3P7IA

Crystal structure of escherichia coli phnd in complex with 2-aminoethyl phosphonate
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli uti89
total genus 119
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3p7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA02
3FD3A 3CFLA 2B3FA 2QPQA 5JEIA 2I3WA 2HQ0A 2XXYA 2DOJA 3FV2A 4NMYA 1R6ZA 1DSNA 4QRZA 3HO7A 3K1NA 2FNCA 1N76A 2ALUA 3UIFA 3S9EA 4GFRA 3W9WA 1US4A 2UVJA 3MBPA 1FCKA 4RK9A 4IO4A 3KGCA 4NTLA 4ZEFA 4IY6A 5TPAB 4G2ZA 4NWDA 3HN0A 3C35A 4JBZA 3CSGA 4LQ5A 3IOWA 2ONKE 1B51A 3H4ZA 3EHTA 4JWYA 2ZYKA 1OQGA 3MZBA 1LCFA 2DYXA 4DZ1A 4QSEA 5AA2B 1QKAA 1IIWA 4H8IA 1SYHA 4GXSB 2XD2A 3KG2A 2ONSA 2ZYNA 1H7CA 2XX7A 3SETA 4FATA 4KFQA 1MXYA 1B0HA 4UA8A 4NEDA 3MVXA 2UVIA 3N6UA 1N3XA 3G7WA 5I84A 1BLFA 5AA4B 1B6HA 2RC9A 1T0KA 1B58A 2NVUB 2OCUA 1AH5A 1MPCA 4QFNA 3B7DA 3KZGA 2HXWA 3B6QA 5A5XB 1SW1A 4G8HA 2AL5A 2VD2A 2X26A 2ZNUA 3U92A 3SEXA 3MJNA 4F1VA 1XS5A 4K3FA 2REGA 2A5TA 1PDAA 4AB5A 4P0GA 2Z23A 4FI5A 2R71A 1I6QA 5I58A 1QW0A 1NL5A 2HEUA 4YMBA 1TFDA 3TFLA 3ZSFA 4KYEA 1D9YA 3G3IA 2GHBA 1MRPA 2PVUA 1B7UA 4X48A 4F22A 4YU0A 1IXCA 3LSFB 3G3KA 3IOTA 1B3LA 2Z8DA 3C9HA 3HPIA 1IJ6A 1ZLQA 5I56A 3BBRA 3KN8A 3HSTA 4R2BA 3G3FA 1SD3A 4DNDA 2Q88A 5B70A 3T22A 2Q9TA 1OLCA 1ZBMA 3A3CA 3KN3A 3PUWE 3VXBA 4FJPA 1GGGA 4YZZA 4EYYR 5ICQA 4AB6A 5KCJA 1DOTA 4R2FA 3FVGA 2V3QA 4EUOA 2F78A 3TQWA 2XD3A 4DDDA 2Q2CA 3C32A 2VP1A 3DELB 1NH7A 2BJJX 5TP9B 3S9LC 1EZ9A 1VE4A 1XT8A 3U93A 1OQHA 5DEXB 3N5LA 3MC2A 4ESXA 4M4GA 3L3PA 2D21A 3PPRA 2XXHA 3MPKA 3B6WA 2I3VA 4QFPA 3I6VA 5CC2A 1FQBA 2HFBA 3CRBA 3EHSA 4JSDA 2NWJA 3DP8A 4U4SA 4YKIA 4FORA 4YB6A 1H44A 1A55A 3IOVA 3A09A 1MQIA 1HSJA 5I2NB 3IL1B 1MS7A 4LONB 2G93A 4NWCA 2O69A 3T96B 2XTLA 2B65A 4G77A 1JW4A 2I58A 1MH4A 3GBAA 3V8XB 3K6XA 3IB2A 4XKPA 2UYFA 3VVEA 4H67A 4G68B 5J1DA 5H8HA 4YMAA 2RCAA 3PPNA 2VGQA 2QMXA 2VHAA 1IZ1A 4IGTA 1KWHA 4ZE8A 2AYSA 2PYYA 3Q28A 3K1MA 5HPQA 1TWYA 1CE2A 1MXVA 4OEVA 4CQIA 1IQ7A 5KDTB 2UVGA 3PMVA 4NF5A 3TDJA 1ZKBA 4WXJA 1OVBA 3ECRA 1RYOA 2UYEA 5DVIA 4QSDA 3WAFA 2XX9A 1GVCA 1GV8A 3Q27A 1BIYA 4I1DA 1LFIA 3T9XB 4G68C 1O63A 2V84A 1Y3QA 3TEPA 5AA2D 3LSWA 4GL0A 1QUIA 1FQFA 3PPQA 1SBPA 4G8NA 5CRYA 4NF4B 1IJ5A 3UP9A 1OLAA 4Z0IA 4N13A 2IC9A 3S9NC 4RY1A 3CVRA 1Z7NE 2P2AA 1P1UA 1TXFA 1YCJA 4QFLA 2C5KT 4RPOA 5AA2A 4O3BA 3FIRA 4POWA 4JSOA 1LBBA 4TOZA 3K6VA 2YPNA 3K02A 4LZ7A 4WEDA 3S2VA 2HAVA 1LFHA 1FTOA 3KBRA 4LP2B 4IO3A 4F3SA 1QVSA 4BDLA 2OBGA 2XXTA 1LGBC 3K6UA 2O51A 1D4NA 1UIUA 2RKMA 4F2QA 1GR2A 1L5TA 3MVYA 4R9FA 2O7IA 1JEVA 3U72A 1LVFA 1PBQA 4U21A 4FE8A 2DVZA 3Q26A 2PT2A 3FV1A 3SEUA 4YB5A 1CB6A 2VD3A 2O68A 2ZNTA 3M3LA 3K0VA 3FATA 1B7HA 3M3KA 3C31A 2PT1A 4U1OA 3GBBA 2DS9A 5EHSA 2DQVA 3FVNA 2AIXA 2H9BA 4ONYA 2OZZA 2QS2A 3KN7A 3BFTA 4EQBA 2DP8A 3PD9A 4QFKA 4KPTA 1LLSA 4LUBA 4IO6A 1B4ZA 1DTZA 2IA4A 4PFYA 4TLLB 3KSJA 1B2HA 3OOAA 2RF1A 4ZEDA 2QSXA 3QIMA 4XTCQ 4GIZA 3U94A 4J2CA 3SEYA 3THIA 4EF1A 1UTHA 2ZYMA 3KFMA 4DXBA 4H8JA 1LB8A 1A99A 1URSA 3LSLA 4G4PA 2Z8EA 4IO5A 3VXCA 3RT6B 5CMMA 3O9PA 2G0UA 4P0IA 1VSOA 4Q30B 1N04A 2NOOA 3FUZA 2HZLA 1PB8A 3OEMA 5BWJA 5H8QB 4F29A 4MBPA 3FJGA 4ZEBA 3KOSA 1OMPA 4B6XA 3ONMA 5HBCA 3TAJA 5KZTA 5TP9A 1S9TA 4IB2A 2Z22A 4JWOA 1Z0PA 4LATA 3TTNA 3JZJA 1MQHA 2V3UA 4EDPA 3S9MC 1RYXA 1N7XA 3VE1B 2GH9A 4HTGA 3MAMA 5H8FA 3OD7A 2V93A 4POXA 4ZE9A 4OTEA 2E0SA 2OLBA 2R9JA 5FTIA 1O64A 4GF8A 2M8CA 4F1UA 1NKXA 3SERA 5H8SA 5I2NA 2ZMBA 3TTMA 3O2AA 2RC7A 1ZIUA 5CM6A 1M5DA 3SESA 1YPNA 2E1SA 4OQOA 1TT1A 3U8QA 1MY0A 4H5GA 3KSXA 2ONRA 5HM4B 1N3WA 1NNPA 4YB7A 1IXIA 4GOTA 3CKDA 4OVJA 4IO7A 1UIVA 4LA9A 4TQUQ 3W15C 4OWDA 3UORA 2I4BA 4TLMB 3E4RA 1MPDA 1I69A 2H5YA 3BKIB 1HSEA 5I59B 1LB9A 1DPEA 3MP6A 3R7XA 5KDTA 4HCWA 3IJXB 4ZECA 1TFAA 3G3JA 4XKQA 2G29A 3EF7A 1JW1A 2QJEA 3FJ7A 4LVQA 3Q25A 3RUMA 2DE2A 2KLFA 3N94A 2H99A 2I6EA 1Y4TA 3TZAA 2I0CA 1M5EA 2D5WA 4DCYA 2C5IT 1I6BA 1MXZA 1XVXA 5ELVA 2DWJA 3OELA 4NF6B 1LAFE 4ESWA 2X9YA 1MXUA 1AMFA 4RA1A 4XIGQ 1H45A 4H0WA 5CBRA 2DE3A 4RK2A 1MDP1 3MVZA 1UQWA 1PB7A 1II5A 3PMWA 2QS4A 4R73A 1QUJA 5DVFA 2RC8A 4HCYA 3CG1A 1B3FA 5AA1A 2OJTA 2Y84A 4PE5B 4X9TA 3A3UA 2REJA 3MZ9A 1MQDA 2XXQA 2MBGA 1ANFA 2H25A 4JXIA 2DE4A 4NF8B 4R72A 5DTBA 1FQEA 3OMBA 1LSTA 3O28A 4F18A 2WKYA 3PPPA 2O6AA 1H76A 5I57A 1P99A 4L0RA 3I3VA 5CMBA 1SI0A 3FXQA 2F6GA 1D3KA 1S50A 3HV1A 4F3BA 3H3GA 3GXAA 1VFEA 2AL4A 2K48A 2HAUA 1VFDA 2F97A 2F34A 3LUYA 3M8UA 2F35A 2DSFA 4F1YA 1MG1A 3MP1A 3FXEB 2Y7WA 3WAEA 4OESA 4OFLA 3L6HA 1P1WA 2YJPA 5I2KB 3FZVA 3O29A 5BUUA 1B3HA 4PETA 3PUYE 5IAIA 2H4IA 4F19A 4OEUA 3N6TA 1JEUA 2CMOA 4KCCA 3SDFA 4LQ2A 3RT8A 2ABHA 3SEWA 3C4MA 1H43A 4GLIA 4DXUA 1UTBA 3D4CA 3H6UA 4ZEKA 3IR1A 4Q5TA 5DT6A 4BLAA 3H6VA 1USYE 2IC6A 2A5TB 1Y4CA 3ODBA 3MQ9A 4U2RA 1DPPA 3LBSA 4QHQA 1Y1ZA 2O84X 5H8NB 3PU5A 1LBCA 5FHNA 1IUDA 1EU8A 2CA5A 3ZKKA 3KOTA 4GWOA 1AOVA 2Y7KA 4BDNA 1P1OA 4G8MA 3FASA 1M5CA 5TPAA 2A5SA 2DWHA 1POTA 2DXYA 1N84A 5I56B 3TODA 2PMSA 5TU0A 3ILTB 3IOUA 1YAEA 1LAXA 2ZNSA 1DTGA 2XXUA 3OXNA 3O66A 3GLBA 4KYSA 2F36A 4AQ4A 4GD5A 1I6AA 2YLNA 5ITOA 1JNFA 1Y3NA 3IK6B 1AIVA 1MXWA 2DWAA 1MQGA 2Y7IA 4HW8A 4F3GA 4RPNA 4FAJA 3LC8A 1SVXB 1B05A 4GVOA 1ZKEA 2XX8A 3MVWA 2Q8JA 4R6HA 4QF9A 4E0WA 3TMGA 4RXLA 1B0LA 5AA4A 3OO9A 3CSBA 2RINA 1MQJA 3CFZA 3OO7A 2RCBA 1F9BA 1MDQA 1AL3A 2F6PA 2QS1A 4OYVA 5A5XA 1MY2A 5ISUA 3CVGA 4RYAA 1P1NA 1OIBA 4MF3A 1NMUA 2FYIA 1EZPA 3PV0E 1PC3A 1ZTYA 2KWIB 1B5IA 2O1LA 3GZGA 1A8EA 1HSLA 4NE4A 2X7PA 4YAHX 2PX1A 3K2DA 4R6KA 4O3AA 2Q2AA 3SKPA 2O1MA 1QUKA 1JVYA 4XKNA 1XVYA 4YKPA 4X1DA 1N0TA 4X1BA 1A8FA 1SDXA 3QUJA 1B3GA 1ZMGA 1N7WA 5DVJA 4FECA 3CFXA 4F39A 1ZJLA 1A40A 3MW0A 3FXUA 1WVJA 4KR5A 5H8HB 1B4HA 4M1VA 4EXLA 2FA7A 3B6TA 1MY4A 1IXHA 3QAXA 3AXFA 2V25A 5EHMA 4ECFA 4R6YA 4KI0E 3ZKLA 2XHDA 3BFUA 3MWBA 1BKAA 2V3TA 1SW4A 4BDOA 3UN6A 3C33A 1O7TA 4NF5B 2F7CA 1B5JA 5FHMA 2UVHA 1QSDA 1NH8A 4ZS9A 1SQYA 4R75A 5F1QA 4QSCA 1FTJA 1POY1 4YKKA 1ZU0A 2XXRA 5FTHA 2ESNA 3TQLA 3IAZA 5L9MA 1USYH 3UGWA 2CZLA 5DEXA 3OENA 3MXZA 1MM7A 2QS3A 4KD5A 1QJMA 3VFJA 1PB9A 1NNTA 1LAHE 4FEDA 4KHZE 3PMXA 4BDQA 4NF8A 3M3FA 1PEBA 5F7VA 1MY1A 1FQDA 4RNSA 3O6IA 1NFTA 3EHUA 3PUVE 4ZDMA 4L17A 2I49A 2DWIA 2XXVA 3RTWB 1FTMA 2I48A 2P1SA 3K6WA 3DP4A 2F8DA 4ZZAA 2C5JA 3IO6A 3JYRA 2I0BA 3KJTA 4IY5A 2Q89A 3O97A 3H6WA 1PBPA 3F11A 4BDRA 4H5FA 2PBWA 3H7MA 2HCAA 3V83A 4EXKA 1EZOA 4DXCA 5CBSA 3TPAA 1US5A 5I2KA 3OO6A 1MXXA 2HZKA 1YTVA 3OSQA 3QXMA 4G68A 3IO4A 1H3DA 4I8CA 2KWHA 3RN8A 4Z7EA 2ZYOA 3T66A 2OWSA 3HCQA 3V5AA 4OERA 4ZEIA 4OZ9A 3RY3A 3CG3A 3IB0A 3PPOA 1R9QA 4OETA 3T9UA 1QKBA 3VLUA 1J1NA 3EQ1A 4XKRA 2IEEA 3UA8A 4YKJA 4Q0CA 3FVOA 4ELQA 3RNNA 4U22A 5CMCA 2DVCA 2NUVA 3VLWA 4KQPA 1D9VA 1B5HA 3U1OA 2F7AA 5ITPA 3IB1A 3DM0A 3TKLB 1P1QA 2XXIA 2I4CA 3PD8A 2XXXA 5H8NA 3E9XA 3ILUB 5JTYB 4HS7A 1LFGA 1M5FA 3CIJA 4KYDA 3JV9A 2Z8FA 5L9OA 5FHOA 2X9WA 3T9VA 5B7DA 4ND9A 1R1NA 3S4UA 3RPWA 5K2XA 3RLFE 4H1XA 3H03A 2NXOA 3H06B 4NF4A 4OHNA 3O6HA 3W9VA 1JQFA 4I62A 4P11A 4YICA 4I9DA 2OWTA 1UTHB 1LCTA 3QYTA 3E3KA 5LOMA 5CI5A 1A54A 1Y1MA 4WKMA 1FQAA 1URDA 1WDNA 4H65A 4N6PA 3FXRA 3O6GA 1B1XA 3TKDA 1B52A 1EH3A 3TYHA 3EN3A 1MPBA 1QULA 5AA3A 4GL8A 1MH3A 3FGSA 2XXWA 3IORA 1FTKA 3TTKA 3D4GA 2GRVA 4GXAA 1ATGA 4C0RA 1BP5A 2OK2A 1URGA 3DLNA 1OVTA 3E13X 3KEIA 1XC1A 3K1PA 3OSRA 4PP0A 4EQ7A 5H8FB 4MLVA 4JDFA 4ISUA 3N26A 3FJMA 4DLDA 3MPLA 4OMBA 3TCFA 4ZZEA 1Q1KA 3R26A 3HHFA 4PQJA 1LAGE 4FEBA 3TTRA 3T9HB 1BTJA 2P0SA 3OO8A 1SYIA 3OEKA 2F5XA 3K01A 1GTKA 3G3HA 1B9JA 3MZ1A 1B40A 3RGYA 5JK4A 1XOCA 1Z7ME 1Y9UA 4F3PA 2X9XA 3MUQA 3C34A 5M2VA 2Y7RA 3RQTA 3C36A 3K00A 4JB7A 2ANJA 4U1ZA 5ICTA 3PUXE 4R74A 4ELOA 3RTFB 3QUFA 4GQOA 4C1UA 3G3GA 4OXVA 4XXUA 3VV5A 4JWXA 2GHAA 4FIMA 2Y7PA 5I58B 4U4XA 4EF2A 3VLVA 3ZS6A 4E0XA 2D3IA 1Y20A 3PUZE 1Q35A 2QRYA 3EPEA 5EYFA 4DCXA 1NNFA 3V89B 1MM6A 3VDFA 3T93B 5H8QA 2DXRA 1NNKA 1B32A 5CMKA 2B3BA 3TCHA 4DIGA 4LZ8A 4LZ5A 1B1HA 4H6DA 1SW2A 1S7YA 5L9SA 4N07A 1IITA 3MP8A 3PGFA 4MH5A 4C1TA 4F31B 2R6GE 4KCDA 4UACA 4BDMA 3FXDB 1LRZA 1JW5A 3FVKA 5KCJB 4F2OA 4EQ9A 1WODA 4GRKA 3K4UA 3VVFA 2O7UA 1FTLA 1JETA 4MFIA 1M5BA 4PFUA 3CR9A 1FW0A 1MY3A 1VR5A 4RJZA 1SW5A 2ZXTA 1IXGA 2F7BA 2QL3A 2UXAA 3P7IA 3IX1A 1DMBA 5DYHA 5K2YA 4OFJA 1B46A 1SI1A 3IJOB 1R9LA 2THIA 3UK4A 1ELJA 1A7LA 4PFWA 1FQCA 2X7QA 3TUSA 5L8DA 4WEPA 5I57B 2QMWA 3QSLA 3Q29A 3KJ7A 4O3CA 5I59A 4MLQA 2XXPA 3SEVA 5IKBA 3USDA 4IO2A 1IEJA 3TELA 3CI8A 3LSXA 4ELPA 4OFOA 2H98A 3TTLA 4R9GA 1XHYA 4Q8RA 4THIA 1Y3PA 2GFEA 3L6GA 5JTYA 4U23A 2VOZA 3QK6A 1B7ZA 1RKMA 1B3EA 3LR1A 3R6UA 2W7YA 3I5OA 4IGRA 4ELRA 3VVDA 5AE4A 4PFTA 2LAOA 3H6TA 4QFOA 3HHGA 4DE8A 1JVXA 3DP6A 4NF6A 1UTBB 3TCGA 4OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KVAA 4BAYB 1XI6A 2BG9C 5JDQA 3FD3A 1FJ9A 4IE6A 5CB4E 3CFLA 2B3FA 1NWMX 2QPQA 3RC3A 4EOZB 5JEIA 1FBDA 4HGAA 2I3WA 2HQ0A 2XXYA 2DOJA 3FV2A 3MYUA 3KFWX 5KMGP 5FYMA 4JI7T 4NMYA 2QVRA 1R6ZA 1DSNA 1MNDA 5H6RB 4QRZA 3HO7A 4PCDA 4OVQA 3K1NA 4PFBA 2FNCA 1N76A 4O7IA 2ALUA 3UIFA 1U5PA 3K3QC 4NQ8A 3S9EA 4GFRA 3W9WA 2B76A 3RLFF 1US4A 2UVJA 3MBPA 1FCKA 4GWYA 4RK9A 2OA5A 4IO4A 3RX6A 3KGCA 4ZHQE 4NTLA 5CA1E 2XQ6A 3ZYLA 2QRXA 3V5SA 4ZEFA 4IY6A 1JNRA 5TPAB 2XAFB 5ABHA 4TX5A 2VPNA 4G2ZA 2KR0A 4IT4A 4O8SA 4NWDA 3HN0A 3C35A 4JBZA 4TWDA 4YSXA 3CSGA 4LQ5A 2HH7A 3IOWA 2ONKE 1B51A 3PUWF 5FNVE 3V5UA 3H4ZA 3R84B 3ZMTB 3EHTA 4JWYA 2WU5A 4F8HA 2KLQA 4IGUA 1OQGA 2ZYKA 1LCFA 4CZZB 2DYXA 3MZBA 5FBPA 4HXVA 4DZ1A 1CNQA 4QSEA 5AA2B 4JLEA 1QKAA 3AEAA 1IIWA 4H8IA 2E9XC 4H9PC 5LGTB 1SYHA 2FIEA 4GXSB 4EZHA 2XD2A 3AEFA 2FUPA 2ONSA 1H7CA 2ZYNA 3KG2A 2XX7A 3SETA 3KV5A 4FATA 3TLVA 2W62A 4KFQA 3E78A 4AKGA 1MXYA 1B0HA 4UA8A 4NUUA 3KC1A 2Y48B 1WRDA 2CLYB 3ZKRA 1FMWA 2B4MA 5AQQB 4NEDA 3MVXA 2UVIA 4HWHA 3N6UA 1N3XA 4MAGA 2DCFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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