3I3LA

Crystal structure of cmls, a flavin-dependent halogenase
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
567
structure length
550
Chain Sequence
HMTRSKVAIIGGGPAGSVAGLTLHKLGHDVTIYERSAFPRYRVGESLLPGTMSILNRLGLQEKIDAQNYVKKPSATFLWGQDQAPWTFSFAAPAPWVFDHAVQVKREEFDKLLLDEARSRGITVHEETPVTDVDLSDPDRVVLTVRRGGESVTVESDFVIDAGGSGGPISRKLGVRQYDEFYRNFAVWSYFKLKDPFEGDLKGTTYSITFEDGWVWMIPIKDDLYSVGLVVDRSKSAEVREQGADAFYSSTLAKCAKAMDILGGAEQVDEVRIVQDWSYDTEVFSADRFFLCGDAACFTDPLFSQGVHLASQSAVSAAAAIDRITRHGDEKDAVHAWYNRTYREAYEQYHQFLASFYTFASFTEPDSEFWRKRRITESDDDRLTRKKWFESFRDRASTMIAIGRHQRPELSDDFSEAELNPARVRWISDLTKRLNSITRFKWTGGKAVLKQHYRVEPIGFRLEQREVLANGEGLDMAQYPMDDEARQIFQDLAEEEFGYKTLVKRLGAVGRQELSTQIVVRLMEAGLLTGYDAQGEKVFVQGRLHFGGVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces venezuelae
publication title Chloramphenicol Biosynthesis: The Structure of CmlS, a Flavin-Dependent Halogenase Showing a Covalent Flavin-Aspartate Bond
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkylhalidase CmlS
total genus 186
structure length 550
sequence length 567
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1370 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3i3lA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 3i3lA01
3NYEA 1GTHA 4AP3A 1XDIA 1KNRA 1LJ1A 1Q1RA 4GF7A 1YQ3A 1IUTA 1SEZA 1CJ2A 3ALMA 2X8CA 3LOVA 4EQSA 3ATQA 1BGJA 1MOKA 2VQBA 3UKPA 2R0CA 4BK3A 1QJDA 3AE4A 1ONFA 4B65A 3CNTA 3C96A 5HXIA 2J3NA 1DXLA 4U2SA 1B37A 1B4VA 3SFDA 1LQTA 3DA1A 3M13A 5JCMA 3OZ2A 2JB3A 1K0LA 2R0PA 4OPDA 4OVIA 2IVDA 1S3EA 4RSLA 4U8IA 2YWLA 1YQZA 3AD8B 3NTDA 2YR5A 2FBWA 2QA2A 3BNMA 4AOSA 3RP8A 2BABA 1YQ4A 1DNCA 2WPCA 4AOXA 3BNUA 1JEHA 2E4GA 4IA5A 5KVIA 3G5SA 4AT2A 3P1WA 1NHQA 2IVEA 3L8KA 1CC4A 2XFQA 3DJDA 3REDA 4TLXA 1JU2A 2GV8A 3CNDA 3BI2A 1ZK7A 3LADA 4JY3A 1TRBA 4J34A 4H2NA 1PHHA 1BGNA 4JNQA 3H4KA 1ZOVA 2YG5A 1GETA 3I6DA 2R9ZA 3C4NA 3UKKA 4YT0A 1GREA 4K8DA 2XFNA 4D03A 2C65A 4XXGA 4CNJA 1GALA 3D8XA 3AEAA 2B7SA 2JKCA 3SQPA 4OPIA 5GRTA 2GEWA 2BK4A 3UOYA 4GDEA 4B63A 4N9XA 2OA1A 3Q6JA 4U2LA 4USQA 2V5ZA 2YG7A 4J31A 3AEEA 3SFEA 5FS7A 2PHHA 1CHUA 1IUUA 1W4XA 2WESA 3ICTA 3V3NA 1N4WA 4X9MA 2YLWA 1E1NA 1GRFA 2HQMA 2YQUA 2OLNA 3DJJA 3AE5A 3UP4A 1D4CA 3GSIA 3JSKA 4YKGA 4Z2RA 5L46A 2WBAA 1Y56A 1KFYA 4Y4LA 3DJEA 1L9DA 2EQ8A 4CCRA 1GSNA 4AP1A 3UCLA 1O5WA 4Z2TA 3IHGA 4Z2UA 2VOUA 1NAAA 1VG9A 5JCLA 4PABA 1NHPA 4UDPA 3BI5A 1DOEA 1L9EA 3ATRA 4NTDA 3O0HA 4TM1A 1N1PA 1FEBA 1PBDA 2GMHA 3EANA 5BULA 3AEGA 3F8DA 2XCGA 4ZCCA 2NPXA 4YWOA 1COYA 2C64A 2GH5A 2VVLA 2X99A 2XDOA 3AEDA 3GMCA 3PVCA 3NLCA 3WE0A 1BF3A 4BK2A 4PAAA 4XWRA 4H4RA 4ADWA 4OPGA 1GV4A 2GF3A 2WOVA 3CGBA 1PS9A 1KSSA 3AE7A 3AECA 2TMDA 4H7UA 4A79A 3FBSA 3VR9A 3P9UA 5HHFA 2BS3A 2XFOA 3G5RA 1KSUA 1QLBA 4IVOB 4BJYA 2BCGG 1LVLA 4GR1A 1B5QA 3K7TA 2WETA 3COXA 4Y4NA 3UTEA 2GQFA 2Y6RA 5KOWA 4J33A 3CPJG 3NNEA 1YKJA 3NGCX 5FS9A 4USRA 4YTNA 4B69A 1TYTA 4I58A 2E5VA 3ICSA 2GB0A 4C3YA 4O5UA 2B76A 2YG3A 1CF3A 3B6DA 3CGDA 5FMHA 5KOXA 1F8SA 3NK1X 3AYIA 2WHDA 3GDNA 3UKLA 3QVRA 1CJCA 2W0HA 3GWFA 3CGCA 2JB2A 2BCPA 2XFUA 1UKVG 4Y4MA 3K7MX 2DKHA 4YKFA 1H86A 1ZOYA 1L9CA 3QSEA 4JNAA 3URHA 3T37A 1K0JA 1TDKA 4OPLA 1EL7A 3GYJA 2A87A 3LZWA 5M0ZA 4APNA 5U1OA 1H7XA 4HA6A 2O9ZA 1S2QA 2R4JA 4WCTA 1F8RA 3F8PA 4IV9A 4A6NA 1HYUA 1D4DA 1Y56B 2NVKX 3QJ4A 3LXDA 5IQ4A 2X8HA 2XFPA 1E1LA 4FX9A 1V59A 2YG6A 5BUKA 3QFBA 4D04A 3ADAB 3UOZA 4OPUA 1LV0A 2CDUA 3SGLA 4U8LA 4DGKA 5JCIA 2C66A 1ELIA 1PXCA 1XPQA 3FMWA 3NTAA 3RP6A 3I3LA 4JN9A 2APGA 3FIMB 5EB4A 1FECA 5EOWA 1H83A 2ZZCA 1DODA 1VRQB 2AQJA 2XYOA 4LA1A 2YLZA 2RGJA 1RP0A 3F8RA 4KX6A 1Y0PA 4UDRA 2XVJA 2WDVA 4LU6A 1MO9A 1NG4A 4M52A 3S61A 3KD9A 1JNRA 2WDRA 3QVPA 4H4VA 3AD7B 5JCNA 1PJ5A 4H2RA 2BYBA 2ZZBA 1CJ4A 1YY5A 1P2EA 4H4ZA 3CTYA 4DSHA 5M10A 3KVEA 1FCDA 2XLUA 4H2QA 3EAOA 3GD3A 3AEFA 3DH9A 4U8KA 1VDCA 1GNDA 3EF6A 5CKUA 1F3PA 2H89A 4EQRA 3BHFA 4TM0A 2XLRA 3EPTA 4IVMB 4B64A 4YSZA 3QSSA 1CC6A 4Z43A 1O95A 1OJDA 4FK1C 4GDPA 4UP3A 1Z6LA 2QAEA 1GT8A 3GWDA 3AWIA 2YLRA 4EM4A 3K30A 3UKQA 2A8XA 2XVHA 4NZHA 5FS8A 2BK5A 3CNJA 4REKA 2BC0A 3HZLA 2ARDA 3H8LA 2EQ7A 4K2XA 3L1RA 3P4RA 4YSHA 3NIXA 3AXBA 1PN0A 3NN6X 1IJHA 2B9YA 2YLTA 2VVMA 1Q1WA 3V3OA 5KVHA 4YTMA 4J57A 2WS3A 3CGEA 2YM1A 4AT0A 2YLSA 1NDAA 2VQ7A 2GR1A 5FS6A 1ZX9A 1S2YA 2QCUA 2V3AA 1CC2A 5HY5A 1E39A 1PDHA 2V3BA 3AB1A 1PXAA 4TM3A 3NRNA 1PXBA 3AE8A 3ZYXA 4WX1A 1N4UA 2BS4A 2R4EA 2GQWA 3GYIA 5BVAA 4K22A 4A6NB 5KXJA 3M12A 4YTPA 1JRYA 2WP5A 4OPTA 2CFYA 3GMBA 3NT6A 4RG4A 2FJDA 2GMJA 2ZBWA 5U25A 2RGOA 2VRLA 4B66A 2EQ6A 2GAGB 4EMJA 4Z24A 1ZDLA 2I0ZA 1BWCA 1P2HA 1TDNA 2C73A 4ECHA 4EM3A 4A9WA 2WDQA 4H4WA 3P4QA 1GRBA 3K7QX 1LPFA 2C75A 4NTEA 2FJBA 2QA1A 2BXSA 1MXTA 1PJ7A 3FPZA 1TDFA 4X4JA 3CPIG 3DK9A 3ITJA 2GR3A 1GTEA 1ZY8A 2IIDA 3G5QA 3ABVA 1ZMDA 2WP6A 4JQ9A 1JNZA 4YSXA 4DSGA 1H82A 3IF9A 4K7ZA 3UTFA 4U8JA 3SM8A 3NKSA 4IA6A 4CY6A 4UDQA 1TDOA 2VZ2A 3R9UA 1GPEA 3VQRA 2DKIA 2WOIA 1TDEA 3BI4A 2RABA 1K4QA 3CNPA 4EQXA 1GESA 4A99A 2AAQA 2OALA 2JBVA 3DK4A 3GRSA 5DBJA 4EMIA 3D1CA 1QO8A 1PBBA 2VVLG 5HYMA 1EL8A 1PBFA 2F5ZA 2ZZ0A 2YM2A 2EQ9A 1IUWA 2C76A 2YR4A 3IC9A 3NN0X 3OC4A 5ER0A 1L0VA 4NTCA 3NK0X 3II4A 3UKAA 1TYPA 2BXRA 4NEVA 2BK3A 1DOBA 3DGZA 1DJQA 1E1MA 5C2TA 4C3XA 2X50A 2R46A 1D4EA 4BJZA 1NHRA 2C67A 1AOGA 2R45A 2XLSA 1IUVA 3ICRA 3VR8A 1GXFA 1EBDA 3NK2X 4H4SA 3DK8A 1RYIA 4DNAA 2YVGA 2FJAA 2XLPA 4U8PA 4H4PA 1XANA 4P9SA 4J36A 5J7XA 3QFAA 2XVEA 3ALJA 1BZLA 2E1MA 4Z25A 1GOSA 4BK1A 5IPYA 4YSYA 2WPEA 3UOVA 3DMEA 3KPFA 1DOCA 3Q9TA 3H8IA 5CQFA 2YVFA 3C4AA 3AE6A 2Z5XA 4A7AA 1REOA 1X31B 4H4UA 4TM4A 2C3DA 4B1BA 4B67A 2FJEA 4XWZA 2B9WA 5KRQA 2CVJA 3LB8A 4EIPA 4TLZA 1IUSA 2Y6QA 2H88A 2WU5A 2VRMA 1NG3A 1OJCA 1N4VA 1EL9A 3AE2A 3NG7X 5EBKA 3M0OA 1PBCA 4H2PA 1E7PA 3NYFA 3NYCA 2GR2A 5GSNA 4BV6A 1ZKQA 2WEUA 3AYLA 3CIRA 3ALLA 4EIQA 2Q7VA 5TR3A 2WQYA 2C72A 1GRGA 2OAMA 1DJNA 4K5RA 1LTXR 1H6VA 5J60A 4I59A 1B8SA 1GRTA 3AEBA 3AE3A 3RP7A 5JCKA 1CJ3A 3AE1A 3PO7A 4FK1A 3QSMA 1KNPA 4J56A 1LQUA 1E6EA 5EB5A 4H4QA 4JY2A 1JRXA 1OJAA 2GRTA 3RNMA 1D7YA 5BRTA 1H81A 2Q0KA 2GVCA 1CL0A 3DGHA 4JDRA 4E0VA 1BKWA 1GRHA 1VQWA 2CULA 3VRDB 1ZMCA 4KPRA 2Q6UA 3GRTA 1NHSA 1VG0A 3GDPA 1F8WA 4YXDA 1K0IA 4U8MA 2JAEA 3KA7A 4A5LA 4H4YA 4BURA 2XVIA 3IWAA 2YG4A 4B68A 4C5OA 3LZXA 2B7RA 1JOAA 2C3CA 3E1TA 3NH3X 4H4XA 5C3JA 2OLOA 1NPXA 1ZP0A 2AR8A 2C7GA 4HB9A 1FOHA 4MJWA 4U8OA 1GEUA 2WU2A 3P4PA 2X3NA 3CPHG 2JK6A 4EQWA 1GERA 2TPRA 3GD4A 2XVFA 2BA9A 2GR0A 2B9XA 3RHAA 3UTGA 4J2WA 4Z44A 2UZZA 3AE9A 3ISHA 2X8GA 4K5SA 4CRTA 1S3BA 3IHMA 1KDGA 4EMWA 1FL2A 2YVJA 1M6IA 3KU9A 4CNKA 1H84A 4RG3A 2V60A 1RSGA 2V6OA 4GRTA 1GRAA 3LJPA 3BHKA 4OPCA 2WOWA 3KKJA 4LIIA 4CBQA 3AD9B 2C70A 2BACA 1KF6A 3VRBA 2YLXA 2Z5YA 2GAHB 1FEAA 2A89A 1PJ6A 3PS9A 5KWFA 4U2TA 2JB1A 3V76A 1F6MA 2R0GA 3UKFA 1D7LA 4ZN0A 3P4SA 4CY8A 1H7WA 1PBEA 2RGHA 2V61A 4O5QA 2YAUA 1NEKA 1JRZA 1IUXA 3AYJA 4X9NA 3CN8A 4Z26A 2BC1A 1O94A 4OCGA 3S5WA 3UKHA 3CNSA 3UP5A 3KLJA 1NENA 5IQ1A 3FG2P 3UOXA 1OJTA 2XLTA 3NHOX 1EL5A 4GUVA 2ACZA 4H50A 3ZDNA 2YR6A 4H4TA 2Q0LA 4A65A 1CBOA 4ICYA 3B3RA 4C74A 1E1KA 4NEWA 4C77A 3DJGX 2BS2A 3VRAA 4U8NA 2PYXA 1XHCA 2WPFA 4ZCDA 4CCQA 1M64A 1Q9IA 1OJ9A 3UTHA 1D5TA 4FDCB 5LV9A 4GCMA 5U63A 2WP9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YTYA 3SZFA 2MH9A 4FE7A 1XDIA 2CO5A 3QWLA 2CG4A 2DFEA 4M71A 1Q1RA 4GF7A 2QQAA 1YQ3A 2HI3A 1QRYA 1TQIA 3LA2A 4BU2A 2VQBA 1EA3A 1ENHA 1WWXA 2F6CA 2CV0A 5FFZA 2R0CA 3CCQI 3SXIA 1ONFA 3Q5FA 4B65A 4JOMA 2Z9OA 2VOOA 2R7ZJ 2J3NA 1DXLA 5HXIA 1B37A 1B4VA 3QP5A 3OIPA 1LQTA 3M13A 2IVDA 3EYYA 4OVIA 5DM7F 1S3EA 4RSLA 2E60A 2OCCH 2OZ6A 2YWLA 1RPWA 1YQZA 4C3HJ 3AD8B 3KZIC 2Y2ZA 2IEKA 2YR5A 1W5SA 3L7WA 4RAYA 2M2EA 2BABA 1TP4A 3BDDA 1HW2A 4JX6A 4AOXA 4BS9A 2E4GA 2PQ8A 3DU5A 1FSHA 5F0HA 5CVRA 4FASD 4D5CA 3IH3A 1WJDA 2JA6J 3L8KA 3G1OA 3DJDA 2M0CA 3EQLF 1RIOH 2K9NA 1JU2A 4MTDA 2FOKA 3CP8A 2GV8A 3TO6A 1ZK7A 4JY3A 2BXYA 3V8LA 1TRBA 1OCOH 2BZTA 3GW2A 1SANA 2IGMA 3WTWC 1KQ8A 1ZOVA 1BOBA 2WB1A 5JVTA 5BQTA 1GETA 3UKKA 2MC3A 5FJ8J 2XUBA 1OR7C 1R4MB 1X1BA 3SY4A 4XXGA 1GALA 2VI6A 2B7SA 1MW7A 2JKCA 4I7HA 3UOYA 4GDEA 4AD9A 3MFKA 4N9XA 1HW1A 3Q6JA 3KP6A 1OYYA 2V5ZA 1QZYA 1V5FA 2YG7A 1MIJA 4J31A 4LOCA 2CFXA 2P6SA 1OJLA 4XQFA 4BNCA 2PHHA 1MGTA 2XAJA 1FOKA 1GRFA 3RPUA 2OUMA 2FBKA 2OLNA 3DJJA 3UP4A 5CLSA 3GSIA 5F64A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2XVI A;  3IWA A;  2YG4 A;  4B68 A;  4C5O A;  3LZX A;  2B7R A;  1JOA A;  2C3C A;  3E1T A;  3NH3 X;  4H4X A;  5C3J A;  2OLO A;  1NPX A;  1ZP0 A;  2AR8 A;  2C7G A;  4HB9 A;  1FOH A;  4MJW A;  4U8O A;  1GEU A;  2WU2 A;  3P4P A;  2X3N A;  3CPH G;  2JK6 A;  4EQW A;  1GER A;  2TPR A;  3GD4 A;  2XVF A;  2BA9 A;  2GR0 A;  2B9X A;  3RHA A;  3UTG A;  4J2W A;  4Z44 A;  2UZZ A;  3AE9 A;  3ISH A;  2X8G A;  4K5S A;  4CRT A;  1S3B A;  3IHM A;  1KDG A;  4EMW A;  1FL2 A;  2YVJ A;  1M6I A;  3KU9 A;  4CNK A;  1H84 A;  4RG3 A;  2V60 A;  1RSG A;  2V6O A;  4GRT A;  1GRA A;  3LJP A;  3BHK A;  4OPC A;  2WOW A;  3KKJ A;  4LII A;  4CBQ A;  3AD9 B;  2C70 A;  2BAC A;  1KF6 A;  3VRB A;  2YLX A;  2Z5Y A;  2GAH B;  1FEA A;  2A89 A;  1PJ6 A;  3PS9 A;  5KWF A;  4U2T A;  2JB1 A;  3V76 A;  1F6M A;  2R0G A;  3UKF A;  1D7L A;  4ZN0 A;  3P4S A;  4CY8 A;  1H7W A;  1PBE A;  2RGH A;  2V61 A;  4O5Q A;  2YAU A;  1NEK A;  1JRZ A;  1IUX A;  3AYJ A;  4X9N A;  3CN8 A;  4Z26 A;  2BC1 A;  1O94 A;  4OCG A;  3S5W A;  3UKH A;  3CNS A;  3UP5 A;  3KLJ A;  1NEN A;  5IQ1 A;  3FG2 P;  3UOX A;  1OJT A;  2XLT A;  3NHO X;  1EL5 A;  4GUV A;  2ACZ A;  4H50 A;  3ZDN A;  2YR6 A;  4H4T A;  2Q0L A;  4A65 A;  1CBO A;  4ICY A;  3B3R A;  4C74 A;  1E1K A;  4NEW A;  4C77 A;  3DJG X;  2BS2 A;  3VRA A;  4U8N A;  2PYX A;  1XHC A;  2WPF A;  4ZCD A;  4CCQ A;  1M64 A;  1Q9I A;  1OJ9 A;  3UTH A;  1D5T A;  4FDC B;  5LV9 A;  4GCM A;  5U63 A;  2WP9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YTY A;  3SZF A;  2MH9 A;  4FE7 A;  1XDI A;  2CO5 A;  3QWL A;  2CG4 A;  2DFE A;  4M71 A;  1Q1R A;  4GF7 A;  2QQA A;  1YQ3 A;  2HI3 A;  1QRY A;  1TQI A;  3LA2 A;  4BU2 A;  2VQB A;  1EA3 A;  1ENH A;  1WWX A;  2F6C A;  2CV0 A;  5FFZ A;  2R0C A;  3CCQ I;  3SXI A;  1ONF A;  3Q5F A;  4B65 A;  4JOM A;  2Z9O A;  2VOO A;  2R7Z J;  2J3N A;  1DXL A;  5HXI A;  1B37 A;  1B4V A;  3QP5 A;  3OIP A;  1LQT A;  3M13 A;  2IVD A;  3EYY A;  4OVI A;  5DM7 F;  1S3E A;  4RSL A;  2E60 A;  2OCC H;  2OZ6 A;  2YWL A;  1RPW A;  1YQZ A;  4C3H J;  3AD8 B;  3KZI C;  2Y2Z A;  2IEK A;  2YR5 A;  1W5S A;  3L7W A;  4RAY A;  2M2E A;  2BAB A;  1TP4 A;  3BDD A;  1HW2 A;  4JX6 A;  4AOX A;  4BS9 A;  2E4G A;  2PQ8 A;  3DU5 A;  1FSH A;  5F0H A;  5CVR A;  4FAS D;  4D5C A;  3IH3 A;  1WJD A;  2JA6 J;  3L8K A;  3G1O A;  3DJD A;  2M0C A;  3EQL F;  1RIO H;  2K9N A;  1JU2 A;  4MTD A;  2FOK A;  3CP8 A;  2GV8 A;  3TO6 A;  1ZK7 A;  4JY3 A;  2BXY A;  3V8L A;  1TRB A;  1OCO H;  2BZT A;  3GW2 A;  1SAN A;  2IGM A;  3WTW C;  1KQ8 A;  1ZOV A;  1BOB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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