The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
149
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structure length |
149
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Chain Sequence |
MIIERLVGNLRDLNPLDFSVDHVDLEWFETRKKIARFKTRQGKDIAIRLKDAPKLGLSQGDILFKEEKEIIAVNILDSEVIHIQAKSVAEVAKICYEIGNRHAALYYGESQFEFKTPFEKPTLALLEKLGVQNRVLSSKLDSKERLTVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of Apo and Metal-Bound Forms of the UreE Protein from Helicobacter pylori: Role of Multiple Metal Binding Sites
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| molecule keywords |
Urease accessory protein ureE
|
| total genus |
38
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| structure length |
149
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| sequence length |
149
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| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-07-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02814 | UreE_N | UreE urease accessory protein, N-terminal domain |
| A | PF05194 | UreE_C | UreE urease accessory protein, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | HSP40/DNAj peptide-binding domain | Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | UreE, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TJ9 A; 3AGX A; 3TJA A; 1EAR A; 1NLT A; 1C3G A; 3L9Z A; 2QLD A; 1GMU A; 1GMV A; 4L3K A; 1XAO A; 3LA0 A; 3AGY A; 1GMW D; 4J80 A; 3NXZ A; 2B26 A; 1GMW A; 3NY0 A; 2HFV A; 2Q2G A; 3LZ8 A; 3I38 A; 3AGZ A; 1EB0 A; 3TJ8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4X4N A; 3P96 A; 2PA3 A; 5ETV A; 1CS4 B; 4YME A; 1TL1 A; 3OTC A; 1FFS B; 4A47 A; 3ZTS A; 3IRW P; 2HBZ B; 1VRT A; 4ZCK A; 3KK2 B; 1RAI B; 1CJU B; 3LGM A; 1N34 F; 1B0V A; 2W2N P; 4KKO B; 4RL1 A; 1T02 A; 4QWC A; 3DU5 A; 4J9M A; 2VC0 A; 4DPO A; 1BMQ B; 1T3N A; 2E9Z A; 4ECS A; 2WSF C; 3ADA C; 4W98 A; 3FBE A; 3JQM A; 4AL6 A; 3HVT B; 1FER A; 1Q7L B; 1S0V A; 1HAR A; 3JSR A; 3PIP Q; 4DPU A; 2YNI A; 3D68 A; 2AZ3 A; 1TUV A; 5K8N A; 3GYN A; 5K8P A; 4C8K A; 2J76 E; 3U27 A; 2N4C A; 4PWU A; 4L3K A; 3HFZ B; 4ETX A; 3R9L A; 3I56 S; 3MM8 B; 4QIV A; 1RAB B; 1BQN B; 2WZ1 A; 2PD1 A; 2RH3 A; 4MYU A; 2QV6 A; 4RW9 B; 1WKJ A; 4J90 A; 2ZC4 A; 2OPQ A; 5KFT A; 2FY1 A; 4Z37 A; 1N33 F; 4GKJ F; 3QMQ A; 1TK8 A; 1NXI A; 3PJ9 A; 4U95 A; 3OV7 A; 4NYP A; 2M4M A; 3JSY A; 3GJR B; 4DWI A; 3MMB B; 3A4T A; 1VK3 A; 1S77 D; 4KFB B; 3LP2 B; 1LKZ A; 2AMC B; 1U7L A; 2HSE B; 5D6G A; 5I3P A; 4EO8 A; 2YNH B; 1SI9 A; 2VQE J; 2XMA A; 4CLF A; 1S6P B; 1TTH B; 2H48 B; 1GX6 A; 1RT5 A; 2HHQ A; 2CQP A; 3UFC X; 3M6V A; 4KTQ A; 2F4V F; 1FEH A; 3Q0A A; 4PYD A; 1KLN A; 2Y1R I; 5KT5 A; 4FXD A; 5KFQ A; 4I69 A; 4DV7 J; 2CQC A; 1DAX A; 3KLH A; 5L1I A; 2W4D A; 2HIQ A; 1S6Q B; 1TAQ A; 2BMB A; 3KJF B; 1S49 A; 1J27 A; 2KJV A; 5GAE I; 1SKR A; 4O23 A; 5C42 B; 3EPI A; 1QSL A; 1CJV A; 2LA4 A; 2MJU A; 2VBY A; 2XGP A; 3JQJ A; 1GAO A; 4DX5 A; 2W2Q P; 4NLS A; 2HVH A; 1HMV A; 1IBM J; 3UNG C; 4B3T J; 5HP1 B; 1YRT A; 1EP4 A; 2ZJQ Q; 3TZZ A; 4ZP8 A; 4C8O A; 4U8V A; 1KOH A; 2JZ5 A; 4A46 A; 1FK9 A; 1RAF B; 4X65 F; 4NAS A; 1UW9 A; 3OQ2 A; 1NHV A; 2UV8 G; 1RTJ A; 4ANC A; 4DR4 F; 3NS6 A; 4FYV B; 3HMJ G; 2IM1 A; 1U8S A; 4OZ0 A; 4V19 X; 1QVG R; 4B9V A; 2LCW A; 3ILI A; 1XK8 A; 3CO0 P; 2LEC A; 1OSC A; 1S1V A; 1XTZ A; 1S9G A; 1QAJ A; 2E1C A; 1U1L A; 4K4Z A; 4YUD A; 2JZ8 A; 1KD1 T; 2UVV A; 4DR1 J; 3R5B A; 1CUL A; 1AT1 B; 2B51 A; 2AJ0 A; 2WOM B; 4F26 A; 1VYA A; 1DAR A; 1IKX B; 4H4O B; 2VG7 B; 2AX1 A; 3OSP A; 2DHG A; 3AH6 A; 2QGF B; 4B3S J; 5I3U B; 3DLH A; 1N32 F; 4NZ6 A; 1DTQ A; 2H65 B; 4KQZ A; 4KHP J; 3PHE A; 1T95 A; 3CDW A; 4F2S A; 1QUV A; 5J2P B; 1TFW A; 1RHQ B; 2DXD A; 4Z2X A; 5IQ6 A; 2IMO A; 2ZZM A; 1UFL A; 3BB5 A; 2RD5 C; 2OPS B; 1H73 A; 4ZVU B; 3AT1 B; 3HCX A; 4F4W A; 4PUO A; 2BOA A; 5B0D A; 2CPF A; 2HND B; 2GJI A; 2H9Z A; 1HHS A; 1R0C B; 3QT8 A; 4JI7 J; 3T19 A; 2C28 A; 3UQS A; 4LF9 J; 5E41 A; 4UQT A; 1NK7 A; 2W2P P; 2AKW B; 3QBC A; 1DZ5 A; 2GMH A; 3UN3 A; 2I2Y A; 4ELV A; 1RWK B; 1LWE A; 1YG0 A; 1F5A A; 1HQE B; 2OSQ A; 2EVZ A; 1OY8 A; 2Q43 A; 2OSR A; 2YKA A; 2LU2 A; 2VA3 A; 1PYS B; 4N76 A; 3NAI A; 1S99 A; 3FKB A; 2IM3 A; 2OD6 A; 3VAF A; 3NG8 A; 1MLA A; 2V4J A; 4DV1 F; 4QOT A; 5IV3 A; 2FD2 A; 2DRA A; 1TL3 B; 1U4B A; 2ZH2 A; 2F9D A; 4DCO B; 1CQM A; 5E3A A; 1TVR A; 1C4C A; 3AY0 A; 4IG0 A; 1PSD A; 4ZVR B; 2XO7 A; 1KP6 A; 4G1I A; 3QAT A; 3JAM Y; 2R3V A; 4A8W A; 1X8D A; 3W8P A; 1R31 A; 2VPX B; 3C16 B; 1U1R A; 1K1S A; 2HFZ A; 4IFV A; 3UW1 A; 5L8R C; 1WEL A; 4ZPW R; 3Q8V A; 2OTL S; 1N52 B; 3V4M A; 5F8N A; 2WB1 D; 4QBU A; 3RW6 A; 1MU2 B; 1S7I A; 3Q8U A; 1HBN B; 1RWP B; 3GIK A; 4Y2I A; 2MPU A; 1WC6 A; 1LW0 A; 5CYJ A; 5HMY A; 1AFJ A; 1RT2 A; 3CCU S; 2EC0 A; 2VFS A; 3DCA A; 2EWH A; 3SSR A; 4Y0F A; 3GB0 A; 2BQR A; 3M6W A; 3ITH B; 5AT1 B; 1HBU B; 3BJY A; 1FI4 A; 3CVK A; 4OYA A; 5J2Q A; 3PRV A; 4N77 A; 4USI A; 2BE2 B; 4EBE A; 2AD9 A; 4QCL A; 2K1R B; 1RWN B; 3MR6 A; 1ZPW X; 4MMO A; 3ULH A; 2DD8 S; 1OIA A; 2C2N A; 2BDP A; 2FJD B; 3QAE A; 5KFD A; 1VLO A; 3KJQ B; 2WCX A; 3D1H A; 7FDR A; 2W2O P; 2OEL A; 1U45 A; 1KHV A; 3KLG A; 4ZA1 A; 2M9K A; 1KTQ A; 3LAM A; 3K7R A; 2VFT A; 4OLO A; 1FNX H; 4CO5 A; 2IHR 1; 1HWK A; 2EG1 A; 3NLC A; 2ZH3 A; 3MCN A; 4MKY A; 1T3O A; 2W8K A; 1SBR A; 3GIR A; 3KK1 B; 4ZCM A; 2YKM B; 2KHD A; 1M1H A; 3DLK A; 2HVD A; 3R7S B; 3JS9 A; 1LW2 A; 2AT1 B; 3IWL A; 2IM2 A; 3DFE A; 1U0H B; 3V81 B; 3QO9 B; 4DPX A; 5B0E A; 4FVC A; 5IC4 B; 1VQY A; 1X9W A; 3CUL A; 1KFS A; 1JNR B; 1SV5 B; 4O3N A; 2KO1 A; 3VR1 A; 3UR3 C; 2AF6 A; 4KAI A; 2ALZ A; 4DV2 J; 2ZFH A; 4CIO A; 4K0K F; 4ZLL A; 1S1W B; 2JVR A; 3K5M A; 3MMA B; 3KNA A; 2Z4P A; 3NMR A; 2B0G A; 2WVD A; 5C2C A; 2R7O A; 4JOU A; 2CYY A; 1L3T A; 3OL8 A; 2UUA F; 1NHU A; 3E01 A; 1I94 J; 2BUN A; 4P2X A; 3TAN A; 1NK6 A; 3C6U B; 1G2E A; 2UUW A; 4B3M F; 4J9R A; 1FJG F; 4QWE A; 1JJH A; 1HHQ A; 2F63 A; 4FPR A; 2GA7 A; 1TKT B; 4OJG A; 3W60 A; 1Q5Y A; 3D6F B; 1XIQ A; 3I4P A; 3PJX A; 3MM5 A; 3TR5 A; 4NLP A; 3RW7 A; 4S0M A; 4DX6 A; 2DHS A; 4IYQ A; 3DOK A; 4P6Q A; 3BN4 A; 3DRR B; 2DGT A; 2DIT A; 2C2R A; 3QGH A; 2PO4 A; 5CXT A; 1MMD A; 1HBO B; 1C3G A; 2E5G A; 3US5 A; 4K7Q A; 3CGI A; 1JLG A; 2HHT A; 4X2B A; 1CSJ A; 3QSI A; 2R2U A; 3MEG B; 3BGF A; 3RB0 A; 1DTT B; 4B9S A; 1U6Z A; 1CPZ A; 2YWH A; 3I9V 9; 4RUC A; 1NJX A; 4ELT A; 1QVF R; 3H40 A; 3GIL A; 1U02 A; 5HJX A; 1VC0 A; 3O1L A; 2LXU A; 3N6M A; 3FSX A; 4WCE Q; 1RGV A; 1UJ4 A; 3QZ7 A; 4XO0 A; 2Y9H A; 3FC9 A; 1M5V C; 3BV8 A; 2R8J A; 3FZ2 A; 2NYI A; 2D3O R; 2NCK L; 2NLW A; 3C15 A; 2H5E A; 1T11 A; 1ULR A; 4TN2 A; 4HKQ A; 3M2R B; 5U47 A; 4WFA Q; 2YPY A; 2BJD A; 2FLO A; 4KGZ B; 2B9Y A; 3ZTO A; 3MCO A; 1XMQ F; 1BC6 A; 5KFH A; 3W9H A; 4LUB A; 2QLW A; 3VAI A; 1NDP A; 4K59 A; 5C5J A; 4DV0 J; 5AXM A; 3BF4 A; 3G2X A; 4NWB A; 1QLN A; 2MGZ B; 1WC4 A; 3D2W A; 4LIW A; 1WDT A; 3PHT A; 1G6B A; 4ZCL A; 2OHD A; 2VD3 A; 3PO4 A; 5F9N A; 1BXN A; 1WEZ A; 5T7L B; 2B9X A; 1S9E B; 2QN6 B; 3CMQ A; 3M30 B; 4LF1 A; 3BR9 A; 1RWW B; 1K0V A; 4JI0 F; 2HHX A; 3L09 A; 1SL0 A; 2QYG A; 2RHS B; 3MPY A; 2V9W A; 2GIF A; 5HAN A; 4J9S A; 2VOD A; 1CJT A; 5AJ3 F; 2GQQ A; 4MJK A; 2G2Y A; 3TVZ A; 2W01 A; 1X9S A; 2MKK A; 3M1V B; 4ZPD A; 1AA1 B; 3W2V A; 4DF8 A; 2QA4 S; 3D67 A; 4FNI A; 2HHH J; 4KE5 A; 2J7W A; 3H2U B; 4NA1 A; 2MKI A; 2O1P A; 4PG5 A; 2VON A; 1X4C A; 3VGV A; 4TYA A; 4ZMM A; 1CLF A; 4ZP6 A; 3NCQ A; 1UVM A; 4HL9 A; 1X5O A; 1L3V A; 1RBO B; 3A3P B; 3F44 A; 1IR2 A; 4USH A; 4KBI A; 1NBE B; 2ASY A; 4W90 B; 2BJ3 A; 3Q2S C; 5ETL A; 1KQF B; 3FQL A; 3KJV B; 1KR4 A; 2IPO B; 3N0V A; 1NSK L; 2CVE A; 5HVG A; 1L5U A; 4DR5 J; 2F40 A; 2B9W A; 4U7C A; 1SCJ B; 2ZM6 J; 3V4I B; 4TQR A; 1URR A; 5IT9 Y; 1PJ6 A; 1R8H A; 4NLD A; 4M5N A; 2YBV A; 4BDP A; 2WHO A; 1OY9 A; 3PR5 B; 1TKX A; 4KJI A; 2F3J A; 3HHL D; 1QY7 A; 4DU7 A; 3NY0 A; 5LSR A; 3MEE A; 3W61 A; 3OR1 A; 1RWO B; 2VFR A; 1J5O B; 1CC8 A; 2G1H A; 3MEK A; 5A8K A; 1KOO A; 2LQ5 A; 1FHT A; 1S0M A; 5F0W A; 3QAU A; 1RU1 A; 2V8D A; 1OQ3 A; 2A18 A; 2F8H A; 1HR0 J; 3ZXW A; 2X1G A; 1RYS A; 1HI8 A; 3Q86 A; 3OUY B; 2J0Q D; 4J9N A; 4O4R A; 3DLB A; 4PWD A; 3QNW B; 2EW9 A; 4DBQ A; 2XMK A; 4YDX A; 1NPP A; 2RQ4 A; 5KFG A; 1NEE A; 1JLF B; 1B4S A; 1TL7 A; 5HI7 A; 5BJR A; 2QSF A; 4M5H A; 3LWM A; 2AEF A; 4YY3 F; 3U7J A; 4PPD A; 4WP9 A; 1RB0 A; 1UAW A; 4QIW D; 1TKD A; 1ZET A; 5KFF A; 5A0Y A; 2YX4 A; 2WAQ D; 1HMV B; 5IZH A; 1KHW A; 1LNQ A; 2HAI A; 2VQF F; 3ET6 A; 2HW3 A; 1VQ6 S; 1NSA A; 4F3M A; 4NLT A; 1YKW A; 3I5C A; 4P75 A; 4QW9 A; 4ZVH A; 2ROG A; 3KOA A; 4URS A; 1BE4 A; 4UF4 A; 2MY8 A; 4OYX A; 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1HYS A; 1OPI A; 2OFG X; 4IDK B; 2Q2G A; 3M8Q B; 4YP3 A; 4MK7 A; 4RW6 B; 2RRA A; 1HNX J; 3T1H F; 3H0P A; 1VHI A; 4Y28 C; 3NNC A; 2DHA A; 4Q8F A; 4C8L A; 1U1M A; 4H4K C; 4NI2 A; 5LMN J; 1WAC A; 4NLX A; 4YR0 A; 3VGT A; 2F1F A; 3BPS P; 4F0H A; 1IKW A; 2GAG C; 4YDD B; 2ZH5 A; 1TKZ A; 4ES2 A; 4DI6 A; 1VQ7 S; 3S6E A; 3VF0 B; 2W1B A; 1WHX A; 4CNY A; 2BE9 B; 2RVJ A; 2VPY B; 3W2W B; 3ZZU A; 1UJ6 A; 3CJQ A; 3WDO A; 2NSB A; 1RSC A; 3MGJ A; 1PKU A; 1XR6 A; 4OI4 A; 4ZS6 A; 2B6A A; 1SJF A; 2FGO A; 3NGT A; 4HI2 A; 1W26 A; 4ZPC A; 4RPF A; 3MF5 A; 3MPV A; 1YK9 A; 2JSX A; 2GO8 A; 1LW0 B; 3TO8 A; 1LWF A; 5DM6 Q; 3EWG A; 4PKD B; 3JXO A; 3G82 B; 4CO4 A; 2VA2 A; 3H4B A; 2N3O A; 2GZO A; 3FBB A; 4LFB J; 1XER A; 1WNE A; 2GCF A; 2UZA A; 1WWH A; 4WZM A; 2XTJ P; 2P6S A; 4P10 A; 4JI2 J; 5EGY A; 1NSP A; 4DX7 A; 1N36 F; 4Y2C A; 5CZV A; 3EJM A; 1ZZF A; 2CQ2 A; 1JLQ B; 4C3K A; 1VK8 A; 3LP1 B; 2BKO A; 2YQ3 A; 3HHL A; 4DN0 A; 5F0U A; 5L9X A; 3Q8R B; 4Y00 A; 3HDS A; 1OY6 A; 4DZD A; 1UVI A; 3H20 A; 2VL1 A; 3R6G B; 2EFV A; 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