1FXQ | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	263
structure length	263
Chain Sequence	EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Lyase
source organism	Aquifex aeolicus
publication title	Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus	92
structure length	263
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2000-09-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1fxqA00

2V30A 3DFOA 3LM7A 3IIVA 3OBKA 4BI6A 4AEOA 1KM5A 1RVGA 3DFNA 5AHEA 3V1PA 4ALDA 3W2JA 4MIMA 3W7RA 2YPIA 3SY5A 1JULA 1NF0A 2HTMA 4ZQCA 5ABTA 1DKWA 1ICQA 1LROA 4POCA 5D05A 1GYLA 2NV2A 1TIMA 7TIMA 1JRCA 4QSHA 4D2JA 5CZSA 3DZ1A 3UXAA 3CIXA 3HGRA 3NM3A 4Q32A 3GX9A 1I2RA 2A1YA 3O1NA 3H54A 3OEXA 1FWRA 1XL9A 3W7HA 3EWUA 4I7VA 1W0MA 5G2HA 3YPIA 3G1HA 4PH6A 3P5YA 1E51A 4E2BA 4AWUA 3QSTA 4O19A 3T78A 4DO4A 3QMTA 5KSWA 1F6KA 3TFXA 3FOKA 1B9BA 4FNPA 4UMCA 1EEPA 1BEUA 2ATSA 2ALDA 5F1VA 3EXTA 4HKPA 4EWND 1KBJA 1NAL1 3IRDA 2FPTA 1AW1A 2YFNA 4OV9A 2YR1A 4YCPA 3STGA 2JKAA 1WAUA 4L4LA 1T0OA 4WXZA 5LZLA 2PRMA 5DCDA 4IJBA 1U5JA 5H2ZA 4OGZA 4KKXA 4UR8A 3FYPA 1TTQA 3W75A 2ISSA 1JCMP 1VCGA 5K7JA 1YTKA 1PIIA 1Y0EA 4QNEA 1OVDA 2B7PA 2V2HA 2V8ZA 4EIVA 3BW3A 4LC6A 3ATYA 1OX4A 1YADA 3CEPA 4IMGA 3FYOA 3C61A 4Y8FA 4FNSA 3M6YA 2CLKA 2DP3A 3WJWA 2V5BA 4XBKA 1GVSA 1ALDA 5DXYA 1SW3A 4UNKA 3LXCA 3TXVA 5AC7A 3RLUA 2YSWA 5CZTA 3HGSA 3G22A 1W5NA 3TA6A 3HOJA 1RZMA 2QJHA 4HNNA 1H63A 5FEWA 3BVJA 4XTDA 1KLZA 4FNUA 3SI9A 3NQVA 3PY2A 5K4ZA 3TIMA 4NXSA 3DFTA 5HR6A 5I3IA 1H62A 4UMBA 3W07A 3IV3A 2NXIA 1HL2A 5MHBA 3G1FA 3ELFA 3P8IA 4MY9A 1ZAIA 4RZ5A 3N2MA 1VH7A 1ME7A 1WQ5A 1ICPA 1JVNA 3FJ6A 3OA3A 1I2PA 1TPC1 2CZEA 3IVTA 3KRSA 2E77A 4UIOA 1Q6QA 5AYYA 3LCGA 4YCOA 3DFSA 1W54A 2B7QA 5IBXC 4HN4A 1TTPA 3HPZA 2RDWA 4IOTA 1ML1A 1KW1A 6ALDA 5IBXA 2O7SA 4LV9A 4NJHA 4UTIA 1FUYA 1KFLA 3M5XA 1GEQA 5TQLA 3PUEA 5F2LA 4BK9A 4Z1AA 4LVDA 5HNRA 4MYXA 5D37A 4OHQA 2ZRVA 4WD0A 3EX3A 3C56A 3CM4A 5C5YA 1EWEA 3LBCA 5I3GA 2FPYA 1LBLA 5CKSA 1PVNA 3O07A 4XTIA 3M44A 4TX9A 3SGZA 1QNVA 3W1NA 1QPRA 3NM1A 4HPJA 4UMAA 2A0NA 2W0UA 2ZCGA 1MSSA 4TU1A 2CZFA 2Y7EA 5J5RA 1LLWA 5DY3A 3WJXA 4AWSA 2E68A 1W5MA 2FQIA 3F1QA 3LRMA 4XUGA 3L0NA 5FF4A 1I2NA 4ZQNA 1YPFA 4GUJA 3GR7A 3LV5A 1AMKA 4O1CA 3MO7A 4MVAA 3MBDA 2YDAA 2J9XA 2C13A 4FF7A 3W2MA 2RH9A 3B0PA 4N9BA 2Y70A 3MWAA 2P0OA 4RV8A 3CHVA 3LI0A 5G2WA 3W22A 2CLHA 5HWMA 3STCA 2E6AA 3MMTA 4KFOA 3RLVA 2BSLA 3C8FA 3P82A 4GUGA 2WQPA 5AFDA 4JDYA 4AWTA 3PBWA 5F1UA 4KWWA 3NQ8A 3LCFA 5LHEA 2FIQA 3OIXA 3FS2A 4NJIA 1U83A 3BPWA 4IX0A 2NV1A 1QO5A 4A2SA 4DELA 4JGDA 3GDKA 2NUYA 4TMBA 1C8VA 3W73A 4LVBA 4S2BA 5E0KA 4O4VA 5C54A 1R46A 2J9ZA 3NQ2A 3M9YA 1MO0A 5HJLA 2V2DA 1Q6OA 1DJNA 4WJEA 5FF3A 3DGRA 1QAPA 1XFBA 2Q3OA 3NEVA 2QJGA 1ONRA 1TPUA 3GAKA 5LKYA 3G1AA 1W3IA 4RR4A 4NJJA 4M7SA 1PCKA 4O1BA 3HGJA 3SIZA 2YFOA 5FF7A 4N2YA 3RFAA 3NQ7A 5EKYA 4ML9A 3O8AA 4Z08A 3NPUA 3S5OA 1H7RA 1SO5A 1B4KA 1KM2A 3A22A 1HTIA 5FI8A 4BF9A 3EX2A 3CPRA 3EB2A 3B04A 4A2RA 1K03A 2A7NA 1G6CA 4DF2A 3ZFHA 3JRKA 3P61A 3W1AA 1A5AA 3HG4A 2EKCA 5KZMA 4O52A 3G3MA 3NAVA 3DFPA 2Y63A 3N73A 4GE8A 4O50A 3LRKA 3NR0A 2C3ZA 1EP2A 1K8XA 5A8GA 1XUUA 4OE7A 3TROA 3HO8A 1PE1A 2BX7A 4UFIA 3GKAA 2ZA1A 1VYPX 3PBUA 1IXQA 4NUWA 1F74A 3E49A 3M41A 5LNWA 2VFEA 4JX5A 4ZVJA 1WX0A 3GR8A 3LTPA 1R2TA 2PURA 1L9WA 2VFIA 1JCLA 3U2OA 1FCUA 2OX1A 4I7UA 3M7WA 1TJPA 5BMWA 4CCEA 2NWRA 2WNQA 5CPOA 3A5FA 1SFJA 3G24A 3GLCA 4K8HA 1OYAA 3DU0A 2FPVA 2E5CA 2NXGA 4N4PA 2AGKA 4RK8A 5DELA 3M43A 1SW7A 4OBTA 5C55A 4ZQMA 1DORA 4OU1A 4O1DA 4AF0A 4NQ1A 3LERA 2Y7FA 1XBVA 1F73A 3ANYA 3W7JA 1EB3A 4FHAA 4WOQA 5AOUA 3S5ZA 1TPH1 1WA3A 3V75A 3G1SA 4JTIA 4GNJA 4JXCA 3NYZA 2WPBA 4Y96A 1PCWA 3G1DA 1OFQA 1YDVA 4JYEA 1EIXA 3CB8A 2DZXA 1FXQA 5F2GA 2WSQA 1TJRA 1LOSA 1TO3A 3L5AA 3CLMA 2HS6A 3ZWSA 1P0KA 1LRQA 3EX4A 2YX0A 2QUVA 3LCWA 3WK3A 3W7GA 1YXYA 1R47A 1DQXA 1I2QA 2CLOA 2E6DA 1SSGA 3F03K 4FIQA 2GOUA 3LBMA 1KM6A 3KRZA 3DAQA 3S8HA 2I1OA 4R33A 1ZJIA 3C2FA 3P8JA 2Q3RA 3OG3A 3UPWA 3TSBA 1H51A 4BWLA 5CPMA 1IF2A 1LBFA 1FCVA 5G4EA 3MYPA 1CX9A 2QCCA 1PHQA 1JRBA 2VKZG 2Y7GA 4O54A 2Y6ZA 4IX2A 5AC8A 3QW3A 2X1UA 3UNDA 3KFTA 3L65A 4M19A 5AB3A 3TC7A 1TPVA 3QMRA 3I65A 1MEIA 1P4CA 3P7YA 2H3DA 2E5DA 4RJEA 2B0MA 1Z44A 3PUOA 1MEHA 4UTJA 4UTHA 2VEPA 3G0UA 5D30A 1QPNA 3CT7A 2B7OA 3HGOA 4RZ4A 3CTLA 1DJQA 1H1ZA 4RLIA 1ME8A 1VCFA 1EUAA 1W31A 3MI2A 2QCHA 1YPIA 1FCBA 1BWLA 2E1DA 2YW3A 5EA9A 4Z0JA 4MY8A 3S42A 4MPQA 3MI6A 4FIRA 5K9XA 4JN6A 5A5WA 1O95A 4IQLA 3T7VA 3UWVA 2C18A 1AW5A 2BWGA 5EL1A 4Y6GA 1NEYA 4Q33A 5CPLA 1P1XA 1NF7A 4ORMA 3B0UX 3LDVA 3GDRA 3W70A 4UTMA 2DORA 2D73A 2EAWA 1G4SA 4MJMA 3SSJA 5H91A 2ZRYA 1GG0A 5CZJA 3NQGA 1RQHA 1HO1A 1I8JA 3PVFA 3DXIA 4HNVA 5D32A 3EEGA 1P5BA 2J6XA 5HQEA 1J4EA 4R34A 4GJ1A 1M6JA 1TCDA 4EF8A 3UXDA 1BWKA 2H3BA 2V0TA 3QH2A 2V81A 3MP4A 1X1ZA 4MLJA 1HUVA 3LHYA 5CPNA 3ZWTA 3TR2A 1SQ7A 1X7FA 3R13A 1G7UA 1R2RA 4IXXA 3W6YA 3PG8A 4QJ1A 3VNDA 3TQKA 2G97A 4K7YA 3GB6A 1S5WA 2XN2A 4RKAA 1W5QA 1TQJA 3R2GA 3KAOA 4PFMA 2V9DA 2ZZ4A 2ZTJA 3HIJA 4S2CA 1TV5A 2OJPA 2NXHA 1OFBA 3BG5A 4NNCA 2CW6A 3NO5A 5EBUA 1Z42A 3CU2A 1OFRA 3EWWA 5EY5A 1F7BA 3RNDA 4LW7A 6TIMA 1QPQA 3LTSA 4J9JA 2TSYA 1ZNNA 3W1RA 2VC6A 1LOLA 2AQWA 4JTGA 1LLZA 1W37A 4I7WA 3MUXA 1KFJA 1VHCA 5D38A 2QCFA 1JQXA 3VI2A 1GOXA 1SU5A 1Z41A 3TE9A 3M5YA 3MJYA 2PRLA 3GK0A 3TU9A 1A53A 5D03A 1DOSA 3NZ1A 2CLIA 2R94A 2A6NA 2Y89A 5I3JA 1G4PA 3C2EA 3D0CA 1S3HA 2X1RA 3MI3A 3EWZA 3AO0A 3G8RA 4N4QA 4O16A 3MHFA 3IIXA 3VFLA 1BKSA 5AN7A 1WBJA 1WOBA 3L0GA 3E9AA 3W7DA 1ZAJA 3FEMA 3QM3A 1AK5A 3Q37A 2ZA3A 1JUEA 2R91A 4UC5A 1O94A 3UWUA 2WV8A 2A5HA 2NZLA 3W74A 3QQ0A 3W7NA 1VRDA 1LP6A 2H90A 4JDBA 2WJZA 3TAKA 1V7YA 5CZ0A 2WSYA 4O13A 3QJAA 4HPXA 3NVTA 2GJNA 4YMZA 5D04C 1TTJA 1GVOA 3N19B 4BI7A 5I3KA 1KFKA 5DY2A 4DXVA 1D9EA 4CNNA 4FNQA 4RXGA 1YXDA 4ADUA 4IGHA 5FEZA 2G96A 2J88A 5KINA 4GBUA 5BRBA 3LRLA 3W2LA 3O06A 3LLDA 4MLRA 5I3FA 2F84A 5K9DA 4H4IA 1B3OA 1SFLA 3G1YA 4R7JA 3UWZA 3W85A 1KFCA 1VS1A 3L66A 1EWDA 3GXPA 1FQ0A 2ZZ5A 3C52A 5TBOA 5FEPA 3W86A 4AB4A 1H1YA 3IGXA 1UUMA 3L2IA 1KTCA 2WOQA 4XKYB 3TFCA 3O16A 2ZRXA 3T55A 1K8ZA 4E0CA 4KWVA 3O6DA 3FIGA 3NQFA 1VYSX 4Z1DA 1LTDA 4JTTA 4YL2A 4WXYA 4IPIA 3GDLA 3W1XA 4LS0A 4ZQPA 3W88A 5EPDA 3O6CA 2I9EA 2J9YA 3HQ1A 4XBSA 4MZYA 3HBLA 3N34A 1C29A 3WK2A 4CQ9A 2GJLA 3I7QA 1OK6A 1IXOA 3UWYA 1Z48A 4UTWC 4CNOA 3GAYA 2NX9A 4ORIA 4A21A 3PC0A 3ABRA 1ZHAA 4K39A 1L2UA 4N9EA 3W1MA 4FEZA 4FX6M 1UB3A 4UTWA 1OF8A 4PC8A 1S5VA 3S6DA 3PSVA 3H55A 3AJXA 1X6UA 2DZTA 1K7XA 1QDSA 3Q2DA 4CQ8A 4LWWA 3VE7A 3FA5A 4JIPA 4K6AA 2CZDA 1VLIA 2ZTKA 3GDTA 2A21A 3M16A 2V5LA 4A3UA 1SZNA 1UJPA 1FWTA 1Q6RA 4M6VA 3R89A 2QAPA 3BGGA 2WO5A 5HR7A 3UQNA 3UZ5A 5L6UA 3S5NA 5F4SA 1JCNA 2Y88A 5FEXA 2ABAA 1NFBA 5DBTA 5F2MA 4ZL1A 1M7OA 1TPB1 1D3GA 4UCGA 5HWJA 5G1TA 2ZBTA 1LYXA 3TW7A 1B57A 4JTUA 1IXPA 3GNDA 1LOQA 1K7EA 2H6RA 3I6RA 4GXMA 1FXPA 4B5NA 5L9FA 3B06A 1GG1A 1RD5A 2TRSA 1XUZA 4Z1CA 3S1XA 5LSMA 4PTNA 4UUIA 3VKJA 1QFEA 4AHQA 3PSWA 3SR7A 4NU7A 3G18A 2EPHA 1QPOA 3KVLA 3L0KA 3G0XA 1KTBA 3GDMA 4JEQA 4JTHA 2A85A 1A5CA 3HG5A 1AW2A 4E2DA 1L6YA 2ISVA 2Z0IA 3G1XA 2DZWA 2P10A 5F2IA 4LT9A 3C2OA 4PCFA 2E6YA 1XM3A 4ADTA 3H53A 2VXNA 4FX7A 4DF1A 2J24A 3N9RA 3W83A 3TCEA 1HG3A 3R5EA 3TH6A 1KM1A 3P5ZA 4IMEA 3QPYA 1JCYA 2VENA 3EXRA 3EXSA 4X22A 4AH7A 5AHNA 4O0ZA 1LRNA 1SPQA 4O11A 2Y62A 3F4WA 4LS1A 1KM4A 2C16A 5E93A 2NWSA 1FDZA 2EGZA 2Q8LA 4JICA 3S5YA 4DBDA 3C2VA 2RDUA 3CWNA 4GUHA 4BR1A 1O5KA 4JY8A 4FXRA 1GPWA 1GTEA 2X30A 3S1WA 3ABOA 3HPXA 1LRTA 4DF0A 1K3UA 4UTTA 5J5DA 4LV4A 3QW4B 3NQAA 3RMJA 1YDNA 2B7NA 4IUOA 1QCWA 1IGSA 3KVJA 2ZRWA 1X1OA 5K4XA 4AHOA 4LVAA 3OVRA 4EOUA 3LV6A 1EX5A 5D2WA 2BLEA 1YLVA 1RQBA 3W9ZA 4LVGA 1D3HA 4K7VA 3W2UA 4ONVA 1MEWA 3T44A 1VHNA 2W79A 3C6CA 3BLIA 3PBVA 1JCJA 4MFDA 3HB9A 4KFNA 4O1AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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