The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
80
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structure length |
79
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Chain Sequence |
HMEAVQNRIVEAAERVPGVRGVIHLRARYVGQDIWAAMIIGVDPENTVEQAHEICEAVQAAVGKIRRIESLHVSAEARE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cation diffusion facilitators transport initiation and regulation is mediated by cation induced conformational changes of the cytoplasmic domain
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal transport
|
| source organism |
Magnetospirillum gryphiswaldense
|
| molecule keywords |
Magnetosome protein MamM
|
| total genus |
23
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-02-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Cation efflux protein, cytoplasmic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BYR A; 3W8P A; 3W63 A; 3W5Z A; 3H90 A; 3W5Y A; 3W65 A; 3W62 A; 3W66 A; 3W61 A; 5HSP A; 3W64 A; 2QFI A; 2ZZT A; 3W8G A; 3W60 A; 3W5X A; 3BYP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KT4 A; 3F41 A; 3CD6 S; 5IXU A; 3SIP B; 2HK2 A; 4FKX A; 1S49 A; 2YWG A; 4LF4 J; 2C1E B; 4E2F B; 4K2J A; 4OYO A; 2IRY A; 4ZP8 A; 4MKV A; 4FXD A; 2GIF A; 3MED A; 4H4M B; 3JSY A; 4ECS A; 3NRB A; 2ILZ A; 3IG1 B; 2WCX A; 4B9M A; 3SDE B; 3QJJ A; 2ZNZ A; 1OPZ A; 3ZZP A; 4XPC A; 3MZI A; 5I42 B; 3T3F A; 2EBG A; 4OYX A; 2OTL S; 3HM9 A; 4PPZ A; 1X31 C; 2FHK A; 3HO1 A; 1M1G A; 2UUB J; 3AQO A; 3EPG A; 1LOU A; 3HX9 A; 4PWD B; 2X7I A; 3HHL A; 2W9C B; 2DTJ A; 4DCP B; 3UNG C; 2B4U A; 2R4F A; 1SBR A; 2F40 A; 5F3T A; 2ZD1 A; 2DNY A; 3S8S A; 2XS5 A; 3M2V A; 4PUO A; 4R8U A; 3QYY A; 1YSJ A; 2LXU A; 3MPW A; 3DLK A; 1JB0 C; 2ZIT A; 2WON A; 3H2L A; 4P6Q A; 3BB5 A; 1WKJ A; 2QA2 A; 2GMJ A; 2QRR A; 2BZ2 A; 5GAH U; 4QIV A; 2YWE A; 3KLI B; 2DNR A; 2IVM A; 1S6Q A; 4MAK A; 3D1H A; 2MYF A; 2WW8 A; 2XBP A; 3Q22 A; 1S0M A; 2J7U A; 3RRG A; 4KHR A; 5J2N A; 2ZUA A; 1FRH A; 4M5D B; 3SEO A; 4J90 A; 1C1C A; 2RD5 C; 5M2P A; 2WVD A; 2JRS A; 5GAG U; 3VQT A; 2A1B A; 1WTF A; 2OPS A; 1TL1 A; 2G2Z A; 1AA1 B; 5DQG A; 2RQC A; 1ZYQ A; 3LAM A; 2B51 A; 2Z30 B; 2BV3 A; 3TJA A; 3OSP A; 2HHH F; 2XS7 A; 4KRW A; 5LXR A; 4ECX A; 2WB4 A; 4RU9 A; 1JJ2 R; 3LH2 S; 4X4R A; 1GK8 A; 2E44 A; 3MR7 A; 1RLD A; 4DR5 J; 4XDD A; 3J81 Y; 4EGL A; 1Q5V A; 1XIQ A; 2AJQ A; 1WI6 A; 2BQU A; 4ZKA A; 2BE7 D; 2E1A A; 1J27 A; 2W2P P; 1UVM A; 5DLF A; 3Q8U A; 1H3D A; 2BW2 A; 4I56 A; 3EZU A; 1NSQ A; 1K0V A; 2VJU A; 2YKA A; 3GR1 A; 1EP4 A; 1OS5 A; 1GTE A; 2LA6 A; 3TVZ A; 1J5E F; 1FKO A; 1XJW B; 2HK3 A; 4ZLJ A; 1U6Z A; 1LK5 A; 3ZZU A; 2RE1 A; 2C2Z B; 3V4I A; 2KN4 A; 4O0N A; 1LKZ A; 4DPY A; 3GJS B; 5KAK A; 2KTQ A; 2N7Y A; 3NNH A; 2BAN A; 1JJH A; 3C14 B; 3ENW A; 3PO4 A; 2VBW A; 3DOM A; 3K59 A; 1C0U A; 2RKI B; 1RWO B; 1WEZ A; 4NI2 B; 2PII A; 4D3G A; 3H59 A; 3NGK A; 2MQL A; 2YNG A; 2EFV A; 2UXC F; 2W7A A; 5KFQ A; 1KHV A; 3LAN A; 4DWI A; 3IS9 A; 4L73 A; 5HVH A; 3VHQ A; 1FES A; 3CMQ A; 1V3R A; 4HAC B; 3DRR A; 3DNC A; 3THT A; 4USJ C; 2W4C A; 2ROG A; 4DG1 B; 2YNI A; 2JLF A; 1MU2 A; 3LA0 A; 4O3Q A; 3BO3 A; 4NLP A; 5B0A A; 3PY8 A; 4NXM J; 3DRP B; 3I55 S; 5D4P A; 2ZHA A; 1IUJ A; 1K9M T; 1HNX J; 4DR6 J; 2QTW A; 1T94 A; 4M8L A; 1TL7 A; 3G4S S; 3D7S B; 3L95 X; 1H7W A; 1TKX B; 1ZS6 A; 3TUP A; 4GRS A; 2KVI A; 3JQM A; 2RSQ A; 3QGP A; 1JNR B; 1X60 A; 1BE4 A; 2CAD A; 1KLM A; 5KOX A; 3BQ1 A; 2DH9 A; 4QIW D; 4TVA B; 2JSX A; 1XBW A; 3PKY A; 3J7Y U; 2BX6 A; 1FXD A; 1DTT B; 2W8L A; 7FDR A; 3VWS A; 1U1R A; 2DGX A; 2YBV A; 3JTN A; 1X4F A; 2HVH A; 1G1X A; 3KWM A; 1UVK A; 3BBB A; 3PV8 A; 1TR0 A; 2AYE A; 1JIH A; 4LBI A; 4TY8 A; 1RIS A; 3QWU A; 2Z57 B; 1RT5 B; 3CIM A; 4UY8 T; 4G1Q B; 3DC2 A; 1Y0H A; 2ASY A; 5J2P A; 1IKW B; 4TXS A; 1AFI A; 3BR8 A; 3HFZ B; 2RUS A; 1Y5N B; 2BE2 B; 1YJ9 S; 4AND A; 3JQK A; 1O6X A; 1IBL J; 1N5S A; 4UUW A; 1ELO A; 4KV8 B; 3M8P A; 2FVQ A; 4IFV B; 4F0K A; 3KHH A; 1M1H A; 3PRB A; 3VGT A; 2B5J A; 2JEF A; 3ZZR A; 2DPJ A; 1Q53 A; 3OVA A; 3OFF A; 1M5V C; 3EX7 B; 1EKS A; 3E01 B; 1HPZ B; 1O5J A; 1ZAX A; 1SPB P; 3BQ0 A; 1GEH A; 2M7S A; 4W4M A; 5AXM A; 1KN6 A; 2I8E A; 4OZN A; 3QGI A; 4NCG B; 2JC0 A; 4YB6 A; 5HP1 A; 4EBC A; 1CC7 A; 1OYE A; 3HSD A; 1PG5 B; 2KU7 A; 2DCU B; 2XLJ A; 5J1E B; 1N52 B; 1TKT B; 3MD3 A; 5AXK A; 4RUH A; 1K1S A; 4QW9 A; 2XLK A; 2ZWP A; 1R0A A; 1U45 A; 2VZ9 A; 3BJY A; 1JLE A; 1MN9 A; 2DJW A; 3GG1 A; 1C0T A; 4IFY A; 1U0S A; 2VPY B; 4OLP A; 2NQP A; 2DIU A; 1S1V B; 4LRA A; 3BYR A; 2V6A A; 2FLN A; 2B0G A; 1WHW A; 2CFX A; 3Q2S C; 5L39 A; 1D9F A; 1FD2 A; 3K5N A; 2KRB A; 4DN0 A; 5IT4 A; 3VAJ A; 5A2Q U; 3PDN A; 3V5R A; 4OYB A; 3H20 A; 3K2Y A; 2CPI A; 1GAO A; 1VHF A; 4X64 J; 4TYB A; 1RT3 B; 3GYN A; 5JUM A; 4WPA A; 1SKS A; 2C3P A; 5K14 A; 2VPZ B; 2QC3 A; 4ILM A; 1S9E A; 1YX2 A; 1SB6 A; 5LSO A; 2NUH A; 3KLF B; 3TA1 A; 5CD4 H; 1YBT A; 3Q0A A; 4Y34 A; 1FDA A; 3FGV A; 2VFS A; 2K8G A; 3NWG A; 5CYM B; 2CVE A; 3L09 A; 1J2V A; 4USH A; 2DR5 A; 3LP1 B; 1HBO A; 3PEJ A; 1ZPW X; 1R6Y A; 2XUL A; 1U1N A; 4NL5 A; 1R8H A; 2EKY A; 2WB1 D; 4LF1 A; 4B9V A; 1R8A A; 1RU1 A; 3MAQ A; 2F65 A; 2QA4 S; 3ZO7 A; 3D9B A; 3JSR A; 2W25 A; 1PJ6 A; 4MIA A; 1NU4 A; 1SJQ A; 1VYA A; 3RUB L; 4ALZ A; 1HQU B; 5CH7 B; 3IGN A; 2RQM A; 2C3Y A; 1RAA B; 2L41 A; 5IM0 B; 2OPR B; 5IC4 B; 2JX2 A; 1JXV A; 1M5S A; 5KFY A; 3QSY B; 3OTB A; 3PKM A; 4C0O C; 3P8B B; 3KK1 B; 1XEZ A; 2BAC A; 4FF4 A; 2VG7 A; 1ULR A; 2VA2 A; 2YKM A; 2EXU A; 5J2M A; 4WP3 A; 2QG9 B; 3CXC R; 2JZ5 A; 4KKO A; 2PI4 A; 1FXL A; 2ZWO A; 3EM1 A; 4G6V B; 1SH2 A; 1XK8 A; 2RF2 A; 1QY7 A; 4WYW A; 1I3O B; 3FKB A; 4N56 A; 2IMO A; 3K8V A; 1QUV A; 4DSF A; 5C25 A; 4Q2L A; 4JI8 J; 4ZPB A; 4K7Q A; 2B6A A; 3MCM A; 1HQ2 A; 2AMC B; 4LJM A; 1TU0 B; 3RR7 A; 1DAX A; 2JVR A; 1SIW B; 2LLZ A; 4S0M A; 1GT8 A; 1RHR B; 5LJ3 Y; 2WZ1 A; 3PNI A; 1HWJ A; 4E0D A; 2WOM A; 4FYV B; 1WAC A; 4IDK A; 3ONQ A; 3X1L B; 5FII A; 3H98 A; 3AJD A; 3PW2 A; 3M8Q A; 2P9C A; 1B0V A; 1GTH A; 4LF9 F; 3JS9 A; 2O66 A; 1MRO A; 2DRD A; 4JV5 J; 2D69 A; 1RTJ A; 1FXR A; 2QEX S; 5ETV A; 1PIE A; 3N6N A; 3GFY A; 2EC2 A; 1YJN S; 4RW7 A; 4PQA A; 1T9W A; 2CQ0 A; 3E8O A; 4WXW A; 3EE3 A; 5ETQ A; 1CC8 A; 4PQU A; 4NLO A; 1NDP A; 5J2Q A; 4WFN Q; 5DZ7 A; 2Z2L A; 1G2E A; 1DLO B; 4DZ6 A; 3D6M B; 1N6Q B; 2UV8 A; 1UCN A; 4YR2 A; 1AUS L; 2DNG A; 5THW A; 1N34 F; 1WTB A; 3VAH A; 3AQP A; 2DCL A; 4ZVG A; 3ZTQ A; 2DIV A; 3BBF A; 2HAF A; 1KOO A; 3NGR A; 4U9R A; 3C19 A; 4V1A k; 1D8Z A; 2KM8 B; 3T1Y J; 3GWC A; 4OL8 A; 3NWR A; 2V4J A; 2CQC A; 3HT3 A; 3AHP A; 4TU9 A; 3SCJ E; 2N82 B; 3G6E S; 3THP A; 5B0C A; 4F67 A; 2IM1 A; 2XYH B; 3IRX B; 4CM0 A; 4G65 A; 2R8K A; 2GVD A; 5L1J A; 4UZB A; 2CDR B; 4X66 J; 4B9S A; 4DL2 A; 2OKQ A; 4ELV A; 4MKA A; 3NAI A; 2BYC A; 3LWL A; 5LMN J; 3ZZY A; 4QYZ J; 2OEK A; 4LSN A; 2ZH7 A; 3UDL A; 1Q82 T; 4FVC A; 1W2I A; 2QA4 G; 4OHY A; 5CZX A; 3OR2 B; 1ZM3 A; 2RVJ A; 2Y0B B; 4ELU A; 1Y7P A; 1EET B; 1NK4 A; 1S1U B; 1BD6 A; 5F8N A; 4CH0 S; 2ZH9 A; 4DUY J; 1IXK A; 3T6B A; 4RW6 A; 4CLP A; 2E1M C; 3I32 A; 3K17 A; 2XY7 A; 4C3L A; 3IR7 B; 3CC2 S; 2F7V A; 3OJS A; 2D3O R; 3KDO A; 3WQP A; 1PAE X; 3CDE A; 4PYA A; 2BRK A; 2V2Z A; 4ZVQ B; 3PX0 A; 3U7J A; 2RDJ A; 1RWN B; 3MED B; 1W2B R; 3MCS A; 4B3T J; 2PO4 A; 3PZP A; 3OXG A; 5ETO A; 1RCO B; 3QGG A; 2ILY A; 1U25 A; 5HQL A; 4DL0 C; 1XNQ F; 4DR1 F; 3WIU A; 3B54 A; 2J9D A; 2W1B A; 2IHR 1; 4WXO A; 2AJ4 A; 3CVK A; 2AYM A; 4OYZ A; 1FK9 A; 3GJQ B; 1FFG B; 3FRZ A; 2XMW A; 4Q0B A; 1NKE A; 2ROP A; 4PR6 A; 3OVB A; 3CF5 Q; 2ZD1 B; 5HMY A; 3H40 A; 4R8U B; 2YNH B; 3DLK B; 4WKY A; 2RDI A; 2WON B; 4ID5 A; 3HF5 A; 1H98 A; 2XGP A; 1B0P A; 1JLQ A; 3M1V A; 2EFQ A; 4JV0 A; 2MLX A; 3O8W A; 1W25 A; 1U2R A; 5D4N A; 3BGU A; 1S6Q B; 4N77 A; 2IA0 A; 3OTC A; 1KNZ A; 1NAQ A; 4JI2 F; 3FDS A; 3AJ1 A; 2HIQ A; 5J2N B; 5C2G A; 2CG8 A; 4N7T A; 3BV8 A; 3QRP A; 5DJB A; 2FVP A; 2V9K A; 3SSS A; 1C1C B; 4DV6 J; 1H73 A; 3JB9 k; 5U47 A; 2OPS B; 4ED5 A; 1N33 F; 2VUG A; 2JLG A; 3OVS A; 5HQ8 A; 2OUG A; 2XHC A; 4UST A; 4U7C A; 2XQC A; 3TA0 A; 2A18 A; 1YRU A; 3V6K A; 4WKR A; 4OHZ A; 5M2R A; 3CD7 A; 4ZP7 A; 3MM8 A; 4ED0 A; 2HMI A; 3C6U A; 1QVF R; 4QWE A; 3IBW A; 1W7W A; 1SH3 A; 3U1L A; 2CJK A; 2AW0 A; 1MW7 A; 1EIY B; 2DNL A; 2QLF B; 1KC8 T; 4Q44 A; 2ZHO A; 4M63 A; 2UZA A; 2BVZ A; 4KH1 B; 1X4C A; 1YBU A; 2CJ9 A; 1EP4 B; 1A0O B; 1S9G B; 2CPE A; 2UUT A; 1H38 A; 2DXF A; 3LPY A; 1V3Z A; 1DAR A; 1CJT B; 1S1W A; 2NXC A; 4DR7 F; 5FDL A; 3BSN A; 4LQ9 A; 5C42 A; 2FLO A; 2R2T A; 1HNZ F; 2P5V A; 2D3U A; 3UD4 P; 3F56 A; 2BAN B; 3FBB A; 1VQL S; 3A3N B; 3U02 A; 3D6T B; 4I2P A; 3DOM B; 3CCE S; 4NEZ A; 4W92 B; 1C0U B; 2WVE A; 3M32 A; 2KJV A; 4LMZ A; 3IBF B; 5EX3 A; 3KJQ B; 4F2R A; 3CC7 S; 1TMM A; 3HFV A; 4LRB A; 2ASD A; 2YNG B; 3KMQ A; 2VIC A; 1X4E A; 2JJ4 D; 1Z4U A; 3W5X A; 1XR6 A; 3VAI A; 4CWB A; 1F3V A; 2AIR B; 2XY6 A; 1VLO A; 2HHH J; 2QJ3 A; 4NLU A; 4OI2 A; 3UNY A; 2F4V F; 3TJ8 A; 2VIH A; 1FCA A; 4EEY A; 3N79 A; 3DRR B; 2YNI B; 4OYI A; 4X4Q A; 1MU2 B; 2RQK A; 3NLC A; 2BBE A; 3PTW A; 2YWH A; 1V9O A; 4NLR A; 3NMA A; 1VCT A; 2E1R A; 1Q4R A; 2AGP A; 4RNM A; 3F0N A; 1YZ6 A; 1FI4 A; 3GIR A; 2L08 A; 1TL7 B; 4ZCM A; 2COL A; 3NS7 B; 4IRK A; 3NL0 A; 3E2E A; 3TWZ A; 4F3M A; 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1B70 B; 4CO5 A; 3ETO A; 5ETM A; 1NZ8 A; 3O1L A; 4ZPV R; 4FZV A; 3FEX B; 4OI4 A; 3TX8 A; 3LW5 C; 2XMU A; 1JLE B; 2IDE A; 2FHJ A; 1T9T A; 3OHB A; 2H51 B; 2GA7 A; 2RS2 A; 4IFY B; 4FDF A; 3PFO A; 2IYI A; 3CD5 A; 3BDP A; 4IG3 B; 1F5B A; 3IR6 B; 5K20 B; 2AZ1 A; 1NJI T; 5KT6 A; 1HBN A; 3BSC A; 1URR A; 4HVZ A; 1TK0 A; 3M6W A; 5F8M A; 4JI3 F; 1QAX A; 4Z7C A; 1A9N B; 3CIZ A; 2FC9 A; 1X0P A; 1D09 B; 3SZ2 A; 1YBA A; 2W7O A; 2E29 A; 4H4K C; 4OV1 A; 1N5V A; 3DRS A; 2DXD A; 1SVD A; 1VC6 A; 5HK4 A; 1LQ9 A; 2KT2 A; 4LFA F; 4TU7 A; 4ECT A; 1S5Z A; 3DI6 A; 4K4X A; 1ZOT A; 4RU2 A; 5KFC A; 1TQL A; 1FKP B; 5GVQ A; 5IFM A; 2OSQ A; 2ZBR A; 5L8R C; 1G4C A; 1T9U A; 4OZ1 A; 4BCA A; 5K14 B; 4ZJQ A; 4CIO A; 1S9E B; 4PG5 A; 4KO0 B; 2XGQ A; 3V6H A; 3CPW R; 2BOA A; 2IPO B; 3JQJ A; 1JLB A; 2YX4 A; 4RJV A; 5FLX U; 3TEH B; 2XMV A; 2RU9 A; 2LYV A; 2UUB F; 3MEK A; 1QE1 B; 2NXE A; 3ENA A; 1HBO B; 3MUM P; 1IBM F; 6AT1 B; 1S4F A; 1SKW A; 2MGZ A; 4AXI A; 3ZXW A; 2ZOF A; 2V9W A; 2HQD A; 1WHY A; 1KFS A; 1HHT P; 3NBP A; 3DYA B; 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