The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
ADGRIFKMFIEHLEFEKGLDAFSQSWIKALEDSEFLAILRLLFHHIVTSESAHEFAANGIDRLYKMVESQFGSGGDKELEWLIGRSLIQMSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of a LuxT domain from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
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| molecule keywords |
Protein LuxT
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| total genus |
30
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18285 | LuxT_C | Tetracycline repressor LuxT C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | luxt domain from vibrio parahaemolyticus | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | luxt domain from vibrio parahaemolyticus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B4S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DIP A; 1IX9 A; 4LLH A; 3K9S A; 3ASN B; 1H8A A; 3RVZ A; 1GN4 A; 2P90 A; 1IZN B; 2QJK B; 3L73 G; 1Q8I A; 1Q5O A; 4U7O A; 2IDB A; 5KLI C; 4JI7 O; 1U7J A; 1EZV G; 1HWT C; 5ITZ B; 4JI8 B; 4M3L A; 2FFD A; 1Y76 A; 3H1L D; 3S3X A; 3T1H O; 2KS1 B; 5CA3 A; 2E5Y A; 2MK3 A; 1VDF A; 3MTU E; 2RCV A; 1XNR B; 2K3R A; 2RH0 A; 3L70 E; 4O2B A; 1GU5 A; 4DK0 A; 2OYH C; 1H89 A; 3RYH A; 2HG5 C; 3SYP A; 1BGY G; 4ZOL A; 3AK2 A; 3W7T A; 5CA1 B; 5H9C A; 1RSO A; 2A0L A; 2ZXE B; 4LH6 A; 2KZJ A; 1YBK A; 3AG1 C; 1QX8 A; 2BAS A; 2IW5 A; 2ADP A; 1OJH A; 4WF9 V; 5KMG A; 4YXD C; 4YXW G; 1LTT C; 3B2E E; 2P58 A; 3ZHV A; 4EB6 A; 3OTO O; 3TNU B; 1G8M A; 2WA3 A; 4JI5 O; 3FX7 A; 1VQ4 P; 1ORQ C; 2H7H A; 2GTA A; 1DGS A; 2O01 N; 1KC8 Q; 4I5S A; 1M4U A; 5APX A; 3P3P A; 2N9B A; 2F43 G; 5TJH A; 3KXD A; 1QCE A; 2QWO B; 3AEI A; 1KOR A; 4QIW F; 1NTZ E; 2ZIO A; 1UJW B; 4B3M O; 3W7W A; 3K0D A; 3CP1 A; 1SS3 A; 2WLK A; 2PGG A; 4JTD B; 2AEJ A; 3RWR D; 4OGQ B; 1D5A A; 1AVY A; 2EJR A; 3H1K G; 1EXJ A; 2IJJ A; 3RFR A; 1MKM A; 3CS5 A; 3ZRX A; 3MUD A; 3LDD A; 1DEB A; 2EIL B; 3SJQ C; 4LR3 A; 1W5C E; 3RK2 B; 1KQS U; 4DV2 B; 4YTP C; 2ATK C; 5CMZ A; 2OTL P; 5DM6 V; 5IJ9 A; 2QEX P; 3PH0 A; 2LQT A; 2HFE D; 1ZXG A; 2LGW A; 5L3G A; 4E4E A; 5H6R A; 1K9M Q; 1BE3 D; 2JWD A; 2V1D A; 4UVA A; 3R4Y A; 4KHX A; 1ZL8 B; 1NOH A; 1GMJ A; 1XMO O; 2Q3E A; 3L75 D; 4JBZ A; 2QSA A; 1SQP H; 3SDL A; 2UXD O; 1NTK G; 1SQB H; 3OAK A; 2BCC J; 1T2K C; 5LHG A; 2Q5Z A; 4JI1 B; 4F6R A; 1EDL A; 3S9O A; 1UII A; 4DR4 B; 2OYI A; 2V7Q G; 2EIJ B; 1SQV H; 2YEV B; 4J9Y B; 2DQ0 A; 2HHH O; 2LFR A; 1KIL A; 3OAA G; 4J7K A; 4R4L A; 2JRI A; 1OZH A; 1T2K D; 3H1J G; 3QH9 A; 1CW5 A; 2K9Y A; 1JTH A; 4U7N A; 3P8C D; 2YO2 A; 4DR5 B; 3IF4 A; 1BT8 A; 4MVS A; 1MZE A; 3B8E B; 3F5W C; 1PM9 A; 2FYU J; 4NB5 A; 3GHG A; 4U3F J; 5LP6 C; 4RKU J; 1Q82 W; 2KP8 A; 3B8N A; 1GAX A; 5C8Y A; 3HTK A; 2NZ2 A; 3BCC J; 2LJ2 A; 2XHB A; 2IBZ D; 1VEW A; 4I50 B; 2WLI B; 1X0T A; 1N8R Q; 5LHH A; 1AA0 A; 3N2K A; 4B3S B; 5JJN B; 3H1I D; 2IM9 A; 4BWA A; 5L3D A; 1R6K A; 1IBL O; 4YY3 O; 3CD6 P; 2ZXW B; 1FOS F; 1MMM A; 3NR7 A; 2B89 A; 3TGU E; 3V4W A; 1PP9 G; 4DV5 O; 2ZM6 O; 4MTX A; 3N4X A; 3AG2 C; 3L71 E; 1JFF A; 4I4T A; 1KBH A; 1OCR C; 1FXK B; 5E79 E; 5FPR A; 3KZI H; 1NZ6 A; 1YIT V; 5KAI Z; 5LBQ A; 3TK1 A; 2JIZ G; 4XE5 B; 1TVK B; 4PHZ A; 1X22 A; 1PPJ G; 3G4S P; 1H2N A; 1YJN V; 4HYT B; 1AVM A; 1LTB C; 1QR8 A; 4PDL A; 3VQV A; 3JAK B; 4NYK A; 1B3Q A; 4UB6 H; 5AVZ B; 2DN9 A; 5ITZ A; 5JQG B; 2W6B A; 2JO1 A; 5AVR B; 3V2R A; 3Q5P A; 1J95 A; 2RJZ A; 2JEX A; 5K1X A; 2ZYG A; 4PDV A; 3E86 A; 3RK3 C; 5EIB D; 1ZLL A; 4KJM A; 3M0D A; 1NU1 H; 3I56 V; 3B77 A; 3CE2 A; 1FJG B; 1GMG A; 3VOP A; 2RMK B; 1CEZ A; 1LT9 B; 1K5S A; 2R9I A; 4K35 A; 4N3Y B; 4UFZ A; 3JAR B; 2ZT9 C; 5CA1 A; 1VQM V; 3QO5 A; 5LGN A; 2Q7H A; 4H13 D; 3SWY A; 3U10 A; 4GX2 A; 1N7S C; 2YIU C; 1JY3 O; 2NPS B; 3R2P A; 2VQF B; 1LTI C; 3ZCC A; 3G80 A; 5CB4 B; 5CCG A; 1K5Q A; 2QVA A; 3U59 A; 4IT5 A; 3VTP C; 1R8E A; 4CH5 A; 3CWB H; 4JI4 B; 3E83 A; 4DR3 B; 4NKG B; 3RBX A; 3SSU A; 4N21 A; 2IBZ I; 1IFJ A; 2HVJ C; 1KUQ A; 3UO3 A; 3LW5 J; 3B09 A; 3SWK A; 1YHQ V; 2JS5 A; 1Q81 Q; 4TV8 B; 3T4Z A; 3E8G A; 4PD4 F; 1WB7 A; 1BSH A; 1IBK O; 3H1L E; 3L70 J; 4O4L B; 1DLB A; 5E1A C; 4XFJ A; 1VQ5 V; 4X1K B; 1NTM H; 2UXN A; 4JYA O; 2QIW A; 5CCH C; 5IYZ A; 3Q5R A; 4LF4 O; 4LF6 O; 3GB7 C; 3OEH G; 2P10 A; 2JR8 A; 2WSS H; 3AE4 C; 4ASW A; 4TT3 H; 2E3C A; 3BRT B; 4B08 A; 4O4J A; 3ABL B; 5LA6 B; 1N0N A; 2GM4 A; 1VF6 A; 3ZN1 A; 5L8R J; 4UVB A; 5CCH D; 5AW2 B; 1GO3 F; 5JCO A; 2DYS C; 1S77 D; 1MZF A; 4QPJ A; 2LGQ A; 4BIZ A; 3ABU A; 1Z2G A; 2Y0I A; 3KYQ A; 1P84 H; 1RY3 A; 4WBA A; 1SQQ D; 4KHP O; 2KLV A; 2ZIN A; 2H43 A; 4N23 A; 1URQ B; 2YIB A; 2N1T A; 1YTZ I; 2KOG A; 2F1M A; 5CBN A; 4WFA V; 1NTZ J; 3H1H D; 4LFC B; 4R6Z A; 5CHX A; 1USE A; 2OIG A; 2F66 C; 2XND H; 1SLQ A; 3H6P A; 3HR0 A; 5KHI A; 1JO5 A; 1OXZ A; 4DV6 O; 2PYJ A; 1L0N D; 1L0L H; 2KIK A; 2Z5U A; 1SQB G; 1KD1 Q; 3CCQ V; 1YTF D; 3WB0 A; 3KDP B; 2LFS A; 1ZR4 A; 3F89 A; 2E43 A; 5APU A; 5IY5 C; 4JI8 O; 1G1X B; 3SYQ A; 1Z5W A; 3K06 A; 3JSL A; 1LT1 A; 1SQV G; 3J7A U; 1HW7 A; 3X2Q B; 1KTM A; 4K0K B; 1YJ9 P; 3KCY A; 3L74 G; 1K4C C; 3AE7 C; 1OIP A; 5APY A; 3ZRW A; 4LF7 O; 2CTW A; 3BA8 A; 3HKE A; 3S4R A; 3V5B A; 1MSD A; 3CRQ A; 4Z1V A; 1X9V A; 2B9B A; 2F4V B; 2QE7 G; 3CXH D; 4LFA B; 2PGD A; 5EBL C; 2JJ2 G; 2FYU D; 1XHZ A; 4OX9 B; 4GT1 A; 3CPW U; 1YVW A; 1BE3 E; 2KI7 B; 2YIA A; 2NNU A; 2QWP B; 1JX9 A; 3BCC D; 4DV1 O; 2I1J A; 3L75 E; 1XTG B; 1EFR G; 2WMM A; 5JWP A; 5GTI E; 5D5P A; 4PV1 C; 5BU5 A; 3THO A; 3ETD A; 3KZI Z; 2DWE C; 1PFI A; 1GD2 E; 3AG3 C; 1IFP A; 1HBW A; 4MVU A; 1W0K G; 3W7S A; 2O01 J; 2IJI A; 4FFB B; 3AE2 C; 2Q7E A; 3IN6 A; 2UUA O; 1KKC A; 1LJ2 A; 4UXN A; 4GOE A; 2DJV A; 4R4M A; 4UB6 Z; 2A45 I; 5LP6 A; 1US6 A; 5J2U B; 4WVZ A; 1TVK A; 4RWU A; 2QJY B; 1Q7Y W; 2YID A; 4D6T D; 5LOV B; 1S5H C; 4ICG A; 3QWO C; 2KSE A; 3B5N D; 1XOU A; 2DOS A; 2ZE6 A; 1USD A; 1VQP P; 1GW4 A; 1SS1 A; 4PA4 A; 1A02 J; 3OMI B; 4MVM A; 1VF5 B; 3Q1M A; 1FZC B; 3OUS A; 1XRE A; 2IBZ E; 4UV8 A; 3JAL B; 3OR6 C; 3GW6 A; 1M90 Q; 4J9Z B; 1M90 W; 4DV2 O; 3I55 P; 3JAT A; 1H2S B; 3H1I E; 2CUG A; 2M5A A; 2OTJ V; 1NU1 G; 3L72 H; 3HUS B; 2JEE A; 2AXT H; 1EXI A; 3L71 J; 4B3R O; 2Y9Z A; 5CB4 A; 1OW6 A; 2M7W A; 1ENV A; 4LWS B; 1M1K W; 3ETG A; 3CXH I; 1OX3 A; 4DR4 O; 3VOU A; 2IJH A; 1SQX J; 3AEG C; 2HOD B; 1SQQ K; 2E75 C; 1I94 B; 2J58 A; 2X6B A; 4TV8 A; 3D36 A; 5FPO A; 1HR0 B; 3W68 A; 2CAZ C; 2OCH A; 1DF4 A; 3FGA D; 3CWB G; 1EZJ A; 3OEE G; 5B5E E; 3G71 V; 1Q6U A; 4DR5 O; 3CI9 A; 1V55 C; 3J80 N; 5IJ0 B; 3DGE A; 4ZMD A; 1GN6 A; 1M8O B; 1TUB A; 3M9Q A; 1OCZ B; 2ILM A; 2IU3 A; 3CXC U; 2H94 A; 1N7S A; 3P7K A; 3OMA B; 2IH1 C; 3VYI A; 3ZHT A; 1L0N K; 4CS3 A; 1N86 A; 3DXR A; 3A0R A; 4JAU A; 1VQ8 P; 5AVV B; 1IXM A; 2E42 A; 3OA7 A; 1EN4 A; 2OIE A; 4WFG A; 4B3S O; 3E89 A; 1BCC H; 4TT3 G; 3KKY A; 2ZDI A; 3VN0 A; 3WB1 A; 2FXO A; 1JY2 N; 1ZV8 A; 1FKA O; 2J5U A; 1CI6 A; 1ZN5 A; 2WVR A; 1VQL P; 1OV9 A; 2F93 B; 1Y74 B; 4DO2 A; 1I08 A; 1YSC A; 1J1E C; 4YJ3 B; 2FYU K; 1EZV H; 5H2F H; 2B87 A; 4X89 A; 1WNS A; 3I5D A; 3E2E A; 3G6B A; 2UXC B; 1YTZ T; 2HLD G; 1LNQ A; 3F5T A; 3H1L J; 1R73 A; 1K34 A; 3N2G A; 1M1J C; 4EDF A; 1W2B O; 3FXD A; 2P7J A; 2VQE B; 3VMX A; 3VMZ A; 3JYC A; 3CJH B; 4TSF G; 4XDK A; 2IZ1 A; 5AW9 B; 1Y76 B; 4W7Y A; 3K03 A; 4GUN A; 2JP3 A; 1BGY H; 1XNQ B; 3S3W A; 4D7T A; 3W7X A; 2FY8 A; 3T97 A; 1OWA A; 5KLV E; 1ZLZ A; 1AR4 A; 4BIU A; 1JCH A; 4QJF B; 4O2B B; 2YXH A; 1FJG O; 3JAM N; 1WPX A; 3RYH B; 2DW4 A; 2Q68 A; 5AVQ B; 4ZBM A; 4YXW H; 4ZOL B; 1T5E A; 1Q2N A; 2KZI A; 3KG2 A; 1RSO B; 1VQ6 V; 3USS A; 4MTF A; 3AE1 C; 1H8H G; 1XBL A; 1S5L H; 3G67 A; 1SQQ E; 3D70 A; 3JSV C; 4R50 A; 3K5M A; 5KMG B; 2VQF O; 2VS0 A; 4EB6 B; 2D2C B; 1SF9 A; 2ZVO B; 4NXN O; 3H1H E; 2KYV A; 3CRA A; 4I7Z C; 2D2C D; 1VQ9 P; 4JI4 O; 3QVN A; 5KHJ A; 4DR3 O; 3CCR P; 5BZB A; 3ZHU A; 1L0N E; 5AW5 B; 1FDI A; 2RNB A; 3H1K H; 1IUR A; 1LWU B; 4XA4 A; 5LGU A; 2L91 A; 1OCO C; 3ABK C; 3L35 A; 1Z5V A; 5LOV A; 1AV1 A; 4X1Y A; 5GW7 A; 1L8D A; 2QJP C; 3EFG A; 1T8Z A; 3M91 A; 4FVM A; 1CPY A; 4CBC A; 5BU8 B; 3A5T A; 1W59 A; 2W0F C; 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4CS4 A; 1JY3 P; 4DZO A; 1RQV A; 1HJ0 A; 4OXS A; 3PJS K; 1GL2 D; 5H2F Z; 3K08 A; 1GKF A; 1LR1 A; 4JTC B; 4YHH O; 3C8V A; 1IO4 A; 1JA8 A; 2ZVN B; 1PPJ H; 2CGN A; 3MHH C; 1HGV A; 1KYO I; 2POH A; 1VQ7 P; 3WMM 0; 2OGU A; 3APO A; 2A9H A; 3ASN C; 2E76 D; 2Q73 A; 2XT9 A; 2QA4 P; 4MS2 A; 1Y74 A; 4I0X A; 4I4T B; 3SPI A; 1R3K C; 1R3I C; 1FU1 A; 2QRX A; 3CL3 D; 5GTH H; 1BCC G; 3TSI A; 2P06 A; 5H5N A; 3FB8 C; 4HZ3 A; 2BEQ D; 1LUW A; 3QG5 A; 2FKW B; 3L73 E; 2WQY C; 1KU9 A; 2A06 D; 5EC1 C; 5KTB A; 5IWA B; 1FS0 G; 1A32 A; 3PTZ A; 5BXZ A; 3CJH A; 4H0L B; 3EWK A; 3VP9 A; 2PRR A; 3CSX A; 3CX5 I; 1CXZ B; 3CCJ P; 2B9Z A; 1QEX A; 3CHX A; 1E79 G; 4JV5 B; 4TUY A; 1S5L Z; 4ZKP A; 2JS3 A; 3BRC A; 5IDJ A; 2IYO A; 5LYJ A; 4WWI A; 1PZQ A; 4B86 A; 3RW0 A; 4BR6 A; 3RYC A; 2K1A A; 1RFY A; 3ETE A; 1VQO P; 3ZS8 C; 4FM1 A; 1EDJ A; 1Y8A A; 2JDI G; 3CD6 V; 3HKD A; 1M1J A; 2P5O A; 1GTO A; 4GX5 A; 4LF8 B; 5KLI B; 3I5C A; 3L70 G; 2QDO A; 3ZBH A; 4G28 B; 4FLY A; 2ZIM A; 3ZRV A; 2KSJ A; 2W8Z A; 2WSC H; 1KB9 H; 1RE4 C; 4FLZ A; 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