The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
158
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structure length |
154
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Chain Sequence |
HMIQAYLGLGSNIGDRESQLNDAIKILNEYDGISVSNISPIYETATEQPNFLNLCVEIQTTLTVLQLLECCLKTEECLHRIRKERWGPRTLDVDILLYGEEMIDLPKLSVPHPRMNERAFVLIPLNDIAANVVEPRSKLKVKDLVFVNDSVKRY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-Based Design and Development of Functionalized Mercaptoguanine Derivatives as Inhibitors of the Folate Biosynthesis Pathway Enzyme 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropterin Pyrophosphokinase from Staphylococcus Aureus.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Staphylococcus aureus
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| molecule keywords |
7,8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE
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| total genus |
40
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| structure length |
154
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| sequence length |
158
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| ec nomenclature |
ec
2.7.6.3: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase. |
| pdb deposition date | 2014-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KUH A; 4M5L A; 5ETT A; 3IP0 A; 3MCO A; 4M5G A; 5ETP A; 4M5K A; 3MCM A; 4M5J A; 4M5M A; 4CYU A; 4M5N A; 5ETR A; 3HSJ A; 3HSZ A; 1Q0N A; 5ETQ A; 4AD6 A; 1TMM A; 3ILI A; 5ETS A; 3HSG A; 1RTZ A; 3KUE A; 1EX8 A; 4PZV A; 3HCX A; 5ETM A; 1IM6 A; 1HQ2 A; 1DY3 A; 1EQM A; 3HSD A; 5ETO A; 3UDE A; 1CBK A; 1RU1 A; 4F7V A; 1G4C A; 2F65 A; 3QBC A; 5ETK A; 1RU2 A; 4M5H A; 1RAO A; 4M5I A; 2BMB A; 1KBR A; 1RB0 A; 2CG8 A; 3UD5 A; 5ETN A; 3HT0 A; 3ILL A; 1F9H A; 3UDV A; 4CRJ A; 4CYU B; 3MCN A; 4CWB A; 3KUG A; 2F63 A; 3ILJ A; 3HD2 A; 1HKA A; 2QX0 A; 3ILO A; 5ETL A; 1TMJ A; 5ETV A; 1EQ0 A; 3HD1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQL S; 3TJ8 A; 4DPY A; 1RTD B; 5D0E A; 5L1I A; 3NAH A; 2XI3 A; 2CQB A; 1X4E A; 4IG3 B; 1L5U A; 4FF2 A; 3VHQ A; 4X84 A; 2PEH A; 3AJD A; 2YX7 A; 3KMS A; 2D3Z A; 3GJS B; 3A13 A; 2HHX A; 2GQQ A; 2RH3 A; 4OLO A; 4DL2 A; 2J9D E; 2R7Q A; 2I5J A; 2AGQ A; 4UY8 5; 5DET A; 3RU0 A; 1ZAW A; 4YR0 A; 4F2R A; 2DR9 A; 3EGZ A; 1L3S A; 3NMR A; 2PFF B; 2ZKU A; 1FJE B; 2VF3 A; 1F5A A; 1Q86 T; 1NK8 A; 3V4M A; 1AB8 A; 5K14 A; 3JAM U; 2I8E A; 4G1Q A; 3SCK E; 1VQ7 S; 1S1T A; 2OSR A; 3T5J A; 3KHR A; 2AEF A; 4IO9 Q; 3D1H A; 3KK3 B; 2Q6C A; 1BQX A; 4DR6 F; 1NJI T; 3HO1 A; 3BKT A; 4M5M A; 2N82 B; 3ZZ0 A; 1XR5 A; 4CLL A; 3IWL A; 4LIR A; 2KRB A; 1XTZ A; 5A0Y A; 3OT9 A; 2I9S A; 2RKI B; 5IV4 A; 2AX1 A; 4OX9 J; 2MQL A; 2VFT A; 3GPA A; 4ZHR B; 3CC4 S; 3VAH A; 1K47 A; 1ZPW X; 2HFZ A; 1HNZ J; 4CT8 A; 5F41 A; 4A47 A; 3B4M A; 1UET A; 1UZH A; 3SYZ A; 1BUX A; 2D9O A; 1NHV A; 4NE9 C; 3J81 j; 4I7F A; 5AT1 B; 2RRB A; 2ZM6 J; 4ZKA A; 3H5S A; 2LXU A; 3TAM A; 2RQC A; 2RS8 A; 2AYM A; 1TKX B; 2YWG A; 3MM5 B; 4TLR A; 1TKZ A; 2ACM A; 4GVL A; 2V67 A; 4AUK A; 3I55 S; 2VG6 B; 2CQG A; 1G1X A; 3ISN D; 2C2E A; 2XYP B; 1ROF A; 5KFB A; 1H6K X; 3A8K A; 3BKF A; 1U2C A; 1MU2 A; 3SSR A; 3QAU A; 2YNH A; 1FK9 A; 3JQJ A; 2LVW A; 2BVZ A; 4N8N A; 2YNF A; 3TP2 A; 4YS2 A; 1F9F A; 3GZ7 A; 5KG7 A; 1KQS R; 1F5B A; 5I4M A; 4ANE A; 2DGO A; 1KON A; 1X8D A; 1HI8 A; 1YIT S; 4GMK A; 2KN4 A; 3D67 A; 4A8M P; 5HVF A; 3K17 A; 3W61 A; 3C6T B; 2L41 A; 5DQH A; 2GJI A; 4DCP B; 1UVL A; 1NHK L; 1LW2 A; 1SCJ B; 1K0V A; 4O4G B; 3CE8 A; 1VIS A; 4LF7 J; 2QLJ B; 3AJ1 A; 1HWJ A; 4I67 A; 3D0I E; 1ZA2 B; 4RW4 A; 4AE5 A; 1UP1 A; 1NSK L; 4LQ3 A; 2BUN A; 2ZUG A; 2QA4 G; 4EYH B; 3GIJ A; 4ID5 B; 4WFA Q; 3N79 A; 1Q0N A; 3QJL A; 2R7V A; 4ZVP B; 4GVB B; 2OUG A; 4IFY A; 3K8W A; 1XNQ J; 3TNV A; 2IDE A; 1HW9 A; 3MR5 A; 2KXF A; 3PY8 A; 2XY5 A; 4AT1 B; 1R0B G; 3HXM A; 1JLB B; 4C8O A; 3NS5 A; 4HDH A; 2DRB A; 3M9O B; 3NEK A; 4NLX A; 1SJ3 P; 2VPX B; 1WKJ A; 5M2U A; 5CH7 B; 2BMB A; 3UI3 A; 1C0T A; 2ZBR A; 2OLW A; 3WBZ A; 2A2C A; 1REV A; 2BAN A; 2W2O P; 1W2B R; 4Y65 A; 2GJF A; 2ZBC A; 2HAF A; 2DHS A; 2YQ0 A; 4ZVT B; 1ZET A; 1WWH A; 2YKA A; 4Y28 C; 1VRU B; 4OZJ A; 1RWV B; 4CM2 A; 1BWV A; 1T9X A; 2XMV A; 4ETZ A; 5CYQ B; 5DM6 Q; 5L1K A; 4B9M A; 5H1S V; 3W5X A; 5LL6 d; 1M5S A; 1VHI A; 3T1H J; 3VVU A; 2R7S A; 4FNI A; 2PI5 A; 3DI6 B; 1H3D A; 3R6G B; 4DG1 B; 1U1P A; 2FD2 A; 2FGC A; 1UVM A; 3HHL C; 1JKH A; 4YHH F; 1FX4 A; 4DV4 F; 5T41 A; 4KH0 B; 4FS2 A; 4J9O A; 1M5O C; 2RQK A; 1IBL J; 4CH1 A; 2AIR B; 3RB4 A; 3P8B B; 3MDF A; 2DCL A; 3KKF A; 3F0N A; 3V6D B; 2MHE A; 4UT4 A; 1HNX F; 1SC3 B; 4PG6 A; 5CAA A; 2FVS A; 1IKX A; 1Y00 A; 4YB7 A; 1VBY A; 1UWB A; 2M4M A; 1FEH A; 1YRX A; 3N6L A; 4CLP A; 1Q81 T; 3FDS A; 5IT0 A; 4RKU C; 5D8H B; 4LF6 J; 3HZE A; 5ETR A; 3I56 S; 2R8J A; 4W92 B; 1RTZ A; 1D3W A; 4XDC A; 3MEC B; 1T9T A; 1SQE A; 1OQ3 A; 3KNG A; 1U24 A; 4Q5V A; 4JI6 F; 4HTJ A; 1NPR A; 3FBB A; 2KFN A; 1E6Y B; 4CZC A; 3UFC X; 5LJ5 Y; 4R8U A; 5DJB A; 1AFI A; 4KHR A; 1YZ6 A; 3D54 A; 2L08 A; 4DR2 J; 2LU1 A; 5B0F A; 4CLY A; 2LMI A; 3RUB L; 4E0D A; 1YBA A; 2HHV A; 5EGY A; 1EJ7 L; 2J5A A; 3EJM A; 5GAH U; 5ITH A; 1PCA A; 3EWG A; 2V2V A; 2A1B A; 1Z2L A; 3OVB A; 3MAH A; 1FA0 A; 2MQP A; 4ECU A; 1PIL A; 2BBE A; 2C42 A; 3FQL A; 2CAJ A; 4ZVQ B; 5HVG A; 4JV1 A; 4UOF A; 3MXH P; 3HSG A; 3VAM A; 2B6A A; 2HHH J; 2F4F A; 4HHJ A; 2KFY A; 2F65 A; 4B9V A; 1TQL A; 3A3N B; 2F63 A; 3SQO P; 2GIQ A; 2G9O A; 1S57 A; 1W2I A; 1HMV A; 2FIU A; 3S6E A; 3J7Z T; 2R2R A; 2DNH A; 1VIX A; 4ZVO B; 4J7C A; 2DO4 A; 2J8S A; 3ZC4 A; 2GIR A; 5HL7 Q; 1UPP A; 4IFV B; 3B6B A; 2VQF F; 3UCZ P; 4RW9 B; 3QJJ A; 2M70 A; 2QA2 A; 3KK1 B; 4ZCL A; 1JLC A; 5KFV A; 3ILO A; 2RD5 C; 4Q2L A; 5J2M B; 1Q16 B; 1LWC A; 2HVH A; 4B3S J; 3CD0 A; 3MPV A; 1LWF B; 4NOH A; 3M6W A; 4DPW A; 1K0T A; 2XY6 A; 4LBI A; 2V94 A; 3CMA S; 4FVC A; 3DC2 A; 4FKY A; 3Q86 A; 3OL6 A; 4C3K A; 2PO4 A; 4DR5 F; 3I31 A; 1RA6 A; 3MEG A; 1VQO S; 4NXM J; 4LRC A; 1OSD A; 1F2G A; 1NH8 A; 1N32 F; 5J1E A; 3R7B B; 2YX1 A; 4ZCK A; 2XB2 D; 1LFW A; 4WU2 A; 5F3T A; 3ET6 A; 2RDJ A; 3RB0 A; 4KV8 A; 4LR8 A; 3NGU A; 4URS A; 4J37 A; 2OML A; 2MDA A; 1EKS A; 1RT6 A; 4TU9 A; 4CLT A; 4L6V 3; 2CPZ A; 1MMD A; 4WKR A; 5T7L A; 3CCM S; 9ATC B; 1LEO A; 3KDO A; 4J9P A; 2LA6 A; 2ZUA A; 4MK9 A; 3NLC A; 2JRS A; 1RTD A; 4Z37 A; 3JS9 A; 5KFO A; 4IG3 A; 2Y8Y A; 2LLZ A; 2RQ4 A; 4DL5 A; 3H98 A; 2I2Y A; 3MMB B; 3CED A; 4ZLN A; 2QA1 A; 4J9V A; 5HJY A; 2DXD A; 4O44 B; 4NA2 A; 4HYK A; 2MZT A; 4USI A; 4CH0 S; 4X66 F; 2PA8 D; 2EFO A; 2V2K A; 1CEZ A; 1KLN A; 1RE1 B; 1ZM9 A; 1RK8 A; 3PZP A; 1WF0 A; 2ZOF A; 4K7Q A; 4LQ9 A; 2J0W A; 3PR5 B; 1ITP A; 1LXN A; 2QYG A; 1SXL A; 1XEZ A; 3W60 A; 1NME B; 1B7Y B; 1B0V A; 4CYU B; 2MGZ B; 2XLJ A; 4KO0 B; 4FYV B; 2H54 B; 2P6T A; 4I6A A; 3H5U A; 3TAP A; 4ZIV A; 4DUY F; 5CYJ A; 3SEO A; 3BYP A; 3M6U A; 1TL7 B; 2KH9 A; 1RWK B; 4DUT A; 3O2I A; 2LQ5 A; 3KK3 A; 2L48 A; 1SVD A; 4QOT A; 2J6U A; 1QTN B; 2PFD A; 4YP3 A; 5BYQ A; 4ECX A; 4K4S A; 2QT7 A; 4JOU A; 2KZM A; 1FRL A; 4RUC A; 4Z7C A; 2RKI A; 2UU9 J; 4ZHR A; 3FMW A; 4K4Y A; 2KHD A; 2G0I A; 5SUH A; 2IMO A; 2EEY A; 5AXK A; 1FNX H; 1X5S A; 4ZLP A; 2CAD A; 5L1L A; 4JI4 J; 2XEX A; 1ICE B; 3AD9 C; 1TKX A; 3MM5 A; 3ZXW A; 1H73 A; 2DEJ A; 1NM2 A; 4YR3 A; 2VG6 A; 2LCW A; 3TI0 A; 1FJG F; 2Z58 B; 2LXF A; 2XC9 A; 3MPW A; 1Z1Z A; 2B4P A; 1Y5N B; 2OEM A; 4HAC A; 3FSI A; 1H2U X; 1DUR A; 3OVA A; 4IOB A; 1UJ4 A; 4YUD A; 1UVJ A; 4OQJ A; 3UN3 A; 3QRP A; 5J1N A; 2OMO A; 4F0M A; 2V2Q A; 2E5L J; 2UXC J; 5GMK a; 2QFJ A; 2DNM A; 4QYR A; 2HW3 A; 4FF4 A; 3SMZ A; 3BRE A; 4HT5 A; 3C6T A; 1GEH A; 5BXI A; 2X7I A; 1S72 S; 1YI2 S; 2MKI A; 2AJQ A; 5KT6 A; 1DRZ A; 4N76 A; 4C0B A; 1H74 A; 2E44 A; 2NUH A; 1M1K T; 2MSS A; 4O4G A; 2YWK A; 4PG7 A; 2M2B A; 1S0O A; 3MTJ A; 1PBA A; 3BQ1 A; 2OEL A; 4CH7 A; 2DH8 A; 1CUL B; 4B3R J; 4NA3 A; 4ID5 A; 2ZE2 B; 5D0H A; 1WI6 A; 1T9V A; 5L9X A; 4DXL A; 8RUC A; 1IWG A; 3TW0 A; 2EKY A; 1AW0 A; 4GVB A; 4BWM A; 1TAQ A; 2X3D A; 2B4O A; 3MM9 B; 1T9U A; 4ZP6 A; 4LFA J; 5FD1 A; 2VBW A; 5B0B A; 4Y0F A; 1JLB A; 5CCL A; 1S1X B; 3UDC A; 4LF8 F; 1U6B A; 2JFK A; 1FER A; 1IN0 A; 2PGC A; 4QJV A; 2AT1 B; 2HLT A; 2ERR A; 3FBE A; 2J0S D; 4N8O A; 4MT1 A; 4TQR A; 4K4W A; 4TYA A; 4WXO A; 2RIJ A; 2CDR B; 2OTJ S; 2Q1L A; 1VRU A; 2UVV A; 3R2C J; 2MPU A; 5CYQ A; 3R8Y A; 1RCX B; 4ITS A; 2AU0 A; 1NDP A; 4CO5 A; 1I1G A; 4X4V A; 3UDE A; 3IAM 9; 3GYG A; 1S48 A; 3DI6 A; 4HI1 A; 4ZVF A; 2VFR A; 4P9S A; 4A48 A; 4DG1 A; 2H5E A; 2J9C A; 1B0P A; 2FQQ B; 3W9I A; 4J9K A; 2XHW A; 1DJ0 A; 3CCE S; 2YWF A; 3DLL Q; 2CNK B; 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1KVI A; 1FRM A; 2QLF B; 2YBV A; 3KLI B; 4ECQ A; 3HKW A; 3KMQ A; 2XUL A; 5J2M A; 1IJF B; 1C0U B; 3TA0 A; 2KYZ A; 1X9S A; 4CO1 A; 1LWF A; 5HMZ A; 2MLX A; 4G6V B; 2DNO A; 2HBQ B; 2KG0 A; 1U49 A; 3LTO A; 4LBH A; 4LSN B; 1WF1 A; 2BAC A; 1U7L A; 3MCN A; 5C2G A; 1WHV A; 3MAQ A; 2NUU G; 1X5P A; 4CCH A; 3PDN A; 3BF4 A; 3ZZZ A; 3NY0 A; 3JAM Y; 4G65 A; 5L38 A; 1QJH A; 1P6T A; 3DYA B; 2Y1R I; 1IKW B; 3SIP B; 5F8G A; 1HKA A; 2XMW A; 3VGV A; 4WII A; 4NWB A; 2DCU B; 3W64 A; 4ZVR B; 4ZPB A; 3BYR A; 4GKJ J; 3IBF B; 4OZ3 A; 3M8P B; 2FY1 A; 4LR7 A; 2G4B A; 4LF6 F; 1TEL A; 3ZTO A; 1U45 A; 5JVG Q; 4WXW A; 3BO3 A; 2D3O 1; 4IQM A; 1NDK A; 3HHE A; 2WSE C; 2PMW A; 3A3P B; 3U1M A; 3DMJ B; 1FES A; 1HNI B; 2VG5 B; 2B3T B; 3MMB A; 4DFP A; 2HWH A; 2RHS B; 1CJU B; 4DV3 J; 2QZ8 A; 3CIZ A; 4NXN F; 1IWA A; 3FC9 A; 4O44 A; 3N5F A; 3D0G E; 3DN9 A; 3EDR B; 1LWE B; 4ETX A; 2N3O A; 3OR1 B; 1NZA A; 1R43 A; 1QSY A; 2RU9 A; 2F8H A; 3Q8U A; 5LM7 E; 3WX8 A; 3Q8R B; 4RW6 B; 3BH7 B; 2JX2 A; 4IQX A; 4I6W A; 4CYU A; 1YJT A; 4KO0 A; 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