The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
278
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structure length |
265
|
Chain Sequence |
LIADSGSTKTDWCVVLNGAVIKRLGTKGINPFFQSEEEIQQKLTAVYFYGAGCTPEKAPVLRRAIADSLPVIGNIKANSDMLAAAHGLCGQKAGIACILGTGSNSCFYNGKEIVSNISPLGFILGDEGSGAVLGKLLVGDILKNQLPATLKEEFLKQFDLTPPEIIDRVYRQPFPNRFLASLSPFIAQHLEEPAIRQLVMNSFIAFFRRNVMQYDYKQYPVHFIGSIAYCYKEILQDAARQTGIQIGKILQSPMEGLIQYHSQLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
X-Ray structure of the hypothetical protein Q8A1P1 at the resolution 3.2A. Northeast Structural Genomics Consortium target BtR25.
rcsb |
molecule tags |
Unknown function
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source organism |
Bacteroides thetaiotaomicron
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molecule keywords |
conserved hypothetical protein Q8A1P1
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total genus |
43
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structure length |
265
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sequence length |
278
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chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2005-06-08 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Gyrase A; domain 2 | Gyrase A; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JAX A; 3CJ7 A; 5AQP A; 2A3Z A; 1J6Z A; 1QQN A; 1RGI A; 1RFQ A; 2QWN A; 4FPB A; 2YCH A; 4AM7 A; 4BRK A; 2I7P A; 4BR5 A; 5KPZ A; 1KXP A; 1T6C A; 4YDU C; 3WXK A; 5JIC A; 3ENO A; 4GNI A; 5AR0 A; 3W0L A; 4BRE A; 3BUZ B; 4K41 A; 3VET A; 1TYQ A; 1ATR A; 3CIP A; 4JNE A; 4AM6 A; 3ZET B; 3U9Z A; 3MN7 A; 4K42 A; 4CI6 A; 4CBX A; 4CZJ A; 2ZF5 O; 2E2N A; 3DXM B; 3DJC A; 4PL8 A; 3M3Z A; 5LY3 A; 2ASO A; 3DAW A; 2FSK A; 3AAR A; 1NMD A; 5F0X A; 3MN6 A; 5AQL A; 3EKS A; 4BRD A; 2GWJ A; 1RDW X; 1TUU A; 2QWO A; 4EIA A; 2P9N B; 3A5N C; 2AP1 A; 3DWL A; 4BR4 A; 1JCG A; 2V51 B; 4EAH D; 4FPA A; 1SQK A; 3GG4 A; 4PKG A; 2A42 A; 2A5X A; 5CE3 A; 2V52 B; 4H0Y B; 3UB5 A; 4FWN A; 4BRG A; 3VER A; 4M7X A; 3LDO A; 4FSV A; 2V7Z A; 4JD2 A; 1QZ6 A; 3C0B A; 3M1F A; 3CQY A; 5AQS A; 3VF6 A; 1BUP A; 3GDQ A; 3HI0 A; 3J8A A; 4PL7 A; 3R9P A; 1HKC A; 4NO7 A; 5ELZ A; 4L3Q A; 3L6Q A; 3O8M A; 5F2R A; 4IJN A; 3CJB A; 3BF1 A; 1XQS C; 2ITM A; 4K43 A; 2YHY A; 5FPD A; 2HOE A; 5EX5 A; 5BRE A; 3JXU A; 1DKG D; 3VEN A; 2D1K A; 5TKY A; 1SZ2 A; 4BGA A; 4XEI A; 4CBW A; 1ESV A; 3JS6 A; 1YUW A; 4ISF A; 4BRN A; 4BC4 A; 1HUX A; 4H5N A; 3EZW A; 1KAZ A; 3LDP A; 4BRH A; 1BOT O; 4GY2 B; 3ZET A; 3CQX A; 4C23 A; 4BVO A; 3BP8 A; 4JHD B; 1X3M A; 3O4W A; 2WUS A; 3DXM A; 3MCP A; 3W3D A; 4WQ5 C; 4BR7 A; 1Z05 A; 3FZF A; 1DGK N; 3WT0 A; 4FWK A; 1BDG A; 4A2A A; 5E84 A; 3WXJ A; 4O8K A; 1X9J A; 3D2F A; 3LDQ A; 4ISG A; 4XH5 A; 3QDK A; 2P9N A; 4H0V B; 3U4L A; 3VEW A; 4BRM A; 3KZB A; 1BA1 A; 4BC2 A; 1NGG A; 1ZXO A; 4J8F A; 3CER A; 3CI5 A; 4MO4 A; 1NGI A; 2UYT A; 1S22 A; 2HF4 A; 1NGJ A; 4CZM A; 1H1V A; 2PAV A; 1R59 O; 5AQH A; 2W40 A; 4BG8 A; 4FOI A; 4IO8 A; 3MMV A; 1C0F A; 3H1Q A; 4HTL A; 4BR2 A; 1C0G A; 4CZF A; 2OAN A; 4FWM A; 3ZX3 A; 1ZBS A; 1GLJ O; 4QS7 A; 5AQY A; 3O5B A; 3HM8 A; 4BG9 A; 1ATS A; 4FWR A; 2FF3 B; 4BR9 A; 3QFU A; 5BR9 A; 4NB4 A; 4H5R A; 3ID8 A; 4EHT A; 1EQY A; 2H3G X; 3HBT A; 4O5F A; 3FZH A; 5AQQ A; 2VCP A; 3VGM A; 4FWQ A; 4RTF D; 4RCH A; 3I8B A; 2F9W A; 4WQ5 A; 4XH4 A; 2A40 A; 5AQF A; 5AQU A; 2BTF A; 5JLF A; 1V4T A; 2V7Y A; 1HJO A; 2GEL A; 4BRQ A; 1LOT B; 3S41 A; 4CZK A; 4Y0W A; 4BRP A; 3ENH A; 4JHD A; 2P9P B; 3AAQ A; 5KPR A; 4KBO A; 5KQ8 A; 4CZG A; 3FZL A; 2CH6 A; 5LJV A; 1YXQ A; 2GTD A; 4WQ4 C; 1E4F T; 3TPQ A; 1QQM A; 3O6W A; 3WQT A; 2QWL A; 1S3X A; 5AQJ A; 1TUY A; 2CGJ A; 5AQK A; 5AFU H; 3UE5 A; 3OHR A; 2VWB A; 3CJA A; 1BA0 A; 3FE1 A; 3I33 A; 4XH1 A; 3DXK A; 4MLE A; 3D2F B; 5KQD A; 3FZM A; 1HKB A; 3LM9 A; 2GUP A; 1MA9 B; 3EKU A; 4WYB A; 5B8H A; 3IMX A; 2FF6 A; 4IWV A; 2ZGY A; 2P9K B; 5FPE A; 2P9S B; 3GL1 A; 1QZ5 A; 4BC3 A; 1NM1 A; 3H46 O; 3QBX A; 3WXL A; 3FGU A; 1NGH A; 3A5O C; 2Q1N A; 4FWO A; 1MWK A; 1Z6R A; 1NGA A; 1WUA A; 2E2O A; 4YDU A; 3VGK A; 5JMV A; 4DB3 A; 3H3N O; 4QS9 A; 3LM2 A; 4MLH A; 1NBW A; 3H6E A; 4I6M A; 2FSN A; 2IIR A; 5E26 A; 2YHX A; 3G25 A; 1HPM A; 3VEZ A; 3ZEU B; 1NGE A; 4B1W B; 4WQ4 A; 2P9P A; 5AQM A; 2ASM A; 1QHA A; 4QS8 A; 3UKU B; 2FSJ A; 1KAX A; 4HWI A; 2E20 A; 2P9U B; 3VES A; 5AZI A; 3D7E O; 4LC9 B; 4BGB A; 1OKJ A; 1NGC A; 3FZK A; 4MO5 A; 3WUH A; 3GE1 A; 4A61 A; 4M63 C; 4BR0 A; 3KHY A; 4BRO A; 4CD3 A; 3C7N B; 4H0O A; 1T6D A; 1BU6 O; 3A5L C; 3IDH A; 3UKR B; 4H0X B; 1U6Z A; 3H1V X; 4CJ7 A; 3O08 A; 5EXW A; 2GEM A; 4BRF A; 2CGK A; 2ASP A; 4B1Y B; 4DHY A; 3L4I A; 4JN4 A; 3U8X A; 3O1W A; 2D0P A; 2P9K A; 3DXK B; 3LL3 A; 5AQN A; 2P9S A; 5FPN A; 1BO5 O; 2ZGZ A; 5AQZ A; 4BRL A; 1NLV A; 2E1Z A; 4EFH A; 1GLA G; 1E4G T; 3R8E A; 4B9Q A; 2NLX A; 2NRH A; 1X3N A; 2BUP A; 3TU5 A; 4BQZ A; 1HX1 A; 3AY9 A; 3SMP A; 3VEX A; 4EHU A; 4A62 A; 3ZEU A; 3M6G A; 1XC3 A; 5AQX A; 2F9T A; 3SLC A; 5F1X A; 2A6A A; 1JCE A; 1QQO A; 5AQO A; 5LJW A; 3UKU A; 2QXL A; 4I6M B; 2E8A A; 5BPM A; 2P9U A; 3U9D A; 2P9I B; 4PKH A; 1D4X A; 5AQG A; 2QWP A; 5BN9 A; 3LDL A; 2NZT A; 5ADX H; 5BRD A; 3HSC A; 1ATN A; 2E2Q A; 4DQ8 A; 1YAG A; 1CZA N; 2D0O A; 3C7N A; 4BC5 A; 2AA4 A; 5AZI B; 2Q2R A; 2E1Y A; 3HTV A; 3UKR A; 4BRA A; 1V4S A; 3MN9 A; 1NGD A; 2FLO A; 4H0T B; 5BN8 A; 1MWM A; 3CJ1 A; 2EWS A; 3LDN A; 3ZX0 A; 3F9M A; 3FR0 A; 4B1X B; 1HKG A; 4BQL A; 2CH5 A; 3VF2 A; 2VYP A; 2QWQ A; 2W41 A; 4PKI A; 4CZL A; 3KVG A; 3MDQ A; 1KAY A; 3GOI A; 3WEE B; 3WXI A; 4B1U B; 3ATU A; 3MN5 A; 3SK3 A; 3CET A; 2YJF A; 5I9E B; 3QB0 A; 4ISE A; 4FWS A; 1P8Z A; 1GLC G; 1NWK A; 3QML A; 4DCH A; 2P9L B; 5EY4 A; 3BEX A; 1G99 A; 3QFP A; 3SJH A; 4Z94 A; 1BWF O; 3VEV A; 4H0P A; 2Q97 A; 2QW9 A; 1BG3 A; 2P9I A; 2YI1 A; 3RSE B; 5BRF A; 1ZC6 A; 3R6M A; 3AAP A; 4K25 A; 4BVP A; 3FLC O; 1SAZ A; 4CZI A; 1MDU B; 2E88 A; 4H5W A; 4IZ9 A; 4FL9 A; 4H5V A; 4H5T A; 2KHO A; 2HMP A; 2Q0R A; 3H45 C; 3D2E B; 4H03 B; 3IFR A; 4FOE A; 3FFK B; 3ULE A; 4A2B A; 2E2P A; 1Y64 A; 5AQW A; 5AQV A; 1IJJ A; 1Q18 A; 5JLH A; 2Q36 A; 3BF3 A; 5BPN A; 3CJC A; 3P4I A; 4FWL A; 4CBU A; 4CD1 A; 1NGF A; 3O80 A; 4M7Y A; 1NGB A; 1U2V B; 4B1V A; 2GWK A; 2CGL A; 1K8K B; 1IG8 A; 3EO3 A; 5AZJ B; 4CZH A; 2I7N A; 4F9O A; 3EL2 A; 3IUC A; 3VPZ A; 5AQR A; 3WEE A; 2A41 A; 3VF4 A; 2YJE A; 1YVN A; 4FWP A; 3ATV A; 2ZWH A; 5EVZ A; 2DPN A; 4E1J A; 2PBD A; 4BRI A; 3VEY A; 1TYQ B; 4IJA A; 2P9L A; 5FPM A; 1GLD G; 2YHW A; 3VEO A; 5AQI A; 2J4R A; 1GLE G; 3VGL A; 5BPL A; 3ZX2 A; 2IVP A; 5ADX A; 4FO0 A; 3A0I X; 1GLB G; 3EN9 A; 2FXU A; 2HF3 A; 1LCU A; 1GLF O; 2Q0U A; 2D4W A; 4B1Z A; 3H3O B; 3RSE A; 4IXC A; 2IVN A; 2IVO A; 3GBT A; 3SMS A; 3CJ9 A; 3O1B A; 2QM1 A; 1DEJ A; 3D2E A; 5EOY A; 3MK6 A; 5BRH A; 2QWR A; 3CHW A; 3VOV A; 2QWM A; 3QBW A; 3QIC A; 5AFU A; 3A8Y A; 5AQT A; 4BRC A; 3WQU A; 4RWT A; 3A5M C; 4JD2 B; 2Q31 A; 1GLL O; 3L0Q A; 1HLU A; 3B8A X; 1T44 A; 3ULE B; 3HZ6 A; 1XUP O; 1U2V A; 5KPT A; 1JCF A; 4CZE A; 1K8K A; 1WOQ A; 5AZJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAE P; 3CJ7 A; 5AQP A; 4LLG A; 2A3Z A; 4GKK K; 1SKR A; 4FPB A; 1JVI A; 1SMY A; 1KXP A; 3J80 O; 4DMN A; 2B63 A; 3M8S A; 4YDU C; 1NK7 A; 3I56 N; 2O8C A; 5HRP A; 2HND A; 3GEE A; 1NU0 A; 3CIP A; 4JNE A; 3JAM O; 1YTU A; 4IOC L; 1RTI A; 2W7V A; 3CQZ A; 4HVJ A; 3CFP A; 3DXM B; 2A68 A; 4A3I C; 5LY3 A; 4OIN A; 1O2F B; 4N47 A; 4A3I K; 4DR7 K; 4WCE L; 4LFB K; 1EET A; 3GTO A; 2FSK A; 1NMD A; 5E41 A; 3HOZ C; 3HOZ K; 2BDP A; 1RDW X; 1TUU A; 1GOC A; 1T05 A; 3HXA A; 3DWL A; 4M45 A; 1USM A; 4FZY A; 4C8L A; 1SQK A; 2YNI A; 4YOV A; 3OYI A; 2GAH C; 2YNH A; 5CE3 A; 3E9P A; 3VER A; 4LH4 A; 3LDO A; 4FSV A; 4JD2 A; 3M1F A; 5AQS A; 1BUP A; 4FLX A; 3HI0 A; 4PL7 A; 3MXM A; 1IKX A; 3TAN A; 4HUF A; 4JYA K; 4IJN A; 3BF1 A; 3OA9 A; 1EK8 A; 2HOE A; 4ILH A; 3KJV A; 2WAQ L; 4JI3 K; 2HHU A; 3VEN A; 2D1K A; 1NJZ A; 1SZ2 A; 3SQ1 A; 3HOX K; 4XEI A; 4CBW A; 4CEE A; 3S1M C; 5HRO A; 3P31 A; 2FBX A; 3ZCM A; 3S1M K; 4E1M A; 4BC4 A; 4H5N A; 4B08 A; 4KV8 A; 2AJQ A; 1BOT O; 3EE8 A; 4GY2 B; 2R93 A; 4JK9 A; 1X3M A; 3HPG A; 2YKM A; 4F3T A; 3W3D A; 4Z0U A; 1EQR A; 2B5J A; 4Z4G A; 3WT0 A; 4QJV A; 3T01 A; 3J7Y P; 3WXJ A; 3D6R A; 4GTL A; 3V9Z A; 2YU9 C; 2P8T A; 4KB4 A; 4M3W A; 4CEQ A; 2YU9 K; 2JLE A; 3S1N C; 4ISG A; 4FJM A; 3S1N K; 3GTL A; 3VEW A; 3ERE D; 3LAK A; 4BRM A; 3HVR A; 5C42 A; 4BC2 A; 4C8N A; 3EYZ A; 1B4B A; 1VHX A; 4J8F A; 4DTO A; 2G8K A; 3CI5 A; 1TWH C; 1S22 A; 1TWH K; 4CZM A; 1R9T K; 1KVC A; 4BG8 A; 4AHC A; 3TSU A; 3HPO A; 3QEX A; 3OYC A; 1YIT N; 3O5B A; 4YOR A; 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4QS9 A; 4A93 K; 4MLH A; 4QOZ B; 2FSN A; 4CK1 A; 2KWA A; 5E26 A; 4G0W A; 1XZP B; 4W5T A; 3VEZ A; 3ZEU B; 2HHT A; 1NJY A; 4B1W B; 3WOD A; 1MU2 A; 4WQ4 A; 1SL1 A; 1HI9 A; 4FZX C; 4UQG A; 5M1Q A; 2FSJ A; 2O8E B; 4LF6 K; 2P9U B; 3VES A; 2HNZ A; 3CPE A; 5C2F A; 3DLH A; 3QO9 A; 4ZH4 A; 1NGC A; 2FBY A; 3GE1 A; 2BH1 A; 3CCU N; 3LPX A; 3HOY C; 4O8U A; 1WNS A; 2ZJQ L; 4CD3 A; 3C7N B; 4H0O A; 3LP2 A; 4NYF A; 4CJ4 A; 3K5N A; 3U6F A; 4ELT A; 4J2D A; 3DOL A; 1TWA C; 1WAJ A; 4CW7 B; 4G7Z A; 1TWA K; 4A3C C; 1WSI A; 3TTD A; 4A3C K; 2WC9 A; 3T02 A; 1KLM A; 1VRT A; 3N4P A; 4Y52 C; 2ASP A; 1F7V A; 4B1Y B; 4Y52 K; 2B6A A; 3L4I A; 4WF9 L; 1JXB A; 3HP9 A; 2E2I C; 4CHP A; 5AQN A; 2E2I K; 3A8I A; 4ILD A; 3MML B; 1BO5 O; 1DD5 A; 4FLT A; 2ZGZ A; 3L4K A; 4CJR A; 2VQE K; 3ZYY X; 3VTH A; 3K5L A; 1XMO K; 4I9Q A; 2WON A; 1NLV A; 4IOA L; 2E1Z A; 3FFI A; 3SJJ A; 5TMC A; 3T1A A; 1ZBU A; 3U3G A; 4LQY A; 1VQ5 N; 2NRH A; 4JK8 A; 4MQ3 A; 4N76 A; 1HQU A; 2GBZ A; 4JKD A; 3WNH A; 4A62 A; 3M6G A; 4PAB A; 3JSM A; 4PA1 A; 1QSL A; 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