3S4UA

Crystal structure of open, unliganded e. coli phnd h157a
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGAETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAMSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
total genus 95
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3s4uA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s4uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s4uA02
1EZ9A 2O6AA 5AA2B 2ZXTA 4NWDA 1SYIA 2VHAA 4G77A 1FQFA 1LCFA 4FAJA 3UORA 3PPPA 3MPKA 4MFIA 1OLCA 2I48A 2UVGA 5AA1A 3TTLA 4MBPA 4R6YA 4E0WA 4H8IA 4IO7A 2ZMBA 5AA4A 1JQFA 3O6IA 1IZ1A 5CI5A 5LOMA 3KOTA 2X26A 1D3KA 3TTMA 3FASA 3C33A 4TQUQ 3IX1A 1BKAA 4C1TA 4O3AA 2NXOA 2Y84A 1TT1A 4M4GA 4X9TA 4EQ7A 1ANFA 5CMCA 2O7IA 1MQIA 1ZLQA 3PMXA 2C5JA 3D4CA 3H03A 4OTEA 4FECA 1P99A 1MH3A 4KYEA 4IGTA 4M1VA 2H98A 2AL4A 5ICTA 4EXKA 4YMAA 1MY0A 3CI8A 3HPIA 2QS3A 1LCTA 3H6WA 3MBPA 3TKDA 4EF2A 4EQ9A 5TP9B 2XXXA 1O7TA 4KPTA 2XXUA 1MQHA 3THIA 1MM6A 4OMBA 4OEUA 5TP9A 4HCYA 3S4UA 1ZU0A 2XD2A 3IJOB 4PP0A 4Q8RA 2XXVA 2ZNUA 1PB9A 2Z8DA 1Y1ZA 1HSJA 2ANJA 2HAVA 5ISUA 3EN3A 4LONB 2QJEA 4GIZA 4HCWA 5AA3A 2DQVA 3KSXA 3MWBA 3MW0A 4FEDA 4ESWA 1PC3A 2VGQA 4F3PA 1B3FA 1B1HA 3MPLA 3MQ9A 3U8QA 2H99A 4RNSA 4JWYA 3VLVA 2XD3A 4AB5A 2A5SA 5JEIA 4BDRA 3R7XA 5B70A 1IUDA 3PMVA 1IEJA 3RTFB 2I58A 4F1VA 3TAJA 4F2OA 3OO7A 2P0SA 1R9LA 2D3IA 2G29A 2E1SA 1TFAA 3MVWA 1Z0PA 1ZMGA 1D4NA 3C34A 4CQIA 4YICA 3P7IA 4ZE9A 1RYXA 2FYIA 3PUZE 4JB7A 4GD5A 3SEXA 2PVUA 4RPOA 4HS7A 1LRZA 1DTGA 1YCJA 4YKJA 1Y20A 3H3GA 3IAZA 5AE4A 1B51A 4POWA 1IITA 4YZZA 1QJMA 4FIMA 1I6QA 3OENA 1XS5A 4R6HA 1B5JA 3V5AA 1MM7A 1B5HA 4OHNA 3N5LA 1JW5A 2OBGA 2X9WA 4Q0CA 1OQHA 3VLWA 4KHZE 5I59B 4GXAA 1WODA 3G3FA 1IXHA 3K6UA 3TYHA 3CFLA 1XHYA 2I4CA 2FNCA 4ISUA 1NMUA 4U2RA 3IOUA 1A7LA 1SVXB 4LZ5A 2I0CA 2AIXA 1R6ZA 4F2QA 2QMWA 3KEIA 2AYSA 3OEKA 1NH8A 3ECRA 1JW4A 3DM0A 1B6HA 1M5DA 1SQYA 3VVEA 3TCGA 3MZ9A 1AH5A 3SKPA 1DMBA 3E13X 4XKRA 5F7VA 2ZNTA 4WEPA 3VXCA 3LSLA 3PMWA 4F19A 5KZTA 4NF8B 2XX7A 4Z7EA 1XVYA 3KJTA 2F5XA 2GFEA 1B1XA 2LAOA 3QYTA 3PD8A 3QK6A 1SDXA 2F6PA 3KN3A 4JSOA 4XKPA 5A5XB 3I5OA 2DWAA 1LFGA 1L5TA 3BFUA 3DLNA 3KSJA 3FZVA 2OLBA 2XXPA 2DS9A 1JVYA 1LAHE 3RTWB 2REGA 1VFDA 2GHAA 4IO5A 3H4ZA 5KDTB 2F7CA 2GHBA 3Q28A 3EHTA 2QL3A 4DLDA 1Y4TA 3SETA 5KDTA 3IO4A 1BP5A 1B9JA 1GVCA 1NH7A 1B0LA 1HSEA 1B3LA 1I6AA 4C1UA 4AQ4A 4YKIA 2H9BA 3HN0A 3LBSA 4XIGQ 2PX1A 2B3BA 2HZKA 3KGCA 2XXIA 2RC9A 1PB7A 5DEXB 2G0UA 4Q30B 4NEDA 2O84X 1RKMA 3K6VA 4NWCA 3SEVA 4NMYA 1SI0A 3T9XB 5DTBA 1FTJA 3FXUA 3BFTA 4FE8A 2VD3A 5KCJB 4ZEBA 5KCJA 1QUJA 4ZECA 1CB6A 2AL5A 4BDNA 3VDFA 3W9VA 2RCBA 5BUUA 2PBWA 1LLSA 4B6XA 5CC2A 3GLBA 1Y3NA 1N0TA 4F18A 4LZ7A 2YPNA 2IC9A 4GL8A 3FVGA 3KG2A 1SYHA 4F3SA 1ZKBA 1BTJA 5H8QB 1NFTA 3KN8A 2PT2A 4Q5TA 1OIBA 1UIVA 4H5FA 5H8QA 4DCYA 2QS2A 3FVKA 1QSDA 2Q8JA 1JVXA 2NWJA 2KWHA 3DP6A 3UGWA 4RA1A 1N3XA 2QS4A 2XXYA 3MJNA 1TWYA 1T0KA 3I3VA 1IXIA 3VVFA 1QVSA 1A54A 5EYFA 4EQBA 3CSBA 3ZKKA 3TTKA 1XC1A 1B0HA 2G93A 5HBCA 3RLFE 5CMBA 1N76A 2DWHA 3W15C 1PB8A 3PUVE 2I49A 3JV9A 1NKXA 3VV5A 3TKLB 3T9HB 3CG1A 1FCKA 3R26A 2R9JA 4ELQA 1VR5A 1M5EA 3KN7A 3CFXA 5I58B 3TCHA 4NF4B 4DCXA 3VVDA 3EHSA 4F22A 2OJTA 2V25A 1QULA 1JW1A 4OQOA 3U92A 3OOAA 5CMKA 4DDDA 1N04A 1BLFA 4P11A 4KCCA 5AA2A 5HM4B 4J2CA 3S2VA 1B32A 1I6BA 1ELJA 4N6PA 3BBRA 2F78A 1SBPA 4GQOA 1J1NA 2K48A 3PPQA 3MZBA 3MC2A 2DP8A 2D5WA 3FJGA 3MP8A 1LAFE 3ZSFA 4YU0A 2C5KT 2O1LA 3VLUA 3TUSA 4JDFA 1LBBA 4MLVA 3OD7A 4ELPA 3UP9A 3RN8A 2XXRA 4NE4A 3C31A 1B58A 3N6TA 3CRBA 4RJZA 2F7BA 4ZEFA 3OEMA 4U4SA 3QUFA 3D4GA 4GXSB 3B7DA 1EZPA 2F8DA 3T93B 3RPWA 4G8HA 4TOZA 4X1DA 4WKMA 3RGYA 3PUYE 2W7YA 2DE2A 3SEYA 1MXZA 4K3FA 4MLQA 2OZZA 3V83A 1LB9A 4ZZEA 1B46A 3IB0A 4IO2A 1B40A 3ODBA 3K4UA 4RXLA 1B7ZA 4FATA 5H8FB 5J1DA 2IEEA 3B6WA 4XKQA 1H3DA 3K1PA 5H8FA 2OK2A 2OWSA 1Q35A 4P0GA 2ZYOA 2Q2AA 3DP8A 1GGGA 4ELRA 4I1DA 4EXLA 4KCDA 1MY2A 4E0XA 3FUZA 4IO6A 2B3FA 2DVZA 5JTYB 4OZ9A 4BDQA 4GFRA 3C4MA 4PFYA 2NOOA 4OWDA 4ZEIA 4I62A 3TZAA 3FXRA 3PU5A 5JTYA 1VSOA 5M2VA 3HCQA 1QKBA 4P0IA 1N3WA 5DVIA 1H44A 3O66A 1P1NA 2DE3A 1UTBB 3PUWE 1P1OA 1OMPA 4L0RA 4ZEKA 2CMOA 1UTBA 1Z7ME 3A09A 3EPEA 4KR5A 3E9XA 4LUBA 4F1UA 4GF8A 3FVOA 1JETA 4OXVA 3W9WA 4KYSA 1IQ7A 4U4XA 4JSDA 1EH3A 3FXEB 4U22A 4WXJA 4DIGA 3ZS6A 4THIA 4ESXA 3E4RA 4OVJA 4BDOA 4EF1A 5H8HB 1LAGE 1JEVA 2QS1A 3G3KA 1LVFA 5CMMA 4ZE8A 3L6GA 1ZBMA 5TU0A 2O68A 4ECFA 2XXTA 3E3KA 3OSRA 2KWIB 3TEPA 1R1NA 1Y9UA 3L6HA 3CIJA 3QUJA 4YMBA 2HEUA 4YB6A 1IIWA 4GWOA 2O7UA 1FTMA 3MUQA 4H6DA 4O3BA 4G2ZA 3U94A 3SEUA 2DVCA 1URDA 5I59A 4IY6A 4YB7A 5IKBA 4OFLA 2YLNA 2ZYNA 3FV1A 3FJMA 1B3HA 3UK4A 1USYH 3H6VA 3K0VA 4LQ5A 4Z0IA 4PE5B 1PDAA 3UIFA 2F97A 4F3GA 3SDFA 5H8NB 2D21A 4H67A 5ELVA 3WAEA 1B4HA 1US4A 4QFPA 5DVFA 2REJA 3MVZA 4FI5A 5H8NA 3GZGA 4F3BA 2QPQA 3LUYA 4IB2A 1ZTYA 3HV1A 3PD9A 3T66A 2IA4A 3S9MC 4BLAA 4KI0E 4ND9A 4NF8A 4OETA 2UXAA 3OO6A 1POY1 3FJ7A 1IXGA 2Q9TA 3PUXE 1QW0A 3DP4A 4OERA 5A5XA 4FJPA 4KQPA 1AOVA 2P2AA 4G68B 1GV8A 1MY1A 4DNDA 4QF9A 3CSGA 3USDA 2ONRA 2Q88A 4KD5A 3GBBA 3L3PA 4UACA 1MS7A 1LAXA 3O6HA 1YPNA 1DSNA 1JNFA 4U1OA 5H8SA 4NTLA 1XT8A 3MVXA 1NNPA 2H5YA 5FHNA 3SERA 2ONKE 3S9EA 4JBZA 3MZ1A 3K2DA 3TPAA 3SEWA 2Z22A 1WDNA 1B05A 3K02A 3S9NC 3A3CA 5DEXA 2F35A 1URGA 3KJ7A 2PMSA 3T96B 2WKYA 3DELB 2PYYA 3SESA 2E0SA 2RC8A 4X1BA 3K6XA 4OYVA 1AIVA 3N26A 1TXFA 4FORA 3RY3A 4GL0A 1H7CA 1A8EA 5F1QA 1NNKA 2RINA 1MDP1 3IR1A 4QSEA 1USYE 3LSXA 4KFQA 3TCFA 4LQ2A 2C5IT 1F9BA 1US5A 2H25A 2RF1A 5I2NB 1XOCA 4DXCA 1VE4A 3CKDA 2V93A 1DPPA 2V3UA 3RUMA 3BKIB 4XXUA 2V84A 1MXWA 2Z23A 4LP2B 5FTHA 1N7XA 1YAEA 1B3GA 2OCUA 1URSA 2HZLA 5L9MA 4L17A 4GLIA 1IJ6A 1Z7NE 4WEDA 1UTHB 4ZDMA 2HFBA 1P1QA 1D9YA 4PQJA 2Y7PA 2I0BA 1S9TA 4OENA 1S7YA 3R6UA 1LGBC 2X9XA 4IO3A 4BDLA 2XX8A 1MPBA 4O3CA 1AMFA 3IK6B 2KLFA 4R73A 2RCAA 3K6WA 1HSLA 2QRYA 3C9HA 3CVGA 3MXZA 5TPAB 4PFUA 3LSWA 1FQDA 2A5TB 4U23A 1OVTA 5DT6A 3MP6A 3UA8A 2R6GE 5I58A 3VFJA 5L9SA 1O63A 1PBPA 4NF4A 2XXWA 4OFJA 4H0WA 3ONMA 3IORA 1DPEA 4RPNA 1KWHA 3UN6A 1H45A 3I6VA 1A55A 2DWIA 1DTZA 4U21A 2Y7IA 4YAHX 5EHMA 1POTA 2HXWA 2UYFA 2DXYA 4XKNA 1GR2A 3PPOA 4OESA 1Q1KA 5AA4B 1FQEA 3H7MA 4EUOA 3C35A 2VP1A 1MXUA 2Q2CA 3IOVA 4ONYA 2M8CA 1YTVA 4N13A 4IY5A 3IJXB 5I57B 1LFHA 2CZLA 1II5A 3FXDB 1FQAA 3PGFA 2FA7A 4AB6A 1QUKA 3PV0E 5I57A 2GH9A 3O9PA 1Y3PA 1ZJLA 1P1UA 5AA2D 3ILTB 5I84A 3TQWA 1OVBA 3N94A 2DE4A 3M8UA 4XTCQ 5BWJA 3IOTA 1SD3A 5B7DA 3OO8A 4QFLA 4RK9A 2X7PA 2F36A 4QFKA 4GRKA 1MH4A 3TQLA 3V89B 3TODA 4FEBA 2V3QA 3CG3A 4POXA 4YB5A 1MXXA 1QUIA 1M5BA 3GXAA 1MY4A 1PEBA 4TLLB 1I69A 2B65A 2ZNSA 4H8JA 3CVRA 3FV2A 2MBGA 1OQGA 2UVJA 3FXQA 2Z8FA 4DE8A 1A8FA 2Y7RA 4R2BA 1ZKEA 2UVHA 1H76A 5L8DA 4PFWA 2DOJA 3C32A 4QRZA 2R71A 4I8CA 4N07A 3KFMA 3N6UA 3TFLA 3V8XB 1LB8A 1BIYA 1N84A 3IOWA 1DOTA 2F7AA 4LA9A 3QXMA 5JK4A 3AXFA 2ESNA 5I2KB 2UYEA 3QAXA 2RKMA 2ABHA 5CRYA 1LSTA 2XHDA 4G8NA 3CR9A 3KBRA 5I2KA 1ZIUA 4U1ZA 1CE2A 3B6TA 4RY1A 1GTKA 2I6EA 2F6GA 1TFDA 2THIA 3ILUB 1SW5A 1SW1A 3G3GA 1FTOA 3KZGA 3K01A 4G8MA 1P1WA 1B3EA 1JEUA 2XXQA 3K00A 2ZYMA 1MY3A 3IB2A 1N7WA 1FTLA 2DSFA 3TMGA 1A40A 4JWOA 4PFTA 4LVQA 3O29A 1MG1A 3PPNA 4YKKA 5H8HA 2ONSA 4F39A 3RNNA 2ZYKA 4NF5B 2X9YA 4OEVA 3K1MA 4F1YA 2DXRA 4NF5A 1B2HA 5IAIA 1UQWA 2HQ0A 3PPRA 5CBSA 3JYRA 2O69A 5L9OA 1VFEA 4NF6B 4QSDA 2O1MA 3A3UA 4H65A 3FGSA 3Q29A 4GVOA 4R9GA 5I56B 2ALUA 4NF6A 4JXIA 3LC8A 1M5CA 2UVIA 3O2AA 5I56A 3TELA 2OWTA 2QSXA 2X7QA 3H6TA 1IXCA 4QHQA 3KOSA 4G68C 3QSLA 4KYDA 2Z8EA 2O51A 5DYHA 3OMBA 1MXYA 3C36A 1EZOA 5FHOA 5HPQA 3G3HA 4R74A 3HSTA 2GRVA 3QIMA 3EHUA 2I3VA 3Q27A 4DXUA 4OFOA 4ELOA 2H4IA 2RC7A 1SW2A 1MXVA 5K2XA 3M3LA 5CM6A 1B7HA 3WAFA 4QFOA 4YKPA 1O64A 1AL3A 1S50A 2V3TA 4DZ1A 3M3FA 2PT1A 3MAMA 3FD3A 1MQGA 3OXNA 3OELA 1FQCA 2VD2A 3VXBA 3HHGA 5CBRA 2IC6A 2XTLA 4UA8A 3B6QA 3JZJA 4ZEDA 3GBAA 3LR1A 1RYOA 4G68A 3K1NA 4GOTA 4LATA 4H5GA 4LZ8A 3H06B 2XX9A 1B52A 3H6UA 1LFIA 2VOZA 3Q26A 3F11A 2P1SA 5EHSA 4F29A 2DYXA 1NL5A 2DWJA 1H43A 1FQBA 4MF3A 1NNTA 1M5FA 4MH5A 1LBCA 3LSFB 3IB1A 2HCAA 3IO6A 3O97A 3M3KA 1R9QA 3EF7A 1B5IA 3T22A 1FTKA 4ZS9A 1UIUA 1MRPA 2HAUA 1MPCA 1WVJA 3EQ1A 2F34A 3TTRA 4EDPA 1Y4CA 1A99A 4RK2A 1Y1MA 2BJJX 3MVYA 3U93A 2I4BA 4QSCA 1FW0A 3Q25A 4C0RA 1B4ZA 2CA5A 5K2YA 5FHMA 3OSQA 1ATGA 5ITOA 1XVXA 4R75A 5I2NA 2NVUB 4HTGA 4R2FA 1Y3QA 1EU8A 3IL1B 1MQDA 1SW4A 3RT8A 3MP1A 1B7UA 1MQJA 1QKAA 2XXHA 4RYAA 2QMXA 1MPDA 3OO9A 1OLAA 1UTHA 4JWXA 2Y7WA 5DVJA 3FIRA 4QFNA 4R6KA 3U72A 4DXBA 1NNFA 3HHFA 3TDJA 3T9VA 1SI1A 3FATA 1IJ5A 1D9VA 4HW8A 1MDQA 4I9DA 3S9LC 3G3IA 4ZZAA 4X48A 3VE1B 5ITPA 4R9FA 2YJPA 3ZKLA 3G3JA 4TLMB 3HO7A 3CFZA 5TPAA 3TTNA 3T9UA 3U1OA 4EYYR 3O6GA 2A5TA 4H1XA 3RQTA 4G4PA 4F31B 3O28A 2Y7KA 2Q89A 4PETA 3RT6B 4IO4A 4IGRA 2NUVA 5FTIA 1PBQA 5ICQA 3FVNA 4BDMA 2I3WA 3G7WA 4R72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5LA 4IE0A 1EZ9A 2O6AA 5AA2B 2ZXTA 3AAAB 4NWDA 4IDNA 1SYIA 4YHJA 2VHAA 4G77A 1FQFA 5KMGP 3CK6A 3EHZA 2VQET 4DV5T 1LCFA 2CZIA 4FAJA 2X68A 4GKKT 3UORA 4X04A 2WBLA 2DWGA 3PPPA 3MPKA 3NWIA 3CMLA 2WB5A 4MFIA 3ONXA 3RYIE 2A3DA 1OLCA 2NTYA 2I48A 2UVGA 4K0KT 4AS4A 5AA1A 3FZMB 3TTLA 2LSJA 3ETUA 5DQWA 4ANJA 4MBPA 4WBNE 4R6YA 4E0WA 4H8IA 4IO7A 4XEQA 2ZMBA 5AA4A 4FJOA 1JQFA 4HFEA 1IZ1A 3O6IA 5CI5A 5LOMA 5IWAT 3KOTA 2X26A 1D3KA 2CWOA 2XASB 3O1HA 3TTMA 3W15B 3FASA 3C33A 3ANWB 4DV1T 5IZ3A 4TQUQ 3IX1A 5JR9B 1S94A 1BKAA 5LHIB 3T1HT 4C1TA 4O3AA 2CEYA 2NXOA 4KX6A 1TT1A 2Y84A 2VURA 4P09A 1YD8G 4M4GA 4N6DA 3ANWA 4X9TA 1FEWA 4EQ7A 5JR9A 1ANFA 5CMCA 2O7IA 1XWMA 2D0TA 3E22E 1MQIA 4CXYA 2C5JA 1ZLQA 4AKLA 3D4CA 3PMXA 3PTYA 2NWBA 1T98A 3ZMTB 2J47A 4PJMA 3H03A 4OTEA 4FECA 1P99A 1MH3A 3AE8A 4KYEA 4IGTA 4PF6A 4M1VA 5C2TA 2AL4A 2H98A 1N36T 5ICTA 1XDOA 2BVLA 2XM2A 4QH1A 3P8CD 4EXKA 4YMAA 5AQKB 1FBFA 1MY0A 3CI8A 3HPIA 2QS3A 1LCTA 3TLTA 3H6WA 3MBPA 1KF6A 3TKDA 4EF2A 3PUWF 4EQ9A 3ONLC 3AAIA 2UU9T 2XXXA 5TP9B 1O7TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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