The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
89
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sequence length |
418
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structure length |
398
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Chain Sequence |
PSAADRNVEIWKIKKLIKSLEAARGNGTSMISLIIPPKDQISRVAKMLADEFGTASNIKSRVNRLSVLGAITSVQQRLKLYNKVPPNGLVVYCGTIVTEEGKEKKVNIDFEPFKPINTSLYLCDNKFHTEALTALLSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVLSNVKFIQEKKLIGRYFDEISQDTGKYCFGVEDTLKALEMGAVEILIVYENLDIMRYVLILYLTPEQEKDKSHFTESMPLLEWFANNYKKFGATLEIVTDKSQEGSQFVKGFGGIGGILRYRVDFQGM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The crystal structure of human eukaryotic release factor eRF1--mechanism of stop codon recognition and peptidyl-tRNA hydrolysis.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Translation
|
molecule keywords |
PROTEIN (EUKARYOTIC PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1)
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total genus |
89
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structure length |
398
|
sequence length |
418
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2000-01-12 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF03463 | eRF1_1 | eRF1 domain 1 |
A | PF03464 | eRF1_2 | eRF1 domain 2 |
A | PF03465 | eRF1_3 | eRF1 domain 3 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Translation, Eukaryotic Peptide Chain Release Factor Subunit 1; Chain A | Translation, Eukaryotic Peptide Chain Release Factor Subunit 1; Chain A, domain 1 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GIO C; 3G4S F; 1S72 F; 3SIV A; 3AGK A; 3E20 B; 1Q7Y H; 3NK7 A; 3N4Z A; 4LCK A; 1N8R H; 5IT9 M; 2LBX A; 1YJ9 F; 3CCE F; 1Q86 H; 5GAP K; 1GO0 A; 3CCV F; 1SDS A; 1GO1 A; 4NUT A; 3CPW F; 1VQ9 F; 3CG6 A; 3LWR C; 2HVY D; 4BW0 B; 1X7O A; 2QA4 F; 3VMF B; 5DCV A; 5G4V C; 3CCR F; 3GYQ A; 1VQ8 F; 2HST A; 1W40 A; 2LGT A; 3CXC F; 3OW2 F; 3CD6 F; 3HAX D; 4X3L A; 1YIJ F; 3CCM F; 5EWR A; 1QVG F; 1VQ4 F; 2MQ9 A; 5A2Q M; 5GIN C; 3CCQ F; 1YJN F; 2FC3 A; 2OHW A; 3CME F; 1W2B F; 4BY9 D; 2QEX F; 1KQS F; 2OZB A; 3NVK E; 3LWV C; 2ALE A; 3JAM M; 3J7A R; 1K9M H; 1JJ2 F; 1VQP F; 2CZW A; 1T0K B; 4X3M A; 4C4W C; 3LFO A; 3O85 A; 3MCA B; 1CK2 A; 1W3E X; 1YIT F; 1KC8 H; 3PLA C; 2VGM A; 3RA5 A; 3J80 M; 1GZ0 A; 3CCU F; 5G4U C; 1Q81 H; 3G6E F; 1YI2 F; 1QVF F; 1RA4 A; 3SIU A; 3CC7 F; 5GIP C; 3LWP C; 1VQK F; 2KG4 A; 1M1K H; 5FLX M; 1PXW A; 3ON1 A; 2I6D A; 3N4Y A; 3FFM A; 1XBI A; 1VQ6 F; 3CCL F; 3E1Y A; 2KTU A; 3CC2 F; 3NK6 A; 1K8A H; 2OTL F; 2JNB A; 1VQ7 F; 2QI2 A; 1H7M A; 3LWO C; 1YHQ F; 3I55 F; 3CCJ F; 1M90 H; 1CN7 A; 4AF1 A; 3CC4 F; 1K73 H; 3HJW C; 3V7Q A; 1ZWZ A; 3RA6 A; 1VQL F; 2MQ6 A; 3OBY A; 1YJW F; 3NVI B; 3PAF A; 2LBW A; 5GAN K; 1IPA A; 1W42 A; 3CMA F; 1X52 A; 5EO3 A; 3G71 F; 3CCS F; 3J81 M; 1KD1 H; 2LLX A; 3I56 F; 1E7K A; 3WXM B; 1RLG A; 2WAL A; 1VQM F; 3CPQ A; 1Q82 H; 1VQN F; 1W41 A; 3NMU C; 1VQ5 F; 2BO1 A; 3LWQ C; 1DT9 A; 3V7E A; 5FJ4 C; 2AIF A; 1VQO F; 3VI6 A; 2VGN A; 2KTV A; 4TZZ A; 3OBW A; 1X7P A; 3JCM M; 2OTJ F; 1NJI H; 3IR9 A; 1NMU B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IO8 A; 3TAE A; 4JI5 K; 2CW4 A; 4JKA A; 4CK1 A; 5FNV B; 2GX9 A; 4TV8 A; 1FKO A; 5AQK A; 4FYD A; 5HXZ A; 1XWL A; 1BI4 B; 4HTL A; 1WSF A; 3DLK A; 4DQR A; 2UYP A; 1S3X A; 3QIO A; 4RW6 A; 1C0U A; 2D0P A; 4G4V A; 3VMF B; 4I2P A; 2F9W A; 1VQ6 N; 4GV6 A; 3ZSQ A; 2YKN A; 3QIC A; 5LOV A; 1HPZ A; 2VQF K; 4OJR A; 4BRQ A; 1VK3 A; 4BT2 A; 4CZE A; 3N4P A; 4QAG A; 3HWU A; 4YOY A; 1RBU A; 2EX3 A; 3VTH A; 1RTI A; 1N8R O; 1VQ4 F; 3I0R A; 2FC3 A; 4IOA L; 2F7T A; 3FD5 A; 4WCE L; 3VQQ A; 1NGB A; 4PY5 A; 4BY9 C; 1HNV A; 5BR8 K; 1NKE A; 4EI9 A; 4OX9 K; 3I56 N; 3LM9 A; 3D0P A; 4X3M A; 1RTD A; 4AHT A; 5I42 A; 4C8O A; 3LFO A; 1KVC A; 4H4M A; 4J2D A; 2ZVY A; 3WGM A; 3WJQ A; 4OPJ A; 3C6U A; 3ZP7 A; 3TTD A; 4HUG A; 1W3E X; 2V7Y A; 3JAR B; 3D2F B; 1VQ8 N; 4IFV A; 3RA5 A; 5G4U C; 2YHX A; 3DM2 A; 2P6Y A; 3KLF A; 3WGN A; 4HNA B; 3VPZ A; 3DWL A; 2HBL A; 4IHJ A; 4EB6 B; 2FBV A; 3IUC A; 4B9N A; 4EHU A; 4CIG A; 5KPT A; 1HNX K; 3SUO A; 4L8R B; 3F6M A; 4Y1D A; 4ILG B; 1S6Q A; 4KFB A; 3ZX3 A; 2VWK A; 2Q1N A; 4L3Q A; 5SZT A; 3OJU A; 2RB9 A; 2OTL F; 3AVB A; 1RLU A; 3ZX0 A; 4DTP A; 3GTZ A; 1NNE A; 2GTD A; 2V7Z A; 3VEY A; 1BOT O; 1P90 A; 3KIZ A; 3QEW A; 5B8H A; 4JHD B; 1RBT A; 3M5R A; 1ZBF A; 3A2F A; 3CM5 A; 5EO3 A; 1YI2 N; 1BQM A; 2QTD A; 3VQB A; 1OH7 A; 4GV9 A; 4F9O A; 2A3Z A; 2B5J A; 3N4Q A; 1RTJ A; 3VF4 A; 1W59 A; 4WE1 A; 4K42 A; 2X74 A; 1TUU A; 2HHU A; 3VI6 A; 1BU6 O; 4CFA A; 4WFA L; 3TD3 A; 2PFU A; 4LH4 A; 5J2T A; 5HRO A; 5AQZ A; 1KRP A; 5JQG A; 4TZZ A; 4LFB K; 5ADX A; 3HI0 A; 3AO5 A; 2XY6 A; 3VO8 A; 3K57 A; 1Q7Y H; 1D9F A; 3V3T A; 2VG7 A; 5EOY A; 5LJV A; 1T6D A; 3WXK A; 4Q5V A; 4FJJ A; 3LDP A; 3Q7B A; 4OKE A; 2E1Y A; 1S6P A; 3N2G B; 5CB4 B; 2HVY D; 3RSE A; 2F8T A; 1JLF A; 3AVJ A; 3F0D A; 1BA1 A; 5G4V C; 1TYQ A; 5AQW A; 3K14 A; 1SA0 B; 3ATU A; 3CXC F; 4BC5 A; 2VYP A; 3P0Z A; 1VSM A; 4FLY A; 1Q8I A; 4FK4 A; 3CFR A; 1XHX A; 4O5F A; 4X3L A; 5DM7 L; 4OO1 J; 2MQ9 A; 5A2Q M; 3TAN A; 2LSN A; 4JKC A; 3JAL A; 1D8Y A; 4CGH A; 4X20 A; 2QEX F; 4KWE A; 2Z1E A; 3HP6 A; 2HP0 B; 1FFX B; 4FK0 A; 3AV9 A; 4NB4 A; 1QHT A; 4QCL A; 2XHB A; 1UI9 A; 5J2M A; 2R75 1; 3NF9 A; 4NCB A; 5HY1 A; 3WEE A; 2VGM A; 1S5J A; 2G8F A; 3FFK B; 4RHA A; 1UA1 A; 5IWA K; 2O8C B; 3UKU B; 5LA6 A; 4JK7 A; 5FRO A; 4CF1 A; 4DU1 A; 5LY3 A; 3JAS A; 1EWQ A; 5HP8 A; 1S22 A; 3L2V A; 1TL3 A; 3CET A; 3C9S A; 4FZZ A; 2XY7 A; 1C6V A; 3SLC A; 5C12 A; 1GX1 A; 3CJ1 A; 1O13 A; 1XBI A; 1VQ6 F; 4C23 A; 4PHT X; 3VGM A; 1X1P A; 1WOQ A; 3LP2 A; 4KH5 A; 5EB1 B; 5FPE A; 4M63 C; 1KVA A; 5LP6 B; 3J7Z O; 1YHQ F; 1TKD A; 3VEZ A; 4DLE A; 2HF4 A; 5AFU H; 3MN7 A; 4J2E A; 4CD3 A; 5AFU A; 3CPW M; 3QET A; 3EYZ A; 3L2R A; 3VQC A; 5I3U A; 3C9U A; 5EXW A; 1X52 A; 3L0Q A; 2CSL A; 3E01 A; 4I6M B; 3LP3 A; 3I56 F; 1C0M A; 1NMN A; 4AHC A; 2RKI A; 4OPK A; 1NK5 A; 4J2A A; 1QS4 A; 3HKC B; 1SUQ A; 1QZ6 A; 4J8F A; 5M1Q A; 3D6R A; 4HVJ A; 3LM2 A; 1QQC A; 4CFB A; 3ZET A; 3SUQ A; 2VQE K; 1DT9 A; 4X1I A; 1YUW A; 1TV6 A; 1XRG A; 3TAQ A; 4CCH A; 1U49 A; 2HNY A; 3CJ9 A; 3WNE A; 3OYN A; 1O1W A; 3ZX2 A; 1YIT N; 1U48 A; 3A5N C; 3I3F A; 4ZI7 B; 4H5R A; 3U3Y A; 3HPO A; 1N6Q A; 3C65 A; 5HP7 A; 3H45 C; 1U2V B; 4RTF D; 2DT4 A; 2FGY A; 1SDS A; 3DOL A; 3EZ5 A; 1UWB A; 2X6N A; 2YJE A; 4JKG B; 4IO9 L; 3CG6 A; 2N48 A; 4O0I A; 4O0J A; 4I2Q A; 1BIZ A; 2WOM A; 4LSL A; 4ELV A; 5C8Y A; 5AQP A; 3ULE A; 3HKD A; 3DMJ A; 3LL3 A; 3AVF A; 3IMX A; 5J2N A; 4IOX A; 3E22 B; 3WUH A; 4ISF A; 4BE2 A; 2BTO A; 4M3T A; 1EQY A; 4YJ3 A; 4AM7 A; 3QUW A; 5HY2 A; 4I7F A; 1ESV A; 4CJ7 A; 4C1N K; 2YNG A; 1KSP A; 1Y64 A; 1RT3 A; 1BIU A; 1ZYQ A; 4DU4 A; 1W2B F; 3CCE N; 1KQS F; 4X1K B; 2R7Y A; 3SBT A; 1WSI A; 1HYZ A; 3KWG A; 1Q9Y A; 2VAW A; 2UUB K; 4JI6 K; 2P51 A; 1EET A; 3GG4 A; 5KPZ A; 1MA9 B; 2PAV A; 5C2D A; 4CJV A; 1VQO N; 2EWS A; 1C1C A; 3LPU A; 1K8K A; 3MAQ A; 3K2P A; 3O9Q A; 4IEE A; 1HR0 K; 1Q81 H; 4YNQ A; 3C9T A; 4ZHY B; 1XMQ K; 1J5E K; 1U43 A; 4JI3 K; 3QDK A; 1M1K H; 3LAM A; 3NF7 A; 3AAP A; 2KFN A; 3SJJ A; 1ZBH A; 1GLJ O; 5D3G A; 4M7Y A; 4DRX B; 5HLF A; 3RYC A; 1WN7 A; 2ZJQ L; 3WXI A; 3MCP A; 4JI7 K; 3CYP B; 1M90 O; 1NMD A; 5AQU A; 2P9N B; 1M90 H; 4K43 A; 4B3M K; 4B9M A; 1JXE A; 2BUP A; 3EKU A; 5KTQ A; 4I4T A; 4G88 A; 4I50 A; 3BEX A; 1W57 A; 4LNU A; 3DLE A; 2IQQ A; 2XY5 A; 1U04 A; 1WBD A; 4E0D A; 3PIP L; 1GLB G; 3VYT C; 1ATR A; 2V51 B; 3J81 M; 1VQV A; 3A5L C; 5IYZ B; 3WPX A; 3MXM A; 3AVA A; 4C8N A; 3K9J A; 2P9L A; 3NGZ A; 4B5C A; 3L2U A; 1QAH A; 3MBM A; 1N36 K; 4FM1 A; 1JFF B; 2A42 A; 3WQU A; 3UT5 B; 4CHP A; 3M8P A; 3ZSY A; 4CJE A; 1K73 O; 3LAN A; 1QQO A; 1RFQ A; 3OYL A; 2HVH A; 4DQ8 A; 3NH2 A; 4FJ7 A; 4DB3 A; 5EZY B; 1W58 1; 5HL7 L; 1FSZ A; 1RDA A; 1S9E A; 3CCU N; 3HL8 A; 1TAU A; 5EAZ A; 1BG3 A; 3QBX A; 1GLF O; 2VG5 A; 4JS4 A; 3VER A; 4CEA A; 4MDB A; 3HK2 A; 5C0Y A; 2H3G X; 3O8M A; 2ZOD A; 4B3R K; 3DOK A; 5LJW A; 5JCO C; 3LAL A; 4TV8 B; 4BW0 B; 4WYB A; 5JIC A; 1HX1 A; 1ODE A; 4FLX A; 1VSJ A; 5GON A; 3GYQ A; 3V9W A; 3ZSV A; 2ASM A; 3H6E A; 1RGI A; 3KJK A; 1HKG A; 1BHL A; 2XRI A; 4CHZ A; 4FJ9 A; 3AGR A; 5LOV B; 1QQN A; 4PL7 A; 1CXQ A; 2YX6 A; 3B6P A; 4BQZ A; 3QEV A; 3KD1 E; 3HKE A; 1JD1 A; 5KX5 B; 3HZ6 A; 4YDU C; 4O4L B; 1ILY A; 2HRY A; 3OYI A; 2HHV A; 1D4X A; 3QML A; 3GBT A; 3O9S A; 3KZB A; 3ELC A; 4ILJ A; 2GWK A; 3JVH A; 1LOT B; 5HBM A; 1N33 K; 2O8D A; 1QSY A; 4M3W A; 3QTY A; 4ZK7 A; 1L3T A; 1C1B A; 2PMP A; 1CZ9 A; 1YIT F; 3E66 A; 3T69 A; 3PLA C; 1ITG A; 3AVH A; 2YV0 X; 3O4W A; 2X78 A; 3SMP A; 3F9K A; 1QSL A; 2AJQ A; 1KXP A; 3L6Q A; 4FJG A; 2KG4 A; 3PV8 A; 4CZG A; 2UYN A; 3F0G A; 4ZHQ B; 2B33 A; 5AQX A; 2D1K A; 1W55 A; 3E1Y A; 4B9U A; 3CC2 F; 4BRA A; 3SI6 A; 1Z5W A; 2QI2 A; 1J9A A; 3NBP A; 1RT1 A; 3HM9 A; 3NHG A; 5BPL A; 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3O4N A; 3W0L A; 3KK3 A; 1VRT A; 2VAM A; 5EIB D; 3M1F A; 3SV4 A; 2HHX A; 4A5B A; 2DY4 A; 1R0A A; 3J80 M; 3KHY A; 3CCU F; 3DYA A; 1Z26 A; 3HSC A; 4ERH A; 3CJA A; 4NCA A; 3P4I A; 3UB5 A; 1VSD A; 3S3N A; 1OAP A; 5DK5 A; 1RQ7 A; 1KFS A; 1VSK A; 3G4S N; 3VCZ A; 4DKW A; 3WEE B; 3C9R A; 4Z4I A; 3VQ9 A; 3IAY A; 4IOC L; 4FWN A; 1NK9 A; 4CJW A; 1VSF A; 5JVD A; 1GLA G; 3JAS B; 4FOI A; 2Q2R A; 3B6O A; 1T03 A; 4YOX A; 1OH6 A; 3OJS A; 1VQ9 N; 4NXN K; 4F3T A; 1DTQ A; 3U0O A; 4RQO A; 4FZX C; 4G4X A; 5M1P A; 4O4J B; 4DCH A; 3V7Q A; 4AHV A; 4O4G A; 3DC2 A; 3P39 A; 2E2P A; 4JAX A; 1SAZ A; 4FJ8 A; 5GAN K; 4JI8 K; 3QEX A; 1KD1 H; 1IBK K; 5CYQ A; 5LYJ A; 4AH9 A; 1YJN N; 4CJQ A; 3TSQ A; 1TKT A; 1VQM F; 3VF2 A; 1W41 A; 5FJ4 C; 3ZSR A; 1NOZ A; 3NVM A; 3TD4 A; 4B3S K; 1HJO A; 2UXC K; 5B8F A; 3JAT B; 3I55 N; 1COM A; 1NMU B; 3S0W A; 2GUP A; 2GWJ A; 1W7A A; 1VQL N; 1BQN A; 1J7H A; 3VEV A; 4DR4 K; 4X1I B; 3EEQ A; 4CIE A; 5AQV A; 5JVH L; 2GVI A; 2L26 A; 2LBX A; 3G6E N; 4WQ5 C; 2GZL A; 3GHZ A; 1UA0 A; 4M45 A; 4CEB A; 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