1AL8 | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	359
structure length	344
Chain Sequence	MEITNVNEYEAIAKQKLPKMVYDYYASGAEDQWTLAENRNAFSRILFRPRILIDVTNIDMTTTILGFKISMPIMIAPTAMQKMAHPEGEYATARAASAAGTIMTLSSWATSSVEEVASTGPGIRFFQLYVYKDRNVVAQLVRRAERAGFKAIALTVDTPRLIKNRFVLPPFLTLKNFEGIDLGLSSYVAGQIDRSLSWKDVAWLQTITSLPILVKGVITAEDARLAVQHGAAGIIVSNHGARQLDYVPATIMALEEVVKAAQGRIPVFLDGGVRRGTDVFKALALGAAGVFIGRPVVFSLAAEGEAGVKKVLQMMRDEFELTMALSGCRSLKEISRSHIAADWD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Three-dimensional structures of glycolate oxidase with bound active-site inhibitors. pubmed rcsb
molecule keywords	GLYCOLATE OXIDASE
molecule tags	Flavoprotein
source organism	Spinacia oleracea
total genus	114
structure length	344
sequence length	359
ec nomenclature	ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date	1997-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1al8A00

4AXKA 1MSSA 2OZ0A 1FWSA 1NF0A 3EWXA 4JTFA 3UWWA 1LBMA 3K30A 4ZQNA 3W6YA 2XN0A 1EUAA 4FHAA 1KFJA 3NO5A 4PL2A 2QCMA 3W7HA 2JK2A 3LCIA 5LZLA 3NQMA 3HGRA 2VEKA 5DBTA 3S9YA 1Z41A 4UXDA 4FIRA 3W1NA 4UIOA 4LUIA 1EX5A 4HNUA 3QMSA 1XFBA 3LHYA 4HPXA 1N8FA 4JDYA 1H63A 3UXDA 4ZQOA 4BR1A 1THFD 5AHIA 4Z1BA 5C2XA 3A22A 3PB2A 1K02A 3JRKA 3NL5A 3KRSA 3HPZA 4NU7A 3TR2A 3S1XA 3T4CA 1B9BA 4E2BA 3GAKA 3PBVA 4FXSA 2RFGA 4FNQA 4O15A 4R34A 4N9DA 2VFDA 2F7FA 5D38A 4XTIA 1BEUA 5D09A 1G69A 3P81A 4HPJA 3ABOA 3UWUA 2A7NA 1KM3A 5IBXA 1S3HA 5K9DA 3LHWA 3QQ0A 4PTNA 5TBOA 1SSGA 5L9FA 2FPYA 4N2YA 1PCWA 1K7FA 3TXZA 1XDMA 2V9DA 3CM4A 4RZ4A 3N73A 3RLUA 3D0CA 5HWNA 1RPXA 1GG0A 1R47A 4CCCA 3EXSA 3IVSA 2EPHA 3BARA 4ZQRA 2C1HA 2QUTA 1WAUA 3C52A 3C2VA 1U5JA 3ATZA 4PEKA 3L2IA 4X9SA 5AC7A 2OJPA 1H5YA 2Q8ZA 5IBXC 4S2CA 3DKLA 4H3DA 3W7RA 3W85A 2D73A 2QJIA 5H91A 2B7QA 3KFTA 4UTTC 1IXQA 3W23A 1XM3A 3QF0A 3EWYA 5G1YA 2A0NA 1GVSA 2GJLA 3C4UA 1JRCA 2JBMA 3TKFA 2WNQA 4IXXA 3MHFA 1AW5A 5D30A 5AYYA 2C6QA 1TPH1 3NZRA 3SR7A 1OFOA 3UYCA 3PSVA 3EB2A 1Z48A 1UBSA 3KRUA 3NZ1A 4WOZA 1SZEA 1SW3A 3M41A 1OF6A 3L9CA 3ELFA 6ALDA 4O14A 3C61A 3BLEA 3SECA 1JQVA 5CSSA 2I14A 1OFRA 4H4IA 4J9JA 4QSHA 2ISWA 4JY8A 4MY1A 3P82A 2XFWA 2CZ5A 4YWIA 3PBUA 3S5NA 3A9IA 3CEPA 3LHUA 2FPVA 3QZEA 5E93A 1TPFA 1TPC1 2C15A 2NUXA 1LORA 3M5VA 3KVJA 2VFHA 1T0OA 3P80A 2YGYA 1VCVA 1L9WA 1W37A 1PHQA 4LTSA 2E5DA 2WQPA 4N4QA 5L6UA 5E0KA 5FI8A 1K7EA 4R53A 1YTKA 3PUEA 3S1WA 3QRHA 1EA0A 4FNUA 5LNRA 1SZNA 4OWGA 3NVTA 3M9YA 4IMDA 1KLYA 3KAOA 3SJ3A 5U7SA 3DXIA 1VR6A 3G8EA 3LI1A 3LXBA 2PRLA 3P62A 1TPVA 4S2BA 3N34A 3BG3A 1I2PA 2ZRUA 2ZCGA 1UUMA 4IPIA 1OYAA 1U83A 3C56A 3R5EA 1KW1A 2QF7A 1QPOA 3QPYA 5G4EA 4HN4A 3TROA 3CIWA 1T96A 2QUVA 5G2IA 2VENA 3TJXA 3LERA 2E1DA 1A5SA 5FF4A 4DO6A 4DF0A 4XWUA 5DBUA 4NJIA 1F6KA 1LP6A 1OYCA 1DOSA 4ADTA 3NPWA 1QDSA 2Y63A 3I7RA 3IIPA 1X1ZA 3S1UA 3EX1A 3VI2A 3C2EA 2NX3A 3I7QA 3G24A 3MP3A 1TRDA 4JN6A 1XBYA 5AHFA 2GQ9A 3NQ2A 2C13A 3GK0A 2NV2A 3MYOA 3W2UA 3U8GA 2TRSA 4MYAA 4GUJA 1LTDA 4OV4A 4UMAA 3STFA 4BI5A 4RX0A 5CGQA 1TSIA 3FFSA 1K8YA 2BSLA 2NV1A 4HNTA 5K3VA 2E6YA 3M0ZA 3FEMA 3TC7A 1FUYA 4CCEA 2H8ZA 4MZ8A 2DZPA 2A7RA 1V7YA 1UB3A 4XBKA 4K36A 1EP1A 1I4NA 2QEZA 3QQ1A 1UCWA 3CC1A 1B4KA 1UASA 1Y0EA 1VRDA 2BLEA 1GVQA 1HL2A 1A5BA 2VELA 5F1VA 2BX7A 2ZZ3A 3A24A 3GDKA 5HUPA 4AHOA 2BZNA 4UNLA 2Z2UA 3P67A 1OABA 4NX0A 3MW7A 3DFNA 3PBWA 3WJZA 3B0VC 2ATSA 1H60A 2AGKA 2YPIA 3CWNA 4IUOA 1LZOA 1GVFA 4GUFA 3TA6A 1OJXA 3DFTA 3HJZA 4KKXA 1EP3A 4HHPA 4JTGA 1WV2A 3O15A 2X30A 1YTDA 4M19A 1BTMA 4A21A 3L0GA 4XZ9A 5CPNA 1FQ0A 1RVGA 5HQEA 4XQ6A 4IOTA 2FJKA 4O0ZA 3S6DA 3N3MA 1SR9A 4QNWA 4MIMA 3SY5A 3H55A 3GIYA 1OX4B 3OVRA 4GJ1A 3HGSA 3HPXA 3S1VA 2I9EA 3B03A 1JVNA 3NAVA 3CU2A 5BRBA 2OT1A 3TMQA 2RH9A 2CZDA 4K8EA 4GE8A 4N6EA 5KINA 2J9XA 4TMBA 2DP3A 1WQ5A 3C2OA 1KTCA 3HF3A 4K8HA 1YPFA 1W3IA 2Y62A 4RXGA 4Y6GA 4LV4A 1W8SA 4GC4A 3W88A 2VFIA 3ABSA 3FKRA 1QPRA 2EHHA 1L2UA 5CPOA 4POCA 1AL7A 2QCLA 1H7OA 2VOMA 1CW2A 4AWSA 2C16A 4FX6M 1UJPA 2FPTA 1IIHA 2ZDRA 3NGJA 3OVPA 3EXRA 3O05A 4O19A 4GFSA 2A2IA 1LLZA 3OA3A 1D9EA 2H3DA 1DJNA 1LBLA 1P4CA 2V5LA 1XL9A 2E5CA 4TU1A 3PWAA 3F03K 2EAWA 3CB8A 4O12A 1W5MA 1F5ZA 4DQWA 2KZHA 3UY7A 2C3ZA 3LHZA 4NT0A 1WYIA 1GWJA 3DFPA 3N2XA 4IJBA 4JD4A 1A50A 2V2HA 1LOQA 3PBYA 3M6YA 1AW2A 5FEPA 4JYFA 5HNRA 1ZHAA 1TV5A 3NQVA 3QJAA 3TX9A 3HG4A 4MVAA 3BGGA 4M5PA 1OHLA 2X2GA 3KHJA 2YYTA 1XXXA 4UTWA 4LVDA 1ICQA 4RV8A 4I9AA 4ML9A 2QCDA 4LS1A 3JR2A 1HUVA 1P1XA 5F1UA 2BWGA 3S5ZA 2H8XA 2JKPA 2V8ZA 4NXSA 3STGA 5KSWA 3W83A 1NF7A 4OHQA 3B04A 2BXVA 5EMUA 3INPA 1I2RA 3RK8A 3LGEA 1G4SA 4EF8A 2CLMA 3VFLA 2JGYA 4MJZA 2RDTA 3LRKA 5ABTA 1FXPA 4M6PA 1VJIA 2FB3A 2WSRA 1ALDA 4IX2A 5K4XA 4ORIA 1RR2A 1OVDA 4NJGA 1W31A 1SO6A 5CZTA 3W1LA 3NYZA 4LVAA 3TQVA 5EYWA 5D2VA 1EP2A 3ANYA 1RQBA 3R12A 2A4AA 1F6PA 4M7TA 4MFEA 3FIGA 1OK6A 4X22A 5J5RA 3GVGA 3KRZA 3W73A 4JR5A 5K9CA 4O4WA 1X6UA 3MMTA 3G1AA 1IXNA 5BOOA 4UR7A 2QDHA 4FXRA 3BLFA 3NA8A 5CKSA 3NQ7A 2QCFA 4LNYA 5FF7A 3LRLA 2QR6A 1OX5A 2CLFA 3NQEA 2NWSA 2FLIA 5DXYA 3DHFA 4JX4A 1GTHA 1M5WA 1JCJA 3NL6A 4ALDA 4EIVA 3I65A 2DJLA 4JY9A 4BI7A 3PULA 1VQTA 1PVNA 1KTNA 1PHWA 1ME8A 1LBFA 3O63A 4WD0A 4DO5A 5I3KA 4LY8A 4LVBA 2ZRWA 1J5TA 2PC4A 4O11A 4PCFA 3FYOA 2CFFA 1LDCA 4OT7A 1ML1A 4WXZA 3UPWA 2R8WA 4QM1A 4IMFA 5I3IA 1QWGA 3VNDA 2DZSA 4Z0JA 4WOQA 1S5VA 1JULA 3G3MA 1SPQA 3G1VA 2JKEA 4AWUA 4UR8A 3UWQA 3ABQA 4O1DA 3LRMA 4K7VA 1OF8A 3DI1A 1VYRA 3GX9A 1TTIA 4NZFA 4BWLA 4O18A 3TNOA 2X16A 3T44A 2A1YA 3SI9A 4KFPA 2A85A 2PRHA 3CHVA 4DF1A 2FB2A 1O5XA 3IIZA 4NJJA 1KFEA 2QCHA 4XKYA 3WK0A 3GDRA 5AN7A 3A5VA 5FESA 1K8XA 1ME7A 3DGRA 5HULA 3S42A 1JQXA 1JR1A 4KWVA 2G96A 2OX1A 4PODA 5FF2A 3G0SA 4UTJA 1NAL1 3HOJA 2ZZ7A 3FKKA 4JTEA 2GPTA 5D02A 2NUYA 3HBLA 4MLRA 1FY6A 4BWLC 2P1FA 1OFQA 3IIXA 4NZJA 1M7OA 1KM6A 3G22A 3L68A 4RKAA 3KXQA 3DI0A 5AYXA 4QAIA 4O1CA 1T99A 4TX9A 2YFOA 1TJRA 4XTDA 4JYDA 1DL3A 3W3OA 3G1YA 3H54A 4UNKA 4ZMGA 5I3FA 5DCBA 1CX9A 1TO3A 2JGQA 2A5HA 3LBCA 2Z1BA 3DENA 1DJQA 2QJHA 1S5TA 2E77A 3MP4A 4UTTA 2PRMA 1G4TA 4JEQA 1B57A 3IVUA 1A53A 4UTKA 2NZLA 4I7WA 5D2WA 3HQ1A 4P61A 1FCQA 1Z44A 4BFAA 3W2MA 4HNVA 2C18A 4YCPA 4K39A 4FIQA 1TCDA 2CLOA 4MOZA 3CEUA 2QAPA 1GVOA 3T55A 1PE1A 4G1KA 1BKSA 1YDVA 2CLIA 1P0NA 1YLVA 5EPDA 2QCGA 1VCGA 4Y9AA 3W1QA 1JUBA 1YDNA 1DBTA 1OX6A 4NQ1A 2A21A 3LCGA 5J5DA 3ATYA 4X2RA 4A3UA 1LOSA 3PY2A 4PC8A 3B06A 2Y70A 3BO9A 3P61A 3W7MA 4OU1A 4LRSA 1I2QA 3ZWTA 4NXKA 2WV8A 3VKJA 3GLCA 4I7UA 1O60A 3UWYA 2J6XA 1IXPA 3Q58A 2NWRA 1TTQA 3L21A 3CQ0A 1F2JA 4LV9A 1LRNA 2TMDA 3NQGA 4NVTA 4ZQCA 3NL2A 3HMJG 3SIZA 3ZR4A 2CZEA 4B5NA 2GQAA 3NQAA 4N9EA 1F73A 5KZMA 3BLIA 1FX6A 4EVZA 1ZJIA 2RDUA 3CLMA 1VLWA 5IM51 3M44A 4W9TA 2VC6A 3TDFA 5G5IA 1H7WA 4FO4A 1KM1A 2VEMA 4R33A 2Q3OA 1P5BA 3IIOA 2YW3A 1EUNA 4Q33A 8TIMA 1QOPA 3W1XA 4MYXA 4EWND 4YXGA 1Q45A 3WFAA 4L4MA 2VFEA 3BV4A 3QW4B 3MJYA 2DZXA 1P0KA 4JTIA 1M7PA 3PUOA 2PE4A 3LX9A 3G1FA 3W7CA 1W5OA 3G8RA 1XI3A 3N19B 3QM3A 4ZZ9A 3NR0A 3MI2A 1PCKA 2E6DA 1H62A 1H7RA 1LRTA 1WOAA 5FF3A 4C1KA 3P84A 3O07A 3F4NA 3IGUA 2B7NA 2C0AA 3NL3A 4JTKA 3O6YX 3RFAA 4D2JA 1GTEA 1FCUA 1WBJA 4OBTA 3LHTA 3UPBA 2DORA 2AQWA 3GR8A 2ZRVA 1AW1A 4NX5A 4UTUA 1I2OA 3GDMA 4PH6A 2I1OA 1WOBA 5LSMA 6TIMA 3M1ZA 1B3OA 3U6WA 4N6FA 3NM1A 1W56A 3P8JA 3WJXA 1OFEA 1TRIA 1DKWA 1GVRA 3Q94A 4LS2A 5D2XA 3DH7A 4CNOA 3PF3A 1R2SA 3SW6A 1YYAA 3L5AA 7TIMA 3P8IA 4JICA 1KM2A 3W7DA 3TH6A 4JTHA 4N02A 3HIJA 2WO5A 2E6AA 2VXNA 4CLMA 5HINA 3W70A 3DZ1A 4UCGA 1EWDA 1HO4A 3LI0A 5KZEA 2GUUA 4QQ3A 1MZHA 4RCXA 1RQEA 2ZZ2A 1Q6RA 4JNMA 3LTYA 3O6CA 4HIBA 4N4PA 1DHPA 2CU0A 3FJ6A 1ZAIA 3RNDA 2ZZ1A 4UUIA 1F05A 4K6AA 5DN1A 3B8DA 1YADA 4LUJA 3LV6A 4HSNA 4YCOA 2EGZA 5EL1A 3EX4A 1DVJA 3GNNA 2V2DA 2TYSA 3SSJA 3W7JA 3MI6A 1IXOA 1H7XA 4LRTA 1GJPA 5LNSA 4QITA 5F4WA 1X7FA 1H7PA 3MI3A 3QYQA 2NXIA 2NXGA 3W22A 4LU0A 3C3NA 4PA8A 5G2HA 3W86A 4DPPA 3GDLA 2E09A 3NM3A 3P5YA 1S5WA 3PG8A 4GUIA 3DHDA 3A21A 3NQ6A 4WY0B 1KV5A 3I68A 2NLIA 1VYSX 3C2RA 2G95A 2QCNA 4MUZA 4O8RA 4E38A 5C6MA 3LXCA 3NPUA 1TYGA 3W07A 3NQCA 1GZGA 5LGXA 3W1RA 4U28A 5FEWA 3E96A 1FWTA 3PG9A 2J24A 3EWZA 3CIXA 4UFJA 3GAYA 4MKNA 3CWOX 3EXTA 2WSQA 1TIMA 3OEXA 1YXDA 1NVMA 1W1ZA 3I7SA 3LCXA 4IGHA 4O13A 1VS1A 1F76A 3HB9A 2WSYA 2R14A 1O95A 3FOKA 4ZQPA 2EF9A 1DQXA 3W7LA 3NNTA 3SGZA 1B4EA 1TPEA 1TTJA 1ZCOA 5DY3A 4AAJA 3GNDA 2V0TA 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3NOEA 2ABAA 1G4PA 3NG3A 5LKYA 3WK1A 1QFEA 1W5QA 1WXJA 3H53A 2O7SA 3NQ8A 4WQ6A 3T7VA 1SO3A 4Q4KA 4JTJA 1XCFA 2ZBTA 3HGOA 3LCHA 1GYNA 1N7KA 2QDGA 5LNVA 1QPNA 1WX0A 4IMCA 3NEVA 2QJGA 2VEPA 1UUOA 5HJLA 5LHFA 1XBXA 4FNSA 2YR1A 3NDOA 1QCWA 2ZZ6A 4JIQA 4O10A 3TSDA 5AFDA 4UFIA 2R91A 3LM7A 1Q6LA 4BI6A 3PUDA 2ATMA 3E0IA 5F4XA 3W2JA 1L6WA 4P2VA 3L0KA 1HO1A 4LW7A 2YZRA 3TSMA 3HG3A 5AHMA 4CCDA 5C54A 4M7SA 2W0UA 2QKFA 2WOQA 1OYBA 5AHNA 2BTMA 1HTIA 4AMAA 3BVJA 4DBDA 1XUZA 2ZYFA 3A23A 2ZFAA 1SZGA 1XBZA 1TV7A 2WJZA 1LM1A 2DJXA 3B05A 1AG1O 4DELA 5KZDA 5HMSA 1HFBA 2E68A 2RDWA 2YDAA 1ZALA 5D2YA 2DZTA 3LTPA 4LOCA 3W2NA 3IEBA 4WJEA 5CPLA 3DAQA 3OBKA 2XN2A 1PL9A 4AHPA 4TO8A 3TCEA 4UMCA 2Y89A 1X8FA 3BK0A 5MHBA 4JTLA 3TK7A 1KM5A 3IRDA 4K38A 2HS6A 3S8HA 4O0KA 4CQAA 1EWEA 3LLFA 1EPXA 3BW4A 3L65A 2ABBA 2ZA1A 1E51A 3I6RA 3SGUA 1L6YA 4I7VA 2RHGA 1PV8A 5CSRA 1LOLA 1O94A 4DBEA 2X1RA 1FWRA 1D3HA 3PM6A 3PB0A 4O16A 3STEA 3LCLA 3GB6A 2QAFA 1ME9A 2DZUA 3STCA 2GOUA 4NNAA 1ICPA 3THAA 4O1BA 4O57A 4FF7A 3KVMA 4LVGA 4DPQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1AL8A

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