3PUBA

Crystal structure of the bombyx mori low molecular weight lipoprotein 7 (bmlp7)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
VPNDILEEQLYNSIVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVHGNDGRLAFGDGKDKTSPKVSWKFIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNPNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDKDNLFYIYNREYSKALTLSRTLETSGNRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGVKAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the 30 K protein from the silkworm Bombyx mori reveals a new member of the beta-trefoil superfamily
pubmed doi rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Bombyx mori
molecule keywords 30kDa protein
total genus 76
structure length 235
sequence length 235
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2400 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3pubA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pubA02
1RG8A 5BXRA 2GZBA 5BXTA 4ISQA 3N7LA 1WD4A 3FJCA 4OWJA 3E8LC 3P53A 3RTJB 1AVAC 1W3AA 4EFPA 2QN4A 1JQZA 5BP5A 1IT0A 5GAQA 4OEFA 1ISWA 1IHKA 1E0OA 3ZC8A 1JT3A 1JY0A 3FJHA 2KI6B 1V6VA 3BA4A 4LO1C 1IOBA 3VSZA 5EC5A 4ZGRB 5BQUA 3VSFA 2Z49A 3OBRA 3V0AA 1XZZA 1Q04A 3BAOA 2Y9FA 2IWTB 4OUJA 3AZVA 2KKIA 2D22A 4I1EA 2HWAA 5D62A 1AFCA 2FFVA 1NZKA 2FDBM 1BFGA 3FJ8A 1HWOB 4ENDA 1BARA 1V6XA 1FQ9A 2R9KB 4JRAA 3CA0A 3V0AB 3AKIA 4I4PA 3POKA 1CVSA 3BAUA 1DFCA 1L2HA 3CQAA 5FZUA 3ZX7A 2DS0A 2Q9XA 1QQKA 2P39A 3MALA 1NUNA 3A07A 3R4SA 4I3NA 3UD8A 5B2HA 4OEEA 1G9BA 3OJMA 3VUOA 2M49A 4J23B 4P0LA 2NM1A 4KEJA 3UD7A 3HSMA 3HOMA 2X2SA 1ABRB 4EEEB 4LO0C 2ZQNA 4IQPA 1XHBA 2VSEA 3B9UA 3IM7A 1UPSA 4II0A 4JAWA 3O4BA 5E24E 4GAIA 3S8JA 4L4IA 4GOYA 3BAVA 2X2TA 4EKXB 31BIA 3ILAA 1M2TB 3FJDA 2Q3NB 1DFQA 4J2XA 3N7JA 1Q03A 1EV2A 1Q1UA 3KMVA 3WA1A 2P23A 1II4A 4J2SA 5F90A 1FMZA 1MD6A 1TIEA 3Q7XA 4Z8SB 3TC2A 4A7YA 3HALA 5F8SA 1SZ6B 8I1BA 1P63A 4KEIA 4XFSA 2K4AB 1AVWB 2KH2A 2D43A 3UDAA 3QR5A 3LTQA 3R4UA 4OWLA 5DVHA 4X37A 1ILR1 4ZFYB 4CJMA 1R8NA 4ZFUB 1ISVA 1PZZA 3P6IA 2FO1A 2RG9B 4HA2A 3O49A 1K5UA 4GOVA 2NP0A 3WO2A 3BRFA 1T9FA 3O44A 4LO7B 4HR6C 4X38A 4F83A 4AN6A 3EF2A 1YTOA 2NZ9A 2HZ9A 2FGFA 3AH4A 1FGAA 1ONKB 4LO8B 4OWKA 1DZCA 3OBTA 3O4OA 4L4HA 4IZXA 5BOWA 3V79C 3H6QA 4I7IA 4P6AA 3CRGA 4LO2C 3PHZA 2DREA 2VUAA 4LO2A 4JKXB 4XKIA 3PMEA 1FMMS 4D8HA 3F62B 2J3PA 2MC2A 3D7WB 1PC8B 3FUOA 3VT1A 3W9TA 1IJTA 1Z4SA 4G9NA 1DJSB 3AH1A 5G00A 4LO1A 1RY7A 1K5VA 1YYNA 3HMYA 2F8XC 1EVTA 4EFRA 4H9WA 21BIA 1AVUA 1IRPA 3K1XA 1R8OA 1EYLA 3V0BA 3O4DA 3CA4A 1IILA 1BFFA 1S0BA 3FJBA 1S0LA 3PG0A 2DRZA 1F31A 2AAIB 4I4UA 1TFMB 4QD2C 3BRDA 3N0KA 3CAHA 4YOLA 4I8MA 1FWUA 4EB2B 2NYYA 5BXPA 1TWMA 3H6RA 3IM6A 4QBCA 3C9ZA 4AN7B 4P0KA 2KI4A 3O3QA 4GP0A 5DZUA 4I37A 1FV2A 4LO3C 4FGFA 4DEPA 3O4CA 1VCLA 4H04A 1I1BA 1BLAA 1EPWA 2WBCA 1ISXA 5BVPI 3F1RA 3UD9A 3CA6A 3RMYA 2ZR1B 3FJFA 4ZLBB 4WBCA 5DUYA 5EHAA 1RMLA 2NTDA 1S0DA 2ESUA 4XFTA 7I1BA 1JT4A 4IHZA 4GP3A 1WBAA 3BB2A 4G6JA 3BX1C 3OGFA 4OEGA 4LO0A 3BAHA 3BA7A 2D7RA 1AF9A 3T8SA 3RSJA 2MIBA 3CRHA 3HBWA 1N4KA 3RTIB 4TLPA 3A23A 4PC4A 6I1BA 1TWEA 3WMUA 4HJJA 3CA5A 2Z48A 3CRIA 4FVVA 4IY9A 1IRAX 2D44A 4ZOTA 1TTUA 1JT5A 1G9AA 1D0HA 1WBCA 2E4MC 1ISYA 4G9MA 2ERMA 4XFUA 3Q7WA 4D0TA 3FFZA 3FJAA 1BLDA 1A8DA 5JMCA 1PWAA 3ZXGA 1HWPB 4F34A 5EG6C 1YXWA 1BA7A 3WO3A 3NBDA 3H6SE 5FNWA 2GO2A 4JPZA 2Y9GA 1S0GA 2K43A 4I4QA 1GGPB 4QKSA 3O5WB 2VU9A 1DQGA 2AQZA 2I1BA 3AH2A 3CA3A 3VWCA 1CE7B 3FJIA 4Q9GA 4QALA 3VEQA 4A7ZA 3Q7YA 2Y9XE 3A22A 3I29B 4J2KA 3FJ9A 4IZEA 1YF8B 4IY8A 3AKGA 4IONA 3WINC 1J0SA 1OQLB 4ZA3B 2F2FC 2XOAA 3QYDA 3SNVA 2HW9A 5JLVA 2QYIB 1W3FA 1TOOA 2VXTI 4D0ZA 2F2FA 2D24A 1YBIA 1FV3A 4JKQA 4IYBA 3AJ6A 4I4XA 3ZXDA 4QO3A 1HKNA 1KNMA 3JUTA 4Z9WB 4JP0A 5BXSA 4KBBA 3VT2A 4X39A 3IIRA 4G1RA 5BP5C 4OW4A 1DLLA 3BAQA 4I0YA 5FZZA 2FFUA 2VXRA 3FUQA 2WRYA 1G82A 2BFHA 4R6UB 3ZC9A 1ITBA 3AZWA 5BQUC 5HPZA 3P6JA 5FZYA 1HCEA 3I2AA 1V6UA 3OJ2A 1G9DA 3AJ5A 4QBVA 4I96A 2L5XA 5DSSB 4GAFA 3IM5A 1XG6A 4I6IA 1JLXA 1XYFA 3AKFA 1V6WA 1AVXB 3V0BB 4I1BA 3FJEA 3IAGC 4J2YA 2D23A 1S0CA 2AXMA 3UJ0A 4DCKC 4LO3A 1QQLA 1FWVA 3N7KA 2BEAA 9ILBA 3BTAA 2D20A 5F8WA 3HN1A 3CA1A 2IHOA 1BASA 3O4AA 4QD2B 3BA5A 3H6RB 4EFQA 2D7IA 1BFCA 1QXMA 2YUGA 1DZDA 2MLLB 4I4OA 1HWMB 1DIWA 5F8YA 1Z0HA 3PUBA 4I4VA 1SR4C 2KLLA 4P0JA 5I1BA 3LLPA 1JLYA 4X3AA 1SR4A 4QKRA 2AFGA 3BADA 4KEKA 3FGMA 3WMVA 5D63A 1HIBA 2DRYA 1JT7A 2LIEA 1AXMA 1BFBA 2LIQA 1M16A 3OJVA 1HCDA 4I4YA 3A21A 3BAGA 3JRRA 1MC9A 1W3GA 4ZKTB 3CU1B 3VT0A 3RMXA 2E4MA 3FJJA 4I4SA 1Z2VA 4ISRA 2VLCA 3NBNA 1S0FA 3FJKA 1I1EA 3OGGA 1FN0A 3I2XA 2D1ZA 3WO4A 2VSAA 2ET2A 2UUSA 1PUUB 2RQ9A 4LO7C 4USOA 4Q91A 1G9CA 4DENA 4JQ0A 2K8RA 4I2SA 4Q9PA 2ZQOA 4I4RA 1T4QA 1RZOB 3N7MA 3NBCA 3NJ5A 3UJ4A 4A7KA 41BIA 1HWNB 1WD3A 1ISZA 3NBEA 4G6MA 3BRGC 2HWMA 4ZFWB 1DQOA 1S0EA 4USPA 1PUMB 4QC4A 3AKHA 3S8KA 1JTCA 5D61A 2NVHA 2BEBA 3WINA 3MPPG 1TP0A 4KC3A 4ZBVB 2RSTA 2Y9WC 5FNXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UV1A 5BXRA 1JUSA 3FK6A 1I6XA 5DYMA 1YW8A 2X6XA 3JRCA 1VF9A 4CGZA 4OWJA 3RTJB 2NVUB 1WHUA 3P9CA 5F04A 3LAJA 2CG4A 1GLNA 2DDBA 2K85A 5CPRB 4FX4A 3E6BA 3HL2A 1STZA 1ISWA 2YUSA 1Y56A 4JK1X 1E0OA 2O3FA 4Y3OA 3CF2A 3PIPF 2KI6B 1S6LA 2FUG2 4M6YA 1VI0A 2XASA 2V6CA 1FOXA 4RMNA 2GBYA 2BOLA 4ZGRB 5BQUA 4DQ2A 3V0AA 1S3JA 3I4MJ 5LLQA 4IQJA 4LFUA 4E70A 3S1QJ 5DDGA 2ZXHA 4PDKA 4MNUA 3AZVA 2JZYA 2D22A 4RAZA 4KA4A 1MMNA 2IXSA 2WB1N 5D62A 3S1NJ 4ZYAA 3QPSA 3VSLA 1IO2A 1NTCA 1QZEA 5JLWA 3K70D 1KU3A 1NZKA 5F27A 2CQQA 4FE4A 3P7NA 1FY7A 3IH4A 1FSEA 3I59B 2ESHA 3VB2A 2I10A 3BG5A 1BARA 4JRAA 3QP6A 1IGNA 1P9QC 3V0AB 2KIFA 1OFCX 1XGSA 2CQ7A 3JRGA 1E0EA 4RGUA 3GLLA 3JRFA 2O9LA 3I4NJ 3BAUA 4HZFA 2HDDA 1IRFA 2FSWA 4HX8A 3ZX7A 3CDHA 2XROA 3V7CA 2MBFA 5HDNA 1D0YA 3F8BA 3R4SA 1WFXA 1SD4A 4L5IA 1Z7UA 5A2QK 2X1DA 2RVCA 2QBYA 3ULQB 2E5ZA 4HX7A 2DFIA 3SZTA 3LMMA 3H0DA 5E3OA 1NK3P 3EDPA 3OOUA 3AG1H 3KEYA 5C4JJ 1ENHA 3DEUA 3HSMA 2VT2A 2DMUA 3WGHA 4ESBA 4UXNA 4XKWA 3CUQC 1OCZH 4IHTA 2IGNA 3H5RA 3VWBA 3BG6A 3I64A 2QBYB 4V19K 2R7SA 4AIDA 4PGHA 2IRFG 3AG3H 5FFXA 4M3GA 4PGGA 2ZNZA 2MA3A 4J01A 4GOYA 4W97A 2X2TA 4ZTJA 2M0CA 2XUBA 3JW4A 2ZSIB 1M2TB 4RBOA 1QGPA 3IHUA 3OWTA 2Q2EA 1ZQ3P 3DLLF 3MQ0A 1RI7A 3RPUD 4OIQF 1EV2A 1WKMA 1Y1WJ 4HF2A 3OS0A 1SFEA 4F91B 1II4A 5F90A 4BNCA 2FRHA 2Y9ZA 2X48A 5F8SA 4MZHA 3J7AY 3V8KA 2DA3A 2VIXA 4KMFA 3MD2A 1KU9A 3R4KA 1K4SA 1AVWB 3V8LA 1XSXA 3QR5A 1XSVA 4IRGA 3V7RA 1YI2I 3R4UA 2Q2EB 1V5GA 4X37A 4ZFYB 3VEPA 3WE3A 2HQRA 4CICA 3FXQA 4YG2F 5LRSA 1ISVA 3ZMTA 3UR3C 2W85A 4IHXA 3DQVC 3M1EA 1K5UA 2VUMJ 1U3EM 4OIRF 2VC1A 3O3KA 1R4NB 4FE7A 4A5NA 4KNYA 2NP0A 1T9FA 1KONA 1T2KA 4HR6C 4OOIA 3EF2A 2O03A 3AL0B 2FA5A 1O57A 5J40A 2FGFA 3AH4A 1HBXG 4A3FJ 2EFNA 1ONKB 3LSJA 3UNGC 2A5YB 3OBTA 3M3YJ 1G6NA 1ZGAA 3HHGA 5LHHA 3K1NA 1XB4A 1ZKGA 3S17J 2NS7A 3CRGA 5L3CA 4LO2C 5F6FA 1SFOJ 1X1PA 3BDDA 5HLIA 4A69C 5M3FJ 2GOMA 1FMMS 4D8HA 1ETXA 2J3PA 4AYBN 2IBDA 1PC8B 3W9TA 1QZZA 5G00A 1MZBA 3HKZA 2IS4A 2OTLI 4LO1A 4IRHA 1K5VA 1FP1D 3DU6A 3DU5A 1YYNA 3HMYA 2E2JJ 1IV8A 3CJTB 4EFRA 1P92A 4V2FA 3JRHA 5A2QZ 1D0XA 2X85A 3AG2H 2IGOA 1OPCA 1R8OA 4I09A 3V0BA 4Q47A 3I9V2 2M2EA 3CMAI 3TEDA 3CA4A 4MIMA 4BY7J 3TP0A 2N8GA 3KZZA 1SMTA 2F4IA 4EM2A 3GFIA 3ERED 3E5QA 3OL4A 3S15J 3KCCA 5GADJ 1F31A 2HQ5A 1F1ZA 1W5TA 2V4JC 1IAWA 4I4UA 4CUGA 3MEXA 3N0KA 5ICGA 2KPMA 4CA0A 1FWUA 2GM4A 3BPXA 2H1KA 2L9SA 1TWMA 1DGWY 4NDLA 3CF5F 2EV6A 4QBCA 3IAS2 2QVOA 3RKWA 2X1CA 1RKTA 5J8CA 3CMMA 5DZUA 1O3TA 4I37A 2J5PA 3JRDA 1SD5A 4BE2A 1GXPA 1I1BA 1VCLA 1EPWA 2BHZA 2L7FP 1MSFC 1ISXA 1QVTA 4UV9A 2HYFA 2LR8A 1OKRA 2W24A 3F1RA 4XOPA 2XGEA 2CSOA 4LG0A 3FJFA 4WBCA 2E36A 1FMVA 4XRSA 5DUYA 2AQEA 2KIUA 2ZBKA 3CMYA 2DMNA 4RAGA 4GP3A 1Z3XA 1VQ5I 5E3NA 3OGFA 2BY0A 2YU3A 4HX4A 1ORKA 3GXOA 5EJCA 3SZGA 5KHDA 2NVQJ 3BAHA 3DPUA 1T0FC 5D8LB 4B47A 4F7ZA 1RKWA 4RA2A 3CRHA 1OR7A 3PNVA 5CQGA 3RTIB 5FKLA 4LG0B 2ELHA 4D5CA 3HPHA 4GXOA 1XMAA 2K5CA 4WWCA 4BYYA 3WMUA 2ICWG 5EG0A 1ZH5A 2Z48A 5DEQA 4XM3A 3JRBA 4IY9A 1WJAA 3HG9A 1G9AA 1HKTA 2F5DA 4BXFA 4G7HF 3LSHA 4LMYA 2DN0A 2E2IJ 3S16J 2MW8A 4GDFA 4N4OB 1WVRA 4G9MA 1R1VA 5H6RA 3DP7A 2ME0A 1HF0A 1LDJA 2JTVA 2FMLA 3Q7WA 4A0XA 4CYDA 1YRNA 4C2TA 2RV8A 2HOEA 5JMCA 3BWGA 2WBMA 1HWPB 4F34A 5EG0B 3Q0WA 1Z6RA 1OMIA 4C9YA 3WO3A 1UFMA 5FNWA 4M73A 2PFBA 2GO2A 4ABZA 2JJ7A 2DW4A 4IOCF 3RYRA 3Q0VA 2ZKZA 2KFDA 2DK8A 3CCVI 3O5WB 1XCBA 1MMAA 3NWSA 4XLFA 1P2FA 3CA3A 3EQLF 3FJIA 2DTRA 1X2NA 1I27A 5JFRA 3BG3A 3TQNA 1YRNB 3J7AO 2Y9XE 3A22A 1B8IA 3FJ9A 4IZEA 1YF8B 4FT8A 3AKGA 1YG2A 2BVMA 4DW6A 1GXQA 3MKLA 1H9TA 3OYFA 2DOAA 4ZA3B 2ID3A 2QA4I 2CO5A 2QWWA 4GRIA 3ZMUA 2HW9A 5FLVA 1BIBA 4ZC3A 1Z9CA 2RQQA 1MD0A 2P6SA 1ODDA 2W00A 1S5LC 4UVAA 2R4GA 1VQ8I 2XF7A 1LFUP 2HYGD 4IYBA 3HYIA 3S32A 4A93J 3PIOF 1XD7A 3GTGJ 3BZ6A 2M30A 4BJ5C 4EM0B 2EA4A 4Q48A 1B8IB 3ZMSA 3L2VA 1MSEC 4JP0A 4KBBA 3AFHA 4EJUA 4X39A 3LSTA 5E18F 4G1RA 4A12A 1U8BA 4AIKA 2DXIA 1H88C 2Z16A 2CFXA 5FZZA 4P5OA 2WRYA 3QPHA 4M3EA 1LJ9A 3CDLA 1EA3A 4DZJA 3ZC9A 2WAQN 4Y33A 1FYKA 1K78A 5BQUC 1LUJB 1MNEA 1N75A 5K5QA 1RETA 3EUAA 3ABMH 3RKXA 4L0ZB 3AJ5A 1S7OA 4PZJA 1MGTA 3VFZA 2W4SA 1S7AA 2LFBA 2DLLA 2HDWA 2YPRA 4IQ4A 4KJZA 2JA8J 1XYFA 4LIVA 4LLLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2UV1 A;  5BXR A;  1JUS A;  3FK6 A;  1I6X A;  5DYM A;  1YW8 A;  2X6X A;  3JRC A;  1VF9 A;  4CGZ A;  4OWJ A;  3RTJ B;  2NVU B;  1WHU A;  3P9C A;  5F04 A;  3LAJ A;  2CG4 A;  1GLN A;  2DDB A;  2K85 A;  5CPR B;  4FX4 A;  3E6B A;  3HL2 A;  1STZ A;  1ISW A;  2YUS A;  1Y56 A;  4JK1 X;  1E0O A;  2O3F A;  4Y3O A;  3CF2 A;  3PIP F;  2KI6 B;  1S6L A;  2FUG 2;  4M6Y A;  1VI0 A;  2XAS A;  2V6C A;  1FOX A;  4RMN A;  2GBY A;  2BOL A;  4ZGR B;  5BQU A;  4DQ2 A;  3V0A A;  1S3J A;  3I4M J;  5LLQ A;  4IQJ A;  4LFU A;  4E70 A;  3S1Q J;  5DDG A;  2ZXH A;  4PDK A;  4MNU A;  3AZV A;  2JZY A;  2D22 A;  4RAZ A;  4KA4 A;  1MMN A;  2IXS A;  2WB1 N;  5D62 A;  3S1N J;  4ZYA A;  3QPS A;  3VSL A;  1IO2 A;  1NTC A;  1QZE A;  5JLW A;  3K70 D;  1KU3 A;  1NZK A;  5F27 A;  2CQQ A;  4FE4 A;  3P7N A;  1FY7 A;  3IH4 A;  1FSE A;  3I59 B;  2ESH A;  3VB2 A;  2I10 A;  3BG5 A;  1BAR A;  4JRA A;  3QP6 A;  1IGN A;  1P9Q C;  3V0A B;  2KIF A;  1OFC X;  1XGS A;  2CQ7 A;  3JRG A;  1E0E A;  4RGU A;  3GLL A;  3JRF A;  2O9L A;  3I4N J;  3BAU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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