The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
HKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular insight into the role of the leucine residue on the L2 loop in the catalytic activity of caspases 3 and 7
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-3 subunit p17
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| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
18
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
|
| chains with identical sequence |
E
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2012-01-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SC3 B; 4ZVR B; 3GJR B; 1RWW B; 1PAU B; 3KJF B; 3P45 B; 3RJM B; 1QDU B; 2XYH B; 4ZVP B; 1RWK B; 2H5J B; 2CDR B; 4ZVU B; 1RHU B; 3QNW B; 3EDQ B; 2XZD B; 2H4W B; 3D6M B; 1RE1 B; 1RWM B; 1SC4 B; 3R7B B; 3IBF B; 2QL9 B; 5K20 B; 1I3O B; 4ZVQ B; 3IBC B; 4ZVO B; 3R7N B; 2C2Z B; 2C2M B; 1NME B; 2HBQ B; 2H48 B; 1RHR B; 1RWN B; 2CNK B; 2DKO B; 3D6H B; 2XZT B; 3D6F B; 3GJT B; 1SC1 B; 1RHJ B; 2FQQ B; 4DCO B; 1RHK B; 2CNL B; 3P4U B; 4ZVS B; 1QTN B; 2CNN B; 2HBR B; 3KJN B; 3R7S B; 1I51 B; 1BMQ B; 1RWP B; 2C2O B; 1ICE B; 4JB8 B; 2QLF B; 2Y0B B; 2H65 B; 4DCJ B; 2Y1L B; 3NS7 B; 3R6L B; 2C2K B; 4DCP B; 2XYG B; 2CNO B; 2QLJ B; 2HBZ B; 5IC6 B; 3EDR B; 2CJY B; 1IBC B; 2QLB B; 2H4Y B; 2H54 B; 2H51 B; 2XYP B; 2CJX B; 5IC4 B; 1RWV B; 4LSZ B; 1RWO B; 2H5I B; 1RHM B; 2QL7 B; 1RWX B; 3R6G B; 2HBY B; 1GFW B; 4ZVT B; 3SIP B; 3GJS B; 2C1E B; 1PYO B; 3KJQ B; 3GJQ B; 1F9E B; 2P2C B; 2QL5 B; 3R5J B; 1RHQ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1T0T V; 3RW6 A; 1TP7 A; 3NGK A; 1W7W A; 3JQK A; 3H42 A; 1HD1 A; 3BZQ A; 3IP0 A; 3NBP B; 5CH7 B; 4P72 A; 2R7X A; 4CRJ A; 4CO4 A; 5L38 A; 4DV2 F; 2V6A A; 2G0I A; 3ILL A; 1S9F A; 3EVM A; 1RCX B; 3CIZ A; 4F67 A; 4IR1 A; 3HXM A; 5FLX Y; 3G6Y A; 2CQ2 A; 4ELV A; 2Z2Z A; 2ADB A; 5F8J A; 5E3P A; 2ABY A; 4KFB A; 4NXM F; 2W9C B; 4WU2 A; 2J7W A; 3VAI A; 1X8D A; 4B3T J; 4UOC A; 3MPV A; 4B3M F; 4NLP A; 5DGB A; 3M2V A; 5KFY A; 2ZJP Q; 4DJB A; 4C3K A; 3MM5 B; 5AE1 A; 3HP6 A; 3OTO F; 1D9F A; 2VDH A; 2JWN A; 4KGV B; 2JJ4 D; 1HMV B; 2XZW A; 3T6J A; 4MTP A; 4DL7 A; 1Z4U A; 2XMA A; 1HKA A; 2HIQ A; 3EZ5 A; 3LP0 B; 3MEE B; 4NLG A; 5I42 A; 2ALZ A; 3M2U A; 2R7Q A; 1NDC A; 3LP1 B; 5LT5 A; 4G1Q B; 1UFL A; 2X7I A; 1T94 A; 1SKW A; 5KFI A; 4PUO B; 2QJ3 A; 2VG5 B; 1UFK A; 4C48 A; 4ECU A; 2JEF A; 1PC5 A; 3QJP A; 4Q0B B; 2IRY A; 2N7Y A; 3QFW A; 2YNF B; 4F0K A; 5D8H B; 2A2C A; 4ZVQ B; 3IBC B; 2YKN A; 4G1P A; 4TY8 B; 4G65 A; 5E3A A; 5L9N A; 3NS6 A; 2VA2 A; 2C3Y A; 3UCG A; 1J5E F; 2LXI A; 4KGM A; 1H73 A; 1VFJ A; 2RIJ A; 2GJI A; 2LEP A; 2R7W A; 3EGZ A; 3UN2 A; 2VQF J; 2CQ1 A; 1N5S A; 4LF8 J; 3PR5 B; 2CXE A; 1SV5 B; 3HHL D; 2JC0 A; 2MHN A; 2EI5 A; 3OL7 A; 3RAQ A; 2AYM A; 1WI8 A; 4WE1 B; 5J1P A; 2JFK A; 1RBL A; 1TL3 A; 5E33 A; 5B0F A; 4DL3 A; 1S0M A; 3WX8 A; 2H51 B; 4M5D A; 4J90 A; 4ZLJ A; 3QRQ A; 1X4D A; 2GMJ A; 1H74 A; 3MMJ A; 2CIM A; 3OVA A; 4LVN P; 3K0J A; 1YSJ A; 4CLY A; 1OY8 A; 3QWU A; 3IBW A; 4LSN B; 1H0H B; 3JSB A; 3MED A; 3G8T A; 1X4E A; 3LGM A; 3PRB A; 4K5S A; 3D0H E; 4PG5 A; 2G2Y A; 4Z7C A; 4UTG A; 3P3D A; 3AHP A; 3MMA B; 3JYT B; 3IAS 9; 4AL7 A; 2UV8 G; 3G87 A; 3HHL B; 1TZ0 A; 3N79 A; 4Y00 A; 1S72 S; 2B51 A; 2RT3 A; 3UO0 A; 4B02 A; 1GMV A; 2E9R X; 2VPY B; 3R5A A; 5FLX U; 4O3R A; 3H5U A; 3BDE A; 2E66 A; 4DL2 A; 3D4J A; 1QAI A; 4MKY A; 2C28 A; 4DSE A; 4I56 A; 3D6F B; 3NMA A; 5CAA A; 3K58 A; 2V8G A; 2ZEJ A; 2F8H A; 2K1R B; 4OI0 A; 4QU6 A; 4JI8 J; 3Q86 A; 4RLE A; 1SIZ A; 4DQI A; 4AND A; 2CQG A; 2ZC3 A; 1FRI A; 3JS9 A; 3T9N A; 3PM9 A; 3OHB A; 4ZJQ A; 1FA0 A; 5KG6 A; 3GTY X; 1VR6 A; 2VAS A; 1WSR A; 3FUY A; 3S8S A; 1RK8 A; 2BYC A; 3NGT A; 3OR2 B; 3G96 A; 1YIT S; 4LF5 J; 4O23 A; 3DXS X; 4KPC A; 5IT4 A; 3GYG A; 4IRC A; 3N9U C; 3ZXW A; 2C42 A; 3QJJ A; 1EP4 B; 1X5P A; 2QL5 B; 4DUY F; 3BS9 A; 4K4Z A; 1K0V A; 4ENO A; 2VHG A; 2KHC A; 4IDK B; 4LR8 A; 2ZJR Q; 3Q2T C; 4U7C A; 3V4I A; 4ED5 A; 3GYN A; 4CI0 B; 1WG5 A; 5ETQ A; 3GYX B; 2MEW A; 1S6O A; 2XWX A; 1N33 J; 4NXN F; 5DO2 A; 4DR2 F; 3EXC X; 3W2V B; 5HLF B; 1WC4 A; 1RGV A; 5GAH U; 3PCO B; 2K8G A; 3ILJ A; 2CAJ A; 1YJN S; 1NPR A; 4HT5 A; 4WFN Q; 3QSY B; 1NHU A; 1X4A A; 4DSJ A; 1VQY A; 2MKJ A; 3GCW P; 2ACY A; 1P1T A; 2NZ4 A; 2ASL A; 1JLF A; 5IM0 B; 1N5V A; 1I51 B; 2WAQ D; 2HPU A; 1IBM J; 5KG4 A; 3ISN C; 2KL8 A; 3TZW A; 1AT1 B; 4BC9 A; 3VGV A; 5KFL A; 2OH2 A; 1RYS A; 3MM7 A; 4A8M P; 2KT2 A; 3KK3 B; 4MFB B; 1VRU A; 3AOD A; 5LXR A; 3QPI A; 3GZ7 A; 1FEH A; 4HL9 A; 2WTF A; 3G71 S; 4Y2M A; 5KFE A; 2VG6 A; 4V19 X; 3BKF A; 4LF6 J; 3NCQ A; 2HHS A; 2AQ4 A; 2ROE A; 3M4X A; 2GNK A; 3MCS A; 3BB5 A; 4RL1 A; 2NLW A; 2OD6 A; 2QL9 B; 3CB4 A; 4RUH A; 4E98 A; 3ZTP A; 2MKK A; 2XO6 A; 2U1A A; 2UXB J; 4KGX B; 4ZIT A; 3PW5 A; 3TR5 A; 2RJZ A; 3GPA A; 4I69 A; 1NH8 A; 4ZLP A; 4XAK A; 5KT7 A; 5C24 B; 2DNZ A; 3N6N A; 4C97 A; 5BYQ A; 3HHD A; 4UQG A; 2MLZ A; 2EK6 A; 4C8N A; 2GMH A; 3OV7 A; 3M8Z A; 1HBN B; 2AF6 A; 3TAM B; 2NPI A; 2C22 A; 2Y1L B; 4I2Q A; 1IKW B; 2Z2M A; 4K4W A; 3W5Z A; 1CLF A; 4N5S A; 3HHE A; 3RUB L; 1V5I B; 1Q86 T; 4B9M A; 1T9T A; 3DOM B; 5JXS A; 4EU0 A; 3A8J A; 4L6V 3; 1NUE A; 2XMU A; 2H5J B; 2YWF A; 2DNH A; 5C5J A; 1WC5 A; 4OYO A; 5CQG A; 2JFD A; 5GAE I; 2EK1 A; 5CYQ A; 3O3L A; 3THT A; 1QVF R; 4Z2X A; 1QSS A; 5AXM A; 2E5I A; 1YRX A; 2W2M P; 1RTI A; 1R8C A; 2NYH A; 1HPZ B; 3KHG A; 3A13 A; 4DV1 J; 2VIH A; 3CCV S; 4WK1 A; 4YN3 B; 1U1M A; 4DU8 A; 2N3L A; 3HFK A; 1KFD A; 2ZKU A; 2DHX A; 1NK6 A; 1WEL A; 3Q8Q B; 1FE0 A; 2B7C B; 1SVD A; 3DGP B; 6AT1 B; 3CTR A; 3HKW A; 2AJQ A; 1RTJ A; 2W01 A; 2XY6 A; 3QSI A; 9ATC B; 2FHM A; 1YGY A; 2IMO A; 2QSF A; 4DN9 A; 2BE2 A; 2QZ8 A; 4E0D A; 5L39 A; 3MGJ A; 3C2P A; 2BV3 A; 5KFP A; 1VYA A; 1E6Y B; 1U09 A; 1RAG B; 2XG8 A; 2WW4 A; 1PAU B; 4HT7 A; 1MNE A; 3MM9 B; 1X7V A; 4USH A; 3EXY A; 2XI3 A; 1EQ0 A; 3JB9 k; 4URQ U; 2CPF A; 2N4D A; 1Y3K A; 2RB7 A; 4YQW A; 1NJI T; 5HVG A; 5C25 B; 1TL1 A; 2UXD J; 5B0C A; 2XB2 D; 4R8U A; 3FSX A; 2GVZ A; 2VFT A; 3DC2 A; 1C1B B; 1C4C A; 4OZJ A; 1MN9 A; 2RDJ A; 3GJT B; 4DSI A; 2B0G A; 2Z4P A; 2CG8 A; 3VHQ A; 4LMZ A; 2QGF B; 3MMB B; 1DLO B; 4LF8 F; 3DYA A; 1UFW A; 3MM8 B; 1UEU A; 1NSP A; 3OR1 A; 3ZNJ 1; 4J9R A; 2W1B A; 5AXL A; 1Z2L A; 4K4X A; 3PHE A; 4GVB B; 1IBL J; 2Y1I A; 1Q5Y A; 3ZZR A; 2ZDP A; 4AXJ A; 2QA1 A; 4LRD A; 3CMA S; 4H4O A; 1D9A A; 4DOZ A; 1S1W B; 4B9T A; 2VDI A; 3W8G A; 3C66 A; 1L5U A; 4KBI A; 5KT3 A; 3SCJ E; 1KVJ A; 3OHA A; 5GAD I; 1U0H A; 4DF8 A; 1RT5 A; 4MIA A; 1Q95 G; 2AJ2 A; 2ZVI A; 3MI7 X; 4DLE A; 1X0P A; 2M9K A; 1JLE B; 4Y2A A; 4NZ7 A; 1SKU B; 1ELO A; 4ECX A; 3DHX A; 1HHT P; 4M63 A; 2B9E A; 2APO A; 2YQ1 A; 5DDO C; 3BN4 A; 2DGU A; 3PO5 A; 4CM2 A; 4JI8 F; 1HQU A; 2FJB B; 2HLT A; 1CJU B; 3PW7 A; 2R7T A; 3VAG A; 4HHU A; 4FVC A; 5E3C A; 1HNV B; 4ZJL A; 4W90 B; 2M0G B; 2NRE A; 4OYI A; 3A3O B; 1UKU A; 3LH2 S; 1DQ8 A; 2NUH A; 4LF5 F; 1V3R A; 1MRO A; 1FKP A; 5L1L A; 4WFZ A; 1FXL A; 2W2O P; 3AD7 C; 3L7O A; 3VAJ A; 4AT1 B; 4NA3 A; 3FQL A; 2B7B B; 5L1K A; 2E1C A; 3PW2 A; 3CDW A; 1QDU B; 3NG8 A; 4YHH J; 1HW8 A; 1LXN A; 2V8V A; 1N33 F; 4QWB A; 2F4V F; 2XZD B; 4O3O A; 3Q8P B; 4P7T A; 3A8E A; 5DDP C; 1UEV A; 2ZOF A; 3MR6 A; 4ZP6 A; 2EFO A; 1TU0 B; 3TP2 A; 5T7L B; 1YG0 A; 3BO4 A; 4CLS A; 4QIV A; 2VIC A; 3TJ9 A; 3UNG C; 1N32 J; 5IT0 A; 3NNC A; 3OJU A; 2CNL B; 1RT4 B; 1DQA A; 1R27 B; 1IBM F; 3HFZ B; 3M8Q A; 2KG0 A; 4O3S A; 2QYC A; 2OPR A; 2K3I A; 4MH8 A; 1XNQ J; 2DHA A; 3OBI A; 2V8D A; 2HWH A; 1FKA F; 2YPY A; 2RIL A; 2RQK A; 3NCR A; 3HSJ A; 2G0J A; 1NKC A; 3AB4 B; 3BJY A; 5KFD A; 5A6W A; 1Y3J A; 2UVW A; 1T02 A; 2DNY A; 2R8K A; 1RHQ B; 2KJW A; 1JXE A; 1BE4 A; 3C15 B; 5J2N A; 1AZS A; 1YRT A; 2LCW A; 1Y4Z B; 2GQQ A; 3V4M A; 1S1U B; 3BH7 B; 3ILO A; 3Q8V A; 2L9N A; 2W9B A; 1N6Q B; 3M8W A; 3SI8 A; 3JTP A; 1YBA A; 2UXB F; 3MM6 B; 5I3U A; 2HND B; 1NME B; 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1M5H A; 1IWG A; 3M8S A; 1IUJ A; 3HSD A; 1R6V A; 4QU7 A; 3BV8 A; 2E7W A; 3BGR A; 3DU6 A; 1C0T B; 3DOK B; 1KQS R; 2E5G A; 3QNW B; 2UXD F; 2FJE B; 1X4F A; 1RE1 B; 5KFC A; 5D0R A; 2H9Z A; 1GMU A; 1LWE B; 4P73 A; 1GEH A; 1FK9 B; 1OQ3 A; 1JK9 B; 3CO0 P; 1UAW A; 2BJ3 A; 3ENA A; 4PPD A; 2XSJ A; 3MUV P; 1P9Y A; 3QAU A; 2BJ9 A; 1RTZ A; 4IG0 B; 3IN5 A; 3KKF A; 1CSJ A; 3OUY B; 4JI4 F; 3MCN A; 2WK4 A; 3DMJ B; 2YNI A; 1RT2 B; 3CNQ P; 1FWK A; 2QLB B; 1IBL F; 3A8K A; 2P9C A; 5HJY A; 2FVP A; 4WP3 A; 1VMB A; 2OTL S; 3MOZ A; 2CZ4 A; 2GAG C; 3TYT A; 3EPI A; 2HHV A; 1HAR A; 7FDR A; 4DF4 A; 1Q7L B; 2LDI A; 4USM A; 1LWF A; 1VLO A; 2YKO A; 4UOG A; 2NXJ A; 2YTC A; 3UE2 A; 4A8Y A; 4XK8 C; 1MU2 A; 2HZC A; 1SJR A; 1DY3 A; 4FNH A; 2CPJ A; 2XTJ P; 2HZV A; 2DCU B; 1SB6 A; 1Q8K A; 5CD4 A; 4O3Q A; 4W4M A; 4IOA Q; 2BX6 A; 3V6D A; 2HS3 A; 2FGC A; 3EX7 B; 2CQC A; 3ZTR A; 1S9G A; 2DGX A; 3D6T B; 1F9F A; 3UDV A; 1BQM A; 2DGO A; 3CDU A; 2JC1 A; 1YI2 S; 2OEJ A; 4L76 A; 4DCJ B; 1YK9 A; 1ZTT A; 1FHT A; 4KKO A; 2QLJ B; 4QWE A; 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