4DXCA

Crystal structure of the engineered mbp tem-1 fusion protein rg13, c2 space group
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
637
structure length
624
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRRGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGASLIKHWGSGGGHPETLVKVKDAEDQLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPSATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein, hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Structure of an Engineered beta-Lactamase Maltose Binding Protein Fusion Protein: Insights into Heterotropic Allosteric Regulation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chim
total genus 202
structure length 624
sequence length 637
ec nomenclature ec 3.5.2.6: Beta-lactamase.
pdb deposition date 2012-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF13354 Beta-lactamase2 Beta-lactamase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA01
3.40.710.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Beta-lactamase DD-peptidase/beta-lactamase superfamily 4dxcA03
2RC9A 3F11A 3PUXE 3TEPA 5CXWA 4OMBA 1J9MA 2WK0A 4WZ5A 5CTMA 1Q2PA 5EE8A 2QS3A 1TFAA 3W8KA 3C7UA 5I57B 5CRYA 2F35A 3PPQA 2BLSA 3PGFA 3ILUB 4IO4A 1USYE 3IXHA 1US4A 3IORA 1Y1MA 3WS0A 4L17A 3T66A 3S9NC 1K56D 1JWVA 1I2WA 1M5BA 1UTHB 1CEFA 1E3UD 3K4UA 1XA7A 4GOTA 3CVGA 4E0WA 2JBFA 5CMMA 4H8IA 1ONHA 4YAHX 4WM9A 4K0WA 2A5TA 5CECA 5LOMA 1HTZA 4KI0E 5TFQA 4EDPA 1MRPA 2ANJA 4GWOA 3R6UA 1J1NA 2UWXA 2P9VA 3GRJA 1FQDA 4GL0A 4JSOA 1Y54A 2ZYMA 1PZPA 3PUVE 4HEFA 3AGDA 1MM7A 2XXXA 2EX8A 4F2OA 4OOYA 3RY3A 1VQQA 2OV5A 3OSRA 4C75A 1MBLA 4R4SA 3ZKKA 2HZLA 1AOVA 2Y59A 4FECA 3K2DA 2B65A 5K2YA 3TFLA 3CI8A 1TFDA 4U0TA 1BLFA 3G2YA 4G8MA 4RX2A 3RPWA 1PW8A 3A3FA 3H6VA 3E3KA 2ZM0A 4QD4A 4FIMA 2DSFA 3OEKA 1GA9A 4PPRA 3VLVA 4R2FA 2RF1A 5KMWA 4MH5A 3FASA 2EX6A 3IO4A 3MZEA 5HARA 3S1YA 1ES4A 4B4XA 4DLDA 3C34A 1VFDA 4QSDA 4Y0OA 4EQ9A 4KR5A 4Q5TA 4QFPA 3V50A 1ZMGA 3SETA 5AQ9A 2XX9A 1M5CA 3UDXA 2RL3A 4Z0IA 4N1XA 5H8NA 3N7WA 3L6HA 3ZG7B 1N0TA 5KSHA 1NXYA 2IEEA 4XKQA 1NNKA 4RK2A 3R7XA 4U3TA 1B7UA 1GA0A 4DCXA 3HL9A 1W5DA 3QXMA 5FQIA 3W4PA 1ES2A 1MPLA 4PM9A 4DXCA 1QUJA 5HAQA 2Q9MA 3N94A 5A5XB 1B5HA 3VP3A 4XTCQ 4OQHA 3S22A 1XVYA 4OERA 1IKGA 2I48A 1H8ZA 3WAFA 2HEUA 4JB7A 4NEDA 4WXJA 3H6TA 2ZYKA 1PB7A 3VVEA 4FORA 4WEJA 2ABHA 1PWCA 1ES5A 2F34A 5TR7A 1QJMA 4HTGA 4F19A 2G2UA 3CFZA 3HLCA 2XFSA 4FH4A 5ELVA 2OCUA 2Z22A 3GQZA 1BKAA 3FWLA 1PC3A 1QKBA 4EQBA 3O97A 2XX7A 5J1DA 3MP6A 1FQFA 2X01A 2BG1A 4R0QA 4X56A 3B7DA 1JW1A 4KZ6A 3RT8A 3C7VA 4QB8A 1O07A 4KYDA 1B1XA 3HVFA 3W4OA 1KE4A 5CMCA 5D3OA 5H8FA 4KG6A 3KEIA 2PVUA 1MG1A 4PFYA 2ONRA 4IO5A 5DF8A 3BM6A 4WEPA 3NCKA 4EBNA 4GDBA 1B05A 2HZKA 1NYYA 2DYXA 4OPZA 4GB7A 4JF6A 4UA7A 1H5XA 4X6TA 3BKIB 3WRTA 3I5OA 3K1NA 4OPYA 4MNRA 1DJCA 1BLPA 3FV7A 1TXFA 4EUOA 1CK3A 3SH9A 1VFEA 4P0GA 3IH8A 3O66A 3RUMA 1YMXA 1ZKBA 2UVIA 1EH3A 1OVTA 3C4PA 1JEUA 2RCAA 2G2WA 4Y7PA 5CTNA 1FOFA 2V2FF 5EYFA 3MAMA 1JTDA 3FVGA 4DCYA 4QSCA 3Q27A 1VSOA 1MM6A 3QIMA 1NRFA 1BLSA 3IF6A 2H98A 4EXKA 3IXDA 5AA3A 1YLJA 3M6HA 2XQZA 4DZ1A 3ISGA 3Q29A 1YQSA 1PW1A 5FSRA 2Q88A 2QSXA 3USDA 2V3UA 1HD8A 4GN2A 3SESA 3VP1A 3PD9A 3VSLA 1TWYA 2QS2A 3T22A 3C35A 3GSGA 1CB6A 4GL8A 1SW1A 1N84A 3TYHA 1QUKA 4XIGQ 3OO7A 1SYIA 1MWTA 1KWHA 2QJEA 2THIA 4P87A 4BL3A 3Q1FA 2VOZA 4O7DA 3KN8A 1DPPA 1S9TA 4NF8A 5I2NB 3I3VA 4KYEA 3ZG5A 4OQGA 4KCDA 3OELA 4N13A 1HZOA 3GV9A 1SQYA 4ZEFA 3Q7VA 4BLMA 1B3EA 1EZPA 4YKPA 3E2KA 3E2LA 4OVJA 3VVFA 5FQMA 4A5RA 4F22A 4YFMA 4KHZE 4I62A 1AIVA 5F82A 1QMFA 4U21A 3NBLA 4JXVA 5I59A 3SEUA 3N6IA 4IGTA 2DVZA 2GDNA 3B6TA 2XXPA 3S4XA 1ZIUA 1MY1A 3MVXA 1EI5A 4OPQA 3WS2A 4OLGA 5M1AA 1FQCA 3ITAA 1N76A 3OPPA 4F1VA 1BULA 3H06B 5J8XA 3MVZA 1BP5A 3B3XA 4RK9A 3SS3A 3IO6A 1K55C 1LAHE 1CI8A 3C5AA 2Y55A 4XXRA 1B0LA 5JTYA 3G4PA 5FQ9A 5KCJA 2O6AA 5H8HA 4ZJ2A 2JE5A 1D9YA 1YTVA 1LSTA 5K2XA 3FIRA 1JEVA 2I58A 4P6BA 5I58B 2HDQA 3IT9A 4QRZA 1BSGA 1IXHA 3NC8A 5B70A 4LQ5A 2Y2PA 5A90A 1MY8A 3GZGA 3U94A 3W9VA 3IK6B 3U93A 1I6BA 2J8YA 2Y2LA 1TT1A 1RYOA 4O3CA 2ZC3B 1I5QA 1LI9A 4CJNA 2ZYOA 4R74A 1MDP1 3OO8A 4ZZEA 1B3GA 4FE8A 4P11A 3CJMA 3PAEA 3U72A 3TCFA 4HESA 1SW2A 2XLNA 4G68A 1K4EA 1HSJA 3LUYA 4OENA 5CBRA 3A3UA 3LC8A 1AMFA 2DXYA 4NF4A 1ES3A 4X48A 5EVLA 3SH7A 5DVFA 1G68A 1MQDA 5FHNA 5AA2B 2O69A 2VGJA 3E9XA 4R6HA 4R3BA 5JYPA 3K01A 3PUZE 4JWXA 4GXAA 3H03A 2F7AA 3S9EA 3N6UA 2FYIA 1XT8A 4R6YA 3C4MA 4ELPA 2V84A 4FJPA 5I2KA 2H9BA 1A8FA 2O1MA 1K54A 5CHUA 3UN7A 3SERA 4WZ5C 3LO7A 3TTRA 4WMCA 4GIZA 1B5JA 3LSWA 1JW5A 2GH9A 4AB5A 1EZOA 1DOTA 4RY1A 1RP5A 4NE4A 2H5SA 3BFUA 1Q1KA 5DTBA 1N7WA 5FHOA 2PU4A 1MH4A 1BLCA 3HLFA 1XA1A 1MY3A 3UE0A 4OP8A 1WYCA 3VP2A 3HV1A 2QRYA 2REJA 2Q8JA 3O28A 1TDGA 3Q28A 5EVIB 4DE3A 3PPRA 4RJZA 2Y7PA 4TQUQ 5EOEA 1QW0A 2Y91A 4MBHA 3TAJA 4YZZA 3IQAA 3U1OA 1IUDA 3DP6A 1Y9UA 3D4GA 4FCFA 1K57A 4F29A 4R9FA 3TQWA 3VOZA 3DWKA 4E3KA 3CFXA 3TZAA 1OMPA 4N07A 1I69A 3P7IA 2DWJA 4GFRA 4RXLA 1B46A 1UIUA 1A55A 3H7MA 4GF8A 5KZHA 2W7YA 5DEXA 3FD3A 5I56B 3O9PA 4U4SA 4C6YA 4WMCD 3WS4A 4H67A 1KDWA 4QSEA 1ZC2A 5JK4A 1LB9A 2XD5A 3QNCA 3CSBA 1FQBA 3OMBA 5AA2D 1IYQA 2Y84A 3OPHA 4LENA 1P1WA 1SI0A 1RGZA 1LFGA 2GFEA 3FV2A 4N6PA 4PP0A 5L8DA 1POTA 4HBTA 1MQJA 4F39A 3BRMA 3WWXA 2XD2A 2FA7A 1NNTA 3SS4A 3O6GA 5H8QB 4UA6A 3K6UA 1USYH 2PMSA 4KZ8A 3D4FA 1NNPA 2Y2OA 1RKMA 1NH7A 2E1SA 4GXSB 1FTJA 4QFOA 2EFUA 5TP9B 1KDSA 2I4CA 4WEKA 1WYBA 2YPNA 1ZG6A 1FSWA 1CE2A 4IB2A 5FI2A 2OWTA 3QUFA 3K02A 4EF2A 4GD8A 5GL9A 5FAQA 4NMYA 3PMXA 2VGQA 3HLDA 2XFTA 3JV9A 4G8NA 1IYSA 5KDTB 1KE3A 2H99A 3BYDA 4KFQA 3VDFA 3LCEA 2HP5A 3BFEA 5FQKA 4KCCA 1B7HA 4HCWA 2V3TA 3PD8A 2NVUB 4KPTA 3QUJA 1IITA 1SW4A 4PE5B 1NH8A 3IOTA 4DIGA 3FATA 2Z8FA 2DP8A 1N3WA 1U60A 4RA7A 1CEGA 3PBNA 5I57A 4ID4A 5L9MA 4R75A 3RGYA 1LCTA 1LLBA 3ZVTA 4UACA 3MP8A 4I1DA 5F83A 1LGBC 3EF7A 1ZBMA 1JWPA 3UDFA 4R6KA 3B6WA 3CSGA 2Y2QA 4NTLA 4U22A 4S2NA 1L0GA 4DE8A 1DTGA 2A49A 3K6WA 1VE4A 1WDNA 4OXVA 1UTHA 4KQQA 1M40A 4ZAMA 5HAPA 1H44A 3LY3A 1W79A 4IBRA 4EXLA 1XX2A 4FEDA 3G7WA 1YT4A 2HAUA 3A3IA 5TPAB 4IO6A 5EUAA 2HXWA 2R6GE 5F1QA 1LBCA 1VR5A 4LV3A 3IXBA 3UIFA 3MPLA 1N9BA 1MH3A 4LONB 4DE1A 2DE2A 4N1HA 1QUIA 4BENA 3UPNA 3FZCA 3CG1A 3LSXA 4C3QA 2OBGA 5IHVA 1FCNA 3C33A 4ZS9A 4NF6B 2XXWA 5U47A 1YLTA 4ELRA 3IF6C 4P85A 3LEZA 5DTKA 3LSLA 2Y7WA 4PETA 3KJTA 4X68A 2RC8A 2ZNTA 1XC1A 1PWDA 3IHBA 4LZ8A 2NXOA 4XKNA 3TG9A 1FQGA 2HPBA 5L9SA 3S9LC 3BFDA 1B4ZA 1NJ4A 2WAFA 1S7YA 4IY6A 2HDSA 4AB6A 2E0SA 1FCMA 2Z23A 3HUMA 1W7FA 2QPNA 5AQBA 2WYXA 1FQAA 3CMZA 3V8XB 2ZQ7A 3G3KA 4NF5B 4JF4A 3CG5A 4D2OA 5FATA 1MXUA 4RYEA 2V3QA 1NNFA 1VM1A 5IKBA 2UYFA 3GR2A 4XKPA 3VFJA 2ZM2A 3T9VA 1O7TA 5BUUA 4RVAA 2H25A 2WKIA 5E2HA 2PBYA 1OVBA 3ZG9B 2PU2A 3GXAA 4Q8IA 5A5XA 2C6WB 2RCXA 1MDQA 4YKKA 3U8QA 1SHVA 3HUOA 4THIA 5M2VA 4P0IA 3G30A 3BFCA 1SKFA 3HN0A 1B58A 1LHYA 4LZ5A 3WAEA 1H8YA 1HSEA 2F7BA 4JXSA 5M18A 2LAOA 1OQGA 2Y2NA 3PTEA 4DRTA 3EN3A 1P1UA 1QKAA 1OLCA 3U92A 4S2KA 3RLFE 3GBAA 3RXXA 5I94A 4M4GA 1P1NA 1QULA 2NOOA 4ZDMA 2ZC6B 4FH2A 1EU8A 2Q2AA 2EX9A 4I8CA 3G2ZA 4F1YA 1EZ9A 4IO7A 3OD7A 2A3UA 4JBFA 3DELB 1BUEA 3THIA 4S2OA 1L5TA 3IF5A 1Z6FA 3JZJA 3H6WA 4LCLA 4QY5A 4GVOA 3KFMA 2QMXA 2FNCA 3PUWE 1WODA 3LSFB 3HUNA 3ZDJA 3S2VA 4Q0CA 3OC2A 4BJPA 3G3JA 2JCHA 3CG3A 2JC7A 2VP1A 4QF9A 1LFHA 4G68C 1IELA 4LQ2A 3ECRA 5FDHA 1XGIA 5CEBA 4DXBA 4DXUA 3RXWA 5FAOA 1Y3NA 3TTNA 5AQAA 2ZC4B 3SEVA 1POY1 4R1GA 3V5AA 1K25A 2I4BA 3ZKLA 1JQFA 1Y4CA 4RPNA 5KZTA 4WBGA 2DVCA 3GTCA 2D3IA 2ZC5B 3UK4A 4BD1A 2XXUA 1MKIA 4JXGA 4IBXA 5F1FA 4LA9A 2CMOA 3O86A 1K54C 4ZJ1A 2R9XA 1ZTYA 2O7UA 5E2GA 3DM0A 5E43A 4MLQA 1XGJA 2XXRA 5L2FA 1PYYA 4PM7A 1MQGA 1R6ZA 1URDA 4K0XA 3GLBA 1XS5A 1HSLA 5BWJA 3NIAA 2F97A 4ZZAA 3A3DA 4PM8A 1TDLA 4GKUA 1W8YA 2DWAA 4E3IA 1YLWA 5IAIA 2AIXA 1GVCA 2HDRA 3KBRA 5HL1A 4EQ7A 2O68A 4F1UA 2DWHA 3OPLA 5JEIA 2ZNUA 1B0HA 2XHDA 3HCQA 1K57C 1S50A 3UE1A 4X1BA 2P1SA 5I2NA 4RPOA 3ONMA 4IY5A 2F78A 4QY6A 4TOZA 4JDFA 2ZM8A 5FTHA 1PB8A 4F3BA 5E2EA 3MBPA 3O88A 5FI7A 4E6XA 2ZLYA 2QS4A 5ITPA 3G3IA 5I84A 3HREA 1JWZA 1D4NA 3FXQA 4KG2A 1EROA 4JWOA 1DMBA 3UP9A 3MWBA 4HCYA 3EQUA 3PBSA 1NMUA 4F3GA 4F3SA 5GHYA 2Y2JA 1B6HA 3SEWA 1F9BA 4H5FA 5CBSA 1LAGE 1PI4A 4Y0TA 3QK6A 1DJAA 2C5WB 1N7XA 3M2JA 3TTKA 1GV8A 3WS1A 4LUBA 2WUQA 3TTMA 3M3LA 1YM1A 5HFOA 2Y2GA 2X7PA 1P99A 1O64A 1AXBA 3KN7A 5AQ7A 1YMSA 3V3SA 4YINA 2Y2KA 3I6VA 3MPKA 3IB2A 4FATA 4G77A 1JTGA 3KZGA 2EX2A 4PM6A 4OEUA 3Q26A 3NY4A 4ELOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GLQ A;  2RC9 A;  3F11 A;  3P01 A;  4MN6 A;  3BQA A;  3PUX E;  3TEP A;  2JN7 A;  5CXW A;  4OMB A;  3JVV A;  1J9M A;  2WK0 A;  4WZ5 A;  5CTM A;  3MXQ A;  1Q2P A;  5EE8 A;  2QS3 A;  1TFA A;  3W8K A;  3C7U A;  1UWN X;  5I57 B;  3PR6 A;  5CRY A;  2F35 A;  1RDZ A;  3PPQ A;  2BLS A;  3PGF A;  3ILU B;  4IO4 A;  1USY E;  5DFX A;  3IXH A;  1US4 A;  4IHQ A;  3IOR A;  1Y1M A;  3WS0 A;  1FPI A;  4L17 A;  3T66 A;  3S9N C;  4N6K A;  2JKR I;  1K56 D;  3ICY A;  1JWV A;  1I2W A;  1N9O A;  3IFA A;  1M5B A;  1UTH B;  1CEF A;  1E3U D;  2QYB A;  3K4U A;  1XA7 A;  4GOT A;  4PDH A;  3CVG A;  4E0W A;  2JBF A;  5CMM A;  4H8I A;  1ONH A;  4YAH X;  3TRC A;  4WM9 A;  4K0W A;  2A5T A;  5CEC A;  5LOM A;  1HTZ A;  4KI0 E;  2VJW A;  1IMF A;  5TFQ A;  3T1Q B;  4EDP A;  1MRP A;  2ANJ A;  4GWO A;  3R6U A;  4G3K A;  1D1J A;  1J1N A;  2UWX A;  2P9V A;  3GRJ A;  1FQD A;  4GL0 A;  1G0H A;  4JSO A;  1Y54 A;  1Q9D A;  1FPL A;  2ZYM A;  1PZP A;  3PUV E;  1S66 L;  2PAV P;  5FL3 A;  2ACG A;  2CMN A;  1T1A A;  3CHG A;  4HEF A;  3AGD A; 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