The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
108
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Knots found |
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sequence length |
412
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structure length |
330
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Chain Sequence |
MVLKRKGLLIILDGLGDRPIKELNGLTPLEYANTPNMDKLAEIGILGQQDPIKPGQPAGSDTAHLSIFGYDPYETYRGRGFFEALGVGLDLSKDDLAFRVNFATLEEEAHERAIQEEVDIGVDFIFKGLVLKGMSKVGDNDLIRGAGTYPNIPMKFTEQWKVKAAGVIAVALVKGVARAVGFDVYTPEGATGEYNTNEMAKAKKAVELLKDYDFVFLHFKPTDAAGHDNKPKLKAELIERADRMIGYILDHVDLEEVVIAITGDHSTPCEVMNHSGDPVPLLIAGGGVRTDDTKRFGEREAMKGGLGRIRGHDIVPIMMDLMNRSEKFGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
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| molecule keywords |
2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase
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| publication title |
Structure of PH0037 protein from Pyrococcus horikoshii
rcsb |
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| total genus |
108
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| structure length |
330
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| sequence length |
412
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: S +31
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| ec nomenclature |
ec
5.4.2.12: Phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent). |
| pdb deposition date | 2008-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01676 | Metalloenzyme | Metalloenzyme superfamily |
| A | PF10143 | PhosphMutase | 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Alkaline Phosphatase, subunit A | Alkaline Phosphatase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RH6 A; 4CXU A; 1ANJ A; 2ZKT A; 1AJB A; 4CYS A; 3Q3Q A; 4LRE A; 1SHQ A; 3B5Q A; 1HJK A; 1E1Z P; 2W5V A; 4YR1 A; 2W5T A; 4UOO A; 5IJS A; 1AUK A; 2IFY A; 1KH4 A; 4LR7 A; 4LQY A; 4NWX A; 2W5X A; 4FDI A; 3WAW A; 4LRF A; 4TN0 A; 1KHL A; 5LQQ A; 1E33 P; 5DLT A; 5LRM A; 3UNY A; 2GSO A; 4N7T A; 1HQA A; 4KM4 A; 5L0E A; 5INH A; 2W8D A; 4KAV A; 1N2K A; 4MHX A; 4CXS A; 3M8W A; 3T01 A; 3UN5 A; 1URA A; 4LR2 A; 4GTW A; 3NKQ A; 3BDG A; 4LRC A; 1KH5 A; 2XRG A; 1N2L A; 4ZG6 A; 1KHN A; 4GTZ A; 3M7V A; 2D1G A; 1EQJ A; 3TG0 A; 5C66 A; 1B8J A; 1K7H A; 2X98 A; 2IUC A; 3T00 A; 4ZGA A; 2GLQ A; 2W5Q A; 5K4P A; 4CXK A; 3DYC A; 3MK2 A; 4UOR A; 4UPK A; 5DLW A; 4UPI A; 4LR8 A; 4CYR A; 4NWJ A; 4MY4 A; 1ANI A; 1EJJ A; 4QAX A; 1ED8 A; 1FSU A; 1Y6V A; 1URB A; 3NKO A; 1AJA A; 4GTY A; 3DPC A; 2W5S A; 3NKR A; 1EW2 A; 5LRN A; 3IGZ B; 1ED9 A; 4KJD A; 1KH9 A; 3CMR A; 4UPH A; 5TJ3 A; 3NKM A; 3TWZ A; 5EGH A; 5EGE A; 2VQR A; 3E2D A; 1ELY A; 3M8Y A; 1AJD A; 3WAX A; 2W5W A; 3WBH A; 3TX0 A; 3T02 A; 1ALK A; 3WAY A; 1AJC A; 3MK1 A; 1O98 A; 3LXQ A; 4LRA A; 3KD8 A; 1ALH A; 2XR9 A; 4LRB A; 3UN2 A; 5L0K A; 3IGY B; 5LIA A; 3MK0 A; 3ED4 A; 4GTX A; 1Y7A A; 1ZEF A; 1ZEB A; 2W8S A; 2ANH A; 3SZZ A; 4UPL A; 5GRR A; 4MIV A; 3NKN A; 3UO0 A; 5HRT A; 1SHN A; 5DLV A; 4KJG A; 1ALI A; 4ZG9 A; 4UOP A; 3SZY A; 2GSN A; 5IJQ A; 4LRD A; 4B56 A; 5KXA A; 4KAY A; 1HDH A; 5AJ9 A; 2G9Y A; 2GA3 A; 3BDF A; 3WAV A; 1E3C P; 5GOV A; 3BDG B; 2QZU A; 1E2S P; 1O99 A; 3OT9 A; 1EI6 A; 1ALJ A; 4FDJ A; 3UN3 A; 1KHJ A; 1ELZ A; 1P49 A; 4LR9 A; 3A52 A; 1KH7 A; 3IDD A; 1EW9 A; 3M8Z A; 3NVL A; 1KHK A; 2W5R A; 3BDH A; 5L0B A; 1ZED A; 3NKP A; 2IUC B; 4ZG7 A; 1EW8 A; 1ELX A; 2GSU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OIH A; 4ID8 A; 2GHP A; 4DPX A; 2J8S A; 4OYA A; 8ATC B; 4WYL A; 3PW2 A; 1RT2 B; 1QSL A; 2HQD A; 5G0R B; 3CSK A; 3UR0 A; 4PXD A; 3ULH A; 1IKW B; 3VGS A; 2BKO A; 1Z4U A; 4NLV A; 3Q8Y A; 3H59 A; 1HR0 J; 4L75 A; 4HHJ A; 2D3O 1; 1R6Y A; 3MM6 A; 3GIJ A; 1K7H A; 2NLW A; 4L6V 3; 1FJG F; 3N5F A; 5H9E K; 4PPZ A; 4DV4 J; 5IT9 U; 1QAJ A; 4FF3 A; 1S6Q A; 4H4M B; 2KZM A; 3VF0 B; 4O44 A; 2HND B; 9ATC B; 3GON A; 1TUG B; 1HWJ A; 3SI8 A; 3WDO A; 1S7H A; 1RTI B; 2J9C A; 4OL8 A; 2PI5 A; 3GWC A; 1WEX A; 2V2V A; 3KXD A; 1PJ6 A; 2BR0 A; 2GA7 A; 4H4O B; 2IVY A; 1I51 B; 3ITH B; 1EW9 A; 3WIU A; 2DY9 A; 3MEG A; 4ZN3 A; 4CM0 A; 4HH0 A; 1T05 B; 4ZPV R; 2Q6B A; 2KI2 A; 3K17 A; 3WIV A; 2L9W A; 1FDB A; 3NEK A; 4LR7 A; 3NGU A; 4LF4 J; 1MW7 A; 4LF9 F; 2QSW A; 2N3L A; 3VQT A; 5DZ6 A; 5L1K A; 4NXM F; 3CVK A; 4ZVT B; 4DHV A; 2LU1 A; 4DEZ A; 4RW8 A; 3WX8 A; 3KHH A; 3AJ2 A; 4Y2C A; 1JJ2 R; 5FLX Y; 1ZAW A; 5C66 A; 2PEB A; 3N0V A; 2F40 A; 3E3X A; 5BYR A; 4ANE A; 1TL1 B; 4HLB A; 2C1E B; 2NXU A; 4B08 A; 4I0W A; 1VJW A; 4RW9 A; 2F63 A; 3WAY A; 1Y10 A; 1AJC A; 2XO6 A; 4QWD A; 1XNR J; 3TJA A; 4UST A; 3GV8 B; 3MK0 A; 1Y7A A; 4NPO A; 2EBG A; 2V2Q A; 4OZN A; 4ZLL A; 3GYN A; 4PG4 A; 2VD3 A; 2RUS A; 3ZXW A; 2DHH A; 4G1I A; 2UVW A; 2EFN A; 1GTH A; 2E5J A; 2IIH A; 5L0B A; 1U1K A; 5IQ6 A; 3GPA A; 2FJW A; 4JV0 A; 2LEA A; 3A8J A; 2VOP A; 4DSI A; 3BDP A; 1RAI B; 3AH6 A; 2X1G A; 4K7Q A; 1RWX B; 4ZP6 A; 2KVQ E; 1PG5 B; 4B3R J; 4BHQ A; 3OFE A; 4DOZ A; 1GAO A; 2QMW A; 1G3O A; 3I6P A; 2NPF A; 3VAL A; 4FNI A; 2J9D E; 5M2U A; 4C97 A; 1AA1 B; 3CJ5 A; 4LF6 J; 4LF5 J; 2AJ1 A; 4CNY A; 5KOW A; 1TFY A; 1VBK A; 4WFY A; 2V68 A; 1S1U A; 4ECW A; 2KYX A; 4YB6 A; 4OIX A; 3DGP B; 1S59 A; 2CFX A; 5CD4 H; 1CUL A; 3IGZ B; 4RW6 A; 2R7V A; 2DCL A; 3VAH A; 5J1E A; 4U8V A; 2DRA A; 1TL3 B; 4PQU A; 3ONQ A; 2JWN A; 2LEC A; 1WD6 A; 2CXE A; 3JYT B; 1ALI A; 2FY1 A; 1LV5 A; 2FHJ D; 4HAC B; 1HBN B; 1NB2 A; 4ECZ A; 3T9N A; 4ALZ A; 4W4M A; 1QSY A; 2D1C A; 2M3D A; 3KLI B; 5DG8 A; 2FVR A; 2QT7 A; 1E6Y A; 2DIT A; 1E1Z P; 5H9F K; 5DET A; 4DCP B; 1T95 A; 2E1C A; 1Y00 A; 2OPR B; 2D7S A; 3M9O B; 4JBC A; 4TNO A; 2PII A; 3DKD A; 4J9V A; 2CZ9 A; 2RT3 A; 2HSE B; 4C3L A; 1RBO B; 3VAK A; 2FHK A; 3K5N A; 4ZGA A; 4FYV B; 2MQN A; 4IG0 A; 1HD0 A; 2RJZ A; 3MMC A; 1RKI A; 4KO0 A; 1RT7 B; 1L3U A; 1H7W A; 1NXI A; 2MLZ A; 5IC6 B; 2W9C A; 4KJD A; 4CP5 A; 4NLR A; 4JI2 F; 3CC2 S; 2YH1 A; 4OX6 A; 2HWT A; 4OX9 F; 1LWC B; 2XMJ A; 2QL5 B; 1KSP A; 4X4P A; 4IH7 A; 1M5K C; 2QLF B; 3MMB B; 4ED1 A; 4ZVQ B; 2YX4 A; 5D78 A; 3MUT P; 1CJV A; 3L4B C; 1X9W A; 2HVI A; 2VC0 A; 3K5P A; 3BDG B; 1WC5 A; 5AXM A; 3POT A; 3X3U A; 2C2K B; 4DCO B; 5GME A; 5KFR A; 1I94 F; 2WRM A; 2N4C A; 4K2J A; 1UFK A; 4ES2 A; 1H2U X; 2ZH8 A; 4ZP9 A; 3DHX A; 3I0R A; 1I1G A; 1UEU A; 4BBY A; 3OTO F; 5C42 B; 3ZTQ A; 3HD2 A; 1UVJ A; 2RF2 B; 1SL2 A; 3MCN A; 4OJ3 A; 3PEJ A; 2W7P A; 3LPY A; 3RR7 A; 4P72 A; 4LR2 A; 4DU8 A; 1UAW A; 4AL7 A; 4OYO A; 3NXZ A; 3G8S A; 3CCT A; 1WUU A; 1DAX A; 1NB7 A; 5KG5 A; 1LW0 A; 2QZ8 A; 3HHK A; 1ZM3 A; 3NKR A; 4QZV B; 5L1J A; 3AOC A; 2OGU A; 5A8K B; 2LXI A; 5A6P A; 2VL1 A; 3QJL A; 2JFK A; 1GXU A; 4GTX A; 5H9E J; 4PZV A; 2FVP A; 1UJ5 A; 1YQH A; 2QC3 A; 4BDP A; 2R2R A; 3VV2 B; 1JXV A; 4FXD A; 1HW8 A; 4ZVH A; 2AP6 A; 4NAS A; 1CJU B; 4UZB A; 1F5A A; 3D28 A; 3MM5 A; 4NA1 A; 3KK1 A; 1X4A A; 3FK4 A; 2WOM A; 4KE5 A; 4OHV A; 3HVT B; 1PSD A; 1YG0 A; 4DR3 J; 3UD4 P; 3F41 A; 5LQQ A; 3K59 A; 4K4W A; 1BLU A; 5L0E A; 2EWH A; 1X8D A; 3M8Q B; 1K47 A; 2PA8 D; 2H4W B; 4KH1 B; 4OLO A; 4I6W A; 5BXI A; 2ACM A; 2KRR A; 3FFI B; 4K0K F; 2ZH9 A; 4A8K A; 4CO2 A; 1NHV A; 1OJ4 A; 1ACM B; 5I3P A; 5AE3 A; 2ZVI A; 4JYA J; 1FHT A; 5KFX A; 1RAE B; 2VPX B; 3RG6 A; 2HFN A; 2FGC A; 1VI7 A; 1RU2 A; 2QMX A; 3OR1 B; 1NDP A; 4QWB A; 3QFH A; 3BBB A; 2HZA A; 3I55 S; 3PYG A; 1EX8 A; 2ASY A; 4DR5 F; 4PXB A; 1OIA A; 5DRK A; 3PJ9 A; 1S6P A; 4GKK J; 3SCJ E; 1B0P A; 4F3O A; 3A8E A; 4OYX A; 4WXW A; 1LK5 A; 1VHF A; 3IBC B; 5GAH U; 2P9E A; 3K5L A; 4DR4 J; 2HZV A; 3LP0 B; 2UUA J; 2VPW B; 1R89 A; 1PYO B; 4B3O B; 1NND A; 2MGZ B; 3HSZ A; 4FYD A; 4CO0 A; 2EFV A; 4EZ9 A; 2X3D A; 2QL9 B; 4A8S A; 2FC8 A; 2YX7 A; 4DFK A; 2DY1 A; 3D4J A; 1EQ0 A; 3UVJ B; 3HM9 A; 3T01 A; 5K8O A; 1URA A; 2L41 A; 4F67 A; 1TVR A; 4WZM A; 1RI7 A; 1UEK A; 3CT9 A; 4B9L A; 4RPF A; 1LNQ A; 1FRJ A; 3OV7 A; 5LMU J; 4JI1 F; 4UPI A; 4IOC Q; 1UFW A; 1EJJ A; 2QLJ B; 3V5R A; 5KG3 A; 4LSN A; 3OPK A; 1NK0 A; 1KOH A; 3AA9 A; 3M8Y A; 3ZTR A; 2MHE A; 3KJF B; 2CQC A; 2DXD A; 2HHT A; 5A76 A; 3CCS S; 3V6H A; 1H2T Z; 3ETO A; 2W8L A; 1XNQ J; 1GEH A; 1IBM F; 3BZQ A; 2IDE A; 1FCA A; 2BRK A; 1XMO F; 2CPE A; 1R0A B; 2HK2 A; 3UCZ P; 2CQ0 A; 3ZZ0 A; 2MKC A; 1WG1 A; 2OP5 A; 5F8L A; 2C3P A; 4LRE A; 5LSL A; 1VC6 A; 2G13 A; 3H5U A; 2YWG A; 1XC9 A; 4PUO A; 2G0J A; 2YKN B; 5KFI A; 4DG1 B; 2FY8 A; 3U1L A; 3G96 A; 1GT8 A; 3IGN A; 3CCU S; 2L48 A; 4TY9 A; 1WTB A; 4ZPT R; 5H9F J; 2DNZ A; 5LMN F; 4JI3 J; 2HWI A; 3GSI A; 2KYZ A; 2BQU A; 2HLU A; 4CDI A; 2AJ0 A; 4NEZ A; 2XSJ B; 3MR7 A; 2JEJ A; 4R8U B; 3W66 A; 1YKW A; 3PYD A; 2DGT A; 4XDD A; 5CYM A; 1FX4 A; 1HQ2 A; 2A3J A; 2CQ2 A; 2AMC B; 1XMQ F; 4K4X A; 4ZG9 A; 3W60 A; 4LMZ A; 4B56 A; 2J0Q D; 1R8B A; 4IRK A; 3LAK A; 3IS9 A; 4LSL B; 2GZO A; 4NLX A; 2BAN A; 4FF2 A; 3DDK A; 3DCA A; 2XZW A; 2RHS B; 4CO5 A; 4LJM A; 3TI0 A; 4B9N A; 3B5Q A; 1D3W A; 2BE2 A; 4AND A; 4DPT A; 2H4Y B; 2WW4 A; 4LQ3 A; 2WVB A; 3RUB L; 2VOD A; 2GC8 A; 1FJG J; 3AD8 C; 3DOL B; 4QJV A; 3D68 A; 2Z2Y B; 4N77 A; 1VBZ A; 2UU9 J; 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3O3L A; 2XGP A; 1N32 F; 3HKZ D; 4IQX A; 4OMF G; 2ABY A; 4FVC A; 3OL9 A; 2DKO B; 2HEK A; 3DN9 A; 4UOC A; 1JLG B; 3NY0 A; 3NP5 A; 4JB8 B; 1RIS A; 3DFE A; 3FRZ A; 3DYC A; 2RDI A; 1WG4 A; 1WAC A; 1URB A; 3BH7 B; 1YJR A; 1SQE A; 2VFT A; 1RT3 B; 4U7C A; 2BW2 A; 3MPD A; 5J2N A; 5EGH A; 4DUT A; 2DGV A; 3JTO A; 3T1Y J; 1SIW B; 2EBE A; 5ETL A; 2BMB A; 5HO4 A; 1RWV B; 1JWW A; 3W5X A; 2OPQ A; 4O0I A; 1EP4 B; 3TQE A; 1SKU B; 3DLB A; 2FHJ A; 1RWK B; 5KXA A; 1XQI A; 1FJ7 A; 1QM9 A; 5C25 A; 2C2N A; 2YKM A; 1KEK A; 3NKP A; 3LO3 A; 1HNX F; 4ZP8 A; 2F8M A; 2O01 C; 4PG5 A; 4J90 A; 1VBY A; 2VQF F; 2W5V A; 2MPU A; 1IVZ A; 5IJS A; 4M5G A; 4QQB A; 2BM0 A; 4ZHR A; 4KHP F; 4W98 A; 2Z0G A; 4DV1 J; 1VHI A; 3T9Z A; 1WKL A; 4WP8 A; 4I6A A; 5F41 A; 3CUL A; 1S1W B; 1QDU B; 3U27 A; 1NK7 A; 2Y3Y A; 1AXQ A; 2Y1L B; 3GG1 A; 4NRT A; 4OHZ A; 1IQT A; 3QAE A; 1JLC B; 3JQK A; 3EGV A; 1YBA A; 4OX9 J; 2JC0 A; 2PFD A; 2VJV A; 1NZ8 A; 3PJX A; 4J9Q A; 2IRY A; 3QT6 A; 1Q8K A; 5EN1 A; 2H5E A; 2QMU B; 2IA6 A; 3ILJ A; 5EDW A; 2DBB A; 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