4GPNA

The crystal structure of 6-p-beta-d-glucosidase (e375q mutant) from streptococcus mutans ua150 in complex with gentiobiose 6-phosphate.
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
AMSKLPENFLWGGAVAAHQLEGGWQEGGKGISVADVMTAGRHGVAREITAGVLEGKYYPNHEAIDFYHHYKEDVKLFAEMGFKCFRTSIAWTRIFPKGDEAEPNEAGLQFYDDLFDECLKYGIEPVVTLSHFELPYHLVTEYGGFTNRKVIDFFVHFAEVCFRRYKDKVKYWMTFNEINNQANYQEDFAPFTNSGIVYKEGDDREAIMYQAAHYELVASARAVKIGHAINPNLNIGCMVAMCPIYPATCNPKDILMAQKAMQKRYYFADVHVHGFYPEHIFKYWERKAIKVDFTERDKKDLFEGTVDYIGFSYYMSFVIDAHRENNPYYDYLETEDLVKNPYVKASDWDWQIDPQGLRYALNWFTDMYHLPLFIVQNGFGAIDQVEADGMVHDDYRIDYLGAHIKEMIKAVDEDGVELMGYTPWGCIDLVSAGTGEMRKRYGFIYVDKDDEGKGTLKRSPKLSFNWYKEVIASNGDDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus mutans
publication title GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 6-phospho-beta-D-Glucosidase
total genus 184
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.86: 6-phospho-beta-glucosidase.
pdb deposition date 2012-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4gpnA00
4OKDA 5I2UA 4L4PA 1G1YA 3N17A 5CPSA 3WDHA 3D3AA 3NYDA 4U5KA 5IDIA 5A1AA 4F9DA 3W6LA 3L4WA 1UYQA 3SCSA 2BY3A 3ZJ8A 3ARYA 2YA0A 2Y8KA 1PIGA 1QBBA 3VD9A 4P8XA 4R27A 1UKPA 2VI0A 2QLYA 1XSJA 2EQDA 4KH2A 7TAAA 2GJRA 1UKOA 4OJYA 1J01A 4ZEPA 3W82A 1C92A 1H49A 3PZVA 2TAAA 2A3AA 3THCA 2JALA 1LWHA 1MFVA 1BAGA 1Q6EA 4HOXA 3ARZA 3T08A 3VDHA 1MW3A 4BS0A 1D2KA 4PYSA 4AZBA 3N1AA 3NDZA 1JG9A 4CU7A 4TX6A 4PRWA 3AXXA 5JIPA 4D71A 2CEQA 4DWSC 1HIZA 3PZQA 1BFNA 1V0KA 3WEOA 4D72A 1ISXA 1PZ2A 3RM9A 3TTSA 2BY0A 5IFTA 1GONA 2WMGA 3EDEA 1C90A 4HPGA 4TOQA 2VX7A 2XSAA 2WVUA 3N04A 1RP8A 4CU8A 3CPUA 5JUVA 2F8QA 1XGZA 3FN9A 3A6OA 1JAEA 5A95A 1M03A 5AC4A 1BGAA 1V02A 2V3DA 4TUFA 4K68A 1JF6A 1UWTA 2VZUA 1LG2A 3BLKA 2E0PA 1ITCA 1AQHA 3J7HA 8A3HA 5ABGA 3APGA 3UG4A 2J7FA 5C71A 2G3NA 4LQ1A 3UG3A 5JBDA 3T2QA 1H09A 3UERA 1GHSA 3AISA 2O92A 3HU7A 3ZSTA 2J8GA 3U5YA 2PWDA 3NSMA 4DM2A 1US3A 3VIOA 3WBEA 7A3HA 3VDCA 4AZGA 3EMZA 2Z1SA 2RGMA 2YLAA 3WELA 3PTKA 1KGUA 2CBVA 5M5DA 1DEDA 3W38A 3T2OA 2W66A 3FXYA 4E2OA 1BQCA 2PF0A 4D6GA 4D6IA 2ZIDA 5HOSA 5FIPA 2X2YA 2XUCA 2J7DA 1XH2A 3AIBA 4JHOA 4MB5A 4GO8A 4U33A 4MAVA 1B3VA 4BQ2A 2OWWA 3ARQA 5A8MA 4JFSA 1SMAA 2J4GA 4P8VA 3EDKA 4CVWA 3K46A 3SCQA 3VIIA 1JNEA 1VEPA 2BHZA 1VEOA 1E4NA 4XZWA 2VR4A 2CHNA 1UKSA 2D23A 2FH8A 1R86A 1CPUA 1LG1A 1XYZA 3SUSA 3AZTA 3U57A 2WCAA 3IK2A 4FLSA 1E71M 1E6QM 1KWGA 3BSHA 4H8VA 5BXTA 3VD7A 2WYSA 1HKJA 4YHGA 5I0DA 1NARA 1TG7A 3W81A 2D0GA 1W1PA 5LA2A 4GO9A 3WEZA 3EDJA 1H11A 4FLQA 4CD5A 3WQWA 4E8CA 4J28A 1VFMA 2XYLA 5GNYA 2WMKA 1JNDA 3KL0A 5M03A 1LWJA 8CGTA 5A6LA 1M7XA 1WDPA 1EQPA 4ACYA 1BVNP 1WAWA 2JEQA 4PMYA 5HPOA 5HBFA 1QI5A 3NSXA 4OOUA 3TTQA 5E09A 3GH5A 2YL9A 2CITA 2BS9A 4AD1A 3ECQA 2BFGA 3UR8A 2D1ZA 3WN6A 4UOZA 1WE5A 3KL3A 3TTYA 1NWUA 5D9NA 5ABFA 1E6RA 1MXGA 4OZOA 3VNZA 1HT6A 1E73M 1KFWA 1UD3A 4Z2GA 3G6MA 2VURA 3NSNA 2GK1A 2WW5A 2HVMA 5ECUA 4UFMA 1DWJM 3VX1A 5DMYA 4J7RA 1CEOA 4MJ4A 2D3LA 4PMXA 1VFFA 4JKLA 1F4HA 1V0NA 4U3CA 1TE1A 1EGZA 1DTUA 4YPJA 1VBRA 1XHGA 1FHDA 4W84A 1Y7VA 3BAIA 4TTUA 4PMOA 3LMYA 1KR1A 2EPKX 3CMGA 4Z2KA 4H8HA 3EDDA 2ZICA 4Z2JA 1KGWA 1CENA 4BQ3A 5HPCA 2GDUA 1CZ1A 3VIPA 1CGUA 1NOFA 1K9FA 4DUXA 3SCPA 4F9JA 4D6DA 1VENA 1DWHM 1E3XA 3OG2A 2Y8VA 6CGTA 2WHMA 2OYKA 4C7GA 3AMGA 3BCDA 3GM8A 1KR0A 2JF7A 4JFWA 5BXRA 4UQAA 4BZYA 2VO5A 4DWSA 3T0DA 3B8SA 5I24A 1LLOA 1UZ4A 1UR8A 3NIYA 2FGLA 1H5VA 4GI8A 1JYXA 1HJQA 5F7UA 1JGIA 1CIUA 5CLWA 4QDMA 5IHSA 2DT2A 4UR9A 3POHA 1Q6FA 1R85A 4PN2A 1Q4NX 3BMWA 3VU2A 4CD7A 5A6BD 1HXJA 3AZSA 3PZTA 1HJVA 4Q7NA 4F8XA 3ARRA 1E40A 4HOWA 3K4DA 2XGIA 3UESA 3ARTA 3L4XA 4MAZA 4H2CA 3PZ9A 3U5UA 1WZKA 1ITXA 3KEHA 4PMZA 4UZSA 5BXSA 4OIFA 1QNSA 3AJ7A 2QPUA 4PMUA 1G0CA 4B9ZA 1VRXA 2AMGA 3WH5A 2A3CA 4D6JA 1UWQA 4HU8A 1KXHA 4A3HA 1JZ6A 3MUY1 4BF7A 1E1FA 5A6AA 4HMCA 2VX4A 3AIUA 1EA9C 1EOMA 4AIUA 3VKKA 3OLDA 5M17A 4QFUA 1E4LA 3OLGA 3VTRA 4C7FA 2GUYA 4A4AA 2J62A 4UFKA 4C7DA 1NP2A 1MFUA 4MTVA 2DT1A 2PWHA 1UD8A 1W9VA 3WF4A 3ZSSA 3IJ8A 2WNWA 3RM4A 1JYNA 4D6HA 3WQ8A 1CGWA 3WF2A 3BGAA 1ISYA 3RCNA 1P6WA 2YJQA 4J3WA 1ESWA 3B9EA 3TP4A 3N11A 4ZFMA 4W89A 1EQCA 3JUGA 4HZ7A 5A2BA 5KEZA 3QOKA 1DWIM 2DIJA 5D8WA 1W9DM 3L2MA 4QLLA 4UQEA 2BVYA 3VNYA 1H3GA 1CBGA 1QI2A 3ZR5A 4LGXA 1OGSA 1E4MM 1JDAA 1Q6GA 1ZBKA 4Q22A 2WHJA 3CZGA 1LL4A 1E6NA 4M29A 4UFHA 2QMKA 4W88A 1C8QA 4WLCA 3G6LA 1EHNA 2BNJA 2JFEX 4WF7A 1QVBA 4W87A 5CQ1A 2J7GA 5CLTA 1XC6A 4M1RA 3THDA 5A8NA 3K1DA 5JBEA 3CUFA 3GYCA 1E0XA 3HJEA 1FH7A 1K9TA 4UCFA 1ZBVA 1DP0A 3MU7A 3QHNA 3WNNA 4XUYA 3GH7A 1M53A 3AHZA 3LPOA 2ZUTA 3AIVA 1JYVA 2BY2A 4JAWA 2ZX5A 3EMCA 4W86A 1MVYA 3CLWA 4N42A 2CESA 2DIEA 4AD5A 1TFVA 3WNLA 3GXMA 1HN1A 3L4UA 1J11A 4ZE4A 3CHCA 1GOIA 5LA0A 1XSKA 2XVKA 3RMEA 5AY7A 1ISVA 3LPPA 4CUCA 3GNPA 2XGBA 4QCFA 5A6JA 3GBDA 2HISA 2G8ZA 1GOQA 1CXLA 1JI1A 1V6YA 1S46A 3BAKA 5DF0A 4KWUA 1XD1A 1W9UA 1KQYA 5E0CA 2UY4A 3RILA 1W3JA 1GW1A 4WSKA 1VFUA 5D8ZA 1UD2A 2WMIB 3ZMRA 3MUZ1 4NRSA 3WD0A 2CKSA 1W9BM 3IAPA 4H7VA 1XD0A 2DSUA 4MADA 4MNMA 1J0JA 4JKKA 3AIEA 4R5EA 3WNOA 2WK2A 2ZX9A 3ZM8A 1E6XM 4HMDA 1V3HA 2NSXA 1BGGA 4P7NA 1XSIA 1I1XA 2YA1A 5CXPA 1CTNA 3MS8A 1BYDA 2CPUA 4HZ6A 2FHFA 2UWFA 1XCXA 3SUTA 3DYOA 9CGTA 1HVQA 3DC0A 1KXVA 2IUZA 3A4AA 1CGXA 3O2LA 2OWCA 2G4FA 1M04A 2D22A 4GXPA 2VCBA 3WH6A 2JEPA 5BCAA 2J78A 3PN8A 1O7AA 1B90A 4E8DA 1JZ4A 4RL3A 2X1IA 3WNKA 1SFSA 2YDQA 4ATWA 4J3XA 1TVPA 2EXOA 1YQ2A 4LPCA 3CUGA 4JFUA 3WH9A 2XVNA 5C8BB 5FL0A 3WENA 4IPLA 4UFLA 1W1VA 2XG9A 4P7RA 3VILA 4LYRA 4CN4A 1MXDA 4UZUA 2VX6A 2YKKA 1UR1A 4B16A 4J3TA 5D9MA 4J3SA 3VPLA 2XFYA 2CBUA 2JIEA 3POCA 4M8UA 4WIWA 3RPMA 2YBTA 2J7CA 1GQJA 3VIJA 1HP4A 3VO0A 4UOJA 3TTOA 3WH7A 2J79A 2VRKA 3WUFA 3TONA 1GHRA 2V3FA 3CIVA 5BRPA 1G94A 2VVSA 2D0HA 1CGTA 4TX8A 4S3KA 2QMJA 3AS0A 4NZCA 1B3WA 4N0RA 4EK7A 2GVYA 1BYCA 1J0KA 3AHXA 5BROA 2WSKA 4X0NA 4M81A 3CHEA 5DFAA 1UD5A 2XJ7A 1WB0A 1GOOA 3AS1A 3CZEA 4KGJA 3WF1A 1CYGA 4AISA 5GNXA 2EPMX 3DHUA 3AHYA 3T09A 2WC7A 3WMCA 5CSYA 2O9TA 3AHTA 3WDQA 3OZPA 2AOSA 4GQRA 4GZIA 1JFXA 1OD8A 1B2YA 2J25A 1O6IA 1R87A 2WPGA 1EHAA 1G9HA 3MMUA 2YIHA 3ALGA 1VEMA 3I3EA 2J75A 5CJ5A 2XFRA 1KQZA 4ML4A 3N12A 5TD4A 2DGAA 3WDIA 3IAQA 3OLIA 4U2YA 2VQUA 4U31A 1H2JA 1WO2A 5EFFA 2PI6A 1HVXA 4ACZA 1EDQA 3ARVA 3U7VA 1IZKA 4OBSA 1HJSA 3MKKA 4AZCA 1JDDA 3KE0A 3L4VA 3WQ4A 1PAMA 1UA7A 3AFBA 4AMCA 1E3ZA 4CGTA 2NT0A 4LX4A 3PHAA 1OD0A 3KWXA 2PWEA 3OIHA 4W7WA 3F4VA 3AXHA 1GOWA 6A3HA 3HMCA 1GNXA 1HJUA 1MYRA 3VM5A 5GPRA 2ZE0A 3ARWA 3GTNA 2V3EA 1JZ7A 5C70A 1NOWA 4AXNA 4Y7EA 4PMVA 2WAGA 5LA1A 4MB3A 2A3HA 4PTXA 3VDAA 2J7BA 2XSBA 1J12A 3EYPA 3NCOA 1VF8A 2QF8A 1JYWA 1AQMA 5E70A 3DHPA 3ZT5A 4NI3A 5I77A 3AS3A 1A47A 3SIMA 2WKLA 5A2CA 1E1EA 1V3JA 4CCEA 1WZLA 1R7OA 3WFLA 4CD6A 3MMWA 3A47A 3VIKA 1KXTA 2VZTA 1CXKA 1OSEA 3ZT6A 3PBGA 3VINA 1V02E 4CU6A 3K8MA 1W1YA 2V38A 1UR0A 2ZXBA 3WQ5A 4LXFA 5I78A 3WNPA 4M82A 1E70M 1L0PA 1BSIA 1LJYA 3AIWA 1BLIA 3UCQA 1UR9A 3WF0A 4EAMA 4CD8A 3AS2A 4PMQA 4RE3A 2VL4A 4FF5A 3W0KA 1H1NA 3AMLA 2XFFA 1MQRA 1V3KA 1J0HA 1DWAM 3SUVA 4JHZA 1WKYA 3S6TA 3FW6A 2VC9A 3SCTA 2E4TA 4AEFA 5I5RA 3VMOA 2XIIA 2EJ1A 1NWTA 2DSWA 4DWSD 3ZQ9A 3WNMA 1ODUA 1OIFA 3WY1A 1CGVA 5A6KA 4ZE5A 1QHPA 3ZO9A 5I79A 4PSPA 2W92A 3KL5A 5FL1A 1DWGM 3KZSA 4AD4A 2W5FA 3WQVA 1JD7A 1OM0A 3VGFA 1WZMA 3SCWA 5HDRA 4MDOA 1SR0A 5E9AA 3WIJA 2C7FA 4AZCB 2WMJA 4AD2A 4OUEA 1NWRA 1DHKA 3ZIZA 4DUVA 3GNRA 3RO8A 1PZ3A 3T0AA 4TXEA 3N9KA 1U30A 4HA4A 5A8PA 1H0IA 2GFTA 5IFPA 4JKMA 2VZSA 1IT0A 3TA9A 1KXQA 1V3IA 3FAXA 2VZVA 1QPKA 2ZUUA 2E9MA 2JE8A 1Z32X 1QNQA 3MV01 5A2AA 2F61A 2X05A 3GXDA 1GJWA 3HN3A 3UG5A 1M01A 3L4ZA 4EE9A 4HZ8A 2O9PA 3AQUA 4PCSA 4XZBA 3MSGA 3WBAA 2QV4A 4ZXLA 1PIFA 2WVVA 4HA1A 2ZUWA 3L2LA 4V2XA 2UY5A 1US2A 3CBWA 1TCMA 4GZEA 1UKQA 4H41A 2XPKA 2XVLA 4XX6A 1J18A 1UWSA 3CGTA 2XVGA 3AXIA 2VJXA 3D5HA 4U5IA 1CXHA 1HKMA 1G01A 2VCAA 5AYIA 5ABFB 1E6PA 2BHUA 2J74A 1UD4A 3AMDA 3CZJA 4AD0A 3OA5A 3MV11 3A4XA 4B15A 1JXKA 3F5LA 2VMFA 4AIEA 2GK1B 1CECA 2D24A 2D3NA 1OIMA 2MANA 1D3CA 2GSJA 3RJYA 1JZ3A 3WDRA 3WD2A 5A6BA 4AZ7A 4UQBA 5I6SA 1VJSA 1FFQA 1H4PA 1GQKA 1PX3A 4RE4A 2DDXA 3AMCA 1WZAA 2C0HA 1JFHA 1XH0A 3ARUA 4QLKA 4P7LA 1UWUA 3ARSA 2WCGA 4E4PA 1JZ2A 4IUGA 1PPIA 3SCOA 5FCZA 1ZS2A 5BRQA 5FKYA 2Y24A 4LYPA 3WQ6A 2E8YA 4WKHA 1GJUA 4AZHA 1VJZA 1JL8A 3MANA 4P7OA 1EO7A 2WWDA 3SCVA 3ZOAA 1BVZA 1HNYA 4NSBA 2DH3A 3MO4A 1FHLA 3AYSA 5JBFA 2E40A 2VNCA 4DWSB 4MNKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OKD A;  5I2U A;  4L4P A;  1G1Y A;  3N17 A;  5CPS A;  3WDH A;  3D3A A;  3NYD A;  4U5K A;  5IDI A;  5A1A A;  4F9D A;  3W6L A;  3L4W A;  1UYQ A;  3SCS A;  2BY3 A;  3ZJ8 A;  3ARY A;  2YA0 A;  2Y8K A;  1PIG A;  1QBB A;  3VD9 A;  4P8X A;  4R27 A;  1UKP A;  2VI0 A;  2QLY A;  1XSJ A;  2EQD A;  4KH2 A;  7TAA A;  2GJR A;  1UKO A;  4OJY A;  1J01 A;  4ZEP A;  3W82 A;  1C92 A;  1H49 A;  3PZV A;  2TAA A;  2A3A A;  3THC A;  2JAL A;  1LWH A;  1MFV A;  1BAG A;  1Q6E A;  4HOX A;  3ARZ A;  3T08 A;  3VDH A;  1MW3 A;  4BS0 A;  1D2K A;  4PYS A;  4AZB A;  3N1A A;  3NDZ A;  1JG9 A;  4CU7 A;  4TX6 A;  4PRW A;  3AXX A;  5JIP A;  4D71 A;  2CEQ A;  4DWS C;  1HIZ A;  3PZQ A;  1BFN A;  1V0K A;  3WEO A;  4D72 A;  1ISX A;  1PZ2 A;  3RM9 A;  3TTS A;  2BY0 A;  5IFT A;  1GON A;  2WMG A;  3EDE A;  1C90 A;  4HPG A;  4TOQ A;  2VX7 A;  2XSA A;  2WVU A;  3N04 A;  1RP8 A;  4CU8 A;  3CPU A;  5JUV A;  2F8Q A;  1XGZ A;  3FN9 A;  3A6O A;  1JAE A;  5A95 A;  1M03 A;  5AC4 A;  1BGA A;  1V02 A;  2V3D A;  4TUF A;  4K68 A;  1JF6 A;  1UWT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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