2YSWA

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from aquifex aeolicus vf5
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
MLIAVPLDDTNFSENLKKAKEKGADIVELRVDQFSDTSLNYVKEKLEEVHSQGLKTILTIRSPEEGGREVKNREELFEELSPLSDYTDIELSSRGLLVKLYNITKEAGKKLIISYHNFELTPPNWIIREVLREGYRYGGIPKIAVKANSYEDVARLLCISRQVEGEKILISMGDYGKISRLAGYVFGSVITYCSLEKAFAPGQIPLEEMVELRKKFYRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from Aquifex aeolicus VF5
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 86
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yswA00
1FDZA 3NL2A 4YLWA 1OVDA 1OFPA 3W83A 4J9JA 1R30A 3MUXA 4HPJA 1F73A 3LLFA 5D2WA 2JKPA 5J5RA 2IQTA 1GTHA 1R46A 1KBIA 3CM4A 3H55A 5FF0A 2DZXA 1IXOA 3VE7A 3P5YA 1LRQA 4IX0A 1WBJA 2CZDA 3HQ1A 4JYFA 1KLYA 4WY0A 1GEQA 4DPPA 1J5TA 3STFA 3M5XA 4O57A 4JTEA 3S0CA 2VKZG 2Q8ZA 1DJNA 1LTDA 1PVNA 3S5NA 4S2BA 1OG0A 1ZNNA 3LHWA 3WFAA 5AHNA 3IGSA 3N9SA 4DF2A 5U7SA 5D37A 4ZZ9A 2JGYA 1W5PA 1CW2A 3BG3A 2P10A 1A5BA 3TAOA 1ZAHA 1F6KA 2ZRWA 4O4VA 2ISSA 4HNNA 3R89A 2GJNA 1QO5A 3WJSA 1GVQA 2Q3RA 1QPQA 3UYCA 3U8GA 2QAFA 3W2NA 4EIVA 3L5LA 4A2SA 3A22A 3LDVA 5I3KA 3GB6A 1G4TA 3LX9A 5AYYA 4UMBA 5K3VA 3R2GA 2VFHA 4EOUA 4JD4A 1TV5A 1W54A 1EA0A 4WY0F 3MP3A 1VJIA 3LV6A 3HB9A 1IIGA 2QCDB 3BW3A 2Y63A 4UFJA 1F2JA 1FWSA 3HOJA 4OWGA 2B7NA 3TKFA 2Y62A 1JVNA 1FBAA 2CZEA 2QCEA 3W76A 2ZZ4A 2A0NA 1F05A 2PRHA 5E93A 3U2OA 3VE9A 3QPYA 3MBFA 3K30A 2YR1A 2A2IA 3CB8A 1TPB1 3BG9A 2RKXA 2J9ZA 1JRBA 2A85A 3DENA 4OGZA 3GXPA 1QOQA 2PURA 2HS8A 3C6CA 4NJHA 4PFMA 1YLVA 2A1YA 5HWMA 4JY8A 4O16A 3QQ0A 1WXJA 3GXNA 1IXQA 4CCCA 1UBSA 5G2WA 3O05A 3W2UA 4CCEA 2NX9A 2Y6ZA 3MI3A 5I3GA 3KRSA 1KLZA 1GT8A 4ZQOA 3G3MA 2RFGA 1I2RA 1T0OA 2R8WA 4FNPA 1C9DA 2YDAA 3W7LA 3PBYA 3IVTA 2P0OA 2O7SA 3JR2A 5LHEA 2YGYA 5AB3A 4Y9AA 4N9BA 5CZ0A 1RQEA 1TREA 1HO4A 3HPXA 3PBWA 3N2XA 1RVGA 1K8XA 1NF0A 3KRUA 1JUBA 1XBYA 1O5KA 4BI6A 5G1YA 3MHGA 3NO5A 3SECA 1HFBA 3W7EA 4XBKA 5TBOA 5HWJA 4GUIA 2TYSA 3L68A 4MY1A 4HNTA 3TJXA 1W3IA 5HWNA 3T55A 3GDKA 4OU1A 3CT7A 4NJGA 3UWQA 3I7RA 1FDJA 3LHVA 4W9TA 4AEOA 1R47A 2AAMA 5EMUA 3CWOX 1WYIA 2NX1A 1F5ZA 2A7PA 3MBDA 4XKYB 4PODA 2ZQ0A 1KFLA 5BMWA 3HG2A 4QM1A 2WV8A 4NU7A 2C15A 3BLEA 1P1XA 3R12A 3WK2A 1ZHAA 3DBPA 1XDLA 3GKFA 3SJ3A 4HHPA 1OFEA 1DJQA 3NM3A 3OHIA 4O11A 2E6DA 3P8IA 1W5MA 1NSJA 1L6WA 3LHYA 1JQVA 2QJHA 4NJJA 4O4WA 4LS2A 1RD5A 1OFQA 3W72A 1THFD 3NL3A 2WQPA 3TROA 1YPFA 1W0MA 2EGZA 3O63A 1OK4A 4K8HA 5TIMA 1H7PA 2YPIA 3NDOA 5KSWA 5LGZA 3TW6A 4HNVA 1PV8A 4R33A 4FNQA 4MJZA 1G4EA 4AWUA 4LVBA 3RLVA 4BK9A 2V9DA 2C1HA 4X3ZA 1ADOA 1JCJA 1SU5A 4PC8A 1LZOA 3TQKA 1ICQA 1VYPX 3UZ5A 1K02A 3IIPA 3HPZA 3LB0A 1JCYA 2H3DA 1D9EA 3NNTA 1QPOA 5FESA 2Z6IA 3RMJA 3MWAA 4L4MA 3VKJA 1VHCA 5F2LA 3MMTA 1BKSA 4PCFA 2GJLA 3B03A 3LCLA 1H62A 1MO0A 3LLDA 3P67A 3Q58A 3UWYA 5DCEA 4UCGA 4QIUA 3NQFA 4G1KA 3IIXA 3HG5A 4N4PA 3I65A 1K7XA 4U28A 2VEIA 4IMCA 3LM7A 3QW3A 4XBSA 2Y88A 1VHNA 3CU2A 3S5ZA 3IIZA 2XN0A 1EP2A 1N8FA 5KTLA 1A5SA 1G67A 3ABSA 4KFPA 5HMSA 4KKXA 4DO4A 4LVFA 2DZSA 2QCDA 4MYXA 3NL5A 3GX9A 3G24A 1TTIA 1WDWA 1JULA 1SR9A 1PCWA 2J88A 2QCLA 3HO8A 1QOPA 5IBXA 4RXFA 1A5CA 1OX6A 3CWNA 2VFFA 2DJLA 3IRDA 1P0KA 3W7JA 3WJYA 1TYGA 2ZRZA 3W23A 4M6VA 1Q45A 3KVJA 4RV8A 3NPWA 4AF0B 1RR2A 2C14A 1ALDA 2B7QA 3E96A 2J6XA 4UNKA 3G1VA 4FIQA 4BFAA 4CLMA 3HG4A 1VH7A 1LRTA 4NQ1A 3S8HA 1ZENA 5CG7A 3MHUA 4O12A 2RHGA 4RXGA 5F1UA 5LNVA 4R7JA 4BI7A 3GR7A 1T8XA 3DH7A 3KVLA 4MYAA 4Y96A 2XFWA 3LXAA 2D73A 1P4CA 1X1OA 2BX7A 4K6AA 1NAL1 3N34A 2H90A 3LOTA 4DXVA 2ABBA 3W22A 1KV5A 4H6KA 4K37A 3G22A 1VRDA 1HTIA 4RZ6A 3THAA 4Z0SA 5CZJA 2V2HA 1KBJA 1GG1A 2GPTA 1G4SA 3ABQA 1TRDA 2OMAA 5F1VA 5AHEA 1NVMA 3GDLA 3M44A 4HSNA 3JS3A 1VQTA 2Z6JA 1UCWA 4JTFA 3DFSA 3S1XA 3M41A 2GVJA 4Z1BA 5K9XA 1VZWA 1VLWA 1W31A 4LVAA 2J27A 4A29A 2QAPA 2VFEA 1U5JA 5C5YA 2X30A 4UFKA 2NWRA 4NJIA 3W1UA 3I7QA 3HGJA 4UTTA 1W3TA 3UWWA 1WBHA 1AG1O 2E6FA 4D2JA 4X22A 1R2TA 3I68A 4CQ9A 4MVAA 4UTLA 1ZJIA 3LHZA 1FXPA 4JDBA 4PTNA 3SGZA 3QMSA 1KFEA 3GDRA 4S2CA 2V5BA 2ZTJA 2V5LA 3F4WA 3M6YA 5HUPA 3W7PA 2LLEA 3TK7A 4JR5A 4NUWA 2E6AA 3MYOA 3NL6A 3SW6A 5KITA 2PC4A 4AXKA 3OG3A 4O1AA 2P1FA 1KM0A 3M16A 1K03A 2V81A 2EF9A 4LT9A 4TX9A 1EX5A 2CFFA 4M6PA 5IBXC 4WJEA 3C2RA 4Y90A 2VEMA 3DFTA 1Z42A 4IOTA 1W56A 4HPXA 3PF3A 4WXZA 3UXAA 3BW2A 3S6DA 3PBUA 4GNJA 5FI8A 1I4NA 3KVKA 4XUGA 1LBLA 4DO5A 5L6UA 3C2VA 4HN4A 3LGEA 4Z1DA 4PL2A 3H53A 4I7VA 3GXTA 3LI1A 4UTMA 1YDNA 5FEWA 2CLMA 4JTIA 4O53A 1ONRA 1S5WA 4OQVA 4N2YA 3GIYA 4UC5A 1A53A 4JICA 1TPDA 2Y7EA 2ZTKA 1LROA 4LRTA 1MSSA 3LBCA 4O0ZA 1KTCA 3L9CA 3FJLA 1AW2A 1HUVA 3Q94A 1GYLA 3QM3A 5BRBA 4EF8A 3UWVA 1DBTA 3B4UA 1XL9A 2YW3A 1DKWA 1I2OA 3TQVA 3QF0A 3LTYA 1PHWA 3P62A 1XBZA 3P82A 1P5BA 1LOQA 4AB4A 2ZZ5A 1W5QA 4JN6A 3O15A 1KTBA 1O95A 1KTNA 3G18A 3GAYA 3UXDA 4AHOA 3W9ZA 5BMXA 4DBDA 3DGRA 3EX2A 3VNDA 5EL1A 3TV8A 3HGRA 2A5HA 2CLFA 3NQGA 2FQIA 1AW5A 1F74A 3UWZA 1L2UA 4Y6GA 3INPA 4DEFA 4QNEA 4XTDA 1NFBA 1BWKA 1WOAA 3M5YA 2WSRA 1FY6A 2XN2A 5T26A 2QCMA 4FNUA 2ZBTA 1UASA 3W87A 5K9DA 4FNRA 2TSYA 5C54A 1ME8A 3T78A 3W1RA 5AHIA 5FF3A 3WK0A 5HUOA 4UTTC 3S1WA 1JJKA 3W7GA 3ATZA 4E0CA 3I6RA 2YFNA 4FX7A 4HNUA 2JKAA 4O54A 4E2BA 2BZNA 4RZ5A 3BV4A 4Z1CA 4LV4A 4C1KA 1EP1A 4WQ6A 1BWLA 1WAUA 1W1ZA 1VCVA 1KM2A 3G1FA 2RH9A 1GVFA 3PY2A 3L66A 4E38A 4XTIA 5LNSA 5L9FA 4Q4KA 5G5IA 5CKSA 2QUTA 3PG8A 3GYEA 4WX2A 2ZA2A 4GUJA 5LKYA 1LYXA 4MUZA 2DP3A 1LP6A 3QH2A 5E1QA 3SI9A 4N6EA 1DHPA 5AC8A 4JTJA 3BW4A 4UUIA 3GDMA 4K36A 4QNWA 1VCGA 4NZJA 5DCBA 2WKJA 5I3IA 2NX3A 1Z48A 5AHMA 5FF4A 2C6QA 3JRKA 3ZWTA 2BXVA 1G69A 3EWBX 3TMLA 1Z44A 2VEPA 1KA9F 3DKLA 4MJMA 4O15A 3BLFA 1WV2A 2ZZ3A 5G2HA 3FKKA 2ZZ2A 3LERA 3N73A 3OEXA 3E0IA 3C61A 1TQJA 2G95A 2Y7GA 5D32A 2QJIA 4DF0A 1GTEA 5HQEA 1OX4A 4P2VA 2FPTA 5D09A 3HMJG 3SY5A 4HT3A 3P80A 2NLIA 3G1AA 3NR0A 1I45A 4O19A 1TB3A 2FDSA 3QRHA 1RV8A 2JBMA 1N7KA 2V2DA 5HNRA 3RNDA 1HG3A 2WSYA 3PSWA 1AK5A 3LBMA 3NQAA 3LCIA 3KOFA 3IVUA 1K3UA 3NYZA 1SO5A 2GVLA 1XM3A 1ME7A 5LNWA 3DKJA 2ATSA 3W7DA 4RK8A 4MZ8A 5HULA 3QC3A 4JIQA 3NA8A 1T96A 4N02A 4PH6A 3HIJA 4UR8A 3S9YA 4GJ1A 1OF6A 4N4QA 3RFAA 5F4XA 1GYNA 4U4MA 4YCPA 3M7WA 3VCRA 2ISVA 3CEPA 3C8FA 4I7UA 3RU6A 1DOSA 3A23A 4FF7A 3NZ1A 1SZGA 3G1HA 3P8JA 5D02A 2NWSA 3KRZA 2QR6A 3HF3A 4O1CA 2V30A 2A7RA 3EWWA 4TMCA 5LSMA 2VFGA 2QDGA 5F2MA 4LW7A 2GUUA 4A22A 1KM6A 2B4GA 1R2SA 2G97A 3O6DA 4Z0JA 3DU0A 3M47A 1KFCA 3Q2DA 4MPQA 4JX5A 4O17A 1XUUA 3W1XA 3H54A 3W70A 3EXTA 3UY8A 1OFRA 2H8XA 5G4EA 4N6FA 2VFIA 4JTGA 4UTIA 3O6CA 1H60A 1GOXA 3LCFA 3MJYA 1AL8A 5SWUA 3BO9A 2FLIA 1YDVA 3C2FA 2PCQA 3KHJA 3DI0A 1YADA 3W1AA 2FPVA 4JTLA 4O28A 3TSMA 1GWJA 4AWSA 3PWAA 3SZ8A 2DZPA 2J9XA 5EY5A 2CWNA 1FWRA 4NXKA 1FDYA 3HBLA 5C6MA 3NPXA 4PEKA 4UMAA 1Z41A 4M5PA 1WX0A 2C0AA 4N9CA 2A4AA 2NV2A 3LRKA 5AC6A 3PS7A 1I8JA 4NJKA 3TSBA 3W6YA 3NQCA 3N9RA 4JGDA 1ZALA 1Q6OA 3GLCA 4LVDA 2E5DA 4MZ1A 5FF2A 3W7RA 2I9EA 1GJPA 1SZNA 2FIQA 4NZFA 3C0JA 1H7WA 3NQVA 1W5NA 1IIHA 3W2KA 3ELFA 5D04C 2E1DA 4K39A 3TDFA 1R2RA 4UTHA 2V8ZA 1KFBA 1IXPA 2Y7FA 1W37A 2BWGA 3TXVA 3W1PA 1CX9A 1TCDA 2CZFA 4IX2A 4IMEA 3QMTA 5D03A 1M7PA 1YTKA 4UTUA 5EYWA 3T7VA 2RDWA 1LRNA 3CHVA 3EXRA 4GFSA 4TU1A 4DBEA 1SUXA 5K7JA 4WD0A 5K9CA 3L65A 4ADSA 5D2VA 1H1YA 2W6RA 4UIOA 3CEUA 4A2RA 5CPNA 2E77A 4GBUA 4OV4A 1LBMA 3WK1A 4WUIA 1FCQA 1IGSA 2A7NA 4GUGA 5CSRA 5C2XA 1ML1A 3IEBA 3VI2A 3EX1A 1O94A 3C3NA 1F7BA 4FB7A 4JYEA 1L9WA 2GQ8A 5K4XA 3NG3A 3IIVA 2UV8G 3QSRA 1E51A 1FUYA 5DXXA 2KZHA 1X8FA 4FXSA 1QAPA 3TW7A 1X1ZA 2AQWA 3QSTA 2OT1A 2DZUA 1TPVA 4O18A 2EAWA 1FWWA 1GZGA 5F4WA 3N14A 1CI1A 3LXBA 3V1PA 4AH7A 2JGQA 4LOCA 2ZDRA 5CZSA 4Q32A 3W7MA 3NQDA 4QSHA 3FIGA 4LU0A 2GQAA 1KW1A 3UQNA 2ZYFA 1VYRA 4A21A 3W85A 4M7SA 1L6YA 1XI3A 3B8DA 4PA8A 5BOOA 3HGSA 3W74A 3YPIA 3THQA 1XKYA 1PHQA 3E49A 1FCVA 5K4ZA 3IVSA 3T44A 4O1BA 3C2EA 3NEVA 1JRCA 4NNBA 3B05A 1SW7A 4AMAA 1VC4A 3U6WA 3OA3A 1H51A 3WK3A 4MLRA 3MP5A 1ME9A 3O07A 3IV3A 1HO1A 3W75A 3P61A 2DZTA 4BF9A 4WY0B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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