4UR8A

Crystal structure of keto-deoxy-d-galactarate dehydratase complexed with 2-oxoadipic acid
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
304
structure length
304
Chain Sequence
MDPEQIKTALGSGLLSFPVTHFDAEGRFAADSYREHVEWLAGYKAPVLFAAGGTGEFFSLKPDEIPTIVAAAKEVAGETAIVSGCGYGTEIAVDIARSVEKVGADGILLLPHYLIDAPQEGLYAHIKKVCQSVGIGVMVYNRDNSVLQADTLARLCDECPNLVGFKDGTGDIGLVRQITAKMGDRLMYLGGMPTAELFAEAYLGAGFTTYSSAVFNFVPGLANEFYAALRAGERATCERILVDFFYPFMAIRNRAKGYAVSAVKAGVRLQGFNAGPVRAPLKDLTNEEIGMLEALIGTHKRKAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Agrobacterium tumefaciens
publication title Structure and Function of a Decarboxylating Agrobacterium Tumefaciens Keto-Deoxy-D-Galactarate Dehydratase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords KETO-DEOXY-D-GALACTARATE DEHYDRATASE
total genus 115
structure length 304
sequence length 304
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.41: 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase.
pdb deposition date 2014-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ur8A00
3CTLA 3HIJA 4LV9A 1PL9A 3HG5A 3DGRA 1OFOA 3N2MA 1RQHA 3S0CA 2TRSA 1MXSA 2P0OA 3KRUA 3MBFA 5I3GA 3HBLA 3M1ZA 4ZQOA 2UV8G 1MEHA 1K3UA 3NPXA 3THQA 1VYSX 3UYCA 3L68A 4XTIA 3TW7A 4K7YA 1OVDA 3GX9A 2QCCA 3TC6A 3CHVA 1P5BA 1VGAA 2Y63A 3O63A 3DKLA 3TFXA 4O0KA 3W1MA 3KHJA 3MYPA 3WJYA 5D33A 4ZQCA 5T26A 4E0CA 3NEVA 3NZRA 2X2GA 4S2CA 2FFCA 2YXGA 1NF7A 4GC4A 3FEMA 3TXZA 3C3NA 3MHFA 1DV7A 4MLJA 3MO7A 1I4NA 2FLIA 4UTLA 1VCVA 3NYZA 5BMXA 1LRNA 1TREA 1VPXA 4IXHA 1L6WA 4C1LA 3W88A 3U6WA 1W56A 3W1LA 4NZJA 3TV8A 1TSIA 1MSSA 1TV7A 2CZEA 2X1SA 5EYWA 3W6YA 3W9ZA 1YDNA 4JTEA 3ANYA 1JUKA 3LTYA 3NR0A 1QCWA 3LDVA 4IX0A 5C2XA 2Y7DA 1W0MA 3BGGA 1TCDA 2NWSA 3GNNA 1TPDA 5I3FA 1NF0A 4OWGA 3GLCA 3G1SA 2TPSA 3B06A 1K7XA 1ZAJA 2VFIA 3EWZA 1VCGA 3STEA 4LU0A 3S1XA 5E0KA 5D2VA 2A85A 2W0UA 4TO8A 1JUBA 2Q8ZA 4XTDA 3UWVA 4Y90A 4E2DA 2JKEA 4RX0A 5D03A 5LNWA 2W79A 1TPFA 2A6LA 2DZUA 4JTFA 3SIZA 1TPUA 1F7BA 2QAFA 2VKZG 4GUIA 3SGZA 3MHUA 3QW3A 3BG9A 3H54A 2Z6IA 2FDSA 2GVJA 4UFLA 5DLCA 2RHGA 3YPIA 3SY5A 3ABQA 3EKLA 3N9RA 4FNTA 3NDOA 4AH7A 4GWEA 1R30A 2ZTJA 2ZTKA 2BSLA 3NQ6A 4IX2A 3T7VA 2BLEA 4LTSA 4UMAA 5E93A 2PRHA 4MJMA 4NXKA 1I2RA 3W85A 4P61A 4AWUA 4UTUA 3TSDA 5K7JA 3STGA 3MUXA 1VYRA 3OIXA 2J9ZA 4L4MA 3O16A 1I2PA 4IGHA 3W7CA 1OG0A 1Q45A 5DBUA 1XXXA 1TV8A 1T99A 1XDMA 1IIGA 1PV8A 1K02A 3PBVA 1EB3A 2TYSA 2PURA 1IXQA 1A53A 2LLEA 2Y61A 1E51A 4ADUA 4FX6M 1GYLA 3JR2A 3RMJA 5HUPA 1SO6A 3RNDA 1G6CA 1DOSA 4O8RA 3QSTA 1OFBA 2OT1A 1GVFA 3LXCA 4O57A 5K9DA 1SU5A 3S5OA 2VFFA 4IXXA 2YFNA 1DHPA 4LY8A 2WJZA 4DPQA 4HN4A 3R5EA 4WXZA 4KFNA 2VFEA 1F6PA 3LCFA 4JDBA 1NVMA 2WSRA 3OEXA 2QCHA 5F2MA 4ADSA 4AAJA 1U5JA 4GXMA 1QWGA 3W75A 5LSMA 3TAOA 3N2XA 5CPMA 4A22A 2R91A 4HKPA 3ZS4A 1YADA 2A21A 5HWJA 4TR9A 1HFBA 4O17A 3CEPA 3R2GA 3QQ1A 1LBFA 4CNOA 1YXYA 3C56A 4BI6A 2VOMA 2QAPA 3RFAA 2HSAA 4XUGA 3BK0A 1KFLA 1RD5A 1VHNA 1W1ZA 3GKFA 4LT9A 4BR1A 1W8SA 3OBKA 1ME8A 1JCYA 1TJPA 1OX6A 1EWDA 2ZRZA 2DZXA 3P7YA 3RLUA 3ZFHA 1O94A 1VLIA 4EWND 1F2JA 1K7EA 1H60A 5K9CA 3HG2A 1VR6A 2FB3A 3M5XA 3W2LA 3CPRA 5I3HA 5AC6A 3TROA 2NV1A 1YTDA 1F76A 5DBTA 3HGJA 3GXPA 1MZHA 4A2SA 1XDLA 3K30A 3DHFA 4FXRA 2F7FA 5KZDA 2VEKA 1P4CA 5EKYA 3N9SA 4O53A 1N55A 3F4NA 3WJSA 1IXPA 3UWZA 3O05A 1F05A 1I2OA 2RFGA 5ABTA 1XUZA 2YPIA 2RH9A 5HR6A 5CPOA 1ZALA 2WKJA 1SFJA 3WFAA 2VFDA 4EF8A 4R34A 3S9YA 3W22A 1P1XA 2WNZA 3NQ7A 4WXYA 3E0IA 1OFPA 2C3ZA 4UNLA 4MFEA 3I65A 5LGXA 3W74A 4CCCA 1ME9A 4LVBA 3GXTA 3LM7A 3NQMA 4FNSA 3I7SA 1I45A 4S1FA 4AF0A 1JQVA 4ICNA 3GDTA 3LLFA 4O0ZA 2VEPA 1VCFA 3NQ2A 1LLWA 3Q94A 2A7RA 3L5LA 3CT7A 2CLHA 2VEIA 1LP6A 1SSDA 4AWTA 5AHEA 4PEKA 3NQ8A 4FHAA 1I2NA 2EPHA 1NFBA 3B0PA 4HNVA 5KSWA 3M9YA 1ZY9A 3M44A 4QNEA 5F2IA 2NX9A 2QJGA 3W7MA 1QPRA 3MBDA 5KMYA 4ZZ9A 4E38A 1IXOA 4S2BA 4JN6A 1O60A 2H90A 4RJEA 2Y7GA 4ML9A 2Y62A 5CG7A 4HHPA 2G5WA 4FIRA 4CQ8A 2V5BA 3HF3A 1XFBA 4Y96A 3IIOA 5L9FA 2FTPA 3G24A 4N4PA 2D73A 3P61A 3ATZA 2NWRA 4JIPA 1G69A 1UUOA 4NJKA 4AMAA 5DY2A 1GVSA 1RV8A 1FDYA 5HMSA 3F1QA 4UUIA 1I8JA 3VE9A 2IQTA 3IVSA 1TPVA 2EKCA 3QMTA 1KM5A 5D09A 2C19A 3MMTA 3LCGA 4RK8A 3W87A 2F84A 3W7RA 1LROA 4BWLA 4XKYA 1GWJA 2J24A 4FNRA 1Q6OA 1JRCA 2QKFA 4KKXA 3E96A 3LX9A 4IPIA 1OFQA 3UPWA 4JTHA 3HGOA 1VQTA 2Q8LA 3G1HA 3TA6A 1LORA 3BGJA 1FBAA 1Q3NA 1Q6RA 3O06A 4JY9A 3C2FA 4O10A 3W7GA 3W7HA 1DORA 3SECA 3W71A 1OYAA 4WUIA 3W7JA 2J9XA 1LBLA 1JCJA 3TIMA 5G1YA 1GYNA 3KVMA 1AW5A 1JCMP 3DHDA 1HTIA 2YDAA 3LV5A 1T0OA 1VZWA 6TIMA 3TX9A 3PG9A 3NAVA 1TRIA 3W7KA 1S5VA 1TIMA 4MY8A 2YFOA 5CPLA 1KM1A 3EKZA 3NQGA 3KRZA 2BTMA 4FEZA 2FB2A 3GDRA 1AMKA 1JVNA 3NL6A 2C6QA 1PHWA 2X16A 2QUTA 1RQEA 2VXNA 1AW1A 4K39A 3LRLA 4PL1A 1KM0A 2ZRYA 2OT0A 2DJXA 4KFOA 2JGYA 5IBXA 4DO5A 4O28A 2GVLA 4UTKA 2V5LA 2QCDA 1QOQA 3NQFA 1VLWA 7TIMA 3WK0A 3CC1A 3FOKA 1WX0A 1QR7A 3PULA 4UC5A 3T44A 1M7OA 3QMSA 1BKSA 4GBUA 4BWLC 2G96A 2CZ5A 1UBSA 4AXKA 1C9DA 3C8FA 4DO4A 4GE8A 2VFGA 3QC3A 3DI1A 4TIMA 1FDZA 3LRKA 2O7QA 3LCWA 5MHBA 4DBEA 2E5BA 1KFJA 1C8VA 2C0AA 1M6JA 1OX4A 1QO2A 1S5TA 3W2NA 3TXVA 3W1QA 5CZ0A 2QDHA 2DP3A 3HB9A 3BLEA 3FA5A 1R2TA 4MFDA 2DU2A 2ZYFA 3TJLA 3EX2A 1CI1A 4ADTA 3EXTA 3NM3A 3NQEA 1FCUA 3GDLA 4PL2A 3NQDA 4O18A 1U83A 2J27A 3ELFA 5DCBA 1G4PA 5K4XA 1D3GA 4OQVA 1WAUA 2E77A 3W84A 4LC6A 1FUYA 2ZZ1A 3G8RA 3NL2A 3DFTA 4RKAA 5AC7A 1OX5A 1L6SA 4Y8FA 1F6KA 5LGZA 1P0NA 1A5BA 3GAYA 1XUUA 1YPIA 3FKRA 2GQ8A 3UY8A 4DPPA 4GUJA 3W1AA 1AG1O 3EWXA 1WA3A 5IBXC 4YWIA 2VENA 4AHQA 5HUOA 3L9CA 4GNJA 4JTLA 4HNUA 1GZGA 5FI8A 3OVRA 3G1XA 3NQAA 3W1NA 5DY3A 3KXQA 3GNDA 4AEOA 3R8RA 2Z0IA 4N9DA 4QAIA 3USBA 4ALDA 1WOAA 3UZ5A 3R13A 3GIYA 3HG3A 1IIHA 3NM1A 1KLYA 1SPQA 5AFDA 4MPQA 5LNUA 3DXIA 2Z6JA 1QOPA 5FF2A 5C5YA 4R33A 4JR5A 1DQXA 1PCKA 6ALDA 1TRDA 2EAWA 4QJ1A 3W73A 2VFHA 2ZA3A 3MI2A 3THAA 3L67A 1KTBA 1XBXA 5LHFA 2C15A 2NUYA 3QQ0A 1FCQA 3VE7A 2H8XA 3L65A 2GUUA 1B4KA 4O1AA 4WY0A 1B3OA 4CNNA 3ABOA 3IIXA 2RKXA 2B7OA 1UUMA 1THFD 4IOTA 3LGEA 4O4VA 5KINA 2Z1BA 5CKSA 1YDVA 4NXSA 2G97A 2OMAA 3GB6A 5DCDA 4Z1DA 4FO4A 1WV2A 2XN1A 1F73A 3UNDA 2G95A 5D2XA 3VKJA 5G2IA 5F4WA 1H51A 3C2VA 3HO8A 1WBHA 4UR8A 5LNVA 1V5XA 3BG5A 1VRDA 3EWWA 3W23A 3EX4A 1EEPA 2JKAA 3G8EA 3ABSA 4Q32A 4BI7A 3P80A 3C2RA 2V81A 4M7SA 4O15A 1KM2A 2QCFA 3CU2A 2JKPA 3TR2A 2CLMA 3S5NA 1KBJA 4UFKA 2JBMA 1VJIA 2GOUA 3MJYA 3IIPA 4O50A 3VI2A 1JJKA 1YDOA 2RDTA 4N4QA 4NX0A 4JY8A 3S6DA 4MJZA 3L21A 5EMUA 4FX8A 3W2JA 3BLFA 3F4WA 3C2OA 4M6VA 3RK8A 3L5AA 1TTQA 4HSOA 2E6YA 1KFCA 4ZQNA 4UFJA 1Q6LA 2NV2A 2J6XA 4NJJA 3LI0A 1EA0A 1GG1A 1XM3A 1W5PA 5CPNA 3GDMA 3UXAA 1J2WA 2OJPA 2A2IA 4AF0B 4JEQA 1RR2A 3VFLA 2NUXA 1GEQA 3UWQA 5AC8A 3LCXA 4FB7A 1XBYA 1YTEA 1YXCA 4U28A 2VC6A 1SZGA 1EP1A 2RDWA 5I3JA 4LV4A 3N73A 3BARA 4LUIA 3UQNA 5D2WA 2YZRA 2OCZA 3T4CA 3CIWA 3W1RA 3W3OA 5IM51 4Q4KA 5H2ZA 1MO0A 3DBPA 3Q37A 3C61A 4Z0SA 3GR7A 5F1VA 3W70A 2J88A 5A8GA 3MYOA 4LVAA 4LVFA 5FEZA 1O5KA 1HL2A 4BF9A 1GVOA 1KA9F 4HPJA 1ALDA 2PRLA 2Y7EA 4EIVA 3M5VA 1L9WA 3HQ1A 1X8FA 1QAPA 3G22A 3NXFA 3CIXA 3FJ6A 3PM6A 2NXHA 2V9DA 4DF2A 5CSRA 1I2QA 4PCFA 4UNKA 1GJPA 4QIUA 2HS8A 1KTCA 1YYAA 3P60A 4JTUA 5BOOA 4UIOA 3P81A 2DZWA 4CCEA 4XWUA 3DAQA 1WDWA 1AL8A 2H8ZA 4K8HA 2EF9A 3FLUA 5HWNA 3S42A 1L6YA 3A21A 2Y89A 3GXNA 3NQCA 5HWMA 3EB2A 2FPVA 1H5YA 1G67A 2NX1A 2CWNA 3B4UA 1NSJA 4K36A 4B5NA 4XKYB 4N9BA 3WK3A 3Q2DA 2C14A 1RPXA 3B0UX 4A3UA 4MYXA 3A23A 5H91A 2XN0A 2E6FA 3QF0A 5J5RA 1QPQA 1LZOA 3BW2A 3W7NA 2E6AA 4H4IA 3NL3A 3L0NA 2BXVA 4TMCA 1TPEA 1VS1A 2KZHA 4O1CA 2XN2A 4JXCA 4K7VA 4JDYA 4UCGA 1TQXA 2ZZ7A 4QITA 1M5WA 3UZJA 4GUHA 4Y6GA 3O6YX 2Q3OA 2X1TA 1SW3A 3QPYA 4R7JA 4FNQA 1QDSA 2AAMA 4EOUA 1UJPA 2WNNA 4IMDA 2WO5A 4JTSA 3SFKA 1H1ZA 2GJNA 1JR1A 3W2UA 1FCVA 1FWTA 3F03K 3LHTA 1YPFA 5EA9A 3H55A 2NXIA 1H7NA 3UY7A 3MP3A 3GVGA 1O95A 3E02A 3PAJA 2BWGA 3NOEA 2FPTA 5L6UA 1DJNA 1FWRA 3DFSA 4OBTA 3A22A 3TQKA 2AGKA 4PTNA 1FXQA 4MIMA 1NEYA 5CGQA 4PA8A 4UXDA 2E68A 1TYGA 4KFPA 2CFFA 2X1RA 2BZNA 5K3VA 3TMQA 2P1FA 1PS9A 3CLMA 4UR7A 3W7OA 3I7RA 5HR7A 4A29A 3S5YA 1IF2A 3TKFA 4U4MA 3PC0A 4HIBA 4I9AA 4MYAA 4RZ4A 3P84A 1DVJA 3KX6A 3KVJA 2WSQA 3WJWA 1QPNA 1ICSA 3OHIA 4LNYA 4BI5A 3MI3A 3S5ZA 3B04A 3SI9A 3A5FA 4IMEA 1TTJA 5E1QA 1DKWA 1WQ5A 2QF7A 5AHMA 4FX7A 3P82A 1EUAA 4MLRA 2HMCA 4ZQMA 4OV9A 2GPTA 1W3NA 1F5ZA 3M7WA 4NZFA 2QUUA 3TQVA 3DU0A 4YMZA 3L0GA 4EVZA 5K9XA 1K8XA 3CWOX 3HPSA 3TK7A 2WPBA 1SUXA 1HUVA 3TSMA 1KFEA 4DO6A 1G4TA 4AWSA 1ZAHA 4LRSA 3MP4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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