3PUBA

Crystal structure of the bombyx mori low molecular weight lipoprotein 7 (bmlp7)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
VPNDILEEQLYNSIVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVHGNDGRLAFGDGKDKTSPKVSWKFIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNPNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDKDNLFYIYNREYSKALTLSRTLETSGNRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGVKAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the 30 K protein from the silkworm Bombyx mori reveals a new member of the beta-trefoil superfamily
pubmed doi rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Bombyx mori
molecule keywords 30kDa protein
total genus 76
structure length 235
sequence length 235
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2400 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3pubA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pubA02
1DZDA 4XKIA 4I2SA 4ZFYB 1QQLA 4IHZA 1BFBA 4QALA 4QBVA 4KC3A 4J2XA 1ONKB 3HOMA 2ERMA 4J2SA 1S0CA 4GP3A 4PC4A 1AVXB 2IWTB 5BP5C 1V6VA 3NBEA 3WINC 1BFCA 3BRFA 4I4QA 4Q91A 3FJHA 5GAQA 4IY9A 2LIQA 2QYIB 1EVTA 3FJ8A 4JKQA 3HBWA 1BLAA 2ESUA 3O3QA 4LO7B 4X3AA 3BAUA 5HPZA 4J2KA 4ZOTA 3MPPG 3B9UA 2BFHA 3AJ5A 3O4BA 4H9WA 4EFPA 3FUOA 1XHBA 4I8MA 4OWKA 3VEQA 2KLLA 3AZVA 2MLLB 3FJIA 1ITBA 3I2XA 4AN6A 1FMZA 3RTJB 1JLYA 1Q03A 4I0YA 31BIA 4I4PA 3QR5A 3VT0A 3BX1C 3BAHA 4I1BA 4J2YA 3IM7A 1DLLA 4IZXA 3WMVA 1UPSA 4A7ZA 5BVPI 3AJ6A 1DJSB 3VT1A 2RG9B 4DCKC 1JT4A 4ZBVB 1S0BA 4I96A 5BP5A 3WINA 3V0BA 3P53A 4Q9PA 4OW4A 2LIEA 3VSFA 1HKNA 3H6RA 4JRAA 1S0GA 4CJMA 3CA0A 3AKGA 5DUYA 5BXSA 1TFMB 1TOOA 4LO8B 3VUOA 1JT3A 4ZA3B 1JQZA 3K1XA 3CRHA 2X2TA 2YUGA 1FWVA 4I37A 4G6JA 1YXWA 3LLPA 2Y9GA 1DQGA 2HWMA 3BB2A 4ISRA 2FO1A 4JQ0A 3SNVA 3OJMA 1ABRB 3A21A 2D7RA 4YOLA 3OGGA 1G9AA 8I1BA 3PHZA 1BA7A 1QXMA 4L4IA 1AVAC 4QKRA 4I7IA 2D24A 2IHOA 1DFCA 3I29B 3AKFA 2WRYA 4F83A 3BADA 5DVHA 2NVHA 4G6MA 4P0KA 1ISWA 4LO2A 2ZQNA 1BASA 9ILBA 4EEEB 5FZZA 2R9KB 3JRRA 2ZQOA 1OQLB 4KEIA 4XFUA 3ZXGA 2HWAA 1Q04A 3WA1A 4A7KA 4GAIA 2DRYA 1J0SA 5DSSB 4II0A 3S8JA 4KEJA 1NZKA 2BEBA 1XYFA 3BRGC 1YTOA 3IM5A 4ZKTB 3CA6A 3N7KA 1HWPB 2F2FA 1N4KA 3AH4A 3ILAA 4I4UA 4QO3A 2I1BA 4I4VA 1II4A 1ISYA 4WBCA 4QC4A 1L2HA 2X2SA 4GAFA 2FDBM 2NP0A 1A8DA 2D1ZA 3BAOA 3O4AA 4LO0A 2BEAA 3FJJA 1WD3A 2DS0A 3H6QA 3FUQA 2FGFA 4P0LA 4I4RA 1GGPB 2NM1A 1BLDA 1S0LA 3O4OA 3WO3A 1CE7B 1F31A 1RY7A 1EPWA 4G9NA 1MD6A 1BARA 5FNXA 5FNWA 2WBCA 2VU9A 3FJFA 3HALA 4J23B 1E0OA 1WBAA 4XFTA 3RSJA 1TP0A 2AQZA 3AH2A 3F62B 3HN1A 4D0ZA 3NBDA 3ZX7A 1JT5A 2VSAA 5F8SA 4EKXB 5JLVA 1JY0A 2P39A 1I1BA 5F90A 1K5VA 2VXTI 2ET2A 1V6XA 1Z2VA 4IZEA 1SZ6B 1DZCA 3VWCA 1DIWA 3V79C 3A23A 1PUMB 5BQUA 5DZUA 5BXTA 1G9BA 2E4MA 4G1RA 4ZLBB 4EFRA 3D7WB 4LO2C 1G82A 4JAWA 3RTIB 1RMLA 1JLXA 4I3NA 1HCEA 1EV2A 4Q9GA 3OJ2A 2D7IA 3AH1A 4DEPA 4LO7C 4GP0A 3FJAA 3FJEA 1V6WA 2D43A 3T8SA 3IM6A 1JT7A 1S0FA 1WD4A 1Z0HA 3PG0A 3BA4A 3C9ZA 3Q7XA 4Z8SB 2KH2A 3IAGC 3CAHA 41BIA 5D62A 5FZYA 3RMYA 1DQOA 2NZ9A 2ZR1B 3V0AB 3CA5A 2F2FC 3TC2A 4ZFUB 3BTAA 3I2AA 3BA7A 2HW9A 3FJ9A 3IIRA 1TTUA 2D20A 3UD8A 1HCDA 2RSTA 1Z4SA 1I1EA 4LO3A 1T4QA 5D61A 2K43A 1FN0A 4X37A 4P0JA 4I6IA 1SR4C 3FJKA 4QD2B 4LO0C 4ZFWB 3ZC9A 1ISVA 4P6AA 3BAGA 1PUUB 2M49A 3O44A 4H04A 1MC9A 1TWMA 4JPZA 2K4AB 2GZBA 4JKXB 3OBTA 1PWAA 3ZXDA 2D44A 4OWJA 2DRZA 4Z9WB 2VLCA 3BAQA 4HJJA 2VXRA 1AF9A 2KI6B 1YBIA 1IJTA 2VUAA 4XFSA 21BIA 1RG8A 3OJVA 4TLPA 4USPA 4KBBA 2FFUA 3EF2A 5EG6C 1QQKA 3E8LC 2KI4A 5I1BA 3BA5A 3KMVA 5BXRA 4OWLA 2K8RA 3FFZA 4USOA 1AXMA 3CRIA 4GOYA 5BQUC 7I1BA 1EYLA 1FMMS 2E4MC 3HMYA 2D22A 4IQPA 3P6IA 1HIBA 1V6UA 1W3GA 4A7YA 2HZ9A 4ENDA 1W3FA 3CRGA 1AVWB 1FWUA 1T9FA 3NBNA 2Y9WC 3CA4A 1XG6A 1IT0A 3RMXA 1SR4A 3CA3A 1RZOB 1FGAA 2Z48A 3Q7WA 4OEGA 4IYBA 1FV3A 2MIBA 1IILA 2RQ9A 3W9TA 1FV2A 4HA2A 3OGFA 3FGMA 4I4YA 1D0HA 4I4SA 4I1EA 3OBRA 1AVUA 2Y9XE 4QBCA 3S8KA 1CVSA 1P63A 1IOBA 4G9MA 2AAIB 1K5UA 2DREA 3ZC8A 1ISXA 1FQ9A 4LO3C 3AKHA 5D63A 2L5XA 4DENA 3V0AA 5FZUA 4R6UB 1PC8B 1S0EA 2F8XC 4FVVA 4X38A 4FGFA 1ILR1 3WO4A 1HWMB 3FJCA 2D23A 5B2HA 3FJDA 2Y9FA 4I4XA 3N7JA 5JMCA 4LO1A 1HWOB 3O4DA 3UDAA 4QKSA 6I1BA 1IRPA 1M2TB 2GO2A 2VSEA 3QYDA 2AFGA 3NJ5A 1G9DA 5E24E 2J3PA 4OUJA 2FFVA 3BRDA 3MALA 3P6JA 1PZZA 3POKA 1G9CA 4KEKA 1BFFA 5F8WA 1WBCA 2UUSA 2Q3NB 4EFQA 4IONA 1YF8B 3A22A 3N7MA 3AZWA 1BFGA 2P23A 1KNMA 4OEEA 3VT2A 5G00A 3UD9A 4X39A 4IY8A 1W3AA 1VCLA 3O49A 3O4CA 1R8OA 1JTCA 2NTDA 3UJ4A 3UD7A 3R4SA 1XZZA 3LTQA 1NUNA 5BOWA 1M16A 4ZGRB 3PMEA 3N7LA 5BXPA 2Q9XA 3CU1B 3NBCA 2MC2A 3HSMA 4ISQA 1DFQA 4EB2B 2QN4A 3WMUA 3O5WB 3FJBA 3H6SE 3CQAA 3N0KA 1IRAX 1Q1UA 2AXMA 3BAVA 4I4OA 3UJ0A 4D0TA 3WO2A 3V0BB 5EHAA 3PUBA 4L4HA 2Z49A 3A07A 4F34A 1TWEA 3R4UA 3CA1A 1HWNB 4AN7B 1IHKA 3H6RB 3JUTA 4HR6C 1S0DA 2NYYA 1ISZA 5EC5A 1YYNA 4JP0A 1R8NA 5F8YA 3F1RA 3AKIA 2KKIA 4LO1C 4QD2C 2XOAA 3Q7YA 4D8HA 1AFCA 1TIEA 4OEFA 4GOVA 3VSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W2VA 4XKIA 4KISA 1SD4A 1F5TA 4AIHA 1UAAA 1T33A 4NC7A 5E17F 2FBHA 2DN0A 2VLAA 2HWVA 3FX3A 2DT7B 4D0PA 3HOMA 3Q9VA 3NARA 4D7NA 2PMZN 1VQKI 3A1YA 3FXOA 2CU7A 3DPTA 3OYHA 1X3WB 3CCMI 4GP3A 4PC4A 1BN5A 1AVXB 3JRHA 5BP5C 1D8JA 5DD4A 4CHUA 1T0FC 2E34A 1Z21A 3K4MA 3BRFA 4CSWA 3GMEA 3EYIA 1SFEA 1YOVB 3W2AA 5GAQA 1XDUA 2H8RA 1MBHA 2QYIB 4ZC3A 3E7LA 1R5HA 2JPCA 1EVTA 2EINH 2HPMA 4JKQA 4RB3C 5LEKA 1IN7A 4N4NB 2BY1A 3OS0A 3O3QA 4BKXA 2X6WA 2X6OA 2BVMA 2WBMA 4XSZF 3S8PA 3BAUA 3M9AA 4OMYA 2FMLA 5IYBJ 1U0JA 3ONQA 3HOWJ 3OL3A 3CP8A 4ZOTA 2F5VA 4AC0A 2DPUA 3S2WA 1MMSA 4M9SA 4XR6A 2KIMA 2BFHA 3WTWC 3AJ5A 9ANTA 3RDIA 2KT0A 2VT2A 3D5RC 4ZYEA 5BQTA 5HNHA 4BXXJ 2F4MB 4CCNA 2P5VA 2Z33A 4OWKA 2EQRA 3KP7A 4NUBA 2CJJA 1P4AA 2EV0A 2HXOA 5E20A 3FKIJ 3CUQB 4PFOA 3RQIA 1X3UA 4LIVA 3Q3SA 4AN6A 1HC8A 3K1NA 1XD7A 1OYWA 2E1OA 1YFHA 1XB4A 1BR4A 3VT0A 4WXHA 1OQYA 2FEZA 4CGZA 1G3TA 5AIQA 2W25A 1T38A 2KIQA 4A7ZA 3DKXA 4IL6C 2XAJA 5F08A 3AJ6A 1XN7A 3ZGKA 3H9QA 3NAUA 3VYRB 1FY7A 1DGWY 2K9SA 2K4JA 3D5LA 4EVIA 1I1GA 2X6YA 2MA3A 3EUHA 4BDZA 2JSCA 2PX9A 3OIOA 3V0BA 1Y6IA 1R1VA 3VFZA 3P53A 4Q9PA 1FYMA 2E5NA 1YX5A 2P7VB 2V4JC 2NOJB 3L7WA 2AXTC 3L00A 1HOMA 3VSFA 3ZQFA 1X3ZB 2L7FP 4AUXA 2BEOA 2BHZA 2O6GE 3E3VA 4B3AA 5TRDA 3RPUA 3LNQA 1XDSA 3GXOA 3VYSB 4QLCU 1TFMB 4KMUX 4A6DA 1TOOA 2JRTA 2CV1A 1JT3A 1JQZA 1ETKA 1FWVA 3BCBA 5K7ZA 2P6TA 2QUFA 4PUSA 2P8TA 1BR1A 1JUSA 2H1LA 3OYJA 2HWMA 3CP2A 4JQ0A 3Q0VA 3HOXJ 2R7ZJ 3K10A 1IZ1A 4II2A 4BE0A 2Y31A 2Z99A 4XKCA 5HDGA 1FOXA 3CESA 2K86A 3LQRA 1FWZA 1KQ9A 5F0FA 3TP3A 2KIFA 4NB5A 2QLZA 1HBXG 2ID6A 1WJBA 2PJPA 3AKFA 2ZMEA 1W36D 3BADA 4BAYA 2EK5A 4G6MA 4P0KA 1P9QC 1BJAA 4EJOA 2MYSA 2UWMA 9ILBA 1T56A 3ZCOA 4XRFA 5LD2C 4EEEB 2R9KB 3V7CA 2E2HJ 1R49A 3GBGA 2HDCA 3DTIA 1REPC 3CCYA 4KEIA 1GXQA 2HWAA 1Y56A 3HRTA 1YS7A 5EDNA 3GTPJ 1GV2A 1SD5A 3DPLC 5DSSB 1D1BA 3DBHB 3M8EA 4II0A 3S8JA 3T1BA 3OYGA 4ZTJA 4KEJA 4XOPA 1IRFA 3V7RA 3LSPA 2KDZA 5FRMA 3BRGC 3I5UA 4UUTA 3IM5A 1YS6A 4B09A 2DA2A 1UCRA 3AAFA 4JYKA 5FD6A 4CYCB 3RZDJ 3RQ4A 3N7KA 5HVQC 3K69A 4E7HA 1MNMC 4KDPA 1N4KA 3GZ5A 3ILAA 2A6TA 4QO3A 1Z7UA 1N75A 3GX4X 1Z05A 3OIQA 2Z16A 4I4VA 2V6EA 2IGOA 5LEJA 4U7DA 4IOAF 1KU2A 2E1MB 2L7MP 1JGSA 3CUOA 3MQ0A 4DNCA 3VB2A 2XF7A 3BQYA 3I55I 3QP6A 3COAC 2FDBM 3FXJA 4AD9A 3E6CC 5GPAA 2D1ZA 2AS5F 1J2XA 5EG0A 3OYNA 3IKVA 1U8BA 3H6QA 2BY2A 5GAEJ 2K9MA 5DEQA 1RUNA 3HC7A 4P0LA 4AYBA 4UY8I 4G7ZF 5JVTA 1GGPB 2V7FA 3CCJI 1K6YA 2X48A 2X1EA 5D5VB 4PCQA 2D1VA 1CE7B 3LA2A 5B1BH 2V1XA 1B72B 2VIXA 4BUPA 1YRNA 1HLVA 5FNXA 3MKYB 1Q1VA 2QF7A 1E0OA 4XFTA 3EUKL 3IC7A 1XMXA 1P4XA 3BP8A 3AH2A 3L2QA 3QPLA 1ETYA 2HVQA 2TDXA 5F6FA 4NC6A 5EGOA 5BPDA 1Z9CA 1JT5A 5F8SA 1NH3A 4HW0A 4EKXB 5JLVA 4UY4A 4XICA 2LY1A 3HRUA 2HZDA 2FUG2 3O8HA 3NEUA 1OCRH 1DDNA 2ET2A 2F4OB 3U2RA 3OYKA 3TOBA 4K2EA 2FBIA 5D4RA 4ZDLA 4XLAA 3V79C 3A23A 4GXOA 5BXTA 1G9BA 3OR2C 4BEHB 2HYFA 3BROA 4XORA 4EFRA 1N77A 1FPQA 1HDDC 1J0RA 3D7WB 4LO2C 3RTIB 1JLXA 1FMWA 3BR5A 1HCEA 1EV2A 2F48A 4OIRF 1C0WA 3BTLA 4MZFB 3OJ2A 3GTGJ 2JK3A 4HF0A 3IHUA 4RLQA 2QCOA 3S2DJ 3UD9A 2NP0A 4R1HA 1Z0HA 1EKEA 2EFPA 1Z91A 3E6DA 2AQFA 5ICFA 3S14J 3H9GA 5FZYA 2LNBA 2YR2A 4NC8A 3I58A 4FASD 4JQFA 4A5NA 2NS7A 1IN5A 5LLQA 3BA7A 1R9TJ 2MH9A 2OA4A 2HTSA 2ZFUA 3QODA 1YJWI 2DJIA 2ISZA 1OYYA 4HRIA 4PFPA 1Z4SA 4Q47A 1I1EA 4XN0A 3KP4A 3FWEA 2CQ7A 5TISC 4IOCF 2K43A 4X37A 4P55A 3ZQIA 3CO6C 5LFAA 5E3MA 2I10A 4C30A 3HB9A 4U0VA 4KIGA 4LO0C 2F4IA 3QYEA 1LFBA 3H9JA 3PQKA 2K3PA 5IOZA 3KIOA 3O44A 2PG4A 1MC9A 4WWCA 3GZNB 1ZG1A 1B9MA 2MLGA 4A3IJ 3SYTA 1QHGA 1V5FA 1AKHB 2Y0SA 3KP6A 5HLTA 3A0HC 3RZOJ 5KNLA 2XAQA 3GLLA 4ENMA 1J75A 1LKXA 3PJRA 4Z9WB 5M5YJ 2FMYA 2VLCA 4Y7NJ 4RMNA 4LG0A 2VL8A 3LL7A 2VUAA 3I4NJ 3OYBA 1X19A 1WZ2A 4KBBA 4TLPA 4USPA 1I6HJ 1YITI 5IPAA 3FISA 3E8LC 4EEFG 4DZPA 5FKMA 4RGSA 3O6BB 2M4GA 2W7NA 3G1LA 7I1BA 5BQUC 2EH3A 5DD8A 1RPWA 2JUGA 3P6IA 4H0EA 2K5CA 1V6UA 4A7YA 2HZ9A 1UG2A 2RGVA 4S0HB 1LFUP 2FNAA 1ENHA 1GLNA 4F7ZA 1AVWB 3GYHX 3FXLA 4FCYA 2NXNB 5D8LB 4HQEA 1ZR4A 2LKXA 2LBFB 3CA4A 4UB6C 3RMXA 2Y9YA 2PMUA 5J47A 1FGAA 2Z48A 2XDVA 2LTPA 2RAEA 3H5AA 4IYBA 4MLOA 5L3CA 2OD5A 1B1BA 1YE9A 4KJZA 3DFGA 3WTYC 3E97A 3MKLA 3ERED 2RQ9A 1QRYA 3W9TA 1WI9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W2V A;  4XKI A;  4KIS A;  1SD4 A;  1F5T A;  4AIH A;  1UAA A;  1T33 A;  4NC7 A;  5E17 F;  2FBH A;  2DN0 A;  2VLA A;  2HWV A;  3FX3 A;  2DT7 B;  4D0P A;  3HOM A;  3Q9V A;  3NAR A;  4D7N A;  2PMZ N;  1VQK I;  3A1Y A;  3FXO A;  2CU7 A;  3DPT A;  3OYH A;  1X3W B;  3CCM I;  4GP3 A;  4PC4 A;  1BN5 A;  1AVX B;  3JRH A;  5BP5 C;  1D8J A;  5DD4 A;  4CHU A;  1T0F C;  2E34 A;  1Z21 A;  3K4M A;  3BRF A;  4CSW A;  3GME A;  3EYI A;  1SFE A;  1YOV B;  3W2A A;  5GAQ A;  1XDU A;  2H8R A;  1MBH A;  2QYI B;  4ZC3 A;  3E7L A;  1R5H A;  2JPC A;  1EVT A;  2EIN H;  2HPM A;  4JKQ A;  4RB3 C;  5LEK A;  1IN7 A;  4N4N B;  2BY1 A;  3OS0 A;  3O3Q A;  4BKX A;  2X6W A;  2X6O A;  2BVM A;  2WBM A;  4XSZ F;  3S8P A;  3BAU A;  3M9A A;  4OMY A;  2FML A;  5IYB J;  1U0J A;  3ONQ A;  3HOW J;  3OL3 A;  3CP8 A;  4ZOT A;  2F5V A;  4AC0 A;  2DPU A;  3S2W A;  1MMS A;  4M9S A;  4XR6 A;  2KIM A;  2BFH A;  3WTW C;  3AJ5 A;  9ANT A;  3RDI A;  2KT0 A;  2VT2 A;  3D5R C;  4ZYE A;  5BQT A;  5HNH A;  4BXX J;  2F4M B;  4CCN A;  2P5V A;  2Z33 A; 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 5M3F J;  5FKL A;  4R79 A;  5F1J A;  3ZC8 A;  3PUB A;  4L4H A;  3BR1 A;  4ON0 A;  3K70 D;  1MNE A;  3H3V K;  2IS2 A;  4F34 A;  3R4U A;  4HNU A;  3C1D A;  1P7I A;  2W24 A;  4N9I A;  2R7U A;  3G1M A;  2CUJ A;  4M6V A;  1VQP I;  2W85 A;  3I0T A;  4B44 A;  3JRA A;  2R7X A;  5EC5 A;  2EWN A;  4A3L J;  1I39 A;  3OWT A;  3U9G A;  5F8Y A;  3F1R A;  1ON2 A;  1IXR C;  2QSG X;  2ZFW A;  3Q7Y A;  4CO8 A;  2W4S A;  1AWC A;  4D8H A;  1AFC A;  2M4K A;  3PQJ A;  2TCT A;  1KA8 A;  4OEF A;  3VSZ A;  1KYW A;  3HPG A;  1TNT A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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