4DXCA

Crystal structure of the engineered mbp tem-1 fusion protein rg13, c2 space group
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
637
structure length
624
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRRGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGASLIKHWGSGGGHPETLVKVKDAEDQLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPSATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of an Engineered beta-Lactamase Maltose Binding Protein Fusion Protein: Insights into Heterotropic Allosteric Regulation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein, hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chim
total genus 202
structure length 624
sequence length 637
ec nomenclature ec 3.5.2.6: Beta-lactamase.
pdb deposition date 2012-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF13354 Beta-lactamase2 Beta-lactamase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA01
3.40.710.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Beta-lactamase DD-peptidase/beta-lactamase superfamily 4dxcA03
3TDJA 1ESIA 4R4RA 1B5IA 4GL0A 5CMKA 3KSJA 2GHAA 1K4EA 1M5EA 3FVNA 2QS3A 4QD4A 1B9JA 4JPMA 4LENA 2DXYA 1A55A 4QY6A 4YKIA 4H6DA 4R3JA 2ZQCA 4BL2A 5ICTA 3OPLA 5FATA 1B05A 4UHUA 4THIA 4S2JA 1UTBA 3VFFA 2XEPA 5CTNA 4DCXA 1OVTA 2X7PA 4JXWA 5CBSA 1I6BA 5ITPA 1ERQA 4K3FA 1MXUA 4QFKA 5HAPA 4K0XA 2P74A 1DOTA 4FCFA 5GHZA 2P1SA 4G4PA 3P09A 4F94A 1QKBA 4WEDA 3V3RA 1HZOA 5I57B 5EYFA 1YAEA 1URGA 1FQDA 3FKWA 4C1UA 4Y0UA 2DSFA 2Y2IA 4NF8A 4IBRA 4OFLA 4P0IA 1BKAA 5M19A 2P0SA 1NL5A 2OSUA 4ESXA 2EFUA 4R6HA 3THIA 1MY4A 1B1XA 1SVXB 2O51A 1G68A 3V50A 3CMZA 4GNUA 2VD3A 2PYYA 3UA8A 3DW0A 3HLFA 3HL9A 3IOUA 4XUZA 3VP2A 4NF6A 1CB6A 2G29A 2ZNSA 2PBWA 1ATGA 1ZG4A 1JEUA 3HN0A 1CE2A 4WEPA 4XKNA 3MXSA 4BENA 3S9EA 4JWXA 2V1ZA 3BBRA 1EI5A 4GOGA 3NI9A 1XKZA 4NK3A 3TCFA 4MBHA 3HREA 3MXRA 3GLBA 4NTLA 4ISUA 3ECRA 1IKGA 5CRFA 3TMGA 2B5RA 1CK3A 4XIGQ 4OQOA 2UVJA 3N26A 3OCNA 3Q7ZA 3B7DA 2E0SA 4DZ1A 1PB9A 1K56D 3ZG7B 3QYTA 4KPTA 3H4ZA 4ZZAA 3E2KA 2WKEA 5ELVA 4FSFA 3RTWB 2WAFA 3RUMA 1USYE 2J7VA 5FSRA 3CFZA 1NKXA 4HW8A 2FFFB 1MH3A 2Y7RA 3LY3A 4XKQA 2YPNA 2G2UA 2Z2MB 3KSXA 4WYYA 1D9VA 4U4SA 1SHVA 5DVIA 3VP4A 3TZAA 4OQHA 3FZCA 5JEIA 1IUDA 1LSTA 4QU3A 1S9TA 1TVFA 3UNWA 2A5TA 2WGVA 4FEDA 3B6QA 4Y0OA 1B0LA 5CI5A 4MBKA 3WS2A 3F11A 4KZBA 3R6UA 3FWLA 4GOTA 2R71A 5FA7A 1RKMA 1KGEA 1EZ9A 4HEFA 3RXXA 1F9BA 2IA4A 2F78A 3G3FA 3OPHA 3GZGA 3O6HA 1UTBB 1ZG6A 3S9LC 1MQDA 2V3UA 4LV0A 1POTA 1KDWA 4RNSA 2Y2QA 3W8KA 2V20A 1H8ZA 4S2IA 3SKPA 4U23A 3FXQA 4Y7PA 2HP5A 5KSCA 1BLHA 4U21A 4P0MA 4UACA 2EX2A 3A09A 3UP9A 3O6IA 3WRZA 3QIMA 3WS1A 1K56A 2P9VA 2QPQA 4N1XA 1NY0A 1E4DA 4GVOA 3IWIA 1JWZA 3O29A 3MZ9A 4NF8B 1II5A 1YLTA 2RKMA 4PM5A 1IELA 3MQ9A 3LSXA 4GXAA 3LCEA 2XD5A 1BP5A 3BFEA 4I8CA 4XKPA 4O3CA 4EQBA 4R23A 4IBXA 4KCDA 1TFDA 4E0XA 1FTLA 3LSFB 5FQQA 1LAFE 1LBCA 4JWOA 3ZVWA 3OXNA 4KZ6A 4Q8RA 5EVIA 4Q30B 2H98A 4QRZA 1HSEA 2XXUA 4E0WA 2VGJA 3MWBA 3O87A 3IXDA 4OQIA 4PM9A 3I6VA 4H0WA 4R75A 4U4XA 2REGA 2HAVA 1Z6FA 2UVGA 3C32A 4IGTA 1E25A 1OMPA 3HLEA 2Z23A 4F1VA 1JQFA 4ZZEA 1GCEA 3FIRA 5DTSA 4YKKA 2D21A 3PPRA 1MPLA 1SYIA 2YLNA 1SYHA 2ZYOA 4R1GA 3PUYE 2ZXTA 4FEBA 4P11A 2ZYNA 1E3UD 4U0XA 3H03A 3L6HA 2OWTA 1MKIA 3GSGA 4LCMA 3BFCA 2PU2A 2Q2CA 1LL9A 1Q1KA 4ZJ2A 2R9XA 1LAXA 1JEVA 3N94A 3OO7A 1Q2QA 3EQVA 1M5FA 4G68C 1P1OA 4X56A 4EBPA 4ZAMA 5HM4B 4D2OA 4BL3A 3FV2A 4LZ8A 5G18A 4OP5A 1S7YA 2HZKA 3TTKA 4KENB 1S6RA 3QXMA 3N6TA 3HBRA 3W9WA 2A3UA 3VE1B 5B70A 2H0YA 4X9TA 3SH9A 4OLGA 1SW2A 3DELB 4G68A 4R72A 4GZBA 5AA1A 2ZC6B 4OFJA 1B5JA 5CEBA 3NCKA 4MNRA 5FI2A 4QJGA 4WMCD 5DTBA 2Q9TA 3T9HB 3PD9A 2OLVA 1L0DA 5I2NA 4RPOA 3BFUA 2XFSA 2H5SA 3R26A 1K55C 4X53A 5HARA 5E2GA 4JXGA 1XXMA 2UYFA 1ONGA 1B0HA 1LL5A 1MY0A 3DP6A 3ZKLA 3MJNA 4XXUA 3UY6A 1GR2A 2Y2LA 3IXHA 4BDOA 2JC7A 3MZDA 4P85A 1YLZA 2XFTA 2A49A 2P9VB 1PC3A 4EQ7A 1E3UA 3MFDA 5FDHA 3TTRA 2EX9A 1Y3NA 5KMWA 5FQKA 1C3BA 1HSLA 2YJPA 2ZM8A 4NE4A 3KOSA 1WDNA 4E3OA 3HLCA 4KZ9A 1I2WA 4GN2A 3IB1A 1N3XA 4JXSA 3T9VA 4BQMA 2I48A 4WEJA 1TFAA 4KZAA 2DYXA 3W4PA 3ZNTA 2Y2OA 5TPAA 3SESA 3ZVTA 5GLAA 3FVKA 4U22A 2PMSA 2DE2A 3BLMA 1BTJA 4WZ5C 4E6XA 3C33A 1AIVA 1ZKBA 3QK6A 1DJBA 4DXCA 3TSGA 1WODA 4LUBA 3T9UA 2GHBA 4KD5A 3GQZA 1QW0A 1N7WA 3CR9A 4WMCA 5AA4B 1VFEA 4HESA 1I6QA 1S50A 4DRTA 1TXFA 4G8NA 3D4GA 1XP4A 3CG5A 2XR0A 3NY4A 5HFOA 1TT1A 2X02A 2ZC4B 1HSJA 2I4BA 4LV3A 5GLDA 4IO5A 3KN7A 4H8IA 4C1TA 1LLSA 3DWZA 3JZJA 1KVMA 3S9NC 4E3LA 1H43A 1NYYA 1AL3A 1B58A 3KG2A 3SETA 1NZOA 3ZS6A 2H99A 1XPBA 4LV1A 1W79A 4KZ8A 2XXRA 1MG1A 1CEGA 3MAMA 4QHQA 5H8SA 3U8QA 5IAIA 1SKFA 4Q0CA 3PAGA 3ZG0A 4X6TA 5E2HA 4C3QA 4G68B 1PEBA 5FAQA 3FXUA 3C5AA 5K2XA 2NOOA 2I3WA 1IYOA 3ZG8B 3A3IA 4Y0TA 5CHMA 2QL3A 4TOZA 1YLWA 3FXRA 1K25A 5F1GA 2WGWA 3WWXA 1IXGA 3HHFA 5I2NB 4C6YA 2AL4A 3LC8A 4EBNA 1R9QA 1ZC2A 2XX8A 4E3MA 1UQWA 3TKDA 1KE4A 3Q27A 4JWYA 2HDQA 3P7IA 2X71A 3I5OA 3LEZA 5CEDA 4H8JA 2PBYA 4ELOA 3FJMA 2X26A 2Y2PA 4IY6A 1DJAA 3PBRA 3SH8A 4ZTKA 3TAJA 4MBPA 4EXKA 4GFRA 3RNNA 2G93A 5I57A 4IO2A 2DWAA 1POY1 1MRPA 4N1HA 5FQMA 1B7ZA 3G34A 1SW1A 2PU4A 2V93A 1YTVA 1Q2PA 1JTDA 2XD1A 1LI0A 1IEJA 5L9MA 1FCOA 4Q8IA 1KE0A 1US5A 1MDP1 1D4NA 4QY5A 4PM7A 2VD2A 4G77A 2CZLA 2ZNUA 2QZ6A 5FHNA 4CJNA 3IOWA 3WS4A 3TEPA 1USYH 2FYIA 3AXFA 2HPBA 4BD1A 5TPAB 2WYXA 5EE8A 1O7EA 4H65A 4B88A 1M40A 5AA2D 1K6RA 3N6UA 3ISGA 1PI4A 3FUZA 4RK2A 4JKTA 3NDGA 3IJXB 3MVXA 5CC2A 2F6PA 3QNBA 3C4PA 1ZBMA 3N8SA 1FR1A 4POXA 5TP9B 3GR2A 1L0FA 4QHCA 1XS5A 3K2DA 1PI5A 3V5AA 1MWUA 2RCXA 1FTJA 4DIGA 4UAAA 3RQTA 1DTGA 4JF6A 1YM1A 1PW8A 1PB8A 4DE3A 3K1PA 4F22A 1AH5A 1QVSA 5FHMA 3N8RA 3H6TA 3KFMA 3VLVA 3RN8A 2XXWA 3E3KA 4FE8A 3HUNA 1DPEA 4RX3A 3T93B 2F7BA 1BULA 3SERA 4MBFA 1XC1A 2DQVA 3K6VA 4UA6A 3IXGA 3NDEA 3CSGA 2IEEA 4IO7A 1PZOA 3IF5A 3DTMA 4GWOA 4Z0IA 2NXOA 5E2FA 3M8UA 4R74A 3SOIA 2XXYA 2DRWA 1L5TA 1LI9A 3T96B 1XVYA 2VOZA 3Q07A 1B2HA 4PM8A 5TU0A 3C7VA 2Y2NA 3GMWA 4KG6A 1LFGA 1MWTA 3A3CA 2Q9MA 3GRJA 2QS2A 5EOEA 1B7HA 1SW4A 3PUXE 3KJ7A 2WGWB 2ZLYA 1NNPA 5M1AA 3TPAA 2OCUA 5TFQA 1LAGE 1KWHA 2DP8A 3T66A 1EWZA 2XQZA 2ZM0A 2Y91A 3PUWE 5FQJA 5L2FA 4WELA 3KOTA 4N9KA 4DKIA 1DJCA 1NYMA 3V5MA 3OO8A 1UIUA 3FV1A 4HBUA 4ZEIA 3RJUA 3U93A 2EX8A 1MM7A 4EDPA 3O97A 1NNTA 2C5WB 5KDTB 4OZ9A 1GA0A 2GH9A 5D3OA 1NMUA 1PW1A 5GHXA 5CRYA 3C34A 4OQGA 1P99A 3B6TA 5F82A 1IYSA 3FVGA 2OK2A 2ZMBA 3PV0E 1ES2A 3NBLA 1BLSA 3H06B 3EQ1A 1FQFA 1XT8A 2Q2AA 3EPEA 3ODBA 3AGFA 1OVBA 2XLNA 3KJTA 3OPRA 1IIWA 4IO3A 1DMBA 4KG5A 1SI0A 3IHBA 3WS0A 5GLBA 4O3BA 4ZEKA 3QSLA 5CBRA 4IO6A 1AOVA 4FD8A 2RL3A 1HD8A 1YMSA 1EZOA 1JW1A 4GB7A 2EX6A 5CGWA 3RT6B 2QS4A 3OSQA 3TG9A 3D4FA 3RLFE 4U3TA 4BDRA 4NMYA 5CGSA 2F35A 4AB6A 1FQEA 4HCWA 5I58A 3G32A 2ONKE 1IXHA 2I6EA 3PUVE 3OELA 2VGQA 3OOAA 4YMAA 4ZEDA 5I84A 1LHYA 5A5XA 2Y59A 3PBQA 3MPLA 4X69A 1Y4TA 2THIA 4R9GA 3PUZE 3C4MA 1KGGA 3G3GA 1IXIA 3HO7A 1J9MA 1MY8A 2B65A 4U1ZA 1YLJA 2V25A 4WZ4A 2RC7A 4KYEA 3PBTA 2JBFA 2PT2A 3K1NA 2WGIA 1NH8A 1YCJA 4GL8A 3IWOA 3PD8A 1MQGA 1VSOA 1FSYA 3AGEA 1OMEA 4JXVA 4TLLB 1XHYA 2QMWA 3SS5A 4F1YA 3VFHA 2Z8EA 4MH5A 1TEMA 5I56A 4PE5B 3S2VA 1MQJA 5I2KA 4QSEA 3MBPA 1US4A 3S22A 3FYZA 4G8MA 4QFNA 3OCLA 3CFLA 4M4GA 3NIAA 2NVUB 2I58A 4P6BA 5AA2B 5KCJA 1A8FA 3DP4A 1MM6A 1RGYA 5FASA 2HEUA 5EHMA 4H5GA 3R7XA 1GGGA 4LZ7A 3FJGA 3MZ1A 2VGKA 4EQIA 3QUJA 3E4RA 4EBLA 3U1OA 4OENA 1YLYA 3CVGA 4KCCA 5HBCA 1YLPA 4H5FA 4DDDA 1QKAA 2PX1A 1PYYA 3BM6A 1JWVA 3FD3A 1N76A 3OZHA 4EXLA 4KQQA 2V2FF 5AQBA 4BDMA 3M2KA 1RGZA 3LR1A 4E3JA 1GA9A 4ECFA 4X1DA 3G35A 4DXUA 1VQQA 4RPNA 3OMBA 1MXOA 2E8IA 2AYSA 3SDFA 2O84X 3TOIA 5CMBA 1LLBA 1ELJA 2BJJX 3TTNA 1SDNA 4OVDA 2Y7IA 1OIBA 1YMXA 3LUYA 1ONHA 3MW0A 3Q25A 3MUQA 5L9SA 1MWSA 4OFOA 2Y7KA 4O7DA 4KZ7A 1CEFA 2XK1A 2XXQA 2ZQ7A 2B3BA 3N6IA 1S0WA 5DYHA 2XGNA 2Y2KA 5AA4A 2JE5A 3Q7VB 1SW5A 2D5WA 2XF3A 4KFQA 3FGSA 3UN6A 3G3IA 1H76A 5CHUA 1FCKA 3C35A 1W7FA 4KG2A 3VOYA 5IKBA 2O6AA 4OP8A 4OLDA 2IWBA 3LO7A 4I9DA 1Y9UA 5I58B 3VSKA 3SEWA 3CSBA 4E3NA 2DS9A 2XXVA 4WM9A 1OQHA 3W4OA 4KZ3A 4GRKA 5A5XB 3CI8A 4E3IA 2V3TA 4ZDXA 1W8YA 5F1FA 5JYOA 5M18A 3UDXA 3IJOB 3B3XA 1UTHA 4OERA 4EF2A 3GBBA 5HX9A 1M5DA 5EPHA 3U72A 4F3PA 1JTGA 5A93A 1H3DA 4FATA 3KBRA 4F2OA 4F18A 2XHDA 1NFTA 2Y55A 5I56B 4PETA 4DDSA 4U0TA 4GQOA 2A5SA 5I2KB 2WKHA 3G2ZA 2KLFA 1BTLA 2ZNTA 4ZJ1A 3CRBA 3RXWA 5FTIA 3H3GA 4GD5A 3VP0A 1PBPA 2GRVA 3K02A 5HAQA 3M3KA 2ZC7A 1JW5A 5FQ9A 3D4CA 3FKVA 4HCYA 2C6WB 2QMIA 1N04A 5KCJB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5EOO A;  4LON B;  2QMX A;  1MDQ A;  3WAF A;  2DWI A;  3V89 B;  4RA7 A;  1MY3 A;  2ZJ9 A;  4QFL A;  3QAX A;  3SEY A;  1LGB C;  3I7J A;  3G31 A;  3ZNY A;  1ES3 A;  2HAU A;  4YB6 A;  4RK9 A;  1N84 A;  2Z8D A;  5FI7 A;  2ZC5 B;  1VR5 A;  3TOD A;  1AMF A;  3UO9 A;  1LFI A;  5FI6 A;  5GHY A;  1B7U A;  1FQB A;  3O6G A;  2WKI A;  4GIZ A;  4N6P A;  1FTK A;  1K57 A;  3KN8 A;  1FR6 A;  1DPP A;  4WXJ A;  4KQP A;  1NNK A;  4AQ4 A;  5J8X A;  4X48 A;  2ZQD A;  3VOZ A;  2O1M A;  2Z8F A;  4H1X A;  2XD3 A;  2XXP A;  4YAH X;  2IWD A;  4RX2 A;  2ABH A;  4ZE8 A;  3KEI A;  3GVB A;  3K6X A;  3EHT A;  4N92 A;  3UIF A;  4GF8 A;  4C0R A;  3UPN A;  1JNF A;  3LBS A;  2Q9N A;  4DCY A;  1ES4 A;  2O7U A;  4RJZ A;  1OQG A;  4R3B A;  4F39 A;  4R6Y A;  4GDB A;  2RCB A;  3VVD A;  2M8C A;  3QNC A;  4GXS B;  4Q5T A;  3RTF B;  4ZBE A;  3HLW A;  3E9X A;  3W4Q A;  3C36 A;  2ZC3 B;  3TFL A;  3O2A A;  4X1B A;  2HZL A;  1N9B A;  1XOC A;  1LBB A;  1YPN A;  2JCH A;  4U1O A;  1PZP A;  5CER A;  1M6K A;  1B51 A;  1L0E A;  1JWP A;  2Q88 A;  4R2B A;  4IVI A;  4PFW A;  3IR1 A;  4KQR A;  3ZHH A;  1FCN A;  2RIN A;  4WEK A;  2PVU A;  1MXX A;  1MPC A;  3IK6 B;  3L6G A;  4OON A;  2ZYK A;  1TWY A;  2J9P A;  1FSW A;  1HVB A;  2QS1 A;  4RXL A;  1YQS A;  1GTK A;  1BLF A;  1URS A;  2HCA A;  3O66 A;  1AXB A;  1IXC A;  3W9V A;  4KR5 A;  2EXB A;  4DE2 A;  5A91 A;  2FFY A;  1B40 A;  2H4I A;  2F8D A;  4PM6 A;  5JYP A;  2ZQ9 A;  1R6Z A;  4X68 A;  1BIY A;  3OD7 A;  4XTC Q;  1MPD A;  3IT9 A;  3IB2 A;  1Y1M A;  3ZKK A;  1MWR A;  1VM1 A;  5A92 A;  4S2N A;  1IZ1 A;  1P1W A;  4ESW A;  4OOY A;  1K54 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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