1ICSA

Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 from tomato
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
363
structure length
353
Chain Sequence
QVDKIPLMSPCKMGKFELCHRVVLAPLTRQRSYGYIPQPHAILHYSQRSTNGGLLIGEATVISETGIGYKDVPGIWTKEQVEAWKPIVDAVHAKGGIFFCQIWHVGRVSNKDFQPNGEDPISCTDRGLTPQIMSNGIDIAHFTRPRRLTTDEIPQIVNEFRVAARNAIEAGFDGVEIHGAHGYLIDQFMKDQVNDRSDKYGGSLENRCRFALEIVEAVANEIGSDRVGIRISPFAHYNEAGDTNPTALGLYMVESLNKYDLAYCHVVEPRTESLVPMRKAYKGTFIVAGGYDREDGNRALIEDRADLVAYGRLFISNPDLPKRFELNAPLNKYNRDTFYTSDPIVGYTDYPFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 provides structural insight into substrate binding and specificity within the family of OYE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
molecule tags Oxidoreductase
source organism Solanum lycopersicum
total genus 126
structure length 353
sequence length 363
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2001-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1icsA00
2VFHA 3PBUA 3FKRA 3M9YA 4L4MA 4TU1A 1VC4A 4LW7A 1TTJA 3NM3A 1Q6LA 3FYPA 4X22A 2PE4A 3C6CA 3KXQA 3IGUA 1A53A 2ZQ0A 2B4GA 1TRIA 1WXJA 4OHQA 3GVGA 2JKPA 5L9FA 2ZZ6A 3CT7A 3NA8A 3LI1A 3EX4A 3HJZA 3N73A 5DN1A 2VC6A 2V5LA 3G1SA 1JULA 3W1MA 4O1DA 4QIUA 1MEWA 2V2HA 3G8RA 4KKXA 2V82A 3HG4A 4FEZA 1GVQA 2J27A 4MJZA 2NX3A 1Z42A 2G95A 1OJXA 3KFTA 1YLVA 3MHFA 3W71A 2J6XA 5AHIA 3S5OA 4JX6A 4UR8A 3TX9A 4O10A 2I14A 3E12A 1K03A 1NF7A 5C6MA 2CLFA 3QMRA 1DJQA 1XBVA 3FJ6A 3W72A 3C61A 4LUIA 3AO0A 2RHGA 2G5WA 1W5QA 5FEZA 4ORIA 4MFDA 5K9CA 5EY5A 1PL9A 2Y89A 4NX5A 4CCDA 3LCWA 3M7WA 5D05A 2VENA 1KTBA 2CZEA 1QPNA 3LB0A 4MJMA 3Q58A 3LHTA 3NAVA 3G3DA 4CNNA 3CWOX 3FJLA 4JTEA 4AWUA 3UWQA 1LYXA 5CGQA 2BWGA 4R34A 3W1AA 3A9IA 1AW1A 3OVRA 3PG9A 2E1DA 1FXQA 3R8RA 4MZ8A 4E2BA 1TPH1 1M7PA 4S2CA 3NL6A 4JIPA 1GPWA 2FB3A 2DZWA 3P62A 2NXIA 3QW4B 3KVKA 2ALDA 3TMLA 1FWTA 1BEUA 1QMLA 1M6JA 4EF8A 5CG7A 5U4NA 3GZ3A 3EKZA 3B4UA 3QQ1A 3A5FA 1P4CA 1LBMA 3SIZA 4M6VA 1H61A 4ADUA 2NWRA 3GNNA 4Y8FA 1W8SA 3RU6A 2ISSA 4MKNA 5F4XA 3LTYA 4BWLC 1QO2A 3C2OA 2A5HA 5F1UA 4LV4A 3GXNA 3QQ0A 1EA0A 1R30A 2ZYFA 4UFKA 3VFLA 1TV7A 2NXHA 5MHBA 8TIMA 1Z44A 4P61A 1G7VA 3MJYA 4JY8A 1FWWA 4XWUA 4WOQA 5AHNA 3LRKA 4BK9A 1GZGA 2YDAA 3W2NA 4DBEA 5I3KA 3NYZA 2CLKA 4UTTC 1LM1A 3IIVA 4GUHA 7TIMA 1JCXA 6TIMA 1SPQA 3NL2A 1N8FA 3W76A 1G4PA 2RH9A 2J88A 1I2NA 1KV8A 4MZ1A 2PCQA 3TROA 1M5WA 3MWAA 4DO6A 4UTIA 3W7EA 1PS9A 1AG1O 2ZZ1A 2GJNA 1O60A 3N9RA 2HTMA 4J9JA 1K7XA 3DH7A 2CLEA 1GTHA 4UTUA 3LI0A 2EF9A 1HUVA 4M7TA 3I6RA 1VJIA 4IX2A 3BK0A 3HG2A 4FO4A 4HNUA 1P0NA 1GWJA 1IIHA 4IX0A 1VRDA 3I68A 3E96A 1VCGA 3M1ZA 4AVFA 4JDBA 1VHCA 3VE9A 5FF3A 4DF0A 3DAQA 3NZ1A 3ABOA 3NL5A 5F2LA 3BG9A 1XFBA 3W22A 2C16A 3TFCA 3SGUA 4NJJA 4UCGA 2NV2A 3O16A 4AXKA 2QJGA 1X1ZA 3NPVA 3QJAA 2DORA 4ZQNA 2TRSA 2GJLA 5HQEA 4LVDA 3O6DA 2WSYA 1NEYA 3GKFA 4PFMA 1SZEA 4AF0A 3W86A 2E6AA 3MBDA 1SUXA 1C8VA 2EAWA 5CZJA 3NVTA 4RJEA 1WBJA 4XZ9A 2Y7GA 5AC7A 4NVTA 2BTMA 3OVQA 5LGXA 4RCXA 4AMAA 1ZCOA 3NM1A 2CLLA 4IJBA 1I2PA 3M0ZA 1UUMA 4BI6A 2GQAA 4OV4A 3HG3A 3W7RA 1EX5A 2EGZA 4FX7A 4RXFA 1B3OA 1XBYA 5D03A 4JXCA 4IGHA 5C5YA 1ALDA 4UFIA 5AHEA 1BKSA 3STFA 3DXIA 3P5ZA 4YWIA 4O1AA 4LC6A 3BARA 4LT9A 2OX1A 3V75A 3MP3A 2QF7A 1ZAJA 3UPBA 5CSSA 3MP4A 3PUDA 5D38A 3TJXA 3LLDA 3GXPA 4AWSA 5AN7A 2YGYA 4L4LA 1OF6A 3I7SA 3TSMA 4MY9A 3TK7A 2OCZA 3C2RA 4JEQA 3WFAA 1TTPA 3NPWA 1PHQA 3NQGA 1S3HA 3UY7A 2YYUA 3G1AA 4O11A 1SZFA 2J9YA 2VFEA 3EWWA 1KM2A 4O18A 4Z1BA 1TCDA 2OJPA 5E1QA 3PB0A 2WO5A 2ATMA 4ZZ9A 4D2JA 2ABBA 3WK2A 5K2ZA 5H91A 3FIGA 3W7NA 3SFKA 1P1XA 4O17A 2GQ8A 5TBOA 2FFCA 1O5XA 1PVNA 3LV5A 2YYTA 1BWLA 1FXPA 4FXRA 4HPXA 5FEWA 2VEPA 5F2GA 1UJPA 2HSAA 2DZSA 5HWMA 3FYOA 4PA8A 1OABA 4A2RA 1GG1A 1F05A 4P2VA 4KFPA 4LV9A 3KOFA 3L5AA 3GDRA 1EUNA 4K7YA 4CLMA 3NNTA 3S5ZA 3TIMA 4JTLA 3UZJA 4E2DA 2JK2A 3G8EA 3NQMA 1OFAA 1D3HA 1O94A 4IPIA 4NQ1A 3QEZA 1VQTA 4AHPA 4DO5A 4LS2A 2XN2A 1I4NA 3STEA 3ANYA 4M7SA 4WY0A 1TB3A 1FX6A 3PUOA 4PODA 3PC0A 3G24A 3W7CA 3LCIA 3OG3A 2WNNA 3DKJA 1GTEA 4Q4KA 4HHPA 3PG8A 1JR1A 1RVGA 2JBMA 3LHWA 2E68A 4ML9A 4MYXA 1XUZA 1DORA 3FOKA 1KBIA 1IF2A 2AQWA 4Y9AA 5I3IA 4UTWC 3R13A 4YLWA 1W0MA 3IVUA 2V0TA 3IIZA 4ZVJA 4CQAA 3N2XA 2C0AA 3CHVA 3CIXA 3B03A 3GLCA 2QEZA 4JGDA 3C4UA 3WJWA 3S1XA 3O15A 4AEOA 5LKYA 4Z08A 1JJKA 5J5RA 2O7QA 3HG5A 3Q37A 2NLIA 4K7VA 1GVOA 3PB2A 1M7OA 1OF8A 5BRBA 2C1HA 1ZENA 3EX6A 1G6CA 3W7KA 4UIOA 4H4IA 2QKFA 1NF0A 3EWZA 3I7QA 3NQDA 3BW3A 3INPA 2WSQA 3TSBA 1K02A 5FF4A 3PVFA 1OFRA 3DBPA 3TFXA 1F76A 2H90A 3L21A 4WX2A 5KMYA 2R94A 3HOJA 5FF7A 5F4SA 5K7JA 2VFFA 2DU2A 3EX2A 4I7VA 1KFBA 5DY3A 5LZLA 3P61A 2QDGA 5KZEA 3A23A 5H2ZA 1LRTA 5A5WA 3QH2A 5FEPA 3MYOA 3DFNA 3ATYA 3GDMA 4GUFA 1ONRA 1KLZA 1TTIA 4ALDA 3MI3A 1D3GA 3IV3A 5D04C 1ZY9A 4MOZA 4N6FA 2V8ZA 4TMBA 2GQ9A 4NXKA 1R2TA 1FY6A 3QM3A 3MUXA 2YX0A 3DHDA 4KFOA 3B04A 1OK4A 1KV5A 2VFIA 3DI1A 2E5BA 1VYSX 4NJGA 1GYNA 2CWNA 1YTDA 3CQ0A 3TV8A 3W7IA 1OYBA 2CLHA 3PBWA 2X16A 3S5YA 3TE9A 3NPXA 2X1SA 1KFJA 4GBUA 3LOTA 2W79A 5G4WA 5G5IA 4A29A 2EPHA 4O28A 5KITA 3E49A 4DEFA 2VELA 2FPTA 4HIBA 3ABSA 3K30A 3GIYA 2C3ZA 3P84A 4AWTA 1EP3A 3VI2A 1PCKA 3OVPA 4EIVA 1NFBA 4TO8A 5IBXA 3SJ3A 5LNWA 1KFLA 3GDKA 3M47A 4AAJA 3LCGA 2P1FA 4O12A 3G1VA 1XKYA 5KZDA 4I7WA 3A21A 1R2RA 4HKPA 1Z41A 2XN0A 1EP1A 4M19A 4IPJA 1K3UA 3C2VA 3M5ZA 1VYPX 2QCEA 1TPEA 3O1NA 2Q3RA 4ADTA 1HO1A 3TXZA 5KZMA 1DKWA 3QPYA 4UTKA 5AB3A 4XKYA 2GVLA 2CLMA 1EEPA 3W85A 1LOQA 5DCDA 4MPQA 1MZHA 4O19A 3BLIA 1H5YA 3W2JA 4MLRA 4LRTA 3BO9A 1SR9A 3LRLA 1G4TA 1TYGA 3P82A 1FCVA 3LXAA 3WJXA 5DLCA 5FF2A 3LM7A 1YDNA 1H7PA 5EYWA 4GUJA 2OT1A 4UTJA 3WK3A 1KM1A 4O4WA 5CZSA 3PM6A 1KA9F 4Z1AA 1TRDA 4B5NA 3TH6A 3FS2A 2ZBTA 1QR7A 3PF3A 2A0NA 2QAFA 2RFGA 2H8ZA 3ABQA 3G0UA 2ISVA 3MI6A 3SR7A 3HGJA 4Z0SA 2QCDA 3SY5A 2I1OA 2A21A 3PS7A 3O6YX 1OFEA 3LCFA 1LP6A 3OA3A 5AOUA 2ZTJA 4RZ6A 3M6YA 3TW6A 3GAKA 1W5PA 1UBSA 1C29A 3PUEA 3B0PA 3KX6A 3R2GA 1XL9A 3SI9A 2KZHA 3LTPA 4X9SA 4ADSA 3N9SA 4M6PA 2ZZ5A 1HO4A 1VZWA 3P8IA 3UY8A 3GDTA 4JTIA 4ORMA 2BSLA 4O4VA 2QDHA 4MYAA 3W1XA 2Y88A 1GOXA 1FQ0A 1TREA 1QWGA 4IMFA 1DHPA 5D09A 4XBKA 3L5LA 3W7PA 4BI5A 1W3NA 4NJIA 5A8GA 4DELA 4RV8A 4JTTA 3UXAA 5K4XA 4LVBA 3TMQA 4UMAA 4TR9A 3RLVA 3FLUA 2H3BA 2QJHA 1G4SA 3S5NA 1SO5A 3E02A 2C18A 1OFBA 2X1UA 2R8WA 3T55A 3UNDA 4PTNA 2BX7A 3M44A 1KFKA 1KW1A 1MEIA 4GC4A 2QR6A 1J4EA 1NSJA 5HUOA 3WJZA 2WV8A 4QAIA 4AB4A 5KSWA 5IM51 4TX9A 4DPPA 3L9CA 2A7RA 1W1ZA 4NNBA 3EX1A 4O54A 2HS6A 3R89A 4FB7A 4WXZA 1LDCA 3PULA 1HFBA 1QCWA 4HN4A 1PHWA 5I3FA 5TIMA 1TPWA 2ZRUA 3O07A 1GVFA 2WJZA 3CTLA 3NPUA 4JTFA 4YCOA 4FNQA 1F73A 5CZ0A 5E0KA 2RDTA 2QCHA 3W23A 2X2GA 4MVAA 4CQ9A 4OT7A 5D37A 3H55A 3C8FA 1FUYA 2JGYA 5TQLA 1IGSA 1ICPA 4JIQA 2YPIA 3SZ8A 2E6DA 3CC1A 1RQHA 1JRBA 3G0XA 3M5VA 4QNEA 2NV1A 3TDFA 1TJRA 3LTSA 1VGAA 2A7NA 2FLIA 4DO4A 1TQJA 3W2MA 3RK8A 3W1TA 4BF9A 3OIXA 3GR8A 2V9DA 1UCWA 1OFQA 2DJLA 3EWUA 2R91A 3S8HA 2YFNA 1F6PA 1LOSA 4OE7A 4ICNA 1MXSA 1VH7A 2E77A 3W1LA 4POCA 2Y85A 4UTWA 3O6CA 1A5SA 3L67A 1Q6RA 3LERA 1AW5A 2ZDRA 3W7GA 1IXPA 4O15A 2WNZA 2VEIA 4O13A 2NX1A 4OQVA 3BPWA 4OGZA 3H54A 5AC8A 1H1ZA 3CU2A 1L6WA 1SSGA 3M41A 3EEGA 4O1BA 1XUUA 1MSSA 1MO0A 4HNVA 2C15A 2ZZ2A 4N9CA 4UFHA 1OYCA 3QPZA 4WZHA 2WPBA 2A1YA 1JQVA 3GX9A 4GFSA 3NGJA 5IBXC 3R12A 4IMDA 3F03K 1TPUA 3LBCA 3NZRA 3TU9A 1LRQA 1WYIA 5HINA 1TPVA 4FF7A 1TMHA 4K39A 4RR4A 3UWZA 1H7WA 1ZNNA 3L68A 3S1WA 1OK6A 3O8AA 2E09A 1U5JA 3W3OA 4Y6GA 4QNWA 3W87A 4JTUA 1OX4B 2ZTKA 2QCMA 3TA6A 1YXCA 4LVFA 3BLEA 1J2WA 4TIMA 2W6RA 2Y61A 2DZUA 4GXMA 5SWUA 3DGRA 4EF9A 3TW7A 1VS1A 3YPIA 2ZA3A 5EKYA 1GT8A 3UQNA 4XBSA 1S5WA 4LRSA 2VEMA 3QRHA 3BV4A 4Z1DA 3I7RA 4Q32A 2Q8LA 1WOAA 2LLEA 2OMAA 3GR7A 1GYLA 3BGJA 1SO3A 4PL2A 2IQTA 3U6WA 3CWNA 1F7BA 3N2MA 3H53A 3W2LA 1OFDA 4A22A 4NUWA 1R47A 5HWNA 3NQ7A 3IVTA 1QPQA 4AHOA 4HNNA 2TMDA 3MHUA 1AL7A 5I3HA 4ONVA 5BMWA 2A6LA 1RZMA 1BTMA 1EUAA 3QF0A 4DF1A 1G67A 2RKXA 5EBUA 1JCYA 3G22A 1UASA 1W5NA 2B0MA 3LGEA 5AYXA 2ZRWA 3JRKA 3G1XA 4A21A 4ZQPA 4GWEA 2BLEA 2PC4A 4WUIA 4DPQA 3Q2DA 3NOEA 1HL2A 1VCFA 2Q3OA 5BW6A 4EVZA 5BOOA 4ZQMA 1SZNA 4LWWA 3C0JA 3PAJA 5KTLA 3UWWA 3FEMA 3W07A 2WOQA 4LVAA 2J9XA 1EWEA 1KM6A 2JGQA 2V30A 4ZQCA 3KHJA 1OVDA 3QMTA 5FF0A 4R53A 1SQ7A 1RV8A 3HGSA 3E9AA 5G2IA 3IGSA 5CPNA 3QSTA 3ZWSA 2E6YA 3BG5A 4O0KA 4N2YA 1H1YA 1K8XA 1EPXA 1GQNA 3NXFA 1T0OA 3NQCA 1H7NA 1YDOA 5DY2A 1PCWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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