3I3LA

Crystal structure of cmls, a flavin-dependent halogenase
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
567
structure length
550
Chain Sequence
HMTRSKVAIIGGGPAGSVAGLTLHKLGHDVTIYERSAFPRYRVGESLLPGTMSILNRLGLQEKIDAQNYVKKPSATFLWGQDQAPWTFSFAAPAPWVFDHAVQVKREEFDKLLLDEARSRGITVHEETPVTDVDLSDPDRVVLTVRRGGESVTVESDFVIDAGGSGGPISRKLGVRQYDEFYRNFAVWSYFKLKDPFEGDLKGTTYSITFEDGWVWMIPIKDDLYSVGLVVDRSKSAEVREQGADAFYSSTLAKCAKAMDILGGAEQVDEVRIVQDWSYDTEVFSADRFFLCGDAACFTDPLFSQGVHLASQSAVSAAAAIDRITRHGDEKDAVHAWYNRTYREAYEQYHQFLASFYTFASFTEPDSEFWRKRRITESDDDRLTRKKWFESFRDRASTMIAIGRHQRPELSDDFSEAELNPARVRWISDLTKRLNSITRFKWTGGKAVLKQHYRVEPIGFRLEQREVLANGEGLDMAQYPMDDEARQIFQDLAEEEFGYKTLVKRLGAVGRQELSTQIVVRLMEAGLLTGYDAQGEKVFVQGRLHFGGVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chloramphenicol Biosynthesis: The Structure of CmlS, a Flavin-Dependent Halogenase Showing a Covalent Flavin-Aspartate Bond
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkylhalidase CmlS
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces venezuelae
total genus 186
structure length 550
sequence length 567
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1370 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3i3lA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 3i3lA01
2YAUA 1ZOVA 2OAMA 4Y4LA 3NTDA 4EMWA 3NN6X 4BURA 1YQ4A 3CGBA 1QJDA 4J31A 5U25A 2QCUA 3DH9A 4IV9A 1KNPA 3EPTA 3ISHA 4Y4MA 5U63A 2WP5A 3AE8A 1IUTA 3BI2A 1E1KA 4NEVA 4U8JA 5GRTA 1D4DA 3CPHG 1LPFA 3QFAA 3P4SA 2YLWA 1JRZA 4AOSA 1B4VA 1D7YA 2Q0KA 3KU9A 3UKLA 1TYTA 4EQRA 2NPXA 2YWLA 3LXDA 4OPTA 5EBKA 1NPXA 2VZ2A 1F8WA 1E1LA 2C76A 3AEBA 3PO7A 1EL5A 2AAQA 3GD4A 4U8OA 2GVCA 4YTNA 1D5TA 3WE0A 3M13A 3CIRA 3GYIA 2GQFA 1N4UA 2Y6RA 3DJGX 3AE2A 1PDHA 3DJEA 1H83A 3D1CA 4HA6A 4Z44A 3QJ4A 2ZZBA 2VOUA 3SGLA 1KDGA 3NH3X 4JQ9A 2R0GA 4B69A 1FOHA 2GMJA 2IVDA 4YTPA 2C67A 4NTDA 1BF3A 3DJJA 5M0ZA 1H81A 3S5WA 5BUKA 2Q7VA 1VG0A 3KPFA 4U8KA 4ZCCA 4FK1C 3DK4A 1JRXA 1L9CA 4DNAA 3AWIA 4EM3A 4UDQA 4H50A 5BVAA 3CNPA 5KVIA 4LU6A 1M6IA 1CJCA 4FX9A 1S2QA 3VRBA 3ABVA 3EAOA 3SM8A 1L0VA 4X9MA 2V5ZA 4BK2A 4ZCDA 3AE4A 1NENA 2X99A 4NEWA 2XVIA 4O5QA 1OJDA 4IVOB 3NYEA 3DGZA 2JB3A 1GETA 3B6DA 4USQA 3AE7A 2XLSA 2Y6QA 3ZDNA 3NK2X 2VVLG 1FEBA 1UKVG 4C77A 2VQ7A 3RP8A 2IIDA 4NZHA 3LZXA 4A7AA 1OJAA 1IJHA 1PBEA 2IVEA 2TMDA 4GRTA 4RG4A 4YWOA 4Z2TA 4ZN0A 3P4QA 3OC4A 5KRQA 3Q9TA 3AD7B 1N4VA 4K5SA 4TM0A 1IUSA 3QSMA 4PAAA 3AEFA 1PJ7A 3E1TA 4YSZA 3BNMA 1REOA 3ITJA 3UTHA 2YLRA 1E7PA 5EB5A 1BKWA 1F3PA 2BA9A 2HQMA 4TLXA 5JCIA 5IPYA 1GESA 3UKKA 1DJNA 4U2LA 2YM2A 1ZKQA 5C3JA 2YQUA 4H4PA 2WPCA 2YG4A 1CHUA 5FMHA 2XFOA 3GWFA 3UP4A 4A6NB 2WEUA 3AYIA 4Z24A 4H4SA 2YR6A 3F8RA 4EIQA 2YR4A 3UOVA 2A87A 5FS6A 2E1MA 4J57A 2Q6UA 4JY3A 1VDCA 4GDPA 2VQBA 5EOWA 4EQWA 2C3CA 1PBBA 1ZY8A 2WOIA 2E4GA 2BC0A 2FJAA 2VRMA 4BJZA 2FJDA 1GPEA 4LA1A 4I59A 2GRTA 3JSKA 3KVEA 3NTAA 5KOXA 4J56A 3FIMB 5M10A 2V6OA 1Z6LA 3AD8B 2WPFA 3FPZA 2YR5A 3QVRA 1H84A 1TDKA 1LTXR 1D4EA 1H86A 3AEDA 2GR1A 1ZMDA 3V3OA 2V3BA 3CGEA 3RNMA 3IHGA 4JDRA 1TDNA 3NN0X 2E5VA 3B3RA 4OPDA 4B68A 1GXFA 2J3NA 3ADAB 2YG6A 3UKQA 4JNQA 1PXBA 3G5SA 1GRAA 4UP3A 1P2HA 4CCQA 2VRLA 1GERA 2XDOA 5DBJA 4A65A 2BCGG 4U2TA 2VVLA 3VRDB 1XPQA 2BXRA 2R4EA 2YLSA 2RGHA 1ZMCA 3LJPA 5EB4A 1K0IA 1LJ1A 5BRTA 5IQ1A 2ACZA 2CULA 2GR3A 4N9XA 2X8CA 1GRTA 3K7TA 4FK1A 1XDIA 5BULA 2Q0LA 2H89A 1O95A 4DGKA 4K2XA 3LB8A 2QA1A 1PHHA 3SQPA 1IUVA 3P1WA 2XLUA 5HXIA 4EMJA 5FS9A 3V76A 2C73A 1EL7A 3GD3A 1GRHA 2YLZA 3CNDA 4FDCB 5ER0A 3KA7A 3V3NA 1KFYA 4Z2UA 2BACA 3UOZA 1JOAA 2BC1A 2R0PA 4B64A 3CNSA 1W4XA 4KX6A 1YY5A 4B67A 4Y4NA 4DSGA 2OALA 4BV6A 2X50A 4LIIA 1L9DA 2BCPA 1D4CA 2WETA 4GCMA 2BS2A 2C70A 3K30A 4A5LA 1CF3A 2R9ZA 3ALLA 5HHFA 1XANA 4B66A 1GREA 1YQ3A 2XFNA 4M52A 2BK4A 4TM1A 1K4QA 2GR2A 1JNZA 2C72A 1YQZA 4I58A 5HY5A 2B9XA 1GRBA 4JN9A 2ARDA 4Z26A 2XFUA 3RP7A 4B63A 2WESA 4YSXA 2BYBA 2TPRA 3FG2P 1JU2A 2XLTA 4XWZA 1S2YA 3BI4A 2Z5XA 1N4WA 4OPGA 1PBFA 1EBDA 1BGNA 1ONFA 1O5WA 2AQJA 3P9UA 1IUUA 2OLOA 3Q6JA 4KPRA 3QFBA 4H4TA 2WDVA 1E6EA 3GWDA 1S3BA 2GF3A 3UKAA 4X9NA 2C7GA 4CY6A 4Z2RA 1Q1RA 3ALMA 4TM3A 1NG3A 3NIXA 4C74A 3NG7X 4D04A 1NAAA 4U2SA 1CL0A 1EL9A 4HB9A 2XFQA 1SEZA 2RGOA 3K7QX 1FCDA 3GYJA 2B7RA 2H88A 4J36A 2FJBA 4AP1A 5U1OA 4OVIA 5CKUA 1XHCA 2WP6A 1GRFA 1Y56A 4K7ZA 2Z5YA 3I6DA 2R4JA 3NGCX 2B9WA 2RGJA 1PS9A 3IWAA 3OZ2A 4CBQA 4GF7A 1GTEA 3AYJA 3ICTA 2AR8A 2GAHB 1BWCA 1B5QA 1M64A 2OLNA 3LZWA 2BS4A 4U8NA 1IUXA 3C4AA 1YKJA 2YLTA 3KLJA 1ELIA 2V61A 3QSSA 5JCKA 2ZBWA 2X8GA 3CGDA 4AT0A 2WPEA 3VRAA 4CNKA 1P2EA 2PYXA 2YM1A 2ZZ0A 1BZLA 1TRBA 2WDQA 2YG3A 3ICSA 1VRQB 3UTFA 4IA5A 3ICRA 2C65A 4CY8A 3NK1X 3KKJA 3COXA 4WCTA 3UP5A 2BK5A 1LQTA 2JBVA 1NEKA 2A8XA 3ATQA 2GV8A 2YLXA 1DXLA 3UKPA 1TDFA 1Y0PA 2WU5A 2PHHA 3SFEA 2WOVA 3UOYA 4B1BA 4ADWA 1MXTA 1GT8A 3NT6A 4Z25A 1KSUA 1ZP0A 2WHDA 1PXAA 3EF6A 2YVFA 5L46A 2XVEA 3T37A 4EMIA 4H7UA 1GV4A 1DNCA 3I3LA 5GSNA 1NHRA 4NTCA 1CJ4A 1E1NA 4UDRA 3ZYXA 4GUVA 4EM4A 3F8PA 2GAGB 1CJ2A 1K0LA 1MO9A 1LV0A 2XLPA 3AE9A 2C3DA 4OPLA 1JEHA 2FJEA 3AYLA 3GDPA 1PJ6A 2DKHA 4H2NA 2QAEA 2GQWA 1ZOYA 2CVJA 2EQ6A 3H4KA 4UDPA 4X4JA 1F8RA 2YVGA 3ATRA 3AE3A 4BJYA 5KOWA 3NLCA 5LV9A 3DGHA 4H2RA 5JCMA 3P4RA 4J34A 5JCNA 3FBSA 2CDUA 3C96A 1FECA 2F5ZA 4PABA 2WQYA 3AE1A 4U8MA 3DK9A 4H4YA 4AP3A 3GSIA 4U8PA 3EANA 4K8DA 1KF6A 5FS8A 4GR1A 1N1PA 3P4PA 4EQXA 1K0JA 4IA6A 2C64A 3GMCA 3BHFA 4YTMA 4YKGA 1S3EA 1O94A 2WU2A 4CCRA 2WOWA 2R45A 1KSSA 4Z43A 5J7XA 3CTYA 1NHPA 3SFDA 5KVHA 3K7MX 2V3AA 4O5UA 1GSNA 2B7SA 1B8SA 1CJ3A 2ZZCA 3D8XA 4OPIA 1FEAA 1PXCA 1E39A 4JY2A 1GTHA 2GMHA 1NG4A 1QLBA 2YG7A 1AOGA 3FMWA 3UOXA 2QA2A 1ZDLA 2UZZA 1MOKA 1PN0A 3UKHA 3URHA 2X8HA 4BK1A 1IUWA 1D7LA 1KNRA 3CNJA 4H2PA 5HYMA 4H4RA 3PVCA 4E0VA 3II4A 4YKFA 1HYUA 4H4XA 1TDEA 3QSEA 5IQ4A 3RHAA 4K5RA 4AT2A 3AD9B 4TLZA 1PBDA 3AE5A 3GDNA 4C5OA 4H2QA 4YXDA 3CGCA 3CPIG 5C2TA 2JKCA 3IC9A 4TM4A 1H82A 1H6VA 1FL2A 3IF9A 4J33A 4JNAA 3HZLA 1BGJA 1V59A 4J2WA 2YG5A 5J60A 1GRGA 1ZX9A 2GH5A 2XVJA 1GALA 3G5RA 3AEAA 1CC4A 1VG9A 3C4NA 5KWFA 1QO8A 3NKSA 2EQ9A 3CNTA 4OCGA 4A79A 2DKIA 1JNRA 2B9YA 3GMBA 3NHOX 2CFYA 1E1MA 3H8IA 5JCLA 1ZK7A 2XVHA 4P9SA 4IVMB 4AOXA 2EQ7A 2WDRA 3CN8A 2V60A 4REKA 1RYIA 2XFPA 1B37A 3UKFA 3UTEA 4YT0A 3DJDA 2BK3A 3AE6A 2XYOA 4H4VA 4NTEA 4USRA 4C3XA 1CBOA 3NRNA 3BNUA 3QVPA 3M0OA 4K22A 4U8LA 3DK8A 3H8LA 4CNJA 1RP0A 4MJWA 1TDOA 4OPCA 2JK6A 2XCGA 4RG3A 3NNEA 2C75A 2JB2A 3AEEA 4H4WA 4BK3A 4EIPA 2I0ZA 3VR8A 4EQSA 1CC6A 1Y56B 3NYCA 4OPUA 4APNA 4GDEA 2B76A 2JB1A 3S61A 4YSYA 1DOBA 3AB1A 3KD9A 2XVFA 2EQ8A 4ICYA 2R0CA 5KXJA 2YVJA 5CQFA 3LADA 4XXGA 2R46A 1DJQA 4A6NA 1F8SA 2BS3A 3REDA 1COYA 1DOCA 2X3NA 3AEGA 3NYFA 2GB0A 1OJ9A 3CPJG 1PBCA 1OJCA 1PJ5A 3ALJA 4DSHA 1GEUA 1Q1WA 4ECHA 1X31B 2BABA 4A9WA 2APGA 1LQUA 1GNDA 4XWRA 2A89A 3BI5A 1EL8A 3UTGA 1NDAA 2FBWA 5TR3A 4B65A 1NHQA 2W0HA 1VQWA 2GR0A 2C66A 2NVKX 3GRTA 4C3YA 4WX1A 3IHMA 1JRYA 2WS3A 3NK0X 3VQRA 5FS7A 4YSHA 3DA1A 3L8KA 1DODA 3R9UA 2RABA 1L9EA 3F8DA 1NHSA 3M12A 4H4UA 3AECA 1Q9IA 2O9ZA 1RSGA 4CRTA 4D03A 3AXBA 4RSLA 2JAEA 1F6MA 2WBAA 2OA1A 1H7WA 4U8IA 4H4ZA 3O0HA 3RP6A 3UCLA 2BXSA 2GEWA 4A99A 2VVMA 3GRSA 3DMEA 3PS9A 1TYPA 4H4QA 1CC2A 3L1RA 1DOEA 3BHKA 3G5QA 1OJTA 2XLRA 3LOVA 1H7XA 2WP9A 1GOSA 1LVLA 3VR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ABZA 2OAMA 2DYRH 4Y4LA 1J0RA 5FKOA 5J1UA 3NN6X 4BURA 3CGBA 1QJDA 2B9SA 3BT9A 2EWNA 4M6VA 4BXUA 1MSEC 4IV9A 1KNPA 1KU9A 2P0WA 2EQRA 3M07A 1K61A 3EPTA 3QPLA 2WP5A 2QCOA 4RLFA 3AE8A 4DNCA 4HSTA 3PM1A 1IUTA 1Y0NA 3F0CA 2IGKA 3JRIA 1IO2A 4MHGA 1FP1D 4HRIA 2BHZA 4ZYAA 5E20A 3BR5A 2KFDA 4XR6A 1FOXA 4GAVA 3G6EI 3C3WA 4XORA 2XF5A 4Y7NJ 1UHWA 2QSFX 2I10A 3HOZJ 1QA6A 3TMOA 1E1LA 1Y8QB 1MMSA 3W6KB 3OSFA 3PSIA 2H6CA 4GYIA 1U2WA 1D5TA 4A6EA 2XAGA 3EQLF 4RAYA 3U1KA 1N4UA 2GQFA 3NAUA 2CYYA 1U0JA 1NHAA 1PDHA 3BWGA 2DMQA 2VPRA 1TWAJ 3BC8A 3D1CA 4Z44A 1Y39A 2VOUA 2AQEA 1KDGA 3T1BA 2R0GA 3HL2A 2FU4A 1FOHA 2GMJA 4NTDA 5M0ZA 1KU7A 1H81A 2R5ZA 1X1DA 4UB8C 3ASNH 2Q7VA 1VG0A 3KPFA 4U8KA 3SZCA 2L9SA 1JRXA 4RGRA 1L9CA 4DNAA 2FBIA 1Z05A 3AWIA 5BVAA 3GBGA 3MCZA 4UB6C 2HWVA 1M6IA 4LU6A 2V1DA 2HZTA 1RNLA 1SVMA 3VRBA 3CJTB 1WQ2A 2DPUA 2L7ZA 5DS9A 2ICWG 5M3MJ 2GA1A 3AE4A 2X99A 5CQGA 3WTUC 1JJ6C 5F27A 1J59A 1IN7A 5E1XA 2VKVA 4CDGA 1G2HA 3BDDA 4U87A 2XLSA 3ZDNA 1DDNA 2VQ7A 2IIDA 4BE2A 2WWYA 3WE2A 1GV2A 2E7WA 2VASA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1PXC A;  1E39 A;  4JY2 A;  1GTH A;  2GMH A;  1NG4 A;  1QLB A;  2YG7 A;  1AOG A;  3FMW A;  3UOX A;  2QA2 A;  1ZDL A;  2UZZ A;  1MOK A;  1PN0 A;  3UKH A;  3URH A;  2X8H A;  4BK1 A;  1IUW A;  1D7L A;  1KNR A;  3CNJ A;  4H2P A;  5HYM A;  4H4R A;  3PVC A;  4E0V A;  3II4 A;  4YKF A;  1HYU A;  4H4X A;  1TDE A;  3QSE A;  5IQ4 A;  3RHA A;  4K5R A;  4AT2 A;  3AD9 B;  4TLZ A;  1PBD A;  3AE5 A;  3GDN A;  4C5O A;  4H2Q A;  4YXD A;  3CGC A;  3CPI G;  5C2T A;  2JKC A;  3IC9 A;  4TM4 A;  1H82 A;  1H6V A;  1FL2 A;  3IF9 A;  4J33 A;  4JNA A;  3HZL A;  1BGJ A;  1V59 A;  4J2W A;  2YG5 A;  5J60 A;  1GRG A;  1ZX9 A;  2GH5 A;  2XVJ A;  1GAL A;  3G5R A;  3AEA A;  1CC4 A;  1VG9 A;  3C4N A;  5KWF A;  1QO8 A;  3NKS A;  2EQ9 A;  3CNT A;  4OCG A;  4A79 A;  2DKI A;  1JNR A;  2B9Y A;  3GMB A;  3NHO X;  2CFY A;  1E1M A;  3H8I A;  5JCL A;  1ZK7 A;  2XVH A;  4P9S A;  4IVM B;  4AOX A;  2EQ7 A;  2WDR A;  3CN8 A;  2V60 A;  4REK A;  1RYI A;  2XFP A;  1B37 A;  3UKF A;  3UTE A;  4YT0 A;  3DJD A;  2BK3 A;  3AE6 A;  2XYO A;  4H4V A; 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 1NHS A;  3M12 A;  4H4U A;  3AEC A;  1Q9I A;  2O9Z A;  1RSG A;  4CRT A;  4D03 A;  3AXB A;  4RSL A;  2JAE A;  1F6M A;  2WBA A;  2OA1 A;  1H7W A;  4U8I A;  4H4Z A;  3O0H A;  3RP6 A;  3UCL A;  2BXS A;  2GEW A;  4A99 A;  2VVM A;  3GRS A;  3DME A;  3PS9 A;  1TYP A;  4H4Q A;  1CC2 A;  3L1R A;  1DOE A;  3BHK A;  3G5Q A;  1OJT A;  2XLR A;  3LOV A;  1H7X A;  2WP9 A;  1GOS A;  1LVL A;  3VR9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ABZ A;  2OAM A;  2DYR H;  4Y4L A;  1J0R A;  5FKO A;  5J1U A;  3NN6 X;  4BUR A;  3CGB A;  1QJD A;  2B9S A;  3BT9 A;  2EWN A;  4M6V A;  4BXU A;  1MSE C;  4IV9 A;  1KNP A;  1KU9 A;  2P0W A;  2EQR A;  3M07 A;  1K61 A;  3EPT A;  3QPL A;  2WP5 A;  2QCO A;  4RLF A;  3AE8 A;  4DNC A;  4HST A;  3PM1 A;  1IUT A;  1Y0N A;  3F0C A;  2IGK A;  3JRI A;  1IO2 A;  4MHG A;  1FP1 D;  4HRI A;  2BHZ A;  4ZYA A;  5E20 A;  3BR5 A;  2KFD A;  4XR6 A;  1FOX A;  4GAV A;  3G6E I;  3C3W A;  4XOR A;  2XF5 A;  4Y7N J;  1UHW A;  2QSF X;  2I10 A;  3HOZ J;  1QA6 A;  3TMO A;  1E1L A;  1Y8Q B;  1MMS A;  3W6K B;  3OSF A;  3PSI A;  2H6C A;  4GYI A;  1U2W A;  1D5T A;  4A6E A;  2XAG A;  3EQL F;  4RAY A;  3U1K A;  1N4U A;  2GQF A;  3NAU A;  2CYY A;  1U0J A;  1NHA A;  1PDH A;  3BWG A;  2DMQ A;  2VPR A;  1TWA J;  3BC8 A;  3D1C A;  4Z44 A;  1Y39 A;  2VOU A;  2AQE A;  1KDG A;  3T1B A;  2R0G A;  3HL2 A;  2FU4 A;  1FOH A;  2GMJ A;  4NTD A;  5M0Z A;  1KU7 A;  1H81 A;  2R5Z A;  1X1D A;  4UB8 C;  3ASN H;  2Q7V A;  1VG0 A;  3KPF A;  4U8K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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