3PUBA

Crystal structure of the bombyx mori low molecular weight lipoprotein 7 (bmlp7)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
VPNDILEEQLYNSIVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVHGNDGRLAFGDGKDKTSPKVSWKFIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNPNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDKDNLFYIYNREYSKALTLSRTLETSGNRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGVKAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the 30 K protein from the silkworm Bombyx mori reveals a new member of the beta-trefoil superfamily
pubmed doi rcsb
molecule keywords 30kDa protein
molecule tags Unknown function
source organism Bombyx mori
total genus 76
structure length 235
sequence length 235
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2400 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3pubA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pubA02
2FDBM 3N7JA 3OBTA 3RSJA 3VWCA 2MC2A 1IILA 4OW4A 3BAUA 4XKIA 4KEIA 1AF9A 4EB2B 4I4VA 3PHZA 4A7YA 3LTQA 1EYLA 3I2XA 2VUAA 4X3AA 2WBCA 4LO3C 4P0LA 1EPWA 4YOLA 4PC4A 4II0A 1YBIA 2HWAA 4KEJA 4JP0A 1CVSA 1CE7B 2D22A 5F8SA 1TWEA 21BIA 2MLLB 4A7KA 1L2HA 3JRRA 3FJAA 1RG8A 4LO2C 4LO7B 2F2FC 1DZCA 2AXMA 1RMLA 1HCDA 2D23A 3N7MA 3O4OA 2I1BA 4GAFA 1G9DA 3F62B 1JLXA 4ZBVB 2BEBA 1TP0A 1Q03A 2KKIA 1S0FA 1JT7A 1EVTA 3WMVA 1NUNA 5EC5A 3IM5A 5BXTA 1G9CA 4JQ0A 3NJ5A 4J2SA 3O4DA 4XFUA 4I4UA 2GO2A 1ABRB 3PG0A 3CRHA 4OUJA 3CA5A 2ERMA 1XZZA 5BOWA 4Z8SB 3N0KA 2Y9GA 4CJMA 1R8OA 4LO0A 4ZA3B 5D61A 4P0JA 2FO1A 3O5WB 5B2HA 3AKIA 2ZR1B 3UDAA 1XHBA 3WA1A 1EV2A 3VEQA 5DUYA 1R8NA 2Y9FA 4ZFWB 1W3FA 3FJBA 3B9UA 3BAGA 3LLPA 3N7KA 1VCLA 4I6IA 2Q3NB 1TWMA 2AFGA 3CU1B 1DZDA 3MPPG 3AZVA 4LO1A 2Q9XA 1DFQA 1AFCA 1XG6A 3BX1C 4DENA 3WINA 1HIBA 4H04A 3UJ4A 3NBEA 6I1BA 1JT4A 4OWLA 1WBAA 2LIEA 1JTCA 2F2FA 3F1RA 2RSTA 3FUQA 1TOOA 1KNMA 1Z4SA 3VSFA 4EFQA 3CRGA 4OEEA 1QQLA 1FN0A 2P39A 2FFVA 4I7IA 5EG6C 2NVHA 4ENDA 2GZBA 4Z9WB 3HSMA 3POKA 4QD2C 3O4CA 3I2AA 1V6WA 2KI4A 1S0CA 3UJ0A 1G9BA 3BRGC 1BLDA 4IQPA 4LO0C 1YTOA 1MC9A 4I4OA 3CA6A 1PUMB 1BA7A 3E8LC 3AJ5A 3OJMA 4J23B 1UPSA 3V0AB 3AH4A 2AQZA 4FGFA 5FZUA 3CQAA 4DCKC 3IM6A 4ZLBB 1K5VA 1HWMB 4HJJA 1ILR1 4I4QA 2D7IA 1IT0A 2X2SA 4LO1C 3P53A 4I0YA 3NBDA 2ZQNA 3WINC 1G9AA 2J3PA 2Z49A 4IONA 2XOAA 1ITBA 1Q1UA 2Y9XE 4Q9GA 1BLAA 3BA5A 2QYIB 4JAWA 4ZGRB 2K4AB 2D44A 3NBNA 1IHKA 3VT0A 3C9ZA 3FGMA 5G00A 4I37A 1Z0HA 2RG9B 5FZZA 4IY8A 3IIRA 4F34A 3A07A 3H6QA 3V79C 2F8XC 1SZ6B 4GP3A 3O49A 3UD9A 3IM7A 5F90A 3HMYA 1GGPB 4GP0A 3OJ2A 1Q04A 1PZZA 1I1EA 3EF2A 1JT5A 2DREA 1S0LA 4X39A 4L4HA 3FJFA 1II4A 3OBRA 5F8WA 3WO2A 3ZC8A 3FJHA 2VU9A 3V0BB 1F31A 1NZKA 4ZFUB 1FWUA 2MIBA 3FJJA 2Y9WC 5HPZA 2NTDA 3VT2A 3Q7WA 1S0GA 4IZEA 3BB2A 5BXRA 3BRFA 8I1BA 3RMYA 4OWKA 1FQ9A 1YYNA 1V6UA 4J2XA 3O3QA 4KC3A 3AKFA 1WD4A 3O4BA 4ZFYB 4GAIA 5F8YA 3V0AA 5EHAA 5BP5A 3PUBA 1JY0A 3CAHA 1YXWA 1J0SA 4WBCA 1HKNA 4JPZA 1FMMS 4FVVA 3CRIA 2DRYA 3O44A 1HWNB 1S0DA 2VLCA 2ZQOA 3FFZA 3FJ9A 1QXMA 4G6MA 5D63A 3VT1A 4EFPA 1Z2VA 3KMVA 5E24E 3BAHA 4EKXB 4A7ZA 1V6XA 4QBVA 2P23A 5FNXA 3H6RB 2UUSA 3AZWA 1MD6A 3RTJB 1S0BA 3BA7A 2K8RA 1IRPA 1BASA 3MALA 4QKSA 3R4UA 4IHZA 1PWAA 1DJSB 3BA4A 2FGFA 2L5XA 2HWMA 4I3NA 5BXPA 4I8MA 1BARA 1XYFA 3RMXA 3S8JA 4R6UB 31BIA 3O4AA 4I4PA 4AN6A 5FZYA 1AVXB 1IJTA 4ZOTA 3Q7XA 3S8KA 1PUUB 2IWTB 2NP0A 3FJDA 2D7RA 4Q91A 2R9KB 1BFFA 4KBBA 3VUOA 3BAVA 3BAQA 3AKGA 4GOVA 1RZOB 3A23A 4I4RA 3WO4A 2VXTI 2X2TA 4QD2B 1ISYA 2E4MA 4OWJA 1AVUA 3FJ8A 4JRAA 4OEGA 4QKRA 2YUGA 3V0BA 2BEAA 4ZKTB 2DS0A 4IY9A 2BFHA 4Q9PA 1SR4A 4G9NA 1QQKA 5BP5C 4KEKA 4USOA 3UD8A 3FJEA 2QN4A 1ISVA 1M16A 4JKQA 2NM1A 1I1BA 4GOYA 1YF8B 3RTIB 2VSAA 4IYBA 4I4XA 4AN7B 1G82A 1TIEA 3AH1A 5DSSB 5BQUA 1WBCA 1K5UA 4ISQA 1DIWA 1ONKB 3AKHA 1T9FA 3QR5A 3FJKA 5JLVA 1HCEA 2HW9A 2VSEA 4EEEB 4LO7C 4I4YA 4XFTA 4QC4A 4JKXB 4X37A 3CA1A 1FV2A 4OEFA 4I1BA 3OGFA 2ESUA 3H6RA 1FMZA 2K43A 1HWPB 3D7WB 1JT3A 1D0HA 2KH2A 1OQLB 3AH2A 3BTAA 3A21A 3AJ6A 3NBCA 3P6JA 3PMEA 4USPA 1AVWB 1A8DA 1V6VA 2E4MC 4J2KA 3P6IA 2D43A 5GAQA 5JMCA 5BVPI 4QO3A 2KI6B 1DQGA 4G1RA 3OJVA 2M49A 1P63A 4P0KA 5BXSA 3BADA 1SR4C 4D8HA 3UD7A 1TTUA 4TLPA 41BIA 2D24A 4XFSA 3K1XA 4EFRA 3W9TA 2LIQA 4QBCA 2ET2A 2WRYA 4D0TA 5FNWA 1FGAA 3FUOA 3VSZA 1W3AA 1WD3A 1T4QA 4X38A 3A22A 3SNVA 4HR6C 4ISRA 1FWVA 1RY7A 5BQUC 2FFUA 3CA4A 2D1ZA 3QYDA 1BFCA 3TC2A 2KLLA 9ILBA 4I4SA 3HBWA 1ISWA 3ZX7A 2IHOA 1S0EA 2NYYA 1IRAX 1ISXA 4H9WA 3WO3A 7I1BA 4LO3A 4I2SA 1DQOA 1M2TB 3JUTA 1W3GA 1DFCA 1DLLA 5D62A 1JLYA 3T8SA 3WMUA 2HZ9A 3OGGA 4I96A 5I1BA 4F83A 1BFBA 2RQ9A 2AAIB 3ZXDA 3IAGC 3BAOA 3FJIA 4LO2A 2Z48A 3ZC9A 3I29B 3HALA 4IZXA 3BRDA 1TFMB 4J2YA 2D20A 1IOBA 3N7LA 4DEPA 4G9MA 3ZXGA 4D0ZA 1PC8B 1FV3A 1JQZA 3FJCA 3ILAA 1HWOB 5DVHA 3Q7YA 5DZUA 1ISZA 3CA0A 3HOMA 3CA3A 4QALA 4L4IA 4I1EA 4G6JA 4HA2A 1E0OA 2DRZA 2VXRA 3R4SA 1AXMA 1AVAC 1N4KA 3H6SE 1BFGA 3HN1A 4P6AA 2NZ9A 4LO8B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E1MC 5CYVA 3OBTA 2G7HA 3IH4A 2KLOA 3IV5A 4OW4A 2CQXA 2ACJA 3BAUA 2BBYA 3WGGA 1UHMA 1AF9A 2QQBA 3DTEA 4XLEA 4NC8A 2QGUA 3LTQA 2ZNZA 2HU9A 3UNGC 3I2XA 2VUAA 3MWMA 3WG9A 4LO3C 1UELB 2E35A 3AG2H 4J19A 1LFPA 3E1SA 1NK3P 1EPWA 4ZZLA 1P9QC 1X1AA 4KN7X 1R9TJ 3TQNA 2QSGX 3PO2J 4KEJA 4BL0B 3KZYA 1CVSA 5F8SA 3ZQGA 1FBSA 4CA0A 3OYKA 3JRFA 3LQRA 21BIA 2H6CA 4RA2A 5LLQA 4BDYA 1BI1A 5IP7J 4HQMA 2NVUB 4LO2C 1KYZA 2PQ8A 4LO7B 4YFXF 4ASNA 2D23A 4I01A 3F62B 4ZBVB 1MBFA 2BEBA 3WTXC 4D9JA 3L2QA 3DKWA 4RLFA 2R93J 1Q03A 3M4OJ 2EINH 3K4LA 2H6BA 3NAUA 3LQQA 3QP5A 2BXZA 5BXTA 3C7JA 3CC2I 4WF2A 1YIJI 2H8RA 1W4MA 3Q9SA 3HGYA 2WV0A 5EYRA 1GV2A 2EFNA 2D5VA 3KEOA 2P0WA 2BV6A 3HKZN 3CA5A 2B0LA 3MQ0A 3IL2A 3HUGB 4PJJA 3N0KA 1RC9A 2VC1A 3ZMUA 5TJJA 4PJMA 2I8DA 1BOAA 3HBLA 2JRTA 1EKEA 3FXRA 5D61A 2R5ZB 1XGNA 1R5ID 4XRSG 4CH7A 3O5WB 4IF4A 2KRCA 5B2HA 2VBYA 1D3YA 3UDAA 2E34A 3NQOA 4ZC3A 2XSDC 3IH2A 1R8NA 2Q8KA 5JFRA 4UB8C 5DEQA 4UXNA 1IJWC 1K6OA 3LLPA 2CWEA 1BC7C 5J4YA 2MA3A 1OCZH 2X1CA 5LHHA 1IAWA 1X2NA 2OPTA 2VC0A 5FLXK 1VCLA 3LFKA 2BY1A 5E3MA 2AFGA 5BOXA 2EFOA 4KIBA 1QVUA 3HGGA 2Y9YA 4XSZF 4Z6YA 3MPPG 4AUXA 1Z05A 1HC8A 4RLQA 3BX1C 4DENA 2WAQA 2X1DA 3SDBA 2K9LA 3QYBA 4DJAA 3K70D 3UJ4A 3WINA 4KISA 1S29A 1KONA 3OR2C 3AL0B 4A3JJ 1JTCA 3CMYA 1FMVA 1SAUA 1KNMA 4C2UA 4FHTA 2ZSHB 2CO5A 3CRGA 1FNNA 3TW7A 1FN0A 4OEEA 5LHGA 2GXGA 2Y0SN 4IRIA 2DT6A 3BTCA 4V2FA 5FJ8J 2ZCWA 2QBYA 3S15J 3HOZJ 2VJ4A 3NRVA 5JHFA 1YJWI 1LDJA 4ENDA 4L0YB 4B47A 5M5YJ 2R7RA 2GZBA 2L3DA 3Q0UA 1W0UA 1KU7A 3HSMA 3POKA 4Z9WB 4EJUA 4R79A 2BXYA 2IJLA 3BTIA 3I2AA 2CQNA 5K5RA 1X4PA 1HDPA 1ZK8A 3A0HC 4C3IJ 4MO7A 4MZFB 3A4CA 2JA8J 5FKKA 4ENKA 4I4OA 3BTLA 2CYYA 2HPIA 3F8MA 3E8LC 1G4DA 2YUSA 3L2CA 2GA2A 4J23B 1WI9A 4RGSA 1DP3A 1MNEA 2EIMH 3W6VA 5FZUA 3MKWB 4EVIA 3RDIA 4HDVA 3PL8A 1OPCA 1MBJA 1I1SA 5DS9A 4HJJA 3JRHA 3IH3A 3LSHA 5CVUA 5FKMA 1ONVA 3MKYB 2UZKA 1FOKA 4C2TA 3IAS2 4LO1C 3HTUA 2VONA 2VXDA 3P53A 1IV8A 2K02A 2PX9A 1YI2I 1SMYF 2G9WA 2VQHA 3S3OA 1G9AA 4KA4A 5L3FA 4ESFA 1W36C 3QPHA 1ITBA 2ESHA 3I3LA 5DCMB 3H92A 4B44A 2ID3A 3FX3A 2O03A 1EH7A 3FDYA 2L4AA 1Z3YA 1F5TA 2XF6A 4ZGRB 1I3QJ 1F43A 1KU9A 2KHMA 2WBMA 3VT0A 2DOFA 2BEOA 5HODA 2EA2A 1MMAA 1R58A 3LSMA 3SEQA 2P8TA 2TDXA 1MMNA 2P4WA 1BR2A 2V7FA 5JLXA 3T8RA 2XC7A 1ZLJA 3CZ6A 4FCYA 1T2KA 1JE8A 3HYIA 4P1WA 4LG0A 2IS6A 1O3QA 1ZTRA 5F90A 4R1HA 2A6EF 4CDGA 1Q04A 2W24A 4RAGA 4P9UA 3DPLC 4IQJA 3PIOF 1LPQA 1I1EA 3EF2A 4QSHA 3HB9A 3PNTA 1MIJA 2DOEA 1GXQA 2CW7A 3A02A 3WTVC 5BPIA 4MEXF 5D6EA 3JR9A 1EF4A 3DP7A 2R7VA 2K9QA 2VBWA 1AA7A 4Y3OA 3WTUC 2LY1A 1NZKA 2VU9A 1U5TC 2ETHA 2ME0A 1OCRH 5HVQC 3K2ZA 2CUJA 1JI8A 3C1DA 3GLXA 4ZH4F 2XIGA 5AONA 3T0YA 2LBFA 2DJIA 3BRFA 3FBNB 1MJ9A 1RR8C 1ZHFA 2IBDA 4I0BA 4L18B 2VPRA 3O3QA 1FWZA 4KC3A 3MN2A 2WV1A 5FROA 3SHFA 3HTSB 4N9IA 2NNNA 2GXAA 2L2OA 2X6YA 2K9SA 3CAHA 1TW3A 2KIQA 1HKNA 1W0TA 2R4GA 3CF2A 4M6VA 1OJLA 2DA2A 2EZKA 2DRYA 2ZMEB 3WHBA 2VLCA 2KPMA 2NXNB 1QXMA 3QRFF 1KA8A 1Z67A 1Z0XA 4G6MA 4BQAA 2QA4I 1T6SA 2Q0OA 3VT1A 4M9SA 1EA3A 3GYHX 4BBSJ 2ZXIA 3IWZA 4EMSA 2P23A 3KP3A 2DODA 3H9QA 2UUSA 2VN2A 1S0BA 5BPDA 2FD5A 1P7JA 4AIKA 3MALA 3MZ8A 3R60A 1OCPA 4CHUA 2VT2A 4P96A 2H09A 3TOAA 4F52A 5GTIC 2L5XA 3BA4A 4XLAA 5FKOA 1OCTC 1ZLKA 4I3NA 2A69F 5IT9K 4BY7J 5BXPA 2XAGA 4I8MA 4FTHA 3PSIA 5J40A 1Z6TA 4AC0A 1FBUA 4R6UB 2MC3A 1BJZA 4UV9A 5M5WJ 4AN6A 5FZYA 1IJTA 2CU7A 3ZMDA 2IT0A 2L7ZA 5EZHA 3DLAA 2KJBA 1SD6A 2DOAA 3D5LA 2CUFA 3EUHA 5GAEJ 1B72A 5LEKA 3F3XA 1BFFA 3VUOA 3M8EA 4GYIA 3GTOJ 4I4RA 2L7MP 1GHCA 4JX5A 2F5DA 2X2TA 4QD2B 2FX0A 3GXOA 4QLCU 1MBHA 2FXAA 4M3FA 3FJ8A 1R4NB 4QKRA 2MC4A 2XDVA 2ZJQF 3F21A 3K4BA 4HF1A 4KYWA 1ETKA 1UFMA 1HBXG 4IY9A 4ZYAA 4G9NA 5BP5C 3BG5A 2DN0A 4L9JA 3RPUA 2E1MB 4M3DA 3BCBA 3M7GA 4USOA 3L2RA 4O3MA 3KEYA 3FJEA 1ISVA 2EBIA 4JKQA 1IN8A 4BQOA 3ABUA 3P7NA 3CQZJ 4I2OA 2HQNA 1YF8B 1XDSA 3LNQA 3BG9A 2VSAA 2LP0A 4NNJA 4IYBA 1G82A 1TIEA 3DU6A 1H9GA 2HFHA 4Q47A 3WTZA 3VYUB 1SVOA 1GV5A 2L01A 2K5CA 2ZXHA 3CJTB 4OU0A 2B7EA 1MSFC 3L2VA 1IDZA 2DMTA 5IP9J 2P6TA 1ONKB 4BYYA 4GXOA 1HCEA 3ZR8X 2EH3A 1FMWA 1X19A 2FRHA 1LKXA 4LO7C 4I4YA 5EGOB 1QZEA 5ICEA 3LOCA 4QC4A 2MABA 4AVZA 3EUAA 5JI6A 1A6QA 2MD5A 2E60A 5HLIA 3OGFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E1M C;  5CYV A;  3OBT A;  2G7H A;  3IH4 A;  2KLO A;  3IV5 A;  4OW4 A;  2CQX A;  2ACJ A;  3BAU A;  2BBY A;  3WGG A;  1UHM A;  1AF9 A;  2QQB A;  3DTE A;  4XLE A;  4NC8 A;  2QGU A;  3LTQ A;  2ZNZ A;  2HU9 A;  3UNG C;  3I2X A;  2VUA A;  3MWM A;  3WG9 A;  4LO3 C;  1UEL B;  2E35 A;  3AG2 H;  4J19 A;  1LFP A;  3E1S A;  1NK3 P;  1EPW A;  4ZZL A;  1P9Q C;  1X1A A;  4KN7 X;  1R9T J;  3TQN A;  2QSG X;  3PO2 J;  4KEJ A;  4BL0 B;  3KZY A;  1CVS A;  5F8S A;  3ZQG A;  1FBS A;  4CA0 A;  3OYK A;  3JRF A;  3LQR A;  21BI A;  2H6C A;  4RA2 A;  5LLQ A;  4BDY A;  1BI1 A;  5IP7 J;  4HQM A;  2NVU B;  4LO2 C;  1KYZ A;  2PQ8 A;  4LO7 B;  4YFX F;  4ASN A;  2D23 A;  4I01 A;  3F62 B;  4ZBV B;  1MBF A;  2BEB A;  3WTX C;  4D9J A;  3L2Q A;  3DKW A;  4RLF A;  2R93 J;  1Q03 A;  3M4O J;  2EIN H;  3K4L A;  2H6B A;  3NAU A;  3LQQ A;  3QP5 A;  2BXZ A;  5BXT A;  3C7J A;  3CC2 I;  4WF2 A;  1YIJ I;  2H8R A;  1W4M A;  3Q9S A;  3HGY A;  2WV0 A;  5EYR A;  1GV2 A;  2EFN A;  2D5V A;  3KEO A;  2P0W A;  2BV6 A;  3HKZ N;  3CA5 A;  2B0L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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