The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
187
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structure length |
187
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Chain Sequence |
MESLQNHFLIAMPSLDDTFFERTVIYLCEHDEKGAMGLVINKPLGIEVNSLLEQMDLPTEQVSADLAMGSQVLMGGPVSQDRGFVLHTSQPYWANSTELGSGLMLTTSRDVLTAIGSKRSPDKFLVALGYAGWSKNQLEQELADNSWLTIPADHALLFDINHEDRWQQASRSLGFEAWQLSTQAGHA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of UPF0301 PROTEIN SO3346 from Shewanella oneidensis: Northeast Structural Genomics Consortium target SOR39
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Shewanella oneidensis
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| molecule keywords |
UPF0301 protein SO3346
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| total genus |
35
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| structure length |
187
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| sequence length |
187
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-05-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02622 | DUF179 | Uncharacterized ACR, COG1678 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | VC0467-like domains | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | VC0467-like | VC0467-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GZO A; 2DO8 A; 2HRX A; 2MUI A; 2HAF A; 2GS5 A; 2AJ2 A; 2EW0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I0W A; 4MIA A; 1KQG B; 2H4Y B; 2LXU A; 3HVT A; 1XIQ A; 1O51 A; 1UTA A; 5B0E A; 5DLG A; 1TK5 A; 4B02 A; 2B7C B; 3PW0 A; 1PKU A; 2MST A; 1VR6 A; 4DR1 F; 5B0C A; 3AXK A; 4LR9 A; 1C1B A; 1TV6 A; 4DI6 A; 5DJB A; 2XY5 A; 4C8M A; 4PWD A; 4PG8 A; 3CCR S; 1S97 A; 5L9X A; 3QT7 A; 1VQ6 S; 2XMT A; 4LMZ A; 2B4P A; 3PJX A; 4FKX A; 1MG7 A; 2M9K A; 1MRO A; 1WSR A; 2XS5 A; 2AJ1 A; 2V8V A; 5BYR A; 2QLJ B; 1DZ5 A; 3P96 A; 1Y3K A; 2WSF C; 4M5G A; 1VQS A; 1MSW D; 3AOB A; 2LDY A; 4B3O A; 3E01 B; 4IG3 A; 3RBD A; 3G86 A; 4I7F A; 4I68 A; 5D4P A; 2LU1 A; 3MPD A; 3I4P A; 3UWT A; 1GXL A; 2BKO A; 2A1B A; 2JFK A; 1QSS A; 2NR0 A; 3OFF A; 4DL6 A; 3IWL A; 2J5A A; 2JL9 A; 1CQM A; 3DHX A; 3KLG B; 2RDJ A; 4LF1 A; 5IC4 B; 2CPY A; 3BSO A; 2HGL A; 3HHL C; 3PYD A; 2WAQ D; 1U1Q A; 1S9E A; 1QAY A; 1RK8 A; 5KG0 A; 4OI4 A; 5HRO B; 1T9X A; 1ROF A; 1CJU A; 1KLN A; 2QGF B; 4CLP A; 3R6L B; 4DL4 A; 4ECW A; 3EGV A; 3OL7 A; 2O3D A; 1AB8 A; 1Z1Z A; 2K3I A; 3W3S A; 3BYR A; 1C1C A; 3U27 A; 4RNF A; 3RR8 A; 3LH2 S; 2W2O P; 2KYX A; 3W9H A; 2D9P A; 3C16 A; 4L3N A; 3R27 A; 2RU3 A; 4I2Q B; 2JOQ A; 2HG4 A; 1NSQ A; 2NXE A; 5KT2 A; 3W5X A; 4WP9 A; 1H73 A; 2ZH5 A; 1IJF B; 2RQM A; 1PJ6 A; 1UWA A; 1KOH A; 2FHK A; 5LL6 d; 3LWL A; 4ID8 A; 1BQM A; 1N36 F; 3K5N A; 1FRX A; 8ATC B; 4MTP A; 2YVS A; 4RW8 A; 2VH7 A; 1GXU A; 3CC4 S; 2OPP B; 4B9N A; 1KC8 T; 1GNK A; 3ENQ A; 1N36 J; 1C4C A; 3NS5 A; 3CTR A; 1O5J A; 3QJP A; 3US5 A; 3OL8 A; 4KO0 B; 4A8Y A; 3OTD A; 4ES1 A; 3DLK B; 1XMB A; 2ZJR Q; 3OXF A; 4D3H A; 5LMN J; 2AYE A; 1TMM A; 1N4L A; 1XC9 A; 2PD1 A; 4NZ6 A; 1MMD A; 2CA9 A; 2J0W A; 2ZH2 A; 4IG0 B; 2YKM A; 3T3F A; 1FKA F; 3CJ2 A; 1KHV A; 4FNH A; 2OD6 A; 1JJ4 A; 4NYO A; 4FYX B; 3GG0 A; 3NRB A; 1YBT A; 4MKY A; 3ILI A; 3A8E A; 4RW4 A; 4P71 A; 4B9S A; 2DRD A; 2HQC A; 2IM3 A; 2HFO A; 2YY3 A; 3LAL A; 2BKN A; 3RG6 A; 3GFZ A; 1NDL A; 2JLG A; 4ZVP B; 4PWU A; 2WBR A; 3PIP Q; 4CTA B; 4YN3 B; 3DM2 A; 1YX2 A; 2Z30 B; 3PM9 A; 3SFU A; 5F8G A; 3J7Y U; 2N82 B; 1T3O A; 3PRD A; 4ZVO B; 2CAD A; 3BH7 B; 1S1W A; 3HFZ B; 1YHQ S; 3H2L A; 4C0B A; 1NZA A; 4A8W A; 4FBT A; 1EQ0 A; 2AJF E; 4M5D A; 4PKD B; 4ZN1 A; 3PDN A; 4HTI A; 5F0U A; 1T0T V; 2EBE A; 4ERD A; 3U1N A; 3DYA A; 1HNI A; 3TEH B; 4USK A; 1FKO A; 1P8G A; 1SL2 A; 2NSC A; 1SV5 B; 2VV5 A; 3GIR A; 4HYK A; 3BPS P; 3NL0 A; 4USH A; 3OFH A; 1YVF A; 2M8H A; 1VLY A; 2XYH B; 5C5J A; 1V3Z A; 2AYM A; 2Y1R I; 1TR0 A; 1HL6 A; 4Q44 A; 3THP A; 3DLH A; 1TKT A; 1C0T A; 3TAM A; 1PJ5 A; 2NUH A; 2OJ3 A; 1RT3 A; 3GSD A; 2FHM A; 2FVC A; 2GHP A; 3K5L A; 1DTT A; 5E5N A; 5DDO C; 2NUU G; 3CJK B; 1VRQ C; 2E5H A; 4ELV A; 2R8K A; 4USV A; 2HQD A; 2CPZ A; 1JXL A; 4YR0 A; 4FPI A; 4DJB A; 2BX6 A; 2Z56 B; 2RIJ A; 1NKE A; 5AJ3 J; 1KNZ A; 2V2K A; 4DV0 F; 2OO4 A; 2I38 A; 1NK4 A; 1BXN A; 3OJU A; 4DV0 J; 2B7B B; 2IJN A; 5I3P A; 3BQ0 A; 2HHW A; 3GV8 B; 1IKX B; 2O1P A; 5ADZ A; 4P2S A; 3GCX P; 4ANC A; 3KUH A; 2AYB A; 4NLP A; 1R43 A; 4F7V A; 2BRK A; 2MQQ A; 4QJV A; 2KL8 A; 5CXT A; 1HWI A; 1NJY A; 1IM6 A; 2VKR A; 2BQU A; 1FX4 A; 2QLF B; 4WKY A; 1Q7Y T; 1S49 A; 1FK9 A; 1XMQ J; 4KGZ B; 3BF4 A; 1SVD A; 3M8P A; 3QIP B; 2GJF A; 4NA3 A; 4W92 B; 1REV A; 1S1T A; 1HQ2 A; 2J9D E; 1SPB P; 3MDF A; 2AJ4 A; 4KT0 C; 1UJ5 A; 5A0Y B; 3DLG A; 2NS1 B; 3HPO A; 4WBF A; 4A48 A; 1L3S A; 2HFV A; 2YKQ A; 3HHL A; 2VQF F; 2H4W B; 4JI6 J; 4YB1 P; 1Q95 G; 3HDS A; 5HI7 A; 2VKZ G; 3T5J A; 3BBF A; 4DFK A; 2VQF J; 1VQK S; 3GFY A; 3RW6 A; 4Q2M A; 2I9S A; 4AT1 B; 2DNN A; 1KSP A; 7FD1 A; 5D6G A; 4YB7 A; 4RW6 A; 3DOM A; 1FX2 A; 2IMW P; 3ENV A; 2BVZ A; 1OQ6 A; 3Q89 A; 3EWG A; 4MK7 A; 2V4R A; 4RW9 B; 2A3J A; 1HD0 A; 3EXY A; 1YI2 S; 1JJ2 R; 3D66 A; 2HUR A; 5IT9 U; 1JKH B; 2J76 E; 2A6O A; 1YKW A; 4BCA A; 2AYG A; 2MB0 B; 5AE1 A; 3KHG A; 2DGS A; 1DUR A; 5KFV A; 5HLF B; 1IKY B; 5F3Z A; 4LF5 J; 3CCW A; 3C46 A; 3WBZ A; 2JC1 A; 2KG0 A; 2L08 A; 4L6V 3; 2DY1 A; 2R7R A; 5DG9 A; 3GIM A; 4E98 A; 2VG7 B; 3HSD A; 3EJM A; 3UCU P; 3MEE B; 1QAI A; 2JLE A; 2R7O A; 3MM6 B; 2LLZ A; 1S10 A; 5KG5 A; 1B4S A; 1HI0 P; 2FVS A; 2HFN A; 2IVF B; 2XMJ A; 2KFN A; 3T9N A; 1KP6 A; 3N5F A; 1K73 T; 1NUE A; 2YKP A; 1F0X A; 3RB6 A; 3EVM A; 5GAH U; 1WEX A; 3VAM A; 4DPW A; 4YHH J; 1K0T A; 5KG2 A; 3VQS A; 3W60 A; 1W7W A; 4ALZ A; 3JAM Y; 4JOU A; 2KRR A; 1FA0 A; 2HPU A; 4ED1 A; 3O2I A; 4LT6 A; 2FHJ D; 2IC3 A; 4K4W A; 5KFF A; 3RTV A; 2KDO A; 4RW7 B; 1O0P A; 3ISN C; 3UDV A; 4DSL A; 5HO4 A; 4ZLN A; 4F0H A; 5EX3 A; 1RT3 B; 4RR5 A; 4U96 A; 3R2C J; 3UCG A; 2XY7 A; 4AQY F; 3H4B A; 3R7S B; 3IA0 A; 4CP5 A; 1YJ9 S; 4EFA C; 3DHW C; 4AQY J; 2EVZ A; 3FSY A; 1M5O C; 1SI9 A; 3FZB A; 3D2W A; 3LP1 A; 1WSV A; 2QZ8 A; 3RU0 A; 3W9I A; 1L3K A; 3G6Y A; 1HNX J; 2BRL A; 2GVZ A; 5LJ3 Y; 1B70 B; 2CZ9 A; 3TJ8 A; 1LV5 A; 5KG4 A; 1N34 F; 5D0R A; 1V5V A; 2AW0 A; 3FCV A; 3J80 U; 5IOL A; 3OVB A; 2ZH6 A; 1RJJ A; 1T8E A; 1N48 A; 1LXN A; 1N34 J; 5LSR A; 4NL5 A; 3NNH A; 4LF2 A; 1IKW B; 2QA4 S; 4HL9 A; 3HVR A; 4IFY A; 4ECS A; 3GV5 B; 4LVO P; 4PG7 A; 4C8Y A; 2XI2 A; 2UUB J; 4DCJ B; 3CJ4 A; 5FLX U; 1DLO B; 4Y2A A; 5J2M B; 2Z2L A; 3MTK A; 2V2Z A; 4DLE A; 3GSI A; 3A13 A; 1CVJ A; 5L46 A; 3NWG A; 1HQE B; 1PJ7 A; 4IOB A; 1REV B; 1CBK A; 5CYJ A; 3IGN A; 2CPI A; 2AWZ A; 2U2F A; 3UCZ P; 4I6A A; 1RAA B; 2EK6 A; 5DQG A; 5C42 B; 3RB0 A; 1F5C A; 1S0N A; 2PN6 A; 2HRU A; 3B6B A; 2KJW A; 1XTZ A; 5F8M A; 3U1L A; 2YNF A; 4WFZ A; 1DJ0 A; 3KTQ A; 2XMV A; 2GV1 A; 4G65 A; 3CJ3 A; 3NS7 B; 2P9G A; 2OEJ A; 3TUZ C; 4TU9 A; 4GMK A; 4KV8 A; 4FN5 A; 2XEX A; 1M5V C; 4DG1 B; 2E29 A; 4K59 A; 3D1Q A; 4C9D A; 1UWB A; 4NE9 C; 1H2U X; 1U1O A; 4JI0 F; 3EPG A; 2F8M A; 2H54 B; 3GU0 A; 4CT9 A; 2QLW A; 4P2X A; 3RB3 A; 1TL1 B; 2FGO A; 1U8W A; 1X5S A; 1UKU A; 1KVK A; 3SV4 A; 4H4M B; 3P49 B; 2RF2 A; 2D7S A; 4NCG A; 4Y34 A; 2H5E A; 3KG4 A; 2VDH A; 4RUH A; 2WW8 A; 3I82 A; 4CYU B; 2BW7 A; 5CD4 A; 3GPA A; 5KFW A; 2ZNZ A; 3JB9 k; 1Y5L B; 4DR5 F; 4ED7 A; 4F0M A; 4DR5 J; 2W4D A; 1BHN A; 2FB0 A; 1YTY A; 4OYI A; 2YKN A; 2CYY A; 2QE5 A; 4HVZ A; 4FS1 A; 4J7C A; 4C3K A; 1RHK B; 1PYO B; 1TL3 B; 5HVG A; 4G1I A; 2XO7 A; 1TL7 A; 4C8Z A; 3BN4 A; 4OYA A; 2CDQ A; 2I5J A; 4Y2K A; 3LTO A; 4CM2 A; 1ZM4 A; 3DDN A; 3PXG a; 3OR1 A; 3VAK A; 2AF6 A; 1P9Q C; 4ZVU B; 4G3I A; 1YJR A; 2MXY A; 2B9W A; 2MZJ A; 3M32 B; 1U7L A; 5ETM A; 1GQE A; 1S79 A; 3SXL A; 4DCP B; 2EG2 A; 2LVW A; 2CWX A; 2KT2 A; 3VTI A; 5CYM A; 2GQC A; 2G2O A; 4K4U A; 3MEC B; 3NY0 A; 4O3P A; 3T5K A; 5K5M A; 3SDE B; 3JS9 A; 1S6P B; 3DGP B; 5KFO A; 4HHJ A; 2MKC A; 4NA2 A; 2WOM A; 5CD4 H; 2YX7 A; 2C3Y A; 3H7H B; 3MWB A; 1FJE B; 4A8S A; 3JAM U; 2JEJ A; 5KOX A; 1HWU A; 3U1M A; 1SQE A; 2AZ1 A; 1NJX A; 2HHX A; 2OPQ A; 2MQL A; 4ZIW A; 5EN1 A; 2CG8 A; 4ZJQ A; 3I5C A; 5E41 A; 2UV8 A; 3KMS A; 3Q2T C; 3MM7 A; 3TOQ A; 1XNR F; 1N5V A; 3KFW X; 2OPS A; 4DV7 F; 4JP8 A; 4OZN A; 1XNR J; 2W1B A; 2VB6 A; 2ZH9 A; 4HT5 A; 4DV7 J; 5DRK A; 3VCD A; 1EIY B; 3JTP A; 2MY8 A; 3QO9 A; 1BD6 A; 2XLJ A; 2ZD1 A; 2EFP A; 4TQR A; 3M2V B; 3I9Z A; 4ELU A; 4IFY B; 1T03 B; 2MKS A; 3H0P A; 2N7Y A; 2HVE A; 4OZ1 A; 4ETZ A; 1V9O A; 1JLB B; 4QYZ K; 3C6U A; 2CFX A; 1TU0 B; 2UZA A; 1RU1 A; 1FFW B; 1PYS B; 2HNY A; 3DRR B; 1MN7 A; 2CQ0 A; 2LDI A; 2GO8 A; 5HMX A; 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