4PMRA

Crystal structure of the mycobacterium tuberculosis tat-secreted protein rv2525c in complex with hepes (monoclinic crystal form ii)
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
204
structure length
202
Chain Sequence
SLGTLLDYAAGVIPASQIRAAGAVGAIRYVSDRRPGGAWMLGKPIQLSEARDLSGNGLKIVSCYQYGKGSTADWLGGASAGVQHARRGSELHAAAGGPTSAPIYASIDDNPSYEQYKNQIVPYLRSWESVIGHQRTGVYANSKTIDWAVNDGLGSYFWQHNWGSPKGYTHPAAHLHQVEKRKVGGVGVDVNQILKPQFGQWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Unknown function
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tat-secreted protein Rv2525c
total genus 79
structure length 202
sequence length 204
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08924 DUF1906 Domain of unknown function (DUF1906)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmrA00
5F7UA 4BF7A 3QOKA 1EDGA 3VNZA 4GKLA 3WIJA 3CMJA 3WQ8A 4KRUA 2BY0A 1QOXA 2EPMX 1MW2A 3OLGA 1B1YA 4NZCA 2VMFA 2CBIA 1CGYA 2DQXA 2CESA 2F2HA 4TX6A 1FHDA 1EO5A 1BSIA 3WH6A 3UEQA 1XSKA 1W91A 1OWQA 2OWWA 5I24A 3FN9A 2VX6A 1B3VA 2O9TA 4D71A 1R86A 1R87A 1PAMA 3CUGA 1HL9A 5JBEA 4UFJA 5A6KA 1GZJA 5DF0A 5GNXA 3TONA 1W2VA 4M1RA 5A6BA 4F8XA 1B3WA 3CZ8A 1R7AA 1B9ZA 3N17A 2VUYA 4MB3A 5HPOA 1GOKA 4MAVA 1UR4A 4GO8A 5CLTA 2PWFA 4CN4A 3S2CA 1W2PA 2Y8KA 3AMCA 4OJYA 3W4RA 5AY7A 8A3HA 3M7SA 3AYRA 3FAWA 1W1TA 1ZBVA 2J4GA 3DHUA 3O2LA 1PZ3A 3K8MA 3ARZA 2DSKA 5A6AA 3O9NA 3T0AA 2W66A 3GNPA 5HDRA 4B16A 3CUHA 2DSUA 2IXVA 5FOOA 3WQVA 2NSXA 3GNOA 2CETA 1KB3A 5AYIA 5I23A 2YDQA 1FH8A 4D72A 4AD0A 1PIGA 4S3KA 2X09A 2ZUSA 3VOCA 3WQ6A 1VENA 4JKKA 2WVUA 4OUEA 4MJ2A 4PMZA 5BCAA 5ABGA 1JYNA 4ATLA 2FH6A 3PBGA 4KGLA 4PSRA 1HIZA 4CCCA 2XFFA 2ZXAA 1XC6A 4GZJA 4L4PA 3CZKA 2DH3A 2DIJA 2ZWYA 4FF5A 3VGDA 1G0CA 1V6YA 1HL8A 5KEZA 2AMGA 3VILA 1DWFM 1DHKA 1JZ6A 1OSEA 3CUIA 3BAWA 2DDXA 1ISXA 4KWUA 4W8LA 2J7CA 1EA9C 1FA2A 3RM4A 5CSUA 4AEFA 1KCLA 1WPCA 3LPPA 3K8KA 4F79A 1VFMA 1H41A 2AAAA 3VNYA 3NCOA 1HKIA 5D9OA 6A3HA 4W85A 2J7DA 4Q7NA 2J25A 1ESWA 3GH7A 1QNPA 3TTOA 5TD4A 3W37A 3GH4A 1CXIA 2PC8A 3SUVA 2O9PA 1EDTA 1UD2A 4WKAA 4UQCA 1MXDA 1XHGA 4AZ6A 2WHMA 1W3KA 2XIIA 1B90A 1GQLA 1PX3A 3WF0A 3CH9A 4J3XA 3W28A 3ZQ9A 1H09A 2GK1B 3B9AA 4PMQA 4PTVA 2JIWA 4HTYA 2VRQA 2YLAA 1R7OA 2ZXBA 3WKZA 3VM5A 7TAAA 2D0GA 3GXDA 1E6ZA 2GJPA 4XV0A 1VB9A 4IPNB 1JDDA 3GNRA 4MB5A 1OT2A 1OGSA 5A8MA 4AW7A 2WMFA 1PIFA 3WNNA 1GJWA 3SCRA 3N13A 3WSUA 1UUQA 3ARRA 2PWGA 1Q4NX 2GJXB 3L4ZA 5CJ5A 1RP9A 2UY2A 3ARWA 3AIBA 4GQQA 3AXIA 4W93A 4YHEA 1ISWA 4IUGA 1XH1A 3MO4A 2OWCA 1EOKA 5A8NA 1GVIA 3BXWA 1MYRA 2GJRA 4MNMA 2WZIA 1V3JA 1V3KA 4PUEA 3MMUA 3MSGA 3L4TA 5A8QA 3GM8A 4F9DA 3VINA 2WC4A 5A95A 2BV9A 3W26A 1QHZA 1BTCA 3T09A 4K68A 4AYSA 1BYDA 1RH9A 1SMAA 1ZBKA 2VOTA 1MXGA 3AICA 4HU0A 3VIJA 3DYMA 5JUVA 1HKMA 2YL9A 2QPSA 4AISA 1GOMA 4Z2JA 5A2AA 5ABHA 3WDRA 4CD5A 3WN6A 5ABFA 1KBKA 1OGGA 1WCGA 1MQRA 2WW5A 2EPNA 1VJZA 5I3DA 3GDBA 4JFSA 5A8OA 1AMYA 3VMPA 4KRTA 2W67A 3BSGA 1R85A 3LMYA 3SUUA 2X0YA 2CBUA 2G8ZA 1C92A 3KL5A 4L4OA 2PBOA 3KWXA 1E6XM 1NWRA 1PX8A 3FNDA 2E9MA 1CZ1A 2A3EA 1K9DA 5I77A 4DUWA 1B0IA 4JAWA 3WF3A 1A3HA 2DT1A 4AC1X 1YQ2A 4MB1A 5IFPA 3FHQA 1UD8A 3WEOA 4W86A 2E3ZA 5C71A 3BAJA 1XYFA 1HVXA 4MNLA 4PMOA 4BCEA 2JF6A 2WB5A 1EOMA 4UQDA 3BCDA 2Y2WA 1UWUA 3DYPA 4RE3A 1CWYA 1V0NA 1GVYA 3WBAA 3GXMA 5CPTA 4AZCB 5CG0A 1NOFA 2OYLA 4WLCA 4C7DA 3ZOAA 1P6WA 1XCWA 4HZ8A 5CPSA 2J7FA 2YBUA 2WZHA 2D20A 3CHDA 4R5EA 3N1AA 3ZIZA 4Z2KA 1QNQA 4M24A 3WY1A 4DM2A 3VVGA 4LQ1A 2ZXDA 3TA9A 1UQZA 4ZXLA 2YOCA 5JBFA 2DSVA 2YJQA 4UQBA 5IHSA 2EXOA 2WVTA 4U31A 1E3XA 1EO7A 4UQAA 2WNWA 5CLWA 2YA0A 3EMCA 2WC7A 3PZOA 4E4PA 2OSYA 1Z32X 2D1ZA 3BLPX 2E9BA 2RGMA 1UH2A 1C7TA 1KQYA 2E0PA 1JAKA 2WXDM 1WDPA 5BRQA 3CMGA 4EE9A 4JCLA 3BAYA 1H11A 1B3ZA 1HJXA 1RPKA 3WUBA 3F5JA 3FY1A 4MJ4A 4W84A 4LYPA 1EQPA 1AVAA 1UH4A 2QMKA 3WFZA 4WJXA 4U5IA 1TA3B 3AIRA 3QR3A 3N11A 2CHOA 1GJUA 4BQ4A 1HKKA 3ZT7A 3VGFA 2EPLX 2YA2A 7A3HA 4UR9A 4UCFA 4M80A 1SMDA 3MSDA 1E1FA 3WBEA 3UETA 3RPMA 3ARTA 4HPHA 4M56A 1EXPA 3PZVA 1CXLA 1BQCA 1KBBA 4X0NA 1NP2A 4QCEA 2UY5A 5C8BB 4TX8A 2Y4SA 3KE0A 4BZYA 2WZEA 1QBAA 3AS0A 4J3UA 1W1PA 2BY3A 4QCFA 4X0VA 3VKKA 2GFTA 4D6CA 3MUY1 2BHZA 2O9OA 1GPFA 3A4AA 1HP5A 1LJYA 5C70A 1DTUA 3RMEA 1KXHA 1SFSA 1TVPA 4MAZA 2OYMA 4W89A 1GQKA 1UD5A 2GDVA 3L4YA 3ARUA 4UZSA 3A6OA 3PZNA 2W4XA 1C3FA 3WDIA 3W38A 3BAIA 2AOSA 5BRPA 1NM9A 1DEDA 3PZGA 4JFTA 3AHXA 3PZ9A 2VZUA 4PMRA 1NWSA 3UESA 2XM1A 2W61A 3NUKA 3MUAA 3AHVA 3WH5A 1ITCA 2J74A 3ZJ7A 3WUEA 3UG5A 1W3JA 2VL4A 1NP0A 5ABEA 1JFHA 1UA3A 4UFMA 1H5VA 3VIOA 4XZWA 2WSPA 3DC0A 4AZ7A 3IAPA 2FH8A 4E8CA 4JL2A 3II1A 4Z2IA 2VTFA 1UZ1A 2J77A 4MADA 5LA1A 4UFIA 1W9PA 1WB0A 4PBGA 1JF5A 1V0LA 6TAAA 1HVQA 3SCQA 3ZR5A 3AFBA 1UD6A 4MDOA 4OBSA 3QGVA 3IAQA 1W9VA 5DT5A 1A47A 4MPKA 2ZUTA 4J3WA 2FGLA 2XVKA 3BMWA 2QV4A 2NT0A 3B9DA 3WENA 4Q22A 3ZSTA 4AD1A 3AZSA 1H49A 1WO2A 3OG2A 1MVYA 3WD3A 2J75A 8CGTA 5FKYA 2CBJA 1UR8A 1UR2A 3CGTA 1EHAA 2HISA 2BHYA 1VAHA 2BVYA 1GNXA 2W62A 4JKMA 4N42A 5A6BD 4A3YA 4HOZA 3KL0A 4QLKA 2IUZA 2XGIA 4W7WA 1WNOA 3ECQA 1XH2A 2CEQA 3K8LA 1W32A 2VQTA 1WZAA 4HMDA 2GSJA 1E0WA 4CCDA 1OD8A 2WC3A 1JI2A 1JDCA 1H2JA 1HJSA 3SCPA 3VDCA 4BS0A 3SEPA 3FXYA 1U30A 1UOKA 4PTWA 4C7GA 4OBRA 1BF2A 2DEPA 2PWHA 1J11A 2VO5A 4ATWA 2WCAA 2J62A 3VGHA 5KZ6A 2G3NA 2ZX8A 1H1NA 1LWHA 1XV8A 4CN6A 1V03A 2G4FA 2XYLA 4LXFA 2CNCA 4GI9A 4CD6A 4U3CA 2OSXA 1XD0A 3HJEA 1K9FA 1UWTA 1CXFA 1V08A 2W63A 1W3LA 4AZBA 1ZU8A 4AMCA 3UERA 1CLXA 2ZX6A 1J0IA 5I0DA 3BC9A 3GXIA 3AQUA 2D2OA 4AZIA 3RCNA 3N04A 4FLOA 4LYRA 2XSAA 1KCKA 1V3LA 5E9AA 4U3AA 3LPGA 1UKQA 1PJ9A 1JF6A 2VZVA 3SIMA 1YHTA 3RO8A 1JGIA 3SCTA 1VJSA 1O6IA 3PTMA 2Z1KA 3ZO9A 1EHNA 4OIFA 4W5UA 2BHUA 1X1NA 1GOIA 4P7NA 4A3HA 5HOSA 3VX0A 4D6GA 1EGZA 2XJ7A 4PRWA 1QI3A 3KL3A 3AMKA 1CGUA 2E9LA 1J0KA 5FD0A 4F9JA 1AQ0A 1OM0A 2YIHA 4CCEA 1XH0A 2YDRA 4U5KA 4LX4A 1I1WA 1V3IA 1OINA 3VGEA 2WVVA 5FIPA 5IFTA 4AZGA 4Y7EA 1OGBA 2YL5A 2J7BA 1G9HA 5EFDA 1E43A 3NIYA 1E6NA 3QOMA 3JUGA 3WNPA 3UG3A 3VGBA 2A3BA 3WQ5A 4NRSA 3NJ3A 1JZ5A 1KQZA 3RM9A 3U7BA 4M8UA 1BHGA 2EQDA 1BLIA 2ZUMA 4PTXA 3ZJ6A 3OBAA 2F61A 2GUYA 1J10A 2UY3A 4JFVA 4ML4A 2J79A 1BG9A 3L4VA 3CHEA 5A8PA 3DECA 3W81A 2JE8A 1JNEA 3AHYA 2ZE0A 3AS2A 2A3HA 3I3DA 3NSMA 1W9BM 3WH9A 5CGMA 4H04A 1J9YA 2VCAA 3OGVA 2DT0A 3W27A 4GXPA 2BFGA 3AZTA 4ACYA 2J47A 1ZL1A 4ACZB 1MQPA 2O92A 4CVUA 1NWTA 1E9LA 4MDPA 1E4NA 4V28A 3WMBA 4JFUA 3VDAA 1MWOA 3VD9A 1FH9A 4D6EA 2XM2A 1OIFA 1FFQA 1NOWA 1RP8A 1DWHM 1V6VA 1E55A 4ZENA 5CSYA 5HBFA 1E71M 1UKTA 3BSHA 4GZIA 3L4XA 1QI2A 3MMWA 1BAGA 3IANA 1QPKA 1E3ZA 2D3LA 2XWDA 3MV11 2V5CA 2ZICA 3TTQA 3AMDA 4QLLA 3WL1A 3AXXA 3SUTA 1M01A 3EMQA 4WSKA 3AOFA 1ZS2A 2WMGA 5FCZA 4QAWA 3U5UA 1JXJA 2OSWA 1F4AA 1L0PA 2PBGA 3IJ9A 1IT0A 2D0HA 4LYQA 2XVLA 2GVYA 3CZGA 4JKLA 2WHJA 4IM4A 3EBVA 3MS8A 1I1XA 1ZBCA 5BROA 3CIVA 1Q6GA 4GIAA 1TFVA 1V0KA 1UR0A 2WVSA 3HMCA 1GCYA 5I79A 2CYGA 3POCA 1R8LA 3ARYA 1G01A 2VRKA 4J3VA 4TVUA 4W7VA 1HP4A 2G3MA 2VT0A 3A47A 3RDKA 1NARA 4XB3A 2YDSA 1E6QM 3PHAA 3ZT5A 2DSWA 2X05A 1H4PA 2ZUUA 1PPIA 3CHFA 3W6MA 3AZRA 1BYBA 1C8XA 3WEZA 4W5ZA 4H7VA 1EQCA 2V38A 1LWJA 3QHNA 3WQ4A 4X9YA 1E6PA 5D9NA 2FGZA 2JALA 4W7UA 1VF8A 2XWEA 2CPUA 1BGGA 4PCSA 1WAWA 2EPKX 3WDPP 2O9RA 3GYCA 4AIEA 2NT1A 2QHAA 5IDIA 3WH7A 1QNSA 4CD8A 2WBGA 3EDFA 2TAAA 4AD4A 2XFYA 4W88A 2Y24A 2C0HA 4V2XA 2YA1A 1J0JA 1EIBA 4DWSB 1CXKA 1J12A 4C7FA 1LF1A 2RGLA 5I2UA 2IXUA 4P7RA 1QI0A 2B31A 1KGUA 3WNMA 1J01A 5CPQA 1NH6A 3AIEA 1V3HA 2XUCA 3IJ8A 3K4DA 3VD5A 2PB1A 5D8WA 4DUVA 2G41A 3VO0A 4FK9A 3VD3A 1HKJA 1JZ4A 4NRRA 3U7VA 4BA0A 3BCFA 3EDEA 3ZT6A 1BYCA 4CKQA 1AQMA 1V0MA 1BGAA 2VZSA 5I78A 1OIMA 1GORA 2QMJA 3CUJA 4PUDA 1ISZA 2XIBA 3BAKA 1E0XA 3VMOA 5E6ZA 3N15A 1HN1A 3T0BA 3PTQA 4XZBA 2YLLA 2V3FA 1V02A 1E72M 1D2KA 3NYDA 4PCTA 4PMYA 2WMKA 3S6TA 4PN2A 2BNJA 4UQ9A 2PWDA 1KR0A 4A4AA 1XRVA 2DT2A 1QNOA 3A3HA 4OKDA 1J0YA 1E4LA 1E1EA 4URIA 3THCA 2J8FA 3VPLA 3IK2A 5LYRA 2ZX7A 2WPGA 3CZJA 1US3A 3K1DA 1LL7A 2GK1A 2WMIB 5LA0A 2XVGA 1ODZA 1IV8A 3RIKA 1W3HA 4QDMA 1JIBA 2X8RA 1CENA 4GI6A 5D9PA 4H8HA 3VIHA 1FOBA 3SUWA 3QHMA 2ZUWA 3MMDA 4JCMA 1UR9A 1C8QA 1V6UA 5IXEA 4CUCA 1TR1A 4DWSC 1KGXA 1UD4A 3MUZ1 2ZXQA 5BWFA 1FP9A 2GJXA 3PZIA 3WD4A 3E1F1 1XCXA 2ZUNA 3N9KA 4HZ6A 1UQYA 3VUPA 4WK9A 2WM0A 1VBUA 2BXZA 1MFVA 3W0KA 3L4UA 2NW0A 1QVBA 4CGTA 2JEQA 3AYSA 3WL0A 2G3JA 1CYGA 4P8VA 2VJXA 3IJ7A 1NQ6A 2D23A 4LGXA 4Z2LA 3GBEA 4TTGA 3CBWA 3LPOA 5IHRA 4V27A 3T08A 2PWEA 4E8DA 1BVNP 1D3CA 1WZKA 2QPUA 3VDHA 1AQHA 3F5KA 2VX4A 3MUIA 1SR0A 1B3YA 4RL3A 4HZ7A 3MKKA 2G3IA 3ARQA 1GW1A 1B31A 3MANA 2CKRA 3CO4A 1UKSA 4D1IA 2OLHA 4WSJA 3APGA 3G6LA 1W1YA 4PMXA 4DM1A 4J28A 3TP4A 2W92A 3ALFA 2JFEX 4EKJA 1VRXA 2WAGA 1LL4A 4UOZA 3FAXA 4D1JA 3ZMRA 3VGGA 2J78A 2V3DA 4DWSA 1TUXA 4JHZA 3UR7A 5JBDA 3PZTA 4TXEA 3FW6A 3HU7A 1W9XA 1J0ZA 1JD7A 3MV01 3POHA 1GQJA 4GPNA 1CBGA 1JAEA 4YN5A 4WKFA 4BQ5A 3WMCA 4H8UA 2VURA 4CVWA 2VZOA 3NSXA 2XSBA 4PMUA 4AZCA 4H41A 1ITXA 1B2YA 1OT1A 3WUFA 2Y5EA 5FL1A 4OOUA 1V3MA 1CEOA 3AS3A 4R27A 4JHOA 1CIUA 1VEOA 3T2OA 5HXMA 1JXKA 1KXQA 4UQEA 1KXTA 3OGSA 5DO8A 2VR4A 1VFUA 3VD7A 2ZIDA 3OA5A 2XPKA 4UFHA 4AZ5A 4Z2HA 2CITA 7CGTA 1M53A 2ZUVA 2EBNA 3ARSA 3VU2A 5E6YA 5CGTA 3OLDA 3GH5A 3GTNA 4AEEA 1HJVA 5D9MA 5I6SA 5M5DA 3W24A 4MTVA 1UWRA 1IZKA 5A6MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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