The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
101
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structure length |
101
|
Chain Sequence |
MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELRIRDNVRRVMVVKSQEPFLANA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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molecule keywords |
16S rRNA
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total genus |
21
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structure length |
101
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sequence length |
101
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-03-05 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
F | PF01250 | Ribosomal_S6 | Ribosomal protein S6 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI6 F; 4NXM F; 4B3S F; 1N32 F; 4DR6 F; 4LF5 F; 5LMN F; 1HNX F; 4X62 F; 4X64 F; 1HNZ F; 4DR3 F; 2UXD F; 2BXJ A; 4YY3 F; 1XNR F; 4AQY F; 4JI4 F; 4DV1 F; 4JI0 F; 2F4V F; 2UXC F; 4LF4 F; 1J5E F; 1FJG F; 1IBL F; 4LFA F; 4JYA F; 4JI3 F; 4GKJ F; 2KJV A; 4DV5 F; 4B3T F; 4NXN F; 4JI8 F; 3T1Y F; 2VQF F; 1N33 F; 2BVZ A; 4LF9 F; 2ZM6 F; 1CQN A; 3OTO F; 4K0K F; 2UUB F; 4JI2 F; 5IWA F; 1RIS A; 4DR5 F; 1VMB A; 4JI5 F; 2HHH F; 4JV5 F; 4X65 F; 2UUA F; 4KHP F; 2RJZ A; 4LF7 F; 3R3T A; 1B64 A; 1XNQ F; 2UUC F; 4LFC F; 4DR2 F; 4DR4 F; 1FKA F; 1LOU A; 4LFB F; 1N34 F; 2YY3 A; 1XMO F; 2KJW A; 1XMQ F; 2E5L F; 1IJE B; 4YHH F; 1F60 B; 1I94 F; 3ZZP A; 5BR8 F; 4JI1 F; 4DUZ F; 4DV7 F; 1N36 F; 2VQE F; 1IBM F; 4B3M F; 4LF8 F; 2J5A A; 4DV6 F; 1IBK F; 4OX9 F; 1QJH A; 1IJF B; 2B7C B; 1G7C B; 4DV4 F; 5LMU F; 5AJ3 F; 3T1H F; 2UXB F; 1CQM A; 4GKK F; 4DR7 F; 4JI7 F; 4DV3 F; 4LF6 F; 2B7B B; 1HNW F; 1G1X A; 4B3R F; 1GH8 A; 2UU9 F; 4X66 F; 4DUY F; 4DV0 F; 4DR1 F; 4DV2 F; 1HR0 F; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FZV A; 2IM0 A; 2RQC A; 5ETM A; 5JVG Q; 3A4T A; 5A0Y B; 2GHV C; 1EP4 B; 2RHQ B; 1S4E A; 3KLG A; 1OY9 A; 1VRQ C; 3TA2 A; 3J81 j; 2IYI A; 2P6S A; 3LO3 A; 3QSI A; 2VQF F; 5GMD A; 2B9E A; 3AAW B; 1FEH A; 2B56 A; 2CNO B; 2CXE A; 3BKU A; 2D3O R; 1SKS A; 1C0U B; 5D78 A; 3VCD A; 3FCH A; 1PBU A; 2GX8 A; 3GFH A; 3HCX A; 1LW2 A; 3EIC A; 5KFB A; 2OPS B; 3KUH A; 2C2O B; 2ZE2 B; 1M90 T; 1XJW B; 2ZH9 A; 4LJM A; 4OHW A; 3V6K A; 1T95 A; 3D6M B; 3CJK A; 5KG3 A; 4Y3C A; 3ZZZ A; 1C4C A; 6AT1 B; 1NLK L; 4BCA A; 2Y1L B; 1AW0 A; 3EVO A; 1Y11 A; 3MWB A; 2B7B B; 2WVF A; 3PW0 A; 1H7W A; 4W90 B; 3IRW P; 1T0T V; 1N88 A; 3D3B J; 3MUM P; 5KFA A; 4AD6 A; 3FBF A; 3BDP A; 1X5T A; 3OJU A; 4PXB A; 1A0O B; 3L7U A; 1CEZ A; 3ZFV A; 3LTO A; 3PW5 A; 5AXL A; 1JLA A; 1FJG J; 4YB6 A; 1X5S A; 2K7J A; 1WOO A; 1FI4 A; 2RML A; 4ID5 B; 2UUA F; 1N56 A; 1PAE X; 5J2M A; 1H98 A; 2QLB B; 2J6S A; 3NG8 A; 1YG0 A; 4QU6 A; 1Q8L A; 1H38 A; 4ZHR B; 1N48 A; 3K57 A; 4IG3 A; 1WNE A; 4BC7 A; 2DO4 A; 3FC9 A; 2WON B; 3S01 A; 3NNA A; 1K47 A; 4X65 J; 4K4W A; 4O0I A; 3LPY A; 2MXY A; 1M5K C; 5ETT A; 3OSP A; 1VR6 A; 2JEG A; 2V34 A; 2V0N A; 3ZTP A; 3BSO A; 3GP9 A; 5G0R A; 3CMA S; 4KIA A; 1AZS A; 1JLB A; 2CJQ A; 5EWG A; 1HPZ B; 2LA6 A; 1L3K A; 2LDY A; 5FDL A; 2DNQ A; 2JZ5 A; 2IBK A; 4Q45 A; 4PUO A; 1CPZ A; 3J81 U; 1BY9 A; 1T9U A; 4O3Q A; 4HKQ A; 3Q8R B; 3LQV A; 5F8M A; 5F8G A; 4XDD A; 4MYT A; 2DB1 A; 1WHW A; 1VQ4 S; 3ITH A; 4NOH A; 2VC1 A; 4RUA A; 3PJ9 A; 2VC0 A; 4QIW D; 2E1M C; 3IGN A; 4DDF A; 4DR4 F; 4J9L A; 1UZD A; 5A8W A; 1XTZ A; 3OT9 A; 1XMO F; 2K2P A; 1T8E A; 4P2S A; 2QLX A; 1EP4 A; 2JC0 A; 2M70 A; 3US5 A; 3TUI C; 1XMQ J; 4DUZ F; 2U2F A; 2UVR A; 3ISZ A; 1TV6 B; 1Q16 B; 1HBN B; 4PWW A; 5B08 A; 4C8N A; 2KU7 A; 1C0U A; 3O8W A; 1S7I A; 2BW2 A; 1GMU A; 1W7W A; 1IXK A; 3CO9 A; 2HAF A; 2ZE2 A; 1IM6 A; 4IO9 Q; 3TZX A; 2CQP A; 2V2K A; 1ROF A; 1VC5 A; 4OJG A; 5F8J A; 1UFK A; 2XZD B; 3M9M B; 2GCF A; 3JB9 k; 1KSP A; 1N0U A; 1S1X B; 1VQ9 S; 5IT9 Y; 2W4C A; 3BR8 A; 3KXD A; 4V19 J; 2PE8 A; 4IR1 A; 2E5H A; 2RJZ A; 2POK A; 3ENA A; 2DGS A; 1URR A; 3IO1 A; 5IS2 A; 3QZ8 A; 3B78 A; 5ETV A; 1HBM B; 3DRS A; 4LUB A; 4WBF A; 3LWL A; 3U27 A; 1RYR A; 2M5Y A; 1XR7 A; 5H9F J; 4OJH A; 3M9O B; 4NA2 A; 3R5B A; 3NNH A; 1JLG B; 2NSC A; 1J2V A; 1VK3 A; 2G9O A; 1HWU A; 3RAQ A; 2KVI A; 2XM3 A; 2XB2 D; 3ZZY A; 1JK9 B; 1XK8 A; 4WZM A; 4Q8F A; 3CPW R; 4JI6 F; 3NP5 A; 2CFX A; 5KOX A; 3DM2 B; 1U1K A; 3QGG A; 3CT9 A; 1LFP A; 1RCX B; 1RAE B; 3BR9 A; 2NS1 B; 4NRT A; 3B82 A; 3RUB L; 3PO5 A; 4P2F A; 1U2C A; 4GKJ F; 4EO6 A; 2YNI B; 1YJW S; 1F5B A; 4LVO P; 2L08 A; 4NXN J; 2DNN A; 1RIS A; 1T94 A; 5DZ6 A; 2K8G A; 4X64 J; 3PJW A; 4ZJO A; 1B64 A; 5GAE U; 2NZ4 A; 4JV0 A; 4CIO A; 4L74 A; 4A8S A; 4BLG A; 2VD3 A; 2LQB A; 1WUU A; 2X51 A; 2XCP A; 3MPY A; 4PXC A; 4CO3 A; 1FK9 B; 1VQP S; 1IBM F; 2NPF A; 4C8K A; 2F4F A; 3KLH B; 4CRJ A; 5AE2 A; 2LEA A; 3PX4 A; 5F3Z A; 1H6K X; 4GVL A; 3TVK A; 1F3V A; 4X4S A; 4DX8 H; 4ANE A; 3EDR B; 1SH3 A; 3P45 B; 2R2U A; 1JLE B; 2JDJ A; 1D9A A; 2ZH3 A; 1N5V A; 3M8P B; 4PYA A; 1YRU A; 1QE1 B; 3B4D A; 5AXN A; 2PI5 A; 1FX2 A; 1M5S A; 5KFY A; 3UD5 A; 2BJ1 A; 2BMB A; 2AV5 A; 4OI4 A; 2XY5 A; 3Q8V A; 1NZA A; 2I2Y A; 4I0W A; 4HTI A; 2G0J A; 2YKA A; 5IC6 B; 2UVV A; 2QYC A; 4P9S A; 1NK7 A; 1TV6 A; 1PC4 A; 4JB8 B; 4MKB A; 1HBN A; 1S12 A; 2ZH6 A; 5JMN A; 1ZYQ A; 1VOM A; 2BAB A; 5CCL A; 3CD0 A; 2XLK A; 4UOC A; 2YNG A; 4P71 A; 3K8V A; 1AYE A; 1O5J A; 2CPF A; 1YJ9 S; 5DLF A; 4OHV A; 3FDS A; 4TU7 A; 4C8L A; 5KFV A; 1RT6 A; 4XPE A; 4KJI A; 4OIX A; 2FC9 A; 3QFW A; 4Q44 A; 3RRG A; 3KJQ B; 2JSX A; 3MR7 A; 5E3P A; 1O0P A; 3VAL A; 3IXQ A; 3T6J A; 1VLY A; 3BJY A; 2GHW A; 3TW0 A; 1R8C A; 3E3X A; 4N76 A; 2OHD A; 5EDW A; 3ADA C; 3NAI A; 2EFO A; 1UZH A; 5T7L B; 4DX5 A; 2V4R A; 3TNV A; 1YRT A; 2W2M P; 1PBA A; 3OV7 A; 3K5P A; 2E5I A; 4GKK J; 4LF4 F; 4AQY J; 1JLG A; 4KC5 A; 4USV A; 4C97 A; 1IWG A; 2O66 A; 1SVD A; 4DPX A; 1U4B A; 3LGN A; 3MZI A; 1RTH B; 4KT0 C; 4JI5 F; 2J8S A; 4E2F B; 1HNX J; 1TP7 A; 1S57 A; 2IPO B; 3W2W B; 1HBO B; 2GVD B; 2MQO A; 5L39 A; 5LSL A; 3DM2 A; 5J2N B; 2V63 A; 1NDC A; 2VPY B; 1RKI A; 4PYD A; 2HHS A; 4YR2 A; 1IN0 A; 2MQN A; 3M6U A; 4FPI A; 4YN3 B; 3SQO P; 3W5Y A; 4J9M A; 1Z2L A; 1WEX A; 2MHN A; 3JAM Y; 2H4Y B; 2CQ1 A; 4KH1 B; 3S6E A; 2YKO A; 2J9D A; 1V9O A; 3FRZ A; 2LU2 A; 2R8I A; 3BQ0 A; 1K73 T; 5HN0 A; 2DHX A; 2UU9 J; 2ZOF A; 2Z56 B; 1WHY A; 4NLP A; 2W4D A; 3QYY A; 1NSA A; 2R3V A; 3D67 A; 5BYQ A; 4KFB B; 1FK9 A; 3RZA A; 3GSD A; 4DCJ B; 1LQ9 A; 1N0V C; 2HQI A; 2DCU B; 1JLE A; 4ED3 A; 3M8P A; 1BHN A; 3OTD A; 4X62 J; 4W4M A; 3GIJ A; 1FDB A; 4ZLN A; 3B54 A; 1HMV B; 4ZCI A; 1JLC B; 2HPU A; 3KNG A; 4O3N A; 4IQM A; 4LSN A; 2MKK A; 4OX9 F; 1MN7 A; 2R7Q A; 3CJ4 A; 4ECV A; 3NS5 A; 2DBB A; 1F5C A; 1H73 A; 1RT2 A; 1N52 B; 4IKA A; 4NLV A; 2HW3 A; 3JSR A; 2EEY A; 4BC9 A; 4ZIV A; 2XLJ A; 4I68 A; 4ED5 A; 4DV0 F; 5D0H A; 4LRF A; 1S0V A; 4A8O A; 2RNE A; 2XWX A; 1EQM A; 3EWG A; 4KB7 A; 3J7Z T; 4KHR A; 4ER8 A; 3V81 B; 4I4B A; 2QYG A; 4CLP A; 4A8Y A; 3T3F A; 3L7P A; 2X1B A; 2V5H G; 2NR0 A; 4DV5 F; 3AQP A; 3K5O A; 1VI7 A; 2XGQ A; 5F8I A; 3H40 A; 4NL5 A; 3MDF A; 1S6Q B; 4IFV A; 2IYG A; 2V68 A; 2XS7 A; 3OTE A; 1YJN S; 4ZP6 A; 4LF1 A; 4LIR A; 3SFG A; 2VFU A; 1FKA F; 2XMV A; 3OXF A; 3P4U B; 5T7L A; 2HYI B; 1R31 A; 1F9E B; 3JQK A; 3AD7 C; 2ADC A; 2JFK A; 4EU0 A; 1IQZ A; 2H65 B; 3TJ8 A; 1B3T A; 2FQQ B; 2MKC A; 4ZVO B; 2B9W A; 2EKN A; 2DEJ A; 1MMD A; 1HW8 A; 2F9D A; 2J76 E; 2AJ1 A; 4U7U K; 4JI7 F; 4PPD A; 1PYT A; 1HBO A; 3N0V A; 2HZC A; 2GVD A; 3L9Z A; 2ZH7 A; 2FPH X; 2M3D A; 1KEK A; 4DUY J; 2MPU A; 4JI1 J; 1N36 J; 5J2N A; 3FSY A; 3HZE A; 4FXV A; 2LXF A; 5LMU J; 4DX6 A; 1YLX A; 2B4O A; 1VC0 A; 4JI0 F; 4ZDN A; 4CLZ A; 4F25 A; 1AFI A; 2MMY A; 2CPH A; 1UPM B; 3CVK A; 4JI2 F; 1NU4 A; 3H2L A; 5KG4 A; 2HHP A; 3HSD A; 4DLG A; 2DR6 A; 3BGR A; 3MMJ A; 3KMQ A; 2XC9 A; 2G1H A; 2DHH A; 4MAK A; 4K4T A; 2DXD A; 3MGJ A; 3RBD A; 2Y3Y A; 4KFB A; 1RAH B; 3VAH A; 1U26 A; 3IN5 A; 2C2M B; 3AJ2 A; 4ZVQ B; 4Y34 A; 3W2V A; 3HT0 A; 2RD5 C; 2Q6C A; 3CCM S; 1TKT B; 3UW1 A; 5K9F A; 2LMI A; 4U7U D; 2ZBP A; 3DN9 A; 4KPY A; 1DQ9 A; 2CPE A; 1HMV A; 2J6U A; 4KR0 B; 4WTO B; 1JLC A; 1R43 A; 3UN2 A; 2MKY A; 5KFD A; 3VWS A; 5M2R A; 5KFS A; 4F8R A; 2E7X A; 2OEM A; 1JJH A; 2F65 A; 4DSE A; 1IKY B; 3UDL A; 6FDR A; 3ZZ0 A; 2V2Z A; 4CLY A; 3DHX A; 5BXI A; 4M95 A; 4ES1 A; 4F04 B; 1YIJ S; 2HKE A; 3J80 Y; 2QFI A; 4QWB A; 2FLP A; 1KON A; 1HQU B; 3QRP A; 9ATC B; 5KG0 A; 2RB7 A; 4KPC A; 2UXD J; 3RB6 A; 1S48 A; 4Y2K A; 1U1O A; 1KTQ A; 4OYA A; 4D3G A; 1SPB P; 4O4R A; 5E2Q A; 1X9S A; 1HWK A; 4LSL A; 3ZTO A; 1RHJ B; 3MEC A; 2ZWO A; 3QLH B; 3Q2T C; 3UR0 A; 2CJB A; 1S6Q A; 3RTV A; 4NE9 C; 3PR4 A; 7FDR A; 2R7R A; 1S9E B; 2DNL A; 4LBH A; 4Y00 A; 2CRL A; 2EPI A; 2AX0 A; 2AYB A; 4KTQ A; 2DKO B; 2BV3 A; 2JRS A; 3O44 A; 3VGU A; 1XN9 A; 4IYQ A; 2J9C A; 4O3P A; 1SJ1 A; 2Y1J A; 3H42 A; 2O67 A; 3PFO A; 4RW7 A; 3CJT A; 2MHE A; 1H2T Z; 3ZC4 A; 4JI3 F; 3C66 A; 5K14 A; 1BQN B; 3KKF A; 1Q86 T; 4URG A; 1UFL A; 2JWN A; 4QPX A; 1V6H A; 3SYZ A; 4K0K J; 4A8Q A; 3TA0 A; 3JTO A; 4NMX A; 1YJT A; 2QIF A; 4FYD A; 4WWS A; 3JYT B; 3VTI A; 4N8N A; 2ZZM A; 2Z2Z A; 3KK1 B; 3M2U B; 2DNP A; 2VHG A; 1NSK L; 4ZLL A; 4TQR A; 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2YH1 A; 2DD8 S; 5E3A A; 4UT4 A; 2ROG A; 1N33 F; 4N77 A; 2HAI A; 2F9J A; 1RWK B; 3EGZ A; 3WHI A; 4F7V A; 2YQ0 A; 3PDN A; 4MYU A; 4YR3 A; 3NBP B; 1U02 A; 3QJJ A; 4ZK7 M; 4N8O A; 1CJU B; 3BRE A; 3QAU A; 3GU0 A; 4WE1 B; 1TUW A; 3AT1 B; 1GMW D; 2LEB A; 2E1R A; 2WW4 A; 1MMN A; 3H5Y A; 1DQ8 A; 4E0D A; 3HHL B; 1V3R A; 1BQN A; 5ETR A; 3BPD A; 4USH A; 3KLF B; 1RAD B; 4DR4 J; 3CO0 P; 4ED1 A; 1XMO J; 2NLW A; 1X4C A; 1GFW B; 2BUN A; 4WCE Q; 2P9C A; 2ZUA A; 4RBT A; 3JQM A; 3KK1 A; 3M2U A; 4GMK A; 2JNJ A; 2MLY A; 1U1P A; 2A1B A; 5DS7 A; 4OJ1 A; 5KT4 A; 1NRK A; 2NXN A; 1IBL F; 4ZS6 A; 5LOQ A; 1ZM3 A; 2VBW A; 4ZCL A; 2C1E B; 1RTI B; 4S0M A; 3BO4 A; 1Y5N B; 2LQ5 A; 5F41 A; 2IHR 1; 1UVJ A; 2AHO B; 1WSV A; 4DPO A; 1FD8 A; 2IC3 B; 2YH0 A; 3MFI A; 2ZOG A; 3BGL A; 1CJV B; 2MEW A; 4JUZ A; 3MPU B; 5FII A; 2IM1 A; 3CTR A; 3FUY A; 3MAH A; 1MU2 B; 5D8H B; 2DNR A; 3HX9 A; 3PM9 A; 4QIF A; 1SJ4 P; 4NRU A; 3V4I B; 3P3D A; 1N54 B; 3RAX A; 5SZT A; 2CYY A; 5J1E A; 1NB2 A; 4DL7 A; 5AE1 A; 2FVR A; 1CUL A; 2Q66 A; 3RB0 A; 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