The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
215
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structure length |
205
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Chain Sequence |
NVTSIALRAETWLLAAWHVKVPPMWLEACINWIQEENNNVNLSQAQMNKQVFEQWLLTDLRDLEHPLLPDGILEIPKGELNGFYALQINSLVDVSQPAYSQIQKLRGKNTTNDLVTAEAPSRMLMLQLTDGIVQIQGMEYQPIPILHSDLPPGTKILIYGNISFRLGVLLLKPENVKVLGGEVDALLEEYAQEKVLARLIGEPDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural and Mechanistic Insight Into Holliday-Junction Dissolution by Topoisomerase Iiialpha and Rmi1
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Dna replication/isomerase
|
source organism |
Homo sapiens
|
molecule keywords |
DNA TOPOISOMERASE 3-ALPHA
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total genus |
54
|
structure length |
205
|
sequence length |
215
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-11-27 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
B | PF08585 | RMI1_N | RecQ mediated genome instability protein |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CGY B; 4CHT B; 3NBI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1B53 A; 3NXW A; 4DV0 Q; 5D14 A; 4Z8X A; 2Z8Y M; 5LHY 1; 1EFU B; 1BOS A; 1D6E C; 1BR9 A; 1SXJ A; 4G4O A; 3T1Y M; 1FD7 D; 2VQF M; 1X65 A; 2Z6B A; 3VR4 A; 3CPF A; 3E0J A; 3PXG A; 5JVH 3; 2SOB A; 3SK4 A; 1YEZ A; 4B3T L; 2NVT B; 2JY8 A; 1NV8 A; 2M9V A; 3M4Q A; 4X65 Q; 5LMU Q; 1HRJ A; 2G8L A; 1Z6H A; 3BZD B; 2B2W A; 4IBD A; 3R9X B; 3KJP A; 2RDF A; 5LMN W; 2CFO A; 2APL A; 3I4N B; 1XNR L; 1VQ6 A; 5C0X I; 3L25 A; 1LT3 D; 1WI5 A; 3ZJY C; 2VF7 A; 4XQN A; 1OFH A; 3D0F A; 3W1B A; 4UP9 A; 1TR5 A; 1KNE A; 3AU7 A; 2RGO A; 3CCL A; 3PV0 A; 1X3E A; 3W68 A; 2KHI A; 1PTO H; 3K9P A; 5IWA Q; 3UK6 A; 4H7B A; 4MGI E; 1EU3 A; 4ITQ A; 3I55 A; 5C3W A; 1JR3 D; 4LJA A; 4C56 C; 1Y8O B; 1VMC A; 3Q0A A; 1DYQ A; 5KRU A; 1AP0 A; 3HFZ B; 3KOZ E; 1BCP D; 1E1O A; 4HIO A; 2KZU A; 4AI6 A; 1KC8 C; 2BDO A; 4B3S L; 2ZAO A; 4AYB G; 4LFC M; 2A5H A; 4RKU F; 5JJI A; 3SBJ A; 4X64 M; 2QZ4 A; 4A3J B; 1W5S A; 1B50 A; 2YTX A; 5KPZ A; 1L2F A; 4WRD A; 1GO3 E; 5A2Q E; 4FCW A; 1SND A; 2ALY B; 1AH9 A; 3T1H M; 1V1P A; 1VMP A; 3MC0 B; 3K59 A; 2I7P A; 1PRB A; 4LCB A; 3FUT A; 4OIJ A; 4POG A; 3PFI A; 4G4R A; 3URY A; 1QZE A; 3RN5 A; 4JI4 Q; 4QGU A; 2VUM B; 4ME5 A; 2K75 A; 2PNR C; 1PYB A; 4DR5 Q; 3IAY A; 3GO8 A; 3NQI A; 1UEA B; 4AKH A; 2OXP A; 2Z8L A; 1STH A; 3H3V H; 1KLG D; 4K8J A; 4DXF A; 1KQS A; 2AQ3 B; 4CDE C; 2K14 A; 4DR4 L; 1N32 Q; 2RHS B; 1K8M A; 3S2H B; 3KOY E; 2LMC B; 3E9I A; 4FF1 A; 2OEO A; 1OJL A; 1VS0 A; 1EZ8 A; 3L29 A; 1YNN C; 4LF9 M; 2LVA A; 3NBH B; 2L4N A; 1QNK A; 1HTL D; 4GKJ L; 4KO8 A; 1EYG A; 1XMO M; 4DV5 Q; 3TN2 A; 1OTC A; 5C5M A; 2M00 A; 1WTV A; 1NTG A; 2ID0 A; 4XDX A; 3EIE A; 1MJG M; 1I94 L; 1PLF A; 1QAQ A; 2JUJ A; 3FRI A; 1EIH A; 4X65 M; 3A7L A; 5DAU A; 4DNR B; 3HOY G; 1VQ7 A; 3NBI A; 2LHG A; 5C44 B; 3CKI B; 1HFN A; 1Y1V B; 1TWA B; 3FKI B; 3TWL A; 2WSF F; 3S1R H; 2A69 D; 1Q3L A; 4JOI C; 3QYE A; 1KAB A; 2RDH A; 4LUO A; 4RMF A; 4DV6 L; 1UFZ A; 1CFM A; 5EJC A; 3K58 A; 3I01 M; 1STB A; 4FF2 A; 3U6O A; 4OVZ B; 3KDF B; 5L8R F; 2SNS A; 3GP7 A; 2R4J A; 4JI8 Q; 3HZX A; 3CME A; 3KYH C; 5IYB H; 2UU9 L; 5IGF A; 2F5P A; 1ESF A; 1YIT A; 4R4Q A; 2E5L L; 1X3P A; 2ZM6 L; 3HOU B; 2Q8T A; 1AEX A; 2CV2 A; 4XYQ A; 1M8A A; 1PRT D; 2QEX A; 2F0O A; 3EA6 A; 5A35 A; 2C98 A; 2L1B A; 2QKI C; 5EXP A; 2EY2 A; 1TWH B; 5ITX E; 2NWG A; 3NWT A; 3SDZ A; 2QPA A; 1Y1W G; 1QCB D; 1R4Q B; 3DHQ A; 4A3I G; 5C3E G; 3BDO A; 4FCV A; 4XK8 F; 3OWF A; 1FGB D; 2K9D A; 4ZKC B; 5E26 A; 3TWK A; 1TY0 A; 4IUV A; 1DO0 A; 2QA4 A; 4LG2 A; 2K5N A; 5HGQ A; 1YHQ A; 3F2D A; 2YFQ A; 4JK1 C; 3S16 B; 2C99 A; 4MGY E; 1LAC A; 2A6H D; 4LGM A; 3I04 M; 5ITU A; 1X56 A; 2RDG A; 3O13 A; 5IT9 c; 4DBG B; 3NPP A; 2ZAN A; 2ASB A; 3WOF A; 4DV1 Q; 5K5P A; 3VYS A; 1J9O A; 5C4H A; 2PMZ E; 4L63 B; 3FHW A; 3HOY H; 1WOC A; 1H95 A; 1GM5 A; 4BBA A; 3T56 B; 2R46 A; 1NR4 A; 1SR3 A; 4DR1 Q; 2WSC F; 4F2L A; 1VQ4 A; 2R7Z G; 1BUV T; 1H9R A; 4YWM A; 3Q23 A; 1JOO A; 2XWB B; 1IXZ A; 4HSP A; 3W3A A; 2WB1 G; 4NXM M; 1KDC A; 1F2Z A; 1SDF A; 1B4O A; 4DV5 M; 4MB7 A; 2C5R A; 1K0S A; 5A2Q L; 1IL8 A; 4F87 A; 2R61 A; 4DUZ Q; 4AQY L; 3OIP A; 1EWI A; 4HSV A; 3CRL C; 3E4R A; 1XWE A; 2F0Q A; 2D62 A; 8CAT A; 1A2T A; 3GLH B; 3IRB A; 4JI2 L; 1TH3 A; 3VLF B; 3CF0 A; 1TS2 A; 4HAE A; 2QDL A; 4IZ8 A; 4R1J A; 3KBG A; 5DLQ E; 1QZH A; 2NVX H; 4JI0 Q; 4TUW A; 1TT2 A; 4QJF A; 3HKZ E; 4YY3 Q; 1L2D A; 4DUY M; 4KMU C; 1V34 A; 3NE5 B; 5ELE A; 3G71 A; 4RWS C; 1FGU A; 1PTO B; 5JI2 E; 3C3D A; 5JOB A; 4KV6 A; 3T53 B; 1WJJ A; 4U68 A; 3CCE A; 1IW7 C; 5C4X H; 2PI2 A; 2WAQ G; 4DR7 L; 2DAM A; 1R6B X; 2L09 A; 2R7D A; 1BCP B; 5C3E H; 3HY5 A; 3FUX A; 1GUO A; 1IYU A; 3L0O A; 3K7A H; 3KJO A; 4A3F G; 3GRR A; 1IL2 A; 3U6M A; 2BA1 A; 4B3S Q; 1E9R A; 2Z6K A; 1C8C A; 2B63 G; 2EIF A; 2G5D A; 4MNO A; 2D2C C; 2UUB L; 4IUP A; 1IKL A; 2LH0 A; 3E3X A; 3F2B A; 1L8Q A; 5E7N A; 5IYD G; 4A3D G; 1CM9 A; 1G8Z D; 4GMQ A; 4HMI A; 5IGG A; 2XSC A; 2K47 A; 2N35 A; 3W67 A; 1O7I A; 1K83 H; 5FJ8 G; 5IZ7 D; 2R7Z H; 1GVP A; 4L5R C; 3N6R A; 1SG9 A; 1RJT A; 3LCV B; 1W3S A; 2HDM A; 3S1Q H; 4KJO A; 5FO7 B; 1VQP A; 2UXC L; 2SNM A; 3CF5 A; 4DR6 Q; 2CP8 A; 4X62 L; 3FYD A; 1E2Z A; 4HJ7 A; 5T1G A; 2Y20 A; 1N34 M; 3SK6 A; 5LMN L; 2DWL A; 2F3V A; 1YNX A; 3CCM A; 1X3Q A; 3VA5 A; 1QVR A; 3BXW A; 2DN8 A; 4DR1 M; 1X55 A; 2F1M A; 3KOW E; 4G7Z C; 3SMS A; 5EBC A; 3U58 A; 1F2L A; 4IFD G; 2K28 A; 5EXT A; 1WTR A; 4NL4 H; 1IY0 A; 3CAM A; 3PO3 G; 1BNZ A; 5FK9 C; 1YHA A; 2KCM A; 2R7F A; 1KYI A; 3CCQ A; 3DZD A; 2MJ8 A; 1N33 Q; 1LT4 D; 1O7L A; 2DJF C; 1UWV A; 2XRS D; 1YNJ D; 2CKZ B; 1I6V C; 4IBG A; 1XNR M; 3ULJ A; 3VDP A; 2EXD A; 4S3S A; 3S1R B; 1ENF A; 1YZ6 A; 2B29 A; 1XYI A; 3PNV A; 2B63 H; 1S4Z A; 1C0A A; 1L0X B; 4OU7 A; 1SRO A; 2WKD A; 3PIP 3; 5DNF A; 3SYL A; 1J6Q A; 1TS5 A; 3QG1 A; 2MFI A; 1NMF A; 1DGH B; 2MHV A; 5IYD H; 1BF4 A; 2IX0 A; 3SE0 A; 3KP0 E; 4A3D H; 2L9H A; 3EFX D; 2O01 F; 4KOD A; 3GLF E; 3IKJ A; 1STA A; 1NNU C; 3CCJ A; 2Z4I A; 3NQT A; 2UU9 Q; 3PGZ A; 1JIC A; 2ZAM A; 2EOT A; 4PZ7 A; 1W6J A; 2MNA A; 1RHP A; 1K3X A; 1PRT B; 2QBY B; 4B3S M; 1VQH A; 2OTL A; 1G91 A; 3KVW A; 3R3O A; 3HOW G; 4LUZ A; 5JVG 3; 3I90 A; 3NWS A; 4PDI A; 2E75 C; 3TRZ A; 4EQN A; 2FOI C; 3H4M A; 4DAV A; 1GD7 A; 4B3M L; 1JJG A; 4UPA A; 3K81 C; 2Z4H A; 4R3D A; 2C9C A; 3H4J A; 3G6E A; 1HXY D; 4F1I A; 1M4V A; 2R62 A; 3VYR A; 4DAP A; 1EYD A; 3KP1 E; 3LQR A; 1X3F A; 4IFD H; 3J7A F; 3GLI B; 4AG5 A; 3PO3 H; 3U5Z A; 4DR6 M; 4H0L C; 1C9O A; 3U9S A; 5IE8 A; 4B3R Q; 3GTK H; 2X4A A; 2OPF A; 2RVL A; 3FEW X; 1JOK A; 2Y21 A; 4XGI A; 3HOY B; 1MSH A; 3B7Q A; 2VS1 A; 3MXP A; 1UUP A; 5EPL A; 1FJG L; 1V9P A; 4DR4 M; 1OO9 B; 2F0I A; 1HZA A; 3A98 B; 5EP3 A; 1U4L A; 4JI7 Q; 4RF1 A; 1Z47 A; 2B2Y C; 1R7R A; 5C5L A; 4IPG A; 1WD0 A; 2CW0 C; 3FPU B; 4KKU A; 4IFD J; 2BE5 C; 2WZJ A; 1ZYR D; 1XX8 A; 2Q2U A; 1ZMW A; 4FXD A; 4GKJ M; 2EYP A; 4IAL A; 3KDS E; 2HWJ A; 4L8R C; 3D8B A; 2R44 A; 4LZZ A; 1IBL Q; 4NKL A; 3C9P A; 1QNU A; 1I94 M; 1BBW A; 3CCV A; 3U50 C; 2NVX B; 4D81 A; 1X6O A; 1TII D; 4JI2 Q; 1HR0 W; 3OYY A; 4RHS A; 3SK8 A; 3TDQ A; 2F0J A; 1L1O B; 2F52 A; 1MN3 A; 4LF7 Q; 1PH5 A; 3ERQ A; 1MGS A; 4K2K A; 3GTP H; 3I7F A; 4OIK A; 5FLM G; 3PQI A; 3ICE A; 1PJT A; 3OMC A; 3HOW H; 1HFG A; 1WIV A; 5C4X B; 5GRO A; 4DV6 M; 3HP3 A; 2ICE C; 4XQQ A; 5EQT A; 1L0Y B; 1E24 A; 3GRY A; 5GAH C; 5C3E B; 1P16 A; 4A3I B; 3U6L A; 1X32 A; 1V33 A; 3K7A B; 4KY5 A; 3U6C A; 2RGH A; 3T13 A; 4ABN A; 2AUJ D; 2JEB I; 3QJY A; 4DR3 Q; 3CC4 A; 2V6Z M; 3AOE C; 3RE8 A; 2ZJQ A; 2UU9 M; 2ES2 A; 4X3S A; 1QAN A; 5DM6 3; 4Q0F A; 2V1C A; 2MGS A; 2E5L M; 4QIW B; 2LNH C; 2ZM6 M; 4G57 A; 2PI2 E; 4LF5 Q; 5KPT A; 2EPB A; 4ZAI A; 3M7G A; 5ITQ A; 2K6B A; 4MGK E; 3AV0 A; 3SHF A; 3VYU A; 3R8F A; 2PPB C; 2JA8 G; 5ITT A; 1NMG A; 1K83 B; 2X69 A; 5M3F G; 3THG A; 2R7Z B; 3KSJ A; 2CH4 A; 2EJM A; 4A3E G; 3S24 A; 3S1Q B; 5BPV A; 3M6A A; 1AN8 A; 3HOV G; 4ME3 A; 4BBR H; 1BXT A; 2AQ2 B; 2WB1 B; 1L2C A; 2YU9 H; 1DZ1 A; 4EGV A; 4NRW A; 4DKA C; 1W5T A; 2EYH A; 1VF7 A; 1CT1 D; 4YWL A; 1WTO A; 3X3N A; 1S5B D; 3LWU A; 1TDZ A; 2F4I A; 4WOR A; 1HTP A; 1CUK A; 3MXN B; 4GNX C; 1VEJ A; 1NJG A; 4N9P A; 2F0T A; 5FLX c; 5CV9 A; 3C3L A; 1NV9 A; 4UP7 A; 2E74 C; 1JQJ C; 3CTW B; 3KF6 B; 2JSO A; 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1G59 A; 2QEJ C; 4GIP A; 4GLA C; 1RKN A; 2UXC M; 3GTK B; 1RTN A; 4Y28 F; 3TQS A; 1BQQ T; 2DAE A; 4X62 M; 1Y8G A; 4KY7 A; 4AIM A; 4LFA L; 4DXG A; 4APV A; 1MSG A; 1NCV A; 1XMQ Q; 4HJ9 A; 5LMN M; 2E2I H; 2UUA Q; 1KRT A; 2EYM A; 1DON A; 3GTQ H; 3OMG A; 5M5W H; 1SXJ C; 1ILQ A; 4M1U B; 5M3M H; 4GOP A; 1IBM L; 1K28 A; 2AWN A; 1D5Z C; 2KQ3 A; 2VQF Q; 2NUC A; 4I8O A; 1EQQ A; 3FUV A; 1X37 A; 2JA5 G; 3S1N H; 2XIW A; 1Q86 C; 4M8A A; 2R93 G; 3GTP B; 4UY8 C; 3HHY A; 3B9P A; 4BY7 H; 2KBN A; 4GHL A; 4REZ A; 4LF4 M; 3SVM A; 3FUU A; 5HUR A; 3I4O A; 3HOW B; 4JG2 A; 3A55 A; 3W0L B; 4AYB E; 3T51 B; 3PNY A; 4CGY B; 4JCV E; 2CV0 A; 3PSI A; 2JA6 G; 1N8R C; 2KCN A; 2JY6 B; 1LT5 D; 1SYF A; 3K8Z A; 2K05 A; 4TVA B; 5BN3 A; 4TSS A; 3W2D A; 1IXS A; 5EKL A; 1JQY D; 4DR2 L; 4LJ5 A; 1RL2 A; 2Z9H A; 4JXJ A; 1DGF A; 1V8Q A; 3UDF A; 3KLS X; 1DGS A; 2DGY A; 4DV7 L; 3FVQ A; 3I4Y A; 2A68 C; 2PNH A; 2F4V L; 3V05 A; 3SAS A; 1LTM A; 2O4X A; 1K8A C; 4CDD C; 1HUN A; 1YNN D; 2XWJ B; 3EJI A; 2EUC A; 4X64 Q; 5FO9 B; 3BYY B; 3PVS A; 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