4DXCA

Crystal structure of the engineered mbp tem-1 fusion protein rg13, c2 space group
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
637
structure length
624
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRRGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGASLIKHWGSGGGHPETLVKVKDAEDQLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPSATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of an Engineered beta-Lactamase Maltose Binding Protein Fusion Protein: Insights into Heterotropic Allosteric Regulation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein, hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chim
total genus 202
structure length 624
sequence length 637
ec nomenclature ec 3.5.2.6: Beta-lactamase.
pdb deposition date 2012-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF13354 Beta-lactamase2 Beta-lactamase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA01
3.40.710.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Beta-lactamase DD-peptidase/beta-lactamase superfamily 4dxcA03
1R6ZA 2A3UA 2XXYA 2O84X 4S2KA 1D9VA 1N3XA 2OV5A 4YMBA 3H3GA 2DNSA 4F18A 5DVIA 4HTGA 1W7FA 4OERA 5CBSA 1ALQA 1YMSA 2RC9A 5TU0A 4Z7EA 4G2ZA 4P85A 1O7TA 1XPBA 4E3KA 1PZOA 2DE4A 5CBRA 3C9HA 1M6KA 2YPNA 4DCYA 3IJOB 4F31B 2I0CA 5EVIB 4QFKA 4E3JA 3T22A 4R3BA 1GVCA 1WDNA 3HHGA 3IOTA 1GHIA 2O1LA 4KZ7A 3MP8A 4OQHA 2J8YA 2UWXA 3QNBA 2Y7PA 3QYTA 3BFGA 2QS2A 5CMKA 1SHVA 3ECRA 3GSGA 3ZG9B 2WUQA 4JB7A 3DP8A 1RCJA 4LATA 3ZG5A 5ELVA 3ILUB 2ONRA 1IYPA 1JVJA 3VP1A 1VQQA 4U4XA 2BJJX 2DVZA 4IVKA 1YTVA 4LQ2A 3K1MA 4I62A 1SI0A 4KYEA 3KBRA 1E25A 3W9VA 1MQJA 1NZUA 3TMGA 4D2OA 1IXGA 2ONKE 3C4OA 3A3UA 4AB6A 1XVXA 5DF7A 3KSXA 4MLQA 4H8IA 4YKKA 4OVDA 3SH7A 1OLAA 4Y0UA 3U92A 4H8JA 5AA3A 4FEBA 1LCFA 1W8QA 3O88A 3G2YA 5EVIA 3HL9A 2HAUA 1K4EA 1BT5A 1VSOA 5FASA 4K3FA 3NDGA 2HFBA 1O63A 2Z8FA 2Q88A 5BUUA 4OTEA 2I48A 3C35A 1ELJA 3FJGA 1BLPA 2ALUA 1NZOA 3HREA 2FNCA 3A3EA 2GFEA 3UE1A 3PTEA 3UDIA 4X1DA 3MVXA 4QFOA 2EX9A 3HBRA 1Q1KA 3WWXA 4S2MA 3ITBA 4C0RA 4GB7A 3H7MA 4N13A 1ERMA 1YLZA 4O3BA 1ZIUA 3FXUA 1G6AA 4DE3A 4PM8A 4AB5A 4B4XA 3NDEA 4LQ5A 4FORA 1FQCA 4QY6A 3IOVA 3PV0E 3IO4A 4GWOA 1YAEA 2REGA 3GR2A 2OK2A 4ESXA 2GH9A 2H98A 1DY6A 3AXFA 1P1OA 2BLSA 4ZDXA 4FH4A 1MXWA 3AGFA 1LGBC 3QIMA 2HXWA 1OMPA 1JEVA 4BENA 4BDNA 4WZ5A 1B0HA 1A7LA 1URGA 3IH9A 3CSGA 5KMWA 5CGSA 4GD5A 2UYEA 4YFMA 3SETA 5FA7A 1SI1A 4ONYA 3MUQA 3QSLA 3IXDA 5TPAB 4OFOA 3T9XB 2ZM0A 1VR5A 1XXMA 4BQMA 3MPLA 4R9GA 3G3KA 5F1QA 3UE3A 3FD3A 1IZ1A 3PD9A 1PBQA 4F39A 3IH8A 1K56A 5AQ7A 3UNWA 3BLMA 2ZNUA 1XKZA 4DE2A 4MF3A 3I5OA 4KZ3A 3IOWA 3OXNA 3H6VA 5CGWA 3ONMA 3KZGA 3RLFE 4WKMA 2Y84A 4MBHA 3P7IA 1LLBA 4NWDA 4ZEDA 3CRBA 1RP5A 1H43A 3Q27A 4NMYA 4KG5A 1MKIA 4WXJA 1O64A 1EZPA 4EF2A 3OO6A 1TDGA 3NI9A 5FQIA 5A93A 3SEVA 3IB0A 1M40A 2EX2A 4KZ5A 5TPAA 1ATGA 5FQMA 3GV9A 4ZJ3A 2Q8JA 3SS4A 3MVZA 4ZJ2A 3CG1A 2RC7A 1SVXB 4R2FA 4HS7A 5M2VA 2QRYA 1YT4A 3A3JA 4JXIA 3VDFA 1ANFA 3T66A 1XS5A 5JK4A 5EHMA 3IHBA 1R9LA 1K38A 4HBUA 5L9SA 5D3OA 3V39A 1PEBA 4IO2A 3W4OA 3CG5A 5CHUA 1FTLA 4BDQA 2Y55A 3QK6A 3GBBA 3ZGAB 4OQ0A 4E3MA 5H8NB 5FQJA 4WYYA 3S9EA 5HL1A 2HZKA 3OPLA 5KSHA 4U1ZA 2XXQA 4OOYA 5H8QB 1P1QA 3K02A 4O3CA 5EYFA 1YQSA 4LV0A 2XH9A 2Y2GA 1LFGA 1FW0A 2E8IA 3PMVA 3S9MC 4U21A 2ZYNA 3B6WA 3IF6B 3O86A 3HLBA 2F7BA 2I72A 4JPMA 1D3KA 1D9YA 2IWDA 4NF8B 3USDA 1II5A 3V50A 1YLWA 1NNFA 4H65A 1LCTA 1ZU0A 4K0WA 1Y3QA 2XX8A 2YLNA 4IO3A 3VLVA 3IT9A 3PPOA 3L6GA 2A49A 2G93A 4FH2A 3AGEA 2X7QA 3W9WA 3ZVWA 2DYXA 4POWA 1K54C 5CEDA 4LV2A 2I6EA 3C7UA 2XF3A 3SEWA 5H8QA 1NKXA 3MVWA 1Y20A 3DELB 1ES5A 3SS3A 2Y7WA 2R71A 5AQBA 3H6TA 2I49A 5FHNA 1WYCA 2WGIA 5JYOA 3TTLA 5FQQA 1KGEA 2XR0A 1MWUA 3IF6A 1H8YA 3D4FA 3KN7A 1DMBA 4OPZA 1OVBA 4OFJA 1PWGA 4WEKA 1I69A 3RT6B 4NF8A 3B7DA 3KEIA 3WS5A 2R9JA 4PETA 1MDQA 4AQ4A 4FCFA 3EHTA 1B5IA 2LAOA 4BLAA 2XD1A 4KQRA 3H4ZA 4QHCA 5CXWA 2ZJ9A 4FE8A 4JDFA 3IX1A 3UP9A 3O66A 3OZHA 2PT2A 3EN3A 4U22A 5JEIA 4DDSA 4OFLA 1JW5A 1TFDA 3KGCA 3HSTA 5CEBA 2QPNA 5EE8A 3UK4A 5EECA 3VXCA 1S6RA 5L2FA 4PM7A 1POTA 3O9PA 5DTBA 5TR7A 1MQDA 1MS7A 4M3KA 3PBRA 3QUFA 1OMEA 2ZQ7A 2Y2NA 5H8HB 3VFHA 3Q25A 5AA1A 4P11A 1MPBA 4S2NA 5CECA 4UA7A 3V83A 4P0GA 1MY2A 3N8LA 3G3JA 3C4PA 3PGFA 5HPQA 3M3LA 2OWTA 3FV2A 1MWSA 1FCMA 4OLDA 2WKYA 3H6WA 5CHMA 2RL3A 2HAVA 1DTZA 3LR1A 4Q8IA 4Q30B 1GTKA 1IEJA 1FQBA 3PPNA 4EBPA 5CI5A 1SQYA 2XHDA 3TPAA 4OPRA 2P1SA 4OQIA 3P98A 4IY5A 3OD7A 4DDYA 4BJPA 4R6HA 1IYOA 5K2YA 3K00A 4RA1A 4E0XA 3LCEA 4RY1A 1G68A 1TXFA 2WYXA 5I57B 2Q2AA 4GRKA 4KG6A 4MEZA 2QSXA 5H8HA 3IAZA 4F1VA 5DEXB 3GZGA 1L0GA 1B7UA 5A90A 4R23A 4RNSA 3VLWA 3SESA 4Q0CA 3M2JA 4OOMA 4JXWA 1ESIA 5IKBA 2F36A 1ZG4A 5FAQA 3C36A 1WE4A 3CR9A 3SEXA 2ZNTA 4BDLA 3OCNA 3SERA 5GHXA 4FAJA 3G31A 3IK6B 2O68A 4LVQA 3O6HA 2ANJA 4Y0OA 1S50A 4OHNA 2FFFB 1M5EA 4OENA 2EXBA 4DZ1A 1A99A 4EBLA 1S9TA 1QVSA 3IQAA 1B6HA 1YM1A 3UO9A 2XLNA 4RK9A 1SDEA 3G2ZA 2XD5A 4FJPA 4ECFA 4BDOA 3HLGA 4JSOA 5B70A 2HCAA 4NF6B 5I57A 1B1XA 5E2GA 1NXYA 3HVFA 2XFSA 2QS4A 3HUNA 4KZBA 5DEXA 3DP4A 5G18A 1L5TA 2F5XA 4KCCA 1EI5A 3MWBA 4UA9A 4RPNA 4IBXA 3Q07A 4QB8A 3EQVA 5GLDA 1IELA 2P2AA 2XX9A 4LCLA 1LL9A 2D5WA 4CPKA 1F9BA 3VOZA 1SYHA 4S2LA 3QAXA 1SBPA 2GDNA 3HPIA 3U8QA 2HP9A 2I58A 1U60A 4S2IA 3OEKA 5HAPA 3E13X 2Q9MA 4B88A 1ZLQA 2IWBA 2F6GA 4LZ8A 2DE2A 2DSFA 1ZBMA 1H76A 4A5RA 2OBGA 3MZ9A 5FATA 3SH9A 1NNTA 1JW1A 2XXXA 5FAPA 1CEGA 5U47A 3E3KA 4NF6A 4JXVA 1EZOA 1K25A 3NBLA 1MXZA 4GD6A 3ZVTA 3VE1B 1EU8A 1PBPA 3MZ1A 3KOSA 3SS5A 1YMXA 4OEUA 3A3CA 2V3TA 3B3XA 3OPPA 3A3DA 1GV8A 2QS3A 3WS0A 1B1HA 3CI8A 5EPHA 1ZJLA 2Y91A 4DLDA 2V2FF 3M3FA 1OVTA 5DTKA 3JYIA 4GOGA 3VSLA 3RQTA 3DW0A 1B05A 1AH5A 1LB8A 4EXLA 4GFRA 3HHFA 4NE4A 1DJBA 2FA7A 4C75A 5EVID 2XD3A 3THIA 1MH4A 3HUOA 1NH8A 4ND9A 3PBNA 4IY6A 3PU5A 5J8XA 4F3BA 4R72A 1QUKA 1H45A 3OELA 4P87A 4TOZA 4QHQA 4C3QA 5A91A 4QSCA 1IKIA 3U93A 1PYYA 4GZBA 1JTGA 1ESUA 3FGSA 2HP6A 2HDRA 5DT6A 4DE8A 1AXBA 1LL5A 2EXAA 2O7UA 3UIFA 4H8RA 3UN7A 2HDQA 4F2OA 3R7XA 3BEBA 2ZC4B 4BL3A 3PUZE 3KOTA 2Q2CA 4QFLA 3T9UA 3V3RA 1SYIA 3K1NA 1ZC2A 1FCKA 2C6WB 3C32A 4KI0E 1BKAA 5TGFA 3SDFA 1JWZA 4WM9A 5M19A 4NWCA 4RX2A 3K6WA 3ILTB 4M1VA 4QSEA 4R73A 3IWIA 1USYE 1ES3A 1XX2A 1N7WA 1KDWA 4HEFA 2DWIA 2JCHA 1P1UA 1J1NA 1PWDA 3QXMA 5CMBA 2ZYOA 4YICA 4FD8A 4E3OA 4UHUA 4GD8A 5EVLA 5AA4B 4ELOA 5I56B 1K56D 4GDNA 5A5XB 2R9XA 4GL0A 1B3FA 2D3IA 3FVGA 4N1HA 1B58A 5JTYB 3W15C 4ZZAA 3UN6A 3I6VA 4ESWA 3SEYA 2O7IA 4X68A 2HP5A 2Y2KA 4UACA 4ZEKA 3AGDA 4F1YA 3FV1A 1KGFA 3UE0A 2AL5A 1R1NA 5IAIA 1Z6FA 4C1TA 1C3BA 1FQDA 3FVKA 1XVYA 4PP0A 5E43A 4DXBA 1Y3PA 4OETA 3U94A 1QULA 1ONHA 3GBAA 2PYYA 4EUZA 3GMWA 4EUOA 2HZLA 3PPPA 4FIMA 4BDMA 4ZE8A 3VP4A 4WZ4A 5AA2B 4S2PA 3PMXA 1CEFA 3FIRA 3CMZA 3MP6A 3BFCA 1EWZA 3OENA 4I8CA 3OMBA 3JYRA 3I3VA 3M8UA 3O2AA 3KN3A 2PBYA 3O97A 5AA4A 3QNCA 1CE2A 3ZS6A 5I56A 1K57C 2PX1A 5A5XA 4JKTA 1Y1ZA 2QPQA 5JTYA 5HW3A 1O07A 3C4MA 2P9VB 4L17A 1E4DA 1JTDA 3I7JA 1I5QA 2EX8A 2VGQA 4QF9A 3ZNTA 1M5FA 4IBRA 2PU2A 4DIGA 5I59B 2OLUA 1QUIA 4KG2A 2H5YA 4MH5A 1URSA 1B7HA 3M3KA 2HDSA 2WGWB 4KFQA 5EHSA 3VVEA 1Z7NE 4YKJA 4R6YA 5I84A 3FZVA 3PPQA 1KDSA 5AA2A 1RYXA 1MBLA 3IJXB 2I0BA 1IQ7A 5EOEA 4RPOA 2OCUA 3FATA 2C5WB 4U3TA 3TG9A 3HLEA 4BLMA 3MPKA 5F83A 5GLCA 1FCNA 2DS9A 2ZM2A 4R75A 1B5HA 1LSTA 2P9VA 4U0TA 1N3WA 3E2KA 3LY3A 3LUYA 5GLBA 4FECA 3FJ7A 5I94A 4N9LA 3NY4A 3HO7A 1FTOA 5I59A 3U72A 1FR1A 2ZQCA 2REJA 2F7AA 1HD8A 4QU3A 2NXOA 2H4IA 4X9TA 5FI7A 1MY0A 2WGWA 4R9FA 4JF5A 1LAXA 5IHVA 5ITOA 3E2LA 1I2SA 3RXWA 5HARA 3HLDA 2JBFA 3MKEA 2WADA 2OLVA 1JVYA 1EZ9A 3ZKLA 1YLTA 1AL3A 3ODBA 3TQLA 4OQGA 1IITA 3MP1A 4RVAA 5F82A 3DTMA 1P99A 4S2JA 1L0DA 4NTLA 1QJMA 4G8NA 3RY3A 4JBZA 5BOHA 5DYHA 1IKGA 2J7VA 2Y7IA 3PUYE 2P0SA 3IWOA 2O6AA 5ITPA 2OWSA 1K54A 3WS1A 3K0VA 4LP2B 2IA4A 4OP8A 3IB2A 3ZNYA 3HN0A 4DDDA 4GDBA 2UXAA 3C34A 3RNNA 1VM1A 4P6BA 3FV7A 1HTZA 1GCEA 5DF9A 1JQFA 4LUBA 5H8NA 5I2KB 3TCHA 4JXGA 4X55A 2O69A 1SW5A 2XXPA 3ITAA 4MFIA 3SOIA 2H9BA 3FASA 1T0KA 1FQAA 1CK3A 1XGIA 3MZEA 5EUAA 2ZQDA 4OEVA 1PI5A 3BLSA 2ZXTA 1BTLA 4KZ9A 1OQGA 3WAFA 1PW8A 1DPEA 4PPRA 3EQ1A 2QMXA 2RC8A 4Z9QA 3VV5A 2Y2OA 4X69A 4ZAMA 3K01A 4IGRA 1TDLA 3V5MA 2ZC6B 2VOZA 3KSJA 2XFTA 1PB7A 4G77A 3IWQA 3HLFA 1GHMA 5DVFA 4DKIA 3TTKA 2CMOA 4WMCA 1MWRA 1N7XA 4Z0IA 2JC7A 1H5XA 3HCQA 2RINA 4Y0TA 1WVJA 2XQZA 1L2SA 3G4PA 3L6HA 5I2KA 1UTBB 1A54A 4F1UA 2RCXA 1QKAA 1WYBA 4LONB 1SKFA 4PQJA 3MW0A 4DXUA 4HW8A 1D4NA 1MXXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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