1SZFA

A198g:l230a mutant flavocytochrome b2 with pyruvate bound
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
412
structure length
395
Chain Sequence
GETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATGLCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTAASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFSNGASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Altered Substrate Specificity in Flavocytochrome b(2): Structural Insights into the Mechanism of l-Lactate Dehydrogenation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cytochrome b2, mitochondrial
total genus 131
structure length 395
sequence length 412
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date 2004-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00173 Cyt-b5 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1szfA01
1F76A 1OX5A 1S3HA 2CWNA 1ALDA 4MZYA 1DVJA 1OABA 3L67A 4MY8A 1WOAA 5F4XA 4JY9A 3O63A 1HTIA 2P0OA 1DV7A 4RV8A 2GVLA 2RDTA 3S1WA 1ML1A 3B04A 3LRMA 3P62A 3L9CA 3W86A 1ADOA 4UFIA 2CFFA 4WX2A 1IXQA 4A2SA 3G3DA 3LDVA 2YW3A 1XUUA 3HBLA 3S6DA 3CWNA 2EGZA 2GQAA 3A9IA 1JCNA 1KFLA 2NV2A 2VEPA 1ZENA 3THAA 2JGQA 4AWSA 4IMEA 1PHQA 2PE4A 1Z42A 3W72A 1OJXA 4CCCA 3DFSA 5DELA 1NVMA 3TUUA 1Q3NA 4JTIA 1EPXA 3EXTA 1M6JA 5CZTA 4HSNA 3ZWTA 4AHPA 1MXSA 3UWUA 2H3BA 4IGHA 4IQLA 1H7OA 5EMUA 2X1RA 3LV5A 4PODA 3GXNA 5HUOA 5F2GA 4P61A 3MJYA 5CZ0A 3G22A 3MHUA 4ADTA 2FFCA 2GPTA 2A7RA 3LOTA 4R34A 1OFDA 2DZPA 4YMZA 1O94A 5K9CA 4JTUA 3EWUA 1OX6A 3IVSA 4M6QA 3DGRA 5HMSA 5GVJA 1KLYA 1QWGA 2G95A 2TYSA 1WA3A 4IMCA 2BLEA 5F2LA 1PIIA 2EPHA 4OU1A 3MI2A 4KWWA 1W0MA 3MYPA 4B5NA 1H60A 1OYAA 4LC8A 3KOFA 4LUJA 4O15A 3S8HA 4CNPA 2GVJA 4IMFA 3MP3A 4TU1A 4TR9A 3WK3A 5FEZA 1KFKA 4D2JA 3BGGA 5AYYA 3WFAA 1YPFA 2ISWA 4NJHA 3HG3A 2ZYFA 1EB3A 4HSOA 2E68A 1K7XA 4UFHA 4XTDA 2Z6JA 3TMLA 3UQNA 4AMAA 2I1OA 4DBEA 4BWLA 3Q37A 3M47A 1KBJA 2A85A 4UTWA 2TMDA 4CLMA 1LBFA 5LHFA 3LHZA 5LSMA 3HPXA 3UWQA 3LCHA 3PSVA 1KTBA 2OT1A 4H4IA 1FY6A 2Y7EA 3FYPA 3G1FA 4RXGA 3QMTA 3W1NA 1C9DA 4FNSA 3W22A 1XL9A 3GKAA 1N8FA 2YR1A 3LI0A 3G1AA 1V5XA 3PBVA 4G1KA 4UTTA 2UV8G 2E09A 1E51A 3LM7A 3ANYA 4AH7A 1J2WA 1GPWA 4NX5A 1ZFJA 2OCZA 1TV5A 3NQFA 4UMAA 1TPWA 2P10A 3E9AA 3KVJA 3W88A 1D9EA 3TMQA 4QNEA 4O8RA 3QEZA 1R2TA 4OGZA 1G67A 3PR2A 4JIPA 4I7WA 1JCMP 5SWUA 1KFEA 4JX5A 4GUJA 4UTLA 1GTHA 3G24A 4X22A 3TA6A 4XQ6A 4DO6A 3UXDA 3QZEA 1VCVA 3S0CA 3W7QA 3BARA 3LTSA 1GT8A 1LP6A 1VLIA 3CWOX 1KFBA 2NX3A 4MY9A 1GVQA 1KM5A 3FS2A 1A5SA 2FPTA 1IF2A 4ADSA 3SW6A 1KLZA 2TRSA 3W2LA 3IIZA 5KSWA 1NSJA 1BWLA 1JCLA 1LOLA 3NPUA 3W1TA 2J9ZA 2A0NA 5LZLA 4Y8FA 1JQVA 2E77A 3LERA 1KM2A 1T0OA 4CNOA 3H53A 3C2RA 4N9CA 1W1ZA 3QMRA 1RV8A 4JDBA 4MPQA 4HNTA 4AWTA 3TXZA 5AC7A 4AF0B 3QH2A 2WSYA 4JTKA 3LCXA 4O4VA 3TCEA 2C1HA 1O5KA 5CZJA 1UUMA 1KFJA 3EX6A 4NQ1A 4LRTA 2ZRUA 5LNWA 3VKJA 3W2MA 4R7JA 3MW7A 3B0PA 1LOQA 2B7OA 2RFGA 3O8AA 4N9DA 1EEPA 4MLRA 2A4AA 1FWSA 4GBUA 2X16A 1EA0A 1H7NA 4BK9A 4OHQA 4EF9A 4E0CA 5AN7A 2VEMA 1XDLA 3N14A 4N6EA 5D37A 4JIQA 4XWUA 3EWWA 1P5BA 3KHJA 3IIVA 5K9XA 5K3VA 1GYLA 3W2KA 5DCDA 3W7CA 2PRHA 4NJJA 5HWNA 3LCFA 3GAKA 1U83A 2WOQA 5DY3A 1F5ZA 3S1XA 4AAJA 1KBIA 1SO5A 5FF4A 1VYSX 2BWGA 3STFA 4O10A 3UWVA 4O1DA 3CEUA 1YLVA 3CU2A 3MYOA 3TJXA 4RZ5A 3PSWA 3W6YA 3O16A 4K37A 4UTMA 3QW3A 2FJKA 3W1QA 3I68A 3NR0A 2NXIA 1H7XA 1HUVA 1KW1A 4FNPA 1GG0A 1GTEA 1RQHA 3G1SA 1OX4B 2WNZA 4JY8A 3W7NA 2VFEA 5FEPA 3W3OA 2YZRA 3L66A 3M0ZA 2WNNA 3UNDA 2VEKA 3M7WA 3QSTA 5AHNA 1SW7A 3S5NA 1I8JA 1TV7A 2C14A 1FDYA 4WJEA 4RX0A 2X1SA 1C29A 1TYGA 5TBOA 3FOKA 4LRSA 1FCUA 1FWNA 1OK4A 3O05A 4DF1A 3M5XA 3GAYA 2H8ZA 4Z0JA 3CIXA 2V2DA 4NT0A 3E49A 1BEUA 2DZWA 1SO6A 3M44A 2DJLA 3GK0A 3GDMA 5TIMA 3W7JA 3NQVA 3M16A 2GQ9A 5D33A 5KZDA 4UFJA 3UPBA 1EP3A 5DBUA 1WXJA 3EX1A 1GVOA 3L2IA 1TPVA 4UR8A 1K7FA 3O6CA 1FUYA 3BLEA 2E5BA 2QDHA 3I65A 3MP4A 4M7TA 3NQCA 2CLOA 2NZLA 1Q6LA 3G8RA 5AHEA 2YW4A 3TU9A 1OX4A 1W3TA 5EBUA 4UNLA 5D2XA 1EIXA 1EWDA 4LT9A 3A24A 4R53A 3QQ0A 5I3GA 2NV1A 1F6PA 3W7GA 4IXXA 2GJNA 3L5AA 4A21A 3RK8A 1DOSA 5F4SA 4NNCA 4NNBA 2NXHA 3TSBA 5IBXC 2ZDRA 2CZ5A 1QPQA 4O19A 1P4CA 3TQVA 5LNVA 3UZJA 4HHPA 2CU0A 1FDZA 1EP1A 3BO9A 4O52A 1UB3A 1ICSA 2ATMA 2VKZG 3GVGA 4CCDA 2ZZ6A 1SR9A 2VFIA 3NQ2A 3DXIA 2YFNA 4WZHA 2QUVA 3EKLA 4WUIA 5F2MA 3PY2A 1TRIA 5FF3A 5K4XA 3MWAA 5G5IA 4E38A 2I9EA 4N9BA 4FEZA 3TNOA 1DHPA 4TX9A 1OG0A 3DKJA 3DFTA 1RZMA 3C2EA 4DQWA 3W07A 1K3UA 2BTMA 5HUPA 4UFMA 4UXDA 5BMWA 3TQ0A 1UBSA 4O54A 2A2IA 1OYBA 5HJLA 4EF8A 2J9XA 5HR6A 3GZ3A 3NQ8A 3OVPA 5FF2A 2NLIA 3U2OA 3L68A 4QIUA 4Z1CA 4K8HA 3GYEA 3TSMA 2QAPA 1GVSA 2D73A 1SZFA 3HIJA 2ZRYA 3R5EA 1VLWA 4MZ1A 2CLKA 3ABQA 3HB9A 4KFNA 2ZA3A 2CLHA 5D03A 3TW6A 1YXYA 3TAOA 1ZCOA 1XFBA 1XKYA 3BW4A 4RXFA 4LW7A 3WJSA 2PCQA 3LB0A 4AHOA 4FXRA 7TIMA 4IPJA 3IRDA 4M6PA 1H61A 2RHGA 3N19B 4H6KA 4XTIA 1N55A 1PHWA 3KFTA 3CB8A 4NJIA 5K7JA 4ZQOA 1KV8A 3P5ZA 1X8FA 4OQVA 4IXHA 3TSDA 1LRNA 4NU7A 2HS8A 3EX3A 4OBTA 1W37A 4ADUA 2ZRXA 1JCXA 1ZALA 4QISA 2DJXA 4MLJA 1SZGA 2CLFA 3IVUA 3PC0A 4O16A 1FWWA 3MUXA 3LHVA 3KVLA 5LNUA 2ZBTA 4S1FA 2ZZ1A 1G4EA 1RQEA 1TTPA 4CQ8A 3VNDA 1IIGA 3HMJG 3P7YA 2YDAA 1OFAA 3A5FA 1AW1A 1JVNA 2J6XA 3DH7A 2WNQA 1AG1O 1SZEA 1VYRA 1FWTA 3W1RA 3CT7A 2CZFA 4Z1DA 1P0KA 2GVGA 4WQ6A 2P1FA 3A23A 4FX6M 4BR1A 4QAIA 5MHBA 4O50A 1ME7A 3HJZA 1F2JA 1TB3A 1KM6A 4GC4A 4C1KA 1ZJIA 2HMCA 3NO5A 1KM4A 4K7YA 5EPDA 3QSRA 1WDWA 3FFSA 1LRQA 4EIVA 2OMAA 1XUZA 1UASA 1RVGA 4JICA 4O0ZA 3LXAA 3E96A 5BMXA 3HOJA 2E6FA 2EHHA 3P60A 4Z1AA 4N4QA 3OVRA 4N9EA 4UUIA 5I3KA 3NOEA 3LV6A 2H8XA 3VCRA 4XBSA 5C54A 3M41A 2C16A 5DY2A 1TPC1 1Q6OA 4AXKA 4FNUA 3GDTA 4JYFA 4ZQMA 1OK6A 1VPXA 5IM51 2QJGA 1TRDA 4XUGA 4UMBA 3IVTA 1ZNNA 3LLDA 1LBMA 1M7OA 5D04C 4IJBA 1RPXA 4JX4A 4DEFA 5FEXA 1LTDA 6ALDA 2JKAA 2B4GA 2ZZ2A 4JTTA 3U8GA 3IIOA 3M5ZA 1VS1A 5TQLA 2XN2A 1TTJA 1WX0A 3Q2DA 5AHLA 1ZAHA 2Y7FA 3PUEA 2G97A 3NPVA 3G8EA 5I3HA 2QUTA 4NVTA 3T55A 1GOXA 3IEBA 5C5YA 1ZY9A 4LNYA 3W7EA 3R2GA 4CQAA 2AGKA 3KXQA 1D3HA 1LCOA 1GJPA 2ZZ3A 5FF0A 4JTSA 3P74A 3G1HA 1A53A 4GRSA 2E1DA 3HGOA 4UTJA 2BZNA 3W75A 1VGAA 2FPVA 3D0CA 3ZWSA 4RLIA 3W71A 2F84A 1TJPA 2G5WA 1JUBA 4XKYB 3HPSA 3DFNA 3VI2A 4WOQA 2C15A 3C61A 3BG9A 4O13A 3W7LA 4GNJA 3GXTA 2Y7GA 2E6DA 4LS2A 2QAFA 3DENA 4IUOA 3PM6A 2RH9A 5FI8A 1JUKA 4IWWA 4JDYA 3P67A 2C19A 3DFQA 3T78A 2V5BA 4LVAA 5LGZA 2FLIA 1S5TA 4JNMA 3HQ1A 4QQ3A 3LRLA 3NPXA 5LGXA 3DI1A 4O53A 1PVNA 5U7SA 3DU0A 3N9RA 1YYAA 3RFAA 3UYCA 3QMSA 5C55A 1EUNA 3NYZA 2E5DA 3LXBA 4RK8A 5AB3A 2HSAA 4WXYA 3S1UA 3N34A 5D09A 4CNNA 1JULA 2Y63A 2NX9A 4BI5A 2YCEA 3EKZA 4BF9A 2EF9A 4MYXA 4MOZA 1KM3A 2WPBA 1DKWA 1MEHA 3GNDA 4NUWA 1T8XA 5K4ZA 1VR6A 2H90A 1K03A 3PBUA 1OFPA 3ABRA 4GUHA 3TIMA 4TO8A 3N3MA 2O7QA 3TXVA 3C2FA 1XCFA 3GB6A 2HTMA 1YPIA 3CEPA 1J5TA 2CZDA 4NXKA 3NQGA 1N7KA 3NQAA 4O1BA 2Y70A 3W7KA 3P8JA 5CSRA 4GFSA 3W7RA 2R8WA 5HR7A 4MFEA 4QM1A 4CCEA 4KKXA 4UTIA 1X7FA 1GVRA 1LLZA 3O1NA 3QW4B 1HFBA 4UIOA 3W83A 3W1XA 2QCNA 4X2RA 1G4PA 5G2WA 2ZA2A 3P82A 4TIMA 3GDLA 2NX1A 1FCQA 2CLMA 4HNNA 4GUGA 2A7PA 1P0NA 1TO3A 3NQ6A 3QFEA 3MO7A 1WYIA 4O11A 4ZL1A 1WBJA 1G6CA 1F6KA 2JGYA 4LS0A 1WQ5A 1W56A 3WK2A 5AHMA 2ISSA 2V81A 2CZEA 3NQEA 1H63A 1HO1A 1THFD 2Y85A 2BSLA 1H1YA 1RQBA 1MSSA 3A5VA 4H3DA 4RZ4A 4M7SA 1YDVA 4O17A 1ZAJA 4A2RA 4ZZ9A 3PB2A 5BNKA 5HWJA 5CZSA 5EY5A 3V1PA 1EP2A 3KRZA 3NQ7A 3O6DA 3P80A 1LZOA 3UWZA 3TJLA 4OT7A 1TTQA 2ZZ4A 4JGDA 1SO4A 1SPQA 3W7DA 3PUDA 2CLLA 2RDUA 4JTJA 5AOUA 3W7IA 1JUEA 1TJRA 3RF9A 3C8FA 3KVKA 2E6YA 2X30A 3LGEA 4HN4A 2E6AA 1OF8A 2LLEA 1AL8A 1VCFA 5I3JA 4AF0A 3F1QA 3F4NA 3WJYA 2CLIA 3EX4A 5DLCA 3BVJA 1CI1A 3W2JA 3VE9A 3GXPA 1DL3A 1TSIA 5E0KA 1G7VA 2HS6A 1PE1A 4DBDA 3M5VA 1VQTA 2XN0A 2DZXA 1EUAA 4ZVJA 1XBVA 2C13A 3W84A 1QFEA 1Z48A 4DPQA 2VFGA 2VOMA 4O1CA 1FXPA 3TAKA 2WSRA 2V8ZA 3G1VA 3ZR4A 2Y6ZA 3NXFA 1GVFA 3NL5A 1FXQA 1PV8A 1LDCA 4IX0A 4TMBA 3UZ5A 2A7NA 3LHYA 3KRUA 3W7PA 1O4UA 3SGZA 4O57A 3UY8A 2Y88A 5E1QA 1W5QA 1U5JA 4LOCA 2Y62A 1A5AA 5AHIA 2FQIA 2WKJA 2ZRZA 3LBCA 4NJKA 1X1OA 3LLFA 2ZRWA 3PAJA 1LM1A 2OX1A 4HNUA 1SUXA 2YFOA 3B0VC 3IIPA 5AC6A 3N9SA 3OG3A 2B7QA 1QDSA 3FEMA 1VCGA 3ABOA 4GUIA 5E93A 3LTPA 4RCXA 1FDJA 2RDWA 5G4WA 1DBTA 3QPYA 4FNRA 1SSDA 1I45A 3K30A 3NEVA 3NZ1A 2A6LA 3TH6A 1JCJA 1XM3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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