1M6JA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from entamoeba histolytica
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
GAGKFVVGGNWKCNGTLASIETLTKGVAASVDAELAKKVEVIVGVPFIYIPKVQQILAGEANGANILVSAENAWTKSGAYTGEVHVGMLVDCQVPYVILGHSERRQIFHESNEQVAEKVKVAIDAGLKVIACIGETEAQRIANQTEEVVAAQLKAINNAISKEAWKNIILAYEPVWAIGTGKTATPDQAQEVHQYIRKWMTENISKEVAEATRIQYGGSVNPANCNELAKKADIDGFLVGGASLDAAKFKTIINSVSEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Entamoeba histolytica
publication title Structure and Inactivation of Triosephosphate Isomerase from Entamoeba histolytica
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
total genus 94
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2002-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1m6jA00
1H7WA 4IPIA 1TCDA 5LNVA 4UTWA 2R14A 3U8GA 3O6CA 2V0TA 3LGEA 2B0MA 4KFOA 4MUZA 1W5MA 2H3BA 2X30A 4JIQA 1YXCA 3TV8A 3W88A 3PUDA 4UNKA 2QAFA 3TC6A 2V2HA 3FKKA 5CPLA 1LP6A 4RKAA 3AO0A 5I3JA 1FX6A 2ZRWA 3NL2A 1VGAA 3W2NA 1FQ0A 1KTNA 3QZEA 3NG3A 3TH6A 5G1YA 5I3HA 1FWRA 3W1LA 2TSYA 5F1UA 3W75A 4GUFA 1DBTA 5FF2A 4O13A 3BGGA 3N19B 3OG3A 3WJWA 1QAPA 1R2TA 3ZS4A 5BOOA 4WY0F 3C3NA 3W7EA 1W37A 4Z1BA 2HTMA 3KFTA 4QSHA 1JR1A 2A5HA 2Z6JA 3W73A 1SQ7A 4Z1DA 2F7FA 1VCVA 4NT0A 4LS0A 3B4UA 3FIGA 3SR7A 1UB3A 2QCMA 1JUKA 3GR8A 5CPMA 1IXPA 3W1PA 4BF9A 3W1XA 1OFEA 2TMDA 3HGRA 4DO4A 3RLUA 1I2RA 4O18A 3LXCA 4A3UA 1BKSA 3C61A 3P81A 1XDLA 2A7RA 1O5KA 2CLOA 1Z41A 1B9BA 5AC6A 4C1LA 3RNDA 1H1ZA 3CPRA 1H7RA 5HR7A 1VS1A 3DHFA 3TJXA 1ZCOA 1OK6A 4HPXA 4UTWC 2GQ9A 4GUJA 4HKPA 1RQBA 4I9AA 1HFBA 3NZRA 3O07A 3JR2A 4E38A 4EIVA 2A6NA 4M6PA 3BLIA 3A9IA 4WOZA 1B4EA 3IRDA 4ORIA 4UTKA 5D04C 2J9XA 2CLHA 1H7XA 2WV8A 4CCCA 1RZMA 1P1XA 1LOLA 2FIQA 1TV8A 3C4UA 5KITA 4IMFA 3LDVA 1AW1A 3S0CA 2QEZA 4ZQPA 1TJRA 3LOTA 4ADUA 8TIMA 2V5BA 3TJLA 3F4NA 2H8ZA 1LROA 2VEPA 3OVRA 1F73A 3HB9A 3W83A 2PRMA 1SO4A 2P0OA 3LLDA 1XM3A 1G4TA 2RFGA 3I7SA 4LNYA 4UFJA 2QAPA 4FNSA 3DBPA 4IWWA 1OK4A 4FNRA 3CQ0A 1SW3A 4O0ZA 1ML1A 5LNUA 1EEPA 4O28A 2RHGA 1RD5A 5D2WA 2Y7EA 3IIPA 3BGJA 4Y8FA 2O7SA 4JTLA 4LY8A 5F1VA 4P2VA 1SZNA 1H5YA 1CX9A 4PFMA 5K9CA 2IQTA 5G4WA 3FYOA 3W2UA 1B4KA 4OT7A 4OV9A 2ZFAA 2YSWA 3PBYA 1B57A 1ZFJA 2G96A 3NO5A 3O6DA 2NUYA 1FBAA 1X1ZA 3LTSA 3SW6A 2P10A 4LW7A 1H63A 4CCEA 1FDYA 3G8EA 4A29A 5CGQA 1T96A 1GG1A 2FPTA 3M16A 4LRSA 2G95A 4OGZA 3N14A 1M5WA 3EB2A 2DP3A 3RLVA 3I6RA 1YXDA 1ICQA 1GVRA 3QFEA 2YFNA 2VOMA 2WNZA 3ANYA 3THAA 2GVGA 3P67A 2C14A 4XZ9A 3TSDA 4KFPA 4UFMA 5AHNA 1OX6A 2FJKA 2G5WA 1PS9A 3DU0A 1O94A 2ABAA 3W7IA 3A5VA 4NJKA 5HINA 1KM0A 1TRIA 1JQXA 3L5MA 1XKYA 3W7HA 2ZRXA 3NL3A 3NR0A 1TPC1 2E5CA 1EP3A 4NUWA 4AVFA 3QQ1A 4O11A 3BARA 1RVGA 1A53A 1NF0A 3OA3A 1DVJA 4AH7A 4Q32A 5H2ZA 4WQ6A 4RZ6A 1TMHA 4FIQA 5C55A 2CZ5A 3MHUA 1P4CA 1G4PA 1YDNA 1IIHA 2J88A 4MPQA 4CQ9A 3HG5A 1W5QA 2XN1A 4G1KA 3HGJA 1H62A 1XBZA 3G8RA 2ZZ4A 1XUUA 5FF0A 4BR1A 2QF7A 2DZUA 3SECA 1GTHA 4Z08A 4DF1A 1Q6OA 1OF8A 4DPPA 3PULA 4LVFA 3GDMA 3WJZA 4HIBA 4O0KA 1OVDA 3LHVA 4JYFA 3W72A 3R5EA 5U4NA 1GZGA 2FFCA 4HSNA 2I14A 5D32A 2PRHA 4LVAA 3ABSA 3LHZA 1Q45A 2YZRA 3GNDA 2ZDRA 1RQHA 1ADOA 5HUOA 5D30A 1VR6A 2PRLA 4R34A 1PHQA 1KFCA 1MEWA 3E96A 5D33A 4BI5A 2JKEA 3U6WA 4N6FA 3SZ8A 5CZTA 3EWBX 1QWGA 4ZQOA 3O05A 3V1PA 4LS1A 5HULA 3DI1A 1XBXA 5G2IA 1LBLA 4OV4A 2GVLA 1H1YA 5AFDA 1JRBA 4HT3A 4NJHA 3EX1A 3QYQA 2I9EA 1OYCA 2A1YA 2DU2A 3QEZA 2ZTKA 5FI8A 1XUZA 4O1CA 2OT0A 3NPVA 5G1TA 4JYEA 4LVBA 3W1TA 1K02A 1OHLA 3H53A 5ABTA 1K3UA 3N2MA 4H6KA 5D2VA 2V81A 1JULA 5F2GA 3DKJA 3ATZA 5SWUA 3UYCA 1RPXA 3NM3A 1EP1A 4PC8A 1O60A 2VFGA 1LOQA 1C9DA 3EXRA 4RR4A 2VFIA 3NQAA 4DO5A 1X8FA 2DJLA 1K7FA 3W7JA 1AL7A 1KM6A 2VELA 2QUUA 4WXYA 3B0UX 5I3KA 3QSRA 1ZHAA 3W86A 2VEKA 1H7NA 5HWJA 3W7DA 5G4EA 4YL2A 3KRUA 3O6YX 3GKFA 2Y7FA 3LXBA 4O4WA 1KM4A 4CQAA 1H50A 3NYZA 2C19A 4JTEA 4DPQA 3L67A 5CSSA 2VFFA 3M0ZA 4MY9A 4NXSA 5AHIA 2ZTJA 3GXTA 2VENA 1GT8A 2JKPA 2WOQA 4NNAA 3GDLA 1EPXA 1O95A 3PBUA 3W7LA 1YXYA 4I7UA 1H51A 3UXDA 1TREA 1TPH1 4E0CA 3MYPA 4OQVA 1TPUA 2E6DA 5FEZA 1SZGA 2VKZG 1R2RA 1XC4A 1W3IA 5KZMA 3UPBA 4LVDA 3NEVA 4RJEA 3A24A 2GJNA 3TFXA 3C2FA 3O63A 2A7PA 1C29A 1W5OA 1D3GA 5C54A 2R8WA 1F2JA 4UFHA 3TQKA 3CM4A 3A22A 3GLCA 3BW2A 5G2WA 4MYAA 1OFAA 4JYDA 3TCEA 1GPWA 3L2IA 3LLFA 1ZALA 2HSAA 3W2KA 1KFEA 1FWSA 3P62A 2PE4A 2RH9A 1KFBA 5TQLA 4TX9A 4NNCA 4JTHA 4MY1A 3CEUA 2ZA2A 3T4CA 2A7NA 2V82A 4AMAA 4KWWA 1TTPA 4UTMA 3TMLA 4X9SA 3T40A 1A5SA 3ZWSA 1TPVA 1TJPA 2A4AA 4ML9A 3NQ2A 1PL9A 1YTEA 4BWLC 3P7YA 1UASA 3STEA 2VFDA 1ICPA 1SPQA 4R53A 3QC3A 4IX0A 1T99A 3GKAA 2RDTA 3R89A 3TFCA 3W7RA 3EWZA 3NOEA 1K8ZA 4NX5A 3LRKA 3PY2A 3LCFA 4X3ZA 4KFNA 1XBYA 1GYNA 1SFLA 4GUGA 3R8RA 3GDKA 2EAWA 3UY8A 1KFLA 3KVLA 1X6UA 1XXXA 4X2RA 2CLFA 4KKXA 3CC1A 3DXIA 2Y61A 1DQXA 1TV5A 1QFEA 3TMQA 2QDGA 3UWQA 5AYYA 4MIMA 2ZZ3A 1TTQA 3B8DA 1KFKA 2E68A 3THQA 5F2IA 1KW1A 2QCNA 3GVGA 4ONVA 3M7WA 3HQ1A 5HNRA 1I2PA 1GJPA 5HQEA 3DFOA 3RU6A 3LV6A 3W7KA 1DL3A 2DZWA 3QMSA 2A21A 1JJKA 2E6YA 5LZLA 3NQ7A 4MZ8A 4MLRA 4IMCA 4O1DA 3BG5A 4BI7A 5D03A 4JTJA 3PC0A 4RK8A 2P1FA 3C2EA 1T8XA 1HUVA 4R33A 1VHCA 1OYAA 1CI1A 3PUEA 5IBXA 4L4MA 3C52A 5EL1A 2ABBA 1EWEA 2Q3OA 5BW6A 2R91A 3EKLA 4AXKA 3IEBA 4ZQNA 1QO5A 3BW4A 2E6FA 5J5RA 4KWVA 3NQDA 5D2YA 4IX2A 1Q6RA 1NF7A 1YADA 2FDSA 3N73A 5DCDA 4AWSA 3ABOA 3N9SA 3O15A 2C0AA 3HO8A 4UFIA 3Q37A 1ZNNA 4MFEA 5K4ZA 4A2RA 3NNTA 5L6UA 2PCQA 3L66A 2NV2A 1QPRA 2B7NA 3R13A 3M1ZA 3W7OA 3LHTA 1J2WA 2X16A 3NA8A 1F74A 3HPSA 1SR9A 3CT7A 1R46A 3EX2A 4ADSA 2GUUA 1LRNA 1V5XA 4IMGA 3G3DA 1DKWA 4O12A 3P8IA 2A2IA 2VEIA 4XKYA 3G1FA 2WNNA 3C8FA 3NQ6A 1TIMA 4GNJA 4JICA 4HNUA 4K37A 5DN1A 5BNKA 1MEIA 2YDAA 4DO6A 3PBWA 1QPNA 3IGUA 2V2CA 3STCA 2WKJA 3YPIA 3W2MA 1VC4A 3LRMA 3UY7A 1THFD 4JX6A 1H7OA 3W22A 1ME8A 2GQAA 5IBXC 1SO6A 4WXZA 1XFBA 4UTIA 1Q6QA 3I7RA 4CNNA 2NXGA 3MUXA 3NQVA 3OEXA 3E9AA 1VCGA 4WY0B 4N4QA 5LNSA 2NLIA 1SSDA 2YR1A 1K7XA 1MSSA 3NPWA 1W56A 4QM1A 3HJZA 3PBVA 1S5WA 4LTSA 3PG9A 1OG0A 4K38A 4JTGA 4UCGA 1JCXA 3W84A 3DENA 1G69A 4YCPA 1HL2A 3ZR4A 4HNVA 3GDTA 4RCXA 5CZSA 3L0KA 2QKFA 1M6JA 3ELFA 1GVFA 2C13A 1PCWA 2EGZA 3B0VC 2H90A 1R47A 1GG0A 1I45A 3EX6A 3EXTA 1S5VA 2FB2A 1GYLA 1ZY9A 4NQ1A 5K7JA 1D9EA 1YDOA 4Z1AA 2Z6IA 1L9WA 1WOAA 4N4PA 1N55A 1W54A 6TIMA 2X1TA 5K2ZA 1UBSA 3PF3A 4OU1A 3W2LA 2HS6A 4IXHA 4XKYB 4AWUA 1OABA 2V30A 5LNRA 3G0UA 4JTTA 2YW4A 1S3HA 2W79A 4ZQMA 3FEMA 3LTYA 4PCFA 3UWWA 2V9DA 1H60A 3FOKA 3SSJA 3P60A 2XFWA 4I7VA 5AHFA 3WJSA 1A5AA 3VNDA 2YFOA 1TPEA 1WQ5A 5D2TA 3V75A 4FO4A 3IVSA 1RQEA 2WNQA 4XBKA 1LBFA 2FPVA 1PCKA 3EWUA 3M41A 3W7NA 3UD6A 3P5ZA 3W76A 4N6EA 2ZA3A 1VCFA 3E49A 3PB2A 3W7MA 3UWVA 1I2NA 4E2BA 1OFRA 5DCEA 2YGYA 3W1RA 2CLIA 1TRDA 1TPWA 2ZRVA 3F03K 1YDVA 1V7YA 4ZL1A 1TQXA 3HG3A 3I65A 2VXNA 3W7GA 4S2CA 4GWEA 3W7PA 3VKJA 5HMSA 2YYUA 1XI3A 4QISA 4RXFA 2YCEA 3MWAA 5LGXA 4LS2A 2FTPA 4CLMA 2V8ZA 1N8FA 1BTMA 1KTCA 5KINA 1ZAIA 3L0GA 4JTKA 4YXGA 3RK8A 4I7WA 5DXXA 1QOPA 4M7TA 4CNOA 3QPYA 1I2QA 2PC4A 4IXXA 3STGA 4GUHA 5TBOA 3R2GA 4O15A 1SZEA 4R7JA 4AF0A 3P5YA 3BPWA 1UCWA 3CWOX 1K7EA 3NQCA 3W87A 4LT9A 3FKRA 1KBIA 1SFJA 3UWYA 4UFKA 2D73A 2R94A 3M47A 1J4EA 3KRZA 2JBMA 1WDWA 4WUIA 1IIGA 3CU2A 3M6YA 3MP3A 4IMEA 3LCGA 4QJ1A 4WOQA 4MKNA 3IIOA 4IQLA 4AHPA 3C56A 2ZYFA 1EX5A 3P74A 2EF9A 5H91A 5EBUA 3MBFA 7TIMA 4MFDA 3T7VA 4IPJA 3MJYA 3E12A 4O54A 2NX9A 2C6QA 1EWDA 3LI1A 1IF2A 1JCNA 4FIRA 1GTEA 3FJLA 4MJZA 4Z0SA 3W7QA 1Q3NA 2C1HA 3G22A 3CEPA 4M6VA 3QSTA 5CPOA 1KM2A 2CZFA 2YW3A 2Y63A 3N9RA 3VFLA 2YXGA 4LOCA 2E6AA 2XN0A 4Y90A 3KVMA 3FJ6A 4O50A 2CZEA 3C2OA 4A2SA 3BLEA 3T44A 1VYRA 3U2OA 3NPUA 5KMYA 5KSWA 3F4WA 5HUPA 3W1NA 2HS8A 2KZHA 4HPJA 1KFJA 4FNQA 1OX4A 3H54A 2YPIA 1MXSA 3LHWA 2WSRA 1QO2A 1YTDA 1LRTA 3TUUA 2BLEA 3GYEA 4AAJA 3UXAA 3TX9A 3C2RA 1ZJIA 3M43A 5LSMA 3T55A 4UTLA 4AF0B 2NZLA 1MEHA 3JRKA 2VEMA 3GR7A 5LGZA 1QNVA 1TPFA 2Z0IA 3D0CA 3PWAA 2Y62A 3A5FA 4HNNA 3L21A 4XQ6A 1QMLA 3SFKA 3LXAA 4K6AA 3HMJG 2E77A 2OT1A 4O19A 1I4NA 2G97A 3M9YA 5IM51 2QCDA 3DFTA 3GIYA 2J27A 1WX0A 1OFDA 1E51A 5K9XA 4XBSA 1QCWA 1SUXA 1HO4A 1ME9A 4K8HA 1TTJA 4A22A 3UNDA 5C6MA 5E0KA 4JDYA 3O8AA 1GOXA 2C18A 4HSOA 3SIZA 3DHDA 4ZMGA 2XN2A 3S1WA 4O8RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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