The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
98
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structure length |
98
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Chain Sequence |
KIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRKTIEQLMTLDLPTGVEIEIKT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
molecule keywords |
16S rRNA
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total genus |
16
|
structure length |
98
|
sequence length |
98
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2012-02-22 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
J | PF00338 | Ribosomal_S10 | Ribosomal protein S10p/S20e |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Ribosomal protein S10 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DUZ J; 4JI3 J; 1XNR J; 1HNZ J; 1IBL J; 4B3S J; 1HR0 J; 4DV6 J; 4DR4 J; 4OX9 J; 4LF9 J; 4DV2 J; 2UUC J; 3J7A N; 4DV1 J; 4LF7 J; 5LM7 E; 4LFA J; 4KYZ A; 2E5L J; 2VQF J; 4NXN J; 3R2D J; 2UXB J; 4KHP J; 4YY3 J; 4DR6 J; 1XMQ J; 3J80 U; 2VQE J; 1J5E J; 4DR3 J; 1FJG J; 4LF6 J; 1N32 J; 2F4V J; 4KY3 A; 4GKK J; 5BR8 J; 4GKJ J; 5A2Q U; 1HNW J; 4NEY A; 4PWW A; 4LFB J; 2UUB J; 4AQY J; 4JI4 J; 4YHH J; 4JI8 J; 4DV7 J; 2KL8 A; 4JYA J; 3J81 U; 4LF4 J; 3IMQ J; 4DV4 J; 4DV0 J; 2MEW A; 1I94 J; 3D3C J; 4B3M J; 4LF5 J; 4X62 J; 5LMN J; 4DV5 J; 1XNQ J; 1IBK J; 2HHH J; 1IBM J; 3OTO J; 4DUY J; 4K0K J; 4DR7 J; 4HHU A; 2KVQ E; 4JI0 J; 4DR1 J; 4X66 J; 3W1Y C; 4X64 J; 2UU9 J; 4LFC J; 1XMO J; 3R2C J; 4V1A k; 5IT9 U; 2UXC J; 3T1Y J; 4JI1 J; 1N36 J; 2MQ8 A; 4NXM J; 1N33 J; 4JV5 J; 5IWA J; 3JAM U; 4DR2 J; 4RJV A; 4JI7 J; 4JI6 J; 4B3R J; 2UXD J; 1HNX J; 2ZM6 J; 1N34 J; 4B3T J; 4DR5 J; 5LMU J; 3D3B J; 3T1H J; 5AJ3 J; 4NEZ A; 2MTL A; 4X65 J; 5FLX U; 4JI5 J; 2UUA J; 4LF8 J; 4JI2 J; 4DV3 J; #chains in the Genus database with same CATH topology 3C6T A; 1EZZ B; 1YVF A; 1E6Y A; 1LW2 A; 4LF9 J; 3QJL A; 4DUY F; 2YVS A; 2ZFH A; 3R7B B; 1H2V Z; 1SV5 B; 1FKO A; 4LMZ A; 5D4N A; 4KPY A; 2KYX A; 1NAQ A; 3H59 A; 1RTI A; 2OPR A; 2HZA A; 2Z57 B; 4C11 A; 4F0K A; 3KWM A; 5L8R C; 3CWJ A; 3VAK A; 2YX1 A; 2ZBR A; 1CJK A; 2LYV A; 2QX0 A; 1LQ9 A; 4RW4 B; 4RUH A; 2HHV A; 3UR0 A; 4RW6 A; 2DGO A; 1TMM A; 1TTH B; 4HYK A; 1KN6 A; 3GFH A; 3J7A 1; 4LQ9 A; 1TL1 A; 4DF4 A; 3IXQ A; 3NS6 A; 1CQM A; 1QUP A; 4RLE A; 3R2C J; 1WTF A; 3UNY A; 2HQF A; 4HVZ A; 2GJI A; 1U4B A; 4X4O A; 5LMN F; 1H3D A; 3C6T B; 5ETM A; 5JXS A; 1VQ4 S; 1LW2 B; 1JLQ A; 1AYE A; 1XWL A; 2LMI A; 3S01 A; 4ED6 A; 5ADZ A; 2YKM A; 1FKO B; 7FD1 A; 4PG6 A; 1T94 A; 3BGO P; 2XZD B; 2OPR B; 5HQL A; 1LFW A; 2DR8 A; 4X62 F; 4C11 B; 2A3J A; 2HYI B; 5CHC B; 4J9S A; 2I5J B; 1UP1 A; 2AYE A; 1CJK B; 4A8Y A; 3HSJ A; 3LF0 A; 2MZS A; 4XK8 C; 5DDQ C; 4IQM A; 3LTO A; 1U1L A; 1VI7 A; 3OTD A; 3M9M B; 4RWW A; 1TL1 B; 2CJA A; 3UW1 A; 1XBW A; 1RWO B; 4YB5 A; 2AHO B; 4I2P A; 5F3T A; 4WYL A; 2R7O A; 3NMA A; 4N76 A; 2BAC A; 1Q16 B; 4DCP B; 3U1M A; 2Y1L B; 4PXC A; 4OYB A; 1RAD B; 2QL7 B; 3S8S A; 2FHO B; 4Q44 A; 3IFE A; 4R0J A; 4C4W A; 5IT9 U; 4TY8 A; 2O01 C; 2LFV A; 2FHK A; 4E98 A; 4C8Y A; 4DSE A; 3T41 A; 3KMS A; 4USM A; 3L7P A; 2ILZ A; 2BOA A; 3OSP A; 4JI6 J; 1M90 T; 2BAB A; 4WFN Q; 3Q8P B; 1B64 A; 1TAQ A; 5A8W B; 4E0D A; 2J0W A; 4NLR A; 4WK1 A; 2VG6 A; 2VIC A; 2FTR A; 4LF5 F; 3KG0 A; 3QRP A; 5LJ3 Y; 2OLW A; 3W9H A; 4OX9 J; 1CUL A; 3H40 A; 3QJJ A; 1U6Z A; 3U27 A; 2F40 A; 2FHM A; 5IM0 A; 4I2P B; 4C3K A; 5KT6 A; 2VHG A; 2V34 A; 2BEF A; 4M8L A; 3GIL A; 4BDP A; 3RRK A; 1X4E A; 4KV8 A; 4OYA A; 1RBO B; 1KBR A; 1YJT A; 2DY1 A; 4WPA A; 1KQG B; 1HFE L; 5D78 A; 4TY8 B; 1GMV A; 4Y2M A; 3PW7 A; 4B3M J; 4DSF A; 4RBT A; 2XYH B; 3R5J B; 3IBC B; 3MR3 A; 2VFS A; 2K3K A; 5EWF A; 1HNW F; 1ZH5 A; 3OHB A; 5D0G A; 3N6M A; 2CKW A; 3CD0 A; 3M4X A; 1UET A; 1UW4 A; 3FRZ A; 2PA8 D; 3FQL A; 4DLE A; 4V19 X; 4QIE A; 1PIE A; 1BY9 A; 2VG6 B; 2J6U A; 1AFJ A; 2JFD A; 5I4M A; 4KFB A; 5KFD A; 3HLU A; 1VOM A; 3MM7 A; 5IM0 B; 1RT6 A; 1SKU B; 1NBE B; 1RAI B; 4JI7 F; 4KV8 B; 1RAE B; 1JLB A; 2R8I A; 2E5H A; 1QVF R; 2DGX A; 3J80 U; 3CMA S; 4ETZ A; 3HVR A; 5KFT A; 5H9F J; 2OIH A; 2UP1 A; 3V6D A; 5LSL A; 2U1A A; 3KK3 A; 1T9V A; 4DQS A; 3U02 A; 4M5L A; 1T9T A; 3CF5 Q; 1GAO A; 4ZVF A; 2CPY A; 2XNR A; 1JX4 A; 5D8H B; 4KFB B; 4MAK A; 1Y3J A; 3NAI A; 4DL5 A; 4N56 A; 3Q8U A; 4UZC A; 1RT6 B; 1Y3K A; 1KNZ A; 3GR0 A; 4HI2 A; 3JTN A; 4DR5 J; 4GC6 A; 2RE1 A; 3GIM A; 3KNA A; 2MY7 A; 2ZJQ Q; 1A6L A; 1S79 A; 1XMO F; 2ZD1 A; 5KT2 A; 4J9R A; 2DCU B; 5B0F A; 1QD1 A; 4JV5 F; 3P45 B; 3MEG A; 4OHW A; 2ZM6 F; 5CYM A; 3LP2 A; 4ICL A; 3V6D B; 4KQZ A; 3KK3 B; 1YJV A; 1HD1 A; 2IYG A; 4WTY A; 5THW A; 4WU2 A; 1K8A T; 1U48 A; 3EMT A; 1G1X A; 3CDU A; 4YUD A; 4HEA 9; 1JJH A; 5KG2 A; 3OW2 R; 1QSY A; 3FSX A; 4OZJ A; 3G82 A; 4QQB A; 4YHH F; 2C3M A; 3EYZ A; 2ZD1 B; 4K4S A; 4ZP8 A; 5FDL A; 1WKJ A; 1NSK L; 2YH0 A; 4U95 A; 3EGN A; 5DG7 A; 4TVA B; 5JMN A; 2VG5 A; 3N5B A; 2M0G B; 1LWF B; 5CYM B; 3LP2 B; 1RWK B; 4ICL B; 3T1Y F; 1IQZ A; 4ZLN A; 1HI8 A; 2FHJ A; 2X3D A; 1SC1 B; 4KHR A; 2HGL A; 1L3K A; 3ILL A; 6FDR A; 3AQP A; 3I6P A; 4L73 A; 1KEK A; 5GVQ A; 1EAR A; 3HK2 A; 3H20 A; 2ROP A; 2B6A A; 3GP9 A; 4J37 A; 3LAK A; 1U1N A; 1S0N A; 4B17 A; 4TLR A; 4LF7 F; 4O3O A; 2PMZ D; 4X4V A; 1X60 A; 4M5H A; 2OEK A; 5A2Q Y; 2ASY A; 1FJ7 A; 1U1P A; 4F4K A; 5FDL B; 2B56 A; 4DF8 A; 2DNG A; 2XTJ P; 4DQP A; 2VOP A; 2MZR A; 1A9N B; 3DMJ A; 2VG5 B; 1X4B A; 5IQ6 A; 3S1T A; 1MSW D; 4YB1 P; 4QZV B; 1RBL A; 4PCQ A; 1LWC A; 1YJN S; 3H4D A; 2KI2 A; 5E3A A; 1PG5 B; 1B0V A; 3HPO A; 5HN0 A; 5K8O A; 2HS4 A; 2B6A B; 2G1H A; 3GJT B; 1HNI A; 1XN9 A; 4KGZ B; 4BC9 A; 1JK9 B; 3VHQ A; 1NXI A; 3D9B A; 1QUV A; 1WOR A; 3OD2 A; 1MRO B; 3QGP A; 3BSO A; 4Y00 A; 4DR6 J; 3T9N A; 3H5U A; 5GAG I; 4BBY A; 2AGO A; 2QFJ A; 3GQC A; 5F41 A; 4ZCM A; 3KHG A; 1FK9 A; 1JLC A; 1FRH A; 3DMJ B; 3MR2 A; 1KVI A; 2XCA A; 5B0D A; 2B9W A; 4ZVG A; 2PFD A; 4M5J A; 4N8O A; 1RB0 A; 4CLK A; 3QO9 A; 2C3O A; 4UOC A; 3GB0 A; 2EK1 A; 4LFB F; 2FB0 A; 3MD1 A; 1NPP A; 4DPT A; 3LP0 A; 1RT1 A; 4NX9 A; 2NUU G; 4WE1 B; 2QRR A; 1XMQ F; 3ADA C; 2ZKU A; 1T8E A; 1VC0 A; 2RSQ A; 3CCJ S; 2C3Y A; 5KOX A; 2HLT A; 3NNC A; 1X0P A; 2RH3 A; 1QTM A; 4FXD A; 4Q8E A; 2RNE A; 1FK9 B; 3QT7 A; 2BX6 A; 1JLC B; 3TVK A; 2DR5 A; 3ZZ0 A; 4Y0F A; 2R7V A; 2DT9 A; 3IG1 A; 4DHV A; 4PAB A; 5AJ3 F; 4IG3 B; 4RUC A; 3DRY A; 4A8X A; 2QE5 A; 3TW0 A; 1VBX A; 4K4Z A; 4QBU A; 3IRW P; 3QO9 B; 1OSD A; 2RJZ A; 4RNH A; 1LXN A; 4KC5 A; 3LP0 B; 4NXN F; 2HRY A; 4WXW A; 1XNQ J; 3SIP B; 4ZVS B; 3FRY A; 4C8O A; 4ED2 A; 4JI8 F; 1YRU A; 1M1K T; 2HQ3 A; 2MJU A; 4KKO A; 2L9N A; 4X4Q A; 2L41 A; 4NLX A; 2P6T A; 3ENW A; 2HHT A; 1T3O A; 3SSS A; 4C0H A; 1N5S A; 4USW A; 4J9N A; 4DSJ A; 2B51 A; 3IG1 B; 4YR3 A; 4QW9 A; 3IGV A; 1FRX A; 5RUB A; 1JJ4 A; 5E0O A; 2HIQ A; 1U02 A; 2WOM B; 2C2E A; 5KFG A; 1X4H A; 1YI2 S; 3JS9 A; 3CMQ A; 2VU5 A; 4NLS A; 2MKC A; 1VLY A; 3VAL A; 4B9S A; 1TUV A; 1IBL F; 4DMZ A; 2UUB J; 3BSC A; 3UVJ A; 2XLK A; 1FDD A; 3HJV A; 1URN A; 1S77 D; 1PYT A; 2WON A; 4KKO B; 2ZBC A; 2XI2 A; 1TL4 A; 1VHF A; 2R7T A; 2MQO A; 3SI8 A; 1M1G A; 3K8W A; 1ZS6 A; 2DNK A; 1U6F A; 2R8K A; 4DL6 A; 3A13 A; 3GTY X; 1VDH A; 1C4A A; 1FFS B; 3N0V A; 1NLK L; 3UCG A; 2ZKT A; 1ELO A; 2KTQ A; 4CH7 A; 2C22 A; 4CP5 A; 1K1Q A; 1B7Y B; 1I51 B; 1NJX A; 3KK2 A; 3JAM U; 2ASL A; 4ENO A; 3R8Y A; 2FZC B; 1C4C A; 2ASD A; 1IR1 A; 2RF2 A; 1ULR A; 4NCG A; 2HZC A; 4C9D A; 4ELT A; 4JI5 J; 1A0O B; 3CUL A; 3I31 A; 3KUG A; 1WHY A; 1UVK A; 3T5H A; 1EJ7 L; 3THT A; 2LXF A; 1Y5N B; 3JSR A; 3UVJ B; 2E5L J; 1PC4 A; 2RB7 A; 1EB0 A; 3R2D J; 2DNH A; 2BR0 A; 2WON B; 5DS7 A; 4CLS A; 2D1C A; 5KFB A; 2OAU A; 2QJ3 A; 5HAO A; 2GIR A; 3D1H A; 2OHD A; 1MU2 B; 2W2Q P; 2XMV A; 2EFV A; 4KE5 A; 4LF4 J; 1FRL A; 3TAQ A; 2XS5 A; 2CWK A; 3C66 A; 3I4P A; 2E29 A; 3KK2 B; 2IPO B; 2J76 E; 2Y1R I; 4NI2 A; 4F3O A; 3FBC A; 5ETV A; 5A76 A; 2GHW A; 1D3W A; 3VGS A; 3D0G E; 1S0O A; 4NCG B; 3GJQ B; 3ZC4 A; 5F9L A; 2YWF A; 3DOM A; 1KOH A; 1X4A A; 1IXK A; 3JSM A; 1VQN S; 1WDT A; 3P6Y C; 4RNM A; 3M8Y A; 5IOL A; 3DLL Q; 4PYD A; 3VCD A; 3ZTQ A; 2AEJ A; 3UD4 P; 1FJE B; 2DHH A; 5LJ5 Y; 1UVM A; 2ZZN A; 1FXD A; 3CCQ S; 4DXL A; 1MN9 A; 1YIJ S; 4RWX A; 1PJ6 A; 3FMB A; 5HQ8 A; 3FGV A; 1BD6 A; 4Q2M A; 4L76 A; 2EKN A; 3KLE A; 5KT3 A; 5AXM A; 1P8G A; 4PRF A; 4K7Q A; 3SV3 A; 3J7Y U; 4DV6 F; 1L3V A; 1SIW B; 3HKZ D; 4NI2 B; 3LGM A; 2IM1 A; 4ZP9 A; 2DJW A; 3V81 B; 1LWX A; 5HI7 A; 3UCZ P; 1RLD A; 2DYA A; 3DOM B; 1WHW A; 1SJ3 P; 1R43 A; 3JSM B; 4YN3 B; 2V6A A; 1FWP A; 1KVJ A; 4M95 A; 3MUM P; 5KFL A; 4EGL A; 1OWX A; 3HT3 A; 4PG5 A; 5CQG A; 3ITH B; 4LSN A; 2E1P A; 4C7Q A; 4DL7 A; 1FCA A; 4O44 A; 1FX2 A; 2VON A; 1TL5 A; 1IBK F; 2RQK A; 4YR2 A; 1U2R A; 3L9Z A; 4TY9 A; 5HBM A; 2EG1 A; 5DJB A; 3TAR A; 2G13 A; 1S9E A; 3DOK A; 3F0N A; 3M6U A; 4ZLJ A; 4RKU C; 4CLU A; 1WTB A; 4PZV A; 4B3O A; 3CCM S; 2B7B B; 5K8P A; 3D1Q A; 5CD4 A; 2MQP A; 4OLO A; 2DRA A; 2EFO A; 4DSK A; 3UE2 A; 3GR1 A; 3LGH A; 3DGV A; 3GU0 A; 3E2E A; 1TP7 A; 2KL8 A; 3VAF A; 1NME B; 2QMX A; 2ZH8 A; 4LFA F; 1BMQ B; 1V3Z A; 2VF3 A; 1UEK A; 4LSN B; 2HHU A; 2LXI A; 4HAC A; 4K2J A; 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3PYF A; 4ZKA A; 4BS2 A; 2RDD A; 2W9C A; 2DNN A; 1C0T A; 1X9W A; 2WTF A; 3IO1 A; 4FYY B; 5J1N A; 4Y2K A; 4Q0B B; 4J9U E; 4UQT A; 3TZY A; 2C2O B; 4ZVP B; 1OMS A; 2M9K A; 3ELH A; 3Q86 A; 1QJH A; 3GG1 A; 5KFX A; 3DYA A; 3TAM B; 1UPP A; 5GAE U; 3A3O B; 5BR8 F; 4IG0 A; 2V68 A; 4M5K A; 4AQY F; 4P2X A; 2DEJ A; 3GV5 B; 4PQU A; 4QYZ J; 5KFV A; 2CPJ A; 3EDQ B; 1IKY B; 1B7F A; 2GCF A; 3MMC B; 1WUU A; 3PCO B; 1VQ8 S; 3CGI A; 1RKJ A; 2UXC F; 2ZH4 A; 1XER A; 1BWE A; 1K47 A; 2W9C B; 5A0Y A; 4J9O A; 1C0T B; 3LO3 A; 3CT9 A; 2VB6 A; 2NXE A; 4JB8 B; 1VQS A; 4KYZ A; 2A2C A; 4EO6 A; 2CAD A; 1WC5 A; 4DS5 A; 3BO2 A; 1KSP A; 2LXU A; 4OMF G; 4OYW A; 4HDH A; 2CQD A; 2LCW A; 1BQX A; 3E51 A; 2UUA F; 3DYA B; 4ZHR A; 1S6U A; 2GAG C; 4KGX B; 5IQQ A; 2AEF A; 2RU3 A; 4U8V A; 3IWN C; 2YWE A; 4PQU B; 4FYX B; 2OPS B; 3D66 A; 1N5Y A; 1R8C A; 3CJQ A; 4EO8 A; 2IBO A; 1SL2 A; 4Q7A A; 1XR6 A; 4DR1 J; 3PKM A; 4OZ5 A; 5LL6 d; 2Y8Y A; 4ZCI A; 4ZPW R; 2V94 A; 2ZWO A; 2K8G A; 4K50 A; 1SI9 A; 1JNZ B; 1UA0 A; 5A0Y B; 3DRS A; 4KRW A; 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