1C9D | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	266
structure length	264
Chain Sequence	ERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	Crystallographic studies of phosphonate-based alpha-reaction transition-state analogues complexed to tryptophan synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE (ALPHA CHAIN)
total genus	95
structure length	264
sequence length	266
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	1999-08-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1c9dA00

1RR2A 4L4MA 1TV5A 2A85A 3C3NA 4N9CA 2V2HA 3DZ1A 1Z48A 3QW4B 3G1XA 4FNTA 4PH6A 1FXPA 2YDAA 4IOTA 3ZWSA 4N4PA 3W2JA 3P67A 3W7HA 1H7XA 3PY2A 2WPBA 4H6KA 4JR5A 4AVFA 5DCDA 1T96A 3MBDA 3TX9A 1LRTA 1H1ZA 5AHNA 4BK9A 3RLUA 2HS6A 1VLWA 1ICQA 4YWIA 1TQXA 3IEBA 3PWAA 1H7PA 3C2FA 3BGGA 3LCGA 4HPXA 3SR7A 3U6WA 1S5WA 3RFAA 3IGUA 1EA0A 4NXKA 3BV4A 1MO0A 3HGOA 4FHAA 4L4LA 3O6YX 1KBIA 2NUXA 1ZALA 5DXXA 1HUVA 3SGUA 4XKYB 3W7KA 2WNQA 1L2UA 1BKSA 3TFCA 3L5AA 3OA3A 1G7VA 4TMBA 2Y62A 4K36A 2CLHA 5DBTA 3TAKA 2CLFA 2CW6A 2R91A 3CM4A 4RK8A 4UNLA 1RQEA 4Z1CA 4N6FA 3QSTA 3NR0A 4LY8A 1O5XA 2NXGA 3MHFA 4XTIA 1MEIA 3JR2A 3W2KA 2X1UA 3E12A 5AYYA 1VHCA 2EPHA 1UJPA 3UXAA 1J4EA 3LM7A 3V75A 4NU7A 4JTSA 3NXFA 4GRSA 4H4IA 4EWND 3M16A 3I68A 3EEGA 4DEFA 4A2RA 3TV8A 1LROA 4R53A 1KM3A 4D2JA 2X1SA 1XCFA 5C54A 3HPXA 1ZAIA 4IMCA 3EKLA 3HPZA 2YCEA 4NZFA 4O50A 4X9SA 1SW0A 4TU1A 1A53A 1DL3A 2Y7EA 2CFFA 3PUEA 1UCWA 3TKFA 3O8AA 3BLIA 1IXQA 1PE1A 2CZDA 3O6CA 4Y90A 3W73A 3OHIA 5FEXA 3C2VA 3C6CA 1YYAA 4JIPA 1ME9A 1JRBA 1QPQA 1QPNA 5D2VA 3LHZA 2YYTA 1GTEA 1SZEA 4K8EA 2V5LA 4WOQA 5CKSA 3T40A 3N14A 2TYSA 1OFRA 2DP3A 5G2HA 1GQNA 1I4NA 4MPQA 1I2OA 1GJPA 1OFEA 2ZRVA 3P60A 2AAMA 5AYXA 4NUWA 1OYBA 2GVLA 2WKJA 3EXSA 4BF9A 1D3GA 4Y96A 3CEUA 4Z1DA 1C8VA 3DFPA 4WX2A 3S6DA 4AWSA 3B0UX 1QR7A 4PA8A 1UB3A 3EB2A 4ZL1A 5D2XA 1UUOA 1ZENA 4G1KA 1QPOA 3DFOA 2VFFA 3C2RA 4HHPA 1QCWA 1I2NA 2YFNA 2JKPA 3CU2A 1ZAJA 3ABSA 4WXZA 4QNEA 4ICNA 4ZZ9A 1IIHA 1GVRA 3O06A 3QF0A 4IJBA 1V5XA 3TSMA 4ZQPA 4NQ1A 5EA9A 5CPMA 2E6DA 3L65A 1RQHA 3EXTA 4JY8A 2NV1A 1TPVA 2DJLA 1BTMA 2XFWA 3VCRA 3F1QA 4A22A 4O57A 1PIIA 4O1AA 3G22A 3QH2A 4FXRA 1OX4A 3HG2A 3MP4A 1FUYA 1AG1O 2PC4A 3LXBA 1K8YA 4FIQA 5BMWA 2XN0A 3I7SA 5CZJA 1SFLA 3GNDA 3W7NA 3CTLA 4LVFA 5C55A 3LXCA 3HGRA 1OK6A 3NA8A 3STCA 3S1VA 2QAFA 1QO5A 1KBJA 4MY1A 5HULA 2IQTA 3P84A 3SJ3A 3IRDA 2I1OA 3M5YA 3W07A 3WK3A 2QCFA 4RLIA 4KWWA 5TQLA 3NQGA 3EXRA 1MXSA 1Q6RA 3EX6A 3T7VA 2YR1A 1SO6A 3NQFA 1B9BA 1WOBA 2HMCA 4MZYA 2Y85A 1EUAA 1PS9A 3GKAA 3RU6A 1D3HA 1SSGA 3UNDA 5K2ZA 3LBMA 1W37A 4O19A 1Q3NA 1EWDA 2QCDA 3G0XA 5E1QA 4IMGA 4O18A 2QCGA 4N9EA 3BW4A 4CLMA 2DZSA 3HIJA 1EB3A 2LLEA 3KFTA 4IX0A 1R30A 1QOQA 1HG3A 3DGRA 3FKRA 2DZPA 4UNKA 2OJPA 2ZA3A 4OU1A 5D09A 1K7XA 3G8EA 3WK0A 2H8XA 4OWGA 4JDBA 3NNTA 2B7QA 1ZFJA 2Y7GA 5LHEA 4NJHA 3UWQA 1YDVA 2HSAA 3W86A 2QKFA 4PTNA 5EBUA 3W1AA 3BW3A 1VH7A 3K30A 4IGHA 3PULA 2ATMA 3W7LA 2C15A 3PVFA 3TC6A 2QEZA 3PBWA 3O6DA 2GVJA 1XM3A 3U2OA 4EOUA 4N9DA 2FPVA 3GNNA 3PG8A 1XUUA 5D03A 4DXVA 1FDZA 1RD5A 5IM51 3BG9A 3W7CA 3NAVA 3W2NA 3WJZA 3W7MA 4N6EA 1GVFA 1H5YA 1KFEA 3HJZA 3SECA 1YTDA 5D04C 3FIGA 3UPWA 3B4UA 3HMJG 3CHVA 3GB6A 3PC0A 2J9ZA 1R47A 1BEUA 1PVNA 4UTHA 4JEQA 4DO5A 3U8GA 3ZWTA 3TC7A 4RZ5A 3PG9A 3LX9A 2DZTA 3UZJA 5HWMA 3NM3A 3F4WA 5DELA 4OHQA 3L5MA 3M1ZA 1T0OA 3ATYA 3L0KA 2V2CA 4P2VA 1EPXA 1X8FA 3DXIA 4JD4A 1RZMA 1H62A 4Z0SA 1LBMA 3HG5A 2DORA 1TB3A 4IMDA 5K4XA 1OFQA 4K39A 1TQJA 2C18A 3VKJA 4YCPA 1TPC1 3EWWA 4LVGA 3QRHA 4JXCA 3SZ8A 4O53A 5J5DA 1HL2A 1HTIA 4UR7A 3W7GA 3GAKA 5D32A 4TX9A 4FXSA 1XBZA 1Q6OA 1SO5A 2E5BA 4MY8A 3L2IA 2DZWA 3KX6A 4JTEA 4AWTA 4K8HA 1NF7A 3DH7A 1G67A 3NO5A 2YXGA 4M19A 3F03K 3TXZA 3R13A 1M7OA 3TDFA 1H7RA 3A9IA 5AN7A 1T8XA 3DFSA 2YPIA 2WO5A 4WZHA 3IIVA 3W1NA 2B7NA 3TMQA 4HKPA 5D02A 3GK0A 3PBUA 1O95A 3RMJA 3W84A 3MYPA 4UUIA 1K8ZA 1GYNA 1T99A 1Q45A 5DBUA 4QAIA 3ABQA 2HS8A 5CSSA 4WQ6A 3NQ2A 1W5QA 5BW6A 3NVTA 3NQVA 3CIWA 3H53A 3D0CA 2CLOA 1QFEA 3BGJA 2RDTA 1OK4A 1C9DA 1GEQA 1I2PA 3W7OA 1EP2A 4O1BA 2TPSA 2H6RA 5DXYA 1XFBA 5EYWA 4X22A 2EAWA 3P8JA 2CLIA 3UWWA 1S5VA 3LTYA 2YX0A 1KFLA 3BO9A 4LVAA 4NJJA 3WJSA 1TPDA 2DU2A 4W9TA 3W2MA 1WXJA 4BWLA 4O4WA 3BG3A 2V82A 1GVSA 1TPH1 3GDRA 1BWLA 1A50A 1EEPA 1W1ZA 3B0VC 1TREA 3KHJA 1N55A 2RDWA 5D38A 2H3DA 4YCOA 4NNCA 2ZRWA 4AHPA 1GVQA 3VE7A 1FDYA 4AH7A 1GTHA 5BRBA 1H51A 3S8HA 1YPFA 3N3MA 3W88A 4NVTA 5HINA 1R2SA 4AMAA 3NZRA 3N19B 5KTLA 4MLJA 1K8XA 1P0KA 4FF7A 3FLUA 3EWZA 3G0UA 1EIXA 4ORMA 1WDWA 5F4SA 3WJWA 4AAJA 1M5WA 3C8FA 5L6UA 1G7UA 2AQWA 1KLZA 3MI3A 4PFMA 4LV9A 1TJPA 5K9XA 3TSBA 5LZLA 1KM4A 2NUYA 4FNRA 5KZDA 2B7OA 3LHYA 2WSQA 4YL2A 3QYQA 3LBCA 1FDJA 5AYZA 3HG4A 3JRKA 3B0PA 2RHGA 2C1HA 3P5YA 3FFSA 3CC1A 2CU0A 3TQVA 4HSNA 3MW7A 4WY0B 4LNYA 3AJXA 3I7RA 4NT0A 5CZ0A 4O15A 2VEMA 3ABOA 3S1WA 3CT7A 1XL9A 2V2DA 3THAA 2ZRXA 8TIMA 3SW6A 2PE4A 2VENA 1TTQA 3NEVA 3EWXA 5KITA 2Y89A 1JUBA 4LC6A 4HT3A 5C6MA 4IWWA 3E02A 3PSWA 5FEZA 5CPOA 4UTJA 4E0CA 1PL9A 1DKWA 3UXDA 1S3HA 4BI6A 4RCXA 4POCA 3VI2A 3OVRA 2OX1A 2I14A 3A5FA 3CEPA 3PUDA 3HOJA 2NUWA 3RK8A 2NZLA 5BNKA 2C19A 4AEOA 1AL7A 4LS2A 3CWNA 4LC8A 2ZQ0A 2YW4A 2GQAA 2DZUA 5G2WA 2C14A 1XBXA 5L9FA 4HNNA 3EX1A 3TROA 2NV2A 1JULA 4JTUA 3NOEA 1W3IA 1B3OA 1GPWA 3STEA 1SZFA 1U5JA 4AXKA 4UTIA 1ICSA 1PCWA 2Z0IA 3N2XA 5CPNA 5DCEA 5DY2A 2ZA1A 2C0AA 3N9SA 2PRHA 1RVGA 3BK0A 5AC6A 3KXQA 4O4VA 1OFDA 2VFEA 3S5NA 5U7SA 4S1FA 5G5IA 2A6NA 4N9BA 4CQ8A 2O7QA 2QDHA 2YYUA 3TUUA 2FTPA 2FDSA 1P5BA 3P62A 3W23A 3DKLA 1L9WA 1TV8A 1KFBA 3EWYA 5CSRA 3L21A 2QCHA 4UTWA 3W7RA 4NJKA 1P4CA 4ML9A 1FCQA 2VC6A 4OE7A 3PBYA 5K9DA 1SR9A 1TTIA 3NQAA 4QM1A 5D2WA 4O0KA 4XUGA 4Z1AA 5TIMA 4ADSA 1LZOA 3NQ7A 3L5LA 1GZGA 1ME8A 4CNNA 4FIRA 3DBPA 4GUIA 1OF6A 4P61A 1RV8A 4FNPA 3W9ZA 4MY9A 5DCBA 4Z1BA 4BWLC 3M43A 3P5ZA 4A21A 4IPIA 4XTDA 4DF0A 3HGJA 2JGQA 1KFCA 1S5TA 3NDOA 4KWVA 1TJRA 3I6RA 2Q3RA 1FXQA 3LXAA 4R7JA 1DVJA 1FBAA 4HIBA 1MZHA 3PSVA 2FIQA 1WA3A 3B03A 1WBJA 2CZEA 2J9YA 3GX9A 4XKYA 3LB0A 1JRCA 3TE9A 2CLLA 4Q4KA 1QWGA 1NF0A 4GJ1A 4NZJA 1TPB1 3HQ1A 4ZVJA 3IVTA 1W54A 5HUPA 2ZZ5A 3LI0A 3PS7A 2WNZA 4XBKA 1WAUA 3S0CA 4NNBA 2A4AA 4O0ZA 5K7JA 3BW2A 3NZ1A 4RXFA 5HJLA 3DFQA 3T4CA 1OFOA 3C2EA 3DENA 4CQ9A 4KFNA 2R14A 3NL2A 4QSHA 1SZNA 3GAYA 1B4EA 2YGYA 3R2GA 5HWNA 4JYDA 3Q58A 2ZA2A 1F74A 3LCFA 4O28A 2G97A 5G1TA 3N73A 2E6YA 3NPVA 1F7BA 5HMSA 3W1LA 1H63A 2O7SA 4LW7A 1UUMA 1KM6A 5I3KA 4NXSA 3WK1A 2GUUA 3NQEA 1X1OA 2PURA 5CPLA 3MP5A 3FYOA 1Q6LA 4O16A 4Y8FA 3QMRA 3UPBA 1W0MA 4BI5A 4DBEA 2ZFAA 4K6AA 4MZ1A 3O15A 2H90A 3IGXA 4N2YA 1VJIA 1KM1A 1OX5A 3EWBX 1OYAA 1JCYA 1LBLA 3MJYA 5I3GA 2ZZ3A 3V1PA 3NPWA 3BLEA 3LTSA 1I45A 1TRDA 3G1FA 3L67A 4O8RA 5K4ZA 5LNRA 3GXPA 3L9CA 4EVZA 5HNRA 4O10A 2E1DA 4ADTA 3T44A 2Z2UA 3HF3A 4NX5A 3ABRA 2ZTKA 2GJLA 4ORIA 5AC8A 3G1SA 5FI8A 4A3UA 4YXGA 5H2ZA 1DJQA 1A5SA 5KZMA 3RLVA 1R2TA 2QJIA 1SZGA 5I3JA 1YDOA 1KLYA 2UV8G 4AHQA 5F4XA 1FY6A 2QR6A 1XDMA 4K7VA 4PL2A 1GG1A 2NWSA 5IBXA 1GWJA 1HFBA 3TXVA 4UTTA 4LS1A 3UWYA 1PHQA 4UTMA 1YADA 2A0NA 3BVJA 1B4KA 2Q8ZA 2EHHA 2X30A 2G96A 4LS0A 2HTMA 3GDMA 4GWEA 4FX6M 4HN4A 4UTWC 2ZZ6A 3P7YA 5KSWA 3FJLA 3BG5A 3M41A 1XBVA 2Y63A 1H7OA 2J88A 4E2BA 5I3IA 1K7EA 4HNUA 3ELFA 2VFDA 3SGZA 1MEWA 3GDLA 4CQAA 3ZS4A 3E9AA 3BARA 4LT9A 2CLMA 3H54A 4LOCA 5E0KA 4QITA 1ALDA 4ZMGA 1GVOA 1SU5A 1U83A 1A5AA 1CX9A 1HO4A 3S42A 2E5CA 5D05A 1KM0A 3JS3A 3QZEA 2OT0A 4UFHA 1YPIA 4MJMA 1PV8A 4B5NA 4HNTA 1QAPA 5T26A 3GR8A 2Q3OA 3DAQA 2OCZA 2RFGA 3YPIA 2ALDA 1VCVA 1THFD 2I9EA 4QQ3A 2QF7A 4TO8A 4N4QA 1AW5A 3L68A 1TSIA 1MSSA 3KAOA 4OBTA 4ZQOA 1N7KA 4DF1A 1VHNA 1VLIA 1FCBA 4X2RA 2QUVA 5AHFA 3BPWA 4RX0A 5CG7A 4DPQA 2ABBA 4O14A 3USBA 1IF2A 1SFJA 2A5HA 1W3NA 2Y6ZA 4MKNA 3W1PA 5C5YA 1TPFA 3DFNA 4J9JA 1ONRA 2B0MA 1X7FA 2XN1A 3NYZA 4CCDA 2ZZ2A 2ZZ7A 3GXTA 5G4EA 5SWUA 3OVPA 2FLIA 5AB3A 2CLEA 1FWWA 4FX7A 3IIZA 1TCDA 1TTJA 5F2IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1C9DA

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