3PUBA

Crystal structure of the bombyx mori low molecular weight lipoprotein 7 (bmlp7)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
VPNDILEEQLYNSIVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVHGNDGRLAFGDGKDKTSPKVSWKFIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNPNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDKDNLFYIYNREYSKALTLSRTLETSGNRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGVKAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the 30 K protein from the silkworm Bombyx mori reveals a new member of the beta-trefoil superfamily
pubmed doi rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Bombyx mori
molecule keywords 30kDa protein
total genus 76
structure length 235
sequence length 235
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2400 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3pubA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pubA02
2DREA 7I1BA 2ZQOA 2D7RA 4X37A 1BA7A 1FQ9A 1Z0HA 2D1ZA 3A07A 1XG6A 1HWOB 2XOAA 5BXRA 1ITBA 2K8RA 4ZFUB 5DZUA 5BXSA 1YTOA 1T4QA 2VSAA 3RSJA 4KBBA 1CVSA 1TP0A 2NYYA 3O44A 4G1RA 1DFQA 1CE7B 4HR6C 3RMXA 4G6MA 4EFRA 4FGFA 4XFTA 4Q9PA 1EV2A 2F2FA 4OW4A 4Q9GA 2Y9FA 3I2XA 2I1BA 4I0YA 4JPZA 2IHOA 1HCDA 3BAQA 1K5VA 2ESUA 4USPA 1V6UA 1AVUA 1PZZA 3O3QA 3O4OA 2LIEA 2RQ9A 1ISZA 4CJMA 3V0AA 5DUYA 1TFMB 2NP0A 3PG0A 2VXRA 3KMVA 4ENDA 5I1BA 4JKXB 2Q9XA 3N7JA 1JT4A 1BFBA 1FV3A 4ZKTB 4EEEB 1G9AA 3D7WB 1KNMA 1FV2A 4I4SA 2KI6B 1IILA 1JT3A 3BRFA 5BXPA 1YYNA 3UD9A 1TWMA 3FGMA 4IY8A 1JTCA 3NBDA 1P63A 2HWAA 3RMYA 4GP3A 3UJ0A 3CA1A 4I4RA 4AN6A 1EPWA 3O4AA 1PUUB 4QO3A 3HN1A 2E4MC 3VEQA 4P6AA 3WINA 4J2KA 3ZX7A 1RG8A 1DQGA 1PC8B 4USOA 3BAGA 1J0SA 3P6IA 2DS0A 3BAHA 4ZA3B 4AN7B 4I1EA 1JT7A 4G9NA 1JY0A 3BA7A 5D62A 3IM6A 2BFHA 1D0HA 3IAGC 1BARA 4ZLBB 3O4BA 4Z8SB 3CRGA 1IRPA 3P53A 3POKA 3AKFA 1K5UA 1RY7A 3A22A 3Q7YA 4LO8B 2NM1A 3OGFA 4LO2A 1FN0A 1SR4A 4HJJA 4YOLA 4P0KA 5FNWA 3SNVA 1DZDA 3CQAA 1BASA 1G9CA 1ISXA 1G9BA 4GOYA 2Y9XE 3AKHA 2HZ9A 4XFUA 5EG6C 2P23A 2F2FC 3NJ5A 4ZOTA 4Q91A 3HSMA 3OJ2A 5FNXA 4I96A 1M16A 4IZEA 2E4MA 1F31A 3CA6A 3FUOA 4I37A 1FMMS 2VLCA 1W3GA 3H6RA 3A23A 3VWCA 2QYIB 3OBRA 5G00A 4I4YA 2FFVA 3UJ4A 1RZOB 4QKSA 4X3AA 5DVHA 1IOBA 5BVPI 2LIQA 3HALA 1S0EA 3BRGC 2HW9A 5F90A 3FJ9A 2K4AB 3VSFA 3WO2A 4EFQA 2Z48A 1RMLA 3JRRA 3AJ6A 1DLLA 3LLPA 3H6RB 3QYDA 2K43A 4F34A 4OWLA 5B2HA 5F8YA 4KEJA 4GAFA 5FZZA 3NBEA 5E24E 3CAHA 2D20A 1JLXA 1S0GA 1V6VA 3K1XA 5BQUA 41BIA 3FJCA 1HWNB 4A7YA 3WINC 4X38A 5D63A 2UUSA 1S0LA 6I1BA 1E0OA 1TIEA 1S0FA 2AAIB 1S0CA 2D24A 3UD7A 4I4VA 4ZBVB 3CA4A 4ZGRB 4GAIA 4IQPA 1XHBA 2BEBA 2MLLB 2Y9WC 3H6SE 4JP0A 4KEKA 1TTUA 5DSSB 2GZBA 3Q7WA 3BAUA 3HOMA 3P6JA 1EYLA 3FJDA 4I4QA 4LO3A 3UDAA 1Z2VA 3BX1C 2MC2A 1JT5A 4LO2C 4OEGA 2KLLA 4ZFWB 1SR4C 3WMUA 3V0AB 3FUQA 3AH1A 4I6IA 4H9WA 3RTIB 1PWAA 3S8KA 2MIBA 2QN4A 3AKIA 3FJBA 4F83A 4GP0A 1FWUA 4DENA 3EF2A 4WBCA 3FJKA 3N7LA 2AQZA 1T9FA 1WD4A 2R9KB 2HWMA 4LO0A 1JLYA 1M2TB 3ZXDA 4IZXA 4IYBA 3VT1A 2M49A 2P39A 4I2SA 3CRHA 2X2TA 3CRIA 1HIBA 1SZ6B 2AFGA 5FZUA 4XKIA 2NZ9A 3BAOA 1DQOA 1BFGA 4I4XA 1FMZA 1BLAA 3BA5A 2ZR1B 3BTAA 4KEIA 4ISQA 1TWEA 1R8OA 3MPPG 5BXTA 4DCKC 1L2HA 3Q7XA 4I4OA 4J2XA 4X39A 1HKNA 3FJEA 1EVTA 4D0ZA 1IHKA 4H04A 2GO2A 3FJ8A 4J2SA 5EC5A 3V79C 4A7KA 3FJAA 1WD3A 3O5WB 4G9MA 3R4SA 3BRDA 5F8WA 1DJSB 5BQUC 4FVVA 2AXMA 1AVXB 4EFPA 3ZC8A 2WBCA 1IJTA 3WMVA 3AJ5A 1ONKB 4LO1A 4OWKA 1WBAA 4IHZA 3S8JA 1DIWA 3NBNA 2WRYA 3UD8A 1BLDA 3LTQA 1ISYA 4TLPA 4Z9WB 1MD6A 4QC4A 1VCLA 2ZQNA 3NBCA 3IIRA 4QBVA 1HCEA 2D43A 3F62B 1DFCA 1TOOA 1W3FA 4OWJA 4LO3C 3C9ZA 1FGAA 4QBCA 3FFZA 4II0A 4QD2C 2FDBM 3CA5A 3JUTA 5F8SA 1Q1UA 3VT0A 2Z49A 3AKGA 3A21A 1DZCA 1NUNA 1Z4SA 1S0DA 31BIA 4P0JA 4A7ZA 3PMEA 2J3PA 3WO3A 1YBIA 1AFCA 2BEAA 1AVWB 2NVHA 5JLVA 4D0TA 4ISRA 3FJJA 4I4UA 4DEPA 4HA2A 5BP5A 2ERMA 2VU9A 3V0BA 3ZC9A 9ILBA 1GGPB 3CU1B 3OGGA 1ISVA 4GOVA 3OJVA 4LO7C 4LO0C 3E8LC 2FGFA 2D22A 2DRZA 1AVAC 2Y9GA 4XFSA 4OUJA 5BOWA 3VT2A 2KI4A 3TC2A 3IM7A 4JQ0A 2X2SA 2VSEA 3F1RA 2D7IA 3HBWA 3V0BB 2RSTA 3ZXGA 21BIA 1BFCA 1I1BA 3W9TA 1QXMA 1V6WA 3BAVA 3RTJB 4P0LA 3O4CA 3MALA 3FJIA 1YXWA 1ILR1 3CA0A 3OJMA 4JRAA 3VUOA 3AZWA 3ILAA 1UPSA 2NTDA 3QR5A 1AF9A 3WA1A 4I3NA 3N7KA 3IM5A 4I8MA 4J2YA 2KH2A 3B9UA 1I1EA 1HWMB 4LO1C 4QD2B 3BB2A 3N0KA 4IONA 4JAWA 1R8NA 3I2AA 3CA3A 2DRYA 5EHAA 1NZKA 3BA4A 1HWPB 1Q04A 3PHZA 2YUGA 2D23A 1II4A 2RG9B 4OEFA 1MC9A 1PUMB 3BADA 1OQLB 4LO7B 1V6XA 3AZVA 1BFFA 1FWVA 3OBTA 3I29B 1YF8B 3H6QA 2VXTI 2FFUA 4ZFYB 1WBCA 2D44A 4L4IA 1S0BA 4QALA 1AXMA 4I7IA 3T8SA 4IY9A 4PC4A 1ISWA 4I1BA 4I4PA 3PUBA 3R4UA 1ABRB 2Q3NB 5BP5C 3O49A 3FJFA 5GAQA 1QQKA 1Q03A 3VSZA 1N4KA 4OEEA 1G82A 2IWTB 4L4HA 5JMCA 2KKIA 2FO1A 4JKQA 3N7MA 4J23B 5FZYA 4KC3A 1IT0A 1IRAX 1XZZA 3FJHA 4EB2B 2VUAA 8I1BA 2F8XC 2L5XA 3WO4A 1XYFA 4QKRA 4R6UB 5D61A 3O4DA 3AH4A 3HMYA 5HPZA 1G9DA 1W3AA 1JQZA 1A8DA 3AH2A 2ET2A 4EKXB 4D8HA 1QQLA 4G6JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F1ZA 1KU2A 4ZYGA 5C44J 3A02A 3CDIA 2ZKZA 4ZYHA 3J7ZI 1CQTA 1YS6A 4I01A 5F0FA 4C9YA 1SFKA 3LSHA 1P7IA 5BXRA 4BBRJ 4M9SA 2NAZA 1I50J 1KU9A 2E36A 4R8HA 5JLXA 5A2QK 1OR7C 1E17A 4LG0B 2BYVE 2MH9A 2EFNA 2IGMA 2MC3A 1T4QA 2VODA 2VSAA 4DNCA 1VZ0A 1TQPA 3F8MA 1ZR4A 2M5WA 1IG7A 2EA2A 5D5XB 2EINH 4ZDPA 3RMXA 4EFRA 1IN5A 4LFUA 4N4OB 4ENJA 3HEFA 2JN6A 4Q9PA 1DP7P 2L7ZA 3I2XA 2I1BA 2LC2A 3R60A 4CYCB 5EJCA 1KU7A 1K5VA 2M87A 1IXCA 4HPQA 1DPRA 4XBFA 3CCLI 2JK3A 3JREA 1Y8QB 4V19K 2LIEA 5BS6A 4A3JJ 3TEDA 3PQKA 5DUYA 4HSRA 2NP0A 3CP2A 3VYRB 3GZ6A 1KQ8A 3J7AO 2VXRA 4BJ6C 4P96A 4ENDA 5D4RA 2BHZA 4KIGA 5TJJA 1I27A 4JKXB 3GZ5A 3OYDA 1OLTA 3RYPA 3WGIA 4CH7A 1XSDA 1BFBA 1YG2A 1O3SA 4EEEB 4XKCA 1U3EM 2DAOA 4L9TA 1S7AA 2AXTC 1MW7A 4FASD 3G1MA 4I4SA 2E1CA 1XCBA 5BPDA 1E3PA 2VASA 5L3DA 3D1NI 3GUDA 3I53A 1RUOA 1P4AA 3FM3A 2OA4A 1CF7B 1TWMA 3LSJA 2PG4A 3SHFA 1KQ9A 4HQMA 2IS4A 2VT3A 4IY8A 1SAXA 2STTA 1P63A 3UJ0A 2DMNA 3FWEA 3DPTA 4UVAA 4OOIA 2UUZA 2YSRA 5TISC 3HN1A 4D9JA 1N78A 2E4MC 3VEQA 2XSDC 4S0HB 4YELA 1TQMA 2CUZA 1WVRA 1RG8A 1P7JA 2DMUA 2UXNA 2WAQA 2XB0X 3BTJA 3HC7A 3O6BB 4BEHA 4A3BJ 1X2NA 3P6IA 1YO5C 4AN7B 3LNQA 4I1EA 1WRJA 2JSCA 2K85A 5D62A 2Y30A 3G3ZA 1T6SA 2LMDA 5D6EA 1D0HA 2O9LA 2E7XA 2V1NA 1S6LA 1X4PA 1ZTRA 3V8JA 2HXIA 2LKSA 2XAUA 4XQFA 1LB2A 3CRGA 2LVSA 3O4BA 3P7NA 1W5SA 4S05A 1W4MA 3ML6A 2HVRA 3ZQLA 4R79A 4D7MA 3OGFA 5FROA 3HL2A 3WTSC 4HJJA 4BEHB 2KIUA 2JRTA 3CQAA 1ISXA 4GOYA 2BY3A 4XFUA 5EG6C 2L0KA 2P23A 1R1TA 2EBIA 1EH7A 4ZOTA 4HNVA 2V1XA 5J6XA 3ZPLA 3KP3A 1IGNA 2MLGA 2W84A 4KITB 1M16A 3HRMA 4IZEA 2RREA 2D45A 4JYKA 1PJRA 3LFKA 1FEXA 4LGWA 2VLCA 2IA0A 1W3GA 1TW3A 3A23A 3H6RA 2L2OA 2Z99A 1R49A 1XX5A 1FP2A 4PZJA 2ELHA 1QRYA 4KIBA 4G7ZF 2FFVA 2MC4A 3BJOA 3HB9A 2MLKA 3FHZA 4QKSA 3ECHA 3ESWB 2VKHA 1Z0XA 2OQGA 5DVHA 1SD5A 2M30A 4RB1A 5F90A 2Y2ZA 4ON0A 5JHFA 1ZG1A 1A35A 3OYKA 2W48A 3GFLA 2MABA 4RGRA 1IRXA 4ANJA 1JKPC 2E2HJ 1K4SA 1IUYA 3WTTC 4FT8A 3H6RB 3GTOJ 2A6EF 4OWLA 4NDLA 1RKWA 2QCOA 4G12A 2R7ZJ 2VXZA 4IX7A 1VI0A 1ZH5A 4GAFA 5GTHC 1R22A 2ZFWA 5E1WA 4E4HA 2EZKA 1BL0A 3LFUA 3X2QH 2R7QA 2ZJ2A 2V4JC 3FIWA 3B6AA 3M8JA 3DBLB 5HNFA 1YJWI 4A7YA 1S29A 1W7PB 2HOAA 3TGNA 3GCMA 1S0FA 1FIPA 2L7MP 2X6XA 3G73A 3OS0A 3DKWA 3ABUA 3H92A 1R00A 2VPRA 1TW2A 3BDDA 2D24A 1TLHB 3VWBA 2KRCA 3EYIA 1JT0A 3CA4A 4RGXA 4DOZA 2F2EA 3FXMA 4IQPA 3CC2I 4NB5A 1FOKA 1TWGJ 3H6SE 4JP0A 2L7KA 4ZTFA 1F5TA 1B72A 2M9HA 2P7CB 1TTUA 3K10A 5D6FA 4M73A 3P6JA 2M7BA 5J1UA 3V7SA 1A6QA 2EH3A 3WGHA 4DBQA 2ME0A 2I10A 1EH8A 1JT5A 2L9VA 3E6BA 3L2WA 1TWHJ 2H8WA 1YS7A 2VE8A 4KNYA 2EZIA 1B1BA 1QZZA 3PM1A 4B48A 3FUQA 1C0WA 5AONA 2ZSHB 4E7ZA 2HYGD 2G7HA 5GAHJ 3FF5A 2V1UA 2VB6A 3BJ6A 2DPUA 1R36A 1PWAA 3AKIA 3FJBA 1DDNA 3T8RA 3CCYA 3VFZA 3EF2A 3VODA 3SEZA 5E18F 3BZCA 1TTYA 1HW1A 1H9GA 3IAM2 1B72B 2HWVA 3C18A 5HLIA 1T9FA 1KONA 3JAMZ 4DIQA 1YRNA 1TNTA 2K4BA 4BHCA 1IRZA 3VT1A 3FISA 2DOFA 2P39A 5F08A 4EGZA 2E2IJ 1LVKA 4A5MA 4OU0A 2CMPA 1HIBA 1HXDA 1SZ6B 5GPCA 3AAFA 3BAOA 3SDBA 5ICEA 2PBIA 4I4XA 4UB6C 1IJWC 1Y0NA 3J7YJ 1NTCA 1SFEA 5J40A 3BTAA 4KEIA 3OMYA 3I3LA 2K9MA 2XHKA 1VQ6I 4UXNA 3I0TA 3A4CA 4KN4X 1FP1D 2OCCH 1X1BA 4J2XA 4NC6A 1NK3P 2MH2A 1HKNA 4Q47A 4XKVA 5EC5A 2GO2A 1PYVA 2QZ8A 1WD3A 3FJAA 3O5WB 4LO1C 3ERED 1IN6A 2CGPA 1QA6A 1AVXB 4NC8A 4EFPA 1IN4A 3S1MJ 4BQQA 4P1WA 3I4PA 2WTEA 3HRUA 2K86A 1FMWA 1WH5A 5ICCA 3SFZA 5HVQC 3MKLA 4PSWA 4IQJA 1I3AA 1G59A 3DF8A 2H27A 2NVXJ 1X1AA 3G1OA 3LTQA 1BLDA 1WJAA 3DFGA 3ZQ7A 2LLKA 2V26A 3HRTA 1G3SA 1FYKA 4RB2C 3F62B 5F0HA 2X0LA 2FE3A 5DEQA 4EMSA 2KKOA 2LOOA 2ZJRF 1FTZA 3GTMJ 1TWCJ 1W3FA 4D5FA 1T2KA 3DTIA 4RA2A 2BOLA 4QBCA 1FOYA 4IOCF 1IV6A 2ZFUA 2FDBM 4LK1F 1UELB 5TGTA 2LR8A 2HDCA 3HTUA 3JUTA 3FXUA 1Q1UA 3O8HA 3VT0A 1Z67A 2NVYJ 5E3NA 2DBBA 3DLAA 1K6OA 2K9NA 4NQWA 3CF5F 2L9RA 4P0JA 1UAAA 2EA4A 1ZHFA 3WO3A 4KJZA 2BVMA 2NVHA 3K4KA 2HPIA 4D0TA 4BYYA 3QPLA 2HPMA 1Z7LA 4E70A 5BP5A 4A0YA 4ASNA 2H6BA 1MJBA 3PNYA 1GGPB 1ISVA 1BC7C 4LO7C 4J19A 2DYRH 3MMYB 4X0GA 3WTZA 5EF6A 1OCZH 4N9IA 3HUGA 2VQGA 4NQWB 2H94A 1UHWA 1IZ1A 4L5EA 4DQ2A 2HI3A 3GVAA 4OUJA 2ZMEB 5FFZA 2Y48A 4IKFA 4A12A 1IRFA 4BACA 2GA2A 1P2FA 3E6DA 4Q4ZF 4XORA 1S9HA 5HS8A 2D7IA 3I54A 5HLGA 3HBWA 1WJBA 5FGMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2VXT I;  2FFU A;  4ZFY B;  1WBC A;  2D44 A;  4L4I A;  1S0B A;  4QAL A;  1AXM A;  4I7I A;  3T8S A;  4IY9 A;  4PC4 A;  1ISW A;  4I1B A;  4I4P A;  3PUB A;  3R4U A;  1ABR B;  2Q3N B;  5BP5 C;  3O49 A;  3FJF A;  5GAQ A;  1QQK A;  1Q03 A;  3VSZ A;  1N4K A;  4OEE A;  1G82 A;  2IWT B;  4L4H A;  5JMC A;  2KKI A;  2FO1 A;  4JKQ A;  3N7M A;  4J23 B;  5FZY A;  4KC3 A;  1IT0 A;  1IRA X;  1XZZ A;  3FJH A;  4EB2 B;  2VUA A;  8I1B A;  2F8X C;  2L5X A;  3WO4 A;  1XYF A;  4QKR A;  4R6U B;  5D61 A;  3O4D A;  3AH4 A;  3HMY A;  5HPZ A;  1G9D A;  1W3A A;  1JQZ A;  1A8D A;  3AH2 A;  2ET2 A;  4EKX B;  4D8H A;  1QQL A;  4G6J A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1F1Z A;  1KU2 A;  4ZYG A;  5C44 J;  3A02 A;  3CDI A;  2ZKZ A;  4ZYH A;  3J7Z I;  1CQT A;  1YS6 A;  4I01 A;  5F0F A;  4C9Y A;  1SFK A;  3LSH A;  1P7I A;  5BXR A;  4BBR J;  4M9S A;  2NAZ A;  1I50 J;  1KU9 A;  2E36 A;  4R8H A;  5JLX A;  5A2Q K;  1OR7 C;  1E17 A;  4LG0 B;  2BYV E;  2MH9 A;  2EFN A;  2IGM A;  2MC3 A;  1T4Q A;  2VOD A;  2VSA A;  4DNC A;  1VZ0 A;  1TQP A;  3F8M A;  1ZR4 A;  2M5W A;  1IG7 A;  2EA2 A;  5D5X B;  2EIN H;  4ZDP A;  3RMX A;  4EFR A;  1IN5 A;  4LFU A;  4N4O B;  4ENJ A;  3HEF A;  2JN6 A;  4Q9P A;  1DP7 P;  2L7Z A;  3I2X A;  2I1B A;  2LC2 A;  3R60 A;  4CYC B;  5EJC A;  1KU7 A;  1K5V A;  2M87 A;  1IXC A;  4HPQ A;  1DPR A;  4XBF A;  3CCL I;  2JK3 A;  3JRE A;  1Y8Q B;  4V19 K;  2LIE A;  5BS6 A;  4A3J J;  3TED A;  3PQK A;  5DUY A;  4HSR A;  2NP0 A;  3CP2 A;  3VYR B;  3GZ6 A;  1KQ8 A;  3J7A O;  2VXR A;  4BJ6 C;  4P96 A;  4END A;  5D4R A;  2BHZ A;  4KIG A;  5TJJ A;  1I27 A;  4JKX B;  3GZ5 A;  3OYD A;  1OLT A;  3RYP A;  3WGI A;  4CH7 A;  1XSD A;  1BFB A;  1YG2 A;  1O3S A;  4EEE B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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