The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
180
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structure length |
168
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Chain Sequence |
LSCRFYQHKFPEVEDVVMVNVRSIAEMGAYVSLLEYNNIEGMILLSELRIGRNECVVVIRVDKEKGYIDLSKRRVSPEEAIKCEDKFTKSKTVYSILRHVAEVLEYTKDEQLESLFQRTAWVFDDKYKRPGYGAYDAFKHAVSDPSILDSLDLNEDEREVLINNINRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of the N-terminal segment of human eukaryotic translation initiation factor 2alpha
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Translation
|
source organism |
Homo sapiens
|
molecule keywords |
EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 SUBUNIT 1
|
total genus |
56
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structure length |
168
|
sequence length |
180
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2001-12-11 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00575 | S1 | S1 RNA binding domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3R L; 2FXQ A; 5FJ8 H; 2AWO A; 3A5U A; 2ZTE A; 3MXN B; 4MNO A; 4A3M G; 1T9H A; 1X54 A; 1HNX L; 3AYH B; 2R93 G; 2YTY A; 5M3F H; 5IP7 G; 5IYB H; 1CKN A; 1E1O A; 1SRO A; 4C3H H; 2A1A A; 4DR7 Q; 4A3M H; 2UXC Q; 4O0A A; 2HT1 A; 3TQY A; 3PUZ A; 1GVP A; 1OXV A; 4A3E G; 1IBM L; 2R93 H; 1YJW A; 1XPU A; 4JBM A; 3TRE A; 2JA6 G; 1VQI A; 1KRT A; 1H95 A; 1C7Y A; 2JA5 G; 4DUZ Q; 4JBW A; 4YY3 L; 4A3E H; 3CCR A; 1G6P A; 1V1Q A; 3KDF A; 4IJL A; 3T1Y Q; 1M90 C; 4A3B H; 3DM3 A; 4IFD J; 5HGQ A; 3PSI A; 2JA5 H; 4R4O A; 1E3P A; 1VQM A; 4DR6 Q; 1B70 B; 1EQR A; 3NBH B; 3UDF A; 1TXY A; 1KIX A; 1VQ8 A; 3Q8D A; 4NXM Q; 3TEH B; 1VQ6 A; 4JI8 L; 4DV4 L; 3HOZ G; 1LYL A; 3D0F A; 2UUA L; 1PYB A; 2JQO A; 3G4S A; 4GLA C; 2QA4 A; 1BVS A; 1WYD A; 3J80 c; 2IHF A; 1NE3 A; 2F3I A; 1CUK A; 3HOZ H; 4OON A; 4UP7 A; 4LFC L; 4DV3 L; 2PI2 A; 1AE2 A; 2OQK A; 3NEL A; 2BA0 A; 4LF6 Q; 4DV2 Q; 4LFB L; 3PF4 A; 1YVC A; 1GO3 E; 4GOP C; 1SLJ A; 2UU9 Q; 2E2I H; 2I5M X; 4IFD G; 2A19 A; 3H3V I; 3A74 A; 5GAG C; 4JI6 L; 1MKH A; 2OTL A; 2B3G A; 4GOP B; 3CC7 A; 5E7N A; 1QUQ A; 4GN3 B; 2A8V A; 4LF4 Q; 1W2B A; 2K4K A; 1SR3 A; 1J6Q A; 1IXR A; 1C9O A; 1HZB A; 4X62 Q; 2UXD Q; 2L15 A; 4NXN Q; 3T1H L; 4PZ7 A; 4TVA B; 1EIF A; 1P16 A; 3H0G G; 1NMF A; 4JOI C; 1PFS A; 4R4C A; 4R1J A; 4A4I A; 2VW9 A; 4AQY Q; 1KXL A; 3GTJ H; 4LF9 Q; 5DLQ E; 3RN5 A; 3B6Y A; 1L2F A; 4UP9 A; 3CPW A; 3S2D H; 1VQP A; 1KC8 C; 4JI2 Q; 1EWI A; 3HKS A; 3FP9 A; 2EXD A; 4QGU A; 4BY1 H; 5K36 G; 2EIF A; 1Q12 A; 1VQL A; 1NBW A; 4POG A; 5ELO A; 5EAY A; 2D0O A; 4DV0 Q; 4DR3 L; 1K9M C; 1X3F A; 1XNR Q; 3S24 A; 2JEB I; 2K5V A; 4L5S A; 4DV1 L; 1S3O A; 4YHH Q; 3PO3 G; 3E9I A; 3KF8 B; 2MO1 A; 4IPH A; 3GTM H; 1Q7Y C; 1AE3 A; 4JV5 L; 4WJ3 M; 4LF8 L; 4JI1 Q; 2YV5 A; 3HOU G; 4IPG A; 2YU9 H; 5IYD G; 2DGY A; 3KJP A; 4GNX B; 4A3K H; 2UUC L; 1SN8 A; 2WB1 G; 4A3L G; 4GKJ Q; 1TWG H; 1YHA A; 3HOU H; 4BXX G; 1I94 L; 2ZM6 L; 3KF6 B; 1I3Q H; 2Q2T A; 4KHP Q; 1L1O B; 3K7U C; 4JCV E; 5LMN L; 3CMA A; 3CCV A; 2HQL A; 3PUW A; 5IE8 A; 4YWK A; 1VQF A; 3PV0 A; 1Q1B A; 1TWF H; 1E7Z A; 4BXX H; 1Q46 A; 4DAY B; 4LW1 A; 2KHI A; 3PIP A; 2VQF Q; 4UY8 C; 2CFM A; 1G29 1; 1PYS B; 3RLO A; 1S72 A; 1IL2 A; 2NZH A; 4IFD I; 1PHJ A; 4MTN A; 1EIY B; 3PO2 G; 3A5Z B; 3I56 A; 5JJK A; 1E22 A; 1GKH A; 1I50 H; 3S2H H; 4B3M L; 1HR0 Q; 3HOY G; 3AEV A; 1WFQ A; 3KOJ A; 2R6G A; 2I0Q A; 2ALY B; 4JI4 L; 3HOW G; 3PO2 H; 4LF5 L; 3F2B A; 3S17 H; 4LFA L; 2E2H H; 4JI0 L; 1FJG Q; 3HOY H; 4X64 Q; 1N34 Q; 5C0X J; 3HOW H; 5IWA Q; 5LMU L; 1PVO A; 1HZC A; 4LWC A; 3I4M H; 4A3D H; 2NVY H; 1HH2 P; 1OXU A; 2PQA B; 4AIM A; 1X3E A; 1Y1V G; 3FHW A; 4QQB X; 1YBY A; 5IP9 H; 2IX1 A; 1J5E L; 3AQQ A; 5GAE C; 2Y0S G; 2QGQ A; 1Y1V H; 3BJU A; 3D31 A; 1VQ4 A; 4JI5 Q; 2JA7 G; 4A76 A; 1Q86 C; 4KHZ A; 3J81 i; 5J3B A; 2WFW A; 3PCO B; 4KLK A; 2JE6 I; 1Z47 A; 2ZJR A; 1KQS A; 3H3V H; 1SRU A; 5ELN A; 2D62 A; 2WAQ G; 4DV7 L; 1A63 A; 1ASZ A; 2K5N A; 4DKA C; 2JA7 H; 5GRO A; 5JEA G; 2HIX A; 4A3C H; 2ZJP A; 3STB D; 4OO1 G; 2NN6 I; 2AMC B; 1HNW L; 3K0X A; 2HHH Q; 4X66 Q; 4A3J G; 2AKW B; 4R4Q A; 2BH8 A; 1UWV A; 2VQE L; 2V1C C; 2K50 A; 1HNZ Q; 3RZO H; 1VQH A; 2Q2I A; 4DR2 L; 4JI7 L; 5IP7 H; 4A3J H; 3HKZ G; 4QIW E; 4DUY L; 1YIJ A; 1D7Q A; 3PUV A; 4TQU S; 2JEA I; 4JYA L; 2LSS A; 2ATW A; 2WB1 E; 1X6O A; 2XTI A; 3RNU A; 2JA6 H; 1CKN B; 2ASB A; 1K0R A; 1HZ9 A; 1CSQ A; 1XMO Q; 2F4V Q; 4GKK Q; 3WWV A; 4DV5 Q; 4X65 Q; 2LXK A; 3L0O A; 1IBK L; 1AH9 A; 1VQC A; 4R4I A; 4DPG A; 3F2C A; 1EOV A; 1XTD A; 4P75 A; 4DR1 Q; 3G6E A; 5BR8 Q; 3AFQ A; 1Y1W G; 2CKZ B; 3KDF B; 2GVB A; 3M4O H; 1E24 A; 2OTJ A; 3UDX A; 5IYD H; 1TWC H; 1XNQ Q; 3LGJ A; 4IOC A; 3J81 j; 3UDI A; 1WJJ A; 3BZK A; 3S16 H; 1N36 L; 1OXX K; 4C2M H; 1Y1W H; 1PA6 A; 4DK3 C; 1EYG A; 1XJV A; 2KEN A; 1OXS C; 3S1Q H; 1L0W A; 5C44 G; 4GN4 B; 1IBL Q; 4L5T A; 2E5L L; 3HOV G; 1VQ7 A; 2UXB Q; 1XMQ L; 2K5H A; 2R7Z G; 2MQH A; 2B63 G; 4B3R Q; 4HJA A; 2VY3 A; 3CCS A; 4R4T A; 4OWT B; 3GTO H; 5C44 H; 3JC6 6; 1HNX Q; 3HOV H; 4AYB G; 4P72 A; 1QVC A; 1VCI A; 1NY4 A; 2IX0 A; 3F8T A; 5AJ3 L; 4ALP A; 1VQE A; 2Z0S A; 1VQA A; 2I5H A; 3EBE A; 3GD7 A; 5C0X I; 3PIO A; 4OO1 I; 3J7Z C; 3GDE A; 3KYH C; 1Q82 C; 3CD6 A; 4PG3 A; 4P71 A; 1IBM Q; 3EIV A; 3W1B A; 2B29 A; 2CWA A; 1W3S A; 2YYZ A; 2Y0S E; 3H0G H; 4DR5 L; 3CC2 A; 3RR5 A; 1QZG A; 1NJI C; 4B3S L; 1QUQ B; 2WP8 J; 2OWO A; 4BA2 I; 1I5F A; 4JOI A; 1X65 A; 4OXP A; 1VQO A; 1PH2 A; 1XPO A; 2RF4 A; 1PH1 A; 2ZJQ A; 3TS0 A; 4A93 G; 1WCM G; 4PMW A; 3ZJY C; 4GNX C; 3AFP A; 1JE5 A; 4JI8 Q; 2JK8 A; 4DV4 Q; 4O2D A; 1XPR A; 2UUA Q; 4LF7 L; 4OX9 Q; 1SFO H; 2ES2 A; 2NN6 G; 4A93 H; 4K0K L; 1N32 L; 3PO3 H; 1L1O C; 2R92 G; 3HKZ E; 4DV3 Q; 1YJ9 A; 4LFC Q; 5C3E G; 2JA8 G; 3S14 H; 4RG1 A; 4LFB Q; 4P73 A; 1TWH H; 1VQB A; 4A3I G; 3JAM c; 4A3L H; 3U4V A; 4DAM A; 4JI3 L; 3U4Z A; 3S1R H; 5C3E H; 4JI6 Q; 2JA8 H; 3CW2 C; 2UUB L; 3KFU A; 4IO9 A; 1X55 A; 4DR4 L; 5M5X H; 1CKM A; 1EFW A; 3J80 i; 3CF5 A; 4DV6 L; 1JMC A; 1JT8 A; 4DK6 C; 5IT9 c; 1YIT A; 4NPS A; 4QJF A; 2EQS A; 3GTG H; 3I2Z A; 3T1H Q; 2RCN A; 3CCJ A; 1PH5 A; 2VNU D; 2ZTD A; 1X3G A; 3I4N G; 1KRS A; 5C4J H; 1QVG A; 1N33 L; 4HID A; 2MFI A; 4A3F G; 1KL9 A; 3OTO L; 2IY5 B; 3HOX G; 1VQG A; 3DLL A; 2KCT A; 4GN5 A; 2E8G A; 3UDG A; 4XTC S; 2NVT H; 1MJC A; 3I4N H; 2Z6K C; 1PH4 A; 3CXC A; 4A3F H; 3HOX H; 1KHI A; 4DR7 L; 3U50 C; 3SGI A; 4B3T Q; 1P8L A; 2UXC L; 4DR3 Q; 1Y14 B; 4KI0 A; 1R9T H; 2R7Z H; 2OCE A; 3UE1 A; 4DV1 Q; 1HR0 W; 1UE6 A; 1JJ2 A; 1YHB A; 1QVF A; 4JV5 Q; 4J15 A; 4DUZ L; 4LF8 Q; 3PUX A; 1CSP A; 4A3G G; 4IPC A; 4HIO A; 5C4X G; 3K81 C; 1SE8 A; 2XGT A; 4ME3 A; 3T1Y L; 3BZC A; 2UUC Q; 2YTV A; 4EX5 A; 3A0J A; 1LUZ A; 3KLW A; 1I94 Q; 3NEN A; 3ERS X; 4GS3 A; 2ZM6 Q; 4DR6 L; 5C0X G; 2VL6 A; 1Q81 C; 5LMN Q; 4Y52 H; 1PH3 A; 3CCL A; 1O7I A; 4POF A; 3J7A 5; 4NXM L; 2BH2 A; 5GQO A; 2K14 A; 1FL0 A; 5IYC G; 3GTL H; 2H5X A; 2MNA A; 1MJE A; 4HJ9 A; 3ICE A; 1LM0 A; 5IYC H; 3FKI G; 1B7Y B; 4HJ7 A; 2K75 A; 1DGS A; 3IRB A; 4L5R C; 4YCV A; 1BBU A; 1FGU A; 4BA1 I; 3PF5 A; 4GLV B; 4JG2 A; 4DV2 L; 2ZTC A; 1U5K A; 4B3M Q; 4LF6 L; 1RIP A; 1V9P A; 2UU9 L; 4WJ4 A; 1WOC A; 3L2P A; 2K52 A; 3FKI H; 1IBL L; 1M1K C; 1VQN A; 4PZ6 A; 4LUV A; 5IYB G; 4NB3 A; 3G48 A; 4LF5 Q; 3RLN A; 3S1N H; 3CAM A; 4LF4 L; 4LFA Q; 4JI0 Q; 3M4Q A; 4EQ5 A; 1NTG A; 2RHQ B; 3GTQ H; 4X62 L; 2LXJ A; 5LMU Q; 1YZ7 A; 4NXN L; 4HIM A; 1MIU A; 1GM5 A; 2UXD L; 2CWP A; 1U0L A; 4AQY L; 1UEB A; 5M3M G; 2GN5 A; 2R7F A; 4LF9 L; 5GAD C; 5M5Y H; 1J5E Q; 1VQJ A; 4BY7 G; 5FLX c; 1UE7 A; 3CCU A; 1A0I A; 4UPA A; 3S1M H; 4A3B G; 5M3M H; 4JI2 L; 2AWN A; 4BY7 H; 1N9W A; 3STB C; 3CQZ H; 2AHO B; 1YNX A; 4QY7 A; 2HIV A; 3OW2 A; 4DV7 Q; 3W5O A; 4DV0 L; 1XNR L; 1YJN A; 2KHJ A; 1HNW Q; 4IJH A; 2NZO A; 4YHH L; 1KAW A; 4JC0 A; 1VQ9 A; 3TS2 A; 1TWA H; 4X6A H; 1FVI A; 4JI1 L; 3K80 C; 3CPF A; 4GOP A; 1PH8 A; 2BA1 A; 2CCZ A; 1QZH A; 4OX9 L; 2B63 H; 1LTL A; 2VQE Q; 4IPD A; 4P74 A; 3CCE A; 4GKJ L; 2PMZ E; 4DR2 Q; 4JI7 Q; 1E1T A; 1I6H H; 4DUY Q; 1HZA A; 4GLX A; 4C3J H; 4KHP L; 2N49 A; 2Q2U A; 2PNH A; 3EN2 A; 2I5L X; 4YY3 Q; 1ASY A; 4JYA Q; 3GTK H; 4L5Q A; 1YZ6 A; 3BU2 A; 1BKB A; 2IHE A; 4LUZ A; 2VQF L; 2WAQ E; 3RLF A; 2NVX H; 3OYY A; 2GVA A; 3M85 A; 1YHQ A; 3I55 A; 2R7D A; 4JBJ A; 1G51 A; 1VS0 A; 2JJQ A; 5HY6 A; 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