2VG7 B; 3OTO F; 2FLL A; 3ZZU A; 1BQM B; 3BEG B; 1IBK J; 1Z2Z A; 2JC1 A; 4J9K A; 1HPZ B; 2ZUA A; 4UZB A; 1JNZ B; 3BKU A; 1X8D A; 3PW4 A; 4LF5 J; 4L3K A; 1TKZ A; 1DLO B; 2XZD B; 3AJ1 A; 5D3G A; 2DH9 A; 1TK8 A; 2BYC A; 4I67 A; 3LPE A; 1KBR A; 4FPR A; 4DCO B; 1SB6 A; 2X1G A; 4FS1 A; 3TI0 A; 3QZ8 A; 2R2R A; 1LW2 A; 3PY8 A; 3A3P B; 1XK8 A; 4QYZ K; 1X9W A; 1UZH A; 2FZC B; 2BJE A; 5IT4 A; 2ZBQ A; 4DQS A; 3MOZ A; 4CIO A; 4PG5 A; 1C0U B; 1I3O B; 4F67 A; 5DM7 Q; 4P6Q A; 1WHW A; 4ECZ A; 2BA9 A; 1VIS A; 1HQE B; 1N36 F; 4AL5 A; 1JLE A; 4ZP6 A; 5DG9 A; 4KJI A; 1RXO B; 4OX8 A; 1SH2 A; 3FQL A; 4L73 A; 1CJK A; 3ILL A; 2OPP B; 3C66 A; 1WC4 A; 2C42 A; 5CD4 A; 5KG4 A; 2IBO A; 2N3O A; 1U26 A; 3J81 Y; 1KN6 A; 2YQ1 A; 1RAC B; 2ADB A; 2QLW A; 2QA1 A; 1RHJ B; 1X0F A; 3P4U B; 4JI2 F; 3M32 B; 2JVR A; 5LSO A; 4G6V B; 3BF4 A; 1WG4 A; 3M2V B; 4ZVU B; 4F3M A; 4X66 F; 2VJV A; 3SSS A; 3DYA B; 3PFO A; 2EFP A; 1LEO A; 2E29 A; 4FDF A; 2HHX A; 3I9V 9; 5D15 A; 3CJK B; 1TQL A; 2POK A; 1S0O A; 4O3P A; 3BS9 A; 3U27 A; 3KMS A; 4USV A; 1SKS A; 2D7S A; 5HAO A; 2KTQ A; 1VRQ C; 2LFV A; 2CQB A; 5KG1 A; 3Q2S C; 1OY6 A; 1Z4U A; 2B4V A; 1Q95 G; 4ZJQ A; 1S6P A; 2MEW A; 1RDR A; 3HFK A; 2UUT A; 1W25 A; 1Q8L A; 3FCH A; 2PMW A; 1HAR A; 1D3W A; 3MI7 X; 1VOM A; 3RB3 A; 2OEM A; 4RNM A; 4DV0 F; 2LQ5 A; 3Q23 A; 3KNA A; 4JB8 B; 1IM4 A; 1GMW D; 3CJQ A; 1PC5 A; 2CQH A; 3GIL A; 2Y1I A; 3ILJ A; 4NRT A; 4QJV A; 1ACM B; 4ITS A; 2YKA A; 2LDI A; 1O5J A; 5E41 A; 2M9K A; 3CJ3 A; 4LFA F; 2EI5 A; 2LVW A; 4F0H A; 3GQC A; 2IM3 A; 3ICL A; 2ZJQ Q; 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