3P7IA

Crystal structure of escherichia coli phnd in complex with 2-aminoethyl phosphonate
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli uti89
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
total genus 119
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3p7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA02
1H44A 3TDJA 4ESWA 3UP9A 2V84A 2O69A 2UVHA 4R74A 1JW5A 1Y4CA 1H45A 4BLAA 3VV5A 3U93A 4WKMA 4DCXA 3FZVA 4LP2B 4XXUA 3OELA 2I0CA 5CMMA 1B5HA 4OZ9A 4EUOA 5DVJA 3T93B 2X9WA 5B7DA 2NXOA 2R6GE 2Z8EA 1FQBA 4YB7A 1EZOA 1S50A 4H65A 1RYOA 3K02A 4JWXA 1LB8A 4QHQA 1MH4A 2H4IA 2DVCA 2ZYNA 1O64A 3UK4A 3VVFA 2I48A 1LAGE 2DE3A 3E13X 4O3CA 1B5IA 1MDQA 3S4UA 1B3GA 1SI1A 4MLVA 2B65A 1B3LA 2KWIB 1LVFA 4QF9A 3KZGA 4RA1A 3IJXB 3OMBA 1MM7A 1HSEA 2THIA 4KCDA 1IXIA 2A5SA 4FI5A 1UTBB 2XD3A 1II5A 1IEJA 4H5FA 1B3FA 1DTZA 4IGTA 1JW4A 2HFBA 1RKMA 4TQUQ 1UTBA 2C5IT 2QS1A 2A5TB 1N04A 3MP8A 3LSWA 1IUDA 1VFEA 4LATA 2ZXTA 3IORA 1IIWA 1TFAA 1I6QA 3FV2A 2A5TA 2F78A 3EQ1A 4BDRA 4Q30B 1RYXA 2Q89A 4GWOA 4NF5B 3B7DA 4O3AA 1SQYA 2Q9TA 2XXTA 3RT8A 4F29A 1BIYA 1NH8A 3MQ9A 5HBCA 1XOCA 4NF5A 2ZNUA 4FEDA 5ISUA 3RPWA 2DXRA 3R7XA 4RXLA 4OFJA 4E0WA 1IQ7A 5H8NB 2F34A 4U4SA 1P1WA 2QS3A 2QRYA 4G8MA 4XIGQ 4HS7A 3GBBA 3K6XA 1ZKBA 4HW8A 4F3SA 1ANFA 5H8NA 4OWDA 5ITOA 1A99A 4ZECA 2V3QA 3O6GA 3RT6B 2GHAA 1MPDA 4J2CA 1FTKA 4R2BA 3FUZA 3MPKA 2E1SA 1OVBA 3H3GA 2DP8A 1SW4A 2UVGA 2IEEA 2DSFA 2DE2A 4AB5A 3K6VA 3KBRA 3W9VA 4U4XA 3KN7A 3USDA 4EXKA 4BDMA 3IOWA 1Z0PA 1SI0A 2HCAA 1M5EA 3OENA 1B1XA 5LOMA 3FXRA 3QSLA 2DWAA 3LUYA 2F7CA 3S9EA 4FATA 4CQIA 2ZNSA 4QSDA 3C33A 1MDP1 3IX1A 2OK2A 1NL5A 4JB7A 3KEIA 3CFZA 5A5XB 3OO8A 3KJTA 1R9QA 4JWYA 5BWJA 2H5YA 3PGFA 2I3VA 4ELOA 2FYIA 5A5XA 5KZTA 3S9NC 4AQ4A 2AL5A 1EH3A 1Y3NA 2VHAA 1JEUA 1DSNA 4DZ1A 2NOOA 2V3TA 1XC1A 3Q28A 5I59B 4ZE8A 1JVXA 2HXWA 2UYFA 1VE4A 4NF4B 3RQTA 2IC9A 1F9BA 5I59A 3MXZA 3O6HA 4NF4A 4IB2A 2O68A 3IAZA 1MXWA 3OO9A 2CA5A 4MBPA 2BJJX 3E9XA 1MXXA 5CMKA 4R9FA 5CMBA 4GVOA 3GLBA 5FHNA 5L9SA 1P1UA 3E3KA 3TCHA 3Q26A 1B40A 4H0WA 2O51A 3TQLA 4EQ7A 5DEXB 3PPQA 4UACA 1YAEA 4M4GA 5H8HB 1MQIA 1A7LA 1MXZA 4RK2A 3CSGA 3KN3A 1XS5A 4OFOA 3TELA 1BP5A 5DEXA 2ZYOA 5H8HA 4XTCQ 3U1OA 1B1HA 4BDLA 5JTYB 1MQJA 1B32A 3QYTA 3G3GA 2HAVA 2LAOA 2Z8DA 4KHZE 4R72A 1N3XA 2F7AA 3PPOA 3B6QA 1GV8A 5JTYA 5CI5A 4GF8A 3G3JA 3OO6A 3D4GA 3C31A 3G3KA 4EDPA 1B4ZA 2OJTA 1FCKA 1H43A 4QFLA 3T66A 1D9YA 1LGBC 1QUJA 4Q8RA 1A8EA 1SVXB 4ZEBA 1CB6A 1ZMGA 5ELVA 1M5DA 1Q1KA 1MRPA 3H03A 3PD9A 3FJMA 1OQHA 2QMWA 3U8QA 1TT1A 4OYVA 5TU0A 3PMWA 3Q29A 1EZPA 1MQHA 4RPOA 1SW1A 3TQWA 4BDOA 3PV0E 4X1BA 1OLAA 3V8XB 4LZ5A 1PBQA 4R6YA 1SYIA 2DXYA 1P1OA 4C0RA 1P1QA 4PP0A 4POWA 1B3HA 3K2DA 4B6XA 3H6TA 3PPPA 4F3GA 4OXVA 3FV1A 5IKBA 3RNNA 4U2RA 3O9PA 1ZBMA 5I57B 1S9TA 3O28A 4RK9A 1POTA 1M5FA 1ZTYA 1LCFA 2ZYMA 3G7WA 2H99A 3HV1A 1AMFA 3TTMA 2QJEA 5I57A 3MZ9A 2ZYKA 2PVUA 3IL1B 4G4PA 1BLFA 3U92A 4Q5TA 3DP6A 3FIRA 2QL3A 2V3UA 1R1NA 1MY1A 2ESNA 2PT2A 3FD3A 5CC2A 3MVXA 4YZZA 2W7YA 3MBPA 2Y84A 5IAIA 5DT6A 1B7ZA 3MVZA 2F36A 1PB9A 3EN3A 4NEDA 3RUMA 5I58B 2CZLA 3T9XB 3PMVA 4YKPA 3VXBA 2F6GA 3C4MA 3FVOA 5I58A 4IY5A 4YKIA 1D4NA 2RC7A 2ONKE 4I9DA 3PU5A 4IO4A 3QUJA 1HSLA 1GVCA 3TCFA 2QPQA 4GFRA 3BFUA 2D5WA 3TZAA 2B3FA 4X48A 5TP9B 1GGGA 4GL0A 4FEBA 1A40A 1B2HA 5FTIA 1UIUA 3EHSA 4G8HA 5TP9A 2O7IA 3O29A 4PQJA 5AA3A 1B51A 2I58A 3HSTA 4PFUA 1QJMA 5H8QB 1Y9UA 4FIMA 3VXCA 4POXA 4ELQA 4YMAA 2Y7KA 2F8DA 4EQBA 2KLFA 5AA2D 2O84X 2PT1A 4F18A 3TEPA 1PC3A 1IJ6A 1UIVA 3SEUA 3V5AA 1USYH 3FGSA 3BBRA 4KCCA 1USYE 1FQAA 5H8QA 3N5LA 2VOZA 4FAJA 4XKPA 3MZBA 4RY1A 3OXNA 4DXUA 4G68C 2VD3A 4N07A 3PD8A 2O1LA 3SKPA 3M3LA 3VLVA 1FTOA 4OETA 3H6UA 3ZSFA 2YLNA 1LB9A 5EHMA 3DELB 2YJPA 5CBRA 1IXGA 4H1XA 5KCJB 4G2ZA 4TLMB 2C5KT 2GH9A 2DVZA 1O7TA 1XVXA 1YTVA 5TPAB 5KCJA 3SESA 4I8CA 4M1VA 1XVYA 3EPEA 5TPAA 3KG2A 2O1MA 2RCAA 1MY2A 2Y7PA 4QFOA 1T0KA 4ECFA 1IXHA 4NWCA 2HAUA 4F1UA 3H4ZA 1HSJA 4G77A 3G3FA 3MW0A 3MAMA 3KGCA 2Y7RA 4P11A 4KR5A 4TLLB 2XXWA 2RC8A 3A3UA 1MXVA 2PX1A 4KYSA 1A54A 4F19A 3B6WA 2Y7WA 2F5XA 4LA9A 4RJZA 2QS2A 1OQGA 1PEBA 1R9LA 1ZU0A 3ZS6A 1US5A 5DVIA 2O6AA 1Q35A 4ISUA 3O97A 4DXBA 2YPNA 1YCJA 3RTFB 2HZKA 2XXIA 3UN6A 3UA8A 3Q27A 3HPIA 2FNCA 3QAXA 4AB6A 3MPLA 2I0BA 2NWJA 1TXFA 3S2VA 3TUSA 3KN8A 2XHDA 3IR1A 3I6VA 4I1DA 3BFTA 1SW2A 1MY4A 4OESA 1LFIA 4YB6A 3T96B 4ZEDA 1A55A 4UA8A 1FQCA 2P2AA 3FXEB 3IB0A 4OMBA 1PBPA 2WKYA 2XX9A 2DE4A 5HPQA 3RGYA 1SD3A 5EHSA 2X7QA 5CMCA 4F22A 3DP4A 5HM4B 3GBAA 4PETA 4XKRA 1Z7ME 2Z8FA 2XXXA 1BKAA 2MBGA 3MJNA 4XKQA 2I3WA 5DTBA 1B4HA 3B6TA 3KFMA 4GQOA 4LQ5A 4JSOA 3SEWA 3K1MA 3FXUA 2DWJA 2REJA 5DYHA 3H6VA 3A3CA 3FASA 2G29A 2C5JA 4QFKA 2XD2A 1BTJA 1DTGA 4RPNA 3EF7A 1QVSA 4GLIA 3OD7A 3HN0A 4H67A 1NNFA 4GRKA 1UTHB 3VVEA 2UYEA 1Z7NE 1NNKA 3TAJA 3R26A 3W15C 4NMYA 5L8DA 3FATA 4R6KA 4R2FA 1JVYA 4FECA 1N7XA 1UTHA 3KOTA 1FTLA 3O2AA 2Q88A 2UVJA 3JYRA 3KSJA 4OEVA 2IC6A 2IA4A 4DCYA 2I6EA 4O3BA 4YB5A 4YAHX 4R6HA 5J1DA 3CKDA 1KWHA 3LBSA 1IXCA 1NMUA 4ZS9A 1IZ1A 2GHBA 4KQPA 3ILTB 1EZ9A 1LAFE 3TCGA 1M5BA 1LBCA 1WODA 4F31B 3A09A 4WXJA 4NF8B 1H76A 3H7MA 2ONRA 4U22A 4DXCA 3DP8A 3IK6B 4ZEKA 3G3IA 4Z7EA 5CM6A 3ILUB 1S7YA 1VFDA 1O63A 4NF8A 1JETA 1M5CA 4JSDA 3FVNA 5FHMA 1NKXA 1DPPA 3U72A 3K6WA 2P0SA 3ONMA 3CVGA 1N3WA 3HO7A 3LC8A 4EQ9A 2Z22A 4K3FA 2D3IA 1P99A 1LAHE 3QIMA 1B5JA 1MXUA 4BDQA 4R9GA 4P0IA 4F3PA 1URDA 1B58A 4N13A 2KWHA 2VGQA 1I6AA 5EYFA 1J1NA 2Q2AA 2ZMBA 3TKDA 3L6GA 1YPNA 5KDTB 4DDDA 4EF2A 1Y1ZA 1N0TA 3P7IA 4MH5A 2Q8JA 4KPTA 4ZE9A 2OBGA 1R6ZA 5KDTA 1OIBA 2R9JA 3PUVE 1JEVA 2P1SA 3PMXA 1B46A 3VFJA 1ZIUA 1LFHA 2GRVA 4BDNA 3G3HA 5JEIA 3TTKA 1XHYA 4MLQA 5JK4A 3GXAA 1ZKEA 1MQDA 1NFTA 4ZDMA 3C36A 4NTLA 4H5GA 2I49A 4C1UA 3T9VA 4THIA 3OOAA 4OQOA 1B7UA 1Y20A 1GTKA 2AL4A 3VDFA 5K2XA 1Y4TA 3I3VA 1B3EA 3THIA 4R75A 4ESXA 5L9OA 2ANJA 4HCYA 4GD5A 1B6HA 3VE1B 4F1YA 4TOZA 3JV9A 1OLCA 1EU8A 3FVGA 4IO3A 2PMSA 3CRBA 4IO6A 1QKBA 2DOJA 1QW0A 4GIZA 1LRZA 4OHNA 3SERA 4LZ8A 3MWBA 2XX8A 3ZKKA 4QFNA 3FXDB 4P0GA 1ELJA 4IGRA 1LSTA 1B0HA 3K6UA 3PUYE 1N84A 3PUZE 5H8FB 2E0SA 4KYDA 3OEKA 4HCWA 1PB8A 2OZZA 3FJGA 3RN8A 1B52A 4OTEA 5F7VA 3GZGA 5H8FA 3OSQA 1GR2A 3M8UA 1NNTA 4GXSB 1MS7A 3FJ7A 4LONB 1FQDA 4DE8A 2UXAA 4WEPA 2DYXA 1LFGA 1ZJLA 1URSA 1US4A 4FE8A 1POY1 3T9HB 2XXQA 3CFXA 4R73A 3IB1A 3HCQA 3FVKA 3L3PA 2UVIA 4IO7A 3AXFA 4NWDA 3OSRA 1B05A 3ECRA 1NNPA 4LQ2A 4NE4A 1B9JA 2X7PA 3UIFA 1PDAA 1UQWA 3ODBA 4KI0E 4XKNA 1JQFA 2M8CA 2OWSA 4GXAA 3PPNA 4JWOA 4RYAA 3O6IA 3KSXA 1FQFA 4Q0CA 3UORA 1MH3A 4KFQA 4OENA 1MPBA 3IO6A 3K1NA 4H8IA 2FA7A 2RINA 2V25A 4MFIA 1QUIA 2D21A 5ICQA 5K2YA 5F1QA 3T9UA 4ZEIA 1DOTA 3C9HA 4JXIA 4LZ7A 2F35A 3TTLA 3VLUA 3Q25A 2Y7IA 3U94A 4G8NA 3KOSA 2RCBA 3M3KA 3C32A 3T22A 1ATGA 3K01A 1AL3A 2QSXA 2RKMA 1VSOA 1LBBA 3K00A 2F7BA 5AA1A 3MVYA 1A8FA 2Q2CA 5AE4A 2X9YA 3PPRA 3TFLA 3S9MC 1N76A 5FHOA 3VVDA 1MY3A 2I4CA 2ZNTA 4X9TA 2NVUB 1P1NA 1CE2A 1MY0A 4JBZA 3M3FA 2OLBA 3MC2A 3TTNA 3JZJA 1NH7A 4OERA 3CVRA 5ICTA 1DPEA 2XXYA 3BKIB 2NUVA 3DM0A 1DMBA 4HTGA 4FORA 1QSDA 3TKLB 4Z0IA 5I84A 2VP1A 4YMBA 1ZLQA 3E4RA 3MP1A 2H98A 5CBSA 4X1DA 3RY3A 3I5OA 3L6HA 3IO4A 3CI8A 4NF6B 1MPCA 4QRZA 3CG3A 3WAFA 4ONYA 4G68B 3ZKLA 2XXHA 4ELRA 2R71A 4PFTA 3CIJA 4IO5A 4U1OA 4F39A 4NF6A 3OO7A 3N94A 2F6PA 3IJOB 4G68A 4ZZEA 1MM6A 2B3BA 1AH5A 1Y1MA 2PBWA 3CG1A 4H6DA 3N6TA 3PUXE 1D9VA 1LAXA 2ABHA 1LCTA 2XTLA 1N7WA 3LSFB 3HHFA 2X26A 3OEMA 3CFLA 2I4BA 2XXPA 2RC9A 5I2NB 3DLNA 3QK6A 4F1VA 4L0RA 3QXMA 1IJ5A 4YKJA 2DWHA 4JDFA 5I2NA 1QUKA 4PFYA 3R6UA 2XXRA 3F11A 3HHGA 2Z23A 2VD2A 1VR5A 3SDFA 3MZ1A 4F2OA 3IOTA 2OCUA 4I62A 3MP6A 3K4UA 4C1TA 4LUBA 4RNSA 3TPAA 3QUFA 4YKKA 2G93A 3LSLA 4IO2A 2ALUA 5DVFA 4YU0A 3PUWE 3RTWB 1URGA 3K0VA 3VLWA 1IITA 1Y3PA 4IY6A 4YICA 1XT8A 2AYSA 1I69A 1OMPA 4ND9A 1MQGA 4E0XA 1FQEA 1FTJA 4GOTA 2CMOA 1JNFA 1MXYA 3EHUA 5B70A 3N26A 4QFPA 4F3BA 4PE5B 4DIGA 2HQ0A 3UGWA 4PFWA 1PB7A 4FJPA 1AOVA 3EHTA 2QS4A 2HZLA 4H8JA 5BUUA 4KD5A 2DQVA 1WVJA 2REGA 3SETA 1SYHA 2DS9A 3H06B 5I56B 2AIXA 1AIVA 2HEUA 3K1PA 3SEXA 4DLDA 3C35A 4OVJA 3RLFE 3IB2A 5I56A 4MF3A 3N6UA 3TYHA 2PYYA 3LR1A 1FW0A 2K48A 5FTHA 4F2QA 3MVWA 3TTRA 2O7UA 4U21A 5H8SA 4ZEFA 2XX7A 3H6WA 4QSCA 4GL8A 4EF1A 1L5TA 3C34A 3LSXA 4N6PA 5I2KB 5AA4B 5AA2B 1TFDA 4ZZAA 3SEYA 3MUQA 1WDNA 1FTMA 3TODA 1B0LA 2DWIA 5I2KA 2H25A 5ITPA 5AA2A 5AA4A 1H3DA 4U1ZA 2RF1A 1SDXA 3CSBA 4LVQA 4ELPA 3WAEA 2X9XA 5M2VA 4EYYR 1Y3QA 1LLSA 3V89B 4WEDA 2XXUA 1D3KA 2QMXA 2XXVA 4DNDA 3TMGA 1QULA 3V83A 1B7HA 1SBPA 1TWYA 1OVTA 1JW1A 3KJ7A 1MG1A 1QKAA 3D4CA 3IOUA 1H7CA 4QSEA 5CRYA 1I6BA 2H9BA 4OFLA 3SEVA 2GFEA 4KYEA 3CR9A 3O66A 1SW5A 3FXQA 4U23A 3IOVA 2OWTA 2ONSA 2V93A 4EXLA 4OEUA 4L17A 2F97A 3W9WA 5L9MA 2G0UA 3S9LC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LNKA 1H44A 4TZ4C 2FIXA 2CEYA 3T1HT 2ES0A 3I9YA 3TDJA 4ESWA 2JMHA 3ZYKA 1G0IA 2V84A 3MSTA 3UP9A 5IZZA 2BS3A 2O69A 2UVHA 3RIUA 4R74A 5IGAA 3EHZA 1VOMA 1FPKA 4JVDA 1JW5A 1Y4CA 1H45A 4BLAA 3VV5A 1XWMA 3U93A 2XQ8A 4A98A 4WKMA 1IBKT 4PGNA 4DCXA 2HH7A 2YKSA 5EQ8A 4UF0A 3HKBE 4JEHB 3FZVA 4LP2B 4XXUA 3D1RA 4COFA 3OELA 1T98A 3Q9DA 3V5SA 2I0CA 5FY7A 1B5HA 5CMMA 4PAFA 2WSSV 1SPIA 4QH1A 4OZ9A 4EUOA 5DVJA 5DQVA 3T93B 2CLYB 2X9WA 2BVLA 5B7DA 3RH3A 2NXOA 1DU2A 2R6GE 5LP6E 2Z8EA 1FQBA 4YB7A 2EHOB 4H9SE 2FVZA 1EZOA 4N81A 1S50A 2XWKA 3BQLA 4H65A 1RYOA 3K02A 4JWXA 1LB8A 2V6XA 4QHQA 1MH4A 5LGTB 2H4IA 2DVCA 5KX5E 2ZYNA 5HEHA 2D0TA 3KV4A 4A97A 3RLFF 1O64A 2K3WA 3UK4A 2I48A 2EHOA 1HS7A 3VVFA 1FRPA 5EQAA 1BR2A 1LAGE 2DE3A 4HWIB 4IE6A 2IDOB 3K1SA 3E13X 4O3CA 1U4QA 4NQ8A 1B5IA 1MDQA 2XPKA 3TLTA 3ZC1A 3S4UA 1B3GA 1SI1A 2RPAA 3EUHA 3T8OA 4MLVA 2B65A 1IMFA 1B3LA 2KWIB 2NTXA 1LVFA 4QF9A 3KZGA 2BDEA 1E2AA 4RA1A 3IJXB 4OFZA 3OMBA 1MMAA 4PBQA 1MM7A 5HEGA 1HSEA 2THIA 2NOXA 4KCDA 3P8CD 1IXIA 2A5SA 2AE9A 3M65A 2XZEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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