3S4UA

Crystal structure of open, unliganded e. coli phnd h157a
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGAETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAMSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 95
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3s4uA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s4uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s4uA02
2Q9TA 1B5HA 4YKJA 5A5XA 1BP5A 3SETA 1B5JA 3V8XB 3L6GA 5L9SA 1NH8A 4O3AA 1MH4A 4ZZAA 1LBCA 4QRZA 1B46A 4F1YA 1PBQA 4EF2A 2H9BA 2ANJA 2RKMA 4DXCA 3K4UA 3H4ZA 1EU8A 2WKYA 3Q27A 2ZNSA 3C34A 2Y7WA 3TTNA 5ELVA 5AA4B 1M5FA 3UA8A 2XXXA 4KD5A 1FW0A 4HTGA 1XOCA 3H6WA 4ESWA 1UIVA 2XXQA 5CMMA 3H03A 2PT2A 2DXYA 4F3SA 4PFYA 2Z23A 3PMXA 5M2VA 3LBSA 2W7YA 5KZTA 1ZJLA 3IJXB 2Q89A 3MP8A 1MXUA 5JK4A 4NEDA 5ICQA 4ZDMA 1OIBA 4BDOA 1O64A 1IUDA 1YCJA 5I2KA 1IXGA 4IO2A 2YPNA 1SDXA 3IOWA 3Q26A 5L9OA 4KQPA 1XC1A 2XXIA 1Y3QA 1ZLQA 3MVXA 2I58A 5AA2B 3KGCA 1KWHA 3PMWA 3O9PA 4F19A 1LSTA 1M5BA 3GLBA 5L8DA 4MFIA 2R6GE 3MPKA 5I57A 1LB9A 2GFEA 5J1DA 1NMUA 2QS3A 1I6QA 2XXVA 1N3WA 4GF8A 1GTKA 1H3DA 3I6VA 4OTEA 3UK4A 4KYSA 1MDQA 1JEVA 1B05A 4BDLA 1MM7A 3CFLA 1N84A 3CI8A 2Z8FA 3K1NA 4JDFA 4FATA 1LLSA 2Z8EA 4G8MA 4BDRA 1MQGA 3C35A 2XXHA 3PUZE 4GFRA 4ZE8A 1B3LA 1US4A 1FQBA 3K01A 3FV2A 3ZKKA 1AMFA 3Q25A 3FJMA 5TPAA 2RF1A 2NVUB 1WDNA 2OJTA 2V25A 4OZ9A 2I4CA 3EHUA 1MXWA 1R6ZA 3T9VA 3MZBA 3CSGA 5DEXB 4F1VA 2AL5A 2D3IA 4LZ5A 4RPNA 1QVSA 4POXA 1MPBA 1FQAA 3S9NC 2H5YA 3GZGA 3IB1A 4H5GA 2Q2AA 3IOUA 1J1NA 2XXUA 3KN3A 2OWSA 1IXHA 4XKQA 3K1MA 3TPAA 5I84A 1MY1A 4R2FA 5F7VA 1MXVA 1B3GA 2HCAA 3OSQA 4FECA 3IO4A 2DWAA 3QAXA 3L6HA 4DXUA 4JWXA 3G3FA 3DM0A 4F22A 1MY0A 4R9FA 2I3VA 4GWOA 1AL3A 1SI1A 2CZLA 3VVEA 2HEUA 2OBGA 4KR5A 3OOAA 2RCAA 4G68B 1A99A 5KCJB 2HZKA 4B6XA 1SD3A 1L5TA 4IY6A 2UVGA 3FVKA 4Q8RA 4O3CA 1MXZA 4ZEKA 2O68A 1BLFA 1UTBB 1B58A 3JYRA 3U8QA 4EXKA 4ELQA 5JTYB 1EZOA 4EUOA 1POY1 4X48A 2RCBA 2DWHA 3QK6A 3OD7A 3F11A 3IX1A 1ATGA 4R9GA 2H4IA 3B6WA 3FATA 4Z7EA 1ANFA 1VR5A 3T9XB 3VE1B 4U21A 2V3UA 3G3HA 2E0SA 3SEYA 1ZU0A 2XTLA 1MPCA 4YKPA 2NUVA 2UYEA 3VVDA 3O2AA 1PBPA 1DTZA 1URGA 1ZTYA 4EQ9A 5H8HA 2KWIB 2YJPA 3R26A 4XXUA 4GL8A 2XXWA 1R9QA 3OENA 1XT8A 3JZJA 3MWBA 5L9MA 4GLIA 3U1OA 2E1SA 1MH3A 3KSXA 3MJNA 2VOZA 2I0CA 3KFMA 5AA1A 3FXQA 4P0IA 4U2RA 3KN8A 3G3GA 1B52A 2GH9A 4ONYA 2GHBA 1RYOA 3VDFA 1N76A 4EQ7A 3IR1A 5I58A 2V93A 1XVXA 1A54A 2ZYOA 1LAXA 2ZXTA 4R74A 3GBBA 2M8CA 3MW0A 2Y7RA 1FTLA 4R6HA 3TTLA 3TTMA 4F1UA 1B0HA 4RK9A 3MP1A 1S7YA 3RN8A 1AIVA 2PVUA 2F6GA 4AQ4A 5KDTB 4KYDA 1N0TA 3MXZA 2O69A 3MVYA 3U72A 2F7CA 2PT1A 2QMWA 3ZKLA 5ICTA 1N04A 3MQ9A 4LVQA 2ZYMA 1M5CA 4QFLA 3LC8A 1NNTA 3FXRA 2QL3A 4FE8A 3KOSA 3BFUA 1JW4A 5FHMA 3IB0A 2ZNUA 1QUKA 1PB7A 1O63A 2KLFA 3MAMA 1QUJA 3O97A 5HPQA 3L3PA 4WEPA 3USDA 3ECRA 2QMXA 2QSXA 5FHNA 1N7WA 1MDP1 2OLBA 2VD3A 1LAGE 4ELRA 1SW4A 2Q2CA 1PB9A 1QUIA 4R6KA 3RTFB 4DXBA 2RC7A 4KFQA 1MS7A 5LOMA 3O6IA 3WAEA 2P2AA 1B1XA 4GD5A 4LZ8A 3VV5A 4QFKA 3TAJA 4OFJA 2HAVA 1TFDA 1H43A 2PX1A 1D3KA 2B65A 5FHOA 2NXOA 3N94A 1WVJA 2F34A 1OVBA 4ESXA 3TODA 1B40A 5H8SA 3TTKA 5CC2A 2ZYKA 2ESNA 3O28A 1I6AA 1PB8A 3O66A 1UTHB 2FNCA 3FJGA 2IC6A 3PPQA 2DE4A 3C32A 3H7MA 2NWJA 4ISUA 3E4RA 5H8FA 3UP9A 1OVTA 1R1NA 4OEVA 4ZZEA 4DLDA 2I49A 4Q30B 2QRYA 3FJ7A 2CMOA 3FIRA 2I3WA 1FQDA 4U1OA 1LGBC 1TXFA 3SERA 5B70A 2LAOA 3CSBA 1HSLA 5FTHA 3SKPA 4JXIA 4DCXA 5CI5A 1MG1A 4YKIA 2DVZA 1Y9UA 5FTIA 1EH3A 3K6XA 2UVIA 4QHQA 3E9XA 2F7BA 3TTRA 3S4UA 1B1HA 5DVIA 4YKKA 1ELJA 3T66A 4QF9A 3OEMA 3DP8A 2REGA 3C33A 1OQHA 2GRVA 1B7ZA 3U94A 5I2NB 1LAFE 1MY4A 3PV0E 1NNKA 1P1NA 1S9TA 3TELA 4DIGA 4PP0A 4C1UA 4OWDA 4XKNA 2OCUA 3ZSFA 1QKAA 1TT1A 2H99A 5IKBA 3ODBA 3HO7A 1VFDA 2O6AA 4F3BA 1P1QA 1B0LA 1SW1A 3B6QA 1Y1MA 4NF8A 2Y7PA 3TKLB 1MY3A 3G3JA 4AB5A 3K02A 1B3HA 2HZLA 1FTJA 3KJ7A 3MVWA 2NOOA 4P11A 5DYHA 1A8EA 3KG2A 4GRKA 4QSEA 1JVXA 1OLAA 1Y3NA 2OZZA 5EYFA 1USYE 3K6WA 2F8DA 4C0RA 3BFTA 4NF6B 2AL4A 5H8QB 4OESA 3FXEB 4L0RA 3T9UA 3G3KA 1IEJA 2F5XA 2Y7KA 1IIWA 4U4SA 3IOVA 4ECFA 1BIYA 5I56B 4GL0A 5JEIA 4E0XA 4TOZA 1LCFA 4GVOA 4EXLA 4EYYR 5A5XB 4GOTA 2HQ0A 4MBPA 4ELOA 3U93A 3IAZA 4LQ2A 4I62A 1GV8A 4YU0A 4R73A 1DTGA 1T0KA 2Y7IA 4WKMA 1JETA 4RNSA 2F78A 1Z7ME 3TYHA 3PUXE 1QKBA 3SEUA 3TDJA 4GXSB 3N6UA 3IB2A 3FGSA 2DYXA 5B7DA 4HS7A 4NF5A 1OMPA 1Z7NE 2XD2A 2I0BA 4NF4A 2G29A 4U22A 1Z0PA 3DP6A 3W15C 2O7UA 3CFZA 1DPEA 3GBAA 1DMBA 4LZ7A 3O6HA 1H44A 5H8NB 4OXVA 4HCWA 3UORA 5I2KB 3A3UA 4OMBA 1UQWA 3I5OA 1SBPA 4IGTA 4F3PA 4YMAA 2ONRA 4NE4A 2R9JA 2B3BA 3SEWA 4FORA 4MLVA 5DT6A 4ZEFA 4X1DA 4PETA 3C31A 2RC8A 5AA3A 1H76A 4P0GA 5CMKA 4F39A 1XS5A 3U92A 4H8JA 4ZEIA 1WODA 5I57B 4IB2A 4GIZA 4C1TA 2DE2A 3TKDA 1B7UA 3CKDA 3FXUA 4RY1A 1B9JA 1CB6A 2O84X 4FAJA 4U1ZA 3V5AA 3CFXA 3TCHA 2GHAA 3M3LA 4POWA 1B5IA 1QJMA 4H65A 1US5A 1A7LA 3Q28A 4F2OA 4G8NA 2H98A 4QFOA 5F1QA 3PD8A 2QS2A 1OLCA 4N07A 3G7WA 3MPLA 3ILUB 4YAHX 5TPAB 2DOJA 3CRBA 1IITA 3JV9A 3H6UA 3KJTA 1IJ5A 2C5JA 2QPQA 4QFPA 4ZE9A 2A5TA 1P1WA 4KHZE 2MBGA 2XHDA 1IJ6A 4G8HA 4M1VA 1FQFA 5I59B 1UIUA 4J2CA 1B4ZA 4FI5A 2C5IT 4MLQA 1GGGA 4NMYA 3TEPA 5K2XA 1FCKA 1B4HA 4IO3A 4OQOA 1URDA 3CIJA 3FASA 2UVJA 1QULA 1IQ7A 2P1SA 3IJOB 2F35A 2DP8A 1ZBMA 5AE4A 1YAEA 2DQVA 4BDMA 3FXDB 1BKAA 3V83A 1MXXA 2K48A 5AA4A 3RNNA 3BBRA 3UN6A 3VVFA 4GQOA 4Z0IA 4QSDA 3LSFB 3MC2A 4PFUA 5TU0A 4K3FA 1O7TA 5AA2D 3T96B 5BUUA 2UXAA 1D9VA 2BJJX 4R75A 4OFOA 2OWTA 5BWJA 2Z8DA 1XHYA 4G77A 1Y4CA 3ONMA 1H7CA 4IO7A 2IEEA 5CMCA 3OMBA 1TFAA 4ZEDA 3N5LA 3SEVA 3VFJA 1JW1A 3CG3A 3SDFA 4BDNA 1SYHA 3TFLA 4F29A 1M5DA 1M5EA 1MQDA 2VHAA 3MP6A 2THIA 4N13A 3R6UA 2X9XA 2ONKE 5AA2A 4KCDA 4GXAA 2Z22A 3BKIB 1MQIA 3HHGA 4KPTA 3OO6A 5ITOA 2IC9A 4JSDA 3VLVA 3MZ9A 4OFLA 4DNDA 4XTCQ 4F3GA 3P7IA 4TLMB 3OO8A 2I48A 2VGQA 3QSLA 3CG1A 1ZKEA 4I8CA 3V89B 5CM6A 2DE3A 4RA1A 3C36A 3E13X 4NWCA 3B7DA 1VE4A 1XVYA 1SQYA 2O1LA 3O29A 2O7IA 3MUQA 1MM6A 5H8HB 4JWOA 1D9YA 2CA5A 2D5WA 3IORA 3T93B 2HFBA 1F9BA 4MH5A 1NL5A 4NTLA 1JQFA 3THIA 3EQ1A 5H8QA 1H45A 3EF7A 1LFIA 3IOTA 2P0SA 3K00A 3FUZA 2QJEA 5DEXA 1AOVA 4ZEBA 3DP4A 3OEKA 1SYIA 3K2DA 3FVGA 4LATA 3QIMA 2Q88A 1CE2A 1RKMA 2A5SA 4PFTA 4UACA 5I58B 2XX9A 3FVOA 4U23A 1RYXA 2FA7A 4OVJA 4ZS9A 3RUMA 4EQBA 3PPRA 3QYTA 4DDDA 3VLWA 5ITPA 2VD2A 3DLNA 4WEDA 3PPPA 1JNFA 2B3FA 3PPNA 3TUSA 1Q1KA 3KZGA 5EHMA 1B32A 4RK2A 3MZ1A 3FVNA 3RY3A 3C9HA 3D4GA 4LQ5A 4U4XA 2QS4A 3PMVA 3T22A 3TQWA 3ILTB 1P99A 1VFEA 3H3GA 5H8NA 3HV1A 2F97A 1OQGA 3B6TA 1SI0A 5DVJA 3KN7A 3EHTA 2I6EA 2DWJA 1VSOA 4G68C 4G68A 5KCJA 3RT6B 4DCYA 5TP9B 4IO4A 4RYAA 3R7XA 4Q0CA 1HSJA 5CBRA 4H1XA 4YB6A 1USYH 1UTBA 2XD3A 3G3IA 4TQUQ 5CRYA 5JTYA 1LAHE 2H25A 1DOTA 4THIA 1D4NA 3KBRA 2Q8JA 3I3VA 1B6HA 1FTOA 1LBBA 4ND9A 2V84A 3IK6B 5IAIA 1MQJA 5HM4B 3M8UA 2O51A 1MY2A 4HW8A 4KCCA 3T9HB 4IO5A 1Y20A 3UGWA 4H8IA 3H6VA 3FD3A 3OELA 4YMBA 4YZZA 1FQEA 3W9VA 1P1UA 3OO9A 4FEBA 3HPIA 1JW5A 5HBCA 3K0VA 3A09A 4OERA 3A3CA 3EHSA 2XXYA 4JSOA 3QXMA 2DSFA 4H6DA 4XIGQ 4JBZA 1MRPA 4BLAA 1NNPA 2V3TA 3RTWB 1LFGA 1N3XA 2G0UA 4RXLA 1LRZA 4CQIA 2F6PA 1EZ9A 1FTKA 1GR2A 4NWDA 5CBSA 4XKPA 3S2VA 4X1BA 1FQCA 5H8FB 3K6UA 3K6VA 4O3BA 5I59A 3CR9A 1LCTA 3LSXA 2I4BA 2Y84A 4X9TA 3CVGA 1NH7A 3KSJA 1LB8A 3GXAA 2R71A 4FJPA 1IXIA 2O1MA 1MQHA 4OEUA 1YTVA 3PPOA 1II5A 2OK2A 2XXRA 2X9YA 4PFWA 4R72A 2KWHA 1IZ1A 1B7HA 4MF3A 4KI0E 1LVFA 4RJZA 3LSLA 3FV1A 4F2QA 4UA8A 3LSWA 3EN3A 1AH5A 3RPWA 3TZAA 3HSTA 1A55A 5KDTA 1N7XA 1IXCA 4F18A 1PC3A 1B2HA 2DVCA 1Y1ZA 3LR1A 1URSA 3HCQA 3C4MA 1QSDA 3S9LC 5DTBA 4KYEA 1Y4TA 1NKXA 4LA9A 4NF8B 3E3KA 4ELPA 2DWIA 4DE8A 3HHFA 3KEIA 4BDQA 2X9WA 4Q5TA 4EDPA 2ABHA 4L17A 3TCGA 3HN0A 1FTMA 3K1PA 2UVHA 2G93A 4OHNA 3KOTA 4AB6A 3UIFA 1NFTA 2X26A 3VXCA 1S50A 3S9MC 5ISUA 4LP2B 2DXRA 3ZS6A 4XKRA 1Y3PA 4H67A 4EF1A 2ZYNA 2IA4A 4FIMA 4R6YA 5DVFA 4ZECA 2VP1A 4JB7A 1LFHA 2XX8A 3MVZA 3N6TA 3LUYA 2AIXA 1A8FA 3PUWE 4I9DA 4WXJA 2X7PA 1HSEA 2X7QA 3EPEA 4M4GA 4NF5B 4G4PA 4NF4B 2D21A 3OO7A 1UTHA 4R2BA 4IO6A 4TLLB 1ZMGA 1ZKBA 2HAUA 2UYFA 3RGYA 4IY5A 3M3FA 2AYSA 3TMGA 2ONSA 3RT8A 3H6TA 2QS1A 5K2YA 3VXBA 3RQTA 2C5KT 4N6PA 2PYYA 4FEDA 3CVRA 3IL1B 1EZPA 3IO6A 1JEUA 3OXNA 3QUJA 4YB5A 1BTJA 1P1OA 2ZNTA 1MXYA 3D4CA 2FYIA 2RINA 2V3QA 1SW5A 3SESA 4F31B 4DZ1A 1Q35A 2ZMBA 3PD9A 3MBPA 1A40A 2F36A 3PUYE 3TCFA 1NNFA 3RLFE 2PBWA 1GVCA 3Q29A 3WAFA 1SVXB 1PDAA 2PMSA 1TWYA 4I1DA 2YLNA 3O6GA 5CMBA 3SEXA 4YICA 5EHSA 3FZVA 1MPDA 3PU5A 1B3FA 5I2NA 4H0WA 3PUVE 2F7AA 3TQLA 1R9LA 3QUFA 1B51A 1YPNA 5TP9A 1I69A 3M3KA 3S9EA 4QFNA 1I6BA 2DS9A 4RPOA 4JWYA 2XX7A 4IGRA 4PE5B 3H06B 2XXTA 4QSCA 3N26A 1DPPA 4OETA 3AXFA 4OYVA 2ALUA 4PQJA 1B3EA 4H5FA 1SW2A 1ZIUA 3VLUA 3DELB 2RC9A 4LUBA 2REJA 2HXWA 4G2ZA 1DSNA 2A5TB 3OSRA 1POTA 4NF6A 4LONB 1PEBA 1JVYA 1QW0A 3PGFA 4OENA 2XXPA 4YB7A 3W9WA 4HCYA 4E0WA 5I56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q9TA 2BS2A 2W00A 1B5HA 2BG9C 4CXYA 2BG9A 4YKJA 5A5XA 4TNWA 2VL8A 2CZHA 1BP5A 2J4GA 5L4EA 3SETA 3LJCA 1B5JA 1RDZA 3V8XB 2ZM0A 1HCIA 3L6GA 3B8BA 5L9SA 3GWHA 1MMDA 4WBOA 1NH8A 2CEYA 4PBQA 4O3AA 3NZPA 1MH4A 3KBTA 4ZZAA 1WFDA 3A5XA 3AE2A 1LBCA 4O7MA 4EOZB 4QRZA 1B46A 3HL6A 4F1YA 2BKPA 4IL4A 4O2AE 1PBQA 4EF2A 4IDOA 2H9BA 2ANJA 3OBVE 2RKMA 3QB5K 4DXCA 3K4UA 3H4ZA 1EU8A 2XZEA 2WKYA 3Q27A 5FVLA 2ZNSA 3C34A 4DMWA 2Y7WA 3TTNA 1FEWA 2XA5A 1O3XA 5ELVA 5AA4B 3FHNA 1M5FA 2QVRA 3UA8A 2XXXA 4KD5A 5J0ZA 2XY8B 2I0MA 1FW0A 3F57A 3N9MA 4HTGA 2CPTA 2XQ6A 1XOCA 4UVCB 3H6WA 4DBQA 4ESWA 1UIVA 5J16A 4Z91A 5FMNA 2XXQA 4DI3D 5CMMA 3H03A 2PT2A 2DXYA 4F3SA 2NW9A 4XZCA 4PFYA 2Z23A 4LF7T 3PMXA 5M2VA 3LBSA 2W7YA 5KZTA 1ZJLA 2QVAA 3IJXB 2Q89A 3MP8A 1MXUA 5JK4A 1XDOA 4PK6A 4NEDA 5ICQA 4ZDMA 1W9RA 1OIBA 5L3EB 4BDOA 2NTYA 1O64A 4EGWA 1IUDA 1YCJA 4PJMA 4O2BE 4AKLA 5I2KA 1IXGA 4IO2A 4ZI3D 4ZHQE 2YPNA 1U4QA 1SDXA 4WYVA 4KUMB 3IOWA 4F6RC 4GX3A 4YLHA 3Q26A 4I3EA 5IGAA 5L9OA 2R8TA 2BKNA 4KQPA 3AE4A 4IE6A 1XC1A 2XXIA 1Y3QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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