3NXFA

Robust computational design, optimization, and structural characterization of retroaldol enzymes
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
248
structure length
247
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIATYMRKSPWGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLSICTEEKYANGSYETLRKIASSVSIPILMADFIVKESQIDDAYNLGADTVPLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPIIINDENDLDIALRIGARFIGICSRDWETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVASTGISERNEIEELRKLGVNAFSIISSLMRNPEKIKELIEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analyses of covalent enzyme-substrate analog complexes reveal strengths and limitations of de novo enzyme design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Retro-Aldolase
molecule tags Lyase
source organism Artificial gene
total genus 91
structure length 247
sequence length 248
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nxfA00
3PB0A 1RQEA 4FNQA 4UMAA 3UY8A 4IX0A 1DV7A 2ABBA 3W73A 3O06A 5I3KA 1OFEA 4ZQPA 1KFKA 4U4MA 1JQXA 1M6JA 3O05A 2E68A 1H50A 5KITA 1R2SA 3EWWA 4OV9A 4FHAA 5DCEA 4CCCA 1IIGA 3W1PA 3NQFA 4FF7A 1QPQA 4QIUA 1DJNA 3C52A 4RJEA 1VHNA 1X7FA 3BG9A 3W2KA 4FEZA 5H91A 1ML1A 4BI5A 4MUZA 2QCDB 3ATYA 3TR2A 1N8FA 4GUJA 5DBTA 3QJAA 4UFLA 2ZBTA 3IIXA 4WUIA 1OFPA 1JVNA 4A2RA 3Q94A 4MYAA 4YWIA 1AW5A 5LNWA 3NM1A 2G96A 3QFEA 3EWUA 4LOCA 2VOMA 3FKKA 3QPZA 2ZYFA 4OGZA 1SZEA 3W7QA 5L9FA 3THQA 3G1DA 4N6FA 4WQ6A 2P1FA 2WNQA 3HBLA 4NJJA 5KINA 3TU9A 1H61A 4A29A 2NUWA 3GXPA 1J2WA 3U6WA 2V9DA 3QMTA 4ONVA 5J5RA 1WXJA 4QISA 1H1YA 4E2DA 1V7YA 3B4UA 3RLUA 3M5ZA 4LTSA 2QCFA 3KAOA 1G7VA 2FLIA 3USBA 1F76A 1O60A 1KV5A 4UFKA 4TMCA 3NZRA 1XUUA 3N73A 4O0ZA 3G3DA 5AYYA 3FS2A 3GNNA 5F2GA 1PV8A 2PRLA 3STEA 2H8XA 4JX5A 3SGUA 3NL6A 3FJLA 5KZEA 3MMTA 1FDZA 2EKCA 4L4LA 2QAPA 1ZNNA 3KVMA 3ANYA 2CZ5A 2QJHA 1CI1A 3OG3A 4O28A 4CQ8A 5AN7A 3BGGA 2JGQA 3C4UA 2Y85A 3W86A 1FUYA 4NZFA 4R33A 4XQ6A 2W79A 4IPIA 1I2PA 3S1VA 3MP5A 4ZQNA 5CG7A 2V30A 3N19B 4JDBA 4ZQCA 4O57A 4ZVJA 3PM6A 2V2CA 1XXXA 3GR8A 2Y6ZA 2FPVA 1VPXA 1W1ZA 2YZRA 4O13A 1A5CA 4S2CA 2A6LA 2ZZ2A 3LXCA 1FWTA 2I9EA 3P7YA 1EP2A 4NX5A 3O6CA 5D2WA 1DBTA 3LRKA 4MKNA 3W2NA 1NVMA 3NPUA 2PC4A 3SW6A 3HF3A 4PCFA 2NV1A 4M6VA 2V2HA 3TUUA 5AHEA 3NQ8A 3TKFA 3QF0A 1MXSA 1X8FA 2A7PA 4UR7A 5A5WA 4JEQA 4UTKA 1OVDA 3EKLA 3GXNA 2A5HA 5BMXA 1NF7A 3LDVA 1A5SA 3MBDA 3QZEA 4DPQA 3C2VA 2R94A 2VEKA 5IBXA 1GG0A 1PCKA 2A85A 2AGKA 4IWWA 1TJPA 3I7QA 3LLFA 3LERA 4GRSA 5CKSA 5FI8A 4ZQOA 2EF9A 1RR2A 3LCGA 4JICA 2EPHA 3LHUA 2QCMA 3DGRA 3GKFA 1FCVA 3IEBA 3TFCA 4UXDA 4LW7A 4QQ3A 1TPH1 2CLMA 1X6UA 3W1AA 3TX9A 3PG8A 3EX1A 1EP3A 4N9EA 4YL2A 5LNSA 5SWUA 3CU2A 1TPDA 1W5MA 3S5OA 5F4WA 3VI2A 4BFAA 1K03A 4UTUA 4TMBA 3A5FA 4QNEA 4X9SA 4RKAA 5EL1A 3I7RA 3P5YA 1KFLA 1MZHA 1FDJA 1X1ZA 1EEPA 3VKJA 1AG1O 4XZ9A 3TXVA 4OWGA 1VH7A 3PWAA 3A24A 1G69A 3TSBA 1TPVA 3WJZA 5HWJA 3GNDA 5C6MA 1KTNA 4JTEA 3BGJA 3UXDA 5D32A 4IQLA 2DJXA 2G97A 2P10A 3MYPA 3G1FA 1Q6RA 1SSDA 1SZNA 2BXVA 2TPSA 3BLEA 3MW7A 1Z44A 2A7RA 3LI1A 3S5NA 5I3HA 4EVZA 1L6SA 1D3GA 1DL3A 3CM4A 4N9BA 3DZ1A 4Z1BA 3LHVA 3M43A 5BOOA 4E38A 3NNTA 4JDYA 4ZMGA 1TPEA 4DO5A 1LBLA 4X22A 2WPBA 4BF9A 3W7MA 2E6FA 2YX0A 4AHQA 1HUVA 3P80A 4LUIA 1RQBA 2CLHA 4PEKA 4DBDA 1I2NA 5CZTA 4M7SA 4FXRA 4FIQA 2H3BA 1R30A 1DVJA 3QRHA 2JKEA 1X1OA 2W6RA 1W5NA 4AHOA 1H7RA 1SO5A 1SQ7A 1JCLA 5FF3A 2P0OA 3DHDA 1YTKA 3LCXA 4IMDA 2KZHA 4LVBA 4JTJA 5HUPA 2RDTA 3WK0A 2YW3A 2QCGA 1H63A 3E49A 2CZEA 1WA3A 4R34A 4JX6A 5F1UA 5HMSA 1AW2A 5HJLA 3MHUA 3LCFA 1F73A 3MP4A 4MOZA 4DQWA 1F2JA 1VQTA 4OT7A 4ML9A 3W1LA 4LS0A 3L0KA 3IGSA 1TB3A 4LUJA 4AWUA 1UJPA 3INPA 3DFTA 1JR1A 3CIXA 2RH9A 4YLWA 1KW1A 4CCEA 4NZJA 3TROA 4YXGA 3EX6A 3BLFA 1TQXA 3B04A 4AF0A 3D0CA 4NVTA 2B7QA 4O4WA 2CLOA 4RX0A 1XC4A 4XKYA 1G4EA 1KBJA 1W5QA 4UTIA 2NV2A 4FNTA 3EX2A 3FLUA 4CQAA 5IBXC 3UQNA 1GWJA 3GVGA 2C1HA 2C6QA 4W9TA 3WJXA 1IXPA 1H7NA 2XN0A 5K4ZA 3EXRA 2QCCA 5D33A 1KFEA 3EWXA 1BWKA 5EA9A 3GXTA 3BLIA 4RZ5A 1TV7A 5GVJA 1GVSA 1SU5A 2QF7A 3HGOA 1G67A 4UC5A 1TTJA 1TSIA 4O0KA 3GAYA 1MO0A 3CTLA 4K39A 5HR7A 1AL7A 1M7PA 4JTGA 4L4MA 3L68A 4LU0A 4XBSA 3TV8A 5CSRA 1KM4A 4O50A 1NEYA 1JCJA 3MO7A 1FCUA 1LRTA 2X30A 4GUIA 2Y63A 3UWUA 1FWNA 3DU0A 5HULA 4PA8A 4KFPA 3NPWA 3GAKA 1G4SA 2GQ8A 3JRKA 5G4WA 5D02A 5L6UA 3PF3A 3WK2A 2OT0A 3FYOA 4GJ1A 3RF9A 3IRDA 1M5WA 4I7UA 1KLZA 4UTJA 3UWWA 2QJGA 3GDRA 3HGSA 3TJXA 1VHCA 2QCLA 4UTLA 3K30A 4NT0A 1OX5A 4UNLA 3TK7A 4LT9A 3R8RA 5EMUA 5D2XA 4FO4A 5AOUA 4EF8A 1K7FA 3G1VA 6TIMA 5K3VA 3W7PA 3U2OA 2V8ZA 3NQ6A 3NYZA 3KXQA 3ZS4A 1C9DA 4GNJA 1VLWA 2ZRWA 4O16A 5AB3A 1CX9A 3NQCA 1TREA 3DFPA 3UD6A 1H7PA 1G4TA 3EX3A 2Z1BA 3NQ2A 1LORA 3PSVA 4IX2A 3MYOA 1H7OA 4M6PA 1YTEA 1XBVA 5AC6A 2YR1A 1TTQA 3SJ3A 3W9ZA 4XWUA 4IGHA 1DJQA 3LCWA 2ATSA 2WSYA 1F6KA 2ISSA 4O18A 1VYPX 3W2LA 3GDMA 2F84A 4MZ8A 3NR0A 4HNTA 3SECA 1EUNA 4DO4A 2ZZ7A 2Y62A 1D9EA 5HINA 3BARA 4FIRA 2ABAA 2QCHA 3TMQA 3NOEA 1QWGA 3V75A 4TIMA 3F4NA 1I45A 5BW6A 1DORA 2QDGA 2YFNA 2Y89A 2O7QA 2ATMA 4JD4A 1ZY9A 2GJLA 3G0XA 3TDFA 3NM3A 5CPOA 4JY9A 4LY8A 2ZTJA 3MHGA 2XN1A 2QCDA 3AO0A 1G7UA 3L5LA 3UY7A 1JCNA 1PVNA 1VCVA 5HNRA 1OABA 2OCZA 1HG3A 4LRTA 1T0OA 2ALDA 5LGXA 3W22A 3LHWA 3KRZA 4J9JA 2ZCGA 5LKYA 3W7RA 3G1AA 1LRNA 2R91A 3SR7A 1JUKA 3SFKA 4UUIA 3MI2A 1GG1A 2GOUA 3G24A 3DENA 1JCYA 3BPWA 1M7OA 4JTHA 4KWVA 5AC8A 2DZWA 3W7GA 1SSGA 1KM6A 3FYPA 4OV4A 1KBIA 1RZMA 5E1QA 3TW6A 3IIOA 1K8XA 1FQ0A 1SW3A 2NUYA 1K8YA 4X2RA 3PUEA 1W56A 4UIOA 2DZSA 2BLEA 4IXHA 4Q32A 2CLEA 1TJRA 4MFEA 3W23A 2EAWA 3H55A 4DBEA 1XUZA 1FY6A 1YYAA 2ZRZA 1AW1A 1PIIA 3F03K 2ZA2A 4Q4KA 3T4CA 3UNDA 1JJKA 3P84A 3SSJA 1OX4B 2QCEA 3DH7A 1SZFA 5G1TA 3M16A 3LXAA 2JGYA 4UFIA 2C13A 2NLIA 5D2YA 5T26A 4CNNA 3LCIA 2NXIA 4LV4A 4MY8A 1Z42A 2H6RA 1Q6LA 3LM7A 4HT3A 1UUMA 3I68A 4O12A 4NX0A 5AHNA 5DELA 1KM1A 4IMEA 2NWSA 4B5NA 4YCPA 3IGUA 2OJPA 4RZ6A 4KWWA 1K7EA 3BW4A 1B57A 4JTLA 5CPMA 1GTEA 2HMCA 2WOQA 3EWBX 5DN1A 4N4QA 2VXNA 2O7SA 1ICSA 2DZTA 3W6YA 4BWLA 3S1WA 1PHQA 3GYEA 4JGDA 1QR7A 2BZNA 4JTFA 1O95A 3H54A 2NZLA 4AWSA 1LOQA 4QJ1A 3ABQA 2VELA 3M5YA 4MJZA 1WBHA 4JXCA 5FEWA 1SW0A 3HMJG 1N7KA 2ZRYA 3E0IA 5C54A 4PFMA 1YXYA 1KV8A 1GVQA 4BR1A 1TPC1 2ZDRA 4NNCA 1I2QA 4LS1A 4A2SA 2CW6A 4JN6A 2WJZA 3G8EA 1TV5A 1OYBA 3GB6A 3YPIA 2Y7DA 3W85A 1F05A 1UCWA 4Z0SA 4C1KA 1OFDA 3PG9A 1C29A 1MEHA 1Q6QA 3NAVA 3E9AA 3HG3A 3G0UA 5FESA 3GIYA 5K9CA 4OQVA 3PR2A 3T7VA 2JBMA 3GR7A 4MPQA 4S2BA 5D37A 4ALDA 2RKXA 4R53A 1TPUA 1WX0A 5LZLA 3SIZA 3BG5A 3HOJA 3T44A 1GOXA 2CLKA 1H5YA 3C2EA 3W7LA 1W5PA 4RV8A 3M47A 3W75A 4K38A 4LVAA 4RZ4A 1R46A 1FWSA 3PC0A 3M1ZA 1GEQA 4NXKA 4TR9A 3TE9A 1WOBA 1I8JA 1OK4A 3R12A 3DFSA 4UNKA 3O1NA 1B4KA 1JCXA 3W7KA 2WSQA 4H3DA 1EX5A 3L66A 4UFMA 1P1XA 3R5EA 1KTCA 1OFBA 1G4PA 4FNUA 2ISVA 2FDSA 4A22A 3S6DA 2J24A 3VNDA 3WK1A 5BRBA 5K9DA 4NNAA 1VYRA 3DI0A 3ABRA 2QAFA 4N9CA 3TSDA 1J4EA 4WZHA 5D38A 1ONRA 1W3NA 1L6YA 1LTDA 2VC6A 2CLFA 4GWEA 3LHYA 4CCDA 4ORMA 4WJEA 2F7FA 4XUGA 2NUXA 3TQVA 3O63A 1I2RA 1T8XA 2A2IA 3L5MA 1OFAA 2YDAA 4BK9A 3M44A 3G1YA 1PE1A 2QDHA 1ZENA 3TA6A 5CPNA 5TIMA 2FPTA 2NXHA 1GYLA 2VKZG 1VYSX 1SO3A 1THFD 1TV8A 3SI9A 2QR6A 1H62A 2VENA 3LB0A 1L9WA 4IMGA 4O4VA 4Z0JA 4PTNA 3L21A 2VFHA 2Z0IA 3STFA 2Z2UA 3W87A 1SUXA 3DHFA 3PBYA 3TCEA 1OYCA 3ZWTA 2OMAA 1S3HA 4O1BA 3C56A 4KFOA 4MLRA 4BWLC 2DP3A 2CU0A 5AHIA 2YSWA 1TRDA 3W72A 1ME8A 5D04C 4O14A 1YLVA 3LV6A 4FXSA 3LLDA 5IM51 1J5TA 3O16A 3HPXA 2B7NA 1H1ZA 4MY1A 3TXZA 3R13A 2X1TA 1FXPA 3EX4A 2X1SA 5G4EA 1OFOA 3MWAA 4LRSA 2PCQA 1SW7A 5EPDA 4POCA 4NNBA 1W5OA 4AHPA 1P0KA 1DQXA 1HO1A 4N9DA 1WV2A 4GE8A 1OK6A 3A22A 4UTWA 1OG0A 3TIMA 4AMAA 4NQ1A 2V0TA 3JR2A 1H7WA 1QPRA 3CHVA 4ORIA 3W1NA 4DF1A 2HS6A 3KFTA 4H6KA 3TSMA 3B05A 1PL9A 1PS9A 2B7PA 1LM1A 5AHMA 1OJXA 2B0MA 4JNMA 3QSTA 3CEPA 4WY0B 3QEZA 3RK8A 2ZZ5A 2I14A 3STGA 4FNPA 4TO8A 3GX9A 2B4GA 3UWVA 1FXQA 4UCGA 5C2XA 2YYTA 1AK5A 1KFJA 2GVLA 4ZL1A 2GPTA 1JQVA 2Z6JA 3IV3A 2JKPA 3UWZA 2OZ0A 1Q3NA 3FKRA 1ALDA 5G2WA 5DBUA 1ZCOA 4DO6A 3W7NA 3I65A 2TSYA 1QOPA 3W7EA 3DKJA 3NQAA 3LOTA 3M7WA 3NVTA 4O17A 4AAJA 2WO5A 3QW3A 5D2TA 3KVJA 3MUXA 1EA0A 2TMDA 4E0CA 5AHLA 3HGJA 3LI0A 4WOZA 1R2TA 1H7XA 3OBKA 1OF8A 2Q3OA 2V81A 3CQ0A 3TMLA 1L2UA 3W7OA 2FQIA 5FEPA 1K7XA 4MLJA 1W37A 4QAIA 3BG3A 3F4WA 2BSLA 4ZZ9A 1A5AA 3NDOA 3P67A 5DY3A 3RU6A 3P60A 2FJKA 1SZGA 2G5WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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