1GQIA

Structure of pseudomonas cellulosa alpha-d-glucuronidase
Total Genus 282
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
282
sequence length
708
structure length
708
Chain Sequence
EDGYDMWLRYQPIADQTLLKTYQKQIRHLHVAGDSPTINAAAAELQRGLSGLLNKPIVARDEKLKDYSLVIGTPDNSPLIASLNLGERLQALGAEGYLLEQTRINKRHVVIVAANSDVGVLYGSFHLLRLIQTQHALEKLSLSSAPRLQHRVVNHWDNLNRVVERGYAGLSLWDWGSLPNYLAPRYTDYARINASLGINGTVINNVNADPRVLSDQFLQKIAALADAFRPYGIKMYLSINFNSPRAFGDVDTADPLDPRVQQWWKTRAQKIYSYIPDFGGFLVKADSEGQPGPQGYGRDHAEGANMLAAALKPFGGVVFWRAFVYHPDIEDRFRGAYDEFMPLDGKFADNVILQIKNGPIDFQPREPFSALFAGMSRTNMMMEFQITQEYFGFATHLAYQGPLFEESLKTETHARGEGSTIGNILEGKVFKTRHTGMAGVINPGTDRNWTGHPFVQSSWYAFGRMAWDHQISAATAADEWLRMTFSNQPAFIEPVKQMMLVSREAGVNYRSPLGLTHLYSQGDHYGPAPWTDDLPRADWTAVYYHRASKTGIGFNRTKTGSNALAQYPEPIAKAWGDLNSVPEDLILWFHHLSWDHRMQSGRNLWQELVHKYYQGVEQVRAMQRTWDQQEAYVDAARFAQVKALLQVQEREAVRWRNSCVLYFQSVAGRPIPANYEQPEHDLEYYKMLARTTYVPEPWHPASSSRVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Glucuronidase
source organism Pseudomonas cellulosa
publication title The Structural Basis for Catalysis and Specificity of the Pseudomonas Cellulosa Alpha-Glucuronidase, Glca67A
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-GLUCURONIDASE
total genus 282
structure length 708
sequence length 708
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date 2001-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03648 Glyco_hydro_67N Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A PF07477 Glyco_hydro_67C Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A PF07488 Glyco_hydro_67M Glycosyl hydrolase family 67 middle domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gqiA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1gqiA01
3.90.1330.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain Alpha-glucuronidase, C-terminal domain 1gqiA03
1C8YA 4UQDA 4MNJA 5M3WA 2UY4A 4X0NA 1HKJA 4F66A 1HXJA 2W61A 2J74A 3G6LA 3SEPA 1KXQA 2QMJA 4AYSA 3JUGA 4UQCA 1F4AA 1E70M 1VFUA 3N1AA 1JXJA 1LF1A 2XFYA 4C91A 2WAGA 3T2PA 3TA9A 3CGTA 2J7GA 1CXHA 1GQLA 1SR0A 1OM0A 3RO8A 4MB4A 1QNOA 2WHMA 4YHGA 4LYPA 3ZJ8A 1JZ2A 2V3DA 1CENA 1ISXA 1NM9A 5F7UA 1B90A 3AIUA 2G4FA 5GNZA 1V6XA 1C8XA 2AOSA 4WF7A 4UFJA 1TZ7A 1F4HA 4H8UA 1JFXA 1XGZA 2D1ZA 1HJVA 1G0CA 3TTOA 5GQBA 1E0WA 2XWDA 2FHCA 1V02E 1V3HA 2WMGA 1JDAA 2YDQA 1CXFA 1VBUA 1FP9A 1KBBA 1KR0A 1L0PA 3AIRA 3NSXA 1PX8A 1ESWA 4J3TA 5CZKA 1MW0A 2XWEA 1BSIA 1XC6A 5C70A 2J7DA 2VZOA 4TX8A 3ZIZA 4UFKA 3IAQA 3VMOA 1CGXA 5I24A 1W9DM 2DSKA 2DQXA 1KXTA 1WZKA 2D0FA 2GK1B 1WP6A 1FP8A 3U5UA 3VDCA 3A3HA 3WF0A 1AQHA 1LJYA 1V0LA 5GNXA 3WFZA 5A6KA 3F5LA 1UA3A 1V0MA 1VRXA 3AIWA 4AZ7A 3RILA 1W1VA 4M56A 4IPNB 2EJ1A 1G1YA 3VX0A 1H4PA 3CZLA 2BHZA 1GHRA 3MSGA 4JZ5A 2C8NA 5I2UA 4KRTA 4M24A 3WKZA 1NP0A 3AMGA 1V0KA 1W1TA 1H11A 1UH2A 1TE1A 2J62A 4AY1A 3AXXA 4J28A 2VX7A 5E09A 4PMUA 3ARSA 5BRQA 3WNKA 1HJUA 4YPJA 5CLTA 5BXSA 2FHBA 4PMOA 2YA0A 1CIUA 3BMVA 4PBGA 1ODZA 4V2XA 3W28A 4U31A 1Q6DA 4M29A 2XIBA 5DFAA 2XGBA 1JDDA 2BVYA 1NOWA 4UFMA 2GVYA 3POCA 3PZMA 1V6VA 4PMYA 2UY2A 1GOKA 2A3AA 3GBEA 3AMDA 4OKDA 3U7BA 3ZSSA 4DWSA 1W9PA 3WD3A 3LPFA 2JFEX 1BVNP 2XHYA 2OYKA 5EFFA 1US3A 2WCGA 1B31A 2PI6A 2WLZA 1JI1A 3AROA 1CPUA 5A6MA 4GQQA 3QHNA 1H0IA 3B8SA 3VM5A 3IANA 2X0YA 4AD3A 3FW6A 2UWFA 4E8CA 3U57A 4W8AA 1YQ2A 1E3ZA 2GJXA 2WXDM 2WMKA 2GJPA 4XZWA 6TAAA 4FF5A 1ZS2A 1DTUA 3WF3A 3EDJA 2Z1KA 1E43A 1UYQA 3WELA 5CSYA 2W5FA 2JIEA 1CDGA 2ZIDA 3WD0A 2DIJA 5EFDA 1WKYA 2GJRA 4QP0A 5I79A 2VQTA 3HMCA 1JZ3A 6CGTA 4OBSA 3WSUA 2RGMA 3NSNA 1GHSA 1QI0A 4J3SA 4AZ6A 4FLOA 3OLIA 3WDQA 3PZTA 5D8ZA 3QOMA 1JI2A 3PHAA 5A94A 1MQRA 2JE8A 3NDZA 2V3FA 3M7SA 4B3KA 3GDBA 3WUGA 2WCSA 4W84A 4N0RA 4KMQA 3ARRA 3NDYA 1W2VA 1AVAA 3WNOA 4R5EA 1JZ4A 2WKLA 1KGUA 4TXEA 1E5JA 1VBRA 3POHA 3PZOA 4V28A 1NH6A 4KH2A 1BYAA 4CUCA 4W8BA 1XV8A 1KR1A 2WKGA 5GNYA 3GNRA 1XSJA 3WH5A 3CIVA 2ZUSA 4C7FA 3WFLA 3WUFA 4CN6A 2EEXA 3W4RA 3WMSA 4YN5A 3L4WA 4WKHA 3VMNA 4LYQA 2DSVA 3GXDA 3ZR6A 5HNNA 5M03A 1UOKA 4JL2A 5CJ5A 5EBAA 1JZ6A 1CYGA 3TTQA 4B9YA 5DO8A 2CBIA 1CBGA 4F9JA 2X1IA 1JFHA 2DT0A 3PTKA 1DP0A 3T09A 5E0FA 1W3KA 2E9MA 1QW8A 1B2YA 4PMVA 2VMFA 4A4AA 8A3HA 4C90A 2YLLA 4NZCA 5GPRA 4J3VA 1XHGA 3RCNA 1VEPA 2CITA 5HOSA 2E8ZA 2A3HA 1KB3A 4LPCA 1QNQA 2WMIB 1UD6A 4JFSA 1GQKA 4WKAA 1QNRA 3WDJA 4CU6A 3HU7A 2X2YA 2EXOA 1ZL1A 1EHNA 1B3XA 2UY5A 1UD5A 3ARYA 1ZBCA 2QV4A 4U3CA 1GQIA 2G8ZA 2E0PA 4Z2JA 2J75A 3K8KA 2BY0A 3AFBA 4C7GA 5ABFB 2V3GA 1Q6GA 2CETA 2ZE0A 3APGA 2WVTA 5KZ6A 4UZSA 1HJXA 2EQDA 3AHXA 2J7BA 1C3FA 1TCMA 2WM0A 1W91A 3WDPP 1QNSA 3SCOA 4UQ9A 1UD3A 3VIJA 1E1FA 5A8NA 4DM1A 1BQCA 1H49A 4UR9A 1W3LA 3WUBA 2C0HA 3AXIA 2BHUA 3K1DA 4KGJA 5E0CA 4H2CA 1WZMA 4Q7NA 5C8BB 3ALGA 1UD4A 3U7VA 4EKJA 4D1IA 1GORA 2GUYA 3WQ6A 1GCYA 4LX4A 3MV11 5DT7A 4PMDA 3SIMA 1BTCA 1BF2A 2W63A 1BYDA 4NI3A 1QI5A 1OGSA 1W9UA 3BLKA 1NWSA 4FK9A 4ATWA 3WQWA 2ZUUA 1TG7A 2VT0A 5ECUA 1NQ6A 1O7AA 4AIEA 1MW2A 1G94A 4CN1A 2DT1A 3AICA 2WYSA 2PC8A 5A6BA 4D6HA 5BXPA 1C7SA 1AMYA 4PMZA 3QR3A 4JKKA 1S46A 3FHQA 4AZGA 1VFFA 4W5UA 4AZ5A 4S3JA 4GZJA 2WLYA 3WEZA 2E9LA 2J7FA 1OWQA 3BH4A 2ZUMA 1B3ZA 4B15A 2NSXA 1XH1A 1NOUA 3RJYA 3WD4A 4TOQA 3UCQA 4FLQA 3ALFA 3WMBA 2BFGA 1K9EA 2ZICA 3ARUA 5EMYA 4AW7A 3VD7A 3W6LA 3CLWA 3GXIA 2CNCA 1Z32X 2ZUTA 3ZT7A 1AQ0A 1UKPA 4QDMA 2D22A 1TVPA 5D8WA 1CZ1A 3OB8A 1UR9A 3VIMA 5FCZA 4J27A 2ZX6A 1BG4A 3CMJA 4CCDA 3I3BA 3VIGA 3VX1A 4YHEA 1U2YA 4PMQA 1W1YA 3N18A 5I3DA 2V5CA 1W9BM 4ZEPA 3GYCA 2BS9A 3N15A 1VJZA 2JIWA 1CGWA 4UOJA 3ZMRA 2ZXQA 2ZX8A 1ISYA 4JFWA 3SCRA 2YKKA 2EPLX 3CHDA 3VIFA 2VZUA 4AD2A 1M03A 1KBKA 3UESA 2QLYA 1CNVA 1WAWA 5D4YA 4QCEA 4IM4A 2IUZA 4WSKA 5CLWA 3GXMA 3AHZA 1MW1A 2ESCA 2PWEA 4ZENA 2D3NA 2CBVA 1X1NA 1MW3A 5BROA 1HJQA 3EMCA 1XSKA 1E6ZA 5A3HA 3EDEA 1Q6EA 2VX5A 4P8VA 1DEDA 4MPKA 9CGTA 4JFTA 1M04A 2E40A 3CZJA 2J25A 3VD9A 4IPLA 2XFFA 4W87A 1HIZA 1HKMA 1JAEA 1LLOA 4P7RA 3GH4A 3WH8A 1UUQA 4GQRA 5FKYA 1JXKA 1WZLA 3EBVA 1LWHA 4NF7A 4ACZB 3K46A 2FGLA 5I23A 1CXEA 2VQUA 3L4YA 4W93A 3N04A 1JD7A 3ARVA 1H2JA 3KEHA 1WDRA 1KGXA 1TFVA 4AZCA 4UZUA 1C93A 3M6DA 4D6EA 2J7CA 4DM2A 1BLIA 3WD2A 3CH9A 1R7AA 4QCFA 3B9DA 3SUTA 1SMDA 4PMNA 2QPSA 3OA5A 1G9HA 1JGIA 4M81A 3MV01 4GI9A 4M80A 3NIYA 3MANA 1MFUA 1JZ5A 1EA9C 4E8DA 5JBDA 1PZ3A 3NYDA 4CVUA 1TA3B 1M01A 1CLVA 2OWWA 1JG9A 4JCMA 3UG3A 5BXRA 4Z2IA 3SCTA 2VX6A 4P7NA 2ZUNA 4X9YA 1V3KA 4ZFMA 1EO5A 2DSZA 1EGZA 3AXHA 3VPLA 1GOOA 1O6IA 4TVDA 3MMUA 3LPPA 4B3LA 4X0VA 3WBEA 5AY7A 1XH0A 1E15A 4HPHA 2CYGA 3GH7A 4H8VA 1LL7A 3OLGA 4UOZA 3L4ZA 3N9KA 1E6QM 2WVVB 1W3HA 2PF0A 4Z2HA 5A2CA 5CGMA 3PZQA 3CUHA 4OUEA 2J8FA 4D72A 3TTYA 4F79A 1J0JA 4HZ7A 4H7VA 1XD0A 4HPGA 3MKKA 5CPTA 3VILA 1GJUA 3WF4A 3UG5A 1R86A 5E9AA 3VM7A 2W4XA 2YIHA 1RD6A 4UQAA 4MJ2A 5LA1A 4RE4A 2ZUVA 2VRQA 3CUJA 4AD0A 1LG1A 2EPNA 5HPCA 3FNDA 2PWGA 2VZTA 4JCLA 1PIGA 1W9VA 5A8PA 5EB8A 4CD7A 1VF8A 5A8MA 1VEMA 2DIEA 4PTMA 3SURA 2VNCA 4NRRA 1I1WA 3PN8A 4D6IA 5FL0A 2A3BA 2OYLA 3WEOA 3VIKA 2WMJA 3O2LA 3ZOAA 2VOTA 2JEQA 4J7RA 3VGEA 2XTKA 2ZXBA 3KL3A 4HTYA 3BAIA 5M5DA 4TVUA 4D1JA 2ZWZA 4DUXA 1VEOA 4WLCA 3SUSA 1G5AA 2WHLA 1E72M 2AMGA 3T0DA 5IFPA 2XG9A 1D7FA 2BXYA 3UR8A 1J0IA 3BGAA 3VGDA 4CVWA 3ARPA 4GO9A 1R8LA 1W32A 1X6NA 4BQ3A 1HL8A 5TD4A 1UHVA 5IXEA 3PZGA 3SCUA 3AS0A 1IV8A 4W8LA 2J7HA 3VD4A 4JHZA 4UOQA 4AZIA 1BVZA 1CEOA 1PIFA 1J0KA 2XVGA 4JIEA 2WANA 4AZHA 5I5RA 3DHPA 3OGRA 5FD0A 2F8QA 3CZGA 4RE3A 1JL8A 1JNDA 4A3YA 1C8QA 3A4XA 5JBFA 3PBGA 3T0AA 3L4UA 5FIPA 3D5HA 1E1EA 1FFQA 1UD8A 5FOOA 2F61A 2ZX7A 3WDRA 3BAXA 4MDPA 2Z1SA 3ARZA 1A3HA 1GOQA 2VRJA 5A2BA 1QI3A 1E9LA 1Y7VA 3CZEA 2XUCA 1JAKA 1VJSA 2CHNA 5HPOA 1E73M 1FOBA 2A3EA 3GH5A 5LA2A 1GNXA 2O92A 4GO8A 2WSPA 3WENA 3VNYA 4AD5A 4UFLA 1E6RA 2G3NA 3CO4A 4AEFA 2JF7A 2CKRA 3AI0A 4WKFA 4Y7EA 3AZSA 4U33A 2E4TA 1LQ0A 4R27A 4L4OA 1J0YA 1HF6A 4RE2A 5BRPA 1CLXA 1GVYA 2XVLA 3VDHA 4M82A 2XSBA 1PPIA 3AMCA 4PSRA 3WQ8A 5ABGA 2E9BA 3IJ8A 1ZU8A 2JALA 1JZ7A 4AIOA 3LPGA 4AD4A 1CWYA 1NARA 1WPCA 1VFMA 4HZ8A 2VTFA 4Z2LA 1DHKA 1HKIA 1OBAA 1V08A 1VIWA 2G3IA 3CUIA 2CPUA 1JYXA 2MANA 1ITCA 3EMQA 2ZOXA 2EO7A 4AD1A 3EMZA 3UG4A 3PZ9A 1HNYA 2D2OA 2QHAA 4ZXLA 3MUAA 2WBGA 1MYRA 1OGGA 4KWUA 3FAWA 5JBEA 1V0NA 4U3AA 1OD0A 5KEZA 4B16A 2DH3A 1GZJA 1NOFA 1C7TA 3KZSA 3VIPA 2E8YA 3A4AA 1R87A 3DYPA 3VD3A 1CECA 3BAKA 1UKTA 2BY3A 5A6SA 1TR1A 3MSDA 5A6JA 1J12A 3TOPA 3GTNA 2YBTA 4HMCA 4UQEA 4KRUA 1EDGA 4W5ZA 1HKKA 1GOWA 2BVDA 3BSGA 3WDIA 4ZE4A 1WO2A 1UWSA 3EYPA 1OGBA 1GOMA 1CXIA 4NRSA 1QW9A 3ZT5A 4TTUA 1JYWA 2O9PA 4CU7A 4J3WA 3K8LA 7CGTA 3A4WA 2QF8A 2D20A 1QPKA 2WVUA 4N42A 1PBGA 2G41A 5CXPA 4D6CA 1OT1A 1ZB5A 4FMVA 1MQQA 1QBBA 3AS3A 1K9DA 3SUUA 3SCNA 4JKMA 1I75A 1PAMA 4HA4A 2VUYA 1B9ZA 1B1YA 3VGHA 5AYIA 2VRKA 1MVYA 1EQPA 2GSJA 4ML4A 1BAGA 1KXHA 2XVPA 3WQ5A 5E6YA 1UZ1A 1UA7A 4MB5A 4UFHA 4M1RA 2DSUA 2RGLA 4H41A 3WY1A 2AAAA 5CPQA 3KE0A 1DWHM 1BGAA 3AQUA 1XD1A 1BGGA 3EDDA 3VOCA 2CBUA 3W26A 5A2AA 1UR2A 1H5VA 3CHFA 4ATLA 5BXTA 3CMGA 2WBKA 4J3XA 1C91A 2WVSA 2YJQA 2EBNA 1Q6CA 2W66A 1L8NA 3A47A 2DPEA 1JF5A 2CEQA 5D9PA 2BY2A 2G3JA 4AISA 2FH8A 4MNKA 3OGVA 1RH9A 2EPOA 4K68A 2IXUA 2WMIA 1YHTA 1E4NA 3W82A 1CGUA 3RJXA 2VZSA 3K4AA 3D3AA 4MB3A 1E4IA 3VUPA 1BFNA 5IHSA 2J4GA 3WNLA 1V6WA 3N11A 2HISA 3ZJKA 5CSUA 5ABFA 4J3UA 3KL5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C8Y A;  4UQD A;  4MNJ A;  5M3W A;  2UY4 A;  4X0N A;  1HKJ A;  4F66 A;  1HXJ A;  2W61 A;  2J74 A;  3G6L A;  3SEP A;  1KXQ A;  2QMJ A;  4AYS A;  3JUG A;  4UQC A;  1F4A A;  1E70 M;  1VFU A;  3N1A A;  1JXJ A;  1LF1 A;  2XFY A;  4C91 A;  2WAG A;  3T2P A;  3TA9 A;  3CGT A;  2J7G A;  1CXH A;  1GQL A;  1SR0 A;  1OM0 A;  3RO8 A;  4MB4 A;  1QNO A;  2WHM A;  4YHG A;  4LYP A;  3ZJ8 A;  1JZ2 A;  2V3D A;  1CEN A;  1ISX A;  1NM9 A;  5F7U A;  1B90 A;  3AIU A;  2G4F A;  5GNZ A;  1V6X A;  1C8X A;  2AOS A;  4WF7 A;  4UFJ A;  1TZ7 A;  1F4H A;  4H8U A;  1JFX A;  1XGZ A;  2D1Z A;  1HJV A;  1G0C A;  3TTO A;  5GQB A;  1E0W A;  2XWD A;  2FHC A;  1V02 E;  1V3H A;  2WMG A;  1JDA A;  2YDQ A;  1CXF A;  1VBU A;  1FP9 A;  1KBB A;  1KR0 A;  1L0P A;  3AIR A;  3NSX A;  1PX8 A;  1ESW A;  4J3T A;  5CZK A;  1MW0 A;  2XWE A;  1BSI A;  1XC6 A;  5C70 A;  2J7D A;  2VZO A;  4TX8 A;  3ZIZ A;  4UFK A;  3IAQ A;  3VMO A;  1CGX A;  5I24 A;  1W9D M;  2DSK A;  2DQX A;  1KXT A;  1WZK A;  2D0F A;  2GK1 B;  1WP6 A;  1FP8 A;  3U5U A;  3VDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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