5M17A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannanase from bacteroides xylanisolvens in complex with mannose-alpha-1,3-1,2-dideoxymannose
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens xb1a
publication title Contribution of Shape and Charge to the Inhibition of a Family GH99 endo-alpha-1,2-Mannanase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycosyl hydrolase family 71
total genus 133
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5m17A00
1E0WA 4JCMA 2WKGA 4WKHA 2JFEX 3WEMA 2WWCA 1GHSA 1JZ7A 4U5IA 3NDZA 2IXUA 3PZIA 1GNXA 3VOCA 2ZUWA 1FP8A 2CHNA 4D6FA 2GJRA 1RH9A 3D5HA 3ARZA 1UH4A 5A69A 3CUIA 2HVMA 1SMAA 2OSXA 2VRJA 3VIMA 4KMQA 1X6LA 4DUWA 1BSIA 4PTVA 5A94A 3VIGA 3VMOA 3ARWA 2UY5A 2VI0A 2ZX5A 4LPCA 1F4AA 2DQXA 2WMFA 3WH8A 1LL7A 5ABFA 4JAWA 2X0HA 4CN4A 1AMYA 3LPFA 4QAWA 3AIRA 3CMJA 3VU2A 2BY1A 1JI1A 3VKKA 1CXHA 1MW2A 1ZU8A 4KRTA 2WMHA 1UOKA 3SUTA 4D6DA 1J0HA 2PBGA 1E6SM 3RDKA 4D1JA 1UZ4A 4U33A 3PZQA 2VQUA 5EFFA 4MNJA 4W7UA 1E15A 2VZTA 2YDQA 3PZMA 3IAPA 2E8ZA 4HMDA 2J77A 3W4RA 4UFIA 4M81A 2MANA 1V3KA 1CXEA 1XD0A 4UQDA 3POHA 4AD1A 1JF5A 3BSGA 2OYMA 3BMVA 4OOUA 3AXHA 2FGZA 3GNOA 5HDRA 2PBOA 4U2ZA 3GM8A 4IPNB 1QI4A 2QPSA 2JE8A 2DSKA 3VDCA 3MO4A 3AI0A 4MJ4A 4M56A 4ATLA 3T2OA 4S3JA 2Y24A 3AS1A 2X2YA 4UOZA 4PMUA 4PRWA 3WENA 1W1TA 1MW1A 5TD4A 2O92A 2DT3A 3VGBA 4A3YA 2WKLA 1B31A 1MFUA 3POCA 5AC4A 2VZVA 2XWEA 1OB0A 1DTUA 3PBGA 3CPUA 1FHLA 3SCQA 4A3HA 2CIPA 3N9KA 1OM0A 2BNJA 2WW5A 1PIGA 1WZAA 4JKMA 1B1YA 1ITXA 4GQQA 4GZJA 4ZE4A 2DH3A 3EDJA 4QP0A 1I1WA 4Z2IA 3OBAA 4JFVA 2J4GA 4EANA 1E55A 1I75A 4Q22A 4EE9A 2XYLA 3QOKA 3AZSA 3IANA 2E9LA 2E8YA 1HJUA 3WNMA 5HBFA 5A2AA 4ZENA 2XWDA 5GNYA 2WVUA 4ZEPA 3T0DA 2VR5A 4U3AA 1UKQA 3AMCA 3NIYA 3CZEA 4GI6A 3THDA 1UR0A 4TVDA 3D3AA 3M46A 4OKDA 4MB3A 4AWEA 2CERA 3U5UA 2JEQA 4Z2HA 5IFTA 1JG9A 1XCXA 4XV0A 3PHAA 3A4WA 3L4TA 5E09A 1BPLB 1XD1A 2CBUA 1R7OA 4P7QA 5JBDA 5EB8A 4DUXA 2ZUUA 5CJ5A 3MUAA 2G8ZA 1HJVA 1VBUA 2DT1A 2NT0A 3QHOA 1H09A 4GXPA 1HNYA 2CYGA 5BRPA 1CDGA 5CXPA 3DYOA 5C71A 1DWFM 1VF8A 3WQ8A 1E4IA 1QW9A 4HPHA 2NSXA 5DT5A 1WB0A 1EO7A 4F8XA 3VGFA 4MAVA 3VTRA 4TXEA 3CUGA 2PI6A 5DMYA 5JBEA 1EA9C 4UFMA 2OWXA 1V0NA 2ZUMA 1B3WA 1MVYA 2IXVA 4LYPA 4YPJA 3WEZA 1OT1A 1UWRA 3W28A 4ACZB 1TA3B 1OIMA 3AQUA 3CO4A 1KXHA 2W61A 1HKJA 2W67A 4V27A 1FFQA 1ZBWA 3TTQA 3GBDA 1E9LA 1GQLA 5FKYA 3ZJ7A 4CU7A 1BGAA 1KGXA 3O2LA 3VDHA 4MNMA 1VIWA 3W37A 5A6MA 3IJ9A 1B9ZA 1E3ZA 4ZXLA 3GH4A 1VFOA 4QDMA 3N04A 2DH2A 3WMSA 3AMDA 5ECUA 4J27A 1E73M 1E70M 4PCTA 2O9PA 1BYDA 2VUYA 1WCGA 4D6JA 1RP9A 2YBUA 4RL3A 1W3LA 1PX4A 1QW8A 3PZTA 2DT2A 3G6MA 3WD3A 1V6VA 1WDRA 3NUKA 3NSMA 4Q7NA 3GXMA 4AEEA 3I3EA 3CUFA 5IHRA 4PTXA 1BG9A 2A3BA 3AHTA 4UQ9A 1C93A 1ISWA 2XG9A 2DT0A 2XFYA 3FN9A 2YL5A 2DIJA 4AYSA 1X1NA 4K68A 2OLHA 3W27A 1C8QA 4MB1A 4J3TA 4D6EA 1UD3A 3OIHA 3WNOA 1H0IA 2VZOA 1UA7A 3ZT5A 4XX6A 4BQ3A 3CZKA 1GQIA 4RE3A 4DWSD 1XSJA 2UY4A 7CGTA 1CEOA 4J3XA 3L4XA 3S6TA 2Y5EA 2WPGA 4MPKA 4KGJA 3VMPA 2X05A 2WANA 2WZEA 4LGXA 4QCEA 3WH9A 2VQTA 2OYLA 1LG1A 1XH2A 2ZXBA 2FHCA 3F5JA 1B30A 4XZBA 1EDQA 1KGUA 3AICA 5E0CA 1UD5A 1H5VA 2QLYA 1ISYA 1ZB5A 1JNDA 1UR9A 2Y8KA 5CZKA 3F4VA 3BAKA 2CXGA 3RMEA 4KWUA 1K6AA 4GZIA 3TA9A 1EQPA 2XFFA 1XRVA 3VIJA 4U2YA 1EHNA 1NOFA 2W5FA 2V3EA 4W5ZA 3AZRA 3WQ4A 3L4UA 3VX1A 1KR0A 3ARRA 2V5DA 1XHGA 4H8UA 4ATDA 1H41A 3WDPP 4ACZA 2VL4A 1TA3A 4CD4A 1W91A 5CGTA 1E3XA 3U57A 2TAAA 1XYFA 4NF7A 1KB3A 2E40A 4GIAA 2ZICA 3B8SA 1GVYA 4CN6A 2D2OA 3ARTA 4BQ4A 1V6UA 1HIZA 1AQMA 2VURA 4M82A 1LJYA 1LWHA 2EQDA 1GOKA 3MMWA 3VIKA 1CIUA 4U3CA 4DM2A 1V08A 1YQ2A 2DSZA 4AIUA 3KL5A 3CHDA 5IDIA 2FHFA 3PZGA 2VCBA 1LL4A 3NSNA 1GCYA 4C7DA 4HU0A 5FL0A 1JD7A 1VB9A 1QVBA 4EK7A 2OSWA 5AYIA 4J3SA 1KR1A 1GOIA 1GZJA 4YHGA 1BF2A 1E6XM 1E6NA 3RCNA 3AIVA 1HF6A 1W9BM 4CD5A 3FY1A 2OWCA 1E6QM 3WH5A 3ZSTA 3WF4A 3WKZA 1US3A 1BGGA 4DUVA 3ZT6A 5D9OA 2EJ1A 1V03A 1VRXA 1UR4A 1WE5A 2BY3A 4PTWA 1EGZA 4HMEA 4L4OA 3T2PA 1FOBA 3LPOA 3GXIA 2J25A 4URIA 5BXPA 5I0DA 2D20A 4PMYA 4AZ6A 4PSRA 3AIUA 2ZUVA 5D9MA 2QMJA 2VZUA 4GI8A 1CXFA 4RE2A 2DSVA 1YHTA 1DWJM 3K8LA 2BXZA 1W3JA 4IISA 1HP4A 3SCTA 2CCRA 2J47A 4FK9A 4W84A 3BMWA 2ZX7A 5GPRA 1CXLA 1C90A 2XFRA 4YHEA 3VIOA 3MV11 1MQQA 3ZT7A 2G3IA 4XUYA 1CPUA 4GKLA 4N42A 5IHSA 4E8DA 4H2CA 4BCEA 1JNEA 1KXVA 4CCDA 1NWRA 2BXYA 1GOWA 4MADA 1QNRA 3OLIA 3WF1A 1H49A 1G5AA 4CD8A 1H3GA 1TE1A 3ZJ8A 3VIIA 2O9TA 5I79A 1XV8A 2VX7A 3UR8A 3WQ6A 1E56A 4UR9A 1W1VA 3GXDA 2VX4A 5A6AA 1EO5A 2D0FA 5M5DA 3DYMA 3RO8A 4HZ6A 2CBVA 3OB8A 4H04A 1Y7VA 3ARUA 3VNZA 5C70A 1QI3A 4HZ7A 3BAJA 4D72A 2XJ7A 5DEZA 2A3CA 3A47A 1KWKA 1GONA 2BVTA 3UG4A 1EIBA 3VVGA 3PTQA 3WUEA 1WDQA 1XH1A 1UWIA 4S3KA 4NRSA 5D8WA 4JHZA 3RM8A 4AISA 2C7FA 1JFHA 3AS3A 5A6BA 5HPOA 3GYCA 1FFRA 4HOZA 1XGZA 5CPQA 4EAMA 2QF8A 3S2CA 4WF7A 3HMCA 2E9BA 3E1F1 3WQVA 1JAKA 1K9TA 3OZOA 1CGWA 4L4PA 2YKKA 4JKLA 5I6SA 1LL6A 2QMKA 3MMDA 3PZ9A 5A1AA 3CTTA 3WEOA 4EKJA 3MANA 4UZSA 3AMKA 4NI3A 5GNXA 3SCOA 3BXWA 1W9UA 3W38A 1DWHM 1M04A 3WNKA 1FHDA 4ZXOA 4B3KA 2J62A 1ODUA 2VNCA 4UFHA 5EMYA 2WHMA 4X0NA 3GTNA 1WZLA 3SCSA 2VT0A 1DEDA 4CUCA 4TX6A 2VCCA 1QPKA 3ZO9A 1E6RA 2BY2A 3CMGA 5CLTA 3T0AA 6TAAA 3WMBA 3N13A 3SCWA 3OGVA 1V6WA 1NOUA 3FNDA 3GNPA 4ATWA 3AXIA 2EPNA 3W6MA 2YBTA 2YA2A 5AC5A 4AY1A 3BAIA 1CLVA 3WDQA 1KCLA 4CD6A 2XIBA 3O6AA 2WZIA 3WQWA 1JZ4A 4HOWA 3CZJA 2XM1A 3K4AA 4MB4A 3UEQA 3VMNA 4CU6A 3AMLA 3WD4A 1LQ0A 3AROA 1VBRA 2VC9A 2PWHA 3IAQA 1XSIA 5ABHA 2GJPA 1XSKA 3AIEA 5BXTA 3EDKA 2J7DA 1NP2A 2PF0A 2V5CA 2F2HA 5C8BB 2WMKA 1OIFA 1V3JA 3WNPA 2BHUA 1BG4A 2CKSA 2GVYA 3TP4A 5A6KA 1U2YA 1L8NA 1HJXA 1B3VA 1UD2A 1B0IA 1BTCA 3W29A 1E4MM 1TVPA 1W2VA 2YA1A 3ALFA 2G41A 3K4DA 4HA1A 3WY1A 3AS0A 3RILA 1FP9A 2NT1A 4RE4A 1GQJA 1JDDA 2AAAA 3OGSA 5M17A 1PZ3A 2W66A 3VM5A 1J9YA 1PIFA 3ALGA 1BVZA 3L4YA 1DWGM 3SCPA 4LYRA 4PYSA 4W5UA 4AD0A 1EHAA 3AYRA 4F9DA 3BAWA 2WM0A 3EMZA 3WD2A 2EPOA 4D6IA 3EDDA 1OGSA 3VGGA 4Y7EA 2X09A 3WDIA 1EDGA 5GQBA 1AVAA 1ISXA 4V28A 1JD9A 4HPGA 3AIBA 3EDFA 3FHQA 1D7FA 3WDJA 3HJEA 4OZOA 2FDMA 2ZWYA 5DF0A 2PC8A 4M29A 3W81A 5CSUA 3RM9A 4IPLA 1C3FA 4WK9A 4OUEA 3DYPA 4CKQA 1W32A 2QPUA 4QFUA 4HTYA 4P7RA 1E71M 1E40A 1B3XA 2YJQA 1RD6A 3CLWA 3KE0A 3UCQA 1C7SA 1GUVA 3ARVA 3CHFA 1TVNA 5BRQA 4E2OA 4B3LA 1JZ6A 1C91A 1HJSA 4X0VA 2C0HA 1ZS2A 4J3VA 1JGIA 1GJUA 4FLSA 4PMNA 3VDBA 1UKTA 1GHRA 2WXDM 1R8LA 5I24A 3VD4A 1ZBKA 1CGUA 2CHOA 1V0KA 4XB3A 4HU8A 3MMUA 1Q6FA 4U31A 1OBAA 3ARXA 2ESCA 1JXKA 1A47A 2PWEA 3UG3A 4WSJA 4AZ5A 4PUDA 4F79A 2W4XA 2X1IA 3M6DA 3SURA 3VM7A 3CHEA 2B31A 5CG0A 4OOZA 1DWIM 1C7TA 5EBAA 2ZUSA 3UETA 3B9AA 1TG7A 3L4WA 3BH4A 2J75A 4AXNA 4BZYA 4D1IA 2ZE0A 1NWTA 3PN8A 5A8OA 4TTUA 3WDRA 3MKKA 1W2PA 1TCMA 1GVIA 1WKYA 1OGBA 1QNQA 5BXSA 4JFTA 1B3ZA 3WL1A 4WKAA 2WC3A 4AEFA 2WB5A 2CITA 1H4PA 1M03A 1JAEA 1HVQA 2D22A 4PSPA 1JYVA 1CGYA 4V2XA 2WMJA 4MNKA 5LA2A 3W53A 4D71A 1V3LA 2WAGA 3OLEA 4MAZA 4NRRA 3WH6A 3CUHA 3KWXA 4WJXA 4CCCA 3VD7A 2CEQA 5LA0A 1G1YA 4UFLA 5BROA 1HVXA 5CLWA 5IXEA 1ISZA 1CWYA 2FH6A 1JZ8A 1UWQA 4Z2LA 1BYCA 1RP8A 2GDVA 1GQKA 3IJ7A 4JHOA 4DM1A 2PWGA 3SIMA 3A6OA 2V38A 4NSBA 2XHYA 5EFDA 4H41A 3II1A 2WHKA 1V0LA 3CH9A 3ZR6A 2JF6A 9CGTA 2XVNA 5CGMA 1JDCA 1NH6A 1M01A 1SMDA 3VIPA 4UNIA 1ZBVA 4PMXA 3WQ5A 1E0XA 2J7BA 4BF7A 1WP6A 4PN2A 4W8BA 5A8PA 3MUIA 3I3BA 3AHVA 3GBEA 1H2JA 4D6CA 2J7GA 2Q8XA 2AMGA 3CUJA 1J18A 3VGHA 3PZNA 1FH8A 2JF7A 5I2UA 1BHGA 3A4XA 3W0KA 1NWSA 1Q4NX 2J7HA 1B90A 1EXPA 2OSYA 2YL8A 1E1EA 1JL8A 3RJXA 1UR1A 3AIQA 3BLPX 4P7OA 2W62A 1J10A 1CXKA 1UA3A 1MQPA 3VUPA 2ZWZA 4Z2JA 4PEEA 3ZIZA 3W6LA 1AQ0A 1DP0A 3SCUA 3GH5A 2W92A 3VX0A 5AYBA 4GZEA 5A95A 4HZ8A 4UQBA 1ISVA 4OBSA 1B3YA 3TTYA 3WL0A 3WD1A 1OINA 1VEPA 4W7WA 2XVLA 3ARPA 4TVCA 3N11A 3SUVA 3B9EA 5HOSA 3EMQA 5BCAA 2GK1B 1XH0A 1W9VA 2Y4SA 1KXTA 2EO7A 1VJSA 1OCQA 1VFMA 1V3HA 1CTNA 2XVKA 3N15A 5CPTA 1CECA 1LLOA 2DIEA 3AS2A 1VFUA 1G01A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E0W A;  4JCM A;  2WKG A;  4WKH A;  2JFE X;  3WEM A;  2WWC A;  1GHS A;  1JZ7 A;  4U5I A;  3NDZ A;  2IXU A;  3PZI A;  1GNX A;  3VOC A;  2ZUW A;  1FP8 A;  2CHN A;  4D6F A;  2GJR A;  1RH9 A;  3D5H A;  3ARZ A;  1UH4 A;  5A69 A;  3CUI A;  2HVM A;  1SMA A;  2OSX A;  2VRJ A;  3VIM A;  4KMQ A;  1X6L A;  4DUW A;  1BSI A;  4PTV A;  5A94 A;  3VIG A;  3VMO A;  3ARW A;  2UY5 A;  2VI0 A;  2ZX5 A;  4LPC A;  1F4A A;  2DQX A;  2WMF A;  3WH8 A;  1LL7 A;  5ABF A;  4JAW A;  2X0H A;  4CN4 A;  1AMY A;  3LPF A;  4QAW A;  3AIR A;  3CMJ A;  3VU2 A;  2BY1 A;  1JI1 A;  3VKK A;  1CXH A;  1MW2 A;  1ZU8 A;  4KRT A;  2WMH A;  1UOK A;  3SUT A;  4D6D A;  1J0H A;  2PBG A;  1E6S M;  3RDK A;  4D1J A;  1UZ4 A;  4U33 A;  3PZQ A;  2VQU A;  5EFF A;  4MNJ A;  4W7U A;  1E15 A;  2VZT A;  2YDQ A;  3PZM A;  3IAP A;  2E8Z A;  4HMD A;  2J77 A;  3W4R A;  4UFI A;  4M81 A;  2MAN A;  1V3K A;  1CXE A;  1XD0 A;  4UQD A;  3POH A;  4AD1 A;  1JF5 A;  3BSG A;  2OYM A;  3BMV A;  4OOU A;  3AXH A;  2FGZ A;  3GNO A;  5HDR A;  2PBO A;  4U2Z A;  3GM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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