The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
47
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sequence length |
182
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structure length |
182
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Chain Sequence |
GQVKVFRALYTFEPRTPDELYIEEGDIIYITDMSDTNWWKGTSKGRTGLIPSNYVAEQAESIDNPLHEAAKRGNLSWLRECLDNRVGVNGLDKAGSTALYWACHGGHKDIVEMLFTQPNIELNQQNKLGDTALHAAAWKGYADIVQLLLAKGARTDLRNIEKKLAFDMATNAACASLLKKKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of human osteoclast stimulating factor
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Signaling protein
|
source organism |
Homo sapiens
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molecule keywords |
Osteoclast-stimulating factor 1
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total genus |
47
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structure length |
182
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sequence length |
182
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-09-14 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
A | PF12796 | Ank_2 | Ankyrin repeats (3 copies) |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain | ||
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y1L E; 1M3A A; 1X6G A; 1T0J A; 2HSP A; 2I0N A; 2ETB A; 2ROL A; 4J9B A; 2JXB A; 2W0Z A; 4JJB A; 5IHK A; 5ENR D; 1JXO A; 2K3B A; 4JB8 P; 1AOJ A; 4D8D A; 4WCI A; 1AWW A; 2L2P A; 5EID A; 4Z89 A; 3LJN A; 2CUB A; 1WDX A; 3C0C A; 4LNU D; 1DCQ A; 3H0I A; 1K9A A; 3SEM A; 2E5K A; 1RI9 A; 2YSQ A; 2FO0 A; 2J06 A; 1ZUK A; 1OY3 D; 3EHQ A; 5AQA A; 1QWE A; 2A08 A; 3H41 A; 3KFV A; 2RFA A; 1WYX A; 5L23 A; 2KNB B; 4DEX A; 2BTT A; 3VS3 A; 1TUC A; 1K3Z D; 4OMM A; 4RTV A; 2P4R A; 1M3B A; 4BSZ B; 2P2C P; 2RQT A; 1N0Q A; 1KIK A; 5JA4 D; 1BBZ A; 2K7A A; 4OMO A; 2ETA A; 4LSZ E; 4U8Y D; 3Q9N C; 4QT7 A; 2MCN A; 1M3C A; 2QYJ A; 3TWS A; 5EIB E; 1S1N A; 2OJ2 A; 2KXP C; 3M0P A; 1CSK A; 3VS6 A; 1OEB A; 3J5P A; 3TVT A; 3TSZ A; 2JAB A; 5ENP D; 2QDL A; 1AWC B; 1WFW A; 2HE0 A; 5FIN A; 2J6O A; 1UJ0 A; 4C48 B; 2RPN A; 4O60 A; 2K79 A; 2DWZ A; 3R6N A; 4LN2 A; 2DL3 A; 2DYB A; 1UTI A; 1NYF A; 4J9E A; 3B95 A; 4RTW A; 5AAO A; 1IO6 A; 5ENS D; 1BI7 B; 1GCQ C; 1GFC A; 1RLQ C; 1NLO C; 1VYU A; 1J3T A; 2FO1 E; 3NOC D; 3T9K A; 1BI8 B; 2GBQ A; 5IXB A; 1K0S A; 5EC7 A; 2JMA A; 2J6K A; 1UHC A; 4KRT A; 3I5S A; 1BB9 A; 2KGT A; 5BXO A; 3NPF A; 2GQI A; 4F14 A; 1NFI E; 2MYO A; 2CSQ A; 4OAU C; 1SPK A; 4IIM A; 1OT8 A; 4D8K A; 1PNJ A; 1S70 B; 1X6B A; 4RTU A; 3UTM A; 1NEB A; 4HB5 A; 4RTZ A; 2XEE A; 2IIM A; 2YT6 A; 3VRZ A; 4YDW A; 4ESR A; 4JJD A; 4B93 B; 3B7B A; 1PKS A; 2PTK A; 2AKK A; 3NGP A; 3M0Q A; 1NLP C; 3I5R A; 5FWB A; 2ED0 A; 2ED1 A; 1X2K A; 2LJ3 A; 1XOV A; 4AFZ C; 2NYJ A; 2EGA A; 2EW3 A; 5AN8 A; 2CSI A; 1KFZ A; 2RNA A; 4GLM A; 2DL7 A; 2EYZ A; 1UHF A; 2EGC A; 2DE0 X; 1IHB A; 5KWD A; 3UI2 A; 1ZX6 A; 4OMP A; 1UE9 A; 1B07 A; 2EYX A; 2AK5 A; 1SRL A; 2VWF A; 4J7W A; 4J9C A; 1T3L A; 4BET A; 3VRY A; 1SHG A; 2V1R A; 2HDA A; 3VS2 A; 1WLP B; 2G6F X; 2KRN A; 4JZ3 A; 4K5A B; 3EG1 A; 2EVR A; 3PE0 A; 5CEC B; 3A98 A; 1UEC A; 1WA7 A; 2FPE A; 4K5C A; 2RN8 A; 3TWX A; 2FPF A; 4AG1 C; 5KBA A; 5ENO D; 2BZ8 A; 1BLX B; 1JXM A; 1NEG A; 2XEH A; 2VGE A; 2DA9 A; 2YUO A; 2DJQ A; 3VS1 A; 2GNC A; 4AFU C; 1BK2 A; 5IHN A; 2KYM A; 4DEY A; 2ZGD A; 3JXI A; 3M0T A; 2AZS A; 2ENM A; 2DRM A; 3I35 A; 4CC4 B; 1ZSG A; 4TUM A; 1FMK A; 1M27 C; 2LJ1 A; 4Z88 A; 4HCK A; 5HKP A; 1KJW A; 1RUW A; 1WXB A; 2YDL A; 5I11 A; 3TWU A; 1RLP C; 2EYY A; 2V4H C; 3ZNG A; 1G2B A; 1YCS B; 2ESW A; 3T8K A; 1KSW A; 2VVK A; 2HEQ A; 4HVW A; 3EG2 A; 3THK A; 2F37 A; 1M8M A; 2SRC A; 1U06 A; 1TR4 A; 5BXU A; 2KRS A; 5EYL A; 2J7I A; 3TWT A; 2ABL A; 4CC2 A; 2YUN A; 2DBK A; 2F8Y A; 1VYV A; 2VKN A; 4JPB W; 2DZO A; 2CT4 A; 2JW4 A; 2PNN A; 3PVQ A; 4OMQ A; 3Q9U C; 2O9S A; 4ZFH A; 4F16 A; 1ZUU A; 2KE9 A; 4CC3 A; 1AWX A; 1B3Q A; 2CT3 A; 3C5R A; 1I07 A; 2JTE A; 2XEN A; 1PKT A; 1Y57 A; 2JS0 A; 4HRM B; 3QWX X; 1E6H A; 5AQ9 A; 4QFV A; 1X69 A; 3M0R A; 1AWO A; 4DX5 D; 1WG0 A; 1UG1 A; 1X27 A; 5KNH D; 2DIL A; 2RMO A; 3EG3 A; 4J9D A; 3IXE A; 2EYW A; 3TWR A; 5ECA A; 3AAA C; 2O2O A; 5IHI A; 1MX6 A; 5CBO A; 3QWY A; 1AEY A; 2DBM A; 2ECZ A; 3O5Z A; 1IKN D; 3J5Q B; 2LCS A; 2XZD G; 1GRI A; 1PHT A; 2CRE A; 4LNP A; 2KBT A; 3UA7 A; 1SRM A; 2L3P A; 4J9F A; 4O1P A; 2M0Y A; 4K11 A; 2DNU A; 1I1J A; 1MUZ A; 2HBW A; 3H0H A; 2YUP A; 1GBR A; 3VS4 A; 1WDY A; 5HRY A; 3EU9 A; 3M0S A; 5ENQ D; 1Z9Z A; 3DEP A; 1MX2 A; 4AFQ C; 1BD8 A; 2JS2 A; 5ENT D; 2KBX A; 5KNG A; 2O31 A; 2V5Q C; 1GL5 A; 4HQD A; 4N5Q A; 3ULR B; 3FJ5 A; 3V2O A; 1E6G A; 2H8H A; 1WI7 A; 5FW9 A; 5HCK A; 2YUQ A; 1JQQ A; 3NOG D; 3RNJ A; 2L3S A; 2RQV A; 3REB B; 1K76 A; 3VS7 A; 1UFF A; 1YMP A; 2KT8 A; 2B0O E; 4O1O A; 1MX4 A; 2DVJ A; 3ZUV B; 4OML A; 1CKA A; 1I0C A; 1W6X A; 1YP5 A; 1ABQ A; 2QC9 A; 2O9V A; 2ROT A; 2DZN A; 3UF4 A; 5CEA A; 4RTY A; 2D1X A; 1AZE A; 3IQL A; 4G8K A; 4FSS A; 5IH2 A; 2FRY A; 4JZ4 A; 1UGV A; 2LX7 A; 3TWV A; 2FRW A; 1VA7 A; 2JM9 A; 1TG0 A; 2W10 A; 4ORZ A; 2LQW A; 2KYB A; 2DL8 A; 1UOH A; 4F1P A; 4YDY A; 1DC2 A; 2JMC A; 4M4Z A; 4X1V A; 5JMN D; 1HSQ A; 4R0K A; 3ZL7 C; 2DRK A; 2MOX A; 4EIK A; 1GCP A; 2HCK A; 2C0T A; 5HS0 A; 3H0F A; 1YWP A; 5AAR A; 2DL4 A; 3M0U A; 4CC7 A; 2DL5 A; 1SEM A; 2K9G A; 2XMF A; 3NHN A; 1ZUY A; 1V1C A; 4NIK A; 2SEM A; 2KT1 A; 3RBB B; 4U95 D; 2KEA A; 2RFM A; 1H8K A; 3D9H A; 2J6F A; 1AVZ C; 4DX2 A; 3SHW A; 2CUD A; 4Z8A A; 2JT4 A; 3V79 K; 2FEI A; 3ZKJ A; 1FYN A; 4BES A; 2F2X A; 1ARK A; 3GBQ A; 2ZGG A; 2X3W D; 2JM8 A; 4DX6 D; 2A36 A; 2A37 A; 4RLY A; 3EGU A; 1A0N B; 4QQI A; 1A5E A; 2KXC A; 1X43 A; 1UJY A; 2DX1 A; 3TWQ A; 4DX7 D; 4IIO A; 4J8Y A; 1SHF A; 2KRM A; 2V1Q A; 4Z68 A; 4ATZ D; 5EIL A; 1BU9 A; 4AFS C; 3ZU7 B; 2F2W A; 1T0H A; 2PZ1 A; 2EPD A; 3EG0 A; 4UUC A; 2ETC A; 1YN8 A; 3JXJ A; 1PRM C; 2DVW A; 1QKX A; 2BKG A; 2AZV A; 2L6B A; 1ZLM A; 1MYO A; 2AJA A; 3TSW A; 2EQI A; 1GBQ A; 2RF0 A; 5CED B; 2M51 A; 2KR3 A; 1HD3 A; 3NBN B; 1QCF A; 1T3S A; 1MJ0 A; 2DM1 A; 2C0O A; 2RQU A; 1IXV A; 4CZ2 D; 1OPK A; 3JV3 A; 1WX6 A; 1BU1 A; 2DLP A; 3SO8 A; 3TWW A; 3EHR A; 3PVL A; 4HLL A; 4Y92 A; 1H3H A; 5CBN A; 1N0R A; 5D66 A; 3HRA A; 2A28 A; 3U23 A; 3NMZ C; 5AQB A; 2NWM A; 1GFD A; 1U3O A; 4RTT A; 1SVX A; 1GCQ A; 2OAW A; 2L0A A; 2F8X K; 5FWC A; 3REA B; 5GJW B; 4HNA D; 4ZHB A; 1OPL A; 4U96 D; 1K1A A; 1QLY A; 1HJD A; 1K4U S; 1AP7 A; 1NM7 A; 2GTJ A; 4HRN A; 2RQR A; 1PWT A; 2OI3 A; 2D8H A; 3VS0 A; 4GMR A; 1OOT A; 4HI8 A; 1H92 A; 1YWO A; 1E7O A; 4GBQ A; 3UA6 A; 1NG2 A; 2CH4 W; 1Y0M A; 5AQ7 A; 3VS5 A; 2K6D A; 2B86 A; 2EKH A; 2DMO A; 2XZT G; 2O88 A; 4JJC A; 3UXG A; 1QWF A; 1SW6 A; 1AWJ A; 1WXU A; 2GTO A; 1K1Z A; 5FIO A; 3V2X A; 1CKB A; 2CH4 A; 4RUG A; 1U5S A; 1MV0 B; 4BER A; 1AD5 A; 1LCK A; 4BEP A; 2DF6 A; 4LG6 A; 2D8J A; 3CQT A; 3V30 A; 2K2M A; 2CDT A; 3I9Q A; 3AJI A; 4LUE A; 1G3N B; 1D9S A; 3JUE A; 4J9I A; 1AZG B; 2GGR A; 4ZNX A; 2J05 A; 5EYP F; 4OMN A; 2BZY A; 1X2Q A; 2EGE A; 4HVV A; 4F6R D; 3W9F A; 2F2V A; 5CER B; 4HVU A; 5I22 A; 1JU5 C; 4HXJ A; 4GPM A; 2BKK B; 4AG2 C; 1K1B A; 4HBD A; 1YNZ A; 4K5B A; 2L3Q A; 1N5Z A; 1YYH A; 4DRX E; 2LP5 A; 4LE9 A; 4LUD A; 5ITZ F; 4RTX A; 4U8V D; 2C0I A; 2FG0 A; 4DX1 A; 2KRO A; 2LQN A; 2KXD A; 1WIE A; 1M30 A; 2BZX A; 1WXT A; 4J9H A; 1JEG A; 4A63 B; 4DUI A; 2AKL A; 2Y0B G; 1UUE A; 1JO8 A; 3W9G A; 2D0N A; 4HI9 A; 1PRL C; 4F17 A; 2RQW A; 1QYM A; 2EBP A; 2LJ0 A; 1NYG A; 2LZ6 B; 3V31 A; 4J9G A; 1K0X A; 1QKW A; 5IXF A; 1UDL A; 2J8S D; 2LNH B; 1W1F A; 5GJV B; 1W70 A; 2LMJ A; 4CYM D; 4E6R A; 1Z9Q A; 2A5E A; 1G83 A; 3LH5 A; 4G8L A; 2NUZ A; 2MIO A; 2FPD A; 3F6Q A; 5EN5 D; 1ABO A; 1MV3 A; 1TUD A; 1OV3 A; 1EFN A; 2X3X D; 1N11 A; 4HRL A; 3UAT A; 2PNI A; 4OAV B; 1VYT A; 1ZBJ A; 3DEO A; 3KEA A; 3HG0 D; 1SSH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C92 F; 2I0N A; 1M3A A; 2Z0W A; 3MEA A; 2HSP A; 3UIN C; 2JXB A; 3FTU A; 3CC4 T; 3CD6 Q; 3LY8 A; 5ENR D; 1LOJ A; 1JXO A; 2CP7 A; 3UX4 A; 5CCL A; 1RAD B; 5DM7 R; 2DD5 A; 5FQ4 A; 4L9P A; 3ZRH A; 3NQP A; 3C0C A; 1DCQ A; 1HS6 A; 2XS1 A; 2OTJ T; 2J06 A; 1OY3 D; 3EHQ A; 4U8H A; 5AQA A; 2A08 A; 3O8V A; 1WYX A; 4KT0 E; 3GOX A; 4A4F A; 4KUL A; 2VYI A; 4DEX A; 2BTT A; 4AXH A; 3M57 A; 4Q69 A; 1TUC A; 2JN0 A; 1UB4 A; 4RTV A; 3AHU A; 5GMK i; 4EMH A; 1TEZ A; 4KVO A; 1ZBX A; 1OWP A; 2P2C P; 1U2V G; 5B3S E; 4AMC A; 3MO8 A; 1EDU A; 3I3N A; 3JCK C; 4AV7 A; 1BBZ A; 2K7A A; 4OMO A; 2COY A; 2ETA A; 4JVS A; 4U8Y D; 2QA4 A; 3Q9N C; 5KYW A; 1YJ9 A; 4PDX A; 4EEC A; 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3CHP A; 3X28 B; 1XNI A; 2RM4 A; 1PSE A; 5GAM e; 2Y4U A; 1BKB A; 1TH7 A; 3CME T; 3CVY A; 5AN8 A; 5DBK A; 5J39 A; 4FW2 A; 3CMA Q; 2ATC B; 1VQO Q; 3PUK A; 2DL7 A; 2M02 A; 2HBP A; 5GMK m; 3CVP A; 3PTA A; 4L2L A; 3Q4A B; 3L13 A; 2EYX A; 4FIB A; 2GRN B; 3SFY A; 1SRL A; 4J7W A; 4J9C A; 4JZY A; 4JXT A; 1T3L A; 3CCV T; 3VRY A; 4M7D A; 2R02 A; 1N8R U; 3CC7 Q; 2G6F X; 2KRN A; 4C92 A; 3RKX A; 3FUK A; 4K5A B; 4LUN U; 4A1G A; 1G3Y A; 2DTO A; 2RO0 A; 5CEC B; 4KYO B; 1WA7 A; 3A98 A; 3FUN A; 4K5C A; 5FRO A; 4DI4 A; 3HFO A; 1BIB A; 3E30 A; 4AG1 C; 4KMO A; 1OXJ A; 4J8S A; 2HQX A; 4CDR A; 2BZ8 A; 3M54 A; 4Q94 A; 1NEG A; 2XEH A; 3CST A; 4I1A A; 3EGD A; 3VS1 A; 2DJQ A; 4LRZ A; 1QVF A; 3Q75 A; 5IHN A; 3O48 A; 2KYM A; 2PL2 A; 3ASD A; 2ZGD A; 3JXI A; 3M0T A; 1W2B P; 1ZSG A; 3DPY A; 4TUM A; 1FMK A; 4ILG A; 5C0M A; 2O4X B; 4FC8 A; 1RUW A; 3H9N A; 2ZAE A; 4M75 G; 4P5N A; 3QB2 A; 1TYQ G; 2KSS A; 3JCM c; 2R03 A; 4PFO A; 2V4H C; 1VQ5 Q; 2ESW A; 1YCS B; 5ENN A; 1TOV A; 4C5E A; 3PRE A; 2HEQ A; 1UEB A; 3OYC A; 1SZ9 A; 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