4PC8A

Structure-based protein engineering efforts on the scaffold of a monomeric triosephosphate isomerase yielding a sugar isomerase
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
239
structure length
238
Chain Sequence
MSKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAALNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ma21-TIM
total genus 91
structure length 238
sequence length 239
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pc8A00
1SZEA 6ALDA 1SFJA 2B0MA 4O16A 5ABTA 3MI6A 1ZJIA 3G3DA 3ZWSA 3GKFA 1O94A 4AF0A 2EAWA 2DZTA 3PR2A 2X16A 1TPUA 4LVGA 1W3TA 2ZYFA 3P74A 3GDLA 3NPVA 5E0KA 4MIMA 3T55A 5HJLA 3R5EA 2WJZA 3Q58A 1W56A 4TO8A 3F03K 1TRIA 3U2OA 1SU5A 3DKLA 5D33A 5J5DA 5KZDA 3HIJA 4UMAA 1ZHAA 3ABQA 3I7SA 1JVNA 4AHPA 2QJHA 4Z0SA 3GNDA 5F2MA 4HSNA 1OJXA 3UZ5A 4OWGA 2TSYA 1TTIA 3E9AA 5LGZA 5LSMA 4NJJA 1R2RA 2DZXA 4N2YA 5KSWA 1NEYA 3DENA 1AW1A 5HWMA 3STEA 2Q8ZA 2JGQA 1KBIA 3S5OA 5BOOA 1TJPA 5D30A 3KVJA 1G67A 2B4GA 4UTUA 4MOZA 3G0SA 4UFIA 3W7KA 1JCLA 3G1VA 1AW2A 5C55A 3I68A 1ME9A 1F76A 3P67A 4IMCA 2OT1A 4QNWA 4O52A 3WJYA 4FIRA 3NR0A 3QFEA 3W1NA 5DY2A 4HHPA 4K6AA 4Y8FA 4O14A 5D09A 4MY1A 5IM51 3W7CA 4UTWC 2YCEA 3R8RA 2ISWA 3V75A 2LLEA 1GVRA 2P0OA 3NAVA 1N55A 3P80A 4K8HA 1MSSA 3QSRA 3M6YA 2E5CA 1LRQA 3DHFA 1DQXA 3M41A 1PV8A 4UFHA 4NXSA 3U8GA 3GB6A 5J5RA 5DY3A 3GDKA 1BEUA 1EP1A 4JX4A 1SW7A 3L5LA 3OVRA 4DO6A 4WY0A 4AAJA 3O15A 1GVQA 1P0NA 1HTIA 1YXYA 2G95A 2RFGA 3EX2A 4S2CA 3LB0A 4ZZ9A 4L4MA 1C8VA 1QWGA 1ZY9A 1SO4A 1EWDA 2DZSA 3G8EA 1MZHA 2C3ZA 1Q3NA 4NZJA 5CSSA 3BW4A 5IBXA 3UQNA 1XC4A 4PL1A 3FLUA 5K7JA 2Y7GA 3WK1A 1JCXA 3L21A 1H60A 5G4WA 1I45A 2Y7EA 3M5YA 2J88A 1T96A 1KFCA 2GQ9A 5F2GA 1HO4A 3O1NA 1R46A 5HR7A 4O1CA 3RNDA 3O6CA 1SFLA 1N7KA 5CZ0A 4TU1A 2BTMA 2H8ZA 4R34A 4E2DA 2Y7FA 4RLIA 2P10A 3P7YA 2ISVA 2V2DA 4ML9A 5K9XA 1QPQA 1SO3A 1T99A 2EPHA 4GRSA 1Q45A 3A9IA 4RJEA 5G2IA 1LOQA 3GDRA 3VI2A 5DCDA 4IOTA 3O63A 4FEZA 2ABAA 3NVTA 3W23A 2A7NA 4IWWA 5L9FA 3W83A 4EWND 4JTJA 2FTPA 3RMJA 3PY2A 3GVGA 1ZFJA 4EIVA 3EWUA 3C0JA 2KZHA 4CNPA 3HQ1A 4O15A 1HG3A 2NV1A 2OT0A 2QJIA 3QMSA 3KRSA 3LCLA 1G4PA 5AFDA 4Z1CA 3SR7A 3TJXA 4A2RA 3NQVA 3FEMA 3B06A 3H55A 1ICSA 3S6DA 2QCMA 1JUKA 3OIXA 1QNVA 3LX9A 4LV4A 1YTKA 1NFBA 1ICPA 1SW3A 3O06A 5LNRA 3BLFA 5D03A 3W2NA 5HINA 2CLHA 4R7JA 3NPUA 4LVBA 4GFSA 2GVLA 3GYEA 1SZGA 3LXAA 4WX2A 3NA8A 2ZZ3A 4O12A 2WPBA 4Z1DA 3G24A 1O4UA 4UTWA 1KM2A 1VLWA 1DKWA 5FF3A 2B7PA 5AC8A 2E77A 1FCQA 3LBCA 5CPLA 1SZNA 1GG1A 3TR2A 3TV8A 1FXPA 1TTPA 3G1DA 5G1TA 5HMSA 3LCIA 2NX3A 1KTCA 4GJ1A 2ZRWA 1XI3A 3HO8A 3CU2A 1E51A 4LTSA 3M43A 2ABBA 1HUVA 3HG4A 2FDSA 2RH9A 3NZRA 4O28A 1Q6RA 4UNKA 4U4MA 4ORMA 1OYCA 3RLVA 3QW3A 3S1VA 3LTPA 4HNTA 1Z42A 4JTFA 3L68A 3QRHA 4RKAA 2XN1A 4IGHA 3I65A 4MPQA 1LM1A 5DCEA 3ANYA 4BI5A 3W2MA 3G3MA 1PHWA 2YW4A 4DO4A 5FF4A 1VCGA 4IUOA 4EOUA 4TMCA 1M6JA 5BMXA 1K02A 4LC6A 4UFMA 3BW2A 2WKJA 3WJSA 3MP3A 2QCEA 3B0VC 3G22A 4Y90A 3NM3A 4Y96A 5FEXA 3S1XA 1IGSA 5FI8A 1G6CA 2G97A 1TPFA 3KAOA 3UWQA 1TPEA 4GXMA 1QOPA 1EP2A 2ZTJA 3LHTA 3UYCA 4UMCA 1W54A 1I2QA 4LUIA 1D9EA 5AHMA 1R30A 3SY5A 3BARA 3S9YA 3NL6A 1DBTA 2X30A 3RFAA 3K30A 3USBA 5I3FA 4IX0A 3JRKA 3QMRA 3B0PA 3WFAA 3GIYA 3W2UA 4OU1A 2NWRA 3L5MA 4ZQMA 1XBVA 1H7OA 1FDJA 1H1ZA 3HGOA 2C16A 1TPDA 3M16A 3W7JA 4OV4A 4PA8A 3MHGA 4O0KA 1KM0A 4I7VA 2FPTA 3LM7A 3M1ZA 3CIXA 4NJHA 1UUMA 2DZVA 3DGRA 3W7PA 5K9CA 5EY5A 4O57A 2Y6ZA 2VFHA 2X1TA 3C2EA 3GK0A 4YL2A 4IPJA 2WQPA 1FDYA 3CM4A 4IX2A 4QNEA 2GQAA 1NVMA 3ZWTA 3W1QA 4G1KA 3MYPA 2WNQA 1S3HA 1QCWA 1OX5A 5I3IA 2AAMA 1SO5A 2ZCGA 4IQLA 3CHVA 3TXVA 3CIWA 2GOUA 4ZQCA 1ZNNA 3G8RA 3GX9A 3HPZA 2R91A 5LHFA 5H91A 4M7SA 2OX1A 4IPIA 4NUWA 1PIIA 2C6QA 1PCWA 2VKZG 3MYOA 3C2OA 3HB9A 3C52A 2FQIA 1I8JA 2CFFA 3BLEA 4O1DA 3UXAA 3NQFA 2NUWA 1U5JA 3ABOA 2ZRXA 3W9ZA 3B0UX 4M6QA 2DZWA 4A21A 5HWNA 3NPWA 4JDYA 1L6SA 4DF2A 3FOKA 2CLLA 3P5YA 1TB3A 3TSMA 3QW4B 1UBSA 3HG2A 4Z08A 1RVGA 5K3VA 4XZ9A 5DCBA 1RV8A 1P0KA 3UWVA 1OYAA 4BWLC 3R13A 4S1FA 2YW3A 1SPQA 1IXPA 2WOQA 3GLCA 4GUJA 3QM3A 2Z1BA 1TPB1 1RQBA 3G1XA 3LRLA 5EBUA 4O1BA 5TIMA 3DBPA 5BRBA 4ZQOA 3A22A 3DU0A 1PE1A 3L0NA 4Z1BA 3N9RA 5AHFA 1BWKA 3LV5A 1IIGA 1KLYA 3CPRA 2NV2A 3PULA 3R2GA 2CWNA 4AXKA 1OFAA 1N8FA 3OBKA 4XKYB 1AL7A 5D2WA 1DHPA 4QITA 5G4EA 4O10A 5AHIA 2NX9A 3DFSA 4JIPA 4MJMA 5CZSA 4MYAA 3EXRA 3LXBA 4OE7A 2A7PA 2VEPA 4H3DA 4P61A 4KFNA 2BZNA 3BK0A 4JTEA 2YPIA 3HBLA 5HUOA 3GXNA 4N02A 1W5PA 3M44A 4OGZA 3KVMA 2XN0A 1Q6LA 2RDWA 2CZEA 3NL2A 4EF8A 4MY8A 3LCWA 3CT7A 1WBHA 3C2RA 5U7SA 4JS3A 1TO3A 4CQ8A 4GUFA 4N6EA 4PC8A 3M5XA 5K4XA 1GVSA 3O07A 5D2TA 1VCVA 4HT3A 1WOBA 1H7RA 3IV3A 5FEPA 5F4SA 1YLVA 4JGDA 3NQDA 5IBXC 2WV8A 1KFJA 4AEOA 3FYOA 3QJAA 4A2SA 1TIMA 3TAOA 1H7NA 1H7PA 4UR7A 2HMCA 1P1XA 1VR6A 4H4IA 1EUNA 1GJPA 1D3GA 3LCHA 3W7EA 4CCDA 3S5ZA 4Z1AA 4GWEA 3NXFA 4JD4A 2PURA 1I2RA 1XDMA 3TAKA 3FJLA 1AW5A 4HNUA 2RDTA 1KW1A 1WYIA 3N73A 2ZRZA 1GOXA 3W7MA 1OFRA 2J6XA 3BG3A 3N19B 1DORA 1TV5A 2DP3A 1ZALA 4HNNA 1TQXA 4O4WA 5D2XA 3DKJA 2NXIA 3KVLA 4UFKA 5TBOA 3P5ZA 3H54A 5HULA 1OX4B 1ONRA 1MO0A 2Z2UA 3LI1A 3P81A 5I3JA 3Q94A 1TPC1 4X2RA 4MFEA 4KFPA 5D02A 1OF6A 4HN4A 1JCNA 1TYGA 5TQLA 3TH6A 1VH7A 4N9EA 3O05A 1XUUA 1EA0A 1H63A 1KV8A 3W7DA 2Z0IA 1H62A 1F73A 4PTNA 3MBFA 4BWLA 2E5DA 3C6CA 3JR2A 1F74A 3W1RA 4JTUA 4ZL1A 4UTLA 3LCFA 1JRBA 1LTDA 1FDZA 1LZOA 1O5XA 5E1QA 1ALDA 4LS0A 3W86A 1HO1A 4DBDA 3W74A 1UUOA 4JTLA 4O11A 2VEKA 3TFXA 1K8YA 4TR9A 1B57A 3INPA 3OA3A 4OQVA 5CPOA 1YDVA 4UR8A 3W1TA 3W7RA 2XFWA 1QPRA 3L5AA 4MZ8A 4WUIA 1VC4A 5AC7A 2O7QA 5I3GA 3N2MA 2ZZ1A 3W7NA 3DFOA 5D37A 4Y6GA 3W7LA 1L6YA 1NF0A 5D32A 3WK0A 2VC6A 1KV5A 4NJIA 3IVUA 1GPWA 5FF7A 4XUGA 4XTDA 3BVJA 2DZUA 3LRKA 3QQ1A 3O16A 4CLMA 3S1UA 1SSDA 3W7IA 3PBYA 3DAQA 1YXDA 3EX1A 2Y70A 2WSQA 1LRNA 2QCDB 3G18A 2B7QA 3P60A 3N14A 5I3KA 4ZQNA 2ZQ0A 3GZ3A 5DXXA 1SQ7A 2H8XA 4MUZA 1CX9A 4QISA 1W3NA 4K8EA 2ATSA 4RV8A 1XL9A 1OX6A 2WNNA 1G7UA 1KM3A 3ELFA 4YCOA 3FS2A 3A5FA 1KFEA 4LWWA 3ABSA 1KTNA 1TPWA 1TRDA 5LNUA 4NU7A 3NNTA 3CC1A 3TC7A 3STFA 1A5BA 4O4VA 4ONVA 1OFEA 1TJRA 1I2PA 1GQNA 4LY8A 2VFDA 2CU0A 3MWAA 4MFDA 3VKJA 5LKYA 2Y85A 3W7QA 1X7FA 2YFOA 3NO5A 4XQ6A 3B03A 4GUGA 1ZAJA 2Y88A 4UCGA 2V2HA 2VFEA 3DI1A 4WQ6A 3Q2DA 5AOUA 3GDTA 3HMJG 1AL8A 1GZGA 1KM1A 2CLKA 3VCRA 4ICNA 1XBYA 3W70A 4NNAA 1AMKA 2YYUA 1VHCA 3TQKA 3LLFA 4YLWA 3LLDA 5LNVA 4O19A 4X3ZA 3W76A 4CCEA 1XBXA 3TSBA 3NQ6A 2VXNA 4WOQA 1WOAA 3OVPA 4GC4A 3W07A 3BLIA 5AHLA 5H2ZA 4JTGA 2NXHA 3W1XA 1ML1A 4P2VA 1GYNA 1FCBA 3UPBA 3C61A 3TK7A 1B9BA 1FWNA 5BW6A 5FESA 3DXIA 1LOLA 3SFKA 3I7RA 1TV7A 3NGJA 3S1WA 3G1HA 2PCQA 2Q8LA 3P82A 4LRTA 1WDWA 2CLIA 3NPXA 4BK9A 1QO5A 3S5NA 2A6LA 1ZAIA 3A21A 3UD6A 4AHOA 2A85A 1LDCA 5I3HA 2A6NA 4UTKA 1LBLA 3IGXA 3IVTA 4LOCA 3RK8A 5KMYA 1QO2A 1YYAA 4LT9A 4FXRA 4WJEA 3WJZA 1DL3A 3W73A 1KBJA 1TTJA 4E2BA 3MMTA 1BKSA 4FNUA 1F7BA 5LNSA 2ZRYA 4QSHA 1J2WA 4Z0JA 3JS3A 1GVFA 4E0CA 2TPSA 3L2IA 3LCGA 2BXVA 2H90A 3P62A 4FNPA 4M6VA 2QDGA 4Q32A 2VEMA 3F1QA 1YPIA 3PWAA 4PH6A 2RHGA 2FPVA 2RKXA 1A5AA 3W1MA 1G7VA 3G1YA 4W9TA 4FO4A 4OV9A 1VJIA 3LGEA 3GDMA 5DELA 1KFBA 2QCFA 2AGKA 3I6RA 3F4WA 4DEFA 2NWSA 2DJLA 3B04A 1I2OA 2FJKA 1A5SA 1V5XA 3HF3A 1VYPX 2V8ZA 5HR6A 4N6FA 5T26A 2YXGA 1F2JA 4M7TA 2QCGA 3W85A 5BMWA 3DI0A 4AWSA 2YR1A 1VGAA 4WXYA 3QSTA 4U28A 4OBTA 4D2JA 3LERA 4ZQPA 4FB7A 1EX5A 4QIUA 4K38A 1UJPA 4C1KA 3WK3A 2H3DA 1ZCOA 1VYRA 1JRCA 1ADOA 3TW7A 2C15A 1QPNA 1BTMA 1THFD 2YSWA 1LOSA 4NJGA 5U4NA 1JCMP 3KXQA 1T0OA 4GE8A 5F4XA 1M7PA 4DF1A 3ATZA 3QF0A 3QQ0A 3WK2A 1OF8A 1IF2A 3SGUA 3TKFA 2HTMA 1WXJA 2NZLA 1W5OA 1H50A 4JTIA 3BGGA 4X9SA 3W72A 4FHAA 2J9ZA 2CZFA 3MP4A 2Y7DA 3EWZA 2HS6A 3PF3A 2R14A 2VFIA 4A3UA 2TMDA 1WBJA 1DVJA 1NAL1 4ZVJA 4NZFA 4DELA 3QMTA 3VNDA 1OABA 2V5LA 4JTSA 3SW6A 3W7OA 4AB4A 2ZFAA 1PCKA 3A23A 4JTTA 5K2ZA 2E68A 5EKYA 3BG9A 5EYWA 1JUEA 1SUXA 2JKEA 3A5VA 2PRHA 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 3NL3 A;  4Q33 A;  2PC4 A;  4O8R A;  4BI6 A;  3TFC A;  2J9Y A;  3QYQ A;  1RPX A;  4MVA A;  1DJQ A;  1YTD A;  1BWL A;  3NG3 A;  3GXP A;  1OYB A;  2QR6 A;  3PUD A;  3QPY A;  3IIP A;  3EXS A;  3LOT A;  3UY8 A;  4NT0 A;  3P8I A;  4HNV A;  1LRO A;  4B5N A;  1FWT A;  4N4P A;  1VPX A;  3IIO A;  3N34 A;  4JNM A;  1TSI A;  3EKL A;  4O54 A;  4M6P A;  2EGZ A;  1YDO A;  2QAF A;  3PSV A;  1TPV A;  3CTL A;  1OFQ A;  1DOS A;  1XFB A;  2E6A A;  4JYF A;  3M5V A;  3N3M A;  3UWU A;  3PC0 A;  1A53 A;  4DPQ A;  1FCU A;  3SGZ A;  2CLO A;  4POD A;  1W5Q A;  3CWN A;  1F6K A;  3NYZ A;  3SSJ A;  3UPW A;  1EEP A;  5D04 C;  3ZR4 A;  1K7E A;  1NF7 A;  1KM6 A;  5DN1 A;  3E02 A;  5D38 A;  3TSD A;  3PS7 A;  1W5N A;  3GKA A;  4RXF A;  4S2B A;  5HNR A;  4A22 A;  2CW6 A;  1KFL A;  3T78 A;  3DFN A;  2QUU A;  3W2L A;  4FNT A;  1FY6 A;  2G5W A;  3C3N A;  1XKY A;  4DQW A;  3ZS4 A;  1K8X A;  2W6R A;  3GR8 A;  3DFP A;  4BF9 A;  4YCP A;  1ZEN A;  4NNC A;  5E93 A;  4AHQ A;  4IMF A;  3W1A A;  4WXZ A;  2Q3R A;  3FKK A;  2BWG A;  5G5I A; 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 2F84 A;  4JTH A;  3STG A;  1QDS A;  3W71 A;  1FWR A;  2VEL A;  3SJ3 A;  1IXN A;  3C2F A;  1C29 A;  1GVO A;  3C8F A;  5D2Y A;  3LV6 A;  3TNO A;  3W1L A;  1C9D A;  3M7W A;  4UTM A;  4O17 A;  4LS2 A;  2ZBT A;  4NX0 A;  3IRD A;  3LRM A;  1VS1 A;  4CCC A;  3BGJ A;  1VLI A;  1ME8 A;  4JEQ A;  2A7R A;  2W79 A;  4E38 A;  3TE9 A;  4O1A A;  4LVA A;  2YX0 A;  3MI3 A;  3T7V A;  4KKX A;  4BFA A;  2ZA3 A;  4HIB A;  2BLE A;  4JXC A;  3O8A A;  4L4L A;  2QUT A;  3NQC A;  3GNN A;  3TU9 A;  4O53 A;  2ZDR A;  1V7Y A;  1OFD A;  4X22 A;  3HPX A;  4HSO A;  2OCZ A;  1X8F A;  2A0N A;  3WJX A;  3EXT A;  3KX6 A;  2CZD A;  4PL2 A;  1T8X A;  3W3O A;  4NXK A;  5CG7 A;  3MW7 A;  4XBK A;  3QH2 A;  2YFN A;  2FB3 A;  1EB3 A;  2D73 A;  3NOE A;  1AK5 A;  3F4N A;  4O13 A;  4UFJ A;  3I7Q A;  2C14 A;  4FX6 M;  4TMB A;  4DBE A;  3MUX A;  4UFL A;  1KM5 A;  3CQ0 A;  1W1Z A;  3E49 A;  1Z48 A;  2QEZ A;  4JIQ A;  4JYE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OWW A;  3ZMR A;  4B15 A;  3CV6 A;  4GHR A;  3D5H A;  3G3D A;  3ZWS A;  3GKF A;  1O94 A;  2RJH A;  2DZT A;  3RCY A;  3RN6 A;  2X16 A;  4MNL A;  2ZYF A;  3P74 A;  4AFY A;  3GDL A;  2E8Z A;  5E0K A;  5MF5 A;  3NZP A;  1TWW A;  4DWD A;  5ENL A;  5HJL A;  2WJZ A;  1Q63 A;  3DKL A;  2PTX A;  4DZI A;  1NWT A;  5KZD A;  1K9T A;  1EL3 A;  3OOQ A;  2QJH A;  2C91 A;  1N8W A;  3UCD A;  4C6F A;  1E6Z A;  5F2M A;  4HSN A;  3GTI A;  1QI3 A;  4GAB A;  2HBX A;  5ABE A;  2TSY A;  1TTI A;  4GH1 A;  1BHG A;  2DZX A;  3GU1 A;  1R5Y A;  3W29 A;  2JGQ A;  3V0T A;  3S5O A;  4UB9 A;  1RSC A;  1XLD A;  1WXZ A;  3W27 A;  3KVJ A;  4CD4 A;  1G67 A;  1JCL A;  3G1V A;  3IAN A;  1ME9 A;  1F76 A;  3DEC A;  4C6E A;  4QNW A;  1TWS A;  1XIN A;  3WJY A;  5A2C A;  3ZJK A;  2POD A;  1HKJ A;  3NR0 A;  2HE8 A;  3CZJ A;  3RM8 A;  2GDQ A;  5LIK X;  3RCN A;  4XIA A;  3E1F 1;  4UTW C;  1E0V A;  2LLE A;  2NW0 A;  2BP1 A;  3AUJ A;  1GVR A;  3HUR A;  4RPP A;  4PTD A;  1N55 A;  2Q01 A;  3BC9 A;  4W7W A;  2E5C A;  1LRQ A;  1DQX A;  4QRN A; 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