1W5PA

Stepwise introduction of zinc binding site into porphobilinogen synthase of pseudomonas aeruginosa (mutations a129c, d131c, d139c, p132e)
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
330
structure length
321
Chain Sequence
ANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVCLCEFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Synthase
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
publication title Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 125
structure length 321
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2004-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w5pA00
3GKAA 3FOKA 1C8VA 3W1XA 3PBYA 5AC6A 1JCMP 2TPSA 5FEWA 5EL1A 3QW3A 3MI2A 3T4CA 1W5QA 4QNWA 1GQNA 2QCFA 1I2PA 4UR8A 6TIMA 4O18A 3HPZA 5AHIA 2YZRA 4GFSA 3R8RA 3EWZA 3G1SA 4JX6A 3TC7A 4O57A 3HG5A 1EB3A 3G0SA 2OT1A 2E5CA 2H8ZA 1OX6A 1OYAA 2A7PA 3DENA 5DN1A 4FHAA 5HINA 3RLUA 2V8ZA 1LORA 3INPA 4LU0A 5LZLA 1TYGA 4HSOA 1LBLA 4UTTA 1KFBA 2YW4A 3NL2A 2Y88A 4FNTA 2GPTA 2CZEA 2NXHA 1AK5A 2VKZG 4GE8A 4HPJA 5LNRA 2DZWA 3QFEA 4OE7A 1DJQA 4KWVA 4JEQA 2EAWA 3CQ0A 1M7PA 3LRKA 4JX4A 3QQ0A 2QEZA 2QJHA 2B0MA 4MYAA 1AG1O 2ATMA 2RHGA 1A50A 1ZFJA 3GXPA 2DP3A 3G3DA 2VXNA 1JUKA 2H3DA 3MP5A 4UTKA 5G4EA 4LS0A 3I7QA 1SSDA 2QUVA 1YTKA 3OBKA 1A5CA 5AHFA 1TCDA 1PE1A 2DZSA 4M6VA 1TPVA 1OHLA 1VCFA 3L0KA 3OG3A 3CTLA 3WJZA 3WJWA 3U8GA 1ZJIA 4OT7A 2Z0IA 3E9AA 3NQGA 4K6AA 5F1UA 4UCGA 4XWUA 4A2RA 3S1VA 5U4NA 2ABAA 5C54A 4BI7A 4JDYA 1H61A 5K9XA 5CSRA 4OQVA 3ABOA 3MI6A 1LROA 3NDOA 2R94A 2CLLA 2F84A 1P4CA 3GZ3A 2XN2A 2ZA3A 2FPVA 1OFOA 3HOJA 3P84A 4O16A 4N4PA 2Q8LA 3HGJA 2JGQA 4QSHA 4QISA 1ZY9A 3BLFA 4LOCA 2E77A 2X2GA 4MY8A 1HFBA 3PSVA 1C9DA 1T99A 4HNNA 1FWNA 4ZQPA 4DPPA 2BLEA 3ZWTA 5HMSA 2VFEA 1JCNA 1S5WA 1RPXA 8TIMA 5F2IA 3T55A 3NXFA 1ZAHA 4LUJA 1AL8A 1AW5A 1YPFA 7TIMA 1A5BA 4MZ8A 4FNPA 5AYXA 4Z0SA 2C3ZA 4OV9A 1TPB1 4GBUA 1PVNA 4TMCA 1OF6A 4MY9A 3TX9A 1OFQA 1UUMA 5HJLA 2WSRA 1TTQA 5FEZA 4RLIA 4IUOA 4FIRA 2JBMA 4MUZA 4CCDA 1AMKA 5EMUA 4TX9A 1XI3A 3W2LA 1DKWA 1G7VA 1EPXA 2VFFA 3T40A 1EP2A 1H7RA 1W5NA 3HGOA 1JULA 4EF9A 3LV5A 3M5ZA 4XBKA 3KVMA 3GVGA 3EX6A 2B4GA 2I1OA 4U28A 1TTJA 3TIMA 2R14A 1JRCA 3FFSA 3BLEA 1F6PA 2ABBA 5F4SA 3O6YX 3LLFA 3BG3A 5L6UA 3HO8A 4JICA 2ISSA 3EKZA 4JTLA 4EVZA 3B4UA 2EGZA 1VRDA 4NZFA 4UUIA 3W6YA 3O1NA 3CIWA 5BRBA 5K2ZA 5KITA 5LGZA 1KFKA 2WV8A 1PS9A 2PRMA 3DGRA 1KM6A 4ZQMA 4JYDA 2NUYA 3I68A 4RJEA 5TIMA 1G4PA 4XZ9A 2E6AA 4AF0B 1VS1A 4FX6M 4UFIA 1K03A 1KLZA 4NJHA 3H54A 4LVAA 2VOMA 3EXSA 4R33A 5C2XA 4UXDA 3O6DA 3SR7A 4AF0A 4GUHA 3STFA 1OYBA 1RV8A 4NJKA 3NR0A 4FIQA 4NXSA 1X7FA 4A3UA 2EPHA 3HMJG 5K7JA 3QW4B 3W7LA 2PE4A 3MI3A 1H1YA 1IXNA 4AWSA 5KMYA 3THQA 1G67A 2C19A 5FF3A 4QIUA 4IXHA 2QF7A 3FLUA 1WQ5A 2Y7EA 2OJPA 2YFNA 2JGYA 3GAYA 1XBVA 5KZMA 4O12A 3P81A 3LXBA 1GPWA 3NPXA 3O07A 3W7KA 3VCRA 4YMZA 3O6CA 3O63A 3W7CA 3TUUA 4WXYA 4IJBA 5K9CA 3NPUA 2VFHA 4ADUA 3HJZA 3W86A 1ZAJA 4DO4A 4JY8A 3W1QA 1DJNA 3NQFA 1SW3A 5H91A 3CPRA 4I7WA 2X30A 4NUWA 3HQ1A 3S5YA 2WOQA 2ZRYA 4TU1A 5KINA 4LVDA 1EA0A 5E93A 2JK2A 1NAL1 2B7PA 4IMDA 1FCVA 2J6XA 1KM3A 4O19A 1H5YA 2P0OA 4K38A 3CWOX 1IXPA 4HNVA 4RR4A 4DO6A 4RK8A 4Z1CA 4IMGA 3P60A 1W3IA 4HT3A 1B4EA 2VEIA 4O52A 3LCWA 3WFAA 3EKLA 3LTPA 1QNVA 3EX4A 4R34A 1O4UA 3S8HA 3S42A 5DXYA 4MZ1A 2YSWA 3GDMA 1Z41A 3RMJA 1FXQA 1O95A 2PC4A 1FDJA 4HN4A 3F4WA 1FUYA 4K36A 4I7UA 2J24A 1W31A 4HNUA 4NNAA 1ICPA 1GEQA 4MFDA 1IXQA 3PUDA 3TSDA 1K7XA 4O13A 3M5YA 1LBFA 3HPXA 1WA3A 2QR6A 3C2VA 2QAFA 3STCA 3R89A 3DFTA 5DELA 1HG3A 4DF1A 4UIOA 1XKYA 1QPRA 4JNMA 4K37A 1EP1A 3JRKA 4UFJA 3LXAA 2CZ5A 3BGJA 3TJLA 5DCDA 2ZZ5A 3PULA 2DZTA 1W3TA 4IMFA 4DPQA 2H90A 3G18A 3W3OA 4UFHA 3NQ7A 1LOQA 1Z48A 4PA8A 1I2OA 3CU2A 3BG5A 4S2BA 3QSRA 2VFGA 3N2MA 3W2KA 4RZ5A 4ZQRA 1E51A 1LOLA 3TXVA 5LNVA 1X8FA 2Q8ZA 2CW6A 4LVFA 4PEKA 2ZCGA 2QDGA 2ZBTA 1FCQA 1SW7A 3KFTA 4AWUA 2X1TA 3SECA 1Z44A 2JKEA 3L9CA 3UY7A 3N2XA 4N9EA 3NVTA 3PY2A 3LERA 4ADTA 4ALDA 3DBPA 4Z1DA 3P62A 2GQ9A 2ZYFA 1BEUA 3PUEA 3M6YA 3PG9A 4NJGA 3VKJA 3FA5A 5F1VA 4GNJA 2QJGA 3I65A 2ISWA 5KSWA 4E0CA 4KKXA 3C61A 3PS7A 4AAJA 5LSMA 5D37A 4IQLA 3GKFA 3UPBA 1W8SA 1XBZA 3NQDA 3VFLA 1OX5A 3VNDA 4FNQA 5HR6A 2HTMA 4X3ZA 2NV2A 4AHPA 3NO5A 5G1YA 2ALDA 1BWLA 3U6WA 3IGUA 1YPIA 3PBWA 3G1YA 2FPTA 3P5YA 3WK2A 3NM1A 3BG9A 2DU2A 3QF0A 3ABSA 1GVOA 2ATSA 4Q33A 3NQ6A 2A6NA 1L9WA 3JS3A 3C3NA 2GQ8A 1Q45A 3L5AA 3O06A 3W84A 2A4AA 5AHMA 2GVLA 3LCLA 2R8WA 1QCWA 1L6SA 5DBTA 4UTHA 1LRNA 1M6JA 3EX1A 1H51A 1YDNA 5CPLA 1KFCA 3WJXA 3DI0A 2DZPA 4DQWA 2WSYA 4NJJA 3IIVA 4XBSA 4X9SA 4Z08A 1I2QA 1OFPA 5HUPA 2A0NA 2HS8A 3ZWSA 4GUJA 5CZ0A 2P10A 3TU9A 2Z1BA 2X1UA 1TTPA 2J9XA 4JR5A 1FX6A 4DXVA 1DV7A 3NL5A 3LCHA 3VE9A 4EF8A 3HGSA 4E38A 5GVJA 4RZ4A 1KM2A 4M7TA 3G3MA 3TA6A 3SI9A 2PURA 1R2SA 4O54A 3BGGA 3A9IA 5FESA 1SO3A 1W5PA 2NWSA 3CC1A 2G5WA 3DXIA 1F05A 4MY1A 5HULA 4RKAA 2ZZ1A 2YR1A 3C4UA 1YXDA 4O1BA 2FLIA 3UXAA 1J5TA 1F73A 2W6RA 4OV4A 3F03K 1NSJA 1W54A 2Q3RA 5AYYA 3NG3A 4JTFA 3V75A 3TW6A 3S6DA 5E1QA 1OYCA 5CKSA 1XL9A 2ZRWA 3KHJA 2NLIA 2A85A 4JDBA 1FCUA 1CW2A 2WKJA 5A5WA 3CEPA 3HF3A 3TNOA 2V81A 3NA8A 3MO7A 1XDMA 1DOSA 1QFEA 2OCZA 2J9ZA 3PG8A 3MHFA 4H4IA 4HHPA 5C55A 1Z42A 4JTEA 1W56A 2C18A 4CNPA 3DU0A 2Y85A 3FJLA 3TQVA 3O8AA 2V30A 3F4NA 5LNWA 1FWWA 1TPFA 3KX6A 2G96A 5D30A 2CZDA 3IVUA 3TDFA 4AH7A 1B57A 2YYTA 1IIGA 5EA9A 1YDVA 1VJIA 1K02A 4GJ1A 1KLYA 4WZHA 4JN6A 5K3VA 3B04A 2G97A 3A21A 1U5JA 3NAVA 1SQ7A 1CI1A 1TIMA 3LV6A 1GVQA 3C0JA 3S1WA 4JTGA 5HR7A 1I2RA 2QAPA 3FKRA 4BWLC 1XBXA 5CPOA 1AW2A 1XFBA 3LHWA 1RD5A 2QCEA 1VLIA 1GVFA 4PL2A 1C29A 3U2OA 3QC3A 2Y63A 2VFDA 2V2DA 3MP3A 3RNDA 1T0OA 2ZQ0A 4LY8A 2E09A 2H6RA 3Q58A 2VELA 3UWQA 2RDWA 3LHVA 4WQ6A 3NQAA 2WSQA 1KTNA 2V2CA 5EPDA 1ME9A 4JTHA 2B7QA 4AXKA 1O5KA 4PL1A 1D9EA 3KVLA 1FDZA 1EEPA 1PIIA 2QCNA 3TKFA 4JY9A 1SW0A 4ML9A 4NNBA 1WAUA 2Y7GA 1KFEA 1EIXA 4IX0A 3GX9A 3HG4A 1NEYA 4U4MA 4POCA 2O7SA 4NXKA 3W1MA 3W85A 1J2WA 2GJNA 3S5ZA 1DVJA 3PVFA 1FQ0A 1VGAA 1TV8A 3NNTA 3NQ8A 4WJEA 1XDLA 2YDAA 3RLVA 4E2DA 4UTJA 3EWXA 1WDWA 5I3HA 5LNSA 3QRHA 1OFRA 3CHVA 3P82A 1W37A 1VYRA 1R47A 3GK0A 2QCCA 1GWJA 3P74A 1D3HA 2BWGA 1OABA 1FDYA 4FB7A 5KZEA 1NVMA 2QJIA 3T7VA 1SPQA 2ISVA 3IEBA 4KFPA 3QEZA 3UYCA 2F7FA 4MOZA 4WOQA 1NF7A 5DLCA 4JYEA 1P0NA 1P0KA 3SGUA 1VR6A 3ATZA 3GDKA 2WO5A 4KWWA 4XQ6A 2CU0A 1RQBA 3TROA 2E6FA 4WD0A 2H3BA 3LCIA 3W1NA 1O60A 1OG0A 4PFMA 1TPDA 4NX5A 3P5ZA 4DEFA 4ZVJA 3B0UX 1G4SA 4BWLA 5AFDA 3W7JA 1T8XA 3QJAA 2UV8G 1G7UA 1MZHA 2BSLA 3W72A 4MZYA 4NX0A 3ATYA 3BK0A 3GNNA 4AHQA 5D33A 1DHPA 3CT7A 2ZRZA 3CM4A 3H55A 1H7NA 2CWNA 1JQXA 1YTEA 1YYAA 5HWNA 3G8RA 2YW3A 5I3KA 2IQTA 1T96A 3TMLA 5IM51 1Y0EA 4S1FA 2WJZA 4LVBA 2I14A 3KOFA 1MO0A 2P1FA 3L0GA 2Y6ZA 1QDSA 1VZWA 1DL3A 1TPH1 3W7OA 2V9DA 2CZFA 4NZJA 3RFAA 4Y8FA 1R2RA 3TJXA 2NX3A 1IF2A 3TAKA 2QUTA 3NPWA 3G0UA 4CQ8A 1H50A 4YCOA 3CEUA 1RQHA 4K39A 1FY6A 1KW1A 1KM1A 1G6CA 3IIXA 3QM3A 4WX2A 1DORA 2ZTJA 2FPYA 4UTWA 3S5OA 3QMRA 2Y7DA 5G2WA 1QPOA 2C15A 1LBMA 2YPIA 4GRSA 1XC4A 3UWUA 4O0KA 5G2IA 4FO4A 2OMAA 4TMBA 5FF4A 3S1UA 4A2SA 1TJPA 1QOQA 1OF8A 3LHYA 1ALDA 1OVDA 3PBVA 2HMCA 2C13A 5A8GA 3W9ZA 3WK0A 3TC6A 3NQVA 3WK1A 3TFCA 1KTCA 2Y62A 4O1CA 3W1TA 4PCFA 1N55A 4ZZ9A 1FCBA 3W1LA 3NOEA 1ZCOA 5AC8A 5J5RA 3FYOA 1LZOA 2ZA2A 1VYPX 2QCDB 1XBYA 1OX4B 5D2TA 1Q6RA 2ZZ2A 4LV4A 1FWRA 3W7GA 3KXQA 1EWDA 3KAOA 3DFOA 4LUIA 2H8XA 2QCHA 2QCDA 3G1XA 2RH9A 1OX4A 1K7FA 2B7NA 3M1ZA 3MWAA 4W9TA 5AHEA 3OVRA 1KA9F 1GT8A 1W5OA 5I3JA 3EX2A 1I8JA 1B3OA 3BO9A 1EWEA 1OFAA 2E1DA 3UY8A 2FQIA 3IRDA 5HUOA 3DKLA 4JTKA 4JTSA 5BMWA 1SO4A 4MLRA 4O53A 1GVSA 1W1ZA 3HPSA 1SR9A 4GUFA 4JTJA 4JXCA 5LGXA 1F5ZA 4FNUA 4UMCA 2RDTA 5G1TA 1TPUA 3DZ1A 3W76A 4CQAA 2ZRUA 1SO5A 4XKYB 3GDTA 4DBDA 1QAPA 3QH2A 3MMTA 3OEXA 3MBDA 2YGYA 2LLEA 4A22A 4XTIA 2TMDA 3LCXA 4XKYA 3NZRA 3IGXA 4MVAA 5BNKA 1OFBA 2KZHA 2GVJA 5C5YA 3I7RA 4O8RA 2JKPA 5CPNA 3WJYA 3LBMA 3BW3A 1TREA 5K9DA 2WQPA 4BK9A 1RZMA 3FS2A 4OU1A 1UB3A 1UJPA 1LLZA 4DO5A 2DORA 1H63A 1B9BA 3GXNA 3ZFHA 3L67A 2Y89A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C8V A;  4A6G A;  1LT7 A;  1OIN A;  1JCM P;  5FEW A;  1FHL A;  3T4C A;  4L1W A;  4YYF A;  5I78 A;  1XV8 A;  2QCF A;  2IUZ A;  3LQG A;  4NP7 A;  1TMQ A;  3G2G A;  3GDB A;  3HPZ A;  4JKM A;  5AHI A;  2YZR A;  5TNV A;  3G1S A;  3GXI A;  3QV8 A;  1MUW A;  1OYA A;  2RUS A;  3HV9 A;  1WP6 A;  3NXL A;  1LT8 A;  2V67 A;  2HZG A;  3EOS A;  3PZV A;  2Y88 A;  4WJ8 A;  2GPT A;  4ZFM A;  3GWQ A;  4GE8 A;  5LNR A;  4B5V A;  4CD4 A;  4KWV A;  4JEQ A;  2EAW A;  3CQ0 A;  1M7P A;  3F4C A;  4R88 A;  3TTS A;  2QIW A;  1B3X A;  2ATM A;  4RZB A;  3WF4 A;  2H3D A;  1R86 A;  1EJX C;  4CNT A;  4UTK A;  5G4E A;  5M17 A;  3BMV A;  4BJH A;  3E2Q A;  1SSD A;  2QUV A;  3OBK A;  1A5C A;  3WDI A;  2OTD A;  1TPV A;  3VIM A;  3L0K A;  1WB0 A;  3OG3 A;  3WJZ A;  3E9A A;  1AJZ A;  1I0B A;  4GIA A;  1A5N C;  3HTW A;  1UWQ A;  3AS2 A;  3B8I A;  4A2R A;  1GOO A;  2PWU A;  5AVH A;  4JDY A;  5K9X A;  1JNE A;  5CSR A;  3MI6 A;  3CV7 A;  2IQ0 A;  3PPG A;  3CQK A;  1CDG A;  3AIR A;  5GJP A;  4HCD A;  4KCT A;  2XN2 A;  4NZ5 A;  2ZA3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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