3QK6A

Crystal structure of escherichia coli phnd
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
308
structure length
304
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAMSSVSKAVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli uti89
total genus 103
structure length 304
sequence length 308
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3qk6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qk6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qk6A02
1EZ9A 3MVXA 1JEVA 1MY3A 2OWSA 2GH9A 3RTWB 4FE8A 3CFLA 3HHFA 3OD7A 3C32A 4DXUA 1P99A 4OHNA 4G77A 4XKRA 1FQDA 1H3DA 4NF8B 4NMYA 3DP8A 4DLDA 3OO6A 2HZKA 2VOZA 1NFTA 1P1UA 3UN6A 5AA2B 4X1BA 3TEPA 4G8NA 2ZNTA 3IJOB 2QSXA 3TKLB 2F5XA 2X9YA 1GGGA 4N6PA 1IUDA 1DTZA 4O3AA 5A5XA 2DE3A 1Y9UA 3K6UA 2Y7IA 4H1XA 2QS1A 2O1LA 3T9VA 1IZ1A 1MQGA 1XOCA 1SW4A 1O63A 3SERA 1I6AA 3TCHA 2Z8DA 1PEBA 2A5SA 4R75A 5CRYA 3GXAA 2I0BA 5DTBA 2VD2A 2DYXA 4NTLA 3PV0E 3EQ1A 4EF1A 1GR2A 1XT8A 2W7YA 3SEYA 3VVDA 4O3CA 2X7PA 3HO7A 2REGA 4QFNA 5AE4A 4DXCA 3KSJA 4L17A 3FXUA 1IQ7A 1A7LA 4N07A 3QUFA 1LFIA 3C33A 3N94A 3TTNA 1QUJA 2HXWA 2RC9A 4ND9A 3IB2A 2RINA 1PB7A 3MZ1A 3MPLA 3OELA 4F19A 3RNNA 1IXGA 3TTKA 4AB6A 4H5FA 4R2BA 2XX8A 4PFUA 3MP8A 4Z7EA 3E13X 1IIWA 3MPKA 4MLVA 3MUQA 2O51A 3SEVA 3S9LC 4OZ9A 3U92A 1EZOA 3TMGA 5M2VA 5TP9A 3MC2A 5EYFA 3VE1B 3TFLA 2RCBA 3G3JA 4XKNA 1DPPA 1DSNA 4HS7A 1EZPA 4OETA 4MBPA 4OFLA 4P0GA 1LFHA 3TQWA 3UGWA 1DTGA 4RPOA 3CSBA 3I6VA 1B1XA 3TDJA 1JW4A 4LUBA 4JDFA 3CVRA 2Z23A 1N84A 5CBSA 4F29A 1MRPA 4BDLA 3MZ9A 1Y1MA 1JETA 1QKBA 4FJPA 5F7VA 3Q27A 1SVXB 1GV8A 3FXQA 1ZJLA 4RK2A 4NWDA 1LAGE 1MY2A 3Q25A 3CFXA 3T9UA 4Q5TA 1TWYA 4JWYA 1A8FA 1WODA 4KCDA 2R9JA 4U22A 3RPWA 2O1MA 4PETA 1FW0A 1PDAA 5CBRA 4QFKA 1B05A 2NOOA 2UVGA 2DSFA 3IJXB 1MXXA 3T66A 3I3VA 1SBPA 1A8EA 2Q2AA 1CE2A 3VFJA 4HTGA 3G3HA 2ZYMA 4XIGQ 4YKIA 4GFRA 1LAHE 2CMOA 3JZJA 5HPQA 4J2CA 3U93A 1OLCA 1P1WA 1QUIA 5JK4A 3PUYE 1NL5A 1POTA 3FV2A 1B7ZA 5H8HA 4ZEFA 1OQHA 3M3LA 3R7XA 3UP9A 3CSGA 2QMWA 1N0TA 2PT1A 1B0HA 2XX7A 4R6HA 5H8SA 4FECA 3VVFA 4BDMA 4G4PA 4THIA 1PC3A 3B6WA 3CVGA 4ZZAA 2B3FA 1MQJA 1D4NA 4H6DA 3RGYA 4FIMA 3MQ9A 4ESWA 1IXHA 4IGTA 4KYSA 3IX1A 1POY1 3VLWA 2F97A 1M5BA 4H8IA 2HCAA 2V25A 3PPOA 1D9VA 3K1MA 1MH3A 1UQWA 3QIMA 3SEUA 5I56A 4DCYA 4YB6A 5H8FB 1NNKA 2AYSA 2F78A 3KFMA 5CC2A 1URGA 3IO4A 3DELB 3TPAA 3IOUA 1B3GA 3CIJA 1M5DA 2D3IA 3DP6A 4OENA 3OO8A 5CMMA 5AA2D 1MQDA 4ZZEA 3ZS6A 3USDA 5I57B 3KOSA 3GZGA 4PE5B 3Q29A 2ESNA 4GWOA 2QL3A 1B9JA 1NKXA 1XVYA 1M5CA 3W9VA 4KR5A 3K6VA 1N04A 4FATA 4R9FA 2KWIB 3OSQA 2C5KT 4E0WA 1URDA 1OVTA 1VE4A 3TTRA 1SQYA 2DP8A 3TQLA 1LAFE 5KDTB 3TZAA 3KN8A 4IO4A 5DVFA 2XXIA 2HZLA 4KQPA 3UK4A 2AL5A 3KN7A 4ELQA 4E0XA 4WKMA 2MBGA 3M8UA 3N6TA 3RUMA 4KPTA 2IC6A 4F18A 4R73A 3H03A 5KZTA 1EU8A 2NUVA 2PBWA 5I2NA 1B46A 4AQ4A 2QRYA 1JNFA 4P11A 3BFUA 1LCFA 3MVZA 1KWHA 4ELOA 3H6UA 4ZS9A 1Y4TA 5I84A 2H98A 3L3PA 3QAXA 4MLQA 1UTHB 3OO9A 3HN0A 4LZ8A 4F2QA 2RC8A 3G3KA 3VVEA 4QHQA 5LOMA 2D5WA 4R2FA 3K4UA 3QUJA 4UA8A 3T96B 1B3FA 2PT2A 4WXJA 2R71A 2V3UA 5AA4A 2REJA 3PUZE 4LONB 3ZKLA 1BIYA 1FTLA 4BLAA 2HQ0A 1RYOA 2PYYA 2X26A 3S9EA 1B51A 3TCGA 3TELA 3KGCA 4IY5A 4P0IA 1AL3A 2X9WA 1B6HA 3MZBA 1MM6A 2GHBA 3CFZA 5TPAA 1YAEA 1O7TA 2Z8EA 4TOZA 2XXWA 1NNFA 2H9BA 3BFTA 2HEUA 2KLFA 3T93B 3O2AA 4X9TA 2CA5A 1R1NA 3KBRA 2XX9A 1LBCA 3O6IA 4HCWA 1FQEA 4R74A 1Z7ME 3C31A 4I9DA 5EHMA 2P1SA 3O28A 1IJ5A 3O6GA 4M1VA 1MH4A 4DCXA 4IB2A 1UIVA 4EQ9A 1T0KA 3U1OA 3PMVA 3MAMA 1YTVA 3LUYA 4OWDA 3P7IA 1B5JA 4LQ5A 4PFTA 4GRKA 4F3SA 4DDDA 4GOTA 1LVFA 4NEDA 4EF2A 4GL0A 1LAXA 1JVYA 3V5AA 3LSLA 1MY1A 4LZ7A 2CZLA 3A3CA 1MQHA 4RYAA 1P1NA 4U1ZA 4R72A 1RKMA 3SESA 2I6EA 1FCKA 5DEXB 4JBZA 5K2YA 3T9XB 4NF5B 4NF4B 2ZNUA 3U94A 4KD5A 4I8CA 2IA4A 2THIA 2XXRA 4ZEDA 1LBBA 2AIXA 1P1QA 3BKIB 5HM4B 4MFIA 1N76A 3VLVA 2DXYA 2DOJA 3S2VA 1A55A 2OK2A 1O64A 3PD9A 3FZVA 5F1QA 4Q30B 3Q28A 3L6GA 3U8QA 2K48A 1PB8A 4JWXA 5H8NA 2I58A 3O29A 3H06B 2RF1A 1NH8A 3C9HA 1SYIA 3LSWA 2O84X 5I59B 3SKPA 1H7CA 4ZECA 2Q88A 4QF9A 4ZE8A 4HCYA 4YMAA 2XTLA 1D3KA 5FHMA 1JVXA 1R9QA 5CM6A 4ISUA 3QK6A 4KFQA 3RY3A 4IGRA 2ANJA 2Y7KA 3IB1A 2G0UA 2VHAA 5ITPA 1SW2A 1H45A 2XXTA 2I0CA 1ZU0A 2OWTA 3H3GA 4GIZA 4H0WA 1AMFA 5CI5A 4KYDA 1B40A 2F7AA 4B6XA 4PFYA 4H65A 4G68B 4ZE9A 3JV9A 3FJ7A 2G29A 3L6HA 5I2KB 2RC7A 1I6QA 1HSEA 4ONYA 1LCTA 2ABHA 4NWCA 4R9GA 4JSOA 2H5YA 2A5TB 2NXOA 5ELVA 3CG3A 4FEBA 5KDTA 5L9OA 3TTLA 3HSTA 5ITOA 5L8DA 3V8XB 1FTJA 4BDNA 3OXNA 1LSTA 3T22A 5A5XB 3D4CA 3IOWA 2FYIA 3QYTA 3K1NA 3SDFA 4LATA 4PQJA 4WEPA 2O7UA 4LZ5A 3QXMA 3MWBA 4POWA 1DPEA 4QFOA 4O3BA 4MH5A 3ECRA 4RK9A 1US4A 1M5EA 5JTYA 5FTHA 3FD3A 5B70A 4DIGA 4YKJA 3FIRA 1NMUA 3A3UA 3Q26A 2Y84A 1B7UA 2QS4A 4UACA 3KG2A 3TKDA 3H4ZA 3IK6B 1B5HA 4F3PA 1Q1KA 1QKAA 3IL1B 1MXYA 4WEDA 1XC1A 2O6AA 2O68A 2QPQA 1MY0A 4OESA 2Y7RA 5B7DA 3FJGA 4KYEA 5K2XA 2F7CA 4K3FA 1S50A 3KJTA 2UVHA 1A40A 2XXQA 5I58B 3EHSA 1B58A 3V89B 4ZEKA 4U23A 4ZDMA 1MM7A 1EH3A 1IJ6A 1USYH 2OLBA 4NF8A 3H6WA 3EN3A 4TQUQ 1LGBC 1A54A 4AB5A 4MF3A 4F1UA 1IXIA 4H5GA 1YPNA 2GRVA 1DOTA 5AA2A 1B7HA 4YMBA 5FTIA 1CB6A 1PBQA 1Z7NE 2UVJA 4FORA 1QUKA 3FGSA 4OTEA 4GF8A 4Q8RA 3EF7A 4EDPA 5CMBA 4POXA 1TFDA 4RXLA 1MY4A 4OFOA 3FXRA 3OSRA 1LFGA 4RJZA 5TP9B 1XS5A 1NNTA 4R6KA 3PPNA 4RY1A 4ELPA 2QJEA 2X7QA 3IAZA 3K02A 1MXZA 3M3KA 4IO6A 4YAHX 4OVJA 2I3VA 4N13A 3UORA 1OMPA 3GBAA 2E0SA 2ZYOA 5AA3A 1VR5A 3SEXA 4TLMB 3FXDB 4C0RA 1R9LA 1N3XA 1UTBB 4QSEA 2YJPA 3ONMA 1B3LA 1I69A 1B1HA 4U2RA 2X9XA 1JW1A 3OENA 1FQCA 3PU5A 3EHUA 1LB8A 2HFBA 3CR9A 1FQFA 1A99A 1N7WA 4IO7A 4JXIA 2Q89A 4YICA 4ESXA 2F36A 2ZYNA 4ELRA 5KCJB 1B2HA 4G68C 4U4SA 3N5LA 1B0LA 2ZYKA 3KSXA 1OIBA 2F34A 2QS3A 3KEIA 1URSA 3H6VA 4BDRA 4F22A 2HAVA 3GLBA 1AOVA 3CG1A 5HBCA 2AL4A 1UIUA 3G3GA 4IO3A 4G2ZA 1MPBA 2ONKE 1MDP1 1GTKA 3PUWE 3C35A 3DP4A 4NF6B 4F2OA 4F31B 3U72A 3R6UA 3RN8A 3TTMA 1Y3NA 4XXUA 2M8CA 4EXKA 3PGFA 3E4RA 2UXAA 3UA8A 2H25A 2XD3A 1QJMA 1Y3PA 2XXPA 3G7WA 5H8QB 1SDXA 3DLNA 2C5IT 3AXFA 3MXZA 2DVZA 1ZKEA 4EYYR 2XXXA 4G68A 5I2KA 2Z22A 5BUUA 2RCAA 2XXHA 3UIFA 1N7XA 1Y1ZA 1B3EA 2V3QA 2KWHA 4YB5A 1IITA 2VP1A 2A5TA 4LQ2A 3EHTA 4JWOA 3OEKA 3OMBA 4RPNA 1SW5A 1MQIA 4GQOA 3K6WA 3LSXA 3IR1A 1OLAA 5I56B 1JEUA 2DWHA 1F9BA 2O69A 3O66A 4KCCA 1L5TA 3MJNA 2XXUA 4GXSB 4F3BA 2B3BA 1MPDA 3O6HA 1BTJA 2DE2A 4H8JA 3C4MA 3KZGA 3KOTA 1II5A 3IOTA 1SI1A 4R6YA 3S9MC 3LC8A 2Q2CA 3PPQA 4OYVA 3H6TA 3LR1A 4IY6A 2XD2A 3DM0A 2B65A 2NVUB 2BJJX 3PUVE 4GL8A 4GXAA 3SETA 4YZZA 5AA1A 3B6TA 1FTKA 1FTOA 2P0SA 2VD3A 4BDOA 1BLFA 4GD5A 4XKQA 2F35A 1ZKBA 2XHDA 4F39A 1B4HA 5DVJA 1D9YA 3FVOA 4I62A 3FVNA 3FATA 4L0RA 3GBBA 2XXVA 1N3WA 3FVKA 5FHNA 1ZTYA 3E9XA 3K1PA 3KN3A 4C1TA 3C34A 1SW1A 1B52A 3THIA 5I58A 5IKBA 3KJ7A 1PB9A 3S9NC 1SD3A 3MP6A 2PVUA 4JB7A 1R6ZA 3K2DA 2I3WA 4GVOA 1SYHA 1QVSA 2IEEA 4G8MA 1ZLQA 1TT1A 3PMXA 3F11A 1S7YA 5I2NB 2QMXA 3B6QA 1MXWA 1MPCA 2RKMA 3TODA 1VSOA 1ELJA 5EHSA 5H8FA 1P1OA 1AH5A 3OO7A 2DWJA 1J1NA 3HCQA 3MP1A 4RNSA 1NH7A 3VXBA 1BP5A 2P2AA 2O7IA 4EXLA 3N6UA 2V3TA 4RA1A 4H67A 1US5A 1H43A 4KHZE 4U4XA 2Z8FA 2ALUA 2VGQA 5I57A 5AA4B 3SEWA 3W15C 1I6BA 4OQOA 4OXVA 3V83A 2OBGA 5ICTA 3A09A 1ZIUA 4GLIA 3G3FA 1ZBMA 3D4GA 2F6GA 5TPAB 2XXYA 1UTBA 5IAIA 4OEUA 4FI5A 3ODBA 4LP2B 3PD8A 1HSLA 1XHYA 1FQBA 1FTMA 2FA7A 1FQAA 3VXCA 4ZEBA 4DE8A 3C36A 4ZEIA 2DWIA 1PBPA 2GFEA 2G93A 2H4IA 4YU0A 2I48A 1NNPA 1JW5A 1LB9A 5J1DA 1QW0A 4OERA 2R6GE 5TU0A 5KCJA 2I49A 4QFLA 4EQBA 2UYFA 3N26A 4FAJA 3FV1A 1B4ZA 3E3KA 4DNDA 2Y7PA 2F6PA 2ZNSA 4I1DA 2PMSA 1IEJA 1TFAA 5ICQA 2FNCA 3FVGA 4NE4A 4U1OA 2IC9A 1H76A 3WAEA 3CKDA 3G3IA 2ZMBA 1Y3QA 4NF6A 4Q0CA 1GVCA 2UVIA 1UTHA 1YCJA 1MG1A 3FUZA 4LA9A 1XVXA 4FEDA 5BWJA 2Y7WA 3RQTA 3S4UA 1MS7A 2QS2A 4YKKA 3I5OA 2DXRA 4C1UA 2UYEA 5CMCA 3K0VA 5ISUA 5FHOA 4DZ1A 3RLFE 4PFWA 5H8QA 3IOVA 5L9SA 3ILTB 4OMBA 1QSDA 2LAOA 3IO6A 2DE4A 1B5IA 4DXBA 1B32A 3MVWA 3BBRA 2GHAA 4ECFA 2D21A 2DQVA 4EQ7A 2OCUA 1Q35A 3VDFA 4YB7A 5H8NB 4IO2A 3HHGA 1RYXA 2DS9A 1HSJA 2OJTA 4XTCQ 1OVBA 4BDQA 3LBSA 3TCFA 3ILUB 3PUXE 2H99A 1M5FA 2V93A 1LRZA 4F1YA 5CMKA 2Q8JA 4IO5A 1WVJA 4QSDA 1TXFA 1H44A 4OFJA 3W9WA 1AIVA 1LLSA 3R26A 1Y4CA 4QRZA 1ATGA 3RT8A 3B7DA 3OOAA 2F8DA 4F3GA 3PMWA 3M3FA 1DMBA 2YLNA 1OQGA 4EUOA 4PP0A 5DVIA 2NWJA 2DVCA 1S9TA 2I4BA 3MBPA 1MXVA 5DEXA 2WKYA 3ZKKA 4Z0IA 4NF5A 4G8HA 4NF4A 1USYE 3HPIA 3O9PA 3FXEB 3O97A 2ZXTA 4HW8A 5DT6A 2C5JA 3LSFB 1SI0A 1Y20A 2ONRA 4QSCA 3K00A 3MVYA 3CI8A 4OEVA 2YPNA 3RT6B 4U21A 4CQIA 3VV5A 1ANFA 1MDQA 3EPEA 1QULA 3JYRA 4LVQA 3H7MA 3IORA 3WAFA 2V84A 3TAJA 4QFPA 5DYHA 4KI0E 3IB0A 2HAUA 4M4GA 2F7BA 5I59A 3FASA 5L9MA 3QSLA 3RTFB 4X48A 1BKAA 3CRBA 3K6XA 3VLUA 1IXCA 3PPPA 1VFDA 3TUSA 4XKPA 1JQFA 1ZMGA 3HV1A 2E1SA 5JTYB 3K01A 3ZSFA 4X1DA 1MXUA 4JSDA 2OZZA 3PPRA 3FJMA 4F1VA 2DWAA 3TYHA 1WDNA 1VFEA 5H8HB 2ONSA 2Q9TA 3MW0A 1B3HA 2I4CA 3T9HB 1Z0PA 5JEIA 4TLLB 2PX1A 3OEMA 4YKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MKDA 1IMCA 4FJOA 1EZ9A 1FBHA 3MVXA 1JEVA 1MY3A 4U2YA 4QXCB 2OWSA 1FPEA 2GH9A 1NV7A 3RTWB 3T1HT 1NI9A 5JR9C 4FE8A 1KA0A 4UR9A 3CFLA 3HHFA 3OD7A 3C32A 2WB5A 4DXUA 5DJQC 4GIWA 1P99A 4KUMB 1LBYA 3HL6A 4LN5A 3VHLA 4UABA 3LK3B 4OHNA 4G77A 2WQYA 4XKRA 4IREA 5JRCA 4PAFA 1FQDA 1H3DA 4NF8B 4NMYA 3DP8A 4DLDA 3OO6A 2NW8A 2HZKA 2DL1A 2VOZA 3ZC0A 2XJ7A 4HFIA 1NFTA 3FZKB 1P1UA 3UN6A 2WDQA 5AA2B 1LBXA 4X1BA 5AQVB 3TEPA 4G8NA 2ZNTA 3IJOB 2QSXA 3TKLB 4MAGA 2F5XA 2X9YA 1GGGA 2XAJB 2XWKA 2DWGA 4H63H 4N6PA 1IUDA 1DTZA 4O3AA 5A5XA 2DE3A 1Y9UA 4PJNA 2H7VC 1ZHCA 3KVAA 3NOHA 3K6UA 2Y7IA 5EQ8A 4H1XA 2QS1A 3PU8A 1D0ZA 4NUVA 4UF0A 1UURA 4CZZB 3FXBA 4JV5T 2O1LA 3T9VA 4K0UA 2FJAA 5AQSB 1IZ1A 2X68A 1MQGA 1XOCA 4QXBB 1SW4A 2CBIA 3UTKA 5AQGB 1O63A 3SERA 2CXFA 1D1BA 1FPBA 1I6AA 1K9ZA 5F5WA 1ZV4X 1RDZA 4NQ8A 2FIEA 3TCHA 2BVMA 2Z8DA 1PEBA 4QXDA 3RI5A 2A2FX 2A5SA 2B76A 3L39A 4I3YA 2CWOA 1DBZA 4HE0A 4R75A 5CRYA 3R6NA 4ZI2C 3GXAA 2I0BA 5DTBA 2V1DB 3OVUA 3MA9A 1T7SA 3EVYA 2VD2A 2DYXA 4NTLA 3PV0E 4YSXA 1KNZA 3OYZA 3EQ1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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