3IIVA

Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: kemp eliminases of the ke07 series
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
AKRIDAALILKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPITVGGGIYDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGTKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKTEHFLEAFLAGADAAKADSVFHSREIDVRELKEYLKKHGVNVRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Evolutionary Optimization of Computationally Designed Enzymes: Kemp Eliminases of the KE07 Series.
pubmed doi rcsb
molecule keywords KE7 KE7_R7_1/3H
total genus 93
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3iivA00
3B03A 4O18A 3LLDA 4QNEA 1TQXA 3TW7A 3G3DA 5KITA 2NX9A 4FX6M 1S5VA 2R91A 2EHHA 1SFLA 1C29A 4IOTA 1W5PA 2QCMA 2A85A 4Y96A 3GDRA 3TSMA 1TTQA 4DXVA 4X9SA 1FCQA 1QCWA 3GB6A 2CZ5A 3H55A 3BVJA 4AWTA 4MKNA 1TPH1 1FCVA 4ZMGA 4NZJA 3TK7A 4HHPA 2E6FA 2CLIA 2ISWA 2OMAA 3B05A 3HB9A 2VENA 3UYCA 3B06A 3IEBA 4O0KA 1L6SA 3C2RA 1ZCOA 2FJKA 2UV8G 4MZYA 3HG4A 4IMDA 3PULA 1X7FA 1ZFJA 5F1UA 3PF3A 4HKPA 3OIXA 5HQEA 1F74A 2PRLA 1SUXA 3LHZA 5HINA 1RQBA 3M5VA 1XCFA 3DKLA 1NF7A 4NXSA 3W7MA 5FF3A 1QMLA 4O52A 2ZA3A 2CW6A 4WJEA 5E1QA 1EP1A 3NQ2A 5D38A 3NDOA 1TPDA 3K30A 3BW2A 3FEMA 4JTLA 3T4CA 1LTDA 5DN1A 5TBOA 2P1FA 3ATZA 1ZAHA 4UTJA 4MFDA 5HULA 4DF0A 2ZZ1A 5C2XA 3BW4A 3QSTA 2J9YA 2FPVA 5AYZA 4N4QA 1OABA 1G69A 2Y89A 1TV8A 4KWVA 3S5OA 3LRKA 4A21A 4XKYA 3PUOA 5U7SA 3QW3A 3M5YA 1IXQA 3SIZA 5IBXC 3NAVA 4AHQA 2YW3A 4RLIA 4N4PA 1KV5A 3N73A 1KLYA 3ANYA 3NQGA 2YFOA 2FDSA 1YXCA 2E5BA 2E6DA 1JCNA 2A21A 4IMGA 6ALDA 1Z48A 3PSVA 3MW7A 4AEOA 1IGSA 2QCDB 1VRDA 1W5QA 5LGZA 3S5ZA 1LLZA 4Y90A 1OFQA 3QYQA 2QUVA 3C6CA 3IVSA 4Q32A 1VQTA 1Z44A 2OZ0A 5CG7A 2H8ZA 3PM6A 4Z1AA 3FKKA 3LCFA 4GUGA 4KKXA 1KM2A 4NZFA 4RR4A 1I2RA 4O11A 2BWGA 1KFBA 1GJPA 1LYXA 1M7OA 2ZFAA 3NL6A 4XBSA 4DEFA 3EWWA 4POCA 4UFIA 1ML1A 4LRSA 1EA0A 5D04C 3FLUA 3G22A 3EWXA 3CU2A 2RDTA 3TAOA 1BWLA 4GE8A 2ZZ7A 5I3GA 1UUOA 5HJLA 1JUKA 2DJLA 2O7QA 1JCYA 3P8JA 2NWSA 2WJZA 4S2CA 1F6KA 4O54A 3GZ3A 4O53A 3W2KA 1LOQA 4MLRA 2EAWA 3MUXA 3B04A 2Y62A 5AN7A 4GXMA 2Q8LA 5BOOA 1TREA 3GR7A 1R46A 3IIPA 2WNZA 3RMJA 5DBTA 4ZQMA 4WOQA 5DCBA 2GUUA 2JBMA 2KZHA 3HG2A 1VYPX 2A6LA 3Q94A 3I7QA 1EX5A 3A5FA 1JULA 1P0KA 2ZZ3A 1TYGA 3FFSA 5K9XA 3KXQA 1PCKA 4RV8A 3W2NA 1FQ0A 3S1WA 2V81A 2QCGA 3U8GA 3TMLA 3USBA 3W1UA 3O15A 4EOUA 4BF9A 3LB0A 3DH7A 1N8FA 3CIWA 3W1NA 4MUZA 3PVFA 1GYLA 4E2DA 3EX4A 3WJZA 3W1LA 3NXFA 3BG5A 2QAFA 4YWIA 4WOZA 2YZRA 3W71A 2YGYA 1LOLA 1VHNA 5FI8A 4FB7A 4GUJA 1KM6A 4CQAA 1DVJA 1ZALA 2Y63A 3NA8A 4KWWA 1I45A 3G24A 4OE7A 2YDAA 4JTKA 3R5EA 4RJEA 4Y6GA 3G0UA 1TCDA 4JN6A 1K7FA 4Z1CA 1PL9A 3NGJA 4LVDA 4ZQOA 1R2TA 3LHVA 2Y61A 2ZYFA 4UTWC 2X30A 3FS2A 2A7NA 3W76A 1VPXA 3TKFA 2BLEA 3GDLA 3TQKA 3L0GA 4NXKA 2NXIA 1SQ7A 3LRLA 3WJYA 4JYDA 2CLMA 5DY2A 4OT7A 4JTJA 4LVAA 1VCFA 3TA6A 3PC0A 3DI0A 3DGRA 1GPWA 1XUUA 1JRBA 4PODA 2QAPA 3G1HA 3WK0A 3NPUA 4NX5A 3DAQA 2QKFA 5FEXA 3OVQA 4NJJA 4RXFA 5CZSA 2B4GA 3SY5A 3T78A 2GPTA 1LBLA 4JD4A 1G4SA 3TR2A 1FCUA 2YSWA 4K37A 4UC5A 1ZY9A 4YXGA 3TU9A 1AG1O 4R53A 3JR2A 3S9YA 3BV4A 3LI0A 5BNKA 1TTIA 2ALDA 4IUOA 4AF0B 1W3TA 1KBIA 1KM5A 3TQVA 3G8RA 3R8RA 5FF2A 4DPQA 5G2IA 3C2EA 2WPBA 2XN0A 4LY8A 1DOSA 1SR9A 4DBDA 3UWVA 1NAL1 1AW1A 2NWRA 2XFWA 2YYUA 2ABAA 2P0OA 3NQMA 4JX6A 3P80A 1O5KA 1P5BA 3H53A 4L4MA 3C2OA 1LP6A 2A1YA 1ICSA 5KINA 4UCGA 1SO4A 3UNDA 1J5TA 3S8HA 2QCEA 1JQVA 1TV7A 2VEKA 2WNNA 2TYSA 2DU2A 5H91A 3TSBA 1C8VA 1W8SA 1XFBA 4UXDA 3HGSA 3M1ZA 4R7JA 3LHYA 4S2BA 1JUEA 1MEWA 1PS9A 3TC7A 3C56A 4XUGA 3SSJA 3GAYA 3ZWSA 2WO5A 3S1XA 3B4UA 1DKWA 1GVOA 2ZA1A 1O94A 4BI5A 5AC8A 1HO1A 4LC6A 1N55A 3LTYA 1I8JA 5HWJA 3WK1A 3NQDA 2FFCA 3FYPA 5F4XA 2OJPA 5FEZA 3O07A 5MHBA 1FWWA 4O0ZA 4MZ1A 4ADSA 5E0KA 2ZTJA 1OFOA 1OFBA 3N9RA 4H3DA 2DZXA 3HO8A 2G95A 3FKRA 3IGXA 3W75A 1SO5A 3ZWTA 1ONRA 4I7UA 3DXIA 5G4EA 2V5LA 1IXNA 3S5YA 1EUAA 1GYNA 3PBVA 1TPWA 4FO4A 5AHEA 3STEA 4RCXA 4WXYA 1PHQA 1ZAJA 1VYSX 1BWKA 4RZ6A 4CQ9A 2E5DA 3MP4A 1KTCA 4FIQA 3DHFA 4OBTA 1B57A 4XQ6A 1G4PA 1K03A 1F7BA 4TO8A 1QPOA 1XXXA 4EIVA 5F2GA 1QR7A 4A3UA 1TJRA 4LOCA 3P81A 3HF3A 1X1ZA 1LM1A 3NOEA 4UIOA 2NUWA 4JTUA 1A50A 1DJNA 1SZNA 4O57A 2ZRXA 4O4WA 3F1QA 4Z0JA 3SGZA 4RZ4A 5AYYA 2V5BA 5F1VA 3QQ1A 3N19B 4A2RA 1TIMA 2J9ZA 5DELA 3W87A 1QOPA 5K9CA 3FOKA 1H7XA 2CZEA 3MMTA 3ABQA 1SZFA 3C2VA 2QDHA 3L5MA 4Z0SA 1QPRA 1TMHA 3JS3A 3IIZA 4ML9A 3DBPA 1LROA 3LGEA 4MY1A 4UTTC 3N14A 3OA3A 2C19A 3W7RA 2E77A 5C55A 4DO4A 1F2JA 4UR7A 3EXRA 3ZS4A 2V8ZA 1SO3A 4N9EA 4PH6A 2C3ZA 3OVRA 5I3KA 3CC1A 1NFBA 3HOJA 3NQAA 3B0VC 1LDCA 4IXHA 2Y7EA 3MWAA 2A5HA 4JTEA 3CQ0A 1DL3A 5AHIA 1JQXA 3O16A 1FXQA 1CI1A 3L2IA 4UMCA 2J9XA 3NQCA 4Y8FA 1OK4A 3BK0A 3EX6A 3G0SA 4LVBA 3HPZA 5LNRA 2QUUA 3TSDA 3GK0A 3HBLA 5D2VA 1ZENA 4K6AA 4TMCA 1GQNA 4M5PA 1GVSA 2BSLA 3P8IA 4CQ8A 4FXRA 3W2LA 4OQVA 3I6RA 1EP2A 2Q3RA 3W74A 2ZZ2A 3W7QA 3DFNA 1H60A 3NVTA 1DQXA 1R2RA 5LKYA 2VXNA 1A53A 1SW0A 3STGA 2VFHA 1SZEA 1OFEA 3P7YA 1TQJA 4FF7A 3HIJA 1TV5A 2C1HA 4O1DA 4Z1BA 3W3OA 3G1FA 3TQ0A 1KW1A 3NYZA 1F6PA 4JTIA 4O15A 3OEXA 4J9JA 4M19A 1KFEA 3W72A 1GOXA 3C61A 1QO2A 5EY5A 4UR8A 2ZRYA 5FEWA 4K38A 5FF4A 2J6XA 5AYXA 3AO0A 3QMTA 3MHUA 4X3ZA 3W73A 1GG0A 1H5YA 5KZEA 4XZ9A 4MY8A 4NT0A 3TV8A 1GZGA 3VE7A 3PWAA 4JTSA 4QQ3A 4XTIA 2AQWA 3CEPA 3HGRA 3GNNA 5EPDA 4BWLC 4O28A 2X1TA 2EPHA 2G97A 3TXZA 2W79A 5D33A 5EYWA 1Q3NA 1H7RA 3CLMA 1QAPA 4IMEA 1F73A 1XDLA 1YYAA 4FXSA 1H7WA 3TAKA 5HUOA 4Y9AA 3WK2A 4M6VA 1HTIA 3QRHA 4N6EA 2VC6A 4FNQA 1XKYA 3R12A 4YLWA 1G6CA 1WAUA 1FUYA 4HNTA 1L2UA 3KRUA 3IGSA 2QCCA 1G7UA 1RR2A 3EEGA 4RKAA 3LV6A 3TW6A 4A2SA 4JIPA 1F05A 1TRIA 3OG3A 1A5AA 3L21A 5D2YA 3CIXA 4QM1A 4LTSA 2Q3OA 4IX0A 3GR8A 1NF0A 1L6YA 4XBKA 1G7VA 2C15A 1W5NA 2HS8A 2B7PA 2QCLA 1KFCA 3C52A 1OK6A 2H3DA 3IV3A 1BTMA 1VH7A 4BI6A 3NQ8A 4OGZA 4QSHA 2DZUA 4PCFA 3GNDA 1VJIA 1JCMP 2BZNA 2B0MA 4IMFA 2ZZ4A 4GUFA 5G4WA 5CSSA 4LW7A 3Q2DA 2ZRWA 4WQ6A 3W83A 1P0NA 3O6YX 3BARA 4OHQA 4Z08A 1TPC1 1AW2A 3T44A 3W7PA 1H51A 2C16A 2C14A 4W9TA 3P5ZA 4WX2A 1AW5A 4XTDA 2R94A 2Y88A 1DQWA 3GVGA 3RU6A 3QW4B 3NM1A 3G3MA 4UTTA 2QJIA 4AHPA 3MYPA 1U83A 3BLFA 1X1OA 5DXYA 2PE4A 2QCNA 2FQIA 4CNPA 3ABOA 1EB3A 2QEZA 4MIMA 3SJ3A 2IQTA 5SWUA 4DPPA 1ADOA 3L5AA 3OBKA 3OHIA 4P2VA 3L0NA 5E93A 1W0MA 1W31A 5BW6A 1Q6OA 1HO4A 4KFPA 4EVZA 3PB2A 2ZRUA 2HS6A 1XL9A 1DORA 2Z1BA 5FESA 1UB3A 4OU1A 1XM3A 4JDYA 4A29A 4QAIA 3LCIA 4GJ1A 1Q6LA 1MEIA 1Z42A 4DQWA 4QISA 5D03A 1SW3A 4PFMA 2A7RA 3UZ5A 4HPXA 2QUTA 3RLVA 1B3OA 4OV9A 1TPFA 2ABBA 2E6YA 4O4VA 4O50A 4WXZA 1H50A 1K3UA 3W70A 3BO9A 4NJHA 4NVTA 1JRCA 3W1QA 4FNSA 3GIYA 4LWWA 3TFCA 4ORIA 4GUIA 2YW4A 3IRDA 1FX6A 3NQVA 1PVNA 3DZ1A 3VCRA 2F84A 1Y0EA 1EWDA 3IIVA 3A23A 3L9CA 5D32A 1B4EA 3LV5A 3GYEA 3W7HA 3W7GA 3W2JA 3NR0A 3L66A 3KRZA 3O8AA 4QNWA 1OYAA 2DJXA 5HWNA 4MFEA 1RQHA 1D9EA 1MEHA 4O1CA 5FF7A 4UFLA 1GEQA 1OFDA 4LC8A 4ZZ9A 4LNYA 1KTNA 5I3FA 2RFGA 3DFSA 1YXYA 2GJLA 4TR9A 3NG3A 3CWOX 4JYEA 3G1YA 2OCZA 3N2XA 1OX4B 3VKJA 2V30A 1ZNNA 3QFEA 3UZJA 3MYOA 1FWRA 4NJIA 2Y7DA 3EWZA 3KVJA 3QEZA 3UQNA 1XBYA 3O63A 2BXVA 4LS1A 4O19A 3TC6A 2CLFA 4JTTA 2ZDRA 2ISVA 4PL2A 3UPBA 3W86A 4FX7A 1LRNA 5I3JA 3BGGA 4JY8A 5EL1A 2OT1A 2YPIA 4ADTA 3N2MA 4LVFA 4AWSA 1ME8A 2H90A 1MZHA 4DO5A 3KFTA 4JTHA 3GAKA 4O1BA 2WSYA 5DBUA 4YCOA 1K8ZA 3KVMA 4ZQCA 2EKCA 3LXAA 1KFKA 3MBDA 4MPQA 1A5CA 4H4IA 3F03K 3W85A 4MJMA 3MI3A 1TB3A 2Z6IA 1H1YA 5G1TA 3PS7A 5IBXA 3GKFA 1IXPA 1CX9A 4FNPA 1TPVA 3EKZA 2RH9A 3NQFA 2C0AA 4LRTA 2ZQ0A 4QITA 3W07A 3O6DA 1KA9F 3LCLA 4FNTA 1XBZA 2TRSA 4MLJA 2CLHA 3DENA 3U6WA 1FXPA 2TSYA 3P84A 4B5NA 5D02A 2CU0A 3L0KA 3WJWA 5HNRA 4PL1A 4IX2A 1N7KA 3R2GA 3QMSA 4NNCA 1ZJIA 1K7EA 3ATYA 3E0IA 3W1AA 4PA8A 3QC3A 4GUHA 2GQ9A 3M5ZA 3IIOA 2DZTA 3QPZA 1K8XA 1JCJA 5D05A 1VS1A 3P67A 3A22A 2F7FA 1ZAIA 4C1LA 3LTPA 2DZPA 3HQ1A 2GOUA 3TX9A 2B7OA 2QCFA 2R8WA 3CWNA 3M5XA 2FIQA 3VNDA 1YXDA 5DXXA 3WFAA 3TDFA 1FDZA 3WK3A 3BG9A 1FBAA 4UTHA 3W88A 1EP3A 2X16A 1TPUA 1LBMA 5I3HA 1V5XA 2WKJA 2W0UA 3LCXA 4D2JA 1HUVA 4RZ5A 3E49A 3PSWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TYA A;  4WLC A;  1B1Y A;  3K8L A;  4LQ1 A;  1R85 A;  3TW7 A;  3THC A;  2ZVI A;  4FX6 M;  1S5V A;  3KCO A;  1PTG A;  1C8Y A;  3DX5 A;  2QCM A;  3S2C A;  3ZLG A;  3TSM A;  4DXV A;  1PX4 A;  1FCQ A;  3GB6 A;  1GKP A;  1KRM A;  2CZ5 A;  2ZX8 A;  4ZMG A;  1M7X A;  2DEP A;  4NZJ A;  3RJX A;  1AJZ A;  1NDY A;  4W88 A;  3H2E A;  3HB9 A;  3WD1 A;  1HKK A;  2QZR A;  4LCS A;  3B9D A;  2FJK A;  2HBV A;  4WCJ A;  3W0K A;  3HG4 A;  4GA8 A;  2CIT A;  3MUZ 1;  4HPH A;  2PRL A;  1SUX A;  4OOZ A;  1UP0 A;  1NOW A;  1RQB A;  3M5V A;  2ZE0 A;  5EGR A;  1CLV A;  1PTA A;  3L4W A;  2CW6 A;  2VZU A;  1TPD A;  1XQK A;  2ZUN A;  2IUZ A;  1W1B 1;  5TBO A;  3MQT A;  5AVN A;  3TEV A;  3H4X A;  4H6E A;  4DF0 A;  1UKQ A;  3B8I A;  2J9Y A;  2FPV A;  3GFX A;  1T6M A;  2QXW A;  1DJI A;  3UCD A;  3PJT A;  3HU7 A;  1OAB A;  2Y89 A;  4JAW A;  1MFU A;  2D0H A;  4RUB A;  3M0Y A;  5U7S A;  2PBG A;  3SIZ A;  5IBX C;  3NAV A;  3UJS A;  4YVV A;  4W86 A;  4AHQ A;  4F2T A;  2YW3 A;  3NQG A;  2YFO A;  1F61 A;  1BPL B;  5I5R A;  2E3Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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