1JCXA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
255
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structures of Aquifex aeolicus KDO8P synthase in complex with R5P and PEP, and with a bisubstrate inhibitor: role of active site water in catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 89
structure length 255
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2001-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1jcxA00
3LCHA 1TV5A 3W2LA 4AAJA 3LCWA 1TPB1 4BI5A 1H51A 5CZJA 1B4KA 2DZVA 2FPYA 3UPWA 4PCFA 3BGJA 2E6FA 3NXFA 2LLEA 2C1HA 5AC8A 3PS7A 2DZPA 4AF0A 3NQ2A 1VYPX 1OVDA 3V75A 2VEPA 1ME8A 3O6YX 1H1ZA 4Z0JA 3LXBA 1GVOA 3STFA 4EWND 1XI3A 4ZQMA 3EX3A 3LV5A 4ZZ9A 1XBVA 4GRSA 4R7JA 1YDVA 4IPJA 1SFLA 2G96A 3BLIA 3EXTA 3HMJG 3ABSA 3W1UA 1EP1A 1VHCA 2GJNA 3KRZA 3OVRA 3LRLA 5TBOA 2E09A 5D30A 3DAQA 3C61A 3QZEA 2BTMA 4NXKA 5DLCA 3WFAA 4QAIA 3EWZA 2CLEA 4GUHA 4IJBA 4UC5A 1SO3A 1P4CA 1QMLA 1TMHA 4GNJA 5CPOA 1LLWA 5HMSA 1ZCOA 5G2WA 1LRQA 4OV4A 3W07A 4Z1DA 3IIXA 1S3HA 3HPZA 1PL9A 5LNSA 1W5NA 1GYLA 4JEQA 2ISVA 2FPVA 2RDUA 3DHDA 4Y96A 4I7UA 1Z42A 1H7PA 4YXGA 1QO5A 1ICPA 4LVBA 1A50A 3NNTA 1G67A 1GPWA 1SW0A 7TIMA 3KAOA 4UXDA 1ALDA 1F6KA 3NPXA 2C0AA 2E5CA 4PODA 3O05A 4JTIA 3MHUA 4WUIA 5AFDA 3THAA 3MYPA 2CZ5A 1KA9F 2A6NA 5LNRA 3C2OA 3HF3A 5AYZA 4E2BA 3W1PA 3G1HA 2NXHA 3E49A 4JTHA 2QCLA 4P61A 5F1VA 3W83A 3GB6A 2V5BA 4DPPA 4ADTA 3I7QA 4Q4KA 5EY5A 5FEXA 2P10A 1K8ZA 1JULA 3GDLA 2OJPA 1RZMA 3HGRA 3ABQA 1JRBA 5HQEA 5AHEA 3LHTA 3MP4A 3NQ7A 1B4EA 1SFJA 5HWJA 3LXCA 2GPTA 2VXNA 3IIVA 4E2DA 2GJLA 3W2NA 1OF8A 1OFPA 3TSBA 1K03A 5DBUA 5D05A 1TPDA 2Z6IA 3LI0A 4M6QA 2G97A 4QISA 3R8RA 1KM1A 1KTNA 2ZYFA 1TTIA 3HO8A 3RLUA 2X30A 3W71A 2IQTA 1A5BA 1QNVA 2JBMA 4AXKA 2A21A 2NV2A 2ZZ7A 4TU1A 3TV8A 4DF2A 4LUJA 2R94A 3KVMA 2W0UA 1I45A 1LORA 3HIJA 3A22A 3W1TA 2GQ9A 4JTUA 4I7WA 3C2EA 4AHQA 1DBTA 2HS6A 4UTMA 5KZEA 3RF9A 3DFPA 3EX6A 1SZGA 3M16A 4JR5A 1LRTA 1IXPA 4OBTA 4E0CA 4O1DA 3H55A 1UCWA 5AHFA 1WBHA 4ZVJA 4GE8A 4Z08A 1W1ZA 3ELFA 1QPNA 1B3OA 1Q6LA 5C5YA 5KZDA 4KFPA 1JCNA 4JX5A 2ZRWA 3GNDA 1LOLA 2JKPA 1T99A 4WX2A 1DORA 2FPTA 5AHLA 3L9CA 8TIMA 4Q33A 4MZYA 1W8SA 3IEBA 4O14A 2A2IA 2RDWA 1G7UA 1C29A 1OABA 3S9YA 4M6PA 5HJLA 3HQ1A 3QMSA 3T44A 3CC1A 3M44A 3GXTA 1UASA 3QEZA 3LRMA 4UTTA 4ZQOA 2OCZA 6TIMA 3LHUA 1QOQA 3L21A 1A5AA 1PCKA 3CIWA 5DY2A 2JKEA 3SGZA 3W7GA 4CQAA 5LHFA 3OG3A 3NQAA 3OA3A 4IPIA 4YWIA 2WJZA 1V7YA 5AC6A 1KM5A 3NOEA 5CPMA 1A5CA 1BEUA 5F4XA 3W86A 2ISSA 2X1SA 2CFFA 3GR8A 3Q2DA 3W74A 3E96A 2A7RA 1DQWA 3EKLA 5BMXA 1F73A 5CZ0A 4UIOA 2VEMA 2QCNA 1KFBA 5I3GA 1OX4B 1OYAA 4K7VA 3LHWA 1QOPA 3PWAA 4O13A 3BW2A 3MI2A 1TQXA 3QQ0A 4DXVA 3DFSA 4LW7A 5FF7A 1FQ0A 1QPOA 2I14A 4PC8A 4XKYA 3LV6A 2DJLA 4HN4A 4HNUA 4O16A 1YTEA 4CNNA 4LS2A 4QNWA 3N34A 1SO4A 4O1CA 3BG3A 3PBYA 1XUZA 1CX9A 4IMDA 2YSWA 2RFGA 1FBAA 4MIMA 5KSWA 1KTCA 3O15A 3SGUA 5EMUA 3I65A 1KBJA 1OFDA 1F6PA 4C1LA 3C2VA 3S1XA 3VI2A 3HPXA 2H3BA 3RLVA 4QITA 3STEA 1VZWA 3O07A 2E5BA 5G4WA 5D2XA 3NA8A 4RLIA 4DQWA 3W3OA 3VFLA 1ZAIA 3UXAA 2YXGA 3DFTA 5CG7A 1YXYA 3O6DA 3STGA 5AOUA 5G5IA 4LVGA 1W37A 5CSSA 3P7YA 4H4IA 1SR9A 4XBSA 2YFOA 3EEGA 1D3HA 3I68A 3W7KA 3WJZA 3WK3A 3S1UA 3F1QA 3BV4A 2Q3OA 3C52A 4BWLA 2YYTA 5CPLA 3TAOA 1GOXA 2YZRA 4IGHA 3GAKA 2E6DA 3P8IA 3G3DA 3ZR4A 1VC4A 1H7WA 4JY8A 2QDHA 3ATYA 1P1XA 1OG0A 1R2RA 2V8ZA 1YTKA 1T96A 4ML9A 3UYCA 3TE9A 4DEFA 4M19A 2Y7EA 5K2ZA 3M47A 1DJNA 3NM3A 3SI9A 1KFKA 2V2CA 3PULA 3L5LA 3ZWSA 1QO2A 1SZFA 5D2TA 3W1QA 1AW1A 2A5HA 3CB8A 1XDMA 1N7KA 3QYQA 3HG4A 1H7XA 4JN6A 1TCDA 3NR0A 1TYGA 5K4ZA 1ZFJA 4OU1A 1KLZA 1RQEA 3NQEA 4DO6A 2B7NA 1DKWA 3TW7A 1QWGA 2WPBA 3GVGA 1VPXA 1ADOA 1VRDA 4NNAA 3E12A 2PE4A 3EWWA 2V2HA 1UB3A 2RH9A 2X16A 1AW5A 3WJSA 1SO5A 4NNCA 4WJEA 3W2JA 4Y9AA 1N8FA 4BI7A 4JTSA 3UNDA 3G1AA 3UZ5A 5LNUA 5G1YA 5U4NA 3F03K 1SZEA 3P80A 2QCMA 3QM3A 4LRTA 2PRMA 1AL7A 3FJLA 4LOCA 4LC8A 4JS3A 1I2OA 5HR6A 3EX2A 4TMBA 1TSIA 3MWAA 4UFHA 2Y7DA 3C8FA 4JTFA 4UR8A 3R13A 3W70A 1SPQA 1O5KA 3G1DA 1ONRA 1OFEA 2WV8A 1QAPA 1YDOA 4JTTA 4LS1A 2DZUA 1L2UA 2VOMA 3LX9A 2J9ZA 1ZY9A 4HNTA 3WK0A 4WD0A 2ZA3A 3TW6A 5BNKA 1AW2A 2OMAA 3NO5A 4N9CA 2CU0A 3SSJA 3RU6A 3LHZA 4AWUA 3P82A 1J2WA 4K7YA 1I2RA 2ZCGA 1WYIA 2OX1A 3T78A 1JVNA 4O52A 2A85A 1O5XA 3A21A 3U8GA 4LU0A 1HO1A 4G1KA 1C9DA 3SW6A 3VKJA 4BF9A 2ZRXA 2BZNA 1ICQA 1WOAA 4O0ZA 4WQ6A 3TDFA 4JTEA 4IXXA 3OVQA 2G95A 1PIIA 2DP3A 3DENA 3W7PA 4OWGA 4KWVA 3PVFA 4GUFA 2TRSA 3PG9A 4YMZA 5AB3A 5DN1A 3SJ3A 3MUXA 2CLMA 3FIGA 3DHFA 1WAUA 1VYRA 4EF9A 3DFNA 4ORIA 2H90A 3IRDA 4JYFA 4K8HA 3INPA 4MZ8A 1K3UA 1OFBA 2QUTA 4Q32A 2FDSA 3G0SA 2NLIA 2Z0IA 4JYDA 3E0IA 1GZGA 3KVJA 4M7TA 5F2IA 3CEUA 4RR4A 5EYWA 3TJXA 5F2GA 3A23A 1IGSA 4N9DA 3CPRA 1JUKA 1YADA 4IXHA 5DXXA 1TV8A 5IBXC 4NUWA 2RHGA 2FB2A 3MYOA 2ZRUA 3PR2A 4UTWA 4BR1A 1H61A 5AHNA 3O16A 4O11A 1KM0A 4RV8A 4WY0F 3P5YA 3C3NA 3VNDA 4MVAA 3QW4B 4Y8FA 1LDCA 2WNQA 4LV4A 4LT9A 1FCBA 2E77A 3P67A 4MYAA 3MBFA 3PUOA 4WXZA 1W5OA 5L9FA 2B7PA 4LRSA 1LLZA 2Q8ZA 2ZTKA 4NZFA 2QEZA 3A5VA 3OVPA 3BLEA 5AN7A 4DPQA 4DO5A 3HG3A 4BK9A 4FXRA 1OFAA 4BI6A 1SW7A 5AHMA 1H7OA 1I4NA 1TJRA 3R12A 4CQ9A 3G24A 1TTJA 2ISWA 3TAKA 3NZ1A 1DQXA 4ADUA 1FDJA 2ZA2A 1JCXA 4AEOA 3NGJA 5C54A 4N9EA 1W5PA 1BWLA 3MHGA 5HUPA 3F4WA 2G5WA 1OHLA 2YW3A 4HKPA 1F5ZA 5C55A 3W1MA 1H50A 3SFKA 1LROA 3NQDA 4Z1BA 4P2VA 2FB3A 2YPIA 4XTIA 1FDZA 3LCIA 3NPUA 4FHAA 1EIXA 3DBPA 2EHHA 5D02A 2X1TA 2P1FA 3N9SA 1YPIA 3NAVA 5CGQA 4PTNA 1Z44A 3B4UA 4ZMGA 3ABOA 3MMTA 2FLIA 4NJKA 2A7PA 1PE1A 4I7VA 2A1YA 4AHOA 1RQBA 2FTPA 2GVGA 3GNNA 4ZL1A 1VLIA 4K36A 4M7SA 4JICA 2VFGA 2CLIA 4JD4A 2CLFA 4UMBA 1IXOA 4UFJA 4JX6A 3LDVA 2FFCA 3W22A 3T40A 2A0NA 3N19B 1FX6A 2V81A 4MFDA 1F2JA 2B7OA 3NL5A 2RKXA 2EKCA 4JX4A 4UMAA 3G0XA 3CTLA 4W9TA 3TMQA 3TKFA 3QQ1A 3ZFHA 1G4SA 1QR7A 1GTEA 4CNOA 1FDYA 4UCGA 2B0MA 3FYOA 1RR2A 2ZBTA 2O7SA 4UNLA 3UZJA 2E1DA 2V0TA 4TX9A 1TB3A 2R91A 2XFWA 5DCEA 5LHEA 4FX8A 1VJIA 3MP3A 1PS9A 2C16A 1FXQA 3ZWTA 2CLOA 2JK2A 3WK2A 1KFCA 2C6QA 5C2XA 3THQA 2DZXA 4U28A 1LZOA 2GUUA 3KFTA 3LLDA 1UUOA 2Y70A 1PHQA 5LKYA 4LS0A 1DL3A 3G22A 5KMYA 3ATZA 3BLFA 3B03A 2UV8G 3PC0A 1GVQA 3Q58A 1PV8A 4UMCA 4ADSA 1SW3A 1TPC1 2AAMA 3L65A 3KRSA 5HR7A 2YFNA 3QC3A 1VGAA 4KWWA 3EWYA 1C8VA 2ATMA 2NV1A 2W79A 1TPVA 3W2MA 3A5FA 1GQNA 3GLCA 3QFEA 4M6VA 2FIQA 4JY9A 1W5QA 4FNTA 4KKXA 2VFIA 5C6MA 3OIXA 4K8EA 2BX7A 3M7WA 4XWUA 2ALDA 2P0OA 4UUIA 3DU0A 4H3DA 4GJ1A 3W7HA 2JGYA 5HULA 3N3MA 1IIHA 4RZ4A 4YCOA 2I1OA 4QJ1A 4UTUA 3DH7A 4ALDA 3TUUA 2WSRA 3BO9A 1DJQA 1ME7A 4BFAA 3UQNA 5HNRA 3CQ0A 1ZAHA 4O10A 1TRDA 3W87A 3KOFA 3TC7A 1KV8A 1YXCA 1M5WA 1FCVA 1AG1O 1X6UA 3GZ3A 4HT3A 4X3ZA 3F4NA 5LZLA 3W72A 4HSNA 4UFKA 3TMLA 4QM1A 1P5BA 3STCA 3DGRA 4ZQPA 4JIQA 1EWEA 1EA0A 1KTBA 3G1YA 1O95A 1QPRA 1GVRA 3NEVA 3W1XA 3LGEA 3P8JA 3CM4A 2E6YA 3P62A 1IXNA 1JUBA 3W2KA 3O6CA 4NJGA 5D33A 3GKAA 5J5RA 1PHWA 5D2WA 3PBWA 5G2IA 3LRKA 4DELA 1TTQA 4NJIA 2PURA 1IIGA 4AWTA 3TIMA 5D03A 3MBDA 5DY3A 1PVNA 2ABAA 1FWWA 2Y7FA 4NJHA 3TR2A 2FQIA 1ZJIA 3VCRA 5H91A 2BSLA 4MJZA 4QIUA 4RX0A 4XZ9A 1VLWA 2VFFA 3GYEA 3M41A 3BPWA 3W6YA 1SSDA 3CU2A 4X2RA 4FIRA 3GXNA 1ZHAA 2FJKA 3B0PA 2VKZG 4S2BA 4KFOA 4POCA 3SY5A 1FCQA 4PFMA 4N6FA 4H6KA 3W1RA 3LHVA 1NF0A 3OHIA 3GDKA 2QCHA 4RZ5A 3MI6A 2QCEA 3B06A 5EL1A 3FEMA 3FKKA 3PG8A 4N9BA 2J24A 1R46A 3B8DA 5HWMA 1LOSA 3C6CA 5BRBA 3ABRA 5A5WA 3TCEA 2Y88A 3TQ0A 3DFQA 3W23A 3FFSA 1HO4A 2WKJA 4O53A 3HB9A 3LXAA 3LBCA 5TQLA 3L67A 1F05A 1O60A 1H5YA 1KLYA 1JUEA 1G6CA 4FB7A 5BW6A 2B4GA 4XTDA 1KM4A 3FKRA 2R8WA 2QJIA 4JXCA 1TPEA 5FF4A 3C2FA 2TSYA 1H7NA 2Z2UA 1MEIA 1OK4A 4UFLA 4UR7A 1O94A 3DFOA 1ML1A 3LOTA 2PC4A 3M5YA 5KITA 3U6WA 4GWEA 2J27A 4OQVA 3W7CA 1OYBA 1WA3A 2EPHA 4UTLA 1VR6A 2VFEA 1FCUA 4N2YA 1U83A 3N2XA 4HIBA 1ZALA 4XKYB 4AMAA 1ZNNA 2X1UA 3EWBX 4YLWA 3FOKA 4K38A 4NQ1A 3GXPA 2XN1A 3LCFA 2AGKA 3Q37A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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