3P7IA

Crystal structure of escherichia coli phnd in complex with 2-aminoethyl phosphonate
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli uti89
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
total genus 119
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3p7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA02
4L0RA 4G2ZA 1H44A 1IJ5A 4DNDA 3S9MC 1LAFE 2OZZA 3TTLA 3VVEA 1SVXB 2V3UA 4G8NA 3H6TA 3OENA 3E13X 2PMSA 3OXNA 3GLBA 1OLCA 1B0HA 1ZIUA 3IOVA 4NE4A 1FTLA 3K6XA 4ESWA 3DP8A 3KN8A 3QAXA 3M8UA 1UIUA 4RPOA 2H9BA 5BWJA 5FTIA 1LGBC 2RC8A 2D3IA 4ZS9A 1M5BA 1URDA 1OMPA 3K02A 3FXEB 1AL3A 3O9PA 4E0XA 3IJXB 3MAMA 5TP9B 1B1XA 3KSJA 3V89B 2QMWA 4ZECA 4XIGQ 2ESNA 3MVYA 3MW0A 4EYYR 4OZ9A 3N26A 5AA4B 3MJNA 4I8CA 5DVJA 1EZPA 4DDDA 3A3UA 4TLMB 2Z8EA 1O7TA 1ZU0A 2RF1A 1US5A 4H67A 3E4RA 3FJMA 2DWHA 4OXVA 4N07A 2DSFA 3MZBA 1DTZA 3K00A 4I9DA 1ZMGA 2RCBA 3QK6A 1ZJLA 4NF4A 1Y20A 3ECRA 3OMBA 4G68A 4YB7A 1B5IA 3Q28A 2O6AA 1Y9UA 1IQ7A 4IO2A 4JDFA 2GHBA 1P1WA 2ANJA 1POY1 4LZ7A 3U72A 4BDRA 4MBPA 2RC7A 4OENA 1NNFA 2X7QA 3C34A 3Q26A 2F8DA 2PX1A 4DZ1A 4ZE9A 5AA4A 4DLDA 5A5XB 5DVFA 3H6UA 2DQVA 1MQGA 1LCTA 4F3BA 4OFJA 2R6GE 3G3JA 3K1MA 3H4ZA 5TPAB 5H8QA 4GXAA 3PUWE 3RLFE 1NFTA 1MQDA 4GWOA 4CQIA 4TOZA 2HCAA 5I58B 4RPNA 3H03A 4U23A 4OEUA 3CRBA 1TT1A 2Y7WA 1ZLQA 2QS1A 1HSJA 2I3VA 3PGFA 3PUYE 4IO6A 3VLVA 4EUOA 3VXCA 4OMBA 4X1DA 2YLNA 4ELPA 3FVOA 2ONSA 1LSTA 1PEBA 3PD8A 3R6UA 1QUJA 2V25A 5A5XA 3TEPA 1IJ6A 1B58A 2XTLA 3O29A 1URGA 4NF6B 4QFOA 4U4SA 5TPAA 5HPQA 1OQHA 2REJA 3K2DA 3A09A 2Z8FA 1B4ZA 3IOTA 3TMGA 5I58A 4OHNA 4NWDA 1PBQA 3VFJA 2XXRA 2ZNTA 3E9XA 1IXGA 5L9SA 2X9YA 1MXZA 2MBGA 3K01A 1N04A 2QS4A 3VLUA 4JB7A 2O1LA 4QSDA 1ZTYA 1N3WA 4R2FA 3V8XB 1MPBA 1XOCA 4Q5TA 4LQ5A 5ITOA 5I2KB 2VGQA 3E3KA 3TPAA 2F6PA 4RY1A 1MXYA 2Y7RA 3ZKKA 4NF6A 4F22A 2Y7KA 4YB6A 3TELA 5H8HB 4QFLA 2RKMA 1DTGA 3S9LC 1UIVA 3O2AA 4ESXA 3TTMA 3RTFB 5AA3A 5I56B 3W15C 1S9TA 4KD5A 3TQWA 2I48A 4ND9A 1LAGE 4G8MA 1FCKA 1P1OA 1LBCA 4YAHX 1MPCA 3G3KA 4EDPA 4F19A 4ISUA 2QPQA 3RUMA 4FI5A 1N7XA 3G3HA 3RT6B 4RJZA 1D4NA 5I2KA 4IO5A 3M3LA 2I58A 3GZGA 4JSOA 2DP8A 2M8CA 4NMYA 1EH3A 4U21A 4YMBA 1FTKA 1BP5A 4F3SA 4X48A 5L8DA 5H8HA 2K48A 4C1TA 2Z8DA 3DLNA 3L6HA 3KOSA 4QSCA 2G29A 4GL0A 3CVGA 4F2OA 2HFBA 2XX7A 3DP4A 2F7BA 5I56A 1LAHE 2X9XA 1TFDA 2Q8JA 3A3CA 3ZKLA 4LUBA 3KGCA 5JEIA 3PPQA 3C33A 2IC6A 1VFDA 4GIZA 3F11A 1WDNA 1Y1MA 1SW2A 1JVYA 3MVWA 3PU5A 2B65A 3PMXA 4JXIA 2X9WA 4NWCA 5CMKA 1TXFA 1MS7A 2OWTA 2UYEA 3TCFA 2UVIA 4IGTA 1P1UA 3MPLA 2O84X 3MUQA 2NXOA 4ZZEA 5DEXB 2XXWA 3B7DA 3GBBA 1A8FA 1O63A 1PB9A 3SEWA 2D21A 2DOJA 2AYSA 5H8FB 1Y4TA 4BDOA 4FECA 1LRZA 1WODA 1B4HA 3FASA 4F3GA 4YICA 3H06B 4THIA 4KCCA 1MY3A 1LVFA 1M5FA 5HBCA 2OCUA 3TUSA 1H3DA 2BJJX 4OFOA 4YKKA 2ZYOA 2DVZA 3LC8A 1NH7A 3PV0E 3H6VA 1UTBB 1DPPA 4ZEKA 1FW0A 2Y7IA 4KCDA 4WEDA 1B51A 1UQWA 4MFIA 2FYIA 2Q9TA 4OTEA 4RK2A 1MY0A 3MZ9A 3I3VA 3RY3A 1D9YA 1PB7A 1MPDA 3I6VA 1B5JA 3UA8A 2NUVA 2I6EA 4U4XA 4XTCQ 2H4IA 3KJ7A 3B6WA 2ZMBA 5KZTA 3IAZA 3MWBA 2YJPA 1H43A 2Q89A 4I62A 5H8FA 1JQFA 1LLSA 1GTKA 3LR1A 3Q25A 1QW0A 3KOTA 2PT1A 5IAIA 4Q0CA 3T9XB 2DWAA 4G68C 3KSXA 1IZ1A 1P99A 3G3GA 4ZEBA 3OO9A 4IB2A 1B7HA 4IO4A 4J2CA 1JEVA 1UTBA 4H8IA 1B3GA 2P1SA 3TAJA 2QL3A 3CG3A 4GQOA 3EHUA 1TFAA 3O28A 1B3LA 4ZZAA 4U22A 4U1OA 1N3XA 1NMUA 3SKPA 4ZEFA 2DWIA 2OBGA 2R9JA 1F9BA 4P0GA 2F7CA 5H8NB 3VE1B 3VLWA 1MDP1 5I57B 1A7LA 1GVCA 4ZDMA 1DPEA 3C9HA 3UORA 1WVJA 2Z23A 4XXUA 4EF2A 3S9NC 4HW8A 2PBWA 3CG1A 3UK4A 3ODBA 4EXLA 2XXTA 1SBPA 1B0LA 1VE4A 4H5FA 1Y3NA 5FTHA 2O69A 1YTVA 4C0RA 5K2YA 3OO8A 4FEDA 5EHSA 3FJGA 4MF3A 1XT8A 1SYHA 4FIMA 3LSLA 4F1UA 3PMWA 4Z0IA 2ONKE 3R7XA 4G4PA 5TP9A 3RPWA 3C35A 4GF8A 5CMMA 5I57A 1S7YA 5CRYA 3KEIA 4M4GA 1Q35A 5LOMA 2ZXTA 3MVXA 3HO7A 5TU0A 3CVRA 2Y7PA 1OQGA 3CFZA 4G8HA 3JV9A 1N84A 1MXXA 4DCYA 2XX9A 1BLFA 4O3CA 1A55A 4OERA 3HHFA 4WEPA 4MLQA 3RN8A 1RYXA 3G3IA 5CBSA 1A8EA 1DOTA 4XKQA 2V3QA 4H5GA 1NH8A 4KQPA 4BDQA 4R9FA 2KLFA 5ITPA 4GLIA 1NL5A 4POXA 2G93A 3CKDA 3D4GA 2RC9A 4R73A 4IY5A 4KYSA 1MXUA 4QF9A 4DIGA 3FATA 3PPOA 3EN3A 2DWJA 3MQ9A 4OYVA 2XXVA 3W9WA 3O6IA 1NNPA 3QSLA 1A99A 3HSTA 3T9UA 4F31B 3HHGA 3OOAA 4HCWA 3TODA 5FHNA 1OIBA 3JZJA 3KG2A 2OWSA 4UACA 5L9MA 2DE2A 1H45A 3EHTA 3RQTA 3HV1A 2OLBA 2F5XA 3GXAA 4H65A 4YKPA 5ELVA 3BFTA 1SW5A 4AB6A 3OEKA 5AA2D 1FTMA 4R9GA 4I1DA 4F39A 4NTLA 3EQ1A 3KZGA 3B6QA 2B3FA 1IIWA 1TWYA 4EF1A 1I6QA 4FEBA 1LB8A 3FZVA 4IO3A 1IXIA 4Q8RA 4F2QA 3QYTA 2GFEA 1SYIA 2F35A 4QHQA 1M5DA 1YPNA 3TFLA 5AA2B 4B6XA 3QUFA 1DMBA 1SW1A 3OO7A 4RNSA 3SEXA 4H1XA 3G3FA 4F1VA 1VFEA 2F97A 5KDTB 4ZEIA 1IXCA 2I49A 3ONMA 3THIA 2ZNUA 5J1DA 4GXSB 2GH9A 3SEVA 1J1NA 3R26A 2GHAA 4K3FA 3FUZA 4BDMA 1IITA 2VD2A 2Y84A 2G0UA 3H7MA 2B3BA 2F78A 5ICTA 1A40A 3T93B 4R74A 3UN6A 3T22A 1R9QA 3IOUA 3LSXA 3CSBA 1R9LA 2CA5A 2XX8A 2DE4A 5AA2A 2XXIA 4MLVA 4FATA 3IO4A 3LSWA 2XD3A 5EYFA 4O3BA 4UA8A 5DTBA 1MG1A 4GL8A 5KDTA 1I69A 3MBPA 1JW5A 3LUYA 3T66A 4R75A 3HPIA 4GRKA 1GR2A 4LATA 1LBBA 5ISUA 3KN3A 4LONB 1RYOA 2REGA 3V5AA 2VHAA 4Q30B 4QFPA 2QS3A 5CMCA 4ZEDA 3CFXA 1B9JA 2AL4A 2V84A 3LBSA 1XVYA 1IXHA 3G7WA 1B3FA 1POTA 1H76A 1MXWA 1ZBMA 2Q2CA 3TZAA 2AIXA 3MPKA 3TQLA 4EXKA 4PQJA 3VVDA 1QUIA 4KYDA 4LA9A 3FGSA 3TTKA 3N5LA 4GOTA 2Q88A 1CB6A 4OQOA 1QJMA 1EZOA 4EQBA 1MDQA 4C1UA 1ATGA 2DXRA 1SW4A 3OSQA 1T0KA 1MQHA 1B1HA 4JSDA 3Q27A 4L17A 4H8JA 1US4A 1SI1A 1S50A 3B6TA 2UVJA 4R6KA 3GBAA 4PFTA 4M1VA 4JWXA 3U1OA 2ZNSA 2XHDA 4YZZA 1MH3A 3IL1B 1LFHA 2ZYNA 5L9OA 3TCHA 4Z7EA 3LSFB 1MRPA 1QSDA 1HSEA 4PETA 1Z7ME 2YPNA 3EHSA 1ANFA 2PT2A 1USYH 1KWHA 3ZS6A 2O51A 4EQ7A 3PUVE 1B7ZA 1B3HA 1PDAA 4QFKA 3MP6A 3U94A 3IR1A 2QJEA 5JK4A 3HCQA 1B7UA 2RINA 2Q2AA 5DEXA 1OVTA 3FXUA 3EPEA 3PPPA 4QFNA 3N6UA 2UVHA 1Y4CA 3TKDA 1LCFA 1NNTA 3KJTA 1ZKBA 3IK6B 2CZLA 1O64A 3K1PA 4DXBA 4QRZA 1AOVA 2UVGA 1FQAA 2XXUA 3N6TA 3ZSFA 5CMBA 3SEUA 2ZYMA 3FD3A 4H0WA 1JNFA 3MP8A 1B2HA 2XXHA 4PP0A 1B52A 3ILUB 1B46A 3P7IA 2E0SA 4OWDA 4R6HA 1JW1A 2DE3A 2W7YA 1XC1A 4XKNA 1UTHB 2V93A 4DCXA 5CBRA 2WKYA 5I84A 1JW4A 1MY1A 1N7WA 2P2AA 4AQ4A 4XKPA 4RA1A 3MZ1A 5DVIA 1PBPA 4NF4B 4KI0E 4F29A 4G68B 4ELQA 2HZKA 4PFYA 3BFUA 1OVBA 3IJOB 3SDFA 5F7VA 3EF7A 1MY2A 3UP9A 2QS2A 3V83A 2DYXA 1B40A 4JBZA 3C4MA 2OK2A 1CE2A 3SETA 5ICQA 2D5WA 3K6WA 3O6HA 2IA4A 2AL5A 4JWYA 5IKBA 3KBRA 3MC2A 1MY4A 4OFLA 2H25A 2NOOA 1UTHA 4P0IA 1FQCA 3OD7A 4YB5A 5H8QB 5KCJB 3PPRA 1QULA 1EU8A 2C5JA 3FVNA 4PFWA 1B05A 3IB0A 3T96B 5H8NA 1FQBA 3MXZA 2HXWA 3PUXE 2FNCA 3TKLB 1GGGA 1AMFA 1LFGA 5H8SA 2ABHA 3FJ7A 1BIYA 3OO6A 3S9EA 3M3FA 4IY6A 1JVXA 2FA7A 2R71A 2I3WA 5FHOA 2O7IA 1RKMA 3H3GA 3IORA 3M3KA 4G77A 4LZ5A 3VV5A 4AB5A 3K1NA 3K6UA 2KWIB 3T9VA 3W9VA 1I6AA 1M5EA 2HAVA 4R2BA 4KR5A 3JYRA 4POWA 3L6GA 1NKXA 3DELB 5EHMA 5KCJA 1II5A 3CI8A 4YMAA 1QKBA 1MM6A 3HN0A 4N13A 1I6BA 1QKAA 5AE4A 1YAEA 4U1ZA 3C31A 4YKIA 5B70A 2XD2A 4N6PA 5K2XA 3PPNA 3Q29A 3SESA 1H7CA 5CM6A 2XXYA 2I4BA 1B6HA 3AXFA 4X9TA 3FXRA 2E1SA 1Z0PA 2O1MA 3O66A 2F34A 3IB1A 4YKJA 1B5HA 5M2VA 3O97A 4ELOA 4ZE8A 1SI0A 4RXLA 3VDFA 1D9VA 2THIA 3FXDB 2Z22A 1MM7A 1PB8A 3IO6A 4NF8B 4ECFA 2PVUA 5DYHA 1QVSA 3USDA 4OVJA 4EQ9A 4RK9A 2XXPA 1BTJA 5CC2A 1ELJA 2HEUA 3BKIB 2ZYKA 2O68A 2XXQA 3K4UA 4GVOA 1IEJA 5DT6A 1YCJA 2P0SA 2UYFA 3D4CA 1L5TA 2DS9A 3C32A 1Q1KA 3WAEA 3QIMA 4OESA 2I0CA 3CIJA 4GFRA 5B7DA 1NNKA 3RGYA 4FAJA 4R72A 3I5OA 3OELA 3TDJA 2C5IT 4KFQA 1IUDA 1VSOA 4TQUQ 3WAFA 1XHYA 2X26A 4XKRA 1SD3A 4NF8A 1XS5A 4QSEA 4NF5B 5F1QA 3MVZA 2H98A 2QSXA 1R1NA 4F1YA 1FQEA 1B3EA 2I0BA 4KPTA 2IEEA 3CR9A 3FVGA 1MH4A 2VD3A 3FVKA 2IC9A 3OSRA 4FJPA 4KHZE 4LVQA 4LQ2A 4RYAA 1SDXA 3VXBA 4U2RA 3TYHA 1N0TA 1VR5A 4GD5A 1QUKA 2H99A 1EZ9A 2NVUB 1GV8A 1MXVA 1OLAA 2O7UA 3CFLA 3OEMA 3UGWA 5AA1A 5I59B 2A5SA 3MP1A 3IX1A 4FORA 2VP1A 4TLLB 1A54A 2HAUA 2DVCA 5I2NB 2F36A 1FTOA 5BUUA 4OETA 3FXQA 5CI5A 2I4CA 3S2VA 3K0VA 4NF5A 1SQYA 4R6YA 1MQIA 4HTGA 2NWJA 3QUJA 2F6GA 4JWOA 4WKMA 2RCAA 2C5KT 1Z7NE 2PYYA 4ELRA 3FIRA 2LAOA 4WXJA 4IGRA 2GRVA 2X7PA 3BBRA 4OEVA 3S4UA 1Y3PA 1XVXA 2F7AA 5I59A 3TCGA 1JETA 1LFIA 1FQDA 4HCYA 1FTJA 3VVFA 2QMXA 5FHMA 4BLAA 4O3AA 5I2NA 1ZKEA 2A5TB 1R6ZA 2DXYA 1P1QA 2XXXA 4DE8A 1P1NA 3FV2A 3ILTB 3U8QA 3U93A 2HQ0A 3RT8A 4DXUA 3DM0A 3L3PA 1M5CA 1URSA 5JTYB 4F3PA 3U92A 4HS7A 4MH5A 3K6VA 3KFMA 1N76A 2OJTA 1AH5A 2UXAA 3SEYA 4DXCA 1B32A 3TTRA 2HZLA 4IO7A 4LP2B 1LAXA 2KWHA 1AIVA 1Y3QA 3TTNA 1Y1ZA 2ONRA 3QXMA 3PMVA 1USYE 4H6DA 3UIFA 3FV1A 4BDNA 1JEUA 1FQFA 2VOZA 4BDLA 2ALUA 4NEDA 3DP6A 4F18A 3PUZE 4X1BA 4P11A 1D3KA 2A5TA 1HSLA 2QRYA 4PE5B 4FE8A 4YU0A 4ONYA 4LZ8A 2CMOA 3SERA 2H5YA 3T9HB 3RNNA 3RTWB 3KN7A 3IB2A 3IOWA 5JTYA 3O6GA 1LB9A 3PD9A 4KYEA 4PFUA 4E0WA 1PC3A 5HM4B 1BKAA 1DSNA 1MQJA 2V3TA 3N94A 3H6WA 3C36A 3CSGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C90A 4L0RA 4G2ZA 1H44A 1IJ5A 2LM9A 4DNDA 3PU3A 2E9XC 3ZYMA 3S9MC 1LAFE 2OZZA 3OTOT 1T7SA 5ET7A 2KZ7B 2K3WA 5LOVE 1Y01A 3SZPA 1IMEA 3TTLA 3VVEA 1SVXB 2V3UA 4ILCA 4G8NA 2XQAA 3H6TA 1FPDA 3AAEB 2LSIA 3OENA 3E13X 2PMSA 3OXNA 4H9QC 5L3DB 3GLBA 3UUXB 5I3SA 1OLCA 1BR1A 1B0HA 1ZIUA 3IOVA 4JVIA 3JAFA 5FP3A 4NE4A 3RKOA 1FTLA 5FY0A 3K6XA 4ESWA 3DP8A 3KN8A 2DCFA 3VKGA 3I0OA 3UFEA 3VR9A 3QAXA 4QH1A 3M8UA 4LF8T 5EZYE 4PK6A 3QC9A 1UIUA 1AJ3A 3ZCJA 4RPOA 2VQFT 2H9BA 5BWJA 2E5LT 5FTIA 4NIQA 5F5WA 4P0BA 1YQ3A 1LGBC 3ANWB 2RC8A 2M6BA 3Q9DA 2D3IA 4ZS9A 2BG9A 3LK3B 1M5BA 3VKHA 3JAEA 5F8PA 2BVLA 2WDQA 1URDA 1OMPA 3K02A 3FXEB 1FPLA 1AL3A 3O9PA 4E0XA 4CXYA 4B3MT 4CN6A 1NEKA 3IJXB 3MAMA 5TP9B 1B1XA 3KSJA 3V89B 2QMWA 4ZECA 4XIGQ 3TLTA 2ESNA 4LF7T 3MVYA 1D0XA 4U7YA 2WZIA 4N4UA 3MW0A 4EYYR 4OZ9A 3N26A 2D0UA 4XF5A 2HHMA 5AA4B 3MJNA 2X66A 1KNZA 2ZM8A 4I8CA 3H37A 5DVJA 4EYUA 2P9BA 1EZPA 4DDDA 3ZT6A 1I6ZA 3HKEE 2VPNA 3A3UA 4TLMB 2Z8EA 2NTXA 4U33A 1O7TA 1ZU0A 2RF1A 1X9BA 5EK4A 2VKOA 1US5A 3E4RA 4KHZF 4ZHQE 3FJMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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