3PUBA

Crystal structure of the bombyx mori low molecular weight lipoprotein 7 (bmlp7)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
VPNDILEEQLYNSIVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVHGNDGRLAFGDGKDKTSPKVSWKFIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNPNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDKDNLFYIYNREYSKALTLSRTLETSGNRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGVKAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the 30 K protein from the silkworm Bombyx mori reveals a new member of the beta-trefoil superfamily
pubmed doi rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Bombyx mori
molecule keywords 30kDa protein
total genus 76
structure length 235
sequence length 235
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2400 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3pubA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pubA02
3V0AB 2ESUA 1J0SA 1SZ6B 4IZXA 4IQPA 2K8RA 4IONA 4JKXB 4G6MA 4JRAA 4QKRA 3UD9A 3B9UA 1S0DA 4H04A 1RG8A 2RSTA 3V0BB 3OBRA 1HIBA 3CRIA 5FZUA 3A07A 3AH2A 2KH2A 3OBTA 3SNVA 1FN0A 3WO3A 4QD2B 4X3AA 2E4MC 4I6IA 1NZKA 3MPPG 3A21A 1Q1UA 4XFUA 1BFCA 3N7MA 1D0HA 1ITBA 3F62B 1HWPB 1OQLB 1FMMS 3H6QA 2ET2A 3AKFA 1JLXA 3WO2A 4LO1A 2X2TA 1YXWA 2AXMA 2AQZA 3CRHA 4IYBA 4ZOTA 4I4UA 4I4VA 4AN7B 4QBVA 2IHOA 1K5UA 3CU1B 3FUQA 2NYYA 1G9BA 31BIA 4KBBA 2HW9A 3AZVA 4QKSA 3RTJB 2GO2A 2VLCA 3O4BA 2ERMA 2FFUA 4I7IA 3AKGA 4GAFA 1S0FA 2L5XA 5EHAA 1Z0HA 2NTDA 3QYDA 4A7YA 1JT4A 4FGFA 1XYFA 2BEAA 1PC8B 4LO7C 2K43A 3EF2A 1FGAA 2QYIB 41BIA 1HWNB 1T4QA 2Q3NB 4L4IA 4OWJA 3OJMA 3WINA 4KEKA 3NBEA 4LO1C 4XFSA 4CJMA 1JTCA 4TLPA 4P6AA 3O4CA 5BOWA 1V6WA 2Y9WC 1A8DA 1TOOA 3K1XA 5BQUA 4QD2C 4ISRA 4I37A 2VUAA 3R4SA 4I2SA 3MALA 3UJ4A 1FWVA 5JLVA 3C9ZA 3CRGA 1BLAA 3O4OA 1QQLA 4ZGRB 3O4DA 1BA7A 2FFVA 2KLLA 5FNXA 2Y9FA 3O49A 1YYNA 1IILA 5D62A 1TTUA 2Z49A 4USOA 1FV2A 5EC5A 1MD6A 4HJJA 3QR5A 2E4MA 4WBCA 3N7KA 4Z8SB 3O44A 4ISQA 4R6UB 7I1BA 4GP3A 5GAQA 2DS0A 3JRRA 3IM7A 4X39A 4G6JA 3I2XA 4A7KA 1BASA 1RZOB 3VT2A 3BADA 1CE7B 2ZQOA 1IJTA 1BARA 1S0GA 4EEEB 2MLLB 3BAGA 4IY8A 2NM1A 3H6RB 1FV3A 3HBWA 3FFZA 2VSAA 4X38A 1HWOB 4GP0A 4Q91A 2F2FC 3PG0A 5HPZA 1FQ9A 1YBIA 3PMEA 3VEQA 3BA7A 2XOAA 3H6SE 3RSJA 4OEGA 3BTAA 4AN6A 4A7ZA 3N0KA 1G9CA 3BA4A 4I1BA 3BA5A 3V0AA 4L4HA 4DEPA 2P23A 2F8XC 3KMVA 3A22A 3BAVA 2D23A 3FJAA 5F90A 1XHBA 4EB2B 3AKIA 3O3QA 1EPWA 2FDBM 3OGFA 3VWCA 3POKA 3P6JA 3ZC8A 4D0ZA 3V0BA 3BRDA 3RTIB 4I4XA 4J2XA 3V79C 3CA6A 2VXTI 3ZX7A 3CA1A 4D0TA 5FZYA 2HZ9A 2D7IA 4OEEA 3A23A 4LO2C 4P0JA 4P0LA 3W9TA 1TFMB 4ENDA 3CA4A 1XZZA 3TC2A 3NBNA 1JQZA 1IOBA 2Y9XE 5I1BA 3P6IA 3BRGC 2D1ZA 2K4AB 3UD7A 4Q9GA 3E8LC 3Q7YA 1K5VA 4ZFUB 1L2HA 2DRYA 1BFFA 1QXMA 5EG6C 3I29B 3AJ5A 1GGPB 4LO0A 4OWKA 1WD3A 2ZQNA 2FGFA 3Q7WA 1QQKA 3I2AA 4GAIA 3WMUA 2GZBA 1HCEA 5DVHA 3IAGC 2KKIA 4QALA 1HKNA 1EYLA 1IHKA 4D8HA 3FGMA 5DSSB 1ISXA 3AZWA 1EV2A 1KNMA 1S0CA 2RQ9A 9ILBA 4JPZA 2UUSA 3VT1A 4GOVA 1AF9A 4KEIA 2FO1A 2HWMA 1DQGA 1BFBA 2M49A 3UJ0A 4LO8B 2YUGA 2KI6B 4OUJA 4IHZA 1ISWA 2F2FA 4ZKTB 1V6UA 2RG9B 1EVTA 4HA2A 2BFHA 4LO3C 3AKHA 3BAOA 2AAIB 2KI4A 3FJIA 4J23B 1ILR1 1ABRB 4EFPA 3NBCA 4ZBVB 1BLDA 1M16A 5D63A 4LO0C 4DCKC 1FWUA 1I1BA 4II0A 5DUYA 5G00A 5BXSA 1F31A 5BP5C 1Z4SA 3WA1A 4EKXB 1WBCA 2NZ9A 1MC9A 4EFRA 3FJFA 1AVAC 3S8KA 4KC3A 3HALA 1R8NA 2HWAA 1DLLA 1PZZA 3IM5A 4I4QA 3CQAA 1HCDA 3ZC9A 1I1EA 3JUTA 1G9AA 4JKQA 1S0LA 3WMVA 1CVSA 1DJSB 1V6XA 4F83A 2DRZA 4LO2A 3BX1C 2VXRA 4J2SA 3CA3A 5F8SA 2P39A 3ZXGA 1RY7A 1AVXB 4JP0A 3UDAA 1W3AA 3BAUA 3F1RA 4OEFA 2VSEA 4KEJA 3FJDA 4J2YA 1JT7A 3AH4A 5F8WA 1RMLA 3AJ6A 3O5WB 3FJBA 1TWMA 3PUBA 1YF8B 2D24A 2NP0A 1DFQA 3N7LA 3FJ9A 1G9DA 2Q9XA 1Z2VA 2MIBA 3BRFA 3H6RA 2IWTB 1JT5A 3OGGA 4G9MA 4I4PA 3VUOA 1PWAA 3O4AA 6I1BA 1AXMA 4HR6C 4ZFYB 1UPSA 1TIEA 2D22A 3UD8A 3HN1A 4I4RA 3LLPA 1V6VA 3BAHA 5D61A 4XFTA 2D20A 5F8YA 4H9WA 4I4OA 4IY9A 1ISYA 3CA0A 3ZXDA 3ILAA 3FJEA 1II4A 2Z48A 3FJCA 4ZA3B 2LIEA 8I1BA 1R8OA 3RMXA 1SR4A 5DZUA 2Y9GA 3WO4A 1WD4A 4OW4A 5FZZA 1S0EA 3NBDA 3PHZA 2DREA 3HSMA 1AVUA 2X2SA 4JQ0A 1IRPA 4G1RA 4LO3A 1S0BA 3CA5A 4DENA 2MC2A 4X37A 3S8JA 4JAWA 4OWLA 3IIRA 2VU9A 2BEBA 4ZFWB 2WRYA 3T8SA 3P53A 5BXRA 5E24E 1ISVA 1XG6A 1AVWB 5BP5A 1W3FA 4XKIA 4YOLA 1PUUB 3R4UA 3IM6A 4QC4A 3FJHA 3OJ2A 4I4SA 4Q9PA 4I1EA 2NVHA 2ZR1B 3BAQA 2J3PA 4QO3A 1G82A 3D7WB 4I4YA 1DZCA 1IT0A 4Z9WB 1NUNA 4ZLBB 1SR4C 1ISZA 5BVPI 1M2TB 4FVVA 3VSFA 4USPA 2AFGA 3FJ8A 1HWMB 5BXPA 1E0OA 1TP0A 2QN4A 1DFCA 1JY0A 3RMYA 1JLYA 4GOYA 2I1BA 3N7JA 2D44A 5JMCA 4QBCA 1DQOA 5BXTA 4I96A 2WBCA 2LIQA 3VSZA 1Q03A 5FNWA 3VT0A 1P63A 4I8MA 4I3NA 3NJ5A 3FJKA 1JT3A 3CAHA 1VCLA 3AH1A 3BB2A 1T9FA 3OJVA 1DIWA 3HOMA 3WINC 4IZEA 1WBAA 4F34A 1IRAX 1Q04A 4G9NA 4I0YA 4P0KA 4EFQA 3LTQA 4PC4A 3HMYA 5B2HA 1TWEA 3FUOA 21BIA 1AFCA 1DZDA 3FJJA 1N4KA 1W3GA 1YTOA 1ONKB 1FMZA 4J2KA 1PUMB 2R9KB 5BQUC 2D7RA 3Q7XA 4LO7B 1BFGA 2D43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LYCA 3HOUJ 1IN4A 2V6CA 5C3EJ 2L2OA 2WY8Q 3UKGA 4ZTJA 4HV6A 3FXKA 3HOZJ 1W1WE 1GHCA 2P5LC 2Z3YA 2V1DA 2OQGA 2AS5F 2K7LA 2DA2A 2EV5A 1FP2A 2CGPA 3MAJA 4Y15A 1O3TA 4JRAA 3Q5FA 3FXQA 4H04A 3G2BA 5DTDA 4ENMA 1JHHA 1S7OA 3DKYA 3A07A 2IRFG 4YFNF 5DUIA 1R5HA 3FXMA 4C2MJ 2HOEA 2QQAA 2QBYA 1KQ0A 2OF7A 2V4JC 3SNVA 1R1UA 4XBFA 1W0TA 4X3AA 4ZDPA 5B1AH 4MFDA 2WAFA 3K4CA 2H6CA 5F27A 2Z33A 3A21A 2UV1A 3VYSB 1X4PA 2JVGA 4LD5A 3W3CA 3KP6A 2PI0A 3N7MA 4A5MA 2VONA 1K83J 3F62B 1IN5A 4D5CA 1T39A 3WE2A 4BXFA 3HTSB 4NHJA 4XMYA 2ZMEC 5LGNA 2A68F 1WHUA 4L9VA 4U0WA 1JLXA 4Y13A 4BGDA 4A3LJ 4AD9A 3J7AY 3TQNA 4CICA 1A6QA 3DXJF 3FDYA 4AUXA 3CRHA 3L00A 4GYIA 2E2HJ 4H75A 1TTYA 3H9JA 4I4VA 3OSGA 1J5YA 4QBVA 2JK3A 1REPC 2LKPA 4LJZF 3C1DA 5AONA 3W2WA 1X1BA 1K5UA 2NYYA 4E7HA 1ZG3A 2DT5A 2FQ3A 3AZVA 4FETA 2VLCA 4IRIA 2ERMA 3O8HA 5CVUA 2M2EA 3FX3A 4MIMA 3AKGA 1R1TA 2GXBA 4L0YB 5EHAA 1TT5B 4M71A 5H2FC 3CCRI 2ELHA 2JUCA 4XICA 1WJ5A 1OPCA 1G3SA 2EZLA 4C3JJ 3BCAA 1PUFA 4E7LA 1CF7A 1DGWY 2QYIB 4Y33A 2GIVA 4M9ZA 3J81K 1T4QA 3V8KA 2E7XA 5HDKA 1A6IA 5BNGA 1RKTA 3V42A 4Q5SF 4KEKA 2L0KA 3F6VA 2VE8A 1TT0A 3MKYB 1P6RA 2VB6A 3BJOA 3TP3A 3H92A 2M7BA 4U0YA 3BWGA 2NVUB 5L3EA 1QQIA 2CWEA 2NVQJ 2IBDA 3DLAA 4G94A 2Q8KA 1XS9A 3A0HC 4EJTA 1OYIA 2R7SA 1I50J 4N4OB 4RAFA 3SQNA 2EIMH 4OMYA 5BQUA 1BR2A 3CDLA 4BJ5C 3WTVC 1HW2A 4ISRA 3GO5A 2MG4A 5ICFA 4RM3A 5D5WB 3HIFA 2HXOA 3PIOF 3MD2A 1TWAJ 5D5VB 3BG7A 5JLVA 5IP7J 4E7SA 3O4OA 1LFBA 1ZHFA 4RB2C 1WJAA 2GM4A 3O4DA 4HF1A 3VSLA 4KUMA 3HB9A 4EJWA 1AKHB 4D1QA 5FNXA 4XIDA 4XQFA 1GV5A 1U5TB 2O9LA 2Y9FA 4LG3A 1V4RA 4U88A 1I1GA 1D8JA 2ZKZA 2Z49A 5EC5A 2WAQA 5CQEA 4HJJA 1QO0D 1X19A 3BTJA 2E4MA 3N7KA 3DQVC 5EEGA 4R6UB 1FOWA 1TNTA 5H6QA 4Z8SB 2W25A 7I1BA 3D0SA 3D1NI 4WXCA 1B8IB 1FBSA 2W57A 3CCSI 3J81Z 4X39A 4G6JA 2RGVA 3FF5A 4R1HA 1BASA 1RZOB 1OCZH 2JA6J 4A0YA 4FT8A 2WA0A 2CQKA 1CE7B 2KPMA 3NWTA 3VODA 2XKOA 4I01A 4EEEB 2DA6A 2WBMA 4GDFA 1MBEA 2BVMA 1NK3P 2MLLB 4RM2A 1ZG5A 1PYVA 1WI3A 4ANJA 2P7VB 3R60A 2VSAA 4X38A 1ZYRF 1JHFA 1ZARA 4Q91A 1PP7U 2P0WA 3PG0A 2LTPA 2P6TA 1YQAA 3LFUA 5HDGA 4GCVA 3WHBA 1R6RA 3I55I 2VJ5A 1VQOI 2DU9A 3VEQA 3GFIA 1BC8C 4F3QA 1BI3A 1QZZA 2QZ8A 5BQTA 4AYBN 3JRFA 1P2FA 5E20A 2MABA 3OS2A 3W6VA 1R5GA 3TW7A 4AN6A 3N0KA 1G9CA 2RQQA 4I1BA 1RPWA 3LL7A 4ZDOA 4DEPA 2F8XC 5KCMA 2O61A 2HOSA 3KMVA 1KQ8A 3MFKA 1PUEE 3O3QA 3FXRA 2DMTA 2RNGA 1LUJB 2A61A 1QVTA 3V7SA 3S1RJ 1U5TC 3CJTB 5DCFA 3RTIB 4I4XA 3I54A 3K1PA 4RAZA 3CA6A 3GZ5A 4W1UA 3GVAA 1MH4A 1U9OA 2M1BA 3RKXA 2L9RA 5FLVA 1J75A 1Y1WJ 1WWXA 2PBIA 1MDMA 1TFMB 1MNEA 3E6DA 4CYDA 1IN7A 1MZBA 3HSEA 1JXSA 5B5EC 4PFPA 4D7NA 1DQUA 2M3AA 3HL2A 2ME6A 3PQJA 3NBNA 4BE2A 1Z6RA 2JPCA 1VQ7I 4DJAA 3Q0UA 5I1BA 1KZHA 3C2HA 4DW6A 4EJUA 2K4AB 3BCBA 1MJBA 2UWMA 1E17A 3H0DA 3ABMH 4ZFUB 2DRYA 2ME0A 1D0ZA 1R4MB 2JSCA 2UXNA 1HC8A 3SDBA 3M7GA 1WD3A 3FM3A 2ZQNA 2DCEA 1IF1A 1X3WB 2LRDA 2RV8A 4OOIA 3HOXJ 2EK5A 2WAEA 1QQKA 4GAIA 2YU3A 5LRSA 1HKSA 5H20A 4MGRA 1E3OC 1JKQC 4KFCA 4XOPA 1FYKA 3VYTB 4BQNA 1MIJA 4S04A 3ZQCA 5F1RA 2XRNA 4HW0A 5DSSB 3AZWA 2RQ9A 1S0CA 4NQWB 3FHZA 2OCEA 5DUKA 2RAEA 9ILBA 4JPZA 4WWCA 5GPCA 2AXLA 3CLQA 1J09A 5H6RA 3W2AA 2QQBA 4KEIA 2FO1A 2WC2A 5CVJA 4IHSA 3A01B 2JA7J 1DQGA 3NAUA 3GLXA 3F9KA 3JRCA 2R7RA 1HKTA 2BGCA 3CD6I 1QZYA 4OUJA 2M30A 3L2VA 5D4SA 1ETVA 2GXAA 3OYNA 2RG9B 2VASA 2DODA 2KJBA 4HOBA 1RI7A 3ABUA 2H27A 4LO3C 1VI0A 2F4OB 3ZMVA 3N4MA 1UG2A 1QA6A 5KAIC 4XRMA 4KA4A 3WG9A 1M16A 5DV5A 3RYPA 3ZCOA 1AWCA 1WZ2A 1IN8A 2CFOA 4LO0C 2V7FA 4DCKC 5GTIC 4ON0A 2XGCA 3GZ6A 4HEA2 3S15J 5KK1A 3WA1A 3OOUA 1MNMC 2IEKA 1WBCA 2NZ9A 2NRAC 1MH3A 3HHGA 2JRTA 1JJ8C 4HF2A 1RNLA 1MC9A 1MMSA 1W5TA 1ETQA 4A69C 1AVAC 3S8KA 1R8NA 2HWAA 5DYMA 4U87A 1G6NA 4I4QA 2RNJA 2W48A 1WJDA 1R7JA 3MKZA 1P4WA 2NS8A 5GAEJ 2QBYB 2RKHA 1UHWA 2L4AA 1LB2A 2ZC2A 3BZ6A 1I1EA 3JUTA 1WH5A 1G9AA 4E7KA 3P7NA 1DJSB 1V6XA 2MFZA 1WQ2A 1YW7A 3TBIA 5K5QA 2Y75A 2FXAA 3CA3A 1U3EM 4B3AA 1ZQ3P 4RB0A 1QGPA 2D2WA 4JP0A 2X4HA 4IEJA 3OOPA 4PK4A 2OZ6A 5ICGA 3G6EI 3DPTA 3O8GA 3TMOA 1YIOA 3LSRA 3RI4A 2QSFX 1RMLA 5F8WA 5LGTA 5HLTA 3RIRA 3KZZA 2KHMA 3E0JB 4XKBA 3K7AJ 1TWMA 4CXFA 2NP0A 1DFQA 3N7LA 4XR6A 1LFUP 2M45A 1G9DA 1SMTA 4I4PA 1BN5A 5FRNA 4HBLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LYC A;  3HOU J;  1IN4 A;  2V6C A;  5C3E J;  2L2O A;  2WY8 Q;  3UKG A;  4ZTJ A;  4HV6 A;  3FXK A;  3HOZ J;  1W1W E;  1GHC A;  2P5L C;  2Z3Y A;  2V1D A;  2OQG A;  2AS5 F;  2K7L A;  2DA2 A;  2EV5 A;  1FP2 A;  2CGP A;  3MAJ A;  4Y15 A;  1O3T A;  4JRA A;  3Q5F A;  3FXQ A;  4H04 A;  3G2B A;  5DTD A;  4ENM A;  1JHH A;  1S7O A;  3DKY A;  3A07 A;  2IRF G;  4YFN F;  5DUI A;  1R5H A;  3FXM A;  4C2M J;  2HOE A;  2QQA A;  2QBY A;  1KQ0 A;  2OF7 A;  2V4J C;  3SNV A;  1R1U A;  4XBF A;  1W0T A;  4X3A A;  4ZDP A;  5B1A H;  4MFD A;  2WAF A;  3K4C A;  2H6C A;  5F27 A;  2Z33 A;  3A21 A;  2UV1 A;  3VYS B;  1X4P A;  2JVG A;  4LD5 A;  3W3C A;  3KP6 A;  2PI0 A;  3N7M A;  4A5M A;  2VON A;  1K83 J;  3F62 B;  1IN5 A;  4D5C A;  1T39 A;  3WE2 A;  4BXF A;  3HTS B;  4NHJ A;  4XMY A;  2ZME C;  5LGN A;  2A68 F;  1WHU A;  4L9V A;  4U0W A;  1JLX A;  4Y13 A;  4BGD A;  4A3L J;  4AD9 A;  3J7A Y;  3TQN A;  4CIC A;  1A6Q A;  3DXJ F;  3FDY A;  4AUX A;  3CRH A;  3L00 A;  4GYI A;  2E2H J;  4H75 A;  1TTY A;  3H9J A;  4I4V A;  3OSG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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