2JGY | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	257
structure length	249
Chain Sequence	SMELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	The Crystal Structure of Human Orotidine-5'-Decarboxylase Domain of Human Uridine Monophosphate Synthetase (Umps) rcsb
molecule keywords	UMP SYNTHASE
total genus	93
structure length	249
sequence length	257
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date	2007-02-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2jgyA00

1GVOA 2V5LA 1KTNA 3DXIA 3UD6A 3SJ3A 1JCJA 4BWLC 1TPVA 3KHJA 1EP3A 1CW2A 1LRNA 1C9DA 1O5KA 1RR2A 3IEBA 4LS2A 4NZJA 5K4ZA 2ALDA 4CCDA 2X16A 3TV8A 2A1YA 2H90A 5D2VA 2E68A 2CLOA 1Q6LA 1H7NA 3IIZA 2V82A 1GVRA 4UTLA 4UTKA 1C8VA 4AF0B 1VCGA 3S0CA 1YLVA 2A21A 3G1HA 3M5XA 3IGSA 3LI1A 3NAVA 3TC6A 1XBVA 4BWLA 3RU6A 3WK3A 3UWUA 1SSGA 5BW6A 4LOCA 1YDVA 3AJXA 2YFNA 5LHEA 4NJGA 3A5VA 4HHPA 1TSIA 3MI3A 4MYXA 4JNMA 1XKYA 3A5FA 4WOQA 3W7DA 1JUBA 3TH6A 3HQ1A 4XTDA 4UUIA 5K3VA 4XBKA 2NV1A 1HUVA 3DFPA 5AHFA 1ME9A 1VLIA 3MYOA 3P81A 1GVSA 3IRDA 4MZ8A 4RXFA 4W9TA 3THAA 4M6QA 3WJZA 4E38A 4RKAA 4A2RA 3G1FA 3STCA 4S2CA 1JULA 1OABA 1TTQA 4O8RA 5T26A 4K39A 2D73A 2OT0A 1LTDA 3LRLA 3CTLA 2CW6A 1K8XA 5FEXA 3QYQA 1KFCA 1XBYA 1SZFA 2YW4A 2R8WA 2NUYA 2WSQA 4WXZA 1GOXA 2YZRA 1YDNA 4E0CA 3TDFA 4AXKA 3GXPA 1LP6A 5EYWA 1ME8A 3NL5A 1MXSA 4LNYA 1FDZA 3STEA 5CSSA 1NF0A 5C6MA 1NAL1 1MEHA 1TV7A 3L9CA 3IVUA 4NJKA 2CZFA 2F7FA 4R7JA 3W1XA 2TYSA 1JRCA 5KTLA 3MO7A 2ZFAA 1JQVA 4IWWA 1ZJIA 4DO4A 4UFLA 1A5SA 5DN1A 4RX0A 3SW6A 5HWJA 4FNUA 4NZFA 4IMCA 1XFBA 4MFEA 1X1ZA 4H3DA 3O1NA 2ZRVA 3BK0A 2BSLA 1H7OA 4EF8A 1X7FA 1R2SA 3TW7A 3FJLA 3VFLA 5H91A 5KSWA 3DKJA 3I6RA 2NUWA 4KFPA 3MJYA 1KFKA 1VC4A 4HPXA 3PS7A 3I68A 1GVFA 1GEQA 2VOMA 1H1YA 5BOOA 2IQTA 2ZZ6A 4O18A 4OT7A 3DH7A 1OYBA 3LRKA 4OHQA 4R53A 5F1UA 3HGJA 1DL3A 2YX0A 1P1XA 1X8FA 4OQVA 3K30A 3UQNA 4K8HA 2H3BA 1EWDA 3NEVA 2JGQA 3LCGA 3SY5A 4LRTA 4N9DA 5GVJA 3EX1A 5C2XA 4I7UA 2RDUA 1FCBA 3OA3A 4FXSA 1ICSA 2ISWA 1F74A 2VEIA 3L5LA 5CPLA 2NXIA 1E51A 2PURA 3LTYA 5LNVA 4MVAA 2Y89A 3L67A 3M6YA 2CU0A 3R89A 4EWND 3P74A 4O54A 2DZUA 1QNVA 1ALDA 2EGZA 4N2YA 1LCOA 1UJPA 3MYPA 3UNDA 4O4VA 3IVTA 1GPWA 2BX7A 2VENA 1FX6A 2JGYA 4UC5A 1WA3A 3DBPA 4OWGA 1BWKA 4LC8A 4KWWA 2B7OA 3QF0A 3JR2A 3MHGA 4JDBA 4TMCA 3UY8A 1LDCA 2VC6A 2NWRA 3KRUA 3T4CA 3I7QA 4QNEA 1A5BA 1OYCA 4YL2A 4JTGA 1AG1O 3W2KA 5BMXA 1G7UA 3LHWA 2QDHA 2W6RA 4NX0A 5A8GA 3BW4A 3VCRA 2ZZ5A 4Z08A 2A7RA 4GXMA 2AGKA 5HUOA 1I4NA 1EWEA 4S1FA 1EA0A 1YADA 1LROA 1G4EA 1FWWA 2WKJA 4ZQOA 1DBTA 1TPH1 3UXAA 4I7WA 4G1KA 1F5ZA 3S5NA 2J27A 3PBYA 2OCZA 1MSSA 3VE9A 3KVLA 3H55A 3WJWA 4HNUA 1L9WA 3R13A 4UIOA 4UTHA 3UY7A 1JCMP 2YW3A 3E0IA 5D2YA 3ZFHA 3C6CA 4NU7A 1R47A 4LVBA 5IBXC 4FNPA 1FCVA 3PG8A 3OVQA 1MEIA 1OFQA 1H5YA 4JEQA 4JYFA 5MHBA 1TIMA 2W0UA 2ZYFA 3DI0A 2YPIA 1QDSA 1YTKA 3JS3A 2YDAA 3TUUA 4MUZA 1KBIA 3TJLA 3V75A 3CU2A 4IMGA 1RZMA 1JCNA 5KITA 3GDRA 3IGUA 4MLRA 3GDKA 3ABOA 2V2DA 4L4LA 4GWEA 2BXVA 5IBXA 3W1NA 3Q2DA 4PEKA 3NG3A 1XL9A 4PL1A 4DEFA 3SECA 3QC3A 2QKFA 1YDOA 3OHIA 2H3DA 5HR7A 2WSYA 3TAKA 2P1FA 1DVJA 3Q58A 3NZRA 2RH9A 1IXNA 1JCYA 1O4UA 2A0NA 5F1VA 4UTWC 1PCWA 2YYUA 2BZNA 2C15A 2Y7DA 3TFCA 1D3HA 1QOQA 3HMJG 1VJIA 4RV8A 1FDYA 1LRTA 3NPUA 3T44A 3NQDA 2ZZ2A 3CB8A 3PB2A 1IIGA 3W23A 3L68A 3TSDA 1SPQA 4NT0A 5AHLA 2QAFA 4HSOA 3HG4A 4UTWA 1W5QA 2QUUA 4GFSA 5CZTA 1IXQA 2VFDA 1I2OA 4Z1DA 2GQAA 1OYAA 5D2XA 4EOUA 3EWBX 3WK0A 1I2RA 2VELA 3S1WA 4LRSA 3EX3A 2E6FA 3E12A 5TBOA 3IIVA 4L4MA 1I2PA 5H2ZA 2ZRXA 3A9IA 3L66A 4UTTC 3W71A 3EEGA 1GTEA 5K9DA 3TQKA 3B06A 2VEKA 3W7QA 2FB2A 2Y62A 3UWVA 3MBFA 4DPQA 1LRQA 4AAJA 1Q45A 4ZQRA 2C18A 1TPDA 3ELFA 1UASA 3ZWTA 3HO8A 3O6DA 3THQA 1EPXA 3JRKA 1QPNA 3LHYA 3WJSA 3PAJA 3TCEA 4UTTA 3LCLA 1EEPA 5D2WA 3USBA 5CZ0A 3P7YA 3NPXA 3PUOA 4JD4A 4XUGA 3EKLA 3LXAA 3OIXA 3KVJA 5AFDA 4HNTA 5LHFA 1H62A 3HPZA 1GTHA 4IPJA 2CLLA 4XQ6A 3L0GA 2QCMA 1YXYA 4CQAA 3CEUA 3TXZA 4LW7A 4RLIA 2JK2A 3GKAA 1QO5A 4IX2A 1UB3A 1W3IA 2GQ8A 3GNDA 2PRHA 2WNQA 2NX9A 3KXQA 2HTMA 1O94A 4AH7A 2TMDA 5HINA 4CNNA 1R2RA 1PHQA 2Y85A 1W0MA 3DFQA 3BLIA 4MLJA 1GG1A 3PVFA 5FESA 5KINA 3HOJA 1LLWA 1QCWA 3W7NA 1R2TA 2Q8ZA 5K9XA 4JYEA 1M7OA 2X1RA 2QCEA 5AB3A 4NJIA 5K9CA 3NYZA 6ALDA 3RK8A 4N6EA 4LUIA 1EX5A 3B4UA 3DGRA 1OFDA 4O53A 3S1VA 1KLYA 1WV2A 2C6QA 2V0TA 4EIVA 1RV8A 3DFOA 4DO5A 2VFGA 3N9SA 5LNSA 4IX0A 4Q33A 3UWWA 2EHHA 5A5WA 1VLWA 4NNCA 3G1DA 1AW2A 3FJ6A 4AMAA 4DQWA 4N9CA 3CC1A 1DJQA 1G4PA 1LBFA 4AWTA 5J5RA 1YTDA 4HT3A 7TIMA 3B0VC 5D37A 3B04A 4N4PA 3BG5A 2DZSA 2XN2A 4DPPA 1HTIA 5CZJA 2AAMA 2EAWA 3SSJA 3EXRA 2CWNA 3DFNA 3EX2A 3PR2A 1VRDA 4CNOA 4IOTA 3P61A 1LBMA 1VHNA 3LDVA 3QM3A 4X9SA 2BLEA 4IQLA 1TPUA 3DFTA 2A6NA 5DY2A 1H7RA 5D03A 3I65A 3O16A 2JBMA 4CCEA 2QUTA 2ZZ3A 3KAOA 4N02A 1EB3A 3GVGA 1TQJA 3FS2A 3VI2A 4UMCA 4FHAA 4NUWA 3DFSA 4Q32A 3N73A 4HNVA 3FKKA 3W7KA 1AMKA 2Y70A 3RF9A 1I8JA 3QQ1A 3LCHA 4AEOA 3NZ1A 4JTTA 2NV2A 4P2VA 3U6WA 3NQVA 3BLEA 3L5MA 1O60A 2W79A 3GR8A 4YLWA 4BI6A 3L0NA 5G2IA 3W7MA 2Y61A 3BW2A 3O07A 4HN4A 4Q4KA 3W1UA 3NQCA 5TQLA 3R5EA 2A85A 4NNBA 5F4SA 3CIXA 4WJEA 3MW7A 4ALDA 1I2QA 3N14A 1DQWA 3G24A 3INPA 1NSJA 4XKYB 2WQPA 4JS3A 4FX8A 4E2BA 2ABBA 3MI2A 1HL2A 1NVMA 3W3OA 2GJNA 3C52A 5CPMA 2RKXA 1KW1A 1PS9A 1L2UA 3LBCA 3PB0A 2CZ5A 1KM0A 5AC7A 1RQHA 1F76A 2GOUA 1GYLA 2VFIA 4M6PA 3FKRA 3QMRA 5DCEA 5G2WA 3NL6A 4MZ1A 4WY0B 1R30A 3O06A 4UTMA 1TQXA 3LTPA 4KFOA 3HF3A 3O6CA 2UV8G 1S5VA 3OVRA 2A7PA 3L21A 1KA9F 2DZPA 3G0UA 1P5BA 4GC4A 3N2MA 1ZAIA 3M44A 2DZTA 2JKAA 4O1CA 4ADUA 4O15A 5F2IA 1LOLA 1VHCA 1AL7A 3BGJA 2OMAA 1N55A 2GVJA 1JR1A 2VEMA 3W87A 1V5XA 4GUFA 3T40A 2Y7EA 4MKNA 5AHEA 3LOTA 3O05A 2GVLA 3PUEA 4RR4A 1XM3A 3GDMA 4NXKA 4S2BA 2F84A 5HUPA 2HMCA 1LLZA 2RFGA 3L0KA 3WFAA 5C55A 1VZWA 2VKZG 3WK1A 4DF2A 3NQGA 1G7VA 3PBVA 2NZLA 3PULA 4O10A 2QCGA 1H50A 2XN0A 1QWGA 4JR5A 3MHUA 4O28A 4LV4A 1W5PA 3UPBA 2A7NA 3CEPA 3Q94A 3SIZA 1B9BA 4O17A 4JY8A 1BTMA 4DF0A 2E6DA 1A53A 1K8YA 1T99A 3L5AA 1QPQA 1KTBA 5CKSA 2Y7GA 4J9JA 3LI0A 4GE8A 1BEUA 4QIUA 3W7GA 3EX6A 2YGYA 3W73A 1TV8A 2Y88A 1QPOA 4X2RA 3G18A 4WUIA 1UUMA 4MJZA 2B7PA 3FYPA 4FIQA 4MY8A 5F4XA 3BO9A 4RZ6A 4MY9A 2EKCA 3TROA 4LT9A 2Z6IA 1W54A 3EWYA 1L6SA 1WXJA 3C4UA 3W22A 4YXGA 1FWTA 3G8RA 2YCEA 4AHQA 3GXTA 1B57A 2E5DA 3IIOA 1DJNA 5DLCA 2ZQ0A 1VYPX 3BW3A 3LRMA 4E2DA 1ZAJA 2OT1A 3NQMA 4AB4A 4PA8A 5HR6A 3W2NA 1LYXA 1YPFA 1F6KA 4RZ4A 3RLVA 3DAQA 1PE1A 4JTIA 1OX4A 4Z1BA 1XC4A 1HFBA 4Z0SA 2ZRUA 3W7CA 3ZR4A 5E93A 1SUXA 3PUDA 4O50A 4ZZ9A 3LB0A 3A22A 4AHPA 3CIWA 4Z0JA 3FA5A 2Q3OA 2C14A 2XFWA 3GIYA 1GYNA 3B05A 3PC0A 1TMHA 5I3HA 2O7QA 3ABQA 4WY0F 1LOSA 1H61A 4A29A 1PL9A 1K7FA 1SSDA 3F4WA 3R2GA 3FOKA 1JUKA 1Q6OA 4LV9A 4ADTA 3P60A 1OFAA 3A24A 3W2UA 3QJAA 1ONRA 4OV4A 2A4AA 4JX6A 3C2EA 5D02A 1H60A 1ZAHA 4M7SA 2FJKA 4PL2A 2ISVA 1KM2A 4YMZA 1ZENA 3FEMA 3QRHA 4OBTA 4UMAA 3IGXA 1TRDA 1BKSA 3KVMA 3F1QA 4TU1A 1UBSA 1C29A 1K7EA 3GNNA 1TTPA 5CZSA 3GAKA 5E1QA 3NM1A 3NVTA 3S8HA 1PIIA 3DI1A 3TFXA 3ANYA 1DQXA 3DENA 3V1PA 3G3DA 1L6YA 1PVNA 3N34A 3W7LA 3YPIA 1IGSA 1Q6RA 2B7NA 1W8SA 1KFJA 5FF7A 4QNWA 1JJKA 2NLIA 2NX1A 4QAIA 3U2OA 1VCVA 1N8FA 1TPB1 4WZHA 1LZOA 1OK6A 3TJXA 3PM6A 1XDMA 3HJZA 8TIMA 5AN7A 1H63A 2KZHA 4XTIA 3W7IA 3H53A 1ZNNA 3BG9A 5D2TA 2NWSA 4CNPA 2TSYA 3P8IA 4K6AA 3W1RA 3P8JA 3DKLA 2J88A 4ICNA 4JN6A 5D38A 1D9EA 5FF2A 1B4EA 1F7BA 3W72A 3OVPA 4C1LA 4BR1A 3EWXA 3W84A 1IF2A 2NUXA 4JTSA 3R8RA 1AL8A 3TK7A 2ZRZA 3BV4A 1ZHAA 1KV5A 3NPVA 4DO6A 2LLEA 1TPWA 3EB2A 4LVGA 3W7HA 1EIXA 1LOQA 4JGDA 1KBJA 4LVDA 3G22A 1F6PA 3D0CA 4QSHA 3HIJA 1S5WA 1OHLA 4IGHA 4JICA 3KRSA 2BWGA 5FF3A 1XI3A 1OX4B 3AO0A 5CSRA 1WOBA 1P0NA 2DJXA 3W6YA 1KTCA 4H6KA 4RK8A 1H7XA 3B8DA 1XBXA 3TX9A 4MIMA 3C3NA 5AYZA 1VQTA 1A5AA 2Y7FA 2ZA1A 1AW5A 3M41A 4R34A 3TXVA 3GKFA 2P0OA 3O6YX 2R14A 2NXHA 3TSBA 3SI9A 3QSRA 3N2XA 3UZ5A 2ZCGA 1X6UA 3O15A 1GJPA 4RZ5A 1F05A 3TAOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2JGYA

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